TUGAS RESUME MATERI

BIOLOGI MOLEKULER

Nama : NI WAYAN SUCINING ANJANI

NIM : 30121023
Tingkat :2
Semester :3

PRODI DIII TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIS

INSTITUT ILMU KESEHATAN BHAKTI WIYATA KEDIRI

2023/2024
 1.BIOLOGI MOLEKULER

A. Material Genetika
Informasi genetika dari organisme dibawa dalam bentuk molekul DNA yang pada
beberapa makhluk / organisme dalam bentuk RNA yang kemudian akan dipindahkan dalam
bentuk protein.Untuk mendapatkan informasi genetik maka utas DNA tersebut harus dipotong
terlebih dahulu menggunakan enzim restriksi tertentu sesuai dengan utas DNA yang dikenalinya.

 Pada dasarnya protein adalah polipeptida, setiap sel mampu mensintesis protein tertentu
sesusai dengan keperluan.
 Protein merupakan gabungan asam amino dengan gugus karboksil dari asam amino lain
secara berurutan,

Misal :

 Bila 2 asam amino yang bergabung maka terbentuk DIPEPTIDA

 Bila 3 asam amino yang bergabung maka terbentuk TRIPEPTIDA
 Bila terjadi penggabungan yang lebih besar maka akan dibentuk POLIPEPTIDA

B. Asam Amino

Adalah suatu Molekul yang terdiri dari :

 Satu Gugus Karboksil

 Satu gugus amin (NH2)

 Asam amino yang paling sederhana adalah glisin

 Asam amino yang terdapat di dalam tumbuhan ada ± 20 macam


Jenis asam amino dapat dilihat dari gugus R nya :

 Glisin, Alanin, Serin, Treonin, Valin, Leusin, Isoleusin, Norleusin, Asam Aspartam,
Asam Glutamat, Lisin, Arginin, Sistin, Sistein, Metionin,Fenilalanin, Tirosin, Histidin,
Triptofan, Prolin
 Didalam Penggabungan 2 molekul asam amino akan melepaskan 1 molekul air
 C. Struktur Asam nukleat

Asam nukleat adalah suatu senyawa yang merupaka asam inti yang terdiri dari DNA dan
RNA
a) Merupakan rantai POLINUKLEOTIDA yaitu :
 Makromolekul yang tersusun oleh molekul yang lebih sederhana yang disebut
Nukleotida

b) Nukleotida merupakan molekul yang tersusun atas:

 Satu gula,
 Satu basa, dan
 Satu fosfat.

c) Nukleosida adalah:

kombinasi suatu gula pentosa yang dihubungkan dengan basa purin atau pirimidin
melalui ikatan C – N

D. Hubungan gen dengan Protein

1. Gen mengendalikan sifat morfologi / sifat fisiologi melalui pembentukan enzim atau
protein
2. Penyakit yang diwariskan menunjukkan adanya perubahan struktur protein, misalnya :
 Alkaptonuria
 Anemia
3. Mutasi pada suatu gen menyebabkan terjadinya perubahan pada struktur enzim atau
protein
4. RNA merupakan perantara gen dengan protein

Keparalelan Protein dengan Gen

 Gen merupakan rangkaian nukleotida

 Protein merupakan rangkaian asam amino
 Rangkaian nukleotida gen menentukan rangkaian asam
 amino protein

Bukti : Perubahan Nukleotida gen menyebabkan perubahan asam

amino protein.
 3
2.BIOMOLEKUL
A. ATOM

Merupakan bagian terkecil penyusun sel. Yang terdiri dari subsub atom : terletak di inti (proton
& neutron),dan terletak di luar nucleus (elektron).

B. IKATAN KIMIA

Atom membentuk ikatan kimia molekul.

Macam-macam ikatan kimia :

- Ikatan ion, ikatan yang terjadi Ketika atom menangkap atau melepaskan elektron valensi
oleh dua atom (Na+ dan Cl-)
- Ikatan kovalen, pemakaian Bersama sepasang elektron valensi oleh dua atom (H-H, H-
O-H)
- Ikatan hidrogen, atom H terikat pada atom elektronegatif (H2O, NH3)

C. BIOMOLEKUL

Berupa senyawa-senyawa organik yang mempunyai gugus fungsional, dan hidrokarbon

merupakan organic yang paling sederhana (rantai,cincin).

D. KARBOHIDRAT
- Makromolekul
- Polimer
- Class of monomer : glukosa
- Fungsi : simpanan tenaga, penyusun sel
- Formula umum : [CH2O]n, n = 3-6
- Monosakarida, disakarida, polisakarida

E. MONOSAKARIDA

1 gula, terdiri dari glukosa dan frutosa

F. DISAKARIDA

2 gula, terdiri dari maltose,sukrosa, dan laktosa

 G. POLISAKARIDA

Terdiri dari beberapa unit mososakarida, pati dan selulosa

1. Trigliserida
Terdiri dari gliserol + 3 asam lemak, monomer: asam lemak dan gliserol yang berfungsi
menyimpan energi (lemak, minyak)

2. Lilin (waxes)
monomer : asam lemak, rantai panjang alcohol yang berfungsi kutikula (daun, kulit binatang
proteksi)

3. Fosfolipid
monomer: asam lemak, fosfat, gliserol yang berfungsi menyusun membran sel

4. Asam Nukleat
Polimer, dengan monomer nukleotida yang berfungsi untuk informasi genetik (DNA), sintesis
protein

4
 ASAM NUKLEAT DAN NUKLEOTIDA

a. Nukleotida

yang merupakan monomer asam nukleat (building block) memiliki banyak fungsi dalam
metabolisme selular. Sebagai konstituen asam nukleat, deoxyribonucleic acid (DNA) dan
ribonucleic acid (RNA), nukleotida berfungsi sebagai gudang informasi genetik.

b. Struktur protein dan metabolisme biomolekul dan komponen selular

merupakan produk informasi yang sudah terprogram dalam nukleotida. RNA juga terdiri atas
nukleotida yang memiliki banyak fungsi. Ribosomal RNA (rRNA) adalah komponen ribosom
yang bertanggungjawab pada sintesis protein.

c. Massenger RNA (mRNA)

merupakan intermediet yang membawa informasi genetik dari suatu gen ke ribosom. Transfer
RNA (tRNA) adalah molekul yang menerjemahkan informasi pada mRNA untuk menentukan
asam amino spesifik. Selain gudang genetik, nukleotida juga merupakan bagian dari koenzim,
donor gugus fosforil (ATP dan GTP), donor gula (UDP dan GDP-gula) atau donor lipid (CDP-
asilgliserol). Bentuk energi pada metabolisme tubuh tergantung pada adanya transfer gugus
fosforil.

A. Nukleotida dan Nukleosida

Nukleotida memiliki tiga karakteristik komponen yaitu

basa nitrogen heterosiklik,

gula pentose
dan gugus fosfat.

Molekul nukleotida yang gugus fosfatnya mengalami hidrolisis dinamakan dengan nukleosida.
Basa dan gula pentosa penyusun nukleotida merupakan bentuk senyawa heterosiklik.

Basa nitrogen heterosiklik yang menyusun nukleotida yaitu:

purin
dan pirimidin.
Ada empat basa nitrogen yang merupakan unit pembentuk DNA yaitu:

adenin (A),
guanin (G),
sitosin (C)
dan timin (T).

Sedangkan pembentuk RNA yaitu:

adenin (A),
guanin (G),
sitosin (C)
dan urasil (U)

. Adenin dan guanin merupakan basa nitrogen jenis purin sedangkan sitosin, timin dan urasil
adalah derivat pirimidin.

Gula pentosa penyusun nukleotida memiliki bentuk furanosa. Dalam nukleotida penomoran atom
karbon pada gula pentosa menggunakan tanda prime (‘). Gula pentose penyusun asam nukleat
yaitu 2-deoxy-D-ribosa dan D-ribosa. Basa nitrogen heterosiklik terikat secara kovalen dengan
pentosa dalam ikatan N-β-glikosil. Ikatan N-β-glikosil terjadi antara karbon 1’ pada pentosa
dengan nitrogen nomor 1 pada pirimidin dan nitrogen nomor 9 pada purin. Gugus fosfat terikat
pada karbon 5’ gula pentosa melalui mekanisme esterifikasi sehingga dinamakan ikatan
fosfoester.
Ribonukleosida dan deoksinukleosida dalam sel tidak hanya berbentuk 5’-monofosfat tetapi juga
dapat berbentuk 5’-difosfat dan 5’-trifosfat. Nukleosida 5’-difosfat dan 5’-trifosfat (NDP dan
NTP) merupakan asam kuat yang terdisosiasi dengan tiga dan empat proton dari kondensasi
gugus fosforik. Oleh karena itu, NDP dan NTP dapat membentuk kompleks divalent dengan
Mg2+ dan Ca2+. Dalam sitoplasma, NDP dan NTP ditemukan dalam bentuk kompleks Mg2+.
Gugus fosforik dapat mengalami hidrolisis dengan bantuan enzim membentuk molekul fosfat
anorganik.

B. DNA dan RNA

a. Ikatan Fosfodiester

Molekul nukleotida akan membentuk asam nukleat dengan membentuk ikatan

fosfodiester dimana gugus 5’-fosfat pada unit nukleotida akan berikatan dengan gugus 3’-
hidroksil pada unit nukleotida lainnya. Ikatan kovalen pada asam nukleat terdiri atas gugus fosfat
dan gula pentosa yang linear dengan basa nitrogen heterosiklik sebagai interval cabangnya.
Semua ikatan fosfodiester dapat membentuk rantai panjang yang linear dengan polaritas spesifik
pada 5’-end dan 3’-end.
 b. DNA

Organisme menterjemahkan informasi spesifik berupa jenis asam amino yang akan
menyusun protein dari nukleotida yang menyusun DNA. Kode pada DNA terdiri dari banyak
kombinasi 4jenis basa nitrogen pada nukleotida. Informasi yang diterjemahkan dari DNA akan
digunakan pada setiap metabolisme pada organisme. Rantai tunggal DNA selalu memiliki gugus
5’ fosfat bebas pada satu ujung dan gugus 3’ hidroksil pada ujung lainnya. Molekul DNA pada
organisme berupa dua rantai doble heliks. Jika suatu rantai DNA memiliki kode GTCCAT maka
susunannya adalah 5’ pGpTpCpCpApT – OH 3’. Aturan Chargaff menyatakan bahwa proporsi A
selalu sama dengan T dan proporsi G selalu sama dengan C (A=T dan G=C) sehingga proporsi
purin sama dengan pirimidin.

c. RNA

RNA memiliki struktur yang mirip dengan DNA tetapi memiliki dua perbedaan. Pertama,
molekul RNA mengandung gula ribosa dimana karbon nomor 2 berikatan dengan gugus
hidroksil, sedangkan pada struktur DNA gugus hidroksil tersebut diganti dengan atom hidrogen.
Kedua, molekul RNA mengandung basa nitrogen urasil sedangkan DNA mengandung timin.
Jika struktur tiga dimensi DNA adalah double heliks, maka struktur RNA adalah rantai tunggal.
RNA dapat dihidrolisis oleh alkali menjadi 2’,3’ diester siklik mononukleotida. Molekul RNA
pada sitoplasma yang menjadi template sintesis protein dinamakan dengan messenger RNA
(mRNA). Molekul ribosomal RNA (rRNA) berkontribusi pada formasi dan fungsi ribosom
sedangkan transfer RNA (tRNA) melakukan translasi informasi RNA menjadi polimer asam
amino. RNA juga memiliki struktur sekunder dimana antar basa nitrogen penyusunnya memiliki
ikatan hidrogen.

d. ATP dan ADP

Adenosine triphosphate (ATP) memiliki struktur adenosin yang terikat dengan tiga gugus
fosfat seperti pada Gambar 3.12. Adenosin adalah nukleosida yang mengandung basa nitrogen
adenin dan gula pentosa ribosa. Tiga gugus fosfat yang terikat pada gula pentosa dilabeli dengan
nama α, β, dan γ. Gugus fosfat tersebut merupakan gugus konstituen yang kaya akan energi. . Di
dalam sel, energi dari reaksi eksergonik hidrolisis ATP akan digunakan untuk reaksi endergonik.
Reaksi eksergonik adalah reaksi yang akan menghasilkan energi sedangkan reaksi endergonik
adalah reaksi yang memerlukan energi.

Pada respirasi selular, glukosa dan molekul organik lainnya dipecah menjadi molekul
yang lebih kecil lewat beberapa tahap. Elektron dari senyawa organik biasanya ditransfer ke
NAD+ sebagai koenzim. Nicotinamide Adenine Dinucleotide (NAD+) akan berfungsi sebagai
agen pengoksidasi dengan membentuk Nicotinamide Adenine Dinucleotide Hydrate (NADH).
Energi yang dihasilkan akan digunakan untuk regenerasi ATP.
 5

ASAM NUKLEAT

A. Asam nukleat

adalah rangkaian dari mononukleotida yang mempunyai nama lain polinukleotida.

Mononukleotida, Antar mononukleotida dihubungkan oleh ikatan phospodiester.

B. Ikatan phospodiester

terbentuk antara gugus phosphat. Pada atom C5 gula pentosa dari nukleotida satu dengan gugus
OH pada atom C3 gula pentosa dari nukleotida yang lain. Setiap mononukleotida tersusun oleh
basa nitrogen (purin: Adenin/A dan Guanin/G, dan pirimidin: Citosin/C, Timin/T), gula pentosa
atau gula lima karbon (D-Ribosa penyusun RNA dan 2-deoksi-D-Ribosa penyusun DNA), dan
gugus phospat.

C. DNA

tersusun double strand yang saling berpasangan. Strand satu dengan strand yang lainnya
dihubungkan oleh ikatan hidrogen.

Pasangan nukleotida

yang membawa Adenin adalah nukleotida yang membawa Timin, dimana keduanya
dihubungkan oleh dua ikatan hidrogen. Sedangkan pasangan nukleotida yang membawa basa
Guanin adalah nukleotida yang membawa Citosin, dimana dihubungkan oleh tiga ikatan
hidrogen.

Ada dua macam DNA yaitu:

 DNA kromosom yang berada di dalam inti sel

 dan DNA maternal yang berada di dalam mitokondria dan asalnya dari ibunya, baik itu
laki-laki atupun perempuan.
 6

ANALISIS PROTEIN

Merupakan polimer yang tersusun atas asam amino Ikatan antar asam amino adalah ikatan
peptida

Protein tersusun atas atom C, H, O, N, dan pada protein tertentu mengandung unsur S. Jika
membentuk kompleks dengan senyawa lain dapat mengandung Struktur protein: primer,
sekunder, tersier, kuarterner

1.Uji kualitatif dengan ninhidrin

 Reaksi antara asam alfa amino dan ninhidrin akan terbentuk warna, melibatkan reaksi:

 Asam alfa amino + ninhidrin -- ninhidrin tereduksi + asam alfa amino + H2O

 Asam alfa amino + H2O - asam alfa keto + NH3

 Asam alfa keto + NH3 - aldehid + CO2

 Reaksi lengkap :

 Asam alfa amino + 2 ninhidrin - CO2 + aldehid + kompleks warna biru + 3 H2O

Reaksi kimia

 Ninhidrin mengalami deaminasi oksidatif dan asam amino dekarboksilasi menjadi CO2,
NH3 dan aldehid.

 Ninhidrin yang tereduksi akan bereaksi dengan amonia dan dengan molekul ninhidrin
lain sehingga terbentuk senyawa kompleks berwarna ungu ( ungu Ruhemann).

 Ninhidrin hanya akan bereaksi dengan asam alfa amino bebas NH2-C-COOH, gugus ini
terdapat pada semua asam amino, peptida dan protein.

 Dekarboksilasi hanya terjadi pada asam amino bebas saja tidak terjadi pada peptida dan
protein.

 Hanya asam amino bebas saja yang akan membentuk kompleks warna biru.
 Catatan!

 Warna ungu menunjukkan sampel mengandung asam amino (uji +) .

 Jika terbentuk warna lain seperti (kuning, orange dan merah) maka uji negatif.

 Sampel yang mengandung prolin, hydroxyproline, dan 2-, 3-, dan 4-asam aminobenzoat
hasil uji yang positif tidak akan memberikan biru tapi kuning.

 Garam amonium memberikan hasil positif.

 Beberapa amina seperti anilin dengan uji ninhidrin memberikan warna orange hingga
merah (uji negatif).

2. METODE KJEDAHL

Dikembangkan oleh Kjedahl Peneraan empiris (tidak langsung)

 Yang diukur: kadar N

 Umumnya kadar N dalam protein adalah 16% sehingga kadar protein dalam suatu
bahan=kadar NX100/16

 Nilai 100/16=6.25 adalah faktor konversi yang umum digunakan

FAKTOR KONVERSI

Faktor konversi bisa berbeda tergantung jenis protein dan kadar N dalam protein tsb

Misal:

 Protein gandum : 5.70

 Protein susu : 6.38

 Gelatin : 5.55
 TAHAPAN METODE KJEDAHL

 Destruksi

 Destilasi

 Titrasi

TAHAP TITRASI

 Jika larutan asam penampung yang digunakan HCl, sisa asam klorida yang tidak bereaksi
dengan amonia (membentuk NH4Cl) dititrasi dengan NaOH

 Jika digunakan indikator PP akhir titrasi adalah perubahan larutan menjadi merah mudah
permanen (dari asam ke basa) atau jika digunakan MR larutan berubah menjadi kuning

 Buat titrasi untuk blanko (tanpa sampel)

Perhitungan :

%N= ml NaOH (blanko-sampel) X N NaOH X 14.008 X 100%

berat sampel (g) X 1000

 Jika larutan penampung adalah asam borat/HBO3 (asam lemah), banyaknya asam borat
yang bereaksi dengan amonia dapat diketahui dengan titrasi dengan HCl 0.1N dengan
indikator MR+BCG

 HCl akan mentitrasi amonium-borat menjadi amonium klorida sehingga pada akhir titrasi
terjadi kelebihan HCl/asam kuat

 Akhir titrasi ditandai dengan perubahan larutan dari biru/hijau menjadi merah muda

Perhitungan

%N= ml HCl (sampel-blanko) X N HCl X 14.008 X 100%

berat sampel (g) X 1000

 PERHITUNGAN KADAR PROTEIN

Dengan mengalikan kadar N dengan faktor konversi (FK), yaitu

Kadar protein (%) = Kadar N X FK

 PENETAPAN SAMPEL

 Timbang 1 gram bahan yang telah dihaluskan dan masukkan ke dalam labu
kjeldahl. Kalau kandungan protein bahan tinggi, gunakan bahan kurang dari 1
gram. Kemudian tambahkan 7.5 g K2S2O4 dan 0.35 g HgO (Awas: zat ini beracun)
dan akhirnya tambahkan 15 ml H2SO4 pekat.

 Panaskan semua bahan dalam labu kjeldahl dalam almari asam sampai berhenti
berasap. Teruskan pemanasan dengan api besar sampai mendidih dan cairan
menjadi jernih. Teruskan pemanasan tambahan lebih kurang satu jam. Matikan
api pemanas dan biarkan bahan menjadi dingin.

 Kemudian tambahkan 100 ml aquades dalam labu kjeldahl yang didinginkan

dalam air es dan beberapa lempeng Zn, juga tambahkan 15 ml larutan K2SO4%
(dalam air) dan akhirnya tambahkan perlahan-lahan larutan NaOH 50% sebanyak
50 ml yang sudah didinginkan dalam lemari es. Pasanglah labu kjeldahl dengan
segera pada alat distilasi.

 Panaskan labu kjeldahl perlahan-lahan sampai dua lapisan cairan tercampur

kemudian panaskan dengan cepat sampai mendidih.

 Distilat ini ditampung dalam erlenmeyer yang telah diisi dengan 50 ml larutan
standar HCl (0.1 N) dan 5 tetes indikator metil merah. Lakukan distilasi sampai
distilat yang tertampung sebanyak 75 ml.

 Titrasilah distilat yang diperoleh dengan standar NaOH (0.1 N) sampai warna
kuning. Buatlah juga larutan blanko dengan mengganti bahan dengan aquades,
lakukan destruksi, distilasi dan titrasi seperti seperti pada bahan contoh.

Contoh

 Berapa kadar protein sampel kedelai, jika berat sampel kedelai yang digunakan 1.04 g
dan jumlah larutan NaOH 0.1019 N yang dibutuhkan untuk titrasi sampel adalah 0.32 ml
dan untuk blanko 46.29 ml?
 3. METODE BIURET

 Pengukuran jumlah ikatan peptida dalam protein

 Semakin tinggi kadar protein bahan, jumlah ikatan peptida semakin banyak

 Dasar analisis: bahan yang mengandung ikatan peptida dua atau lebih membentuk
kompleks berwarna ungu dengan ion Cu2+/kupri pada kondisi alkali

Preparasi sampel

 Sampel cair yang jernih: bisa langsung digunakan atau dilakukan pengenceran terlebih
dahulu

 Sampel cair yang keruh atau mengandung senyawa pengganggu seperti glukosa:

a. Protein diendapkan dengan TCA

b. Endapan dicuci dengan eter dan eter dibuang

c. Endapan dilarutkan dalam 4 ml air

 Sampel padat:

1. Sampel dihancurkan

2. Disaring

3. Disentrifusa

4. Supernatan dianalisis

5. Protein yang tertera adalah protein larut air

Cara analisis

Pembuatan kurva standar

Penetapan sampel
Peneraan dengan spektrofotometri
Perhitungan
Prosedur analisis
 Pembuatan kurva standar

 Buat larutan standar BSA atau kasein dalam air dengan konsentrasi 0.5 mg/ml.

 Masukkan ke dalam tabung reaksi 0 (blanko), 0.1, 0.2, 0.4, 0.6, 0.8. dan 1.0 ml larutan
protein standar. Tambahkan air sampai volume total masing-masing 4 ml.

 Tambahkan 6 ml pereaksi Biuret ke dalam masing-masing tabung reaksi. Campur rata.

 Simpan tabung pada suhu 37C selama 10 menit atau pada suhu kamar selama 30 menit
sampai terbentuk warna ungu yang sempurna.

 Ukur absorbansi pada panjang gelombang 520 nm.

Persiapan sampel

 Timbang sampel padat. Hancurkan sampel padat dengan menggunakan waring blender.
Hancuran yang diperoleh disaring lalu disentrifugasi. Supernatan didekantasi untuk
dipergunakan selanjutnya (protein yang terdapat dalam supernatan adalah soluble
protein).
 Sampel cair yang berupa protein konsentrat, isolat yang tidak keruh, maka persiapan
sampel cukup dengan pengenceran saja. Jika cairannya keruh atau mengandung bahan-
bahan yang menganggu seperti glukosa maka harus dilakukan perlakuan sebagai berikut:
 Timbang ekstrak. Ekstrak dimasukkan ke dalam tabung reaksi seperti pada waktu
penetapan standar, kemudian tambahkan air sampai volume total masing-masing 1 ml.
 Tambahkan 1 ml TCA (Tri Chloroacetic Acid) 10% pada masing-masing tabung reaksi
sehingga protein akan terdenaturasi.
 Sentrifusa pada 3000 rpm selama 10 menit sampai protein yang terdenaturasi
mengendap, supernatan dibuang dengan cara dekantasi.
 Ke dalam endapan tambahkan 2 ml etil eter, campur merata lalu sentrifusa kembali
untuk menghilangkan residu TCA. Biarkan mengering pada suhu kamar.
 Ke dalam endapan kering ditambahkan air 4 ml, campur merata.
 Tambahkan 6 ml pereaksi biuret, alkali dalam pereaksi ini akan melarutkan endapan
yang tersisa.

Penetapan sampel

 0.1-1.0 ml sampel (dipipet tepat) dimasukkan ke dalam tabung reaksi, kemudian

diperlakukan seperti penetapan standar
 Contoh 1

1. Berapa kadar protein (mg/ml) dalam sampel susu cair jika sejumlah 2 ml susu diberi
perlakuan sesuai perlakuan sampel cair yang keruh. Endapan yang diperoleh diencerkan
dengan akuades sampai volume 50 ml. Sebanyak 1 ml sampel ditera dengan
spektrofotometer dan diperoleh absorbansi sampel sebesar 0.84 dengan blanko sebesar
0.02. Kurva standar yang diperoleh adalah sebagai berikut:

 Kurva standar

 Contoh 2

2. Berapa kadar protein dalam putih telur cair jika berat putih telur yang digunakan adalah
1,06 g dan sampel diencerkan menjadi 1000 ml. Sebanyak 1 ml sampel putih telur yang
sudah diencerkan yang digunakan. Absorbansi yang diperoleh adalah 0,65 dengan kurva
standar seperti no. 1.

 Contoh 3
3. Konsentrat protein kedelai sebanyak 0,86 g dilarutkan dalam 10 ml akuades. Sebanyak 1
ml larutan diencerkan menjadi 100 ml. Sebanyak 1 ml sampel digunakan untuk
penetapan protein dengan metode Biuret. Jika absorbansi adalah 1,24 dengan kurva
standar seperti no.1, berapa kadar proten dalam konsentrat kedelai tersebut (% b/b)?
 4. KADAR N-AMINO
(METODE TITRASI FORMOL)

 Digunakan untu mengukur kadar n-amino

 Dapat digunakan untuk mengukur tingkat hidrolisis protein

 Reaksi antara formol dengan gugus amino tetapi tidak dapat membedakan antara gugus
amino dengan gugus amin yang lain

Prinsip analisis

 Larutan protein dinetralkan dengan basa NaOH kemudian ditambah formalin

 Formalin akan bereaksi dengan gugus amino dari protein atau asam amino
membentuk dimethilol
 Gugus karboksil tetap bebas (COOH)
 Gugus karboksil bebas ditentukan jumlahnya dengan titrasi menggunakan larutan
NaOH

Perhitungan

Titrasi formol

= (vol. titrasi kedua – vol. titrasi blanko)-titrasi pertama

ml titrasi formol
% N = _______________ x N NaOH x 14.008
g bahan x 10

Prosedur analisis

1. Pindahkan 10 ml atau 10 g sampel ke dalam erlenmeyer 125 ml dan tambahkan 20 ml

aquades dan 0.4 ml larutan kalium oksalat jenuh (kalium oksalat : air = 1:3) dan 1 ml
phenolphtalein 1%. Diamkan selama 2 menit.

2. Titrasilah larutan contoh dengan 0.1 N NaOH sampai mencapai warna seperti warna
standar atau sampai warna merah jambu.

3. Warna standar : 10 ml susu + 10 ml aquades + 0.4 ml K-oksalat jenuh + 1 tetes 0.01%

indikator rosanilin-chlorida.

4. Setelah warna tercapai, tambahkan 2 ml larutan formaldehid 40% dan titrasilah kembali
dengan larutan NaOH sampai warna seperti warna standar tercapai lagi. Catatlah titrasi
kedua ini.
5. Buatlah titrasi blanko yang terdiri dari : 20 ml aquades + 0,4 ml larutan K-oksalat jenuh +
1 ml indikator phenolphtalein + 2 ml larutan formaldehid dan titrasi dengan larutan
NaOH.

Contoh:

 Berapa %N protein yoghurt jika hasil titrasi formol menunjukkan kadar NaOH 0,1102 N
yang dibutuhkan untuk titrasi pertama adalah 2,03 ml dan titrasi kedua adalah 24,08 ml.
Berat sampel adalah 1,04 g. Volume NaOH yang dibutuhkan untuk titrasi blanko adalah
0,87 ml.

5. Uji aktivitas enzim proteolitik

 Enzim proteolitik menghidrolisis ikatan peptida pada protein

 Termasuk reaksi hidrolitik

 Enzim bersifat spesifik

 Mempunyai spesifitas terhadap substrat

 Reaksi hidrolisis protein

Spesifitas substrat

 Gugus R (alfa khimotripsin: tirosin, fenilalanin, triptofan)

 Konfigurasi asam amino (L atau D)

 Ukuran molekul protein

 Sebagian enzim proteolitik dapat menghidrolisis ikatan lain selain ikatan peptida

 Endopeptida atau eksopeptid

Uji aktivitas

a) Buat larutan susu skim 5%.

b) Buat larutan enzim konsentrasi 20, 30 dan 40%
c) Siapkan 4 erlenmeyer, isi masing-masing dengan 40 ml larutan susu skim,
masukkan 3 erlenmeyer dalam waterbath suhu 37 C(kira-kira 10 menit).
Erlenmeyer yang satu tidak perlu dimasukkan dalam water bath (untuk perlakuan
kontrol/blangko)
d) Masukkan masing masing ke dalam erlenmeyer 10 ml larutan enzim dengan
konsentrasi yang berbeda. Untuk perlakuan kontrol/blangko tidak ditambah enzim
tetapi di tambah 10 ml akuades ( dan tidak perlu di inkubasi).
e) Ketiga erlenmeyer diinkubasi pada suhu 37 C selama 1 jam.
f) Sesudah itu ambil 10 ml sampel tambah dengan 2 ml formaldehid , tambah
indikator pp 3 tetes, lalu titrasi dengan 0,1 N NaOH

PERHITUNGAN

• ts = titrasi sampel
• tb = titrasi blanko
• berat sampel = berat susu skim dalam gram
• FP = Faktor pengenceran , jika sesuai dengan prosedur maka FP = 50/10= 5

% N = (ts-tb) ml x N NaOH x 14,008 x FP x100%

berat sampel (g) x 1000

 7

BIOLOGI MOLEKULER

 Material genetika

Informasi genetika dari organisme dibawa dalam bentuk molekul DNA yang pada
beberapa makhluk / organisme dalam bentuk RNA yang kemudian akan dipindahkan
dalam bentuk protein.

Untuk mendapatkan informasi genetik maka utas DNA tersebut harus dipotong terlebih
dahulu menggunakan enzim restriksi tertentu sesuai dengan utas DNA yang dikenalinya.

 Material Genetika

A. Kromosom (Protein + Asam Nukleat)

Ekstra Kromosom: -. Plasmid( Pada Prokaryot)

Ekstra Kromosom: -. Mitokondria

-. Kloroplas (organ yang berklorofil)

(Pada Eukaryot ): -.Sitoplasma

B. Protein

 Penyusun gen

 Merupakan rangkaian dari beberapa peptida

 Bagian yang penting di dalam plasma

 Cadangan makanan

 Sebagai bahan enzim (dasar penyusun enzim )

 Macam-macam protein

 Fungsional → Berbagai macam enzim (katalis)

 Cadangan → Disimpan sebagai protein cadangan

Lanjutan protein

 Pada dasarnya protein adalah polipeptida, setiap sel mampu mensintesis protein tertentu
sesusai dengan keperluan.
  Protein merupakan gabungan asam amino dengan gugus karboksil dari asam amino lain
secara berurutan,

Misal :

 Bila 2 asam amino yang bergabung maka terbentuk DIPEPTIDA

 Bila 3 asam amino yang bergabung maka terbentuk TRIPEPTIDA

 Bila terjadi penggabungan yang lebih besar maka akan dibentuk POLIPEPTIDA

C. ASAM AMINO

Adalah suatu Molekul yang terdiri dari :

a. Satu Gugus Karboksil

b. Satu gugus amin (NH2)

Asam amino yang paling sederhana adalah glisin asam amino yang terdapat di dalam tumbuhan
ada ± 20 macam. Jenis asam amino dapat dilihat dari gugus R nya :

 Glisin, Alanin,
 Serin,
 Treonin,
 Valin,
 Leusin,
 Isoleusin,
 Norleusin,
 Asam Aspartam,
 Asam Glutamat,
 Lisin,
 Arginin,
 Sistin,
 Sistein,
 Metionin,
 Fenilalanin,
 Tirosin,
 Histidin,
 Triptofan,
 Prolin

Didalam Penggabungan 2 molekul asam amino akan melepaskan 1 molekul air.

 D. Sandi genetik

Sandi ( kode ) genetik

a. Adalah merupakan triplet kodon ( triplet code )

b. Merupakan gabungan dari 3 nukleotida yang menyandikan asam amino

c. Basa nukleotida terdiri dari A,G,C,T tetapi dalam proses alaminya triplet
kodon dalam bentuk RNA ( sekuen basa mRNA → A,G,C,U)

d. Basa tunggal mRNA tidak mengkode satu asam aminopun.

e. Basa duplet (2 basa) : 42 → 16 asam amino < 20 asam amino

f. Basa triplet (3 basa) : 43 → 64 asam amino >> 20 asam amino sehingga satu
asam amino dapat disandikan lebih dari satu triplet kodon

g. Triplet kodon diawali / ditentukan menggunakan pendekatan sama dengan

percobaan Nirenberg

h. Dari 64 kodon → 61 menyandikan 20 asam amino

i. 3 kodon yang tidak menyandikan asam amino adalah

UAA stop codon

UAG (nonsense codon)

UGA

 Asam amino pertama adalah : AUG = Metionin → startcodon

 Kode genetik selain degenerated ( universal ) : Seperangkat kodon yang sama

dipakai oleh semua organisme dan

tipe sel.
 E. Sintesa/ Sumber Asam Amino

 Makanan

 Dari makanan dalam sel

 Hidrolisis Protein

 Protein didalam sel dicerna menjadi asam amino

 Peristiwa Aminasi

 Berasal dari karbohidrat melalui proses transaminasi, sebaliknya asam amino

dapat mensintesis karbohidrat melalui proses deaminasi

• Tabel m RNA

BASA KEDUA
 F. Struktur Asam nukleat
Asam nukleat adalah suatu senyawa yang merupaka asam inti yang terdiri dari
DNA dan RNA
Merupakan rantai POLINUKLEOTIDA

yaitu : Makromolekul yang tersusun oleh molekul yang lebih sederhana yang disebut
Nukleotida

 Nukleotida merupakan molekul yang tersusun atas

 satu gula,

 satu basa, dan

 satu fosfat.

 Nukleosida adalah kombinasi suatu gula pentosa yang dihubungkan dengan basa purin
atau pirimidin melalui ikatan C – N

G. Nukleotida

Protein yang bergabung dengan asam nukleat .

Nukleotida dalam sitoplasma dan dalam inti adalah sama tetapi jenis asam nukleatnya berbeda.

Nukleotida tersusun atas :

1 Basa DNA

1 Gula Komponen yang essential

1 Fosfat RNA

 Gula → Ribosa & Deoksiribosa

 Basa → Adenin, Guanin, Timin, Sitosin

Polinukleotida

adalah→ Ikatan antara 2 nukleotida dari 2 gugus fosfat yang terikat pada 2 pentosa
→ ikatan Fosfodiester

 Tiap struktur DNA / RNA merupakan suatu polinukleotida yang ujung-ujungnya C3 & C5
 Nukleotida & Nukleosida

H. STRUKTUR MOLEKUL DNA DAN RNA

Bahan dasar penyusun molekul asam nukleat

I. DNA (Double)

 2 rantai DNA yang membentuk helix saling berikatan antara hydrogen dengan basa
nitrogen dari utas DNA yang berhadapan

 Backbone fosfat terletak dibagian luar helix

 Basa nitrogen menghadap ke dalam

 Ke-2 utas DNA berlawanan arah

 5’→3’ \ A-T

 3’→5’ / G-C

 Ke-2 rantai double helix DNA →komplementer

 Informasi yang disandikan DNA menentukan sifat dan organisme.

 J. Model Molekul DNA

1. Berdasarkan gagasan W.T Atsbury (1940)

 DNA memiliki struktur 3 dimensi berdasarkan hasil kristalografi sinar X. DNA

sangat padat maka nukleotida yang menyusun poli nukleotida berbentuk pipih yang
masing-masing tegak lurus terhadap sumbu memanjang dan tiap-tiap nukleoti da
mempunyai jarak 3.4 Å

2. Wilkins

 Melanjutkan penelitian W.T Atsbury dan diperoleh serabut-

serabut DNA yang kemudian oleh Rosalind franklin berhasil

membuat foto melalui difraksi sinar X dan molekul DNA mem

punyai struktur spiral.

K. Model Watson dan Crick

Kesimpulan Watson dan Crick

1. Deretan Polinukleotida DNA mempunyai bentuk sebagai spiral teratur

2. Spiral mempunyai diameter kira-kira 20 Å dan lebar spiral tetap

3. Spiral mempunyai satu putaran lengkap (10 X putaran ) jarak antara nukleotida
3.4 Å. Jadi 1 putaran lengkap 34 Å.

4. Molekul DNA sangat padat , maka spiralnya Duplex.

5. Molekul DNA berbentuk 2 pita spiral yang saling berpilin (Double Helix) bagian
luar deretan gula fosfat (tulang punggung double helix/ backbone fosfat berada
dibagian luar)

6. Pada bagian dalam terdapat basa purin dan pirimidin

7. 2 Polinukleotida yang berhadapan dihubungkan oleh H+

L. Model Double Heliks ( Watson & Crick)

• 2 jenis struktur DNA : Struktur a dan b
• Setiap molekul tersusun oleh 2 rantai polinukleotida
• Ke 2 rantai nukleotida bersifat komplementer & antipararel
 a. Komplementer : Basa purin - Basa pirimidin

A T

G C

 Antipararel : 5! P 3! OH

3! OH 5! P

• Ke 2 rantai polinukleotida berputar membentuk pilinan mengelilingi satu sumbu

perputaran kearah kanan

• Ikatan Hidrogen : antara pasangan basa

• Ikatan fosfodiester : antara 2 nukleotida

• Gugus fosfat : Hidrofilik

• Gugus basa-basa : Hidrofobik

M. Struktur DNA
 N. RANTAI INFORMASI GENETIK

BAGAN PROSES TRANSFER INFORMASI

DNA

Transkripsi Replikasi

RNA Protein

 Hubungan gen dengan Protein

1. Gen mengendalikan sifat morfologi / sifat fisiologi melalui pembentukan enzim

atau protein

2. Penyakit yang diwariskan menunjukkan adanya perubahan struktur protein,

misalnya : Alkaptonuria,Anemia

3. Mutasi pada suatu gen menyebabkan terjadinya perubahan pada struktur enzim
atau protein

4. RNA merupakan perantara gen dengan protein

 Keparalelan Protein dengan Gen

1. Gen merupakan rangkaian nukleotida

2. Protein merupakan rangkaian asam amino

3. Rangkaian nukleotida gen menentukan rangkaian asam

4. amino protein

Bukti : Perubahan Nukleotida gen menyebabkan perubahan asam

amino protein.