A.

DNA
DNA merupakan materi yang membentuk kromosom-kromosom dan juga
merupakan informasi genetik yang tersimpan dalam tubuh makhluk hidup. Informasi
genetik ini pada dasarnya merupakan kumpulan instruksi/perintah yang mengatur sel
untuk bisa melakukan hal-hal tertentu. DNA singkatan dari deoxyribonucleic acid,
atau dalam Bahasa Indonesia disebut dengan Asam Deoksiribosa Nukleat atau ADN.
Kata deoxyrybo mengacu pada nama gula yang terkandung dalam DNA, yaitu
deoxyrybose (deoksiribosa).

Susunan kimia DNA adalah polimer berupa rantai panjang dari nukleotida.
Perlu diingat bahwa satu nukleotida terdiri dari satu gugus fosfat, satu komponen gula
pentosa (5-karbon), dan satu basa nitrogen. Satu-satunya pembeda tiap nukleotida
ialah basa nitrogen. Hanya ada 4 kemungkinan basa yang terdapat pada tiap satu
nukloetida DNA, yaitu adenine (A), guanine (G), thymine (T), atau cytosine (C).

Variasi urutan dari keempat basa-basa tersebut membentuk suatu kode genetik
pada sel. Mungkin hal ini dirasa aneh, hanya dengan 4 huruf yang terdapat pada
DNA, suatu informasi genetik yang berbeda-beda dapat diwariskan pada keturunan
makhluk hidup. Itu sebenarnya wajar saja, karena pada kromosom terdapat berjuta-
juta nukleotida, maka sangat banyak kombinasi yang berbeda meskipun hanya berasal

1
dari 4 huruf tersebut.

Tiap pita/rantai double helix terbuat dari unit-unit berulang yang disebut
nukleotida. Satu nukleotida terdiri dari tiga gugus fungsi; satu gula ribose,
triphosphate, dan satu basa nitrogen.

Nukleotida

Satu hal yang perlu diingat adalah posisi triphosphate dan basa nitrogen yang
terikat pada ribosa. Gugus triphosphat terikat pada atom C no 5′ dari ribosa (Lihat
gambar di atas). Gugus triphosphate ini hanya dimiliki oleh nukleotida bebas.
Sedangkan nukleotida yang terikat pada rantai DNA kehilangan dua dari gugus
phosphate ini, sehingga hanya satu phosphate yang masih tertinggal.

Ketika nukleotida bergabung menjadi DNA, nukleotida-nukleotida tersebut

dihubungkan oleh ikatan phosphodiester. Ikatan kovalen yang terjadi antara gugus
phosphate pada satu nukleotida, dengan gugus OH pada nukleotida lainnya. Sehingga
setiap rantai DNA akan mempunyai ‘backbone’ phosphate-ribosa-phosphate-ribosa-
phosphate. Dan seterusnya..

2
 Struktur kimia DNA meliputi rantai
nukleotida yang terdiri atas satu gula pentosa,
satu gugus fosfat, dan satu basa nitrogen.
Perhatikan bahwa gula dan gugus fosfat
membentuk bagian punggung DNA (rantai
warna biru), dan dua rantai nukleotida tersebut
tergabung melalui ikatan hidrogen pada basa
nitrogen
Pola pasangan basa : A = T, G = S
Basa C sama dengan S, yaitu sitosin

3
Diameter heliks : 2 nm

Jarak setiap pasang basa : 0,34 nm

Jarak setiap pilinan penuh heliks ganda : 3,4 nm

4
 DNA terdiri atas dua utas benang polinukleotida yang saling berpilin membentuk
heliks ganda (double helix). Model struktur DNA itu pertama kali dikemukakan oleh James
Watson dan Francis Crick pada tahun 1953 di Inggris. Struktur tersebut mereka buat
berdasarkan hasil analisis foto difraksi sinar X pada DNA yang dibuat oleh Rosalind Franklin.
Karena yang difoto itu tingkat molekul, maka yang tampak hanyalah bayangan gelap dan
terang saja.

Foto difraksi sinar X pada DNA (yang di sebelah kanan merupakan hasil foto difraksi
Rosalind Franklin) (Sumber : http://principialuis.tumblr.com)

Seutas polinukleotida pada molekul DNA tersusun atas rangkaian nukleotida. Setiap
nukleotida tersusun atas :

1. Gugusan gula deoksiribosa

2. Gugusan fosfat yang terikat pada atom C nomor 5 dari gula

3. Gugusan basa nitrogen yang terikat pada atom C nomor 1 dari gula

Ketiga gugus tersebut saling terkait dan membentuk “tulang punggung” yang sangat
panjang bagi heliks ganda. Strukturnya dapat diibaratkan sebagai tangga, dimana ibu
tangganya adalah gula deoksiribosa dan anak tangganya adalah susunan basa nitrogen. Fosfat
menghubungkan gula pada satu nukleotida ke gula pada nukleotida berikutnya untuk
membentuk polinukleotida.

5
 Basa nitrogen penyusun DNA terdiri dari basa purin, yaitu adenin (A) dan guanin
(G), serta basa pirimidin yaitu sitosin (C) dan timin (T). Ikatan antara gula pentosa dan basa
nitrogen disebutnukleosida. Ada 4 macam basa nukleosida yaitu :

1. Ikatan A-gula disebut adenosin deoksiribonukleosida (deoksiadenosin)

2. Ikatan G-gula disebut guanosin deoksiribonukleosida (deoksiguanosin)

3. Ikatan C-gula disebut sitidin deoksiribonukleosida (deoksisitidin)

4. Ikatan T-gula disebut timidin deoksiribonukleosida (deoksitimidin)

Ikatan basa-gula-fosfat disebut sebagai deoksiribonukleotida atau sering disebut

nukleotida. Ada 4 macam deoksiribonukleotida, yaitu adenosin deoksiribonukleotida, timidin
deoksiribonukleotida, sitidin deoksiribonukleotida, dan timidin deoksiribonukleotida.
Nukleotida-nukleotida itu membentuk rangkaian yang disebut polinukleotida. DNA terbentuk
dari dua utas polinukleotida yang saling berpilin dan arahnya berlawanan.

Basa-basa nitrogen pada utas yang satu memiliki pasangan yang tetap dengan basa-
basa nitrogen pada utas yang lain. Adenin berpasangan dengan timin dan guanin berpasangan
dengan sitosin. Pasangan basa nitrogen A dan T dihubungkan oleh dua atom hidrogen (A=T).
Adapun pasangan basa nitrogen C dan G dihubungkan oleh tiga atom hidrogen (C≡G).
Dengan demikian, kedua polinukleotida pada satu DNA saling komplemen.Pada tahun 1947,
sebelum ditemukannya struktur molekul DNA, seorang ahli biokimia bernama Erwin
Chargaff menganalisis komposisi basa DNA sejumlah organisme yang berbeda. Hasil

6
analisisnya adalah tiap spesies organisme memiliki komposisi DNA yang berbeda-beda.
Banyaknya keempat basa nitrogen pada tiap spesies tidak sama, tetapi memiliki perbandingan
yang khas. Artinya, tiap spesies memiliki jumlah basa yang khas.

Dalam DNA setiap spesies yang ditelitinya, Chargaff mengemukakan bahwa jumlah
adenin sama dengan jumlah timin dan jumlah sitosin sama dengan jumlah guanin. Selain itu,
urutan basa dan panjang DNA pada tiap spesies berbeda. Dengan 4 macam basa dan DNA
yang panjang, akan terbentuk berbagai kemungkinan urutan basa. Karena gen tersusun dari
urutan basa tertentu, maka jumlah gen pada DNA juga sangat banyak kemungkinannya. Jadi,
hanya dengan 4 macam basa akan terbentuk banyak gen yang menentukan sifat individu.

Apabila dilihat dengan mikroskop elektron , maka struktur DNA akan nampak seperti
berikut :

Gambar Foto DNA yang diambil dengan menggunakan mikroskop elektron. DNA
terdiri dari dua utas polinukleotida yang saling berpilin dengan arah berlawanan.

DNA heliks ganda yang panjang juga mempunyai suatu polaritas. Polaritas tersebut
dikarenakan salah satu ujung rantai DNA merupakan gugus fosfat dengan rantai karbon 5’ –
deoksiribosa pada ujung terminal nukleotidanya. Oleh karena ujung rantai DNA lain
merupakan gugus demikian pula, rantai polinukleotida merupakan suatu polaritas atau
bidireksionalitas polinukleotida 3’———-5’ dan 5’———3’. Polaritas heliks ganda
berlawanan orientasi satu sama lain. Kedua rantai polinukleotida DNA yang membentuk
heliks ganda berjajar secara antiparalel. Jika digambarkan sebagai berikut :

5’ – ATTGTCGAGG – 3’

3’ – TAACAGSTCC – 5’

7
 B. Jenis-Jenis RNA
Molekul RNA dapat dibedakan menjadi 3 kelompok RNA, yaitu mRNA (messenger
RNA), tRNA (transfer RNA) dan rRNA (ribosomal RNA). rRNA adalah RNA yang
digunakan untuk menyusun ribosom. mRNA adalah RNA yang merupakan salinan kode-
kode genetik pada DNA yang dalam proses selanjutnya akan diterjemahkan menjadi urutan
asam-asam amino. tRNA adalah RNA yang berperan membawa asam-asam amino spesifik
yang akan digabungkan pada proses translasi.
1. RNA messenger (mRNA)

 RNA messenger adalah RNA yang menjadi model cetakan dalam proses penyusunan
asam amino pada rantai polipeptida atau sintesis protein.
 Disebut RNA messenger karena molekul ini merupakan penghubung DNA dengan
protein dan membawa pesan berupa informasi genetik dari DNA untuk membentuk
protein.
 Informasi genetik berupa urutan basa nitrogen pada mRNA
 Informasi genetik ini berjajar tiga-tiga sangat panjang (seperti pesan makanan)
 Daftar pesanan dari DNA ke mRNA tersebut akan dibawa ke sitoplasma oleh mRNA
(pelayan) untuk ditunjukkan ke tRNA (sebagai koki)
 Daftar pesanan informasi genetik yang berjajar tiga tiga tersebut yang disebut sebagai
Kodon/ Trikodon/ Triplet
 kodon hanya dipunyai oleh mRNA sebagai daftar pesanan DNA
 Penyusunan rantai polipeptida (protein) tergantung dari urutan kodon pada mRNA
 Hal ini karena tRNA hanyalah pelaksana lapangan sesuai pesanan mRNA yang
membawa pesan DNA, sehingga tRNA tidak berhak menterjemahkan kode genetik.
 maka penentu nama asam amino yang dibawa oleh tRNA dari sitoplasma adalah
mRNA meskipun tRNA sudah menterjemahkan. Artinya Asam amino ditentukan oleh
Kodon mRNA bukan Antikodon tRNA

2. RNA Transfer (tRNA)

8
 Merupakan rantai tunggal yang terdiri dari 73 sampai 93 ribonukleotida.
 Mengandung banyak basa-basa yang tidak biasa, umumnya sekitar 7 sampai 15 per
molekul. Beberapa diantaranya merupakan derivat metil atau dimetil A, U, C dan G
yang dibentuk oleh modifikasi enzimatik suatu prekursor tRNA. Metilasi mencegah
pembentukan pasangan-pasangan basa tertentu, sehingga menyebabkan beberapa basa
dapat digunakan untuk proses interaksi yang lain. Selain itu metilasi juga memberikan
sifat hidrofobik pada beberapa bagian dari tRNA itu, yang boleh jadi penting untuk
interaksinya dengan sintetase dan protein-protein ribosom juga untuk peristiwa
melipat rantaimya.
 Ujung 5’ tRNA mengalami fosforilasi. Biasanya residu pada ujung 5’ itu adalah pG.
 Urutan basa pada ujung 3’ pada suatu tRNA yang matang adalah CCA. Asam amino
yang telah diaktifkan melekat pada gugus hidroksil-3’ adenosin terminal.
 Bentuknya seperti daun semanggi (clover leaf) dan memiliki 4 lengan utama :
{salah 1 lengan mengandung 3 nuklotida (antikodon)}
a. Acceptor Arm (lengan akseptor)
 Terdiri dari pasangan basa terminal (basa akhir/ paling ujung) CCA (5’ ke 3’)
 3’ hidroksil adenosil berikatan ester dgn karboksil asam amino.
 Lengan ini mempunyai 7 pasang basa nitrogen.
 fungsi : sebagai tapak pelekatan asam amino spesifik

9
 b. Antikodon Arm
 Ciri : mempunyai 5 pasang basa nitrogen
 fungsi : mengandung triplet nukleotida (antikodon) yang nantinya akan
 berpasangan dengan kodon yang ada pada mRNA
c. D Arm
 Ciri : punya 3 atau 4 pasang basa nitrogen
 Mengandung dihidrourasil.
 fungsi : merupakan salah satu tapak penting bagi pengenalan jenis tRNA
tertentu secara tepat oleh aminoasil-tRNA sintetasenya yang sesuai
d. TѱC Arm
 Ciri : punya 5 pasang basa nitrogen
 Mempunyai urutan T, pseudourasil, dan C
 fungsi : berperan dalam pengikatan aminoasil tRNA ke permukaan ribosom,
pada tapak sintesis protein.
 Terdapat lima kelompok basa yang tidak berpasangan yaitu daerah ujung 3’-CCA,
lengkung TѱC (ribotimin-pseudourasil-sitosin), bagian lengan ekstra yang
mengandung jumlah residu yang bervariasi, lengkung DHU yang mengandung
beberapa residu dihidrourasil dan lengkung antikodon
 Lengkung antikodon terdiri dari tujuh basa dengan urutan :
5’-pirimidin-pirimidin-X-Y-Z-purin yang termodifikasi-basa bervariasi-3’
 tRNA mempunyai fungsi menerjemahkan kodon yang terdapat pada mRNA menjadi
satu jenis asam amino.
 Kemampuan menerjemahkan ini disebabkan oleh adanya antikodon yang merupakan
komplemen dari kodon mRNA.
 tRNA juga berfungsi mengangkut asam amino ke permukaan ribosom pada saat
translasi
 Translasi adalah proses penerjemahan urutan nukleotida mRNA menjadi urutan asam
amino polipeptida

3. RNA ribosom (rRNA)

10
  rRNA merupakan rRNA terbanyak, sekitar 83% dari RNA yang dikandung oleh suatu
sel.
 rRNA berperan dalam sintesis rantai protein sebagai tempat pertemuan mRNA dan
tRNA. (rRNA merupakan salah satu penyusun ribosom)

A. Proses Pembentukan RNA

1. Proses pembentukan rRNA
rRNA yang telah terbentuk, selanjutnya digunakan untuk menyusun ribosom
melalui biosintesis ribosom.
 Biosintesis Ribosom Pada Sel Eukariotik

Pada peristiwa ini, Enzim RNA Polymerase mentranskripsi untai cetakan

DNA (template) ke dalam RNA. Enzim polymerase ini harus mengenali tempat
spesifik di dalam promoter untuk memulai transkripsi yang tepat. Pada sel eukariotik
faktor yang berperan penting dalam meletakkan RNA polymerase pada tempat yang
tepat ini (daerah promoter) adalah TATA Box.
Gen RNA ditranskripsikan sebagai unit, yang masing-masing mengkodekan

11
 (dari 5’ ke 3’) RNA ribosom 18S, 5,8S, dan 28S. Sebagai transkrip primer adalah
sebuah molekul 45S yang sangat termetilasi di dalam nukleolus. Di dalam prekusor
45S, segmen 28S yang terbentuk memiliki 65 gugus ribose-metil dan 5 gugus basa-
metil. Metilasi hanya dialami oleh bagian prekusor yang akan membentuk molekul
mRNA stabil. Prekusor 45S akan mengalami pemrosesan nukleolitik, pemrosesan
rRNA diperantarai oleh serangkaian reaksi endonukleolisis dan eksonukleolisis.
Hampir seluruh transkrip primer asli diuraikan melalui reaksi nukleolitik ini.
Selama pemrosesan rRNA, terjadi metilasi lebih lanjut dan pada akhirnya di dalam
nukleolus terjadi perakitan sendiri antara rantai 28S dengan sekitar 50 buah protein
ribosom, untuk membentuk sub unit 60S yang berukuran lebih besar. Molekul rRNA
5,8S yang juga terbentuk dari prekusor RNA 45S didalalam nukleolus akan menjadi
bagian integral dari sub unit ribosom yang lebih besar. Sub unit ribosom yang
berukuran lebih kecil (40S) terbentuk melalui pengikatan sekitar 30 buah protein
ribosom dengan molekul rRNA 18S.
 Biosintesis Ribosom Pada Sel Prokariotik

Secara keseluruhan proses pembentukan ribosom pada prokariotik sama

dengan pembentukan ribosom pada eukariotik. Hasil transkripsi berupa prekusor 30S
yang terdiri dari 16S, 23S, 2 tRNA, 5S RNA dan daerah specer. Prekusor 30S
selanjutnya akan mengalami proses splicing dan metilasi lanjut dan pada akhirnya di
dalam sitoplasma terjadi perakitan sendiri antara rantai 16S dengan sekitar 21 buah
protein ribosom, untuk membentuk sub unit kecil 30S. Sedangkan sub unit besar 50S
terbentuk dari pemrosesan lanjut dari segmen 23S yang berikatan dengan sekitar 34
buah protein. Segmen 5S tRNA terdapat dibagian sub unit besar dan kecil.

12
2. Proses pembentukan mRNA
Pembentukan mRNA terjadi melalui proses transkripsi DNA. Pada ujung 5’
rantai mRNA segera dimodifikasi.
a. Capping 5’ mRNA
Satu phospat dilepaskan dengan cara dihidrolisis. Ujung 5’ diphospat kemudian
menyerang atom phospat alpha pada GTP untuk membentuk suatu ikatan 5’-5’
triphospat yang tidak biasa. Nitrogen no 7 pada guanin terminal kemudian dimetilasi
oleh S adenosil metionil untuk membentuk tudung 0. Ribosa yang bersebelahan bisa
dimetilasi membentuk tudung 1 dan tudung 2. Tudung meningkatkan stabilitas
mRNA dengan cara melindungi ujung 5’nya terhadap hospatase dan nuklease. Selain
itu juga tudung meningkatkan translasi mRNA pada proses sintesis protein eukariot.
5’ capping splicing

b. Penambahan polyadenosil pada ujung 3’

Pada ujung ekor sebagian besar mRNA ekukariot mempunyai suatu ekor poliadenilat
(poli A) pada ujung 3’nya. Ekor poli A ini tidak disandi oleh DNA. Selain itu,
nukleotida yang mendahului nukleotida bukan nukleotida terakhir yang
ditranskripsikan. Transkrip awal pada eukariot dipotong oleh suatu endonuklease

13
 spesifik yang mengenali urutan AAU AAA. pemotongan tidak terjadi bila ada delesi
urutan ini atau suatu segmen kira-kira 20 nukleotida pada sisi 3’. Adanya urutan
internal AAU AAA pada beberapa mRNA yang matang menunjukkan bahwa AAU
AAA hanya merupakan sebagian dari sinyal pemotongan. Setelah pemotongan oleh
endonuklease, suatu poli A polimerase menambahkan sekitar 250 residu A pada ujung
3’. Donor pada reaksi ini adalah ATP.
Peranan ekor poli A sekarang menjadi lebih jelas. Sintesisnya dapat
dihambat oleh 3’ deoksi adenosin (kordisepin), yang tidak menganggu sintesis
transkrip primer. mRNA yang sama sekali tidak memiliki ekor poli A dapat
dikeluarkan dari inti. Suatu mRNA yang tidak memiliki ekor poli A biasanya
merupakan cetakan untuk mensintesis protein yang efektifitasnya jauh kurang
dibandingkan dengan yang mempunyai ekor poli A. Selain itu suatu ekor yang
panjang melindungi molekul mRNA dari pemotongan oleh nuklease.
c. Splicing
Meskipun rangkaian nukleotida di dalam intron berbagai transkrip eukariotik dan
bahkan di dalam satu transkrip tunggal terlihat sangat heterogen, terdapat rangkaian
yang cukup terlestarikan pada setiap satu atau dua taut ekson-intron serta pada tapak
percabangan, yang terletak 20-40 nukleotida disebelah hulu tapak penyambungan
3’.sebuah struktur istimewa yang dinamakan spliceosome, terlibat di dalam proses
konversi transkrip primer menjadi mRNA. Spliceosome terdiri atas transkrip primer ,
5 RNA nucleus yang kecil dan lebih dari 50 buah protein. Keseluruhan bangunan ini
membentuk sebuah kompleks nucleoprotein kecil (snRNP) yang kadang-kadang
disebut snurp. Snurp diperkirakan bekerja mengatur posisi segmen RNA bagi reaksi
penyambungan yang diperlukan. Reaksi penyambungan dimulai dengan memotong
pada taut ekson 5’ (donor atau kiri) dan intron. Pemotongan dilakukan lewat serangan
nukleofilik oleh residu adenilil di dalam rangkaian titik cabang yang terletak tepat di
sebelah hulu ujung 3’ intron ini. Ujung 5’ kemudian membentuk gelungan (loop) atau
struktur lariat, yang lewat suatu ikatan fosfodiester 5’-2’ yang tidak lazim,
dirangkaikan pada A yang reaktif di dalam rangkaian tapak cabang PyNPyPyPuAPy.
Residu adenilil secara tipikal terletak 28-37 nukleotida disebelah hulu ujung 3’ intron
yang dikeluarkan. Tapak cabang akan mengidentifikasi tapak penyambungan 3’.
Pemotongan kedua dilakukan pada taut intron dengan ekson 3’(donor atau kanan).
Pada reaksi transesterifikasi yang kedua ini, gugus 3’ hidroksil ekson hulu akan
menyerang gugus 5’ fosfat pada perbatasan ekson-intron di sebelah hilir, dan struktur

14
 lariat yang mengandung intron akan dilepas serta dihidrolisis. Ekson 5’ fdan 3’
diligasi untuk membentuk sebuah rangkaian yang berkesinambungan.
Molekul snRNA dan protein berhubungan diperlukan untuk membentuk
berbagai struktur serta intermediat. U1 merupakan yang pertama-tama berikataan
dengan taut intron-ekson 5’, melalui pembentukan pasangan bas. U2 klalu berikatan
melalui pembentukan pasangan basa pada tapak percabangan, dan hal ini akan akan
memajan residu A yang nukleofilik. Berikutnya kompleks U5/U4/U6 menyatu
dengan spliceosome. Proses pembentukan lilitan yang diperantarai oleh protein dan
bergantung ATP ini akan mengakibatkan disrupsi kompleks U4/U6 yang berpasangan
basa dengan dilepaskannya U4. U6 kemudian menjadi mampu berinteraksi pertama-
tama dengan U2, dan kemudian dengan U1. Interaksi di atas berfungsi mendekatkan
tapak penyambungan 5’, tapak percabangan dengan A reaktifnya, dan tapak
penyambungan 3’; penyegarisan dibantu oleh U5. Proses ini juga mengakibatkan
pembentukan gelungan atau struktur lariat. Kedua ujung diputus mungkin oleh
kompleks U2/U6. U6 jelas merupakan struktruktur yang esensial karena ragi yang
kekuranga snRNP tidak akan dapat hidup. Perlu diperhatikan bahwa RNA berfungsi
sebagai preparat katalitik. Rangkaian ini kemudian diulang dalam gen yang
mengandung intron multipel. Pada keadaan seperti ini, terdapat sebuah pola pasti
tyang akan diikuti setiap gen, dan intron tidak harus dikrluarkan secara berangkaian 1
kemudian 2 kemudian 3, dst.
Hubungan antara hnRNA dan mRNa matur yang bersesuaian di dalam sel
eukariotik kini sudah jelas. Molekul hnRNA adalah transkrip primer sekaligus
berbagai produknya yang mengalami pemrosesan dini, yang sudah terjadi
penambahan tudung dan ekor poli A serta pengeluaran yang bersesuaian dengan
intron, di bawa ke sitoplasma sebagai molekul mRNA matur.

3. Proses pembentukan tRNA

15
 Pada eukariot, prekursor tRNA dikonversi menjadi tRNA matang melalui
serangkaian perubahan:

16
 Pemutusan kepala 5’ oleh Ribonuklease P (RNase P). Proses ini membutuhkan
ribonukleo komplek. Transkrip awal yang mempunyai 950 nukleotida dipecahkan
oleh Ribonuklease P pada sisi 5’ nukleotida pertama setiap tRNA matang yang
akan dibuat.
 penggantian UU pada ujung 3’ menjadi CCA
pemangkasan UU oleh ribonuklease D dan dilanjutkan dengan penambahan CCA
pada ujung 3’ tersebut.
 Modifikasi sejumlah basa
beberapa basa pada tRNA dimodifikasi secara khas dengan proses metilasi,
beberapa lainnya dengan proses deaminasi ataupun dengan reduksi. Delapan atau
lebih residu nukleotida semua tRNA memilki basa termodifikasi yang tidak umum
dijumpai, banyak diantaranya merupakan turunan metil basa utamanya. Basa yang
tidak umum dijumpai tersebut antara lain inosin (I), pseudouridin (ѱ),
dihidrouridin (UH2), ribotimidin (T), metilinosin (mI), metilguanosin (mG) dan
dimetilguanosin (m2G).

 proses potong sambung (splicing) untuk membuang intron

proses potong sambung prekursor tRNA dimulai dengan pemutusan ikatan
fosfodiester antara ekson arah ke hulu dan ujung 5’ intron dan ekson arah ke hilir
dengan ujung 3’ intron. Intron dengan 14 nukleotida yang terletak langsung
setelah antikodon dipotong oleh suatu endonuklease yang menghasilkan 2’,3’-
fosfat siklik pada ujung ekson di hulu dan 5’ –OH pada ujung ekson di hilir.

17
 C. STRUKTUR RIBOSOM

Ribosom merupakan organel berbentuk butiran kecil (nucleoprotein) yang tersebar di

dalam sitoplasma dan ada yang melekat pada permukaan eksternal dari Retikulum
Endoplasma. Ribosom merupakn struktur yang paling kecil yang tersuspensi dalam
sitoplasma sel. Ribosom berupa organel kecil berdiameter antara 17-20 µm yang tersusun
oleh RNA ribosom dan protein. Tiap ribosom terdiri dari 2 sub unit yang berbeda ukuran.
Dua sub unit ini saling berhubungan dalam suatu ikatan yang distabilkan oleh ion
magnesium. Jumlah ribosom didalam suatu sel sangat banyak dan berbeda-beda sesuai
dengan jenis organismenya. Ribosom berfungsi untuk tempat sintesis protein.

Ribosom terdiri dari dua sub-unit, ialah sub-unit kecil, dan subunit besar. Pada
dasarnya ribosom pada eukariot sedikit lebih besar dibanding ribosom prokariot. Masing-
masing subunit tersusun atas bagian protein dan bagian rRNA. RNA ribosom/rRNA disintesis
di dalam nukleolus inti sel dan diekspor dan difungsikan di sitoplasma. Secara tiga dimensi
unit besar dapat digambarkan seperti mempunyai tangan berjumlah tiga, sedangkan pada sub
unit kecil ribosom tidak memiliki tonjolan yang mirip tangan tersebut. Keduanya sub unit
ribosome bersama-sama menyusun nucleoprotein. Kedua subunit itu hanya bergabung pada
saat melaksankana sintesis protein. Jika telah selesai sub-unit ribosom itu akan melakukan
disosiasi.
Di dalam ribosom juga diketahui memiliki bagian atau tempat E,P,A, masing-masing
bagian ini memiliki fungsi yang berbeda. Tempat P (tempat tRNA peptidil), mengikat tRNA
yang membawa rantai polipeptida yang sedang tumbuh, sementara tempat A (tempat amino-
asil) mengikat tRNA yang membawa asam amino berikut yang akan ditambahkan pada rantai

18
polipeptida. tRNA yang tidak bermuatan meninggalkan ribosom dari tempat E(tempat
keluar). Bertindak seperti alat penjepit, ribosom mengikat tRNA dan mRNA agar tetap
berdekatandan menempatkan asam amino baru untuk penambahan pada ujung karboksil dan
rantai polipeptida yang sedang tumbuh.

Pada permukaan ribosom, butiran nukleoprotein memiliki dua letak persebaran.

Butiran nukleoprotein yang tersebar bebas pada sitoplasma disebut ribosom bebas.
Sementara, butiran nukleoprotein yang menempel pada permukaan retikulum endoplasma
disebut ribosom terikat. Ribosom bebas berperan dalam proses sintesis enzim. Enzim yang
dihasilkan berfungsi menjadi katalisator di dalam cairan sitosol. Adapun ribosom terikat
berguna dalam sintesis protein.
Ribosom prokariot mempunyai massa total molekuler 2.520.000 dalton dengan
ukuran 29 nm x 21 nm (1 nm = 10A0). Ribosom eukariot lebih besar, 4.220.000 dalton
dengan ukuran (32 nm x 22 nm).
Ukuran ribosom ditentukan dengan analisis sedimentasi. Ribosom seperti banyak
makromolekul dan perakitan multimolekul berukuran sangat besar dan sukar untuk diduga
beratnya, suatu cara untuk mengukur yaitu dengan mengukur kecepatan pengendapan pada
larutan padat (sering digunakan sucrose) dengan kekuatan sentrifugasi 700.000 gr atau lebih.
Koefisien sedimentasi ini dinyatakan sebagai nilai S (S=unit Svedberg).Satuan “S”
merupakan singkatan dari kata “Svedberg”. Kata ini diambil dari nama Theodor Svedberg.
Theodor (The) Svedberg (30 Agustus 1884 – 25 Februari 1971) adalah seorang kimiawan
Swedia dan pemenang Hadiah Nobel Kimia. Karyanya tentang koloid mendukung teori gerak
Brown yang dilanjutkan oleh Einstein dan geofisikawan Polandia Marian Smoluchowski.

19
Dalam karya ini, ia mengembangkan teknik ultrasentrifugasi analitik, dan menunjukkan
pemanfaatannya dalam membedakan protein murni satu sama lain. Satuan svedberg (simbol
S) merupakan satuan waktu yang besarnya setara dengan 10-13 s atau 100 fs (femto second).

Selain koefisien Svedberg, laju pengendapan juga dipengaruhi oleh factor – factor lain
yaitu berat molekul, berat makro molekul, atau rakitan makro molukernya. Ribosom
prokariota memiliki koevisien sedimentasi 70S, sedangkan pada sel eukariota koefisien
sedimentasinya 80S.

Ribosom sel prokariota, bila berada di dalam larutan dengan kadar Mg ++ rendah
misalnya 0,2 mm akan mengalami tersepai (terdisosiasi) menjadi 2 sub unit yang berbeda
ukuran maupun koefisien sedimentasinya. Sub unit besar memiliki koefisien sedimentasi 50S,
sedangkan pada yang kecil koefisien sedimentasinya 30S.

Sejak Semua protein dan RNA dari sub unit ribosom prokariot dapat di isolasi hal ini
yang memungkin untuk menerangkan proses penyususnan ribosom melalui studi
rekombinasi. Hal ini menunjukkan bahwa penyusunan sub unit dan penggabungan
membentuk ribosom yang fungsional (mampu mentranslasi mRNA menjadi protein) yang
terjadi secara spotan secara invitro bila komponen rRNA dan protei dapat digunakan.
Penyusunan dapat dilakukan dengan sendiri dan struktur komplomen dari molekul protein
dan RNA ribosom yang diproses melalui pembentukan ikatan hydrogen dan interaksi
hidrofobik.

Penambahan protein tertentu pada pembentukan sub unit dapat memudahkan

penambahan dan pengikatan lain. Bila protein L ditambahkan pada RNA 16S atau bila
protein S ditambahkan pada RNA 5S dan 23S, maka tidak akan terjadi penyusunan. RNA sub
unit 20S dari satu jenis spesies dapat bergabung dengan protein S dari prokariot yang lain
akan membentuk subunit-subunit fungsional, juga untuk protein dan RNA 50S dari prokariot
yang berbeda. Penyusunan sub unit dan pembentukan monomer fungsional hibrida ini
ternyata sulit karena protein dan dan RNA ribosom dari prokariot yang berbeda pada
kenyataannya mempunyai struktur primer yang berbeda. Jadi jelas bahwa struktur sekunder
dan tersier yang sangat amat mirip lebih penting dalam interaksi rRNA protein, Jadi
meskipun beberapa protein ribososm dari sel ragi, retikolosit, dan hati tikus dapat diganti oleh
protein dari E.coli, namun monomer hibrida yang terbentuk dari sub unit prokariot dan
eukariot ini tadak akan berfungsi dalam sistesis protein.

20
 Pada prokariotik subunit ini mempunyai koefisien sedimentasi 50 S dan 30 S,
kemudian kedua sub unit tersebut masing-masing terdiri dari dua komponen yaitu protei dan
RNA. Sub unit 50 S memiliki 2 molekul RNA yaitu 23S dan 5Sserta 34protein. Sedangkan
pada ribosom eukariot memiliki koefisien sedimentasi 80S dengan sub unit besar
60S( memiliki 3 molekul RNA dan 45 macam protein) dan pada sub unit kecil terdiri dari 1
molekul RNA dan 30 macam protein.
Tabel Komposisi ribosom prokariotik dan eukariotik
Ribosom Prokariotik Eukariotik
Koefisien sedimentasi 70 S 80 S
Massa molekul (Dalton) 2.520.000 4.220.000
Jumlah subunit 2 2
Subunit besar
Koefisien sedimentasi 50 S 60 S
Massa molekul (Dalton) 1.590.000 2.820.000
Molekul RNA
Jumlah 2 3
Ukuran 23 S dengan 3000 nukleotida 28 S dengan 5000 nukleotida
5S 5,8 S

21
 5S
Jumlah polipetida 31 49
Subunit kecil
Koefisien pengendapan 30 S 40 S
Massa molekul (Dalton) 930.000 1.400.000
Molekul RNA
Jumlah 1 1
Ukuran 16 S 18 S
Jumlah polipeptida 21 33ss

Komposisi kimia dari ribosom antara lain sebagai berikut :

1.   Asam Nukleat Ribosom
a.   Sub unit besar dibentuk dari protein dan RNA dalam kuantitas yang seimbang,
mengandung 2 tipe rRNA, yakni:
-   Satu rRNA 28S
-   Satu rRNA 5S
b.  Sub unit kecil mengandung r RNA 18s
Diketahui bahwa, dengan ketiadaan RNA 185, maka sub unit besar tidak dapat
berasosiasi pada sub unit kecil. Sedangkan RNA 28s memungkinkan asosiasi
tersebut. RNA SS melekat pada sequence asam nukleat ini yaitu tRNA. Bilamana
terbaca maka tRNA melekat pada site yang merupakan bagian RNA 285.
Perpindahan dari tRNA yang melekat pada molekul mRNA menyebabkan
pergerakan translasi mRNA masing-masing.
2.   Protein Ribosomal
a.   Sub unit kecil (30S prokariot): 21 protein digambarkan berturut-turut dengan huruf S
dan satu angka antara 1 dan 21 (S1, S2, S21). Berat moleku130.000 - 40.000 Dalton.
Berada pada permukaan ribosom, mengelilingi rRNA. Protein memainkan peranan
sebagai reseptor pada faktor pemanjangan sedangkan yang lainnya mengontrol
transducti.
b.   Sub unit besar: 33 protein dikenal sebagai Li sampai L33. Terlibat dalam:
 Translokasi oleh adanya GTP (melekat pada ribosam) yang memberikan energi
untuk memindahkan inRNA dan pembebasan tRNA asetil.
 Fiksasi (protein L7 dan L1z) dari suatu faktor pemanjangan (EF-6)

22
  Dalam pembentukan suatu ikatan peptida antar rantai peptida yang telah dibentuk
dan suatu asetil-NH2 baru.
 Dalam konstruksi suatu alur longitudinal, menempatkan rantai protein dengan
pembentukan dan melindunginya meiawan enzim proteolitik. Alur ini memiliki
panjang sesuai dengan rantai polipeptida 35 asetil-NH2.

Struktur ribosom prokariotik dan eukariotik

1. Struktur ribosom prokariotik

Ribosom prokariot mengandung RNA dan protein. Pada subunit ribosom prokariot
mengandung satu molekul RNA yaitu RNA 16S (BM 0.6 X 106) sedangkan subunit besar
mengandung 2 molekul RNA yaitu RNA 23S (BM 1.6 X 106) dan RNA 5S (BM 3.2 X 104).
Ketiga RNA merupakan produk transkripsi secara tertutup dari rantai gen dalam urutan 16 S -
23 S - 5 S.
Protein sub unit kecil memiliki berat molekul antara 10.900 (S17) sampai 65.000 (S1),
sedangkan protein sub unit besar antara 9600 (L34) sampai 31500 (L2). Umumya protein
ribosom bersifat basah, kaya akan asam amino basah dan mempunyai titik isoelektrik pada
ph 10 atau lebih, kira –kira 33 dari 55 protein telah diurut (13 dari sub unit kecil dan 20 dari
sub unit besar). Bersamaan dengan penelitian mengenai RNA, dengan anggapan bahwa
ribosom prokariot merupakan organel yang dipahami dengan baik dalam hal struktur dan
fungsinya.
a) Gen – gen RNA dan Protein ribosom

Genom dari E. coli dan prokariotik terdiri dari molekul DNA tunggal, panjang, bulat, dan
tersusun dengan rapat daerah inti sel. Panjang kromosom E. coli sekitar 1300 mm dab
sekitarnya mengandung 3 daerah terpisah yang mengkode rRNA. Setiap daeah terdiri dari
gen – gen rRNA 5S, 32S, dan 16S yang satu sama lain terjalin rapat. Karena 5 -10 tiruan dari
taip gen terjadi dalam Genom, maka lebih dari satu tiruan dari tiap gen yang mungkin ada
dalam tiap daerah rRNA.
Gen yang mengkode protein ribosom sedikitnya terdapat pada dua daerah yang terpisah
dari kromosom E. coli. Daerah yang sama akan tampak berisi gen –gen untuk RNA
polymerase, beberapa tRNA dan factor pemanjangan yang diperlukan untuk sisntesis RNA
polimerisasi, beberapa tRNA dan factor pemanjangan yang diperlukan untuk sintesis protein.
Gen terdistribusi minimal diantara 4 operator, setiap operor berisi dua belas (12) atau lebih

23
protein.

L15 L30 S5 L18 L6 S8 S14 L5 L24 L14 P

b) Model Ribosom Prokariot

Meskipun komposisi ribosom dan interaksi dari komponennya sudah diketahui, namun
masih sulit untuk mengusulkan suatu model dari struktur ribosom, karena terlalu kexcil untuk
diamati dengan mikroskop electron dan dalam tekhnik isolasi serta penyediaan ribosom untuk
dapat merubah bentuk dan organisasi ribosom. Suatu model usulan yang sesuai dengan
monomer ribosom dan sub unit-unit berdasarkan data pengamatan mikroskop.

Sub unit 30S mempunyai bentuk olipsoid mempunyai dimensi 60 X 200À. Pada poros
yang panjang terdapat bagian yang menjorok kedalam.sehingga bagian itu membagi sub unit
dalam 1/3 dan 2/3 bagian. Sub unit besar bentuknya lebih bulat, mempunyai dimensi 150 x
200 x 200 À dan memiliki bagian dan menarik pada salah satu permukaannya. Penggabungan
sub unit membentuk monomer 70S terjadi pada kedua sisi sub unit-subunit tersebut dan
terbentuk suatu lorong. Monomer 70S mempunyai diameter maksimum sekitar 400 À.

Model ini merupakan bukti morfologi dan biokimia yang mendukung pendapat bahwa
lorong pada monomer digunakan pada mRNA dan amino asil tRNA selama sintesis protein.

2. Ribosom pada sel Eukariotik

Ribosom pada sitoplasma sel eukariotik yang mempunyai koefisien sedimentasi 80S yang
tersusun dari sub unit masing – masing koefisien sedimentas 40S dan 60S. sedangkan pada
sel prokariot adalah 70S. dan dibentuk oleh sub unit 30S dan 50S. ribosom yang lengkap,
yang dibentuk oleh sub unit – unitnya yang disebut monomer.

Kadar protein pada ribosom dari ke dua sumber prokariot dan eukariot hamper sama
yaitu sekitar 30 – 45 % (berat), dan sisa nya berupa RNA. Perbedaaan antara ke 2nya terletak
pada komponen protein dan RNA Spesifik yang tidak mengandung karbohidrat dan lipid. Ion
Mg yang berfungsi untuk mempertahan struktur ribosom. Penguraian menjadi sub unit – unit
terjadi bila Mg++ di keluarkan. Tempat yang tepat untuk Mg++ ini belum diketahui pasti
mungkin berinterksi dengan ion fosfat yang terionisasi RNA sub unit.

Ribosom sitoplasma memiliki koefisien sedimentasi 80S yang terbentuk dari sub unit
40S. selain itu didalam sitoplasma ribosom terdapat dalam dua keadaan yaitu

24
 i. Berhubungan dengan membran sel, pada retikulum endoplasma serta dalam sintesis
protein jaringan sekresi atau ginjal.
ii. Terdistribusi secara bebas di dalam sitosol dan mensintesis protein yang dikenal
didalam sel.

a) Struktur Ribosom pada Eukariotik

Sub unit kecil eukariotik mengandung molekul RNA18S (BM 0,7x 10), sedangkan sub
unit besar mengandung RNA 28S (BM 1,7x10), RNA 5S (BM 2,0x 10), dan RNA 5,8S (BM
5,0x 10).

RNA 18S, 5,8S dan 28S merupakan hasil transkripsi dari gen yang berhubungan dalam
kromosom pada daerah pengatur inti (NOR) dari inti sel. RNA 5S dalah produk trankripsi
primer, bukan dari pemutusan pada pos transkripsi precursor RNA prikariot dilepas secara
berurutan dari transkrip yang sedang tumbuh, sedangkan pada eukariot dihasilkan suatu
transkrip tunggal dengan berat molekul tinggi yaitu 45S yang mengandung precursor 18S,
5.8S, dan 28S. Tahap awal membagi 45S RNA menjadi dua bagian yaitu bagian besar (41S)
yang akhirnya akan menjadi RNA 5.8S dan 28S. Dan bagian kecil menghasilkan 18S.

Ribosom selain mengandung RNA juga protein. Subunit kecil mengandung 30 protein
(S1, S2, dan lain-lain) dan subunit besar mengandung 40 protein (L1, L2, dan lain-lain).
Selain jumlahnya lebih banyak , protein ribosom eukariot juga memiliki berat molekul yang
sangat besar.

Tiap ribosom mempunyai dua tempat pengikatan tRNA, yang masing-masing dinamakan
tapak aminoasil (tapak A) dan tapak peptidil (tapak P). Molekul aminoasil-tRNA yang baru
memasuki ribosom akan terikat di tapak A, sedangkan molekul tRNA yang membawa rantai
polipeptida yang sedang diperpanjang terikat di tapak P.

b) Pembentukan ribosom pada eukariot

RNA 45S hasil transkripsi bergabung dengan protein (RNP), tetapi tidak semua molekul
kompleks tersebut menjadi bagian dari sub unit ribosom yang lengkap. Ada berapa protein
yang dilepaskan seperti pada sintesis RNA. Nukleoptioda kembali ke kelompok nukleolar
dan digunakan kembali. Protein yang di tahan selama proses kemudian bagian sub unit yang
sempurna disebut protein ribosom.

25
 Pemutusan kompleks RNP secara enzimatis menghasilkan 3 kelompok Frakmen, yaitu :

i. Frakmen pertama (1), berisi spacer RNA nukleolar protein (spacer RNA dihasilkan
dari transkripsi rDNA dan bukan spacer DNA diantara gen). spacer RNA di hidrolisis
dan nukleolar protein yang bebas kembai pada kumpulannya.
ii. Fragmen kedua (2), berisi suatu kompleks dari RNA 18S dan protein Ribosom
tertentu yang akhirnya menghasilkan sub unit ribosom 40S dalam sitoplasma.
iii. Fragmen ketiga (3), berisi RNA 28S dan 5,85 dan protein ribososm yang bergabung
dengan RNA 5S hasil transkripsi gen rDNA ekstra nukleolar. Kompleks ini ada di
dalam inti menghasilkan sub unit 60S dalam sitoplasma.

Seperti halnya pada gen – gen untuk RNA 45S, gen – gen RNA 5S ekstra nukleolar
terdapat dalam kelipatan dua.

c) Model Ribosom Eukariot

Morfologi ribosom eukariot hampir sama dengan ribosom prokariot, perbedaannya

terletak pada ukuran BM, konstanta sedimentasi, ukuran rRNA, jumlah rRNA, dan protein
yang lebih besar. Sub unit 40S berbentuk elips soid yang agak pipih berdimensi 115 x 140 x
230A, dan seperti ribosom prokariot terdapat lekukan yang menjorok yang membagi ribosom
menjadi segmen 1/3 dan 2/3. sub unit 60S umumnya lebih bulat, mempunyai diameter ±
200A. terdapat bagian agak datar dan menarik pada salah satu sisinya. Jika kedua segmen ini
bergabung maka terbentuk monomer yang memiliki lorong. Lorong ini digunakan untuk
akomodasi rantai mRNA selama translasi.

D. FUNGSI RIBOSOM
Fungsi ribosom adalah melangsungkan sintesis protein.Ribosom bebas berperan
dalam proses sintesis enzim. Enzim yang dihasilkan berfungsi menjadi katalisator di dalam
cairan sitosol. Adapun ribosom terikat berguna dalam sintesis protein. Diduga fungsi ini
dilaksanakan oleh rRNA sebagai katalisator pembentukan ikatan peptide pada sintesis
tersebut (dengan kata lain yang bertindak sebagai ‘enzim’ untuk sintesis protein adalah rRNA
pada ribosom itu sendiri).
Untuk mencetak protein diperlukan beberapa komponen bahan dasar, ialah:
1. Tempat cetakan protein aialah mRNA. RNA utusan ini disalin dari suatu gen di dalam
DNA di dalam inti, kemudian diekspor menuju ke sitoplasma untuk diterjemahkan
sebagai protein dengan bantuan ribosom.

26
2. Bahan baku sintesis protein yaitu kedua puluh asam amino.
3. Pembawa asam amino spesifik, adalah tRNA yang memiliki antikodon triplet yang
komplementer dengan kodon triplet mRNA. Dengan komplementasi kodon -
antikodon maka urutan asam amino akan didikte oleh urutan kodon mRNA.

4. Dua sub unit ribosom bertindak untuk mempertemukan kodon dengan antikodon dan
melangsungkan reaksi pembentukan ikatan peptide diantara asam amino yang
berdekatan.

27
5. Faktor-faktor inisiasi (untuk mengawali pembentukan ribosom pada kodon pertama
tempat mRNA), faktor elongasi (pemanjangan rantai peptide), dan faktor terminasi
( yang akan menghentikan pemanjangan ikatan peptide dan berarti mengakhiri sintesis
protein).
6. Molekul GTP guna mengganti energy sintesis yang diperlukan.

28
 E. RIBOSOM BEBAS DAN RIBOSOM TERIKAT

Ribosom bebas adalah ribosom yang terdapat bebas di sitoplasma sedangkan ribosom
terikat adalah ribosom yang melekat pada membran intraseluler, terutama pada retikulum
endoplasma. Retikulum endoplasma yang mengandung ribosom terikat disebut Retikulum
Endoplasma Kasar (REK), sdangkan retikulum endoplasma yang tidak mengandung ribosom
terikat disebut Retikulum Endoplasma Halus (REH).

Protein yang dibuat oleh ribosom bebas akan digunakan dalam sitosol itu sendiri.
Sedangkan ribosom terikat, umumnya akan membuat protein yang dimasukkan ke dalam
membran, untuk pembungkusan organel tertentu seperti lisosom atau dikirim ke luar sel.
Ribosom bebas maupun terikat secara struktural identik dan dapat saling tukar tempat. Sel
dapat menyesuaikan jumlah relatif dari masing-masing jenis ribosom begitu metabolismenya
berubah.

29
 Ribosom-ribosom yang menempel pada selaput retikulum endoplasma mensintesis
polipeptida yang perpanjangannya tidak di sitosol melainkan menembus membran. Sebagian
dari rantai polipeptida tetap berada di membran menjadi protein transmembran, sebagian
lainnya dilepas ke dalam sistem retikulum endoplasma, untuk organel-organel atau
disekresikan.

Sebagian besar protein sekretorid adalah glikoprotein. Protein sekretori keluar dari
membran Retikulum Endoplasma dibungkus oleh membran vesikula yang menggelembung
mirip tunas dari daerah terspesialisasi yang kemudian disebut Retikulum Endoplasma
transisi. Vesikula yang berpindah dari bagian satu sel ke sel lainnya disebut vesikula
transport.

Setelah meninggalkan Rtikulum Endoplasma banyak vesikula transport berpindah ke

aparatus golgi.di golgi, produk Rtikulum Endoplasma dimodifikasi dan disimpan kemudian
dikirim ke tujuan lain. Vesikula yang berkonsentrasi di sekitar aparatus golgi terlibat dalam
transfer materi diantara golgi dan struktur lainnya.

30
F. RIBOSOM PADA ORGANEL

Dalam makalah ini akan dibahas ribosom pada mitokondria dan ribosom pada kloroplas.

1. Ribosom pada Mitokondria

Ribosom yang terdapat pada mitokondria sangat heterogen. Selain terdapat bebas di
matriks organel, ribosom ini juga mampu berdisosiasi dengan membran krista. Ribosom
sitoplasma menempel pada sisi luar membran mitokondria yang berhadapan dengan
sitosol, kemungkinan terlibat pada sintesis protein intramitokondria.
Terdapat variasi ukuran pada sub unit-sub unit dan monomer-monomer yang
membentuk ribosom pada organel. Ribosom pada mitokondria yeast, jamur, protista dan
tumbuhan tingkat tinggi memiliki karakteristik koefisien sedimentasi antara 70S-80S.
Sedangkan pada sel hewan memiliki koefisien sedimentasi antara 50S-60S. Tidak seperti
ribosom pada kloroplas, sel prokariotik dan hyaloplasma eukariotik, ribosom pada
mitokondria hanya tersusun oleh dua jenis rRNA.
2. Ribosom pada Kloroplas
Ribosom pada Kloroplas memiliki koefisien sedimentasi 70S dan terdiri dari sub unit
50S dan 33S. Dalam hal ini ribosom pada kloroplas serupa dengan ribosom yang
terdapat pada sel prokaryotik dan berbeda dengan ribosom sitoplasmik pada sel
eukaryotik. Sub unit beesar ribosom dalam kloroplas terdiri dar RNA 5S dan 23S,
sedangkan sub unit kecil ribosom terdiri dari RNA 16S.

Tabel Komposisi Ribosom pada Mitokondria dan Kloroplas

Koefisien sedimentasi
Partikel RNAs
Ribosom pada kloroplas
Monomer 70 S 5 S dan 23 S

Sub unit besar 50 S 16 S

Sub unit kecil 33 S

Ribosom pada
mitokondria
50 – 60 S
Sel hewan 16 – 18 S
40 – 45 S
Monomer 12 – 13 S
30 – 35 S

31
 Sub unit besar
Sub unit kecil 70 – 80 S
50 – 55 S 21 – 24 S
Yeast,jamur dan protista
32 – 38 S 14 – 16 S
Monomer
Sub unir besar
70 – 80 S
Sub unit kecil
>23 S
50 – 60 S
Sel tumbuhan tingkat
> 16 S
40 – 44 S
tinggi
Monomer
Sub unit besar
Sub unit kecil

G. AKTIVASI tRNA
Asam amino diaktivasi dan diikatkan pada tRNA tertentu oleh enzim Aminoasil
Sintetase atau disebut juga enzim pengaktif. Di dalam sel terdapat 20 macam enzim
pengaktif ini, satu enzim untuk satu macam Asam Amino yang spesifik.
Langkah awal pada reaksi ini ialah pembentukan Aminoasil-Adenilat dari suatu asam
amino dan ATP. Bentuk aktif ini merupakan suatu campuran anhidrid dimana guugus
karboksil dari asam amino itu diikatkan ada gugus 5’-fosfat dari AMP (Aminoasil-AMP),
dengan pelepasan pirofosfat.
Asam Amino+ATP Aminoasil adenilat (aminoasil AMP)+Ppi. Langkah selanjutnya
adalah pemindahan gugus aminoasil dari Aminoasil-AMP ke molekul tRNA membentuk
Aminoasil-tRNA. Gugus Aminoasil dipindahkan ke gugus 2’ atau 3’ hidroksil pada residu
terminal A molekul tRNA, akan tetapi sesekali ikatan aminoasil ini dapat pindah (bolak-
balik) diantara gugus 2’ dan 3’ hidroksil.
Aminoasil-AMP+tRNA  aminoasil-tRNA+AMP
Hasil keseluruhan reaksi-reaksi aktivasi dan pemindahan itu adalah sebagai berikut:
Asam amino+ATP+tRNA aminoasil-tRNA+AMP+Ppi

1. Pembentukan aminoasil adenilat

32
2. Penggabungan aminoasil adenilat dengan tRNA membentuk aminoasil tRNA

33
3. Struktur umum aminoasil tRNA

34
 ∆Go reaksi ini mendekati 0, karena energi bebas dihidrolisis ikatan ester aminoasil tRNA
itu hampir sama dengan energi hidrolisis gugus fosforil terminal ATP. Reaksi ini
digerakkan oleh hidrolisis pirofosfat. Hasil reaksi ketiga reaksi di atas adalah sebagai
berikut:
Asam amino + ATP + tRNA + H2O→ aminoasil-tRNA + AMP + 2Pi
Jadi ada dua P yang dipakai pada sintesis satu aminoasil-tRNA. Satunya dipakai
sewaktu membentuk ikatan ester aminoasil-tRNA sedangkan yang lainnya dipakai untuk
menggerakkan reaksi itu ke depan.
Proses aktivasi dan langkah-langkah pemindahan untuk suatu asam amino tertentu
dikatalisis oleh enzim yang sama yaitu aminoasil tRNA sintetase. Aminoasil-tRNA sintetase
sangat spesifik bagi kedua tRNA dan asam amino yang bersangkutan. Aminoasil-tRNA
sintetase ini dapat digolongkan dalam dua kelas berdasarkan pada adanya urutan jati diri yang
pendek, yaitu kelas I dan kelas II. Sintetase untuk 10 dari ke 20 asam amino dasar tergolong
enzim-enzim kelas I, dan untuk ke 10 asam amino lainnya tergolong dalam enzim-enzim
kelas II. Asam-asam amino yang lebih kecil umumnya diaktifkan oleh sintetase kelas II
sedangkan yang besar-besar dan juga bersifat lebih hidrofobik diaktifkan oleh enzim kelas II.
Untuk membedakan asam amino yang memiliki ukuran yang hampir sama, misalkan valin
dan treonin yang hanya berbeda pada gugus –OH menggantikan gugus –CH 3, sintetase valin
mempunyai dua situs katalitik yang berdekatan, satu untuk asilasi tRNA dan satunya untuk
hidrolsis tRNA yang diasilasi secara salah. Asilasi lebih cenderung pada valin dibanding
treonin karena situs asilasi yang bersifat hidrofobik. Sebaliknya treonil-tRNA dihidrolisis
lebih cepat daripada valil-tRNA karena situs hidrolisisnya lebih hidrofilik. Sintetase untuk
valin melakukan hampir semua proses penyuntingan ini pada tingkat aminoasil-tRNA,
sedangkan sintetase untuk isoleusin mengerjakannya pada tingkat aminoasil-AMP.

H. KODE GENETIK
Kode genetik adalah cara pengkodean urutan nukleotida pada DNA atau RNA untuk
menentukan urutan asam amino pada saat sintesis protein. Informasi pada kode genetik
ditentukan oleh basa nitrogen pada rantai DNA yang akan menentukan susunan asam amino.
Beberapa sifat dari kode triplet diantaranya:
1. Kode genetik bersifat berdegenerasi
Degenerate (degenerasi), maksudnya suatu asam amino yang diuji bisa
dispesifikasi lebih dari satu kodon. Hanya metionin dan triptofan yang mempunyai
kodon tunggal. Degenerasi tidak berarti tak sempurna; kode genetik jelas karena

35
 tidak ada kodon yang mengkode asam amino lebih dari satu. Perlu diketahui bahwa
degenerasi kode tidaklah seragam. Sebagai contoh, leusina dan serina mempunyai
enam kodon, glisina dan alanina mempunyai empat kodon, dan glutamat, tirosina,
dan histidina mempunyai dua kodon. Ketika satu asam amino mempunyai kodon
ganda, perbedaan antara kodon biasanya terlihat pada basa yang ketiga (pada ujung
3'). Sebagai contoh, alanina dikode oleh triplet GCU, GCC, GCAA, dan GCG.
Kodon tersebut, hampir semua asam amino disimbolkan dengan XY GA atau XY
CU. Dua huruf pertama dari tiap kodon kemudian faktor penentu yang utama dari
kekhususan. Hal ini memberikan beberapa konsekuensi yang menarik.

2. Tidak tumpang tindih

Artinya tiada satu basa tungggalpun yang dapat mengambil bagian dalam
pembentukan lebih dari satu kodon, sehingga 64 itu berbeda-beda nukleotidanya.
Kode genetik dapat mempunyai dua arti yaitu kodon yang sama dapat memperinci
lebih dari satu asam amino.
Semenjak tahun 1960an semakin nyata bahwa ada paling sedikit tiga residu
nukleotida DNA diperlukan untuk mengkode untuk masing-masing asam amino.
Empat huruf kode DNA (A, T, G, dan C) dalam grup dua huruf menghasilkan 4 2 =16
kombinasi yang berbeda, tidak cukup untuk mengkode 20 asam amino. Empat basa
tiga huruf menghasilkan 43 = 64 kombinasi yang berbeda. Genetik eksperimen awal
membuktikan bahwa tidak hanya kode genetik atau kodon untuk asam amino berupa
susunan tiga huruf (triplet) dari nukleotida tetapi juga bahwa kodon tidak tumpang-
tindih dan tidak ada jeda antara kodon residu asam amino yang berurutan. Susunan
asam amino protein kemudian digambarkan oleh suatu susunan yang linier dari kodon
triplet yang berdekatan. Kodon yang pertama pada susunan menetapkan suatu
kerangka pembacaan (reading frame), dimana kodon yang baru memulai pada setiap
tiga residu nukleotida. Pada skema ini, ada tiga kerangka pembacaan yang mungkin
untuk setiap urutan DNA yang diberi, dan masing-masing secara umum akan
memberi suatu urutan berbeda terhadap kodon.
3. Tidak bersifat ambigu
Artinya sebuah kodon spesifik hanya menunjukkan satu asam amino tunggal.
Perbedaan antara ambigu dan sifat berdegenerasimerupakan konsep yang sangat
penting. Kode yang tidak ambigu tetapi bersifat degenerasi dapat dijelaskan secara
molekuler. Pengenalan tRNA bergantung pada region antikodon dan kaidah spesifik,

36
 komplementer terhadap kodon yang dinamakan antikodon. Untuk sebuah kodon
tertentu di dalam mRNA, hanya satu spesies tunggal molekul tRNA hanya dapat
dimuati oleh satu asam amino spesifik.
. 4. Bersifat universal
Kode genetic bersifat universal karena pada mitokondria eukariota derajat
rendah sampai tinggi termasuk manusia membaca empat buah kodon dalam cara
yang berbeda dari pembacaan yang dilakukan di sitoplasma., bahkan pada satu sel
yang sama.
Didalam mitokondria mamalia, kodon AUA dibaca sebagai metionin dan
kodon UGA menkode triptofan. Kemudian AGA dan AGG dibaca sebagai kodon
penghenti atau pengakhir rantai bukan sebagai arginin.

Tabel kode genetik universal

Pada tahun 1961 Marshall Nirenberg dan Heinrich Matthaei mengumumkan hasil
observasi yang mengusulkan terobosan pertama. Mereka menginkubasi polyribonucleotide
polyuridylate sintetis (poly(U) yang didesign) dengan ekstrasi E. coli, GTP, dan campuran 20
asam amino dalam 20 tabung berbeda. Pada masing-masing tabung suatu asam amino yang
berbeda diberi label secara radioaktif. Poly(U) dapat dikatakan sebagai mRNA tiruan yang

37
berisi triplet UUU berurutan, dan triplet ini harus mempromosikan sintesis polipeptida hanya
dari salah satu 20 asam amino yang berbeda dari yang dilabel dengan triplet UUU. Suatu
polipeptida radioaktif dibentuk di dalam salah satu dari 20 tabung yang berisi fenilalanin
radioaktif. Nirenberg dan Matthaei menyimpulkan bahwa triplet UUU cocok untuk
fenilalanin. Pendekatan yang sama mengungkapkan bahwa polyribonucleotide polycytidylate
atau poly(C) sintetis mengkode formasi.
Polipeptida yang hanya berisi prolina (polyproline) dan ilyadenylate atau poly(A)
mengkode polylysine. Dengan demikian triplet CCC mengkode daftar prolina dan triplet
AAA untuk lisina. Polinukleotida sintetik yang digunakan dalam eksperimen dibuat
sedemikian dengan aksi fosforilase polinukleotida, menganalisis formasi polimer RNA dari
ADP, UDP, CDP dan GDP. Enzim ini tidak memerlukan template polimer dan membuat
polimer dengan sebuah komposisi basa bahwa secara langsung mencerminkan konsentrasi
yang relatif dari precursor nukleotida 5'-diphosphate di dalam medium. Jika fosforilase
polynukleotida diperkenalkan dengan UDP, hal ini hanya poly(U). Jika diperkenalkan dengan
suatu campuran dari lima bagian ADP dan satu CDP akan membuat polimer dimana 65
residu adalah adenylate dan 61 sytidylate. Polimer acak seperti itu mungkin memiliki banyak
triplet urutan AAA, sedikit triplet AAC, ACA, dan CAA, beberapa triplet ACC, CCA, dan
CAC, dan sangat sedikit triplet CCC. Dengan penggunaan mRNA tiruan yang berbeda yang
dibuat dari fosforilase polinukleotida dari campuran permulaan ADP, GDP, UDP, dan CDP
yang berbeda, komposisi basa triplet yang mengkode hampir semua asam amino
diidentifikasi segera.
Ditahun 1964 Nirenberg dan Filipus menemukan terobosan baru. Mereka menemukan
bahwa ribosom bakteri E.coli yang terisolasi akan mengikat suatu aminoasil-tRNA khusus
jika polinukleotida sintetik yang sesuai ada. Sebagai contoh, ribosom yang diinkubasi dengan
poly(U) dan phenylalanyl-tRNAPhe (atau Phti-tRNAPhe) akan mengikat kedua polimer,
tetapi jika ribosom iinkubasi dengan poly(U) dan beberapa aminoacyU-tRNA yang lain,
aminoasil-tRNA itu tidak akan terikat karena itu tidak akan mengenali triplet UUU pada
poly(U), perlu dicatat bahwa oleh konvensi, identitas tRNA ditandai superscript dan
aminoacylated-tRNA ditandai dengan nama yang menyambung garis. Sebagai contoh,
aminoacylated tRNAALa yang benar adalah alanyl-tRNA Ala atau Ala-tRNAAla. Jika tRNA
tersebut adalah salah aminoacylated, misalkan dengan valina, akan memiliki Val-tRNAAla.
Polinukleotida terpendek yang bisa mempromosikan ikatan khusus Phe-tRNAPhe adalah
trinucleotida UUU. Dengan menggunakan trinucleotida sederhana dari urutan yang dikenal,
hal ini mungkin untuk menentukan aminoasil-tRNA yang mana yang terikat dengan masing-

38
masing dari sekitar 50 dari 64 kodon triplet yang mungkin. Beberapa kodon, baik tidak ada
aminoasil-tRNA akan berikatan, atau lebih dari satu terikat. Metoda lain diperlukan untuk
melengkapi dan mengkonfirmasikan seluruh kode genetik.
Saat ini, suatu pendekatan yang komplementer diperkenalkan oleh H.Gobind
Khorana, yang mengembangkan metoda-metoda untuk mensintesis polyribonucleotida
dengan yang digambarkan. Susunan pengulangan dari dua sampai empat basa. Polipeptida
yang dihasilkan dengan memakai RNAs ini sebagai pengirim pesan (messanger) mempunyai
satu atau beberapa asam amino dengan pola berulang. Pola-pola ini ketika dikombinasikan
dengan informasi dari polimer acak yang digunakan oleh Nirenberg dan rekan-rekannya,
memunculkan tugas kodon yang tidak jelas. Polipeptida yang disintesis responnya atas
polimer ini ditemukan untuk memiliki jumlah treonina dan histidina yang sama. Dengan cara
yang sama, satu RNA dengan tiga basa pada pola pengulangan harus menghasilkan tiga jenis
polipeptida yang berbeda. Masing-masing polipeptida berasal dari kerangka pembacaan
(reading frame) yang berbeda dan berisi suatu jenis asam amino.
Satu RNA dengan empat basa pada pola pengulangan harus menghasilkan satu jenis
polipeptida dengan pola pengulangan empat asam amino. Hasil dari semua percobaan dengan
polimer ini menghasilkan tugas dari kodon 61 dan 64 yang mungkin. Dan tiga yang lain
diidentifikasi sebagai kodon penghentian (termination), sebagian karena ketiganya
mengacaukan pola persandian asam amino ketika dimasukkan dalam urutan dari RNA
polimer sintetis. Dengan pendekatan ini, urutan basa dari semua kode triplet masing-masing
asam amino dibentuk tahun 1966. Sejak itu, kode ini telah diuji melalui banyak cara. "kamus"
lengkap kodon untuk asam amino. Urutan kode genetik diakui sebagi penemuan terbesar di
tahun 1060an.
Kode genetik mempunyai beberapa karakteristik penting. Kunci organisasi informasi
genetika dalam protein dapat ditemukan pada kodon dan pada susunan kodon pada kerangka
pembacaan (reading frame). Perlu diingat bahwa tanpa tanda baca atau isyarat diperlukan
untuk menandai ujung kodon dan permulaan kodon berikutnya. Kerangka pembacaan harus
ditetapkan dengan benar pada permulaan molekul mRNA dan lalu dipindahkan secara
berurutan dari satu triplet ke triplet berikutnya. Jika kerangka pembacaan awal diputus oleh
satu atau dua basa, atau jika ribosom tanpa sengaja melompati suatu nukleotida dalam
mRNA, semua kodon berikutnya akan berantakan dan akan menjurus kepada pembentukan
protein "missense" dengan susunan asam amino yang kacau.  Beberapa kodon memiliki
fungsi khusus. Kodon inisiasi, AUG, menandakan awal dari rantai polipeptida. AUG tidak
hanya adalah kodon inisiasi dari prokaryota dan eukaryot tetapi juga mengkode residu Met

39
pada posisi internal polipeptida. Dari 64 triplet nukleotida yang mungkin, tiga (UAA, UAG,
dan UGA) tidak mengkode asam amino yang dikenal. Ketiganya dikenal sebagai kodon
penghentian (termination) atau juga disebut stop codon atau nonsense codon, yang secara
normal menandai akhir sintesis rantai polipeptida. Ketiga kodon penghentian dinamai
"nonsense codon" karena kodon-kodon ini pertama kali ditemukan berasal dari mutasi basa
tunggal bakteri E.coli di mana rantai polipeptida tertentu diakhiri secara prematur. Mutasi
nonsens ini, dinamai amber, ochre, dan opal, membantu identifikasi yang mungkin dari UAA,
UAG, dan UGA sebagai kodon penghentian. Pada urutan acak nukleotida, satu dari setiap 20
kodon pada masing-masing kerangka pembacaan rata-rata merupakan kodon penghentian.
Dimana kerangka pembacaan ada tanpa kodon penghentian dari 50 atau lebih kodon, daerah
itu disebut satu kerangka pembacaan terbuka (open reading frame). Kerangka pembacaan
terbuka panjang biasanya berhubungan dengan gen yang mengkode protein. Pengkodean gen
protein khusus tak terputuskan dengan berat molekular 60.000 akan memerlukan open
reading frame dengan 500 atau lebih kodon.

J. RNA Polimerase
RNA polymerase yang bergantung pada DNA merupakan enzim yang bertanggung
jawab atas polimerisasi ribonukleotida menjadi suatu rangkaian yang komplementer terhadap
pencetakan gen tersebut. Enzin ini berikatan pada sebuah tapak spesifik yaitu promoter pada
untai cetakan. Proses ini kemudian diikuti oleh inisiasi sintesis RNA pada titik mula dan
proses berlanjut sampai tercapai rangkaian terminasi. Unit transkripsi didefinisikan sebagai
regio DNA yang membentang diantara promoter dan terminator produk RNA yang disintesis
dalam arah 3’ ke 5’ merupakan transkrip primer. Transkrip primer yang dihasilkan oleh RNA
polymerase II akan segara dipayungi oleh tudung (cop) 7- metilguanosin trifosfat yang
menetap dan akhirnya muncul pada ujung 5’ mRNA sitoplasma yang dewasa. Tudung ini
mungkin diperlukan untuk pemrosesan transkrip primer lebih lanjut menjadi mRNA, untuk
translasi mRNA, dan untuk perlindungan mRNA terhadap serangan eksonukleolitik 5’ ke 3’.
Ukuran enzim RNA Polimerase mamalia untuk ketiga kelas utamanya berkisar dari berat
molekul 500.000 hingga 600.000. enzim ini bersifat lebih kompleks dari RNA Polimerase
prokariotik. Semua enzim RNA Polimerase mamalia memiliki dua buah subunit berukuran
besar dan sejumlah subunit kecil yang berjumlah hingga sebanyak 14 buah pada RNA
Polimerase II. Fungsi setiap subunit kecil masih belum dipahami. Banyak di antara mungkin
memiliki fungsi regulasi, seperti membantu enzim polymerase mengenai rangkaian spesifik
misalnya promoter dan sinyal terminasi. Macam-macam RNA Polimerase adalah RNA

40
Polimerase I, II, dan III.
1. RNA Polimerase I berperan dalam proses sintesis rRNA.
2. RNA Polimerase II berperan pada sintesis hnRNA dan mRNA.
3. RNA Polimerase III berperan pada sintesis tRNA dan 5S RNA.

K. SINTESIS PROTEIN
a) TRANSKRIPSI
 Transkripsi pada Prokariotik
Transkripsi pada dasarnya adalah proses penyalinan urutan nukleotida yang terdapat
pada molekul DNA. Dalam proses transkripsi hanya ada satu untaian DNA yang disalin
menjadi urutan nukleotida RNA (transkrip RNA). Urutan nukleotida pada transkrip RNA
bersifat komplementer dengan urutan DNA cetakan (DNA template) tetapi identik dengan
urutan nukleotida DNA pada untaian pengkode (coding DNA strand). Pada RNA tidak ada
nukleotida T karena struktur T digantikan oleh U. Nukleotida T dan U mempunyai cincin
yang serupa yaitu cincin pirimidin, tetapi pada basa T ada gugus metil pada atom C nomor 5
sedangkan pada basa U tidak ada.
Secara umum proses transkripsi pada prokariotik berjalan serupa pada eukariotik,
meskipun ada beberapa rincian proses yang berbeda antara kedua sistem tersebut. Pada
prokariotik transkripsi dimulai dengan penempelan RNA polimerase holoenzim pada bagian
promoter suatu gen. Pada awal penempelan RNA polimerase masih belum terikat kuat dan
promoter masih dalam keadaan tertutup. Selanjutnya RNA polimerase terikat secara kuat dan
ikatan hidrogen molekul DNA pada bagian promoter mulai terbuka. Pada prokariotik RNA
polimerase menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter tanpa melalui suatu
ikatan dengan protein lain. Dalam proses penempeln promoter tersebut subunit σ berperanan

41
dalam menemukan bagian promoter suatu gen sehingga RNA polimerase dapat menempel.
Proses pengenalan suatu promoter oleh RNA polimerase diawali dengan penempelan enzim
tersebut secara tidak spesifik pada molekul DNA. Selanjutnya RNA polimerase akan mencari
bagian DNA yang mempunyai struktur khas suatu promoter. Struktur khas tersebut berupa
suatu kelompok ikatan hidrogen antara kedua untaian DNA pada posisi -35 dan -10.
Kecepatan suatu polimerase dalam menemukan promoter diperkirakan mencapai 1000
pasangan basa per detik.
Setelah RNA polimerase menempel pada promoter, subunit σ melepaskan diri dari
stuktur holoenzim. Pelepasan subunit σ biasanya terjadi setelah terbentuk molekul RNA
sepanjang 8-9 nukleotida. RNA polimerase inti yang sudah menempel pada promoter akan
tetap terikat kuat pada DNA sehingga tidak lepas. Ikatan ini sangat penting dalam proses
transkripsi sebab jika ikatannya tidak kuat maka RNA polimerase akan lepas sebelum
transkripsi selesai.

a. Inisiasi Transkripsi
Tahapan inisiasi transkripsi meliputi 4 langkah yaitu :
1. Pembentukan kompleks promoter tertutup
2. Pembentukan kompleks promoter terbuka
3. Penggabungan beberapa nukleotida awal (sekitar 10 nukleotida)
4. Perubahan konformasi RNA polimerase karena subunit σ dilepaskan dari kompleks
holoenzim.
Selanjutnya subunit σ tersebut dapat digunakan lagi dalam proses inisiasi transkripsi
selanjutnya. Bagian DNA yang terbuka setelah RNA polimerase menempel biasanya terjadi
pada daerah sekitar -9 sampai +3 sehingga menjadi struktur untai tunggal. Bagian DNA yang
berikatan dengan RNA polimerase membentuk suatu struktur gelembung transkripsi
sepanjang kurang lebih 17 pasangan basa. Setelah struktur promoter terbuka secara stabil
maka selanjutnya RNA polimerase melakukan proses inisiasi transkripsi dengan
menggunakan urutan DNA cetakan sebagai panduannya. Dalam proses transkripsi ,
nukleotida RNA digabungkan sehungga membentuk transkrip RNA.
Subunit σ mempunyai peranan dalam menstimulasi inisiasi transkripsi tetapi tidak
mempercepat laju pertambahan untaian RNA.

42
 b. Proses Pemanjangan Transkrip
Pada bagian gelembung transkripsi, basa-basa molekul RNA membentuk hibrid
dengan DNA cetakan sepanjang kurang lebih 12 nukleotida. Hibrid RNA-DNA ini bersifat
sementara sebab setelah RNA polimerasenya berjalan, maka hibrid tersebut akan terlepas dan
bagian DNA yang terbuka tersebut akhirnya akan menutup lagi. RNA polimerase akan
berjalan membaca DNA cetakan untuk melakukan proses pemanjangan (elongation) untaian
RNA. Proses pemanjangan transkrip dqpat dihambat oleh antibiotik streptoligidin. Kepekaan
atau ketahanan terhadap sterptoligidin juga ditentukan oleh subunit β pada RNA polimerase.
Dalam pemanjangan transkrip, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3’
molekul RNA yang baru terbentuk. Nukleotida RNA yang ditambahkan tersebut bersifat
komplementer dengan nukleotida pada untaian DNA cetakan. Sebagai contoh, jika nukleotida
pada DNA cetakan adalah A, maka nukleotida RNA yang ditambahkan adalah U.
Dalam proses pemanjangan transkrip ada dua hipotesis yang diajukan mengenai
perubahan topologi DNA. Hipotesis pertama menyatakan bahwa enzim RNA polimerase
bergerak melingkari untaian DNA sepanjang perjalanannya. Dengan cara demikian maka
dapat dihindari terjadinya pelintiran pada struktur DNA, tetapi untaian RNA
hasiltranskripsinya akan melintir sepanjang untaian DNA. Sebaliknya, hipotesis kedua
menyatakan bahwa enzim RNA polimerase bergerak lurus sepanjang untaian DNA sehingga
RNA yang terbentuk tidak mengalami pelintiran, tetapi untaian DNA yang ditranskripsi harus
mengalami punturan. Untaian DNA yang ada di depan RNA polimerase akan membuka
sedangkan DNA yang berada di belakangnya akan memuntir kembali untuk menutup.
Dalam proses pemanjangan transkrip RNA, demikian juga pada proses inisiasi
sintesis RNA, terjadi pembentukan ikatan fosfodiester antara nukleotida RNA yang satu
dengan nukleotida berikutnya. Pembentukan ikatan fosfodiester tersebut ditentukan oleh
keberadaan subunit β pada RNA polimerase. Transkripsi akan berakhir pada saat RNA
polimerase mencapai ujung gen yang disebut terminator. Pada bakteri E. colli ada 2 macam
terminator yaitu:
a. Terminator yang tidak bergantung pada protein rho (rho-dependent terminator)
b. Terminator yang bergantung pada protein rho (rho-independent terminator)

c.1. Pengakhiran Transkripsi yang Tidak Tergantung pada Faktor Rho

Pengakhiran terminasi yang tidak tergantung pada rho dilakukan tanpa harus

43
melibatkan suatu proses khusus, melainkan ditentukan oleh adanya suatu urutan nukleotida
tertentu pada bagian terminator. Sinyal yang akan mengakhiri transkripsi dengan mekanisme
semacam ini ditentukan oleh daerah yang mengandung banyak urutan GC yang dapat
membentuk struktur batang dan lengkung ( syem-and-loop) pada RNA dengan panjang
sekitar 20 basa di sebelah hulu dari ujung 3’-OH dan diikuti oleh rangkaian 4-8 residu uridin
berurutan. Struktur batang lengkung tersebut menyebabkan RNA polimerase berhenti dan
merusak bagian 5’ dari hibrid RNA-DNA. Bagian sisa hibrid RNA-DNA tersebut berupa
urutan oligo (rU) yang tidak cukup stabil berpasangan dengan dA. Akibatnya ujung 3’ hibrid
tersebut akan terlepas sehingga transkripsi berakhir.
Pengakhiran transkripsi tanpa melibatkan faktor rho mempunyai dua ciri utama, yaitu
:
1. Adanya rangkaian basa berulang-balik (inverted repeat) yang dapat
membentuk lengkungan
2. Adanya rangkaian basa T pada untaian DNA kan cetakan (nontemplate strand)
sehingga terbentuk pasangan basa yang lemah antara rU-dA yang menahan transkrip RNA
pada untaian DNA cetakan.
Pada waktu lengkungan RNA terbentuk, maka RNA polimerase berhenti dan ikatan
basa yang lemah menyebabkan RNA yang baru terbentuk akan terlepas.

c.2. Pengakhiran Transkripsi yang Tergantung pada Faktor Rho

Mekanisme pengakhiran transkripsi senacam ini memerlukan protein ρ (rho).
Pengaktifan transkripsi yang memerlukan faktor rho hanya terjadi pada daerah jeda yang
terletak pada jarak tertentu dari promoter. Dengan demikian jika ada daerah jeda yang
terletak dekat promoter maka daerah itu tidak dapat berfungsi sebagai daerah pengakhiran
transkripsi. Terminator yang tergantung pada rho terdiri atas suatu urutan berulang-balik yang
dapat membentuk lengkungan (loop), tetapi tidak ada rangkain basa T seperti pada daerah
terminator yang tidak melibatkan faktor rho. Faktor rho diduga ikut terikat pada transkrip dan
mengikuti pergerakan RNA polimerase sampai akhirnya RNA polimerase berhenti pada
daerah terminator yaitu sesaat setelah menyintesis lengkungan RNA. Selanjutnya faktor rho
menyebabkan destabilisasi ikatan RNA-DNA sehingga transkrip RNA terlepas dari DNA
cetakan.

b) Transkripsi pada Eukariotik

Pra-mRNA (transkrip primer) yang baru disintesis harus mengalami prosesing

44
melalui pembentukan pelindung (cap) pada ujung 5’ RNA dan penambahan poli A pada
ujung 3’ di samping pembuangan intron dan penyatuan (splicing) ekson.
Banyak promoter eukariot mengandung suatu urutan konservatif yang dinamakan
kotak TATA. Letaknya sekitar 25 hingga 35 pb dari tapak inisiasi transkripsi, berisi urutan
konsensus sepanjang 7 pb, yaitu 5’- TATAAT – 3’.  Meskipun demikian, saat ini diketahui
bahwa protein yang mengikat kotak TATA. Kotak TATA bekerja dengan cara yang sama
dengan urutan -10 pada promoter E. coli dalam menempatkan RNA Pol II agar diperoleh
inisiasi transkripsi yang benar.
Beberapa gen eukariot tidak mempunyai kotak TATA tetapi memiliki suatu elemen
insiator, yang terletak di sekitar tapak inisiasi transkripsi. Namun, beberapa promoter tidak
memiliki baik kotak TATA maupun elemen inisiator. Gen-gen semacam ini biasanya
ditranskripsi dengan lambat, dan inisiasi transkripsi dapat terjadi di tempat-tempat yang
berbeda sepanjang 200 pb. Gen-gen ini sering kali mengandung daerah yang kaya GC
sepanjang 20 hingga 50 pb pada posisi 100 hingga 200 pb arah hulu dari tapak inisiasi
transkripsi.

 Kompleks Inisiasi
. Pada promoter yang mengandung kotak TATA, TFIID merupakan faktor pertama
yang akan mengikat promoter tersebut. Faktor ini terdiri atas banyak molekul protein, tetapi
hanya salah satu di antaranya, yakni protein pengikat TATA atau TATA-binding protein
(TBP), yang akan berikatan dengan kotak TATA. Seperti pada RNA Pol I, pada TFIID juga
terdapat faktor-faktor yang berasosiasi dengan TBP atau TBP-associated factors (TAFIIS).
Pada sel-sel mamalia TBP nampaknya akan berikatan dengan kotak TATA dan
kemudian bergabung dengan sekurang-kurangnya delapan TAF IIS untuk membentuk
TFIID.

45
 TBP dijumpai pada ketiga kompleks transkripsi eukariot (dalam SL1, TFIIB, dan
TFIID), dan dapat dipastikan memegang peranan penting dalam inisiasi transkripsi. TBP
merupakan protein monomerik. Semua TBP eukariot mempunyai domain yang terdiri atas
180 residu asam amino pada ujung C yang sangat konservatif, dan dapat berfungsi sebagai
molekul protein seutuhnya pada transkripsi in vivo. Oleh karena itu, fungsi domain pada
ujung N yang kurang konservatif belum sepenuhnya diketahui. TBP mempunyai struktur fisik
seperti pelana, yang akan mengikat lekukan kecil molekul DNA pada kotak TATA dan
menghasilkan sudut 45° di antara kedua pasang basa pertama dan kedua pasang basa terakhir
dari 8pb elemen TATA. Mutasi TBP pada domain pengikatannya dengan kotak TATA tetap
mempertahankan fungsinya sebagai faktor transkripsi untuk RNA Pol I dan RNA Pol III,
tetapi menghalangi inisiasi transkripsi oleh RNA Pol II. Hal ini menunjukkan bahwa RNA
Pol I dan RNA Pol III menggunakan TBP untuk inisiasi transkripsi, tetapi peranan TBP itu
sendiri yang sesungguhnya pada kompleks transkripsi tersebut masih belum jelas.
Faktor transkripsi berikutnya, TFIIA, akan mengikat TFIID dan meningkatkan
stabilitas pengikatan TFIID pada kotak TATA. TFIIA sekurang-kurangnya tersusun dari
tiga subunit. Pada studi transkripsi in vitro, yang dilakukan dengan memurnikan TFIID,
TFIIA ternyata menjadi tidak dibutuhkan lagi. Namun, pada sel-sel yang utuh TFIIA
nampaknya akan menghilangkan pengaruh faktor-faktor penghambat yang berasosiasi dengan

46
TFIID. Jadi, pengikatan TFIIA pada TFIID rupanya akan mencegah masuknya faktor-faktor
penghambat tersebut sehingga proses transkripsi dapat berlanjut.
Begitu TFIID terikat dengan stabil pada DNA, faktor transkripsi lainnya, yakni
TFIIB, akan berikatan dengan TFIID. Faktor ini akan berperan sebagai perantara yang
memungkinkan masuknya RNA Pol II ke dalam kompleks inisiasi transkripsi bersama
dengan masuknya faktor berikutnya, TFIIF.
Setelah RNA Pol II terikat pada kompleks inisiasi transkripsi, tiga faktor
lainnya, masing-masing TFIIE, TFIIH, dan TFIIJ, segera berasosiasi dengan kompleks
tersebut. Ketiga faktor ini diperlukan untuk transkripsi in vitro dan penggabungannya dengan
kompleks tersebut terjadi melalui urutan tertentu. Di antara ketiga faktor tersebut, TFIIH
merupakan molekul protein terbesar yang sekurang-kurangnya terdiri atas lima subunit.
TFIIH mempunyai aktivitas kinase dan helikase. Aktivasi oleh TFIIH akan menyebabkan
fosforilasi domain ujung C atau carboxyl-terminal domain (CTD) pada RNA Pol II
sehingga terbentuk kompleks RNA Pol II yang siap untuk diproses dan meninggalkan
daerah promoter. Dengan demikian, TFIIH nampaknya mempunyai fungsi yang sangat
penting dalam kontrol elongasi transkripsi. Komponen-komponen TFIIH juga penting dalam
mekanisme perbaikan DNA dan dalam fosforilasi kompleks kinase yang mengatur daur
sel.
Pada kebanyakan promoter RNA Pol II yang tidak memiliki kotak TATA terdapat
suatu elemen inisiator yang letaknya tumpang tindih dengan tapak inisiasi transkripsi.
Rupanya pada promoter semacam ini TBP dimasukkan ke promoter oleh suatu protein
pengikat DNA yang terikat pada elemen inisiator. TBP kemudian memasukkan faktor-faktor
transkripsi lainnya beserta RNA Pol II dengan cara seperti pada promoter yang mempunyai
kotak TATA.

 Elongasi
RNA polimerase akan terus bergerak dan menambahkan nukleotida dari 5’ ke 3’ dan
terus berlangsung di sepanjang DNA. Satu gen tunggal dapat di transkripsi oleh beberapa
molekul RNA polimerase. Banyak molekul polimerase yang secara simultan mentranskripsi
gen tunggal akan meningkatkan jumlah molekul mRNA yang dihasilkan dan membantu
membuat protein dalam jumlah besar.

47
  Terminasi
Transkripsi berlangsung sampai RnA polimerase mentransfer urutan DNA yang
disebut terminator, termintor merupakan suatu urutan rna yang berfungsi sebagai sinyal
terminasi sesungguhnya. Pada sel eukariotik RNA polimerase terus melewati sinyal
terminasi melalui suatu urutan AAU,AAA, di dalam mRNA. Pada titik yang lebih jauh kira-
kira 10-25 nukleotida di belakang sinyal terminasi, mRNA akan dipotong dan menghasilkan
prekusor mRNA.

b). TRANSLASI

Translasi adalah proses penerjemahan urutan nukleotida yang ada pada

molekul mRNA menjadi rangkaian asam-asam amino yang menyusun suatu
polipeptida atau protein. Perlu dipahami bahwa hanya molekul mRNA yang
ditranslasi, sedangkan rRNA dan tRNA tidak ditranslasi. Molekul mRNA
merupakan transkrip (salinan) urutan DNA yang menyusun suatu gen dalam bentuk
kerangka baca terbuka. Suatu ORF (open reading frame, kerangka baca terbuka)
dicirikan oleh: 1. Kodon inisiasi translasi, yaitu urutan ATG (pada DNA) atau
AUG (pada mRNA), 2. Serangkaian urutan nukleotida yang menyusun banyak
kodon dan 3. Kodon terminasi translasi, yaitu TAA (UAA pada mRNA). TAG
(UAG pada mRNA) dan TGA (UGA pada mRNA). Kodon (kode genetik) adalah
urutan nukleotida yang terdiri atas 3 nukleotida berurutan (sehingga sering disebut
triplet kodon) yang menyandi asam amino tertentu, misalnya urutan ATG (AUG pada
mRNA) mengkode asam amina metionin.
Sebelum pembelahan sel, DNA di dalam kromosom mengganda sehingga
setiap sel anak memiliki kromosom yang sama. DNA bertanggungjawab untuk
mengkode semua protein. Setiap asam amino di kode oleh satu atau lebih triplet
nukleotida. Kode ini dihasilkan dari satu untai DNA melalui proses yang disebut
dengan transkripsi. Proses ini menghasilkan mRNA yang akan dibawa keluar dari inti
untuk selanjutnya diterjemahkan menjadi protein. Translasi berlangsung di ribosom.
Ribosom disusun oleh molekul-molekul rRNA dan beberapa macam protein.
Kode seperti yang disebut di atas diterjemahkan pada suatu struktur yang
disebut ribosom yang juga dibuat di dalam inti. Ribosom ini merupakan tempat bagi
mRNA di mana mRNA akan terikat. Asam amino untuk sintesis protein akan di bawa

48
ketempat ini oleh RNA transfer (tRNA). Setiap tRNA memiliki triplet yang akan
berikatan dengan urutan nuklotida yang sesuai pada mRNA. Sebagai contoh fenil
alanin yang terikat pada tRNA yang miliki tiplet AAA (adenin-adenin-adenin) akan
berikatan dengan urutan nukleotida yang sesuai pada  mRNA yaitu UUU (urasil,
urasil, urasil). 
Translasi suatu protein terdiri dari tiga langkah: inisiasi, pemanjangan
(elongasi) dan penghentian ( terminasi).Translasi berawal dengan pembentukan
kompleks inisiasi, kemudian sintesis polipeptida melalui serangkaian langkah
pemanjangan yang diulang-ulang sewaktu masing-masing asam amino ditambahkan
kerantai polipeptida yang tumbuh. Terjadi penghentian sintesis di tempat dimana
mRNA mengandung kodon stop, dalam rangka rantai polipeptida yang telah lengkap
tersebut dilepaskan.
1. Translasi Prokaryot
Pada dasarnya mekanisme translasi pada prokaryot sama seperti eukaryot,
dengan tahapan inisiasi, elongasi, dan terminasi. Hanya saja sintesis protein pada
prokaryot dimulai dengan N-formilmetionin (fMet) yang dibawa oleh tRNA
khusus. (tRNAf dan tRNAm). Kompleks inisiasi 70S menempatkan formilmetionine
tRNA pada situs P ribosom. Kompleks inisiasi ini terdiri dari 30S dan 50S. Untuk
membawa formilmetionil dan mRNA ke ribosom diperlukan tiga macam protein yang
merupakan faktor inisiasi (IF1, IF2, IF3).

 Inisiasi
Tahap pertama dalam proses translasi pada prokaryot adalah penggabungan
mRNA, subunit 30S dan formilmetionil tRNA membentuk kompleks inisias 30S.
Pembentukan kompleks ini memerlukan GTP (guanosin trifosfat) dan beberapa
protein yang disebut faktor inisiasi (IF). IF-3 secara sendirian dapat berikatan dengan
30S. Tetapi ikatan tersebut distabilkan oleh IF-1 dan IF-2. Setelah ketiga faktor
inisiasi berikatan dengan subunit 30S, mRNA dan amino asil tRNA yang pertama
bergabung dengan rangkaian tersebut secara acak. Asam amino yang digabungkan
pertama adalah N-formil metionin (fMet). Dalam proses inisiasi, IF-3 berperan dalam
pengikatan mRNA pada unit 30S. Sedangkan IF-2 berperan dalam mengikatkan fMet-
tRNAMet pada kompleks inisiasi 30S, dalam pengikatan tersebut diperlukan molekul
GTP.

49
 Setelah kompleks inisiasi 30S terbentuk selanjutnya subunit 50S bergabung
membentuk kompleks inisiasi 70S. Pada pembentukan kompleks inisiasi ini IF-1 dan
IF-3 terlepas dari kompleks. Pembentukan kompleks ini dilakukan dengan
menggunakan hasil hidrolisis GTP yang terjadi waktu IF-2 terlepas dari kompleks.
Hidrolisis GTP mendorong pelepasan IF-2 dan dapat menghambat pembentukan
kompleks inisiasi 70S, IF-2 yang terlepas dapat digunakan kembali dalam
pembentukan kompleks inisiasi 30S yang lain. Setelah tahapan ini terbentuk
kompleks inisiasi 70S siap melakukan proses pemanjangan (elongasi) polipeptida.

Skema inisiasi translasi pada prokariotik:

 Elongasi
Proses pemanjangan polipeptida disebut elongasi secara umum sama antara
prokaryot dan eukaryot terjadi tiga tahapan :

50
 1. Pengikatan aminoasil-tRNA pada sisi A pada ribosom
Apabila fMet-tRNAMet berikatan dengan tempat P, kodon mRNA di tempat A
menentukan aminoasil-tRNA mana yang akan berikatan di tempat itu. Sebelum terikat
ke mRNA, aminosil-tRNAmula-mula berikatan dengan GTP dan suatu faktor
pemanjangan yaitu EF-Tu. Ketika aminoasil-tRNA berikatan dengan tempat A, GTP
mengalami hidrolisis membentuk GDP.
Kompleks GDP dan faktor pemanjangan (EF-Tu) berikatan dengan faktor lain
yaitu EF-Ts sehingga GDP dapat dibebaskan. Kompleks kemudian mengikat GTP ,
dan EF-Ts terlepas meningggalkan EF-Tu terikat ke GTP, siap digunakan untuk
pemanjangan berikutnya.

51
 2. Pembentukan ikatan peptida
Pada putaran pertama pemanjangan aminoasil-tRNA di tempat A sekarang
membentuk ikatan peptida dengan formilmetionil-tRNA di tempat .
Peptidiltransferase yang bukan protein melainkan rRNA subunit ribosom besar
mengkatalisis pembentukan ikatan peptida tRNA di tempat A sekarang mengandung
rantai polipeptida yang sedang tumbuh dan tRNA di tempat P tidak mengandung
asam amino.

3. Translokasi ribosom sepanjang mRNA ke posisi kodon selanjutnya yang ada

di sisi A.
Translokasi melibatkan faktor EF-G yang membentuk kompleks dengan GTP
dan berikatan dengan ribosom menyebabkan perubahan konformasi yang
menggerakan mRNAdan tRNAyang berkenaan dengan ribosom, tRNA yang tidak
mengandung asam amino bergerak dari tempat P ke tempat E (exit). Dari tempat ini
tRNA dilepaskan. Peptidil-tRNA bergerak ke tempat P dan tempat A ditempati kodon
berikutnya pada mRNA. Selama translokasi, GTP mengalami hidrolisis menjadi GDP

52
yang dilepaskan dari ribosom bersama faktor elongasi.

 Terminasi
Translasi akan berakhir pada waktu salah satu dari ketiga kodon terminasi
(UAA, UGA,UAG) yang ada pada mRNA mencapai posisi A pada ribosom. Dalam
keadaan normal tidak ada aminoasil-tRNA yang membawa asam amino yang sesuai
dengan ketiga kodon tersebut. Oleh karena itu, jika ribosom mencapai salah satu dari
ketiga kodon terminasi tersebut, maka proses translasi berakhir. Pada E.coli ketiga
sinyal penghentian tersebut dikenali oleh suatu protein yaitu release factor (RF),
misalnya RF1 mengenali kodon UAA atau UAG, RF2 mengenali kodon UAA atau
UGA. Penempelan RF pada kodon terminasi tersebut mengaktifkan enzim peptidil
transferase yang menghidrolisis ikatan antara polipeptida dengan tRNA pada sisi P
dan menyebabkan tRNA yang kosong pada mengalami translokasi ke sisi P.
Polipeptida yang sudah dipotong dari tRNA lepas dari ribosom. Setelah itu subunit
30S dan 50S terdisosiasi dan adpat digunakan untuk sintesis protein berikutnya.

53
54
2.Translasi Eukaryot
Pada dasarnya mekanisme translasi pada eukaryot sama seperti prokaryot,
dengan tahapan inisiasi, elongasi, dan terminasi. Hanya saja sintesis protein pada
eukaryot dimulai dengan metionin yang dibawa oleh tRNA khusus. Kompleks inisiasi
ini terdiri dari 60S dan 40S. Untuk membawa metionin dan mRNA ke ribosom
diperlukan merupakan faktor inisiasi faktor inisiasi (eIF).

 Inisiasi
Pada eukaryot, kodon inisiasi adalah metionin molekul tRNA inisiator disebut
tRNAiMet . Ribosom bersama tRNAiMet dapat menemukan kodon awal dengan
berikatan dengan ujung 5’ (tudung), kemudian melakukan pelarikan (scanning)
transkrip kearah hilir (dengan arah 5’ ke 3’) sampai menemukan kodon awal.
Pada eukariotik, faktor inisiasi translasi yang diperlukan adalah eIF-1, -2, -3, -
4, -5, dan -6 (huruf e adalah singkatan dari eukariotik). Faktor eIF-3 mengubah sub
unit kecil

55
ribosom eukariotik (40S) menjadi suatu bentuk yang siap untuk menerima amioasil-
tRNA pertama. Setelah aminoasil-tRNA yang pertama melekat dengan bantuan eIF-2,
terbentuklah kompleks 43S. Selanjutnya, dengan bantuan eIF-4, mRNA melekat ke
kompleks 43S membentuk kompleks 48S. Akhirnya, faktor eIF-5 membantu sub unit
besar (60S) untuk melekat pada kompleks 48S sehingga dihasilkan kompleks 80S
yang siap untuk melakukan translasi mRNA. Faktor eIF-6 adalah suatu faktor anti
asosiasi yang mencegah sub unit 60S untuk berasosiasi dengan subunit 40S sebelum
terbentuk kompleks inisiasi. Faktor eIF-4F adalah suatu faktor yang melekat pada
struktur tudung pada ujung 5’. Faktor ini terdiri atas 3 bagian, yaitu eIF-4E, eIF-3, dan
poly[A]-binding protein, faktor eIF-4G menarik sub unit 40S ke mRNA sehingga
menstimulasi inisiasi translasi.

 Elongasi
Proses pemanjangan polipeptida disebut elongasi secara umum sama antara
prokaryot dan eukaryot terjadi tiga tahapan :
1. Pengikatan aminoasil-tRNA pada sisi A pada ribosom
Apabila Met-tRNAMet berikatan dengan tempat P, kodon mRNA di tempat A
menentukan aminoasil-tRNA mana yang akan berikatan di tempat itu. Sebelum terikat
ke mRNA, aminosil-tRNAmula-mula berikatan dengan GTP dan suatu faktor
pemanjangan yaitu EF1α Ketika aminoasil-tRNA berikatan dengan tempat A, GTP
mengalami hidrolisis membentuk GDP.
Kompleks GDP dan faktor pemanjangan (EF1α) berikatan dengan faktor lain
yaitu Eβ y sehingga GDP dapat dibebaskan. Kompleks kemudian mengikat GTP , dan
EF terlepas meningggalkan EF-Tu terikat ke GTP, siap digunakan untuk pemanjangan
berikutnya.
2. Pembentukan ikatan peptida
Pada putaran pertama pemanjangan aminoasil-tRNA di tempat A sekarang
membentuk ikatan peptida dengan metionil-tRNA di tempat . Peptidiltransferase yang
bukan protein melainkan rRNA subunit ribosom besar mengkatalisis pembentukan
ikatan peptida tRNA di tempat A sekarang mengandung rantai polipeptida yang
sedang tumbuh dan tRNA di tempat P tidak mengandung asam amino.
3. Translokasi ribosom sepanjang mRNA ke posisi kodon selanjutnya
yang ada di sisi Translokasi melibatkan faktor EF-2 yang membentuk kompleks

56
dengan GTP dan berikatan dengan ribosom menyebabkan perubahan konformasi yang
menggerakan mRNAdan tRNAyang berkenaan dengan ribosom, tRNA yang tidak
mengandung asam amino bergerak dari tempat P ke tempat E (exit). Dri tempat ini
tRNA dilepaskan. Peptidil-tRNA bergerak ke tempat P dan tempat A ditempati kodon
berikutnya pada mRNA. Selama translokasi, GTP mengalami hidrolisis menjadi GDP
yang dilepaskan dari ribosom bersama faktor elongasi.

 Terminasi
Translasi akan berakhir pada waktu salah satu dari ketiga kodon terminasi
(UAA, UGA,UAG) yang ada pada mRNA mencapai posisi A pada ribosom. Dalam
keadaan normal tidak ada aminoasil-tRNA yang membawa asam amino yang sesuai
dengan ketiga kodon tersebut. Oleh karena itu, jika ribosom mencapai salah satu dari
ketiga kodon terminasi tersebut, maka proses translasi berakhir. Pada eukaryot ketiga
sinyal penghentian tersebut dikenali oleh suatu protein yaitu eukaryot release factor

57
 (eRF), Penempelan eRF pada kodon terminasi tersebut mengaktifkan enzim peptidil
transferase yang menghidrolisis ikatan antara polipeptida dengan tRNA pada sisi Pdan
menyebabkan tRNA yang kosong pada mengalami translokasi ke sisi P. Polipeptida
yang sudah dipotong dari tRNA lepas dari ribosom. Setelah itu subunit 60S dan 40S
terdisosiasi dan adpat digunakan untuk sintesis protein berikutnya.

A. Poliribosom
Sewaktu satu ribosom bergerak sepanjang mRNA dan menghasilkan rantai
polipeptida ribosom kedua dapat berikatan dengan ujung 5’ pada mRNA yang tidak ditempati
(kosong). Pada ribosom dapat bersamaan melakukan translasi pada satu mRNA membentuk
kompleks yaitu poliribosom. Sebuah ribosom meliputi sekitar 80 nukleotida pada sebuah
mRNA. Oleh karena itu ribosom terdapat di mRNA dengan interval setiap sekitar 100
nukleotida. Rantai polipeptida yang melekat diribosom tumbuh semakin panjang seiring
dengan pergerakan masing-masing ribosom dari ujung 5’ ke ujung 3’ mRNA.

58
Pengolahan protein pasca translasi

Pengolahan protein pasca translasi sewaktu dibentuk di ribosom, rantai polipeptida

bergerak melalui suatu terowongan dalam ribosom. Terowongan ini dapat memuat sekitar 30
residu asam amino. Seiring dengan polimerisasi rantai, residu asam amino di ujung terminal-
N mulai keluar dari daerah yang terlindung di dalam ribosom ini lalu meengalami pelipatan
membentuk konformasi 3 dimensi polipeptida.
Protein berikatan dengan polipeptida nascent (yaitu polipeptida yang sedang dalam
proses sintesis) dan memperantarai proses elipatan tersebut mediator ini disebut chparone
karena mencegah terjadinya intrraksi yang tidak sesuai. Pembentukan ikatan disulfida antara
residu system juga berperan membentuk struktur tiga dimensi polipeptida. Enzim dapat
bekerja pada olipeptida nascent dan memodifikasi residu tertentu. Metionin terminal-N
biasanya dikeluarkan oleh protease. Juga dapat terjadi pemutusan terhadap residu lainnya.
Residu asam amino dapat mengalami modifikasi dengan penambahan berbagai jenis
gugus fungsional. Asam amino terminal-N kadang-kadang mengalami asetilasi. Ke residu
lisin dapat ditambahkan gugus metil. Residu prolin dan lisin dapat mengalami modifikasi
melalui hidroksilasi, terutam pada kolagen. Karboksilasi merupakan modifikasi yang penting,
terutama untuk fungsi protein yang terlibat dalam pembekuan darah. Dapat ditambahkan
asam lemak, yang dapat membentuk region hidrofobik untuk merekatkan protein ke
membrane. Penambahan dan pengeluaran gugus phospat (yang berikatan kovalen dengan
residu serin, treoin, dan tirosin) berfungsi untuk mengubah akifitas banyak protein (missal
enzim pada sintesis dn penguraian glikogen). Glikosilasi, penambahan gugus karbohidrat,

59
merupakan modifikasi terutama terjadi padda protein yng akan disekresikan atau
digabungkan ke membrane.

DAFTAR PUSTAKA

Amstrong, Frank B. 1995. Buku Ajar Biokomia. Jakarta: Penerbit Buku Kedokteran

Alberts, B., D.Bray, J.Lewis, M.Raff, K. Roberts and J.D. Watson. (2008). Molecular biology

of the cell, 5th edition. New York: Garland Publishing

Arbianto, Purwo. 1994. Biokimia Konsep-Konsep Dasar. Bandung: Depdikbud

Campbell, Neil A, dkk. 2008. Biologi Edisi Kedelapan Jilid I. Jakarta: Erlangga

Karlp, Gerald. 2002. Cell and Molecular Biology Concepts and Experiments 4th edition.

USA: John Wiley & Sons, Inc

Lehninger, Albert L. 1982. Dasar-Dasar Biokimia Jilid 3. Bogor: Erlangga

Marks, Dawn B dkk. 2000. Biokimia Kedokteran Dasar. Jakarta: EGC

Murray, Robert K, dkk. 2001. Biokimia Harper. Jakarta: Penerbit Buku Kedokteran

Reksoatmodjo, Issoegianti.1994. Biologi Sel.Yogyakarta: Depdikbud

Stryer, Lubert. 2000. Biokimia Volume 3 Edisi 4. Jakarta: Penerbit Buku Kedokteran

Yuwono, Tribuwono.2002. Biologi Molekuler. Jakarta: Erlangga

60