BAB 10

Dasar-dasar Biomolekuler IV (Asam Nukleat)

1. Gambarkan struktur nukleosida yang terbentuk dari gabungan basa nitrogen sitosina
dengan β-D-ribosa. Namailah nukleosida ini.

2. Gugus fosfat ditambahkan pada ujung gugus 5’-hidroksil dari nukleosida dalam soal (22)
untuk menentukan nukleotida. Bagaimana struktur dan nama nukleotida ini?

3. Terjemahkan singkatan runutan basa berikut :

(a) A-C-G-U Adenin-Sitosin-Guanin-Urasil
(b) dT-A-C-G Tiamin-Adenin-Sitosin-Guanin
4. Apakah yg dimaksud dengan jembatan fosfo diester dan dimana terdapatnya dan apa
bedanya dengan jembatan ester diposfat?
 Jembatan fosfodiester adalah bagian dari DNA dan RNA yang menghubungkan unit-
untit nukleotida dan terletak di RNA dan DNA. Perbedaan dengan jembatan
esterdifosfat adalah jumlah fosfat yang berikat. Pada esterdifosfat terikat 2 fosfat,
sedangkan fosfodiester hanya ada 1 fosfat yang mengikat 2 gugus ester.
5. Uraikan heliks ganda DNA dengan kata-kata anda sendiri.
 Heliks ganda adalah struktur DNA berupa dua heliks yang sejajar satu sama lain jalin
menjalin di sekitar sumbu. Tersusun atas dua utas polinukleotida yang saling
terhubung oleh ikatan hidrogen yang lemah. Ikatan hidrogen terbentuk antara dua
basa nitrogen pirin dan pirimidin yang saling berpasangan. Basa purin: Adenin
berpasangan dengan basa pirimidin Timin sedangkan basa purin Guanin dengan basa
pirimidin Sitosin. Bentuk heliks ganda berbentuk tangga berkelok-kelok dan
fungsinya agar tidak ada gangguan terjadi pada informasi genetik jika hilang atau
rusak. Satu putaran heliks memiliki panjang 3,4 A (0,33nm), diameter heliks ganda
adalah 20 A (2,0 nm).
6. Lengkapilah serpihan heliks ganda DNA berikut. Tulislah lambang basa yang belum
ada, dan gambarkan ikatan hidrogennya.
dT C C A A
G dC

 DNA : dT-C-C-C-A-A-G
 RNA : A-G-G-G-T-T-dC
7. Sel mengandung dua jenis asam nukleat. Apa namanya?
 DNA (Asam Deoksibonukleat) dan RNA (Asam Ribonukleat)
8. Jelaskan perbedaan nukleosida dan nukleotida.
 Nukleosida adalah sebuah gula pentosa dengan basa nitrogen yang melekat
(gula+basa nitrogen nukleosida)
 Nukleotida adalah sebuah nukleosida dengan gugus fosfat (nukleosida+fosfat
nukleotida)
9. Sebutkan basa nitrogen yang dijumpai dalam DNA. Identifikasikanlah sebagai turunan
purin atau pirimidin.
 DNA terdiri dari empat macam basa nitrogen. Adenin dan Guanin adalah turunan
purin. Timin dan Sitosin adalah turunan pirimidin.
10. Bagaimana nukleotida saling berikatan dalam molekul RNA dan DNA?
 Nukleotida dalam molekul RNA atau DNA saling berikatan satu sama lain melalui
ikatan fosfodiester.
11. Apa arti singkatan berikut: (a) U-G-C-A-G dan (b) A-T-C-G-C? Mana yang ujung 3’
dan ujung 5’?
(a) U-G-C-A-G rantai RNA
5’-Urasil-Guanin-Sitosin-Adenin-Guanin-3’
(b) A-T-C-G-C rantai DNA
5’-Adenin-Timin-Sitosin-Guanin-Sitosin-3’
12. Gambarlah struktur nukleosida yang terbentuk dari gabungan basa adenin dan β-D-
deoksoribosa. Apa namanya?

13. Jenis ikatan apakah yang memegangi heliks ganda DNA?

 Heliks ganda DNA digabungkan menjadi satu oleh ikatan hidrogen di antara
pasangan basa komplementer (A=T) dan (C=G)
14. Dua rantai DNA dalam heliks ganda DNA adalah antipararel. Apakah artinya?
 Dua rantai DNA bersifat antiparalel yang berarti bahwa keduanya berpasangan
secara berlawanan. Salah satu rantai dalam arah 3’ ke 5’ dan rantai pasangannya
dalam arah 5’ ke 3’. Pada setiap gugus gula, terikat salah satu dari empat jenis
nukleobasa.
15. Uraikan proses replikasi DNA.
 Replikasi DNA dimulai dari tempat yang disebut awal replikasi. DNA dimulai
dengan terbukanya pita DNA heliks ganda di daerah awal replikasi. Dengan
terputusnya ikatan antar basa, maka enzim DNA polimerase dapat bekerja
mensintesis pasangan baru. Dengan demikian masing-masing pita DNA berperan
sebagai cetakan bagi DNA anakan. Replikasi DNA bergerak 2 arah dengan enzim
DNA polimerase berbeda untuk masing-masing arah. Replikasi berakhir ketika
kedua enzim DNA polimerase bertemu (ketika 180 dari awal replikasi). Masing-
masing DNA polimerase menyintesis 2 pita DNA anakan dengan cetakan 2 pita
induknya. Karena DNA polimerase bergerak satu arah (dari 3’ ke 5’ DNA induk 5’
ke 3’ DNA anakan), maka terjadi 2 tipe sintesis pita DNA anakan yaitu pita menerus
(leading strand) dan pita sendat (lagging strand). Pita sendat adalah pita DNA
anakan yang dicetak terputus-putus. Urutan replikasi DNA adalah pemisahan 2 pita
DNA induk, sintesis RNA primer, sintesis DNA anakan, pergantian RNA primer
dengan DNA, dan penyambungan pita DNA anakan (menjadi pita sirkuler).
16. Apakah fungsi DNA polimerase?
 DNA polimerase berperan dalam elongasi dan proofreading
a) Elongasi atau pemanjangan rantai menentukan kecepatan berlangsungnya reaksi
polimerasi (nukleotida per detik), yang dinyatakan sebagai prosesivitas yaitu
jumlah nukleotida yang ditambahkan sebelum enzim DNA polimerase ini
melepaskan dirinya dari rantai cetakan.
b) Proofreading adalah aktivitas mengenali kekeliruan pengkopian dan
memperbaikinya.
17. Tulislah runtunan dari rantai untuk rantai RNA komplementer jka DNA mempunyai

runtunan basa sebagai berikut : 5' 3' , tandai kedua

dA T C G C T A
ujung rantai RNA.

 RNA : U-A-G-C-G-A-U
18. Apakah fungsi tRNA? Buatlah sketsa molekul tRNA yang khas.
 Fungsi tRNA : sebagai penerjemah kodon dari RNA duta, sebagai pengikat asam
amino sebagai tRNA disebut antikodon.

19. Apakah setiap basa triplet dari mRNA menyandikan asam amino dalam sintesis protein?
Jelaskan.
 Tiga dari 64 triplet basa yang kemungkinan tidak menyediakan asam amino yaitu
kodon penghenti yang menghentikan sintesis rantai asam amino.
20. Sebutkan asam amino pertama yang selalu tergabung dalam protein dalam sel eukariot.
Ramalkan apa yang terjadi jika asam amino ini tidak ada dalam makanan.
 Dalam sintesis protein apapun dalam sel eukariot, metionin selalu termasuk asam
amino pertama yang digabungkan, jika tidak tersedia metionin dalam sel, sintesis sel
terganggu.