LTM ASAM NUKLEAT – STRUKTUR ASAM NUKLEAT

Hana Safira Yudanti – 1706027036

ABSTRAK

Asam nukleat adalah polinukleotida yang tersusun dari monomernya yaitu nukleotida.
Nukleotida tersusun dari gugus fosfat, gula aldopentosa, dan basa nitrogen; dan dihubungkan dengan
ikatan fosfodiester. Terdapat dua jenis asam nukleat, yaitu deoxyribonucleic acid (DNA) dan ribonukleat
acid (RNA). Menurut Watson-Crick DNA memiliki bentuk heliks ganda dan dapat dibagi menjadi 3 tipe,
yaitu DNA tipe B, A, dan Z. RNA memiliki bentuk untai tunggal yang dapat dibagi menjadi 3 jenis sesuai
kegunaannya, yaitu mRNA, tRNA, dan rRNA. DNA dan RNA dapat dibedakan dari gula aldopentosa
dan basa nitrogennya. Struktur asam nukleat dapat dibedakan menjadi bentuk primer, sekunder, tersier,
dan kuartener. Struktur asam nukleat ini dipengaruhi oleh ikatan hidrogen dan gaya Van der Waals
antar nukleotida. DNA dibedakan menjadi tiga jenis, yaitu tipe A, B, dan Z sementara RNA dibedakan
menjadi tiga jenis yaitu mRNA, tRNA, dan rRNA.

Kata kunci : asam nukleat,DNA,RNA, struktur DNA, struktur RNA, nukleosida, nukleotida, Watson-Crick,
Firedrich Miescher, double helix, single helix.

I. Pengertian Asam Nukleat

Asam nukleat ditemukan oleh ilmuwan muda Swiss yang bernama Friedrich Miescher.
Dia membuat penemuan dimana ia mengisolasi dan mengidentifikasi jenis keempat molekul
biologis dari sel-sel darah putih yang terkandung dalam nanah yang ia dapatkan dari perban
bekas rumah sakit. Dengan menambahkan enzim pemecah protein ia dapat memperoleh inti sel
saja dan dengan cara ekstraksi terhadap inti sel diperoleh suatu zat yang larut dalam basa tetapi
tidak larut dalam asam. Kemudian zat ini dinamakan nuclein sekarang dikenal dengan nama
nucleoprotein atau asam nukleat. Selanjutnya dibuktikan bahwa asam nukleat merupakan salah
satu senyawa pembentuk sel dan jaringan normal.

Asam nukleat dinamakan asam karena menunjukan gugus fosfat pada struktur asam
nukleat menyumbangkan sifat asam yang pada keadaan netral akan mudah melepaskan proton
sehingga sering disebut anion asam kuat, dan nukleat yang menunjukan hampir semua asam
nukleat terdapat pada nucleus.

II. Bentuk Asam Nukleat

Asam nukleat terdiri dari dua jenis yaitu deoxyribonucleic acid (DNA) dan ribonukleat acid
(RNA). DNA dan RNA memungkinkan makhluk hidup menurunkan sifat-sifat genetik secara
turun temurun. Masing-masing kromosom memiliki satu untaian panjang molekul DNA yang
mengandung ratusan atau bahkan ribuan gen. DNA dan RNA keduanya merupakan anion yang
terikat pada protein dan basa nitrogen. Asam nukleat ini merupakan biopolimer yaitu
polinukleotida. Polinukleotida adalah polimer yang disintesis dari monomer-monomer organik
yaitu nukleotida

2.1 DNA dan RNA

2.1.1 Basa Nitrogen

Cincin Purin atau pirimidin, yaitu basa nitrogen yang terikat pada atom C
nomor 1 suatu molekul gula ( ribosa atau deoksiribosa) melalui ikatan N-
glikosidik. Ada dua macam basa nitrogen yang menyusunnya asam nukleat ,
yaitu basa purin yang terdiri atas adenine (A) dan guanine (G), serta basa
 pirimidin yang terdiri atas thymine (T), cytosine (C), dan uracil (U). Baik DNA
maupun RNA tersusun atas A, G,C, tetapi T hanya terdapat pada DNA
sedangkan U hanya terdapat pada RNA. Akan tetapi terdapt pengecualian, yaitu
bahwa pada beberapa molekul t-RNA terdapat basa T, sedangkan pada
beberapa bakteriofage DNA-nya tersusun atas U dan bukan T.
Basa Purin
Purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). Keduanya berbeda dalam
tipe dan posisi gugus kimia yang terikat pada cincin purin. Adenin adalah memiliki
isomer 6-aminopurin sedangkan Guanin isomernya 6-oksi-2-aminopurin

Adenin

Guanin

Gambar 1. Gugus Fungsi Basa Purin dan Struktur Kimia Adenin serta Guanin

Basa Pirimidin
Basa pirimidin terdiri Thymine (T) / Uracil (U), Cytosine (C). Basa pirimidin
hanya mempunyai satu cincin (monosiklik). Akan tetapi, untuk pirimidin ada
perbedaan antara DNA dan RNA. pada DNA, basa pirimidin terdiri atas sitosin
(C) dan timin (T), pada RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapat urasil
(U). Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi
nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil. Ketiga jenis
basa ini berbeda dalam tipe dan posisi gugus kimia yang terikat pada cincin yaitu
timin 5 metil-2,4-dioksipirimidin, sitosin 2-oksi-4-aminopirimidin dan urasil 2,4-
dioksipirimidin.

Sitosin

Timin

Urasil

Gambar 2. Gugus Fungsi Basa Pirimidin dan Struktur Kimia Timin, Sitosin serta Urasil
2.1.2 Gula Pentosa
Pada RNA gulanya adalah ribosa, sedangkan pada DNA gulanya adalah
deoksiribosa. Perbedaan antara kedua bentuk gula tersebut terletak pada atom
C nomor 2. Pada RNA, atom C nomor 2 berikatan dengan gugus hidroksil (OH)
sedangkan pada DNA atom C nomor 2 berikatan dengan atom H.

Gambar 3. Struktur kimia dari gugus gula deoksiribosa dan ribosa

2.1.3 Fosfat
Penyusun gugus nukleotida salah satunya adalah gugus fosfat. Gugus
fosfat terikat pada atom C nomor 5 melalui ikatan fosfoester. Untuk membentuk
polimer nukleotida atau Asam Nukleat maka terjadi ikatan fosfodiester yaitu
ikatan gugus fosfat dengan gugus gula pentosa dari satu nukleotida dengan
nukleotida lain yaitu pada atom karbon nomer 5 dan 3. Gugus fosfat
menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif kuat dan bersifat asam.Gugus
fosfat dapat berikatan dengan gugus fosfat lain dan penamaannya sesuai jumlah
gugus fosfat (mono, di, tri), contohnya pada ATP, ADP, dan AMP .

Gambar 4. Ikatan fosfodieter

III. Perbedaan DNA dan RNA

Tabel 1. Perbedaan DNA dan RNA

IV. Perubahan Struktur DNA

DNA merupakan struktur yang dibangun oleh gugus pentose (deoksiribosa), fosfat dan
suatu basa dalam bentuk polimeran berkombinasi membentuk helix ganda. Blok pembangun
DNA adalah “5-carbon sugar deoxyribose” yang saling dihubungkan oleh ikatan fosfodiester
sehingga terbentuk dua untai ganda dengan tulang punggungnya dibentuk dari ikatan gugus
fosfat pada bagian luar helix. Basa Nitrogen pada DNA yaitu adenine-guanine (purin),
sedangkan timin-sitosin (pirimidin). Ada tiga struktur utama DNA yang dikenal selama ini.
Struktur-struktur DNA tersebut adalah sebagai berikut:

4.1 Struktur Primer

DNA tersusun dari monomer-monomer
nukleotida. Setiap nukleotida terdiri dari satu basa
nitrogen berupa senyawa purin atau pirimidin, satu
gula pentosa berupa 2’-deoksi-D-ribosa dalam
bentuk furanosa, dan satu molekul fosfat. Penulisan
urutan basa dimulai dari kiri yaitu ujung 5’ bebas
(tidak terikat nukleotida lain) menuju ujung dengan
gugus 3’ hidroksil bebas atau dengan arah 5’->3’.
Kerangka gula deokribosa dan fosfat yang menyusun
DNA terletak di bagian luar molekul sedangkan basa
purin atau pirimidin ada di sebelah dalam untaian
(helix). Basa Purin akan selalu berpasangan dengan
basa Pirimidin. (A-T ; G-C) disebut komplementaritas.
Gambar 5. Struktur Primer
4.2 Struktur Sekunder
Salah satu sifat biokimia DNA yang menentukan
fungsinya sebagai pembawa informasi genetik adalah
komposisi basa penyusun. Pada tahun 1949-1953,
Edwin Chargaff menggunakan metode kromatografi
untuk pemisahan dan analisis kuantitatif keempat basa
DNA, yang diisolasi dari berbagai organisme.
Kesimpulan yang diambil dari data tersebut ialah Jarak
di antara kedua untai hanya memungkinkan
pemasangan basa purin (lebih besar) dengan basa
pirimidin (lebih kecil). Adenin berpasangan dengan timin
membentuk dua ikatan hidrogen sedangkan guanin
berpasangan dengan sitosin membentuk tiga ikatan
hidrogen. Dua ikatan glikosidik yang mengikat pasangan
basa pada cincin gula, tidak persis berhadapan.
Akibatnya, jarak antara unit-unit gula fosfat yang
berhadapan sepanjang heliks ganda tidak sama dan
membentuk celah antara yang berbeda, yaitu celah Gambar 6. Struktur Sekunder
mayor dan celah minor. Satu putaran komplementerr
terdiri dari 10 pasang basa dan berotasi 3600

4.3 Struktur Tersier

Kebanyakan DNA virus dan DNA mitokondria merupakan molekul lingkar.
Konformasi ini terjadi karena kedua untai polinukleotida membentuk struktur tertutup
yang tidak berujung. Molekul DNA lingkar tertutup yang diisolasi dari bakteri, virus dan
mitokondria seringkali berbentuk superkoil, selain itu DNA dapat berbentuk molekul linier
dengan ujung-ujung rantai yang bebas.

. Gambar 7. Konformasi DNA Sirkuler Gambar 8.. Konformasi DNA Linear

4.4 Struktur Kuarter

Struktur kuartener DNA adalah tingkat
yang lebih tinggi dari organisasi asam nukleat.
Struktur ini mengacu pada interaksi asam nukleat
dengan molekul lain. Organisasi paling sering
terlihat adalah bentuk kromatin yang menunjukkan
interaksi dengan protein histon kecil. Protein
histon kecil biasa ditemukan di kromosom. Di
dalam kromosom terdapat kromatid yang
 didalamnya ada bagian bernama telomer. Telomer Gambar 9. Perbesaran DNA Kuartener
ini jika diteliti lebih dalam maka akan beruba
benang yang mengikat suatu bola kecil. Bola kecil
ini ada protein histon kecil atau biasa dikenal
histon. Benang yang mengikat histon adalah
heliks ganda DNA..

V. Tipe – Tipe RNA

5.1 . r-RNA
Ribosomal RNA (rRNA) adalah RNA
yang merupakan bagian dari Ribosom dan
berfungsi untuk sintesis protein pada makhluk
hidup. Disintesis dalam inti sel. rRNA dan
Ribosomal protein membentuk Ribosom
dengan presetanse berat 60% rRNA dan 40%
protein. Terdapat dua jenis rRNA yaitu Large
Subunit (LSU) dan Small Subunit (SSU).
Sebesar 75% total RNA adalah rRNA. rRNA
LSU dan SSU terletak berhimpitan dengan
mRNA berada diantaranya. Terdapat tiga
binding sites pada Ribosom yaitu A
(Aminoacyl-tRNA bidnign site), P (Peptidyl-
tRNA binding site) dan E (Exit site). Gambar 10. Struktur r-RNA

5.2 t-RNA
RNA Transfer adalah RNA yang berfungsi menerjemahkan kode genetik dari
RNA Duta (mRNA) dan membawa asam amino spesifik ke Ribosom dalam proses
sintesis protein. tRNA disebut juga antikodon yang memiliki kodon komplemen dari
mRNA atau kodon. Terdapat 61 jenis kodon yang mengkode 20 jenis asam amino.
Diperlukan minimal 31 tRNA untuk melakukan translasi dalam proses sintesis protein.

Gambar 11. Struktur t-RNA

 Struktur tRNA sekunder berbentuk menyerupai clover, hal ini menunjukan bahwa
tRNA terdiri atas dua struktur RNA yaitu stem (batang) dan loop (lingkaran). tRNAs
biasanya terdiri dari beberapa basa termodifikasi yang treletak pada bagian loop.
Struktur RNA Tersier dipengaruhi oleh interaksi basa pada sites yang berbeda. Interaksi
ini melibatkan pasangan basa nitrogen yang tidak umum atau adanya interaksi tiga atau
lebih basa nitrogen. Adenosin yang tidak berpasangan mempengaruhi interaksi sehingga
terbentuk struktur RNA tersier yang stabil. tRNA memiliki struktur tersier yang
menyerupai huruf “L”

anticodon loop

acceptor
tRNA stem

Gambar 13. Struktur t-RNA Tersier

5.3Gambar 12. Struktur t-RNA Sekunder
Pra-mRNA

Pre-mRNA merupakan RNA yang baru saja di transkripsi dari DNA dan merupakan
RNA yang belum matang. RNA ini mengandung intron dan ekson seperti ditunjukkan
Gambar 12 di bawah ini. Bagian intron tidak mengandung kode untuk asam amino,
sehingga akan dibuang pada saat pematangan RNA ini untuk menjadi mRNA.
Sementara itu bagian ekson merupakan bagian yang mengandung kode untuk asam
amino. Bagian-bagian ekson yang terputus karena penghilangan intron akan menyatu
kembali dan menjadi kesatuan mRNA yang utuh.

Gambar 14. Stuktur pre-mRNA

5.4 m RNA (messenger RNA)

mRNA ini berbentuk rantai untai tunggal yang lurus dan panjang. Pada RNA jenis ini
tidak terdapat tonjolan atau pun lipatan. mRNA merupakan salinan dari salah satu
untaian rantai DNA dengan intron yang telah dipotong. RNA ini berfungsi sebagai
pembawa pesan genetik dari DNA ke ribosom.

Gambar 15. Sruktur mRNA.

 Rantai mRNA memiliki beberapa bagian seperti yang ditunjukkan pada gambar
di atas, yaitu:
- 5’ cap (topi 5’). Bagian ini merupakan gugus guanosin trifosfat termetilasi yang
berikatan dengan gula ribose di atom karbon nomor 5.

Gambar 16. Struktur 5’ Cap pada mRNA.

- 5’ UTR dan 3’ UTR. 5’ UTR ( 5’ Untranslated Region) merupakan bagian

rantai polinukleotida yang terletak pada ujung mRNA (setelah topi 5’) yang
tidak ditranslasi oleh ribosom menjadi protein karena bagian ini terletak
sebelum start codon yang merupakan tanda dimulainya translasi mRNA.
Sementara itu, 3’ UTR terletak setelah stop codon sehingga juga tidak
ditranslasi oleh ribosom. Namun, bagian ini penting karena berfungsi untuk
menstabilkan mRNA, lokalisasi mRNA, dan efisiensi translasi. Setiap mRNA
memiliki 5’ UTR dan 3’ UTR yang berbeda-beda.
- Start codon. Bagian ini merupakan triplet basa nitrogen yang biasanya
memiliki kode AUG.
- Coding region (daerah pengodean). Daerah ini merupakan daerah yang
mengandung kode-kode yang disebut kodon untuk ditranslasi menjadi
protein. Daerah ini dimulai dari start codon hingga stop codon.
- Stop codon. Bagian ini merupakan triplet basa nitrogen sebagai penanda
selesainya translasi. Kode basa yang biasanya dimiliki stop codon adalah
UAA, UAG, dan UGA.
Poly(A) tail. Bagian ini merupakan rantai polinukleotida yang hanya memiliki basa
nitrogen berupa adenin. Bagian ini berfungsi untuk mencegah mRNA terdegradasi dan
membuat mRNA dapat keluar dari nukleus dan ribosom.

VI. Letak dan Bentuk Asam Nukleat dalam Tubuh

Asam nukleat yang paling umum adalah Asam deoksiribonukleat (DNA) dan Asam
ribonukleat (RNA). Asam nukleat ditemukan pada semua sel hidup termasuk dalam tubuh
manusia. Kromosom merupakan suatu struktur makromolekul yang berisi DNA, RNA dan
protein di mana informasi genetik dalam sel disimpan. Kromosom adalah pembawa gen yang
terdapat di dalam inti sel (nukleus).

6.1 Struktur Kromosom

Kromosom terdiri dari sentromer dan lengan kromosom. Sentromer tidak
mengandung gen dan merupakan tempat melekatnya kromosom. Secara mikroskopis,
sentromer terlihat terang karena kemampuan menyerap zat warna yang rendah. Sentromer
memiliki fungsi penting dalam pembelahan sel mitosis dan meiosis.
 Secara umum, sebuah kromosom terdiri atas lengan kromosom, kromonema,
sentromer, telomere dan satelit.

Gambar 17. Struktur Kromosom

1. Lengan Kromosom
Lengan kromosom merupakan bagian badan utama kromosom yang
mengandung gen. Setiap kromosom memiliki satu atau dua lengan. Setiap lengan
kromosom, terdapat benang halus yang terpilin. Lengan dibungkus oleh selaput tipis
dan didalamnya terdapat matriks yang berisi cairan bening yang mengisi seluruh
bagian lengan. Cairan ini mengandung benang-benang halus berpilin yang disebut
kromonema.

2. Kromomer
Kromonema berupa pita spiral yang terdapat penebalan. Bagian kromonema
yang mengalami pembelahan disebut kromomer. Kromomer berfungsi untuk
membawa sifat keturunan sehingga disebut lokus gen.

3. Sentromer
Sentromer merupakan bagian kepala kromosom yang berbentuk bulat. Bagian
kepala ini merupakan pusat kromosom dan membagi kromosom menjadi dua lengan.
Bagian ini merupakan daerah penyempitan pertama pada kromosom yang khusus
dan tetap.

Daerah ini disebut juga sebagai kinetokor atau tempat melekatnya benang-
benang gelendong (spindle fober). Elemen-elemen ini berfungsi untuk
menggerakkan kromosom selama mitosis atau sebagian dari mitosis. Pembelahan
sentromer ini akan memulai gerakan kromatid pada masa anaphase.

4. Telomer
Pada bagian ujung kromosom terdapat suatu tambahan yang disebut telomere.
Telomere merupakan bagian ujung-ujung kromosom yang dapat menghalangi atau
menghindari tersambungnya ujung kromosom yang satu dengan kromosom yang
lain.

5. Satelit
Satelit yaitu suatu tambahan atau tonjolan yang terdapat pada ujung kromosom.
Namun demikian, tidak semua kromosom mempunyai satelit.
KESIMPULAN

Asam nukleat ditemukan oleh ilmuwan muda Swiss yang bernama Friedrich Miescher. Asam
nukleat terbagi menjadi dua jenis, yaitu DNA dan RNA. DNA dan RNA memiliki penyusun yang hampir
sama. Struktur primer keduanya disusun dari nukleosida yang saling berikatan yang disebut nukleotida.
Nukleotida tersusun dari 3 komponen, yaitu asam fosfat, gula aldopentosa, dan basa nitrogen. Asam
fosfat pada DNA dan RNA sama yaitu asam ortofosfat. Hal yang membedakan yaitu dari gula
aldopentosa dimana DNA adalah deoksiribosa dan RNA adalah ribosa. Basa purin dari keduanya sama
yaitu adenin dan guanin, tetapi basa pirimidin DNA adalah sitosin dan thymin, RNA adalah sitosin dan
urasil. Struktur DNA dapat dibagi menjadi struktur primer, sekunder, tersier dan kuartener, sementara
struktur RNA dibagi menjadi primer, sekunder, dan tersier. Menurut Watson-Chick, DNA dapat dibagi
menjadi 3 tipe yaitu bentuk B, bentuk A, dan bentuk Z. Sementara RNA berdasarkan fungsinya dibagi
menjadi tiga yaitu mRNA, tRNA, dan rRNA. DNA berperan sebagai materi genetik yang bertanggung
jawab dalam penurunan sifat genetika, yaitu mengendalikan proses pembentukan rantai protein dengan
cara menyandikan protein tersebut. RNA berfungsi sebagai penyimpan dan penyalur informasi genetik,
yaitu untuk mentransfer kode genetik guna pembentukan protein.

Daftar Pustaka

Albert, Johnson. 1994. Molecular Biology of The Cell. USA: Garland Science.
Karp, Geral. 2006. Cell and Molecular Biology. United States of America: Wiley.
Metzler, David E. 2003. Biochemistry: The Chemical Reaction of The Living Cells. Edisi Kedua. USA:
Elsevier Academic Press.
Nelson, David L dan Michael M. Cox. 2008. Lehninger Principles of Biochemistry. New York: WH
Freeman and Company.
Yuwono, Triwibowo. 2005. Biologi Molekuler. Jakarta: Erlangga