Asam Nukleat

Kelompok 7 :
Andersen (14065)
Faracitra Akuwalifah (1406607861)
Fianna Utomo (1406552894)
Kevin Antonio (1406568091

Struktur
Asam Nukleat

Pengertian Asam Nukleat

Asam nukleat adalah biopolimer yang berbobot molekul tinggi
dengan polinukleotida.
Asam nukleat bertugas untuk menyimpan dan menstransfer
genetik kemudian menerjemahkan informasi ini secara tepat
untuk mensintesis protein yang khas bagi masing-masing sel.
Asam

nukleat

yang

unit-unit

pembangunnya

deoksiribonukleotida disebut asam deoksiribonukleotida (DNA)

sementara jika unit-unit pembangunnya ribonukleotida disebut
asam ribonukleotida (RNA).

Tabel Perbedaan DNA dan RNA

Perbedaan Struktur DNA dan RNA

Komponen Penyusun Asam Nukleat

Asam nukleat tersusun atas beberapa
komponen, diantaranya :
Nukleosida
Nukleotida
Purin dan Pirimidin
Gula Pentosa
Fosfat Penyusun
Ikatan Fosfodiester

Nukleotida
Nukleosida merupakan senyawa
yang memiliki purin atau pirimidin
yang berikatan secara kovalen
dengan

D-ribofuranosa

(Deoksiribonukleosida)

dalam

suatu ikatan N--glikosidik.

Ikatan

ini

melibatkan

gugusan

hemiasetal C-1 dari pentosa dan

atom

nitrogen

N-9

dari

suatu

purin atau N-1 dari suatu pirimidin

Tabel Nama Trivia dari Nukleosida

Basa

Ribonukleosida

Deksiribonukleosida

Adenin

Adenosin

Deosiadenosin

Guanin

Guanosin

Deoksiguanosin

Urasil

Uridin

Deoksiuridin

Sitosin

Sitidin

Deoksistidin

Timin

Ribotimidin

DEoksitimidin/timidin

Nukleotida
Nukleotida
adalah
nukleosida
dengan sebuah atau lebih gugus
fosfat. Sebagai contoh, molekul
ATP (adenosine trifosfat) adalah
nukleosida dengan tiga gugus
fosfat.

Tabel Data Nama dan Singkat Masing-Masing 5

Nukleotida dari 5 Basa Utama
Ribonukleosidase 5-fosfat

Deoksinukleosidase 5-fosfat

Adenosin 5-monofosfat

Deoksiadenosin 5-monofosfat

Asam 5-adenilat, AMP

Asam 5-deoksiadenilat, dAMP

Guanosin 5-monofosfat

Deoksiguanosin 5-monofosfat

Asam guanilat, GMP

Asam 5-deoksiguanilat, dGMP

Sitidin 5-monofosfat

Deoksistidin 5-monofosfat

Asam 5-sitidilat, CMP

Asam 5-deoksistidilat, dCMP

Uridin 5-monofosfat

Deoksitimin 5-monofosfat

Asam 5-uridilat, UMP

Asam 5-deoksitimidilat, dTMP

Basa Nitrogen
Basa nitrogen atau basa asam
nukleat

adalah

heterosiklik
berasal

dari

aromatic
pirimidin

suatu
yang
atau

purin.
Basa purin teridiri dari adenine
(A) dan guanine (G) sementara
basa pirimidin sitosin (C)

Purin dan Turunannya

Purina

atau

purin

adalah

senyawa heterosiklik majemuk

yang

mempunyai

pirimida

dan

lingkar

imidazol

yang

Purina

yang

berimit.
.

Turunan

merupakan

penyusun

asam

nukleat adalah adenine atau 6aminopurina dan guanine atau

2-amino-oksipurina

Pirimida dan Turunannya

Pirimidina

atau

pirimidin

termasuk

senyawa heterosiklik sederhana lingkar 6,

dengan

atom

nitrogen

sebagai

pirimidina

yang

heteroatomnya.
Turunan-turunan
merupakan
adalah

penyusun
sitosin

asam

nukleat

atau

2-oksi-

aminopirimidina yang disingkat C, timin

atau
disingkat

2,4-dioksi-metilpirimida
T

dan

urasil

atau

dioksipirimidina yang disingkat U.

yang
2,4-

Gula Pentosa
Pentosa

yang

menyusun

asam

nukleotida adalah ribose dan 2deoksiribosa.

Dalam struktur kimia asam nukleat,

kedua pentose tersebut terdapat

dalam bentuk lingkar furanosa.
Ribosa merupakan penyusun RNA

dan

2-deoksiribosa

penyusun DNA.

merupakan

Fosfat Penyusun
Fosfat penyusun asam nukleat
adalah asam fosfat atau asam
ortofosfat.
Fosfat ini berupa kristal berbentuk
orto-rombik,

tak

stabil,

melebur pada suhu 42,35oC.

dan

Ikatan Fosfodiester
Pada asam nukleat terdapat ikatan
kovalen melalui gugus fosfat yang
menghubungkan antara gugus hidroksil
(OH) pada posisi 5 gula pentose dan
gugus hidroksil pada posisi 3 gula
pentose nukleotida berikutnya.
Ikatan ini dinamakan ikatan
fosfodiester karena secara kimia gugus
fosfat berada dalam bentuk diester.

DNA
DNA merupakan makromolekul
polinukleotida
atas

polimer

berulang-ulang,

yang

tersusun

nukleotida

yang

tersusun

rangkap, membentuk DNA heliks

ganda dan berpilin ke kanan.

 Struktur molekul DNA sebagai dua

rantai polinukleotida yang saling
memilin membentuk spiral dengan
arah pilinan ke kanan
Fosfat dan gula pada masing-masing
rantai menghadap kearah luar
sumbu pilinan, sedangkan basa N
menghadap kea rah dalam sumbu
pilinan dengan susunan yang sangat
khas sebagai pasangan-pasangan
basa antara kedua rantai
Basa A pada satu rantai akan
berpasangan dengan basa T pada
rantai lainnya, sedangkan basa G
berpasangan dengan basa C.

Tipe-tipe Struktur DNA

Struktur Primer
Struktur primer DNA digambarkan bahwa DNA tersusun dari monomer-monomer nukleotida
yang terdiri dari satu basa nitrogen berupa senyawa purin atau pirimidin, satu gula pentosa
berupa 2-deoksi-D-ribosa dalam bentuk furanosa dan satu molekul fosfat.

Struktur Sekunder

Struktur sekunder DNA digambarkan dengan heliks ganda yang

tersusun dari dua untai polinukletida yang antiparalel, berputar ke
kanan dan melingkari suatu sumbu.
Struktur Tersier

Struktur DNA tersier digambarkan dengan dua untai polinukleutida yang

membentuk struktur tertentu seperti lingkaran. Hal ini terjadi karena
kedua untai tersebut membentuk struktur tertutup yang tidak berujung.

S. Primer

S. Sekunder

S. Tersier

Berdasarkan bentuk dan struktur fisiknya, DNA terbagi menjadi 3 bentuk yaitu :

DNA-B
Tipe DNA ini adalah bentuk yang umumnya
diamati pada kromosom.
B-DNA adalah heliks tangan kanan dengan 10
pasangan basa per putaran.
B-DNA direplikasi dan digunakan dalam
transkripsi dan translasi RNA, yang merupakan
molekul yang digunakan untuk sintesis protein.
B-DNA dapat terdenaturasi, yang berarti
ikatan hidrogen dihilangkan. Ini pada dasarnya
adalah langkah pertama dalam replikasi DNA
dalam sel.

DNA-A
DNA-A memiliki 11 pasangan basa per

putaran. Selain struktur yang lebih

kompak, struktur tipe ini mirip dengan
tipe DNA-B.
DNA bentuk A merupakan DNA bentuk B

yang berubah bentuk pada kelembaban

75%.

DNA-Z

DNA tipe Z ini adalah satu-satunya DNA yang

untaiannya mempunyai orientasi putar kiri
(left-handed).

Molekul DNA tipe semaca ini mempunyai

kerangka gula fosfat yang berbentuk zigzag
(sehingga disebut Z).

Struktur DNA Z tidak hanya terjadi pada

molekul yang memunyai poli (dC-dG),
melainkan juga terjadi pada bagian
polinukleoida yang basa-basa purin dan
pirimidinnya bergantian, misalnya
ACACACAC.

RNA
RNA merupakan rantai
tunggal polinukleotida.
RNA (ribonucleic acid) atau
asam ribonukleat berfungsi
sebagai penyimpan dan
penyalur informasi genetik.

Struktur RNA

RNA merupakan hasil transkripsi dari suatu

fragmen DNA, sehingga RNA merupakan polimer
yang jauh lebih pendek dibandingkan DNA.

Molekul RNA pada umumnya berupa untai tunggal

sehingga tidak memiliki struktur tangga berpilin.

Namun, modifikasi struktur juga terjadi akibat

terbentuknya ikatan hidrogen di dalam untai
tunggal tersebut (intramolekuler). Modifikasi inilah
yang menyebabkan adanya 3 macam RNA, yaitu
RNA duta atau messenger RNA (mRNA), RNA
pemindah atau transfer RNA (tRNA), dan RNA
ribosomal (rRNA).

Struktur Primer RNA

Struktur primer dari RNA biasanya terdiri untai
tunggal nukleotida. Empat jenis nukleotida
dapat ditemukan di alur ini, yang disebut
adenin (A), sitosin (C), guanin (G), dan urasil
(U).

Banyak nukleotida yang dimodifikasi dengan

RNA, menambah atau mengurangi atom ke
atau dari nukleotida asli untuk mengubah sifat

Struktur Sekunder RNA

Struktur sekunder RNA dan asam deoksiribonukleat (DNA) heliks
ganda terbentuk dengan cara yang sama, di mana nukleotida
mengikat bersama menjadi pasangan basa, memberikan molekul
struktur keseluruhan.
Dalam kedua RNA dan DNA, sitosin dengan guanin terikat, namun
adenin mengikat urasil, bukan timin, pada RNA.
Struktur sekunder RNA jarang heliks ganda, melainkan membentuk
berbagai lilitan tertentu, tonjolan, dan jenis helix yang sejajar sangat
berbeda dari apa yang dilihat dalam DNA.

Struktur Tersier RNA

Struktur tersier RNA memungkinkan molekul
untuk melipat menjadi konformasi yang berfungsi
penuh.
Molekul RNA tertentu, berdasarkan struktur
tersier mereka, memiliki fungsi tertentu,
contohnya (ncRNA)
Satu kelas ncRNA, disebut ribozim, adalah enzim
RNA yang dapat mengkatalisis reaksi biokimia
seperti yang dilakukan enzim protein.

Struktur Kuarter RNA

Struktur kuartener RNA berperan penting dalam makromolekul
tertentu seperti ribosom, yang membangun protein dalam sel.
Agar rantai RNA memiliki struktur kuartener, mereka harus datang
bersamaan untuk membentuk struktur konglomerasi baru, bukan
hanya berinteraksi dan kemudian terpisah lagi.
Struktur Kuartener adalah bentuk paling lambat dari semua tingkat
struktur RNA, dan biasanya yang paling kompleks.

Tipe-tipe RNA RNA

mRNA

mRNA berfungsi membawa

informasi DNA dari inti sel
ke ribosom.

Ribosomal RNA (rRNA)

rRNA dibentuk dari prekusor yang
disebut RNA pra ribosom, mempunyai
berat molekul sekitar 2 juta, dan
merupakan

molekul

paling

besar

dibandingkanmRNAdan tRNA.
Terdapat dua jenis rRNA yaitu large
subunit (LSU) dan small subunit (SSU).
RNA ini berupa pita tunggal, tidak
bercabang, dan fleksibel.

Transfer RNA (tRNA)

rRNA ini ditandai dengan
daerah beruntai ganda dengan
loop beruntai tunggal.
tRNA merupakan RNA yang
membawa asam amino satu
per satu ke ribosom.
Pada salah satu ujung tRNA
terdapat tiga rangkaian basa
pendek yang disebut
antikodon.

Biosintesis
Asam Nukleat

Teori teori Replikasi DNA

Reproduksi materi genetik seperti DNA dilakukan melalui suatu proses yang
disebut replikasi. Melalui replikasi suatu DNA dapat membentuk dirinya,
menghasilkan untai DNA baru yang sama dengan dirinya, menghasilkan untai
DNA baru yang sama dengan dirinya.
Proses reproduksi materi genetik pada sel eukariotik adalah proses replikasi
DNA. Secara teoritis terdapat tiga hipotesis tentang replikasi DNA, yaitu
konservatif, semikonservatif, dan dispersif.

Teori teori Replikasi DNA

Gambar 1. Hipotesis Replikasi DNA

(Sumber: replication.pdf.adobe reader, 2011)

Teori teori Replikasi DNA

Replikasi Konservatif
Pada replikasi konservatif, seluruh tangga berpilin DNA awal tetap
dipertahankan dan akan mengarahkan pembentukan tangga berpilin baru.
Replikasi Semikonservatif
Pada replikasi semikonservatif, tangga berpilin mengalami pembukaan terlebih
dahulu sehingga kedua untai polinukleotida akan saling terpisah. Masing-masing
untai tetap dipertahankan dan akan bertindak sebagai cetakan (template) bagi
pembentukan untai polinukleotida baru.

Teori teori Replikasi DNA

Replikasi Dispersif
Pada replikasi dispersif, kedua untai polinukleotida mengalami fragmentasi di
sejumlah tempat. Kemudian fragmen-fragmen polinukleotida yang terbentuk
akan menjadi cetakan bagi fragmen nukleotida baru sehingga fragmen lama
dan baru akan dijumpai berselang-seling di dalam tangga berpilin yang baru.

Dari ketiga hipotesis tersebut berdasarkan percobaan yang dilakukan

pada tahun 1958 oleh M.S. Meselson dan F.W. Stahl dapat dibuktikan
bahwa replikasi semikonservatif yang dapat diterima kebenarannya
(Campbell, 2002).

Sintesis DNA
Sintesis DNA atau bisa juga disebut proses replikasi DNA adalah proses
pengkopian dari sel DNA induk untuk menghasilkan DNA anak yang mempunyai
urutan-urutan nukleotida yang identik. Adapun replikasi DNA dibagi menjadi
replikasi DNA pada sel eukariotik dan sel prokariotik, penjelasannya adalah
sebagai berikut:

Replikasi DNA Sel Prokariotik

Struktur DNA terbuat secara antiparallel, atau berlawanan arah. DNA sel
prokariotik direplikasi oleh DNA polimerase III dengan arah pergerakan dari arah
komponen 5 (fosfat) ke komponen 3 (hydroxil) pada kecepatan 1000
nukleotida per detik.

Sintesis DNA

Gambar 3. DNA yang Terbuat Antiparallel dan Arah Sintesisnya

(sumber: http://www.synapses.co.uk/genetics/dnastrn.gif)

Replikasi DNA Sel Prokariotik

Terdapat 7 tahapan dalam replikasi DNA dalam sel prokariotik, yaitu

inisiasi, sintesis primer, sintesis leading strand, sintesis lagging strand,
penghapusan primer, ligasi, dan terminasi/pemutusan.

1. Inisiasi

Replikasi DNA Sel Prokariotik

Proses replikasi DNA diawali oleh inisiasi. Replikasi

dimulai pada lokasi spesifik yang disebut lokasi asal
replikasi, yang memiliki urutan tertentu yang bisa
dikenali oleh protein inisiator DnaA. Untuk membuka
rantai double helix DNA menjadi rantai tunggal,
diperlukan enzim helikase. Helikase membuka ikatan
hidrogen antar pasangan-pasangan basa.
Setelah

proses

unwiding

(pembukaan

seperti

resleting) DNA double helix oleh helikase, rantai DNA

terbagi menjadi dua untaian/strand rantai tunggal
DNA yang terpisah.

Gambar 4. Proses Inisiasi

(sumber: http://www.sridianti.com/wpcontent/uploads/2013/07/dna-replication-unwinding300x245.jpg)

Replikasi DNA Sel Prokariotik

2. Sintesis RNA Primer dan Inisiasi DNA Polimerase
III
Pada proses ini terdapat enzim primase yang berada
pada

wilayah

garpu

replikasi.

Enzim

primase

ini

bertugas dalam membentuk RNA primer yang memiliki

kode

yang

berkomplementer

dengan

untaian

tunggal/single strand DNA yang baru terbentuk. Setelah

terbentuknya RNA primer, DNA polimerase datang
untuk

membentuk

untaian

DNA

baru

dengan

memperpanjang RNA primer yang tadi sudah dibentuk

oleh

enzim

primase.

DNA

polimerase

III

hanya

menambahkan nukleotida baru pada ujung 3 untaian

Gambar 6. Proses kerja DNA polimerase III

(sumber:
http://www.nature.com/scitable/content/ne0000/ne0
000/ne0000/ne0000/14668888/U2.cp1.1_439542af1.2.jpg)

Replikasi DNA Sel Prokariotik

3. Elongasi Leading Strand
Seperti yang kita ketahui sebelumnya, DNA polimerase berjalan
membentuk untaian pasangan DNA dari arah 5 ke 3. Pada leading
strand, DNA polimerase III mengenali ujung 3 dari single strand yang
sudah ada, dan menambahkan nukleotida komplementernya. Lalu DNA
polimerase III dapat bergerak membentuk DNA dengan memakai ujung
5 sebagai awalan dan 3 sebagai akhir dari sebuah RNA primer.

Replikasi DNA Sel Prokariotik

Karena hal tersebut, nukleotida yang
dibentuk pada leading strand ini pun
berlangsung dan berjalan secara terus
menerus,
berkesinambungan
dan
searah
sesuai
dengan
arah
pergerakan garpu replikasi, sampai
menghasilkan untaian DNA baru. Hal
ini dikarenakan DNA single strand
pada bagian leading strand memiliki
komplementer yang searah dengan
pergerakan DNA polimerase III.
Gambar 6. Proses kerja DNA polimerase III
(sumber:
http://www.nature.com/scitable/content/ne0000/ne0
000/ne0000/ne0000/14668888/U2.cp1.1_439542af1.2.jpg)

Replikasi DNA Sel Prokariotik

Elongasi Lagging Strand
Pada lagging strand, DNA polimerase III
mensintesis DNA secara terputus dengan
menghasilkan serangkaian fragmen kecil dari DNA
baru dalam arah 5 ke 3. Kondisi ini terjadi karena
pola nukleotida DNA single strand pada lagging
strand terbalik dari leading strand. Fragmen yang
terbentuk tadi disebut fragmen Okazaki. Fragmen
ini kemudian bergabung untuk membentuk
sebuah rantai nukleotida yang tertinggal, atau
disebut sebagai lagging strand.

Gambar 8. Proses Sintesis Lagging Strand

(sumber: http://www.sridianti.com/wpcontent/uploads/2013/07/dna-replication-laggingstrand-300x245.jpg)

Replikasi DNA Sel Prokariotik

Penghapusan/Penggantian RNA Primer
Setelah terbentuk komplementer dari DNA
single helix yang sudah ada, RNA primer
harus digantikan oleh DNA. Kewajiban atas
penggantian ini dilakukan oleh enzim DNA
polimerase I. DNA polimerase I mengganti
DNA ke RNA juga dari 5 ke 3, sama
dengan proses kerja DNA polimerase III.
Gambar 10. Penggantian RNA Primer
(sumber: http://www.sridianti.com/wpcontent/uploads/2013/07/dna-replication-primerremoval-300x130.jpg)

Replikasi DNA Sel Prokariotik

Penyambungan/Ligasi
Terdapat untaian-untaian DNA yang
tertinggal dan masih mengandung celah
antara fragmen Okazaki yang berdekatan
setelah proses penghapusan RNA primer
dan penggantian RNA primer menjadi DNA
berakhir. Disini, enzim ligase bekerja untuk
mengidentifikasi dan menyumbat celah
tersebut dengan menciptakan ikatan
fosfodiester antara 5 fosfat dan 3 gugus
hidroksil fragmen yang berdekatan.

Gambar 11. Proses Penyambungan DNA (Ligasi)

(sumber: http://www.sridianti.com/wpcontent/uploads/2013/07/dna-replication-ligation300x141.jpg)

Replikasi DNA Sel Prokariotik

Terminasi
Replikasi DNA akhirnya berakhir di tempat
khusus untuk terminasi yang terdiri dari
urutan nukleotida yang unik. Urutan yang
unik ini diidentifikasi oleh protein khusus
yang disebut protein tus yang mengikat ke
tempat tersebut, sehingga secara fisik ia
dapat menghalangi jalur helikase. Ketika
helikase bertemu protein tus tersebut,
iapun segera terlepas bersamaan dengan
protein SSB berada pada dekat lokasi
tersebut.

Gambar 12. Pemutusan Replikasi DNA

(sumber: http://www.sridianti.com/wpcontent/uploads/2013/07/dna-replicationtermination-300x173.jpg)

Replikasi DNA Sel Eukariotik

Unsur-unsur Replikasi Eukariotik:
1. DNA polimerase

: mengawali proses replikasi

2. DNA polimerase : berperan pada lagging strand

3. DNA polimerase
strand

: berperan pada leading

4. DNA polimerase : Reparasi DNA

5. DNA polimerase : Replikasi DNA mitokondria

Sintesis RNA
Sintesis RNA disebut juga sebagai transkripsi DNA menjadi molekul mRNA,
dimana salah satu rantai DNA digunakan sebagai cetakan/sense untuk mecetak
RNA. Rantai DNA komplemennya disebut rantai antisense. Rentangan DNA yang
ditranskripsi menjadi molekul RNA disebut unit transkripsi. RNA dihasilkan dari
aktivitas ensim RNA polimerase. Enzim RNA polimerase membuka pilinan kedua
rantai DNA hingga terpisah dan merangkaikan nukleotida RNA. Enzim RNA
polimerase merangkai nukleotida-nukleotida RNA dari arah 5 ke 3, saat terjadi
perpasangan basa di sepanjang cetakan DNA. Urutan nukleotida spesifik di
sepanjang DNA menandai di mana transkripsi suatu gen dimulai dan diakhiri.

Sintesis RNA
Misalnya pencetak memiliki urutan basa G-A-G-A-C-T, dan yang berfungsi
sebagai gen memiliki urutan basa komplemen C-T-C-T-G-A. Karena
pencetaknya G-A-G-A-C-T, maka RNA hasil cetakannya C-U-C-U-G-A. Jadi,
RNA C-U-C-U-G-A merupakan hasil kopian dari DNA C-T-C-T-G-A (gen), dan
merupakan komplemen dari pencetak.
Transkripsi
mensintesis
baik
mRNA,
tRNA,
maupun rRNA. Namun,
hanya basa nitrogen yang
terdapat pada mRNA saja
yang
nantinya
diterjemahkan
menjadi
asam
amino
(protein)
Gambar 13. Basa Nitrogen dan Komplementernya
pada proses translasi.
(sumber: brainly.co.id)

Transkripsi RNA Sel Prokariotik

Transkirpsi
RNA
pada
sel
prokariotik
dan
eukariotik
sebenarnya
memiliki
mekanisme dasar yang sama,
yaitu sebagai berikut:

Gambar 14. Tahapan Transkripsi RNA

(sumber: http://www.biologisel.com/2012/06/sintesis-protein-dan-kodegenetik.html)

 Inisasi

Transkripsi RNA Sel Prokariotik

Daerah DNA dimana RNA polimerase melekat dan mengawali transkripsi

disebut sebagai promoter. Suatu promoter mencakup titik awal (start
point) transkripsi (nukleotida dimana sintesis RNA sebenarnya dimulai)
dan biasanya membentang beberapa pasangan nukleotida di depan titik
awal tersebut. Selain menentukan dimana transkripsi dimulai, promoter
juga menentukan yang mana dari kedua untai heliks DNA yang digunakan
sebagai cetakan.

 Elongasi

Transkripsi RNA Sel Prokariotik

Pada saat RNA bergerak di sepanjang DNA, pilinan heliks ganda DNA
tersebut terbuka secara berurutan kira-kira 10 hingga 20 basa DNA
sekaligus. Enzim RNA polimerase menambahkan nukleotida ke ujung 3
dari molekul RNA yang sedang tumbuh di sepanjang heliksa ganda DNA
tersebut. Setelah sintesis RNA berlangsung, DNA heliks ganda terbentuk
kembali dan molekul RNA baru akan lepas dari cetakan DNA-nya.

Gambar 15. Tahap Elongasi Transkripsi

(sumber: Aryulina, Diah, et.al., 2004)

Transkripsi
RNA
Sel
Prokariotik
Terminasi
Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi urutan DNA
yang disebut terminator. Terminator merupakan suatu urutan DNA yang
berfungsi menghentikan proses transkripsi. Terdapat beberapa mekanisme yang
berbeda untuk terminasi transkripsi, yang perinciannya sebenarnya masih
kurang jelas. Pada sel prokariotik, transkripsi biasanya berhenti tepat pada saat
RNA polimerase mencapai titik terminasi. Sebaliknya, pada sel eukariotik, RNA
polimerase terus melewati titik terminasi.
Pada prokariotik, hasil transkripsi primer memberikan mRNA fungsional, yang
siap untuk melakukan proses translasi. Dengan demikian, bakteri dapat
memulai translasi mRNA menjadi protein walaupun mRNA belum selesai
ditranskripsikan dari DNA.

Transkripsi RNA Sel Eukariotik

Secara umum mekanisme dasar transkripsi pada sel eukariotik serupa
dengan terjadi pada sel prokariotik, yaitu memerlukan DNA cetakan, RNA
polymerase, NTP (ribonukleotida), serta molekul protein regulator.
Transkripsi pada sel eukariotik juga berlangsung dengan diawali proses
inisiasi transkripsi, kemudian dilanjutkan dengan pemanjangan transkrip,
dan berhenti pada saat RNA polimerase mencapai daerah terminator.
Meskipun demikian, ada banyak perbedaan fundamental antara sistem
transkripsi sel prokariotik dengan transkripsi pada sel eukariotik.

Transkripsi RNA Sel Eukariotik

Pada sel-sel eukariotik, transkrip mRNA primer diproses sebelum
dilepaskan dari nukleus sebagai molekul-molekul mRNA matang. Hasil
transkripsi harus dimodifikasi secara kimiawi sebelum terbentuk sebagai
mRNA fungsional. Hal ini dikarenakan gen eukraiotik yang akan
diekspresikan sebagai protein mengandung sekuens-sekuens penghalang
yang tidak ditranslasi yang disebut intron. Intron tersebut dipotong
sehingga tersisa sekuens-sekuens yang berhubungan dengan segmensegmen yang akan ditranslasi, atau ekson, dalam mRNA.

Transkripsi RNA Sel Eukariotik

Jadi, sebelum mRNA meninggalkan nukleus untuk menjadi mRNA

sitoplasmik yang matang, daerah-daerah bukan pengkode (intron) harus
disingkirkan

secara

tepat,

dan

ekson-ekson

harus

disambungkan.

Sebagai tambahan, sebuah nukleotida guanin yang tidak biasa (disebut

cap atau topi/tudung) dilekatkan ke ujung 5, sedangkan serangkaian
nukleotida adenin (disebut ekor poli-A) dilekatkan ke ujung 3 mRNA. Hal
ini berbeda dengan sel-sel prokariotik yang tidak memiliki membran
nukleus,

dan

tidak

terjadi

pemrosesan

mRNA.

arkaebakteria, gen-gen bakteri tidak mengandung intron.

Kecuali

pada

Transkripsi RNA Sel Eukariotik

Tidak seperti pada prokariotik, pada jasad eukariotik terdapat tiga macam RNA
polimerase yang bertanggung jawab di dalam proses transkripsi tiga kelas gen.
Pada eukariotik dapat dibedakan tiga kelas gen, yaitu:
1. Gen kelas I (ditranskripsi oleh RNA polimerase I), meliputi gen-gen yang
mengkode 18S rRNA, 28S rRNA, dan 5,8S rRNA.
2. Gen kelas ll ditranskripsi oleh RNA polimerase II, meliputi semua gen yang
mengkode protein dan beberapa RNA berukuran kecil yang ada di dalam
nukleus.
3. Gen kelas III (ditranskripsi oleh RNA polimerase III), meliputi gen-gen yang
mengkode tRNA, 55 rRNA, dan beberapa RNA kecil yang ada di dalam nukleus.

Biosintesis
Asam Nukleat

Analisis Kuanitatif
Polymerase Chain Reaction (PCR)
Microarray
Single Analysis of Gene Expression (SAGE)
Spektroskopi UV-VIS

Polymerase Chain Reaction

Tahap 1 : Denaturasi (pemanasan)
Tahap 2 : Annealing (Pemisahan)
Tahap 3 : Extension (Pemasangan
ulang)
Hasil Deteksi : 2 potongan pendek
pada akhir tahap ke-2
Tujuan : Mendeteksi kelainan

Teori teori Replikasi DNA

Tujuan Percobaan : Mengidentifikasi DNA
dari sebuah sampel dengan cara
fragmentasi DNA.
Tahapan yang terjadi :
1. Pengumpulan sel yang dianalisis
2. Isolasi mRNA
3. Membuat cDNA yang diberi fluoresens
4. Hibridisasi
5. Pembacaan dengan laser

Secara teoritis terdapat tiga hipotesis

tentang replikasi DNA, yaitu konservatif,
semikonservatif, dan dispersif.

Serial Analysis of Gene Expression

Tujuan Percobaan : mengamati
gen dari sebuah sel dalam kode
genetic

Prinsip

percobaan

sequencing

dengan

beberapa

mRNA

yang diuji dengan yang lainnya,

kemudian

diekstrak

dan

dipotong menjadi kecil sehingga

dapat diproses di computer.

Serial Analysis of Gene Expression

Tujuan

Percobaan

Menentukan

konsentrasi dari sampel

Prinsip

dasar

Aplikasi

dari

spektrokopi yang melihat interaksi

antar sampel pada berkas cahaya. Pada
spektroskopi ini, terjadi interaksi antara
energi berupa sinar monokromatis dan
sumber sinar dengan materi molekuler

Analisis Kualitatif
Elektroforesis Gen agrarosa
Hibridisasi in situ
Metode RFLP
(Restriction Fragment Length Polymorphosm)
Sequencing
Bleaching

Elektroforesis Gen Agrarosa

Tujuan Percobaan : Klarifikasi DNA

Prinsip Percobaan : Permisahan fragmen

DNA
panjang

ddengan
rantai

mengamati
dan

perbedaan

muatan

listrik.

Pemisahan dari fragmen dilakukan pada

gel agrarosa pada wadah disamping yang
bertujuan agar rongga yang dihasilkan oleh
sisir DNA dapat dianalogikan sebagai poripori gel dan dilakukan elektroforesis.

Hibridisasi in situ
Metode analisis kualitatif paling umum untuk deteksi asam nukleat untuk
membandingkan 2 DNA dari sumber berbeda.
Terbagi atas Fluoresence in situ hybridization dan Genomic in situ hybridization.
Prinsip dasar :
1. Memanfaatkan probe untuk mendeteksi nukleaotida pada DNA dan RNA.
Pembuatan probe dengan PCR
2. Kemudian probe yang dihasilkan diberi tanda dengan reaksi radioaktif atau
fluorosensi. (agar penanganan sampel lebih mudah) dan kemudian
denaturasi agar terhibridisasi

Elektroforesis Gen Agrarosa

Merupakan salah satu teknik pertama yang
digunakan secara luas
Tujuan : mendeteksi diversitas genetic,
hubungan keluarga dll
Prinsip dasar :
1. Isolasi DNA
2. Pemotongan dengan elektroforesis
3. Transfer DNA dengan Southern Blotting
4. Hibridisasi DNA

Sequencing

Bleaching
1. Pewarnaan Sederhana : mempelajari kegunaan pewarnaa untuk
mempertinggi kontras antar sel dan ciri-cirinya
2. Pewarnaan Gram : Memahami reaksi kimiawi yang terlibat
3. Pewarnaan Tahan Asam : Memahami bakteri yang tahan asam
atau tidak
4. Pewarnaan Granula : Mempelajari
prosedurnya

dasar kimiawi dan kinerja

Fungsi
Asam Nukleat

Fungsi DNA secara Umum

DNA sebagai bentuk kimiawi gen merupakan pembawa informasi
genetik makhluk hidup
DNA harus mengatur perkembangan fenotipe organisme
DNA sewaktu-waktu harus dapat mengalami perubahan sehingga
organisme yang bersangkutan akan mampu beradaptasi dengan kondisi
lingkungan yang berubah.
Oleh karenDNA-A mengandung semua informasi sifat makhluk hidup, ia
juga harus memiliki informasi bagi perbanyakan diri (replikasi).
Gen-gen membawa informasi untuk membentuk protein tertentu.

Fungsi DNA A, DNA B, dan DNA Z

B-DNA

adalah

bentuk

yang

umumnya

diamati

pada

kromosom. B-DNA adalah heliks tangan kanan dengan 10

pasangan

basa

per

putaran.

B-DNA

direplikasi

dan

digunakan dalam transkripsi dan translasi RNA, yang

merupakan molekul yang digunakan untuk sintesis protein.

Fungsi DNA A, DNA B, dan DNA

Z
A-DNA juga heliks tangan kanan. Namun, ada banyak
pasangan basa per putaran. A-DNA memiliki 11
pasangan basa per putaran. Selain struktur yang lebih
kompak, A-DNA mirip dengan B-DNA. Ini adalah
biologis aktif dalam sel, dan membentuk struktur
mengkristal dalam percobaan laboratorium..

Fungsi DNA A, DNA B, dan DNA Z

Z-DNA adalah jenis DNA yang merupakan heliks
tangan kiri. Ia juga dikenal secara biologis aktif dalam
formasi zigzag berulang urutan pasangan basa. ZDNA memiliki 12 pasangan basa per putaran. Z-DNA
berperan dalam transkripsi RNA, yang merupakan
proses sintesis protein untuk menciptakan mRNA dari
untai DNA. mRNA (message RNA) adalah molekul
yang membawa gen ditranskripsi ke ribosom dimana
protein disintesis.

Fungsi RNA (ribonucleic acid)

RNA sebagai Pertahanan Tubuh
Interferensi RNA (RNAi) adalah proses biologis dimana molekul RNA
mengendalikan ekspresi gen dengan cara menghancurkan mRNA
tertentu. Proses RNAi ditemukan di sel-sel eukariotik, termasuk sel
hewan. Dalam proses ini, RNA yang terlibat microRNA (miRNA) dan
small interfering RNA (siRNA).
Perbedaan keduanya hanya terletak di transkrip primer dan bentuknya,
sedangkan

fungsinya

mempertahankan

sel

sama.
dari

kode

RNAi

sangat

nukleotida

transopon) dan mempengaruhi perkembangan.

penting

parasite

(virus

untuk
dan

Fungsi RNA (ribonucleic acid)

Catalytic RNA (Ribozim)
RNA dengan aktivitas enzimatis, (terutama katalitis), sering disebut dengan
ribozymes. RNA katalitik memiliki fungsi dalam replikasi, pemrosessan
mRNA, dan splicing.
Ribozim (Ribonucleic acid enzyme) adalah molekul RNA yang mampu
mengkatalis reaksi biokimia spesifik, sama seperti aktivitas enzim protein.
Fungsi ribozim dalam ribosom (sejumlah besar ribozim terdapat pada
ribosom) adalah menyambungkan asam amino selama sintesa protein dan
sejumlah proses reaksi RNA seperti pemotongan RNA, replikasi viral, dan
biosintesis transfer RNA.

Fungsi RNA (ribonucleic acid)

RNA sebagai Pembawa Kode Genetik
Salah satu fungsi dari RNA adalah sebagai pembawa
kode genetik bagi sebagian mahkluk hidup. RNA juga
memiliki andil dalam hal transfer kode genetik.
Transfer kode genetik ini dapat kita amati dalam
proses sintesis protein. Dalam proses ini, terdapat
tiga buah RNA yang terlibat, yakni mRNA, tRNA, dan
rRNA.

Aplikasi
Asam Nukleat

Oragnisme Transgenik ( DNA

Rekombinan)
Karbid
Silikon (Silicon Carbide)
Suspensi sel tanaman yang akan ditransformasi dicampur dengan
serat silicon carbide dan DNA plasmid dari gen yang diinginkan
dimasukkan

kedalam

tabungEppendorf,

kemudian

dilakukan

pencampuran dan pemutaran denganvortex.

Serat karbid berfungsi sebagai jarum injeksi mikro (micro injection )
untuk memudahkan transfer DNA kedalam sel tanaman. Metode ini
telah digunakan dan menghasilkan tanaman jagung transgenik yang
fertil.

Oragnisme Transgenik ( DNA

Rekombinan)
Penembakan
Partikel (Particle bombardment)
Metoda gene gun atauparticle bombardmentmerupakan teknik
paling modern dalam transformasi tanaman. Metode transfer gen ini
dioperasikan secara fisik dengan menembakkan partikel DNA-coated
langsung ke sel atau jaringan tanaman. Dengan cara partikel dan
DNA yang ditambahkan menembus dinding sel dan membran,
kemudian DNA melarut dan tersebar dalam secara independen.

Oragnisme Transgenik ( DNA

Rekombinan)
Metode
transformasi yang dilakukan atau diperantara
olehAgrobacterium tumefaciens
Teknik ini paling sering digunakan untuk melakukan transformasi
tanaman, terutama tanaman kelompok dikotil. Bakteri ini mampu
mentransfer gen kedalam genom tanaman melalui eksplan baik yang
berupa potongan daunatau bagian lain dari jaringan tanaman yang
mempunyai potensi beregenerasi tinggi

Oragnisme Transgenik ( DNA

Rekombinan)
Klona
Embrio
Klona embrio telah digunakan
untuk

produksi

yang

secara

hewan

genetic

ternak
identik.

Pada sapi atau domba, setiap

kehamilan

biasanya

mengandung
Dengan
akan
peternak

teknik

seekor

anak.

klona

embrio

memungkinkan
untuk

hanya

bagi

meningkatkan

jumlah hewan ternaknya.

Oragnisme Transgenik ( DNA

Klona dengan Transfer Inti
Rekombinan)
Teknik klona dengan transfer inti adalah klon-klon dihasilkan dari satu individu.
Prinsip klona dengan transfer inti adalah dengan memasukkan donor DNA dari
hewan yang karakternya diinginkan ke dalam sel telur hewan yang intinya (DNAnya) telah dihilangkan. Setelah terbentuk embrio, lalu embrio ditanamkan ke
rahim induk hewan yang akan membesarkannya.
Namun, klona dengan transfer inti tidak selamanya memberikan hasil positif
seperti yang diinginkan.Klona domba Dolly melalui sebuah kesulitan yang belum
dapat diatasi sepenuhnya.Kesulitan pertama, tingkat keberhasilan klona transfer
inti sangat rendah.Dari 277sel telur yang diisi dengan inti sel donor, yang berhasil
membentuk blastosis hanya beberapa saja.

Oragnisme Transgenik ( DNA

Terapi Gen
Rekombinan)
Teknik klona dengan transfer inti adalah klon-klon dihasilkan dari satu individu.
Prinsip klona dengan transfer inti adalah dengan memasukkan donor DNA dari
hewan yang karakternya diinginkan ke dalam sel telur hewan yang intinya (DNAnya) telah dihilangkan. Setelah terbentuk embrio, lalu embrio ditanamkan ke
rahim induk hewan yang akan membesarkannya.
Namun, klona dengan transfer inti tidak selamanya memberikan hasil positif
seperti yang diinginkan.Klona domba Dolly melalui sebuah kesulitan yang belum
dapat diatasi sepenuhnya.Kesulitan pertama, tingkat keberhasilan klona transfer
inti sangat rendah.Dari 277sel telur yang diisi dengan inti sel donor, yang berhasil
membentuk blastosis hanya beberapa saja.

Oragnisme Transgenik ( DNA

Antibodi Monoklonal
Rekombinan)
Antibodi merupakan protein yang dihasilkan oleh sistem imunitas vertebrata
sebagai sistem pertahanan untuk melawan infeksi.Masing-masing antibody
memiliki tempat pengikatan yang spesifik, yang hanya mengenali molekul target
yang juga spesifik (antigen).Antibody dapat dihasilkan dengan menyuntikkan
beberapa kali suatu sampel yang berisi antigen ke dalam seekor hewan kelinci dan
kambing.Kemudian

serum

darah

hewan

tersebut

diambil

karena

banyak

mengandung antibody (antiserum).Antiserum tersebut mengandung campuran

antibody yang dihasilkan oleh limfosit-B.

Elektroporasi
Elektroporasi adalah metode transfeksi fisik yang
menggunakan sinyal listrik untuk membuat pori-pori
sementara di membran sel dimana zat seperti asam
nukleat dapat masuk ke dalam sel. Ini bertujuan
memasukkan asam nukleat asing ke berbagai jenis
sel, termasuk bakteri dan sel mamalia.

GMO (Genetically Modified Organism)

Teknik

yang

dilakukan

dalam

proses

rekayasa

genetika ini yakni dengan menggabungkan komposisi

gen dari sebuah organisme dengan menambahkan
gen spesifik yang unggul. Gen merupakan bagian dari
DNA yang mengandung informasi yang menjadi
penentu

sifat

dari

suatu

organisme memiliki DNA (gen).

organisme.

Semua

DNA Fingerprint
DNA fingerprint / tes DNA adalah teknik untuk mengidentifikasi
seseorang berdasarkan pada profil DNA-nya. Teknik ini didasarkan
pada kenyataan bahwa setiap individu, walaupun mempunyai gen
yang sama, tapi pasti punya perbedaan pada materi genetiknya
(DNA).
Prosedur

DNA

fingerprinting

memiliki

kesamaan

dengan

mencocokkan sidik jari seseorang dengan orang lain. Hanya saja

perbedannya adalah proses ini dilakukan tidak menggunakan sidik
jari, tetapi menggunakan DNA individu karena secara individu DNA
seseorang itu unik.

DNA Fingerprint
DNA fingerprint / tes DNA adalah teknik untuk mengidentifikasi
seseorang berdasarkan pada profil DNA-nya. Teknik ini didasarkan
pada kenyataan bahwa setiap individu, walaupun mempunyai gen
yang sama, tapi pasti punya perbedaan pada materi genetiknya
(DNA).
Prosedur

DNA

fingerprinting

memiliki

kesamaan

dengan

mencocokkan sidik jari seseorang dengan orang lain. Hanya saja

perbedannya adalah proses ini dilakukan tidak menggunakan sidik
jari, tetapi menggunakan DNA individu karena secara individu DNA
seseorang itu unik.