MAKALAH

STRUKTUR DAN FUNGSI

ASAM NUKLEAT

Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah

Struktur, Fungsi, dan Metabolisme Biomolekul

Yang Diampu Oleh :

Prof. Dr. Subandi, M.Si.

Dr. Suharti, S.Pd.,M.Si.

Disusun Oleh :

Dina Selviana Off A/ 190331865205

Eka Puspita K.S Off A/ 190331765218

UNIVERSITAS NEGERI MALANG FAKULTAS MATEMATIKA DAN

ILMU PENGETAHUAN ALAM S2 PENDIDIKAN KIMIA
Februari 2020
 BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Tubuh manusia tersusun atas berbagai macam senyawa organik salah
satunya adalah apa yang kita kenal sebagai asam nukleat. Asam nukleat terdapat di
dalam inti sel, hal ini mengindikasikan pentingnya asam nukleat dalam menopang
seluruh proses kehidupan dalam tubuh. Dalam kenyataannya, memang kode genetik
yang tersimpan dalam rantaian DNA digunakan untuk membuat protein, kapan,
dimana dan seberapa banyak.

Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang

peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan
informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena
tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida
mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentose, dan basa nitrogen
atau basa nukleotida (basa N). Friedrich Miescher (1844-1895) adalah orang yang
mengawali pengetahuan mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun 1868,
dilaboratorium Hoppe-Syler di Tubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada
nanah bekas pembalut luka, kemudian sel-sel tersebut dilarutkan dalam asam encer
dan dengan cara ini diperoleh inti sel yang masih terikat pada sejumlah protein.
Dengan menambahkan enzim pemecah protein ia dapat memperoleh inti sel saja
dan dengan cara ekstraksi terhadap inti sel diperoleh suatu zat yang larut dalam basa
tetapi tidak larut dalam asam, kemudian zat ini dinamakan “nuclein” sekarang
dikenal dengan nama nucleoprotein. Selanjutnya dibuktikan bahwa asam nukleat
merupakan salah satu senyawa pembentuk sel dan jaringan normal. Oleh karena itu,
penulis tertarik untuk menelaah lebih mendalam apa sebenarnya asam nukleat yang
merupakan suatu bagian penting dari makhluk hidup di dalam makalah ini.
B. Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang diatas, maka penulis dapat merumuskan
beberapa masalah yang akan dibahas selanjutnya. Adapun rumusan masalah
tersebut adalah:
1. Apa pengertian asam nukleat?
2. Bagaimana struktur asam nukleat?
3. Apa yang dimaksud ikatan fosfodiester?
4. Bagaimana sekuens asam nukleat?
5. Apa saja jenis-jenis asam nukleat?
6. Bagaimana struktur DNA dan RNA?
7. Apa fungsi dari asam nukleat?
8. Apa saja sifat-sifat fisika-kimia asam nukleat?

C. Tujuan Penulisan
Sejalan dengan latar belakang dan rumusan masalah diatas, adapun tujuan
yang ingin dicapai adalah sebagai berikut.
1. Untuk mengetahui pengertian asam nukleat
2. Untuk mengetahui struktur asam nukleat
3. Untuk mengetahui ikatan fosfodiester
4. Untuk mengetahui sekuens asam nukleat
5. Untuk mengetahui jenis-jenis asam nukleat
6. Untuk mengetahui struktur DNA dan RNA
7. Untuk mengetahui fungsi asam nukleat
8. Untuk mengetahui apa saja sifat-sifat fisika-kimia asam nukleat
 BAB II
PEMBAHASAN

A. Asam Nukleat
Asam nukleat adalah biopolimer yang berbobot molekul tinggi yang terdiri
atas banyak molekul nukleotida. Nukleotida yang satu dengan yang lainnya
dihubungkan oleh ikatan fosfodiester yang sangat kuat. Asam nukleat terdapat pada
semua sel hidup dan bertugas untuk menyimpan dan mentransfer genetik, kemudian
menerjemahkan informasi ini secara tepat untuk mensintesis protein yang khas bagi
masing-masing sel. Asam nukleat, jika unit pembangunnya deoksiribonukleotida ,
disebut asam deoksiribonukleotida (DNA) yang merupakan bahan utama
pembentukan inti sel dan jika terdiri dari unit-unit ribonukleotida disebut asam
ribonukleotida (RNA) yang berguna dalam sintesis protein. Dalam asam nukleat
terdapat basa nitrogen yang berbeda yaitu 2 purin dan 2 pirimidin. Baik dalam RNA
maupun DNA purin selalu adenin dan guanin. Dalam RNA pirimidin selalu sitosin
dan urasil, sedangkan dalam DNA pirimidin selalu sitosin dan timin.

Asam Nukleat

Nukleotida

Nukleosida Asam Fosfat

Basa Nitrogen Gula

Berdasarkan kerangka diatas dijelaskan bahwa asam nukleat tersusun atas

nukleotida-nukleotida. Nukleotida tersusun atas asam fosfat, basa nitrogen dan gula
pentosa. Nukleotida tanpa ada asam fosfat maka disebut nukleosida.
1. Nukleotida
Asam nukleat adalah makromolekul yang terdapat sebagai polimer yang
disebut polinukleotida (polynucleotide), setiap polinukleotida terdiri atas polimer
dari monomer-monomer yang disebut nukleotida. Nukleotida secara umum
sebenarnya adalah nukleosida yang berikatan dengan sebuah atau lebih gugus
fosfat. Suatu nukleotida terdiri atas tiga bagian, yaitu sebuah molekul organik yang
disebut basa-nitrogen, sebuah pentosa (gula berkarbon lima), dan satu atau lebih
gugus fosfat. Terdapat dua keluarga basa nitrogen, yaitu pirimidin dan purin.
Pirimidin memiliki cincin enam-anggota yang terdiri dari atom karbon dan atom
nitrogen. Anggota keluarga pirimidin adalah sitosin (S), timin (T), dan urasil (U).
Purin lebih besar, dengan cincin enam-anggota yang menyatu dengan suatu cincin
lima-anggota, yang termasuk purin adalah adenin (A) dan guanin (G). Pirimidin
dan purin yang spesifik berbeda dalam hal gugus fungsional yang terikat ke
cincinnya. Adenin, guanin dan sitosin ditemukan pada kedua jenis asam nukleat.
Timin hanya ditemukan dalam DNA dan urasil hanya ditemukan pada RNA.

2. Nukleosida
Nukleosida merupakan sebutan untuk bagian dari nukleotida tanpa gugus
fosfat. Dengan demikian, nukleosida tersusun dari gula ribosa atau deoksiribosa dan
basa nitrogen. Nukleosida merupakan kerangka dasar bagi terbentuknya ADP dan
AMP. Proses pembentukan ketiga senyawa pembawa energi kimia ini biasanya
terjadi di mitokondria sebagai bagian dari reaksi katabolism atau respirasi.
Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan tanda
aksen (1’, 2’, dan seterusnya), sekedar untuk membedakannya dengan penomoran
posisi pada cincin basa. Posisi 1’ pada gula akan berikatan dengan posisi 9 (N-9)
pada basa purin atau posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin melalui ikatan glikosidik
atau glikosilik (gambar 3.1). Dengan demikian, setiap nukleotida pada asam nukleat
dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. Namun, pengertian nukleotida secara
umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat.
Sebagai contoh, molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang
merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat.
Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka
nukleosidanya dapat berupa adenosin, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula,
nukleotidanya akan ada empat macam, yaitu adenosin monofosfat, guanosin
monofosfat, sitidin monofosfat, dan uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula
pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA, maka (2’-deoksiribo)
nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin, deoksiguanosin, deoksisitidin, dan
deoksitimidin.

B. Struktur Asam Nukleat

Asam nukleat tersusun atas nukleotida dan nukleosida. Berikut ini struktur
nukleotida dan nukleosida sebagai penyusun asam nukleat.

1. Nukleotida
Berikut ini struktur nukleotida yang gula pentosanya yaitu ribosa
berdasarkan basa nitrogennya.
No. Nama Struktur
1. Adenin Nukleotida (asam
adenilat) atau
Adenosinmonophosphate
(AMP)

2. Guanin Nukleotida
(Asam guanilat) atau
Guanosinmonofosfat
(GMP)

3. Urasil Nukleotida (Asam

Uridilat) atau
Uridinmonofosfat (UMP)
 4. Sitidin Nukleotida (Asam
Sitidilat) atau
Sitidinmonofosfat (SMP)

2. Nukleosida
Berikut ini struktur nukleosida yang gula pentosanya yaitu ribosa
berdasarkan basa nitrogennya.
No. Basa Nitrogen Struktur
1. Adenin

2. Guanin

3. Uridin
 4. Sitidin

Secara umum, komponen dari asam nukleat sebagai berikut.

Gambar 2.1. Komponen-komponen asam nukleat

Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya

basa N lah yang memungkinkan terjadinya variasi. Pada kenyataannya memang
urutan (sekuens) basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi
spesifisitasnya. Dengan perkataan lain, identifikasi asam nukleat dilakukan
berdasarkan atas urutan basa N-nya sehingga secara skema kita bisa
menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan
basanya saja.

C. Ikatan Fosfodiester
Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan basa N,
pada asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang
menghubungkan antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5’ gula pentosa dan gugus
hidroksil pada posisi 3’ gula pentosa nukleotida berikutnya. Ikatan ini dinamakan
ikatan fosfodiester karena secara kimia gugus fosfat berada dalam bentuk diester
(Gambar 3.1).

Gambar 3.1. Ikatan fosfodiester dan ikatan glikosidik pada asam nukleat

Oleh karena ikatan fosfodiester menghubungkan gula pada suatu nukleotida

dengan gula pada nukleotida berikutnya, maka ikatan ini sekaligus menghubungkan
kedua nukleotida yang berurutan tersebut. Dengan demikian, akan terbentuk suatu
rantai polinukleotida yang masing-masing nukleotidanya satu sama lain
dihubungkan oleh ikatan fosfodiester. Kecuali yang berbentuk sirkuler, seperti
halnya pada kromosom dan plasmid bakteri, rantai polinukleotida memiliki dua
ujung. Salah satu ujungnya berupa gugus fosfat yang terikat pada posisi 5’ gula
pentosa. Oleh karena itu, ujung ini dinamakan ujung P atau ujung 5’. Ujung yang
lainnya berupa gugus hidroksil yang terikat pada posisi 3’ gula pentosa sehingga
ujung ini dinamakan ujung OH atau ujung 3’. Adanya ujung-ujung tersebut
menjadikan rantai polinukleotida linier mempunyai arah tertentu. Pada pH netral
adanya gugus fosfat akan menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif. Inilah
alasan pemberian nama ’asam’ kepada molekul polinukleotida meskipun di
dalamnya juga terdapat banyak basa N. Kenyataannya, asam nukleat memang
merupakan anion asam kuat atau merupakan polimer yang sangat bermuatan
negatif.

D. Sekuens Asam Nukleat

Telah dikatakan di atas bahwa urutan basa N akan menentukan spesifisitas
suatu molekul asam nukleat sehingga biasanya kita menggambarkan suatu molekul
asam nukleat cukup dengan menuliskan urutan basa (sekuens)-nya saja.
Selanjutnya, dalam penulisan sekuens asam nukleat ada kebiasaan untuk
menempatkan ujung 5’ di sebelah kiri atau ujung 3’ di sebelah kanan. Sebagai
contoh, suatu sekuens DNA dapat dituliskan 5’-ATGACCTGAAAC-3’ atau suatu
sekuens RNA dituliskan 5’-GGUCUGAAUG-3’. Jadi, spesifisitas suatu asam
nukleat selain ditentukan oleh sekuens basanya, juga harus dilihat dari arah
pembacaannya. Dua asam nukleat yang memiliki sekuens sama tidak berarti
keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebut dilakukan dari arah yang
berlawanan (yang satu 5’→ 3’, sedangkan yang lain 3’→ 5’).

E. Jenis-jenis Asam Nukleat

Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau
deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA).
Baik DNA maupun RNA berupa anion dan pada umumnya terikat oleh protein dan
bersifat basa.

1. DNA (deoxyribonucleic acid)

DNA merupakan rangkaian nukleotida atau polinukleotida. Setiap
nukleotida DNA terdiri atas satu gugus gula pentosa yang disebut deoksiribosa, satu
gugus fosfat, dan satu basa nitrogen. Basa nitrogen terdiri atas Adenin (A) dan
guanin (G) dari golongan purin serta sitosin (S) dan Timin (T) dari golongan
pirimidin. DNA memiliki struktur heliks ganda atau seperti tangga tali yang terpilin
dan tersusun atas dua rantai polinukleotida secara antiparalel (berlawanan) satu
sama lain yaitu satu benang berjalan dari ujung 3 ke ujung 5 dan benang lain dari
ujung 5 ke ujung 3. Pasangan basa nitrogen pada DNA selalu tetap yaitu adenin
dengan timin (A-T) yang dihubungkan oleh dua ikatan hidrogen, dan sitosin dengan
guanin (S-G) yang dihubungkan oleh tiga ikatan hidrogen. DNA terdapat didalam
nukleos, mitokondria, plastida dan sentriol.

2. RNA (ribonucleic acid)

RNA adalah asam nukleat lain selain DNA. Ada sebagian virus yang
mempunyai RNA sebagai bahan dasar genomnya, sedangkan makhluk yang lain
termasuk bakeri dan eukariot menggunakan DNA sebagai genomnya. Dilihat dari
segi evolusi diduga bahwa gen makhluk hidup pertama adalah RNA, jadi virus
RNA merupakan pionir makhluk hidup. Pada umumnya molekul RNA merupakan
rantai berutas tunggal. RNA sebagaimana DNA disusun oleh nukleotida-nukleotida
satu dengan yang lain dihubungkan dengan ikatan 5-3 fosfodiester. Fosfat yang
terdapat pada C ke 5 pada satu ribonukleotida dihubungkan dengan C ke 3 pada
nukleotida yang lain. Sehingga akan terbentuk satu rantai nukleotida sebagaimana
DNA, dengan kedua ujungnya terdiri dari ujung 5’p dan ujung 3’OH.
Berdasarkan penjabaran mengenai DNA dan RNA, maka dapat dituliskan
sebagai berikut:
No. Perbedaan DNA RNA
1. Basanya Kandungan basa antara kedua Kandungan basa tidak harus
rantai sama dan berpasangan sama
spesifik satu dengan lain Purin (adenin, guanin)
Purin (adenin, guanin) Pirimidin (sitosin, urasil)
Pirimidin (sitosin, timin)
2. Bentuk Polinukleotida ganda yang Polinukleotida tunggal dan
Molekul terpilin panjang pendek
3. Letak Inti Sel, mitokondria, Inti Sel, sitoplasma, ribosom
kloroplas, sentriol
4. Gula Deoksiribosa Ribosa
5. Fungsi Mengontrol sifat yang Sintesis protein
menurun dan Sintesis RNA

Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi
nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil.
F. Struktur DNA dan RNA
Struktur asam nukleat DNA dan RNA adalah mirip. Struktur DNA dan
RNA :

Gambar 5.1

Ada tiga struktur DNA dan RNA yang dikenal selama ini. Struktur -
struktur DNA dan RNA tersebut adalah sebagai berikut:
a. Struktur primer
DNA tersusun dari monomer-monomer nukleotida. Setiap nukleotida terdiri
dari satu basa nitrogen berupa senyawa purin atau pirimidin, satu gula pentosa
berupa 2-deoksi-D-ribosa dalam bentuk furanosa, dan satu molekul fosfat. RNA
mirip dengan DNA, perbedaanya terletak pada:
1) Basa utama RNA adalah Adenin, Guanin, Sitosin dan Urasil.
2) Unit gula RNA adalah D-ribosa.
 Gambar 5.2

b. Struktur sekunder
Struktur sekunder adalah interaksi antara basa. Struktur ini menunjukkan
bagian mana helai terikat satu sama lain. Kedua untai DNA dalam double heliks
DNA terikat satu sama lain dengan batas hidrogen. Struktur sekunder DNA
didominasi pasangan basa dua helai polinukleotida membentuk double heliks.

Gambar 5.3 Struktur sekunder DNA

Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua

rantai polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah pilinan ke
kanan. Fosfat dan gula pada masing-masing rantai menghadap ke arah luar sumbu
pilinan, sedangkan basa N menghadap ke arah dalam sumbu pilinan dengan
susunan yang sangat khas sebagai pasangan - pasangan basa antara kedua rantai.
Dalam hal ini, basa A pada satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada rantai
lainnya, sedangkan basa G berpasangan dengan basa C. Pasangan-pasangan basa
ini dihubungkan oleh ikatan hidrogen yang lemah (nonkovalen). Basa A dan T
dihubungkan oleh ikatan hydrogen rangkap dua, sedangkan basa G dan C
dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga. Adanya ikatan hidrogen tersebut
menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat satu sama lain dan saling
komplementer. Artinya, begitu sekuens basa pada salah satu rantai diketahui, maka
sekuens pada rantai yang lainnya dapat ditentukan. Oleh karena basa bisiklik selalu
berpasangan dengan basa monosiklik, maka jarak antara kedua rantai
polinukleotida di sepanjang molekul DNA akan selalu tetap. Dengan perkataan lain,
kedua rantai tersebut sejajar. Akan tetapi, jika rantai yang satu dibaca dari arah 5’
ke 3’, maka rantai pasangannya dibaca dari arah 3’ ke 5’. Jadi, kedua rantai tersebut
sejajar tetapi berlawanan arah (antiparalel).
Jarak antara dua pasangan basa yang berurutan adalah 0,34 nm. Sementara
itu, di dalam setiap putaran spiral terdapat 10 pasangan basa sehingga jarak antara
dua basa yang tegak lurus di dalam masing-masing rantai menjadi 3,4 nm. Namun,
kondisi semacam ini hanya dijumpai apabila DNA berada dalam medium larutan
fisiologis dengan kadar garam rendah seperti halnya yang terdapat di dalam
protoplasma sel hidup. DNA semacam ini dikatakan berada dalam bentuk B atau
bentuk yang sesuai dengan model asli Watson-Crick. Bentuk yang lain, misalnya
bentuk A, akan dijumpai jika DNA berada dalam medium dengan kadar garam
tinggi. Pada bentuk A terdapat 11 pasangan basa dalam setiap putaran spiral. Selain
itu, ada pula bentuk Z, yaitu bentuk molekul DNA yang mempunyai arah pilinan
spiral ke kiri. Bermacam-macam bentuk DNA ini sifatnya fleksibel, artinya dapat
berubah dari yang satu ke yang lain bergantung kepada kondisi lingkungannya.
Tidak seperti DNA, molekul RNA pada umumnya berupa untai tunggal
sehingga tidak memiliki struktur tangga berpilin. Namun, modifikasi struktur juga
terjadi akibat terbentuknya ikatan hidrogen di dalam untai tunggal itu sendiri
(intramolekuler). Dengan adanya modifikasi struktur molekul RNA, kita mengenal
tiga macam RNA, yaitu RNA duta atau messenger RNA (mRNA), RNA pemindah
atau transfer RNA (tRNA), dan RNA ribosomal (rRNA). Struktur mRNA dikatakan
sebagai struktur primer, sedangkan struktur tRNA dan rRNA dikatakan sebagai
struktur sekunder. Perbedaan di antara ketiga struktur molekul RNA tersebut
berkaitan dengan perbedaan fungsinya masing-masing.

Gambar 5.4 Struktur sekunder RNA

c. Struktur tersier
Kebanyakan DNA virus dan DNA mitokondria merupakan molekul lingkar.
Konformasi ini terjadi karena kedua untai polinukleotida membentuk struktur
tertutup yang tidak berujung. Molekul DNA lingkar tertutup yang diisolasi dari
bakteri, virus dan mitokondria seringkali berbentuk superkoil, selain itu DNA dapat
berbentuk molekul linier dengan ujung-ujung rantai yang bebas.

(a) DNA sirkular

(b) DNA linear
Gambar 6.6

Secara alami banyak DNA mempunyai struktur tersier. Salah satu

contohnya adalah struktur sirkular yang dapat berbentuk acak (berlilitan) dan
sirkular terbuka. Pelilitan merupakan struktur DNA yang tertutup secara kovalen
karena untai polinukleotidanya tetap utuh. Struktur ini tidak mempunyai ujung 5’
atau 3’ bebas. Jika salah satu untai polinukleotida putus, maka heliks ganda akan
kembali kebentuk normalnya sebagai sirkulasi terbuka. Contoh DNA tersier adalah
DNA virus ST-40, DNA plasmid bakteri, dan lain-lain. Struktur DNA ini
mempunyai sifat sangat khas dan bermanfaat untuk rekayasa gen.
Struktur tersier RNA memungkinkan molekul untuk melipat menjadi
konformasi yang berfungsi penuh. Molekul RNA tertentu, berdasarkan struktur
tersier mereka, memiliki fungsi tertentu. Ini molekul non-coding RNA (ncRNA)
dapat melayani berbagai tujuan, dan penemuan aplikasi biologis telah menjadi
subyek dari beberapa hadiah Nobel. Satu kelas ncRNA, disebut ribozim, adalah
enzim RNA yang dapat mengkatalisis reaksi biokimia seperti yang dilakukan enzim
protein. Kelas lain, yang disebut riboswitches, mengontrol ekspresi gen dengan
beralih gen dan mematikan berdasarkan lingkungannya.

Gambar 6.7

G. Fungsi Asam Nukleat

1. DNA menyimpan informasi genetik dalam sel-sel semua makhluk hidup. Ini
berisi kode genetik. Ini adalah kode yang menginstruksikan sel bagaimana
membuat protein. Instruksi yang dikodekan dalam urutan basa nitrogen dalam
rantai nukleotida DNA. Salinan RNA dan menafsirkan kode genetik dalam
DNA dan juga terlibat dalam sintesis protein berdasarkan kode. DNA
menyimpan informasi (kode) tentang jenis protein yang harus dibentukoleh
suatu sel. Informasi genetic adalah relasi antara urut-urutan basa nitrogen
dalam DNA menentukan urut-urutan asam amino dalam protein.struktur kode
genetic itu disebut kodon. Kodon adalah rangkaian tiga nukleotida dalam
urutan yang khas. Setiap kodon menentukan satu asam amino yang akan
digunakan untuk sintesis protein.sel yang baru mempunyaiinformasi genetic
yang identik dengan sel asal. Kadang suatu kekeliruan terjadi pada
 pembentukan kromosom baru.yang mengakibatkan perubahan sifat genetic.
Hal seperti ini sering disebut mutasi.
2. Fungsi utamanya adalah menyimpan dan mentransfer informasi genetik.
DNA merupakan struktur yang sangat kompleks yang tersusun dari
polinukleotida. Fungsi atau peranan DNA ini sebenarnya tidak sekadar sebagai
pembawa materi genetik, melainkan juga menjalankan fungsi yang sangat
kompleks pula, antara lain:
a. Sebagai pembawa materi genetika dari generasi ke generasi berikutnya.
b. Mengontrol aktivitas hidup secara langsung maupun tidak langsung.
c. Melakukan sintesis protein.
d. Sebagai autokatalis, yaitu kemampuan DNA untuk menggandakan
diri(replikasi).
e. Sebagai heterokatalis, yaitu kemampuan DNA untuk dapat mensintesis
senyawa lain RNA
f. RNA juga mengatur produksi protein baru dengan mengirimkan informasi
genetik pada struktur bangunan protein.
g. Fungsi urutan basa nitrogen dalam tulang punggung DNA ialah untuk
menentukan protein yang disintesis.
h. Fungsi dari heliks ganda DNA ini ialah untuk memastikan tidak adanya
gangguan pada informasi genetik apabila hilang atau rusak.
i. RNA mengarahkan sintesis protein.
j. m-RNA mengambil pesan genetik dari RNA.
k. Transfer t-RNA akan mengaktifkan asam amino, ke tempat sintesis protein.
l. r-RNA sebagian besar ada dalam ribosom, dan bertanggung jawab atas
stabilitas m-RNA.

H. Sifat Fisika dan Kimia Asam Nukleat

Beberapa sifat fisika-kimia asam nukleat :
1. Stabilitas asam nukleat
Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun
struktursekunder RNA, sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi
stabil akibatadanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang berpasangan. Padahal,
sebenarnyatidaklah demikian. Ikatan hidrogen di antara pasangan-pasangan basa
hanya akan samakuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan molekul air
apabila DNA berada dalambentuk rantai tunggal. Jadi, ikatan hidrogen jelas tidak
berpengaruh terhadap stabilitasstruktur asam nukleat, tetapi sekedar menentukan
spesifitas perpasangan basa. Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada
interaksi penempatan (stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa.
Permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkan molekul-molekul air
dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut menjadi
kuat.
2. Pengaruh asam
Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO4 dengan suhu lebih
dari 100ºC, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen
21 komponennya. Namun, di dalam asam mineral yang lebih encer, hanya ikatan
glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga asam nukleat
dikatakan bersifat apurinik.
3. Pengaruh alkali
Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan
status tautomerik basa. Sebagai contoh, peningkatan pH akan menyebabkan
perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena molekul
tersebut kehilangan sebuah proton. Selanjutnya, perubahan ini akan menyebabkan
terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA
mengalami denaturasi. Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Bahkan pada pH
netral sekalipun, RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan dengan
DNA karena adanya gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya.
4. Denaturasi kimia
Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam
nukleat pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH2)2) dan
formamid (COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif tinggi, senyawa-senyawa
tersebut dapat merusak ikatan hidrogen. Artinya, stabilitas struktur sekunder asam
nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda mengalami denaturasi.
5. Viskositas
DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi
karena diameternya hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat mencapai beberapa
sentimeter. Dengan demikian, DNA tersebut berbentuk tipis memanjang. Selain itu,
DNA merupakan molekul yang relatif kaku sehingga larutan DNA akan
mempunyai viskositas yang tinggi. Karena sifatnya itulah molekul DNA menjadi
sangat rentan terhadap fragmentasi fisik. Hal ini menimbulkan masalah tersendiri
ketika kita hendak melakukan isolasi DNA yang utuh.
6. Kerapatan apung
Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan
apung (bouyant density)-nya. Di dalam larutan yang mengandung garam pekat
dengan berat 22 molekul tinggi, misalnya sesium klorid (CsCl) 8M, DNA
mempunyai kerapatan yang sama dengan larutan tersebut, yakni sekitar 1,7 g/cm3.
Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat tinggi, maka garam
CsCl yang pekat akan bermigrasi ke dasar tabung dengan membentuk gradien
kerapatan. Begitu juga, sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi gradien yang
sesuai dengan kerapatannya. Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi seimbang
dalam tingkat kerapatan (equilibrium density gradient centrifugation) atau
sentrifugasi isopiknik.
Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di
dasar tabung dan protein akan mengapung, maka DNA dapat dimurnikan baik dari
RNA maupun dari protein. Selain itu, teknik tersebut juga berguna untuk keperluan
analisis DNA karena kerapatan apung DNA (ρ) merupakan fungsi linier bagi
kandungan GC-nya. Dalam hal ini, ρ = 1,66 + 0,098% (G + C).

Gambar 8.1 Sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan

 BAB III
KESIMPULAN

Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang

peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan
informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena
tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida
mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen
atau basa nukleotida (basa N).
Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau
deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA).
Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini
terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA gula pentosanya
adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu
atom O pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’-deoksiribosa.
Nukleosida adalah kompleks gula-basa pada basa pirimidin melalui ikatan
glikosidik atau glikosilik. Sedangkan Nukleotida secara umum sebenarnya adalah
nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Ikatan fosfodiester merupakan
penghubung antara nukleotida yang satu dengan yang lainnya. Sekuens asam
nukleat atau pengurutan asam nukleat adalah proses penentuan urutan nukleotida
pada suatu fragmen DNA atau RNA.
Struktur DNA dan RNA dibagi menjadi struktur primer, struktur sekunder
dan struktur tersier. Fungsi asam nukleat adalah menyimpan dan mentransfer
genetik. Asam Nukleat memiliki sifat fisika dan kimia antara lain Stabilitas asam
nukleat, Pengaruh Asam, Pengaruh Alkali, Denaturasi kimia, Viskositas dan
kerapatan Apung.
 DAFTAR PUSTAKA

Bettelheim, F. A., Brown, W. H., Campbell, M. K., & Farrel, S. O. (2010).

Introduction to organic and biochemistry 7th edition. USA: Brooks/Cole
Cengange Learning.

Lehninger, Albert L. (1982). Dasar – Dasar Biokimia Jilid 1. Jakarta:

Erlangga.
Nelson, David L. dan Cox, Michael M. 2013. Principles of Biochemistry 6th
Edition. New York: W. H. Freeman and Company.

Ngili, Yohanis. 2009. Biokimia Metabolisme & Bioenergitika. Yogyakarta: Graha

Ilmu. Stoker, H. Stephen. 2007. General, Organic, and Biological Chemistry
4th Edition. USA: Houghton Mifflin Company.

Timberlake, Karen C. 2012. Chemistry: An Introduction to General, Organic, and

Biological Chemistry 11th Edition. USA: Pearson Education, Inc.