MAKALAH BIOLOGI DASAR

SENYAWA NUKLEOTIDA DAN PERAN BIOLOGISNYA

Dosen Pengampu :
Riska Rian Fauziah, S.Pt., M.P., M.Sc., Ph.D.

Disusun oleh:
Aurel Novita Widiantri (221710101002)
Siti Chotijah (221710101029)
Durriyyah (221710101038)
Hikmah Yaumil Maulidyah (221710101053)
Rahma Auliya Zulfa (221710101074)
Saskia Agustin (221710101080)
Fahmi Adita Kurnia (221710101089)
Arrijal Habiibullah Santoso (221710101092)
Gading Dinar Chandika (221710101119)

JURUSAN TEKNOLOGI HASIL PERTANIAN

FAKULTAS TEKNOLOGI PERTANIAN
UNIVERSITAS JEMBER
2022
1. Pengertian Nukleotida

Nukleotida yang merupakan monomer asam nukleat memiliki banyak fungsi dalam
metabolisme sel. Sebagai komponen asam nukleat, asam deoksiribonukleat (DNA) dan asam
ribonukleat (RNA), nukleotida berfungsi sebagai gudang informasi genetik. Struktur protein
dan metabolisme biomolekul dan komponen seluler lainnya adalah produk informasi yang
diprogram menjadi nukleotida. RNA juga terdiri dari nukleotida yang memiliki banyak
fungsi. RNA ribosom (rRNA) adalah bagian dari ribosom yang bertanggung jawab untuk
sintesis protein. Messenger RNA (mRNA) adalah perantara yang membawa informasi
genetik dari gen ke ribosom. Transfer RNA (tRNA) adalah molekul yang menerjemahkan
informasi menjadi mRNA untuk menentukan asam amino tertentu. Selain genom, nukleotida
adalah bagian dari koenzim, donor kelompok fosforil (ATP dan GTP), donor gula (gula UDP
dan GDP) atau donor lipid (asilgliserol CDP). Bentuk energi dalam metabolisme tubuh
tergantung pada transfer gugus fosforil.

Nukleotida memiliki tiga komponen karakteristik, yaitu basa nitrogen heterosiklik, gula
pentosa, dan gugus fosfat. Molekul nukleotida yang gugus fosfatnya telah dihidrolisis disebut
nukleosida. Blok bangunan DNA adalah empat basa nitrogen yaitu adenin (A), guanin (G),
sitosin (C) dan timin (T). RNA depan adalah adenin (A), guanin (G), sitosin (C) dan urasil
(U). Adenin dan guanin adalah basa nitrogen purin, sedangkan sitosin, timin, dan urasil
adalah turunan pirimidin.

2. Struktur Nukleotida

Asam Nukleat memiliki susunan yang unik, yaitu berupa polimer yang disusun atas
monomer yang disebut Nukleotida. Nukleotida sendiri memiliki 3 komponen struktur
penting, yang terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula pentosa, dan sebuah basa nitrogen.

1) Gugus Fosfat

Gugus fosfat adalah salah satu komponen penting dalam penyusunan nukleotida,
karena membentuk ikatan fosfodiester bersama gula pentosa untuk membentuk sisi
 tangga DNA, mengingat ikatan hydrogen yang bergabung dengan basa nitrogen
tidaklah kuat. Sisi tangga inilah yang memungkinkan DNA berikatan dengan air.
Selain itu, gugus fosfat juga merupakan atom fosfor yang terikat dengan 4 atom
oksigen, ikatan tersebut berfungsi sebagai penyimpanan energi. Alhasil apabila ikatan
rusak, maka energi yang disimpan dapat digunakan sebagai pengganti.

2) Basa Nitrogen

Basa nitrogen ialah informasi pusat yang akan membawa bagian dari struktur
nukleotid. Basa nitrogen ini akan berikatan satu sama lain dengan ikatan beta pada
atom karbon dari gula ribose. Ada 2 jenis basa nitrogen yang menyusun nukleotida,
yaitu purin dan pirimidin. Purin ini akan berikatan ke gula ribose pada atom N-9 dari
struktur cincin, sedangkan Pirimidin sendiri akan berikatan dengan gula ribose pada
atom N-1 dari struktur cincinnya.

3) Gula Pentosa

Gula pentose penyusun nukleotida mempunyai bentuk furanose. Gula ini berada
diantara DNA (asam deoksiribonukleat) dan RNA (asam ribonukleat). Dalam
penulisannya diberi tanda prime (‘) untuk membedakan penomoran pada basa
nitrogen. Dua gula pentosa penyusun nukleotida ialah 2-deoxy-D-ribosa dan D-ribosa.

3. Klasifikasi nukleotida berdasarkan susunan basa nitrogen

Salah satu penyusun nukleotida yaitu basa nitrogen. Ada empat sub unit pembentuk basa
nitrogen DNA dan RNA. Unit pembentuk DNA yaitu adenin (A), timin (T), guanin (G), dan
sitosin (C). Sedangkan pada RNA unit pembentuknya yaitu adenin (A), urasil (U), guanin
(G), dan sitosin (C). Urasil (U) pada RNA sebagai pengganti timin (T). Klasifikasi nukleotida
berdasarkan susunan basa nitrogen yaitu pirimidin dan purin. Adenin (A) dan guanin (G)
merupakan jenis basa nitrogen pirimidin, sedangkan sitosin (C), timin (T) dan urasil (U)
merupakan jenis basa nitrogen purin.

Pada DNA adenin (A) akan berpasangan dengan timin (T) dan guanin (G) akan berpasangan
dengan sitosin (C). Sedangkan pada RNA adenin (A) akan berpasangan dengan urasil (U) dan
guanin (G) akan berpasangan dengan sitosin (C).

DNA

DNA merupakan polimer asam nukleat tersusun secara sistematisa dan sebagai pembawa
informasi genetik yang akan diturunkan kepada jasad keturunannya. Pada penyusunan
infomasi genetik berupa kodon yang terdiri dari tiga pasang basa nukleotida yang akan
menentukan bentuk, struktur, maupun fisiologi dari suatu jasad.

Secara struktural, DNA termasuk polimer nukleotida yang setiap nukleotida terdiri atas gula
deoksiribosa, phosphat, dan basa. Pada makhluk hidup, DNA dapat ditemukan pada inti sel
(nukleus), mitokondria dan klorofil. Sedangkan pada manusia hanya ditemukan di nukleus
dan mitokondira. Pada DNA nukleus memiliki jumlah pasang basa sekitar tiga miliyar yang
pengorganisasian diawali oleh pengikatan DNA dengan oktamer histon yang membentuk
nukleosom. Sepotong sekuens DNA dengan panjang sekitar 146 – 147 pasang basa akan
mengelilingi delapan histon sebanyak 1.67 kali. Nukleosom akan berpolimerisasi membentuk
polinukleosom lalu disimpan di dalam kromosom. Kromosom kromosom tersebut berada
dalam DNA akan menggandakan diri pada proses pembelahan sel. Di sisi lain DNA pada
mitokondria (atau mtDNA) yang berbentuk sirkuler (melingkar) dengan jumlah pasang basa
lebih sedikit daripada jumlah pasang basa pada DNA nukleus, yakni sekitar 160.000. apabila
terjadi suatu mutasi pada mtDNA maka mengakibatkan kerusakan pada sistem yang peka
terhadap kebutuhan energi seperti pada sistem saraf dan otot.

DNA memiliki tiga struktur yaitu struktur primer, sekunder, dan tersier. Penjelasan mengenai
struktur DNA adalah sebagai berikut:

1) Struktur Primer
DNA tersusun dari monomer monomer nukleotida yang setiap nukleotida terdiri atas satu
basa nitrogen berupa golongan senyawa purin dan pirimidin, satu gula pentosa yang
berupa 2’-deoksi-D-ribosa dalam bentuk furanosa, serta satu molekul fosfat. Pada
penulisan urutan basa dimulai dari kiri yaitu ujung 5’ bebas (yang tidak terikat nukleotida
lain) menuju ujung dengan gugus 3’ hidroksil bebas atau arah 5’ – 3’

2) Struktur sekunder
Komposisi basa penyusun merupakan salah satu sifat biokimia DNA. Kesimpulan yang
diambil dari data yang dilakukan oleh Edwin Chargaff pada pemisahan dan analisis
kuantitatif keempat basa DNA dengan menggunakan metode kromatografi adalah sebagai
berikut:

a. Komposisi pada basa DNA bervariasi antara spesies yang satu dengan yang lain
b. Mempunyai komposisi basa yang sama pada sampel DNA yang diisolasi dari
berbagai jaringan dengan spesies yang sama
c. Tidak mengalami perubahan pada komposisi DNA suatu spesies oleh perubahan usia,
keadaan nutrisi maupun perubahan lingkungan
d. Mempunyai jumlah residu adenin yang sama dengan jumlah residu timin (A=T), dan
jumlah residu guanin yang sama dengan jumlah residu sitosin (G=C) maka A+G=C+T
di hampir semua DNA yang diteliti yang disebut dengan aturan Charrgaff
 e. Mempunyai komposisi basa yang hampir sama pada DNA yang diekstraksi dari
spesies spesies dengan hubungan kekerabatan yang dekat.

3) Struktur tersier
Pada kebanyakan DNA virus dan pada DNA Mitokondria termasuk dalam molekul
lingkar. Hal ini terjadi karena kedua untaj polinukleotida membentuk struktur yang
tertutup dan tidak memiliki ujung. Bentuk superkoil merupakan bentuk dari molekul
DNA lingkar tertutup yang disolasi dari bakteri, mitokondria dan virus. DNA juga dapat
berbentuk molekul linier dengan ujung ujung rantainya yang bebas.

RNA

RNA atau ribonucleic acid adalah senyawa kompleks berbobot molekul tinggi yang
mempunyai fungsi dalam sintesis protein seluler. Pada beberapa virus, RNA terkadang
menjadi pembawa kode genetik untuk menggantikan DNA. RNA terdiri dari nukleotida
ribosa (basa nitrogen yang ditambah ke gula ribosa) kemudian diikat oleh ikatan fosfodiester,
lalu membentuk untaian panjang yang bervariasi. Basa nitrogen pada RNA ialah adenin,
guanin, sitosin, dan urasil, yang menggantikan timin pada DNA. RNA memiliki struktur
rantai pendek dan tinggal.

RNA terbagi menjadi tiga jenis, yaitu

a) mRNA

Memiliki bentuk linier dan memiliki ukuran yang bervariasi. Fungsi mRNA ialah sebagai
pembawa kodon atau kode genetik yang disimpan dalam bentuk triplet nukleotida untuk
memanggil asam amino tertentu.

b) rRNA

Srukturnya berupa pita tunggal yang tidak bercabang dan fleksibel. rRNA merupakan
bagian yang menyusun ribosom dan berfungsi sebagai adaptor atau penyelaras sintesis
polipeptida.

c) tRNA

Mempunyai bentuk seperti daun semanggi yang terdiri dari 75 hingga 90 nukleotida.
Fungsi RNA-t yaitu membaca asam amino yang dibutuhkan dengan melekatkan diri pada
RNA-d, kemudian mengantarkannya ke dalam ribosom

ATP

Adenosine triphosphate (ATP) memiliki struktur adenosin yang terikat dengan tiga gugus
fosfat. Adenosin adalah nukleosida yang mengandung basa nitrogen adenin dan gula pentosa
ribosa. Tiga gugus fosfat yang terikat pada gula pentosa dilabeli dengan nama α, β, dan γ.
Gugus fosfat tersebut merupakan gugus konstituen yang kaya akan energi.
 Gambar Struktur Adenosine Triphosphate (ATP)

Ikatan energi tinggi fosfoanhidrat jika mengalami hidrolisis akan menghasilkan energi.
Energi yang dilepaskan berasal dari perubahan kimia ke tingkat energi yang lebih rendah.
Hidrolisis ATP terlibat dalam metabolisme selular seperti mekanika, transport dan kimia. Di
dalam sel, energi dari reaksi eksergonik hidrolisis ATP akan digunakan untuk reaksi
endergonik. Reaksi eksergonik adalah reaksi yang akan menghasilkan energi sedangkan
reaksi endergonik adalah reaksi yang memerlukan energi. ATP dapat mengalami regenerasi
dengan membentuk siklus melalui reaksi katabolisme dan anabolisme. Hidrolisis ATP akan
menghasilkan adenosine diphosphate (ADP) dan gugus fosfat anorganik (Pi).

ATP + H2O ⇆ ADP + Pi + energi bebas

Gambar Reaksi Hidrolisis ATP menjadi ADP

Gambar Regenerasi ATP pada Reaksi Eksorgenik dan Endorgenik

Pada respirasi selular, glukosa dan molekul organik lainnya dipecah menjadi molekul lebih
kecil lewat beberapa tahap. Elektron dari senyawa organik biasanya ditransfer ke NAD+
sebagai koenzim. Nicotinamide Adenine Dinucleotide (NAD+) akan berfungsi sebagai agen
pengoksidasi dengan membentuk Nicotinamide Adenine Dinucleotide Hydrate (NADH).
Energi yang dihasilkan akan digunakan untuk regenerasi ATP.

Gambar Reaksi Dehidrogenas NAD+ menjadi NADH

4. Peranan Biologis
 Nukleotida merupakan suatu senyawa biologi yang memiliki peran penting dalam hampir
semua proses biokimia seluler. Berikut ini peran Nukleotida:

1. Sebagai penysun utama DNA yang terdiir atas adenine, guanine, cytosine, thymine
dan RNA yang terdiri atas Adenine, guanine, cytosine, dan urasil.
2. Nukleotida sebagai energy currency di dalam sel. Nukleotida berperan sebagai
senyawa penukar energi yang universal. ATP merupakan suatu nukleotida adenin.
Rantai respirasi menyediakan sebagan besar energi yang ditangkap di dalam
metabolisme ADP merupakan molekul yang ditangkap sebagian energi bebas dalam
bentuk fosfat ditangkap sebagain energi bebas dalam bentuk fosfat berenergi tinggi,
yang dilepas oleh proses katabolisme. ATP yang dihasilkan pada proses katabolisme
akan menghantarkan energi.
3. Nukleotida adalah monomer penyusun RNA, DNA, dan beberapa kofaktor seperti
CoA, FAD, FMN, NAD, dan NADP.
4. Nukleotida berperan dalam metabolisme sel.
Contohnya: nukleotida jenis adenosin triphospat yang merupakan pembawa energi
utama ke dalam sel tubuh. Tanpa nukleotida ini sel tubuh tidak akan berfungsi.
5. Nukleotida juga berfungsi untuk membantu sintesa lemak, karbohidrat, dan protein.
6. Nukleotida juga berperan penting dalam membangun kekebalan tubuh terhadap
infeksi.
7. Nukleotida seperti siklik AMP(cAMP) dan siklik GMP(cGMP) berperan sebagai
second messenger dalam jalur penjalaran sinyal. Selain itu, nukleotida berperan
penting sebagai arus energi didalam sel.
8. Nukleotida juga sebagai gudang informasi genetik.

.
DAFTAR PUSTAKA

Arifin, Z. 2020. Nukleotida dan Asam Nukleat. Diakses melalui

https://slideplayer.info/slide/15306470/. [Diakses pada 14 November 2022]

Pratiwi, N. 2022. Nukleotida adalah — struktur, fungsi, regulasi, sintesis.

https://adalah.top/nukleotida/index.html. [Diakses pada 14 November 2022]

Rachmania, R. A. 2018. Bio Sintesis Nukleotida. Diakses melalui

https://onlinelearning.uhamka.ac.id/pluginfile.php/463703/mod_resource/content/1/
Biosintesis%20Nukleotida.pdf. [Diakses pada 14 November 2022]

Kurniawati, P. dan R. Banowati. 2017. Modul Biokimia. Jilid 1. Program DIII Analisis Kimia,
Fakultas MIPA, Universitas Islam Indonesia.

Pratama, G. A. 2018. Struktur DNA dan Pengaruh Perubahannya.

https://docplayer.info/72038226-Struktur-dna-dan-pengaruh-perubahannya.html. [Diakses
pada 15 November 2022]

Chatterjee, K. 2022. RNA. https://www.britannica.com/science/RNA. [Diakses pada 15

November 2022]

Utami, S. N. 2020. RNA: Pengertian, Sruktur, dan Fungsi.

https://www.kompas.com/skola/read/2020/10/31/235706569/rna-pengertian-struktur-dan-
fungsi?
page=all&jxconn=1*1x547wp*other_jxampid*TWV6eWpFQTVOdktjSjB1ZFFkMTVmZEx
vMjdIdld5M3lod1J2cHBSamx0dTg3b0NubXNFd0RhcWo2VVlfWnlTVQ..#page2. [Diakses
pada 15 November 2022]

Kurniawa, A. 2022. Pengertian RNA Beserta Struktur, Jenis Dan Fungsi.

https://www.gurupendidikan.co.id/pengertian-rna/. [Diakses pada 15 November 2022]

Fuadi, R. 2018. Asam Nukleat. https://farmasi.fkunissula.ac.id/sites/default/files/ASAM

%20NUKLEAT.pdf. [Diakses pada 15 November 2022]