TUGAS BIOKIMIA

LANJUT
OLEH:
YOHANA RARAS ANU
 1. ASAM NUKELAT
Asam nukleat merupakan polimer besar dengan ukuran yang bervariasi antara 25.000 /1.000.000 s/d 1 milyar. Asam nukleat baik DNA
maupun RNA tersusun dari monomer nukleotida . Nukleotida tersusun dari gugus fosfat, basa nitrogen dan gula pentosa. Basa nitrogen
berasal dari kolompok purin dan pirimidin. Purin utama asam nukleat adalah adenin dan guanin,
sedangkan pirimidinnya adalah sitosin, timin dan urasil. Monomer nukleotida sebagai struktur primer asam nukleat diperoleh dari hasil
hidrolisis asam nukleat. Proses hidrolisis lebih lanjut dari monomer nukleotida akan dihasilkan asam fosfat dan nukleosida. Proses
hidrolisis ini dilakukan dalam suasana basa. Jika hidrolisis dilanjutkan kembali terhadap senyawa nukleosida dalam larutan asam berair
akan dihasilkan molekul gula dan basa nitrogen dengan bentuk heterosiklik. Sehingga komposisi molekul penyusun asam nukleat
diketahui dengan jelas.
 Senyawa gula penyusun nukleotida merupakan gula dengan atom Karbon 5 (lima) yaitu 2-deoksi-D-ribosa dan D-
ribosa.
Basa nukleosida yang ditemukan pada asam nukleat adalah adenin (dilambangkan A), sitosin (C, dari cytosine),
guanin (G), timin (T) dan urasil (U).
Nukleotida merupakan nukleosida yang gugus gula pada posisi 5’-nya mengikat asam fosfat (gugus fosfat)
dengan ikatan ester. Nukleosida terdiri atas pentosa ( deoksiribosa atau ribosa) yang mengikat suatu basa (derivat purin atau
pirimidin) melalui ikatan glikosida. Nukleosida dalam bentuk bebas ada memiliki fungsi penting bagi kesehatan contohnya,
puromisin yang berfungsi sebagai antibiotik yang menghambat sintesis protein ( dihasilkan oleh streptomyces). Arabinosil sitosin
dan arabinosil adenin sebagai anti virus dan anti jamur. Nukleotida terdapat sebagai molekul bebas atau berikatan dengan dengan
sesama nukleotida membentuk asam nukleat.
Beberapa nukleotida yang mempunyai fungsi penting dalam sel misalnya Adenosin 5’ monofosfat (AMP),
Adenosin 5’ –difosfat (ADP) dan Adenosin 5’-trifosfat (ATP) yang berperan penting dalam transfer gugus fosfat untuk menerima
dan mengantar energi.
Basa asam nukleat adalah suatu heterosiklik aromatik yang berasal dari pirimidin atau purin. Lima dari basa-basa
ini bersama-sama merupakan komponen utama dari asam nekleat dari selarah jaringan hidup. Basa purin adenine ( Ade ) dan
guanin (Gua) seperti juga basa pirimidin sitosin (Cyt) di jumpai dalam RNA dan DNA.
Struktur asam nukleat dapat dilihat/tertulis dalam bentuk struktur primer, sekunder, dan tersier. Struktur primer terbentuk bila
gugus fosfat satu nukleotida berikatan ester dengan gugus hidroksil nukleotida lain melalui ikatan kovalen. Penggabungan berbagai
nukleotida ini membentuk rantai rantai panjang (polinukleotida). Dua ciri penting semua polinukleotida adalah:
1. Ikatan fosfodiester polinukleotida antara unit-unit monomer selalu antara karbon 3’ dari satu monomer dan karbon 5’ dari
yang berikutnya. Jadi 2 ujung DNA dari rantai polinukleotida linear tersebut akan berlawanan. Satu ujung secara normal
akan melakukan reaksi dengan fosfat 5’ dan yang lain bereaksi dengan gugus hidroksil 3’.

2. Rantai polinukleotida mempunyai kekhasan, ditentukan melalui urutan basanya.

 DNA dan RNA
Asam nukleat adalah senyawa-senyawa polimer yang menyimpan semua informasi genetika, yaitu seperangkat “ cetak biru “
tentang karakteristik actual dan potensial yang diterima oleh suatu organisme dari generasi sebelumnya, untuk kemudian
diwariskan ke generasi berikutnya.
Asam nukleat ada dua macam :
1. Asam Deoksiribonukleat (DNA)
2. Asam Ribonukleat (RNA)

3. DNA
DNA merupakan molekul raksasa yang tardapat didalam nukleus ( inti sel ),
dengan massa molekul relatif (Mr) berkisar dari 6 juta sampai 16 juta. Setiap
bagian fungsional DNA dikenal sebagai gen. Ribuan gen dari suatu organisme
mengandung sandi genetic untuk urutan protein. Artinya, ia mengandung suatu
informasi untuk sederetan rantai asam amino protein. Setiap asam amino
dituliskan didalam urutan DNA yang sesuai dengan bantuan kodon yang terdiri
atas tiga pasangan basa yang berurutan.
 Molekul DNA terdiri dari dua rantai polimer yang melengkung heliks ganda. Heliks ganda tersebut
dikukuhkan oleh ikatan hydrogen antara lain timin dari rantai yang satu dengan adenine dari rantai yang lain. Dan antara
sitosin dari rantai yang satu dengan guanin dari rantai lainnya. Untuk ekspresi suatu gen, artinya sintasis dari protein-
protein yang sesuai, informasi urutan DNA perlu diubah menjadi suatu urutan protein. Karena DNA sendiri tadak ikut
ambil begian pada sintesis protein. Maka informasi perlu dipindahkan dari inti sel sempai ketempat dimana protein
disintesis yaitu di ribosom.
Pada DNA tidak mengandung urasil, melainkan digantikan dengan timin (2,6-duoksi-5-metilpirimidin).
Didalam sel, gugus 5’-OH dari komponen gula pada nukleosida pada umumnya teresterisasi dengan asam fosfat. Dari
adenosin akan terbentuk adenosain 5’-OH monofosfat (AMP) dan dari dA yang sesuai dengannya dalam dAMP
Kalau rantai 5’-fosfat dihubungkan dengan rantai fosfat lainnya melalui ikatan asam anhidrida, maka diperoleh nukleosida
difosfat dan trifosfat, misalnya ADP dan ATP. Kedua nuklesida ini merupakan koenzim penting pada metabolisme energi.
Molekul DNA yang panjang ini terbentuk oleh ikatan antara atom C nomor 3 dengan atom C nomor 5 pada
molekul deoksiribosa dengan perantaraan gugus fosfat. Secara kimia DNA mengandung karakteri/sifat sebagai berikut:
Memiliki gugus gula deoksiribosa. Basa nitrogennya guanin (G), sitosin (C), timin (T) dan adenin (A). Memiliki rantai
heliks ganda anti paralel Kandungan basa nitrogen antara kedua rantai sama banyak dan berpasangan spesifik satu dengan
lain. Guanin selalu berpasangan dengan sitosin ( G –C), dan adenin berpasangan dengan timin (A – T), sehingga jumlah
guanin selalu sama dengan jumlah sitosin. Demikian pula adenin dan timin.
 Ada tiga jenis RNA yaitu tRNA (transfer RNA), mRNA ( messenger RNA ) dan rRNA (ribosomal RNA).
Ketiga macam RNA ini mempunyai fungsi yang berbeda-beda, tetapi ketiganya secara bersama-sama
mempunyai peranan penting dalam sintesis protein.
-tRNA
Molekul yang kecil
Basanya : A, G dan U yang termetilasi.
Jumlahnya hanya sedikit dari total RNA dalam sel
Mengangkut (transport) asam amino spesifik ke
Ribosom untuk proses sintesis protein
-mRNA
Basa nya : A, G, C dan U
Disintesis dalam inti sel pada proses transkripsi
Pembawa informasi genetik dari DNA untuk
Sintesis protein
Umurnya pendek→ mengalami Degradasi/resintesis
-r RNA
Bagian terbanyak dari RNA dalam sel (80%)
Merupakan 60% dari berat ribosom
Basa utamanya : A, G, C, U
Fungsinya belum jelas
2. RNA

RNA merupakan polimer yang mempunyai massa molekul lebih kecil yaitu dari 20 ribu sampai 40 ribu. Bagian yang relevandari gen,
disalin menjadi suatu RNA caraka (messenger RNA, mRNA). Urutan mRNA yang berbentuk sejodoh dengan rantai DNA yang
mengandung sandi gen yang sesuai. Karena RNA mengandung urasil sebagai pengganti ti-min, maka dari triplet DNA AAG misalnya
akan terbentuk kodon mRNA UUC. Asam ribonukleat adalah suatu polimer yang terdiri atas molekul-molekul ribonukleotida. Seperti
DNA asam ribonukleat terbentuk oleh adanya ikatan antara atom C nomor 3 dengan atom C nomor 5 pada molekul ribosa dengan
perantaraan gugus fosfat. Rumus strukturnya sama dengan DNA tetapi gulanya adalah ribosa ( atom C nomor 2 mengikat gugus OH).

RNA memiliki sifat spesifik yang berbeda dengan sifat kimia DNA, yakni dalam hal:
1. Gula pentosanya adalah ribosa
2. RNA memiliki ribonukleotida guanin(G), sitosin (C), adenin (A) dan Urasil (U) pengganti Timin pada DNA.
3. Untai fosfodiesternya adalah untai tunggal yang bisa melipat membentuk jepit rambut seperti untai ganda.Beda dengan DNA
bentuk molekulnya heliks ganda.
4. Presentasi kandungan basa tidak harus sama, pasangan adenin tidak harus sama dengan urasil, dan sitosin tidak harus sama
dengan guanin.
Adapun basa organic yang terdapat pada RNA ada empat macam yaitu:
1. Adenin (6-Aminopurin) atau A,
2. Guanin (6-oksi-2-aminopurin) atau G
3. Sitosin (2-oksi-6-aminopurin) atau C
4. Urasil (2,6-dioksipirimidin) atau U
Pada nukleosida dan nukleotida, rantai pentosa terdapat dalam bentuk furanosa. Gula dan basa dihubungkan melalui
suatu ikatan N-glikosidik antara C-1 gula dan N-9 cincin purin atau N-1 pirimidin. Ikatan ini selalu mempunyai konfigurasi. Jika basa
organik berkaitan dengan pentosa, terbentuklah suatu nukleosida, dan jika nukleosida berkaitan dengan dengan asam fosfat,
terbentuklah suatu nukleotida.

Nukleosida pada RNA

Adenin + Ribosa = Adenosin
Guanin + Ribosa = Guanosin
Sitosin + Ribosa = Sitodin
Urasil + Ribosa = Uridin

Struktur sekunder RNA adalah kumparan acak tunggal dan beberapa bagian berbentuk heliks yang menunjukkan pasangan basa.
Struktur sekunder RNA bermacam-macam sesuai jenis RNA-nya. Jenis mRNA dapat berbentuk heliks, tRNA berbentuk daun
semanggi dan rRNA berbentuk acak.
 Replikasi DNA
Replikasi DNA merupakan proses biologis yang terjadi pada semua organisme (makhluk
hidup), ketika sebuah molekul DNA menghasilkan dua salinan identik DNA. Replikasi DNA
dilakukan untuk memperbanyak molekul DNA, agar DNA tidak termutasi. Hal ini
disebabkan karena DNA adalah cetak biru (blue print) bagi segala aktivitas sel. Apabila
ditemukan masalah pada DNA, maka seluruh aktivitas sel di dalam tubuh akan
mengalami gangguan fungsi.

Proses dan Tahapan Replikasi DNA

• Inisiasi
Replikasi diawali dengan proses pemutusan ikatan hydrogen yang menghubungkan dua
basa nitrogen, dimulai dari tempat atau lokasi yang bisa dikenali. Pemutusan ikatan ini
dilakukan oleh enzim helicase. Setelah ikatan terpelas, ada protein SSB di rantai tersebut
yang berfungsi mencegah basa nitrogen untuk berikatan kembali.
• Sintesis Primer
RNA Polymerase mensintesis bentangan-bentangan pendek RNA ke untaian DNA yang ada. DNA Polymerase
platform digunakan untuk menyalin rantai DNA. Setelah primer terbentuk di kedua untai, DNA Polymerase
akan memperjanjang primer menjadi untaian DNA baru.
• Sintesis Leading Strand
DNA Polymerase dapat menambahkan nukleotida baru (hanya untuk ujung 3’ dari untaian yang ada), karena itu
dapat mensintesis DNA dalam arah 5’ à 3’ saja.
Walau demikian, untai DNA berjalan di arah yang berlawanan dan sintesis DNA pada satu untai dapat erjadi
terus menerus, yang disebut sebagai Leading Strand.
• Sintesis Lagging Strand
Pada untaian yang berlawanan, DNA disintesis secara terputus dengan menghasilkan serangkaian fragmen kecil
dari DNA baru dalam arah 5’ à 3’. Fragmen ini disebut dengan Okazaki, lalu kemudian bergabung untuk
membentuk Lagging Strand.
• Penghapusan Primer
Meskipun untaian DNA baru telah disintesis primer, RNA yang hadir pada untaian baru yang terbentuk
harus digantikan oleh DNA. Proses ini dilakukan oleh enzim DNA Polymerase 1.
Khusus menghilangkan primer RNA melalui 5’ à 3’ aktivitas eksonukleasenya, dan menggantikan mereka
dengan deoksiri-bonukleotida baru oleh aktivitas polymerase DNA.
• Ligasi
Setelah penghapusan primer selesai, untaian tertinggal masih mengandung celah antara fragmen Okazaki
yang berdekatan. Enzim ligase mengidentifikasi celah tersebut dengan menciptakan ikatan fosfodiester
antara 5 ‘fosfat dan 3′ gugus hidroksil fragmen yang berdekatan.
• Pemutusan
Replikasi ini menghentikan dilokasi terminasi khusus yang terdiri dari urutan nukleotida yang unik. Urutan
ini diidentifikasi oleh protein khusus yang disebut tus, yang secara fisik menghalangi jalur helikase. Ketika
helikase bertemu protein, tus itu jatuh bersama dengan untai tunggal protein pengikat.
Poin Penting dalam Replikasi DNA
1. Replikasi DNA terjadi dalam dua arah yang berbeda/berlawanan (bidireksional)

2. Setiap pemanjangan sebuah rantai DNA baru, akan diawali oleh primer

3. Enzim DNA Polymerase hanya aktif melakukan replikasi DNA pada arah 3’ – 5’ rantai DNA
(dengan demikian, proses pemanjangan rantai nukleotida berjalan normal pada salah satu rantai
DNA saja).

4. Okazaki fragmen akan terbentuk pada rantai DNA yang lainnya, untuk melakukan pemanjangan
rantai DNA yang baru.

5. Fragmen yang telah terputus-putus akan disambung dengan enzim ligase.

 SINTESIS PROTEIN
Sintesis protein merupakan suatu proses perubahan asam amino yang ada
pada linear menjadi protein dalam tubuh. Sintesis protein merupakan
rangkaian proses ketika DNA yang diubah menjadi molekul RNA, selanjutnya
RNA menjadi protein.
Sintesis protein terdiri dari beberapa proses, yaitu:
1. proses transkripsi,
2. translasi, serta
3. pelipatan protein.

Tahapan Sintesis Protein

1. Transkripsi
Transkripsi adalah proses pembentukan RNA dari salah satu DNA sense atau pita
cetakan DNA. Pada proses transkripsi ada tiga jenis RNA yang dihasilkan, yaitu mRNA,
tRNA, dan rRNA. DNA dengan bantuan dari enzim RNA polimerase. Transkripsi terjadi di
dalam sitoplasma yang diawali dengan proses pembukaan rantai ganda. Pada proses
ini terdapat rantai tunggal yang memiliki fungsi sebagai rantai sense. Sementara itu,
rantai lainnya berasal dari pasangan DNA yang dikenal sebagai rantai antisense.
Tahap transkripsi pada sintesis protein dibagi lagi menjadi tiga tahap, yaitu tahap
inisiasi, elongasi, serta terminasi.
3 Tahapan transkripsi

Inisiasi : Terdapat promotor atau RNA polimerase yang

terikat pada untaian DNA yang ditemukan di dekat awal
dari suatu gen. Setiap gen memiliki promoter masing-
masing. Setelah terikat, RNA polimerase akan memisahkan
rantai ganda DNA dan menyediakan cetakan untaian
tunggal untuk proses transkripsi.
Elongasi : Satu untaian cetakan DNA memiliki fungsi sebagai
cetakan yang dipakai oleh enzim polimerase. RNA polimerase
akan membaca cetakan tersebut sekaligus membantu RNA
keluar dari nukleotida untuk membuat suatu rantai yang
tumbuh dari 5’ ke 3’. Selanjutnya, RNA transkripsi akan
membawa informasi yang sama dari untaian DNA coding atau
DNA non-template.
Terminasi : Tahap terminasi menunjukkan dan memberikan sinyal
jika proses transkripsi RNA telah selesai dilakukan. Setelah
berhasil ditranskripsi, RNA polimerase akan melepaskan hasil
transkripsi RNA.
2. Translasi
Translasi adalah proses urutan nukleotida yang ada di mRNA untuk menentukan urutan asam amino pada
pembentukan protein. Pada proses translasi, sel akan membaca informasi yang terdapat pada mRNA dan
memakai informasi tersebut untuk membentuk protein. Dalam pembentukan protein dibutuhkan sebanyak 20
macam amino yang berasal dari terjemahan kodon mRNA. Selanjutnya, rantai polipeptida yang lebih spesifik akan
terbentuk. Sama seperti proses transkripsi, translasi juga dibagi menjadi tiga tahap, yaitu inisiasi, elongasi, dan
terminasi.

Inisiasi : Setelah keluar dari nukleus, ujung mRNA akan berikatan dengan ribosom menggunakan bantuan enzim dan GTP. Peristiwa tersebut
merupakan kodon inisiasi. Kodon inisiasi tersebut adalah AUG yang memberi sinyal untuk memulai translasi. Selanjutnya tRNA
antikodon UAC yang membawa asam amino metionin menempel pada kodon inisiasi AUG. tRNA antikodon UAC adalah komplementer
dari kodon AUG. Fungsi dari tRNA adalah mengantar informasi genetik mRNA dari sitoplasma ke ribosom untuk kemudian disusun
menjadi suatu protein.
Elongasi : Kodon yang dibawa mRNA akan diterjemahkan satu per satu menjadi suatu asam amino. Satu per satu asam amino berikutnya akan
ditambahkan dari asam amino yang pertama. Asam amino pertama atau metionin segera lepas dari ribosom dan tRNA akan kembali ke
sitoplasma untuk mengulang fungsinya. tRNA selanjutnya akan datang untuk berpasangan dengan kodon mRNA yang berikutnya. Setiap
asam amino selanjutnya akan digabungkan oleh tRNA. Gabungan asam amino kemudian akan membentuk rantai polipeptida yang
dikatalasi oleh rRNA. Fungsi dari rRNA yaitu menjadi enzim pembentuk ikatan peptida yang nantinya akan menyambungkan beberapa
polipeptida di antara asam amino.
Terminasi : Proses translasi selesai saat salah satu kodon stop mRNA yaitu UAA, UGA, dan UAG melekat pada ribosom. Polipeptida yang
terbentuk akan terlepas dari ribosom dan terjadi pelepasan sub unit ribosom menjadi sub unit kecil dan besar.
3. Pelipatan Protein
Rantai polipeptida yang sudah disintesis tidak bisa berfungsi sampai mengalami modifikasi struktur.
Modifikasi struktur yang bisa terjadi, misalnya penambahan karbohidrat ekor (glikosilasi), kelompok
prostetik, lipid, dan sebagainya. Supaya rantai polipeptida bisa berfungsi maka dilakukan modifikasi
pasca translasi serta pelipatan protein. Pelipatan protein dibagi menjadi empat tingkat, yaitu tingkat
primer, mengengah, tersier dan kuarter. Tingkat primer adalah rantai polipeptida linier dan tingkat
menengah adalah α-heliks dan β-lipit lembar. Sementara itu, tingkat tersier yaitu bentuk berserat dan
bundar serta tingkat kuarter yaitu protein kompleks dengan dua atau lebih sub unit.
SEKIAN & TERIMA
KASIH