PERTANYAAN BAB ISOLASI DNA dari buah :

1. Jelaskan apa yang dimaksud dengan asam nukleat, DNA, dan RNA
2. Sebutkan gugus-gugus yang menyusun molekul DNA
3. Carilah metode isolasi DNA untuk sampel selain buah-buahan (gunakan sumber yang
terpercaya)
Jawaban :
1. Pengertian asam nukleat, DNA, RNA
Asam nukleat (bahasa Inggris: nucleic acid) adalah makromolekul biokimia yang kompleks, berbobot
molekul tinggi, dan tersusun atas rantai nukleotida yang mengandung informasi genetik. Asam nukleat
yang paling umum adalah Asam deoksiribonukleat (DNA) dan Asam ribonukleat (RNA). Asam nukleat
ditemukan pada semua sel hidup serta pada virus.
Asam nukleat dinamai demikian karena keberadaan umumnya di dalam inti (nukleus) sel. Asam nukleat
merupakan biopolimer, dan monomer penyusunnya adalah nukleotida. Setiap nukleotida terdiri dari
tiga komponen, yaitu sebuah basa nitrogen heterosiklik (purin atau pirimidin), sebuah gula pentosa, dan
sebuah gugus fosfat. Jenis asam nukleat dibedakan oleh jenis gula yang terdapat pada rantai asam
nukleat tersebut (misalnya, DNA atau asam deoksiribonukleat mengandung 2-deoksiribosa). Selain itu,
basa nitrogen yang ditemukan pada kedua jenis asam nukleat tersebut memiliki
perbedaan: adenina, sitosina, dan guanina dapat ditemukan pada RNA maupun DNA,
sedangkan timina dapat ditemukan hanya pada DNA dan urasil dapat ditemukan hanya pada RNA.
Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan singkatan DNA (bahasa Inggris: deoxyribonucleic acid),
adalah sejenis biomolekul yang menyimpan dan menyandi instruksi-
instruksi genetika setiap organisme dan banyak jenis virus. Instruksi-instruksi genetika ini berperan
penting dalam pertumbuhan, perkembangan, dan fungsi organisme dan virus. DNA merupakan asam
nukleat; bersamaan dengan protein dan karbohidrat, asam nukleat adalah makromolekul esensial bagi
seluruh makhluk hidup yang diketahui. Kebanyakan molekul DNA terdiri dari dua unting biopolimer yang
berpilin satu sama lainnya membentuk heliks ganda. Dua unting DNA ini dikenal
sebagai polinukleotida karena keduanya terdiri dari satuan-satuan molekul yang disebut nukleotida.
Tiap-tiap nukleotida terdiri atas salah satu jenis basa nitrogen (guanina(G), adenina (A), timina (T),
atau sitosina (C)), gula monosakarida yang disebut deoksiribosa, dan gugus fosfat. Nukleotida-nukelotida
ini kemudian tersambung dalam satu rantai ikatan kovalen antara gula satu nukleotida dengan fosfat
nukelotida lainnya. Hasilnya adalah
rantai punggung gula-fosfat yang berselang-seling. Menurut kaidah pasangan basa (A dengan T dan C
dengan G), ikatan hidrogen mengikat basa-basa dari kedua unting polinukleotida membentuk DNA
unting ganda
Dua unting DNA bersifat anti-paralel, yang berarti bahwa keduanya berpasangan secara berlawanan.
Pada setiap gugus gula, terikat salah satu dari empat jenis nukleobasa. Urutan-urutan empat nukleobasa
di sepanjang rantai punggung DNA inilah yang menyimpan kode informasi biologis. Melalui proses
biokimia yang disebut transkripsi, unting DNA digunakan sebagai templat untuk membuat unting RNA.
Unting RNA ini kemudian ditranslasikan untuk menentukan urutan asam amino protein yang dibangun.
Struktur kimia DNA yang ada membuatnya sangat cocok untuk menyimpan informasi biologis setiap
makhluk hidup. Rantai punggung DNA resisten terhadap pembelahan kimia, dan kedua-dua unting
dalam struktur unting ganda DNA menyimpan informasi biologis yang sama. Karenanya, informasi
biologis ini akan direplikasi ketika dua unting DNA dipisahkan. Sebagian besar DNA (lebih dari 98% pada
manusia) bersifat non-kode, yang berarti bagian ini tidak berfungsi menyandikan protein.
Dalam sel, DNA tersusun dalam kromosom. Semasa pembelahan sel, kromosom-kromosom ini
diduplikasi dalam proses yang disebut replikasi DNA. Organisme eukariotik (hewan, tumbuhan, fungi,
dan protista) menyimpan kebanyakan DNA-nya dalam inti sel dan sebagian kecil sisanya
dalam organel seperti mitokondria ataupun kloroplas.[1] Sebaliknya organisme
prokariotik (bakteri dan arkaea) menyimpan DNA-nya hanya dalam sitoplasma. Dalam kromosom,
protein kromatin seperti histon berperan dalam penyusunan DNA menjadi struktur kompak. Struktur
kompak inilah yang kemudian berinteraksi antara DNA dengan protein lainnya, sehingga membantu
kontrol bagian-bagian DNA mana sajakah yang dapat ditranskripsikan.
Para ilmuwan menggunakan DNA sebagai alat molekuler untuk menyingkap teori-teori dan hukum-
hukum fisika, seperti misalnya teorema ergodikdan teori elastisitas. Sifat-sifat materi DNA yang khas
membuatnya sangat menarik untuk diteliti bagi ilmuwan dan insinyur yang bekerja di bidang
mikrofabrikasi dan nanofabrikasi material. Beberapa kemajuan di bidang material ini misalnya origami
DNA dan material hibrida berbasis DNA
Asam ribonukleat (ARN, bahasa Inggris: ribonucleic acid, RNA) adalah molekul polimer yang terlibat
dalam berbagai peran biologis dalam mengkode, dekode, regulasi, dan ekspresi gen. RNA
dan DNA adalah asam nukleat, dan, bersama dengan protein dan karbohidrat, merupakan
empat makromolekul utama yang penting untuk semua bentuk kehidupan yang diketahui. Seperti DNA,
RNA dirakit sebagai rantai nukleotida, tetapi tidak seperti DNA, RNA lebih sering ditemukan di alam
sebagai untai tunggal yang melipat ke dirinya sendiri, daripada untai ganda berpasangan. Organisme
seluler menggunakan RNA duta (bahasa Inggris: messenger RNA, mRNA) untuk menyampaikan informasi
genetik (menggunakan huruf G, U, A, dan C untuk menunjukkan basa nitrogen guanin, urasil, adenin,
dan sitosin(bahasa Inggris: cytosine)) yang mengarahkan sintesis protein spesifik.
Banyak virus mengkodekan informasi genetik mereka menggunakan genom RNA.
Beberapa molekul RNA berperan aktif dalam sel dengan mengkatalis reaksi biologis,
mengendalikan ekspresi gen, atau merasakan dan mengkomunikasikan tanggapan terhadap sinyal
seluler. Salah satu dari proses aktif ini adalah sintesis protein, fungsi yang universal di mana molekul
mRNA mengarhkan perakitan protein pada ribosom. Proses ini menggunakan molekul RNA
transfer (bahasa Inggris: transfer RNA, tRNA) untuk memberikan asam amino ke ribosom, di mana RNA
ribosomal (bahasa Inggris: ribosomal RNA, rRNA) kemudian menghubungkan asam amino bersama-sama
untuk membentuk protein.
2. Gugus-gugus yang menyusun molekul DNA
1. Deoksiribosa

2-deoksiribosa atau gula deoksi adalah monosakarida dengan rumus molekul H-(C=O)-(CH2)-(CHOH)3-
H. Gula ini memiliki lima karbon dan merupakan gula ribosa yang kehilangan satu atom oksigen.
Deoksiribosa mengikat gugus fosfat dan basa nitrogen (sitosin, timin, adenin, atau guanin).

2. Gugus Fosfat

Fosfat adalah unsur non-organik dengan rumus molekul PO43−. Unsur ini berperan sebagai agen buffer.

3. Sitosin

Sitosin (cytosine) adalah salah satu dari empat basa nitrogen. Dalam gen, sitosin dilambangkan huruf C.
Di DNA, sitosin berikatan dengan guanin dan membentuk tiga ikatan hidrogen (pada gambar berupa
garis titik-titik).
 4. Timin

Timin (thymine) adalah salah satu dari empat basa nitrogen. Timin juga disebut 5-metilurasil. Dalam
RNA, timin digantikan oleh urasil. Pada DNA, timin berikatan dengan adenin membentuk dua ikatan
hidrogen. Dalam gen, timin dilambangkan dengan huruf T.

5. Adenin

Adenin (adenine) adalah salah satu dari empat basa nitrogen. Selain sebagai salah satu komponen
penyusun DNA, adenin juga merupakan bagian dari ATP (adenosin trifosfat) yang kaya akan energi.
Dalam gen, adenin dilambangkan dengan huruf A.

6. Guanin

Guanin (guanine) adalah salah satu dari empat basa nitrogen. Pada DNA, guanin berikatan dengan
sitosin dan membetuk tiga ikatan hidrogen. Dalam gen, guanin dilambangkan dengan huruf G.

3. Macam Metode Isolasi DNA

Menurut Surzycky (2000) dalam Nurlaely (2016) terdapat beberapamacam metode isolasi DNA antara lain
:

a). Teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)

Teknik pengujian polimorfisme DNA berdasarkan pada amplifikasi dari segmen-segmen DNA acak
yang menggunakan primer tunggal yang sekuen nukleotidanya ditentukan secara acak. Primer tunggal ini
biasanya berukuran 10 basa. PCR dilakukan pada suhu anealing yang rendah yang memungkinkan primer
menempel pada beberapa lokus pada DNA. Aturan sederhana untuk primer adalah terdiri atas 18-28
susunan basa dengan persentase G+C 50-60%.

b) Metode CTAB
Menghasilkan pita DNA yang berukuran tebal dan dapat memisahkan DNA dari polisakarida karena
adanya perbedaan karakteristik kelarutan (differensial of solubility). Disamping deperoleh fragmen DNA,
dengan metode CTAB juga akan diperoleh RNA dengan pita tipis yang terletak jauh berada di bawah pita
DNA. Keberadaan pita RNA tergantung bahan yang diekstraksi.

c) Phenol:chloroform
Mengunakan senyawa Phenol-choloroform-isoamyl alcohol, Metode standard untuk ekstraksi DNA,
Akhir-akhir ini ditinggalkan, karena sifat toksik phenol.

d) Salting Out
Menggunakan garam konsentrasi tinggi (NaCl 6 M), untuk medenaturisasi protein menggunakan
Proteinase K untuk denaturasi protein

e) Guanidineisothiocyanate
Metode ini lebih cepat dibanding dua metode sebelumnya, Thiocyanate bersifat toksik, untuk lisis
dinding sel, Memerlukan chloroform untuk denaturasi protein.
f) Silica Gel
Silica gel dapat mengikat DNA dengan perantaraan garam/buffer tertentu (NaI), Cepat, tetapi
recovery DNA kurang.