ASAM NUKLEAT

Ihya Ulumuddin Syabani

Program Studi Pendidikan Biologi Jurusan MIPA

Fakultas Tarbiyah dan Keguruan Universitas Islam Negri Sunan Gunung Djati

Bandung

2017

Jl. A.H. Nasution. No. 105. Bandung

ihyaulumuddinsyabani66@gmail.com

I. PENDAHULUAN
1.1 Landasan Teori
Asam Nukleat merupakan pengemban kode geneticdalam sistem kehidupan.
Karena informasi yang terkandungdalam asam-asam nukleat itu, suatu organisme
mampu membiosintesis tipe protein yang berlainan (rambut,kulit, otot, enzim dan
sebagainya) dan memproduksi lebihbanyak organisme dari jenisnya sendiri. Asam
nukleat merupakan suatu polimer yang terdiri dari banyak molekul nukleotida
(Syahona,2011).
Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang kompleks, berbobot
molekul tinggi, dan tersusun atas rantai nukleotida yang mengandung informasi
genetik. Asam nukleat yang paling umum adalah asam deoksiribonukleat (DNA)
dan asam ribonukleat (RNA). Asam nukleat ditemukan pada semua sel hidup dan
virus. Asam nukleat berada di dalam inti (nukleus) sel (Ngili 2009). Asam nukleat
merupakan biopolimer dengan monomer penyusunnya adalah nukleotida. Setiap
nukleotida terdiri atas tiga komponen yaitu sebuah basa nitrogen, gula pentosa,
dan gugus fosfat. Basa nitrogen berasal dari kolompok purin dan pirimidin. Purin
utama asam nukleat adalah adenin dan guanin, sedangkan pirimidinnya adalah
sitosin, timin, dan urasil. Nukleotida merupakan nukleosida yang gugus gula pada
posisi 5-nya mengikat gugus fosfat dengan ikatan ester. Nukleosida terdiri atas
pentosa (deoksiribosa atau ribosa) yang mengikat suatu basa (derivat purin atau
pirimidin) melalui ikatan glikosida. Nukleosida merupakan nukleotida yang tidak
terfosforilasi (tidak berikatan dengan fosfat) (Ngili, 2009).
Asam nukleat dalam sel ada dua jenis yaitu DNA (deoxyribonucleic acid )
atau asam deoksiribonukleat dan RNA (ribonucleic acid) atau asam ribonukleat
yang berikatan ganda. DNA maupun RNA berupa anion dan pada umumnya
terikat oleh protein dan bersifat basa, misalnya DNA dalam inti sel terikat pada
histon. Senyawa gabungan antara protein dan asam nukleat disebut nukleoprotein.
Molekul asam nukleat merupakan polimer seperti protein, tetapi unit penyusunnya
adalah nukleotida. Salah satu contoh nukleotida asam nukleat bebas adalah ATP
yang berfungsi sebagai pembawa energi. Untuk memperoleh asam nukleat dari
jaringan-jaringan tersebut, dapat dilakukan ekstraksi terhadap nukleoprotein
terlebih dahulu menggunakan larutan garam IM. Setelah nukleoprotein terlarut,
dapat diuraikan atau dipecah menjadi protein-protein dan asam nukleat dengan
menambah asam-asam lemah atau alkali secara hati-hati, atau dengan menambah
NaCl hingga jenuh akan mengendapkan protein (Murray 2001). RNA atau asam
ribonukleat terdiri atas benang panjang ribonukleotida. Molekul ini jauh lebih
pendek dari DNA, RNA ditemukan dalam jumlah yang jauh lebih banyak di
dalam kebanyakan sel. Pada sel prokariotik dan eukariotik, ketiga golongan utama
RNA adalah RNA data (mRNA), RNA ribosom (rRNA), dan RNA pemindah
(tRNA). Masing-masing terdiri atas satu untai ribonukleotida dan mempunyai
molekul urutan nukleotida serta fungsi biologis yang khas (Poedjiadi, 2004).
Ada dua macam asam nukleat, yaitu DNA danRNA. DNA terutama
dijumpai dalam inti sel, asam inimerupakan pengemban kode geneticdan dapat
mereproduksiatau mereplikasi dirinya dengan tujuan membentuk sel-sel baru
untuk reproduksi organisme itu, dalam sebagian besarorganisme, DNA suatu sel
mengarahkan sintesis molekul RNA. Satu tipe RNA yakni RNA pesuruh (mRNA)
meninggalkaninti sel dan mengarahkan biosintesis dari berbagai tipeprotein dalam
organisme itu sesuai dengan kode DNAnya.Asam nukleat juga merupakan
makromolekul pertamayang berhasil diisolasi dari dalam inti sel. Asam nukleat
berbentuk rantai linier yang merupakan gabungan monomernukleotida sebagai
unit pembangunnya (Syahona, 2011).
Menurut strukturnya, perbedaan kedua macam asam nukleat ini terletak
pada komponen gula pentosanya. Pada RNA, gula pentosanya adalah ribosa
sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu atom O pada
posisi C nomor 2 sehingga dinamakan gula 2-deoksiribosa. Perbedaan struktur
lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. Basa N, baik pada DNA
maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik
(mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan, yaitu
purin dan pirimidin. Basa purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik) sedangkan
basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin (monosiklik). Pada DNA dan RNA,
purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G), tetapi untuk pirimidin ada perbedaan
antara DNA dan RNA yaitu pada DNA basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan
timin (T), pada RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapat urasil (U).
Timin berbeda dengan urasil karena adanya gugus metil pada posisi nomor 5
sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil (Lehninger 2004).
Hidrolisis asam nukleat akan menghasilkan nukleotida. Apabila dihidroilisis lagi
maka akan didapat nukleosida, fosfat, gula, purin, dan pirimidin (Poedjiadi dan
Supriyanti, 2007).
Asam Nukleat juga merupakan senyawa majemuk yang dibuat dari banyak
nukleotida. Bila nukleotida mengandung ribose, maka asam nukleat yang terjadi
adalah RNA (Ribnucleic acid = asam ribonukleat) yang berguna dalam sintesis
protein. Bila nukleotida mengandung deoksiribosa, maka asam nukleat yang
terjadi adalah DNA (Deoxyribonucleic acid = asam deoksiribonukleat) yang
merupakan bahan utama pementukan inti sel. Dalam asam nukleat terdapat 4 basa
nitrogen yang berbeda yaitu 2 purin dan 2 primidin. Baik dalm RNA maupun
DNA purin selalu adenine dan guanine. Dalam RNA primidin selalu sitosin dan
urasil, dalam DNA primidin selalu sitosin dan timin (Yuliamto dkk, 2011).
Asam-asam nukleat terdapat pada jaringan tubuh sebagai nukleoprotein,
yaitu gabungan antara asam nukleat dengan protein. Untuk memperoleh asam
nukleat dari jaringan-jaringan tersebut, dapat dilakukan ekstraksi terhadap
nukleoprotein terlebih dahulu menggunakan larutan garam IM. Setelah
nukleoprotein terlarut, dapat diuraikan atau dipecah menjadi protein-protein dan
asam nukleat dengan menambah asam-asam lemah atau alkali secara hati-hati,
atau dengan menambah NaCl hingga jenuh akan mengendapkan protein
(Yuliamto dkk, 2011).
Cara lain untuk memisahkan asam nukleat dari protein ialah menggunakan
enzim pemecah protein, misal tripsin. Ekstraksi terhadap jaringan-jaringan dengan
asam triklorasetat, dapat pula memisahkan asam nukleat. Denaturasi protein
dalam campuran dengan asam nukleat itu dapat pula menyebabkan terjadinya
denaturasi asam nukleat itu sendiri. Oleh karena asam nukleat itumengandung
pentosa, makabila dipanasi dengan asam sulfat akan terbentuk furfural. Furfural
ini akan memberikan warna merah dengan anilina asetat atau warna kuning
dengan p-bromfenilhidrazina. Apabila dipanasi dengan difenilamina dalam
suasana asam, DNA akan memberikan warna biru. Pada dasarnya reaksi-reaksi
warna untuk ribosa dan deoksiribosa dapat digunakan untuk keperluan identifikasi
asam nukleat (Yuliamto dkk, 2011).
Asam nukleat merupakan polimer besar dengan ukuran yang bervariasi
antara 25.000 /1.000.000 s/d 1milyar. Asam nukleat baik DNA maupun RNA
tersusun dari monomer nukleotida . Nukleotida tersusun dari gugus fosfat, basa
nitrogen dan gula pentosa. Basa nitrogen berasal dari kolompok purin dan
pirimidin.Purin utama asam nukleat adalah adenin dan guanin, sedangkan
pirimidinnya adalah sitosin, timin danurasil. Nukleotida merupakan nukleosida
yang gugus gula pada posisi 5-nya mengikat asam fosfat (gugus fosfat) dengan
ikatan ester. Nukleosida terdiri atas pentosa( deoksiribosa atau ribosa) yang
mengikat suatu basa (derivat purin atau pirimidin) melalui ikatan
glikosida.Pentosa yang berasal dari DNA ialah deoksiribosa dandari RNA ialah
ribosa. Basa purin dan pirimidin yangberasal dari DNA ialah adenin, guanin,
sitosin dan timin.Sedangkan basa RNA terdiriatas adenin, guanin, sitosin
danurasil (Syahona, 2011).
Dengan demikian nukleosida adalah penyusun nukleotida dan dapat diberi
nama trivial.Nukleotida terdiri dari purin atau primidin yaitu senyawa basa yang
mengandung N, gula pentose (ribosaatau deoksiribosa), dan fosfat. Kebanyakan
nukleotida merupakan bahan pembentuk asam nukleat. ADP(adenosine difosfat)
dan ATP (adenosine trifosfat) adalah modifikasi nukleotida tertentu yang penting
dalam mobilisasi energy dalam sel. ATP dibuat dari ADP melalui penambahan
gugus fosfat yang berenergi tinggi.Nukleotida dalam spiral ganda molekul asam
nukleat terikat di antara dua basa tersebut tetapi ikatan itu hanya di antara adenine
dan timin (pada DNA) atau di antara adenine dan urasil (pada RNA) dan di antara
guanine dan sitosin (Syahona, 2011).
Molekul nukleotida terdiri atas nukleosida yang mengikat asam fosfat.
Molekul nukleosida terdiri atas pentosa ( deoksiribosa atau ribose ) yang mengikat
suatu basa (purin atau pirimidin). Jadi apabila suatu nukleoprotein dihidrolisis
sempurna akan dihasilkan protein, asam fosfat, pentosa dan basa purin atau
pirimidin. Rumus berikut ini akan memperjelas hasil hidrolisis suatu
nucleoprotein (Yuliamto dkk, 2011).

Pentosa yang berasal dari DNA ialah deoksiribosa dan yang berasal dari
RNA ialah ribose. Adapun basa purin dan basa pirimidin yang berasal dari DNA
ialah adenin,sitosin dan timin. Dari RNA akan diperoleh adenin, guanin, sitosin
dan urasil (Yuliamto dkk,2011).
 Urasil terdapat dalam dua bentuk yaitu bentuk keto atau laktam dan bentuk
enol atau laktim.

Pada PH cairan tubuh, terutama urasil terdapat dalam entuk keto.

Nukleosida terbentuk dari basapurin atau pirimidin dengan ribose atau
deoksiribosa. Basa purin atau pirimidin terikat padapentosa oleh ikatan glikosidik,
yaitu pada atom karbon nomor 1. Guanosin adalah suatu nukleosida yang
terbentuk dari guanin dengan ribosa. Pada pengikatan glikosidik ini sebuah
molekul air yang dihasilkan terjadi dari atom hidrogen pada atom N-9 dari basa
purin dengan gugus OH pada atom C-1 dari pentosa. Untuk basa pirimidin,gugus
OH pada atom C-1 berikatandengan atom H pada atom N-1 (Yuliamto dkk, 2011).

1.2 Tujuan Penelitian

Praktikum ini bertujuan untuk mengetahui penampakan asam nukleat dari bagian
tanaman.
1.3 Metode Kerja
1. Waktu dan Tempat : 01 November 2017, Laboratorium UIN Sunan Gunung Djati
 2. Alat dan Bahan
Alat yang digunakan yaitu beker glass ukuran 500 ml, sendok teh, mortar dan
pastle, saringan teh, chop strek (pengaduk/ sumpit),. Bahan yang digunakan yaitu
sayuran atau buah-buahan, misalnya brokoli, pisang, tomat, melon, pepaya, kiwi,
nanas, garam meja sebanyak 2,5 sendok teh, detergen cair 1 bungkus, detergen
bubuk sebanyak 0,7-0,8 sendok teh dan etanol 70%.
3. Prosedur kerja
Untuk melakukan praktikum ini, langkah yang dilakukan yaitu masukkan dan
campurkan garam meja dan detergen bubuk/cair kedalam beker glass yang berisi
200 ml air, aduk hingga merata. Kemudian tumbuk dua kuntum sayuran (brokoli,
bawang merah) atau buah-buahan (pisang, tomat, melon, pepaya, kiwi, nanas)
menggunakan mortar dan pastle. Tuangkan 100 ml larutan detergen, garam meja
ke sayutan tersebut dan tunggu 10-15 menit. Saring menggunakan saringan teh ke
dalam beker glass ukuran 500 ml, lalu tambahkan etanol 70% dua kali lipat
volume cairan hasil penyaringan menggunakan chop stik/ pengaduk secara
perlahan-lahan. Tunggu beberapa saat dan perhatikan dua lapisan yang terbentuk
dalam beker glass, kemudian ambil lapisan yang melayang menggunakan
pengaduk.
II. HASIL PENELITIAN
2.1 Tabel Hasil
Bahan Uji Pengamatan
Warna Bentuk Jumalah
Kromatin
Bawang Bombay Putih Serabut (+)
Larutan Sedikit
Bereaksi

Larutan Setelah
Dipanaskan
 Buah Melon Putih Serabut (+)
Larutan Sedikit
Bereaksi

Larutan Setelah
Dipanaskan
Buah Nanas Putih Menggumpal (+)
Larutan Sedikit
Bereaksi

Larutan Setelah
Dipanaskan
Brokoli Kuning Serabut sagat (+)
kehijauan kecil Sedikit
Larutan
Bereaksi

Larutan Setelah
Dipanaskan

Bahan Uji Pengamatan

Warna Bentuk Jumalah
Kromatin
Buah Pepaya Kuning Serabut (++)
 Larutan Sedang
Bereaksi

Larutan Setelah
Dipanaskan
Buah Kiwi Hijau Menggumpal (++)
Larutan Sedang
Bereaksi

Larutan Setelah
Dipanaskan

Bahan Uji Pengamatan

Warna Bentuk Jumalah
Kromatin
Buah Pisang Cokalat Serabut (+++)
Banyak

Larutan Sebelum Larutan Sesudah

Dipanaskan Dipanaskan

Buah Tomat Pink Awal benang (+++)

 Larutan Berekasi halus lama- Banyak
lama
Menggumpal

Larutan Sesudah
Dipanaskan

Ket. +++ (sangat banyak/terang), ++ (banyak), + (sedikit) dan (tidak ada)

2.2 Pembahasan
Pada praktikum asam nukleat ini, dapat diketahui bahwa ada tanaman
terdapat kandungan asam nukleat, tetapi dengan warna, bentu dan jumlah yang
bervariasi, ada yang memiliki jumlah kromatin banyak dan ada pula yang hasa
terdapat kromatin yang sedikit. Bentuk asam nukleat juga bervariasi ada yang
menggumpal dan ada pula yang berbentuk serabut. Pada praktikum ini, bahan uji
yang dibawa sebelumnya di gerus atau dilembutkan menggunakan mortar dan
pestil tujuannya yaitu agar terjadi pemecahan pada dinding sel secara mekanik,
sedangkan secara kimiawi dilakukan menggunakan detergen. Penambahan sabun
cair adalah untuk melisiskan membran inti untuk mengeluarkan isi inti sel yang
berisi DNA.
Menurut Krimas (2010) penambahan diterjen dapat menyebabkan rusaknya
membran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik detergen
dengan protein dan lemak pada membrane membentuk senyawa lipid protein-
detergen kompleks senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid
memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan detergen,
sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia.
Berdasarkan pengamatan yang dilakukan, jika dilihat dari jumlah
kromatinnya, asam nukleat terdiri dari tiga kelompok, yaitu sedikit (+), sedang
(++), dan banyak (+++). Menurut Fuadah (2010) mengatakan bahwa pada hasil
pengamatan ini setelah menunggu beberapa saat terjadi presipitasi pada lapisan
atas bukan bawah DNA tidak larut dalam etanol tetapi dapat larut dalam air. Pada
bahan uji seperti bawang bombay, buah melon, nanas dan brokoli dapat diketahui
bahwa bahan uji tersebut positif (+) mengandung asam nukleat, tetapi jumlah
kromatin hanya sedikit. Perubahan warna yang terdapat pada bahan uji ada yang
sama dan ada pula yang berbeda.
Pada bahan uji bawang bombay dan melon reaksi warnanya yaitu putih,
bentuk kromatinnya berupa serabut-serabut. Sedangkan pada nanas terlihat reaksi
warnanya yaitu putih dan bentuk kromatinnya menggumpal, pada brokoli terlihat
reaksi warnanya yaitu kuning kehijauan dan bentuk kromatinnya serabut sangat
kecil. Hal ini disebabkan karena masa jenis etanol lebih kecil dari pada masa
jenis air, sehingga terdapat serabut-serabut putih dan terlihat seperti berkumpul
dan menggumpal. Etanol yang digunakan harus benar-benar dingin dan berasal
dari lemari pendingin, hal ini bertujuan untuk menyempurnakan presipitasi.
Apabila etanol yang digunakan kurang dingin, maka mengakibatkan
pembentukan presipitasi kurang sempurna. Hal ini sesuai dengan pernyataan
Fuadah (2012) bahwa ketika molekul DNA terlarut, mereka tersebar dalam larutan
sehingga tidak terlihat. Ketika molekul tersebut berpindah kedalam larutan yang
bukan pelarut mereka akan berkumpul atau menggumpal sehingga dapat dilihat.
Presipitat DNA terlihat seperti serabut-serabut putih yang terkumpul diatas
permukaan larutan karena masa jenis air besar.
Berdasarkan hasil uji dan pengamatan yang dilakukan, bahan uji yang
positif (++) mengandung asam nukleat dengan jumlah kromatin sedang yaitu pada
buah pepaya dan kiwi. Pada buah pepaya dapat dilihat terdapat reaksi warnanya
yaitu kuning dan kromatinnya berbentuk serabut. Sedangkan pada buah kiwi
dapat dilihat reaksi warnanya yaitu hijau dan bentuk kromatinnya menggumpal.
Hal ini disebabkan karena masa jenis etanol lebih kecil dari pada masa jenis air
sehingga terdapat kumpulan atau gumpalan dan ada pula yang terdapat serabut-
serabut kecil.
Menurut Zubaidah (2004) mengatakan bahwa setiap jenis atau bagian
tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini karena adanya senyawa
polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat
pemurnian DNA. Jika dilakukan menggunakan buah, maka kadar air pada
 masing-masing buah berbeda, sehingga dapat menghasilkan hasil yang berbeda
pula. Buah dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda jika
dibandingkan dengan buah berkadar air rendah. Semakin tinggi kadar air maka sel
yang terlarut didalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang
terpretisipasi juga akan sedikit.
Berdasarkan hasil uji dan pengamatan yang dilakukan, bahan uji yang
positif (+++) mengandung asam nukleat dengan jumlah kromatin banyak yaitu
terdapat pada buah pisang dan buah tomat. Pada buah pisang dapat dilihat bahwa
reaksi warnanya yaitu coklat dan betuk kromatinnya serabut. Sedangkan pada
buah tomat reaksi warnanya yaitu pink dan bentuk kromatinnya seperti benang
halus yang lama-lama manggumpal. Hal ini disebabkan karena masa jenis etanol
lebih kecil dari pada masa jenis air, sehingga terdapat serabut-serabut putih dan
terlihat seperti berkumpul dan menggumpal. Menurut Zubaidah (2004)
mengatakan bahwa etanol yang digunakan harus benar-benar dingin dan berasal
dari lemari pendingin, hal ini bertujuan untuk menyempurnakan presipitasi.
Apabila etanol yang digunakan kurang dingin, maka mengakibatkan pembentukan
presipitasi kurang sempurna.
III. PENUTUP
3.1 Kesimpulan
Berdasarkan hasil pengamatan, penampakkan asam nukleat yang terdapat
pada sample sayuran dan tanaman yang dibawa berbeda beda pada warna, bentuk
dan jumlah kromatinnya. Selain itu, dapat dilihat bahwa sample yang memiliki
jumlah kromatin paling banyak adalah pada sample buah pisang dan tomat. Untuk
bentuknya ada yang seperti benang, serabut dan ada pula yang menggumpal.
VI. Daftar Pustaka
Syahona,Putri Abdian. (2011). Asam Nukleat Dan Nukleotida. Sumedang : Fakultas
Peternakan Universitas Padjadjaran

Yuliamto, Rahmawan dkk. (2011). Asam nukleat (nucleic acid). Malang :

Agroekoteknologi Fakultas Pertanian Universitas Brawijaya

Utama, Rio Fabian . 2011. Struktur & Fungsi Asam Nukleat. Malang : Fakultas
Peternakan Universitas Brawijaya.
Ngili Y. 2009. Biokimia: Struktur dan Fungsi Biomolekul. Yogyakarta: Graha Ilmu.
Campbell, N.A . 2000 . Biologi Edisi kelima. Jakarta: Erlangga.

Poedjiadi, Anna . 2006 . Dasar-dasar Biologi. Jakarta: UI Press.