MAKALAH KIMIA ORGANIK

ASAM NUKLEAT

Oleh :
Nama : Wirhamsah Al Ramadan
Nim : O1A1 18 137
Kelas :C
Dosen : Drs. H. Muhammad Natsir, M.Si.

PROGRAM STUDI FARMASI

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS HALU OLEO
KENDARI
2019
 KATA PENGANTAR

Assalamualaikum Wr. Wb.

Puji syukur alhamdullilah, dengan segenap kerendahan hati dan

ketulusan jiwa, kami panjatkan kepada kehadirat Allah yang senantiasa
melimpahkan rahmat karunia dan hidayahNya, sehingga makalah ini dapat
terselesaikan dengan judul “ MAKALAH KIMIA ORGANIK ASAM
NUKLEAT.
Shalawat serta salam kami tunjukan kapada Rasul kita Nabi
Muhammad SAW yang telah memberikan pencerahan kepada kita dengan
agama rahmatan lil „alamin agama islam.
Dengan selesainya penulisan makalah ini tidak lepas dari bantuan serta
dukungan dari semua pihak baik moril ataupun materil sehingga makalah ini
dapat terselesai dengan baik. Dan semoga makalah ini dapat memberikan
manfaat kepada kita semua terlebih – lebih bagi saya pribadi yang mengerjakan
makalah ini.
Karena keterbatasan kami, makalah ini masih jauh dari sempurna,
maka saran dan kritik sangat dibutuhkan demi penyempurnaanya. Akhirnya,
cukup itu dari kami kurang lebihnya kami mohon maaf yang sebesar –
besarnya.

Wassalamualaikum Wr. Wb.

Kendari, Desember 2019

Wirhamsah Al Ramadan
 BAB I
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Suatu zat yang larut dalam basa tetapi tidak larut dalam asam.
Kemudian zat ini dinamakan   “nuclein”  sekarang dikenal dengan nama
nucleoprotein. Selanjutnya dibuktikan bahwa asam nukleat merupakan salah satu
senyawa pembentuk sel dan jaringan normal. Oleh karena itu, maka penulis sangat
tertarik untuk menelaah tubuh manusia tersusun atas berbagai macam senyawa
organik salah satunya adalah apa yang kita kenal sebagai Asam Nukleat. Asam
Nukleat terdapat didalam inti sel, hal ini mengindikasikan pentingnya Asam
Nukleat dalam menopang seluruh proses kehidupan dalam tubuh. Dalam
kenyataannya, memang kode genetik yang tesimpan dalam rantaian DNA
digunakan untuk membuat protein, kapan, dimana dan seberapa banyak.
Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang
peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan
informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena
tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida
mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen
atau basa nukleotida (basa N). Friedrich Miescher (1844-1895) adalah orang yang
mengawali  pengetahuan mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun 1868,
dilaboratorium Hoppe-Syler di Tubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada
nanah bekas pembalut luka, kemudian sel-sel tersebut dilarutkan dalam asam
encer dan dengan cara ini diperoleh inti sel yang masih terikat pada sejumlah
protein. Dengan menambahkan enzim pemecah protein ia dapat memperoleh inti
sel saja dan dengan cara ekstraksi terhadap inti sel diperoleh lebih mendalam apa
sebenarnya Asam Nukleat yang merupakan suatu bagian penting dari mahluk
hidup di dalam makalah ini.
Ada dua jenis asam nukleat yaitu DNA ( deoxyribonucleic acid ) atau
asam deoksiribonukleat dan RNA ( ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat.
DNA oleh seorang dokter muda Friedrich Miescher yang mempercayai bahwa
rahasia kehidupan dapat diungkapkan melalui penelitian kimia pada sel-sel. Sel
yang dipilih oleh Friedrich adalah sel yang terdapat pada nanah untuk dipelajari
nyadan ia mendapatkan sel-sel tersebut dari bekas pembalut luka yang
diperolehnya dari dari ruang bedah.
Asam nukleat terdapat dalam semua sel dan memiliki peranan yang
sangat penting dalam biosintesis protein. Baik DNA maupun RNA berupa anion
dan pada umumnya terikat pada protein yang mempunyai sifat basa, misalnya
DNA dalam inti sel terikat pada histon. Senyawa gabungan antara asam nukleat
dengan protein ini disebut nukleoprotein.

B. Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang diatas. Maka penulis dapat merumuskan
beberapa masalah yang akan dibahas selanjutnya. Adapun rumusan masalah
tersebut adalah:
1. Apa devinisi Asam nukleat ?
2. Apa fungsi Asam nukleat ?
3. Apa jenis-jenis Asam nukleat ?
4. Bagaimana struktur Asam nukleat ?
5. Apa perbedaan Nukleosida dan Nukleotida ?
6. Bagaimana Ikatan fosfodiester ?
7. Bagaimana sekuens Asam nukleat ?
8. Bagaimana proses sintesis DNA dan RNA ?
9. Bagaimana Struktur tangga berpilin (double helix) DNA dan
Modifikasi struktur molekul RNA ?
10. Bagaimana sifat fisika dan kimia Asam nukleat ?

C. Tujuan
Sejalan dengan latar belakang dan rumusan masalah diatas, adapun
tujuan yang ingin dicapai adalah sebagai berikut:
1. Untuk mengetahui devinisi Asam nukleat
2. Untuk mengetahui fungsi Asam nukleat
3. Untuk mengetahui jenis-jenis Asam nukleat
 4. Untuk mengetahui bagaimana struktur Asam nukleat
5. Untuk mengetahui perbedaan Nukleosida dan Nukleotida
6. Untuk mengetahui bagaimana Ikatan fosfodiester
7. Untuk mengetahui bagaimana sekuens Asam nukleat
8. Untuk mengetahui bagaimana proses sintesis DNA dan RNA
9. Untuk mengetahui bagaimana Struktur tangga berpilin (double helix)
DNA dan Modifikasi struktur molekul RNA
10. Untuk mengetahui bagaimana sifat fisika dan kimia Asam nukleat

D. Manfaat
Penulisan makalah ini diharapkan dapat bermanfaat bagi pembaca agar
mengetahui dan memperdalam pengetahuan tentang asam nukleat itu sendiri.
Penulisan makalah ini juga bermanfaat bagi penulis karena dengan menulis
makalah ini penulis dapat menambah wawasan tentang bagaimana peran asam
nukleat di dalam tubuh.
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
A. Pengertian Asam Nukleat
Asam nukleat adalah senyawa-senyawa polimer yang tersusun oleh
nukleotida-nukleotida sebagai monomernya. Dua kelompok asam nukleotida yang
memiliki peran sangat penting dalam dalam kehidupan adalah RNA (ribonucleic
acid atau asam ribonukleat/ARN) dan DNA (deoxyribo nucleic acid atau asam
deoksiribonukleat/AND). Dua kelompok asam nukleat ini berperan dalam
penerusan sifat-sifat keturunan dari satu generasi ke generasi lainya (Sinaga,
2012).
Asam nukleat adalah biopolymer yang berbobot molekul tinggi dengan
unit monomernya mononukleotida. Asam nukleat terdapat pada semua sel hidup
dan bertugas untuk menyimpan dan mentransfer genetic, kemudian
menerjemahkan informasi ini secara tepat untuk mensintesis protein yang khas
bagi masing-masing sel. Asam nukleat, jika unit-unit pembangunnya
deoksiribonukleotida , disebut asam deoksiribonukleotida (DNA) dan jika terdiri-
dari unit-unit ribonukleaotida disebut asam ribonukleaotida (RNA) (Dryer, 1994).
Asam Nukleat juga merupakan senyawa majemuk yang dibuat dari
banyak nukleotida. Bila nukleotida mengandung ribose, maka asam nukleat
yang terjadi adalah RNA (Ribnucleic acid = asam ribonukleat) yang
berguna dalam sintesis protein. Bila nukleotida mengandung deoksiribosa, maka
asam nukleat yang terjadi adalah DNA (Deoxyribonucleic acid = asam
deoksiribonukleat) yang merupakan bahan utama pementukan inti sel. Dalam
asam nukleat terdapat 4 basa nitrogen yang berbeda yaitu 2 purin dan 2 primidin.
Baik dalm RNA maupun DNA purin selalu adenine dan guanine. Dalam RNA
primidin selalu sitosin dan urasil, dalam DNA primidin selalu sitosin dan timin
(Poedjiadi, 2005).
B. Struktur Asam Nukleat
Asam nukleat, baik DNA maupun RNA, tersusun oleh monomer berupa
residu nukleotida. Nukleotida adalah senyawa yang tersusun oleh 3 komponen,
yaitu residu gula pentosa (ribosa atau deoksiribosa), residu basa nitrogen dan
residu fosfat. Juka dihidrolisis, mula-mula nukleotida akan terurai melepaskan
asam fosfat dan nukleosida. Pada hidrolisis selanjutnya, nukleosida akan terurai
menghasilkan gula pentosa dan basa nitrogen (Sinaga, 2012).
Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau
deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA).
Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini
terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA gula pentosanya
adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu
atom O pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’-deoksiribosa
(Robinsson dan Trevor, 1995).
Asam nukleat biasanya tersusun atas DNA dan RNA yang terdiri dari
monomer nukleotida,dimana nukleotida ini biasanya tersusun atas gugus fosfat,
basa nitrogen,dan gula pentosa serta kelompok basa purin dan piridin seperti:
adenine, guanine, sitosin, timin dan danurasil (Robert, dkk., 2014).
 BAB III

PEMBAHASAN

A. Devinisi Asam Nukleat

Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang
peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya
tersimpan informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida
karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap
nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan
basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Asam-asam nukleat terdapat pada
jaringan tubuh sebagai nukleoprotein, yaitu gabungan antara asam nukleat
dengan protein. Untuk memperoleh asam nukleat dari jaringan-jaringan tersebut,
dapat dilakukan ekstraksi terhadap nukleoprotein terlebih dahulu menggunakan
larutan garam IM. Setelah nukleoprotein terlarut, dapat diuraikan atau
dipecah menjadi protein-protein dan asam nukleat dengan menambah asam-asam
lemah atau alkali secara hati-hati, atau dengan menambah NaCl hingga jenuh
akan mengendapkan protein.

B. Fungsi Asam Nukleat

Asam nukleat merupakan molekul raksasa yang memiliki fungsi
khusus yaitu, menyimpan informasi genetik dan menerunkannya kepada
keturunanya. Susunan asam nukleat yang menentukan apakah mahluk itu
menjadi hewan , tumbuhan, maupun manusia. Begitu pula susunan dalam sel,
apakah sel itu menjadi sel otot maupun sel darah.
Beberapa fungsi penting asam nukleat adalah menyimpan,
menstransmisi, dan mentranslasi informasi genetik; metabolisme
antara(intermediary metabolism) dan reaksi-reaksi informasi energi; koenzim
pembawa energi; koenzim pemindah asam asetat, zat gula, senyawa amino
dan biomolekul lainnya; koenzim reaksi oksidasi reduksi.
C. Jenis-Jenis Asam Nukleat
Asam nukleat dalam sel ada dua jenis yaitu DNA
(deoxyribonucleic acid ) atau asam deoksiribonukleat dan RNA (ribonucleic
acid ) atau asam ribonukleat. Baik DNA maupun RNA berupa anion dan pada
umumnya terikat oleh protein dan bersifat basa. Misalnya DNA dalam inti sel
terikat pada histon. Senyawa gabungan antara protein danasam nukleat disebut
nucleoprotein. Molekul asam nukleat merupakan polimer sepertiprotein tetapi
unit penyusunnya adalah nukleotida. Salah satu contoh nukleutida asam nukleat
bebas adalah ATP yang berfungsi sebagai pembawa energy.

D. Struktur Asam Nukleat

Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau
deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA).
Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini
terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA gula pentosanya
adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu
atom O pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’-deoksiribosa.
Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-
nya. Basa N, baik pada DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa
cincin aromatic heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan
menjadi dua golongan, yaitu purin dan pirimidin. Basa purin mempunyai dua
buah cincin (bisiklik), sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin
(monosiklik). Pada DNA, dan juga RNA, purin terdiri atas adenin (A) dan guanin
(G). Akan tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA. Kalau
pada DNA basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T), pada RNA tidak
ada timin dan sebagai gantinya terdapat urasil (U). Timin berbeda dengan urasil
hanya karena adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga
dikatakan sebagai 5-metilurasil.
 Gambar 2.1. Komponen-komponen asam nukleat
a) gugus fosfat
b) gula pentosa
c) basa N
Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya basa N
lah yang memungkinkan terjadinya variasi. Pada kenyataannya memang urutan
(sekuens) basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi
spesifisitasnya. Dengan perkataan lain, identifikasi asam nukleat dilakukan
berdasarkan atas urutan basa N-nya sehingga secara skema kita bisa
menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan
basanya saja.

E. Nukleosida dan Nukleotida

Molekul nukleotida terdiri atas nukleosida yang mengikat asam fosfat.
Molekul nukleosida terdiri atas pentosa ( deoksiribosa atau ribose ) yang
mengikat suatu basa (purin atau pirimidin). Jadi apabila suatu nukleoprotein
dihidrolisis sempurna akan dihasilkan protein, asam fosfat, pentosa dan basa
purin atau pirimidin. Rumus berikut ini akan memperjelas hasil hidrolisis suatu
nukleoprotein.
 Pentosa yang berasal dari DNA ialah deoksiribosa dan yang berasal
dari RNA ialah ribose. Adapun basa purin dan basa pirimidin yang berasal dari
DNA ialah adenin,sitosin dan timin. Dari RNA akan diperoleh adenin, guanin,
sitosin dan urasil.

Urasil terdapat dalam dua bentuk yaitu bentuk keto atau laktam dan bentuk enol
atau laktim.

Pada PH cairan tubuh, terutama urasil terdapat dalam entuk keto.

Nukleosida terbentuk dari basapurin atau pirimidin dengan ribose atau
deoksiribosa. Basa purin atau pirimidin terikat padapentosa oleh ikatan
glikosidik,yaitu pada atom karbon nomor 1. Guanosin adalah suatunukleosida
yang terbentuk dari guanin dengan ribosa. Pada pengikatan glikosidik ini
sebuah molekul air yang dihasilkan terjadi dari atom hidrogen pada atom N-9
dari basa purin dengan gugus OH pada atom C-1 dari pentosa. Untuk basa
pirimidin,gugus OH pada atom C-1 berikatandengan atom H pada atom N-1

Pada umumnya nukleosida diberi nama

sesuai dengan nama basa purin atau basa pirimidin yang membentuknya.
Beberapa nukleosida berikut ini ialah yang membentuk dari basa purin atau
dari basa pirimidin dengan ribosa ;

Adenin
nukleosid atau Adenosin
a
Guanin
nukleosid atau Guanosin
a
Urasil
nukleosid atau Uridin
a
Timin
nukleosid atau Timidin
a
Sitosin
nukleosid atau Sitidin
a

Apabila pentose yang diikat oleh deoksiribosa,maka nama

nukleosida diberi tambahandeoksi di depanya.Sebagai contoh
“deoksiadinosin,deoksisitidin” dan sebagainya. Disamping lima jenis basa purin
atau basa pirimidin yang biasa terdapat pada asam nukleat, ada pula beberapa
basa purin dan basa pirimidin lain yang membentuk nukleosida. Hipoksantin
dengan ribosa akan membentuk hipoksantin nukleosida atau inosin. DNA pada
bakteri ternyata mengandung hidroksimetilsitosin.

Demikian pula
tRNA (transfer RNA) mengandung derivat metal basa purin atau
basapirimidin, misalnya 6-N-dimetiladenin atau 2-N- dimetilguanin.

Dalam alam nukleosida terutama terdapat dalam bentuk ester fosfat

yang disebut nukleotida. Nukleotida terdapat sebagai molekul bebas atau
berikatan dengan sesama nukleotida membentuk asam nukleat.Dalam molekul
nukleotida gugus fosfat terikat oleh pentosa pada atom C-5.
Beberapa nukleotida lain ialah sebagai berikut :
Adenosinmonofosfat asam
atau
Adenin nukleotida (AMP) adenilat
Guanosinmonofosfat asam
Guanin nukleutida atau
(GMP) guanilat
Hipoksantin Inosinmonofosfat asam
atau
nukleutida (IMP) inosinat
Uridinmonofosfat asam
Urasil nukleutida atau
(UMP) uridilat
Timidinmonofosfat asam
Timin nukleutida atau
(TMP) timidilat
Sitidinmonofosfat asam
Sitidin nukleutida atau
(SMP) sitidilat
 Pentosa yang terdapat dalam molekul nukleotida pada contoh diatas
ialah ribosa. Apabila pentosanya deoksiribosa, maka ditambah deoksi di depan
nama nukleotida tersebut misalnya deoksiadenosin-monofosfat atau disingkat
dAMP.
Ada beberapa nukleotida yang mempunyai gugus fosfat lebih dari 1
misalnya adenosintrifosfat dan uridintrifosfat, kedua nukleotida ini mempunyai
peranan penting dalam reaksi-reaksi kimia dalam tubuh.

Pada rumus molekul

ATP dan UTP, ikatan antara gugus-gugus fosfat diberi tanda yang khas. Pada
proses hidrolisis ATP akan melepaskan gugus fosfat dan terbentuk
adenosindifosfat (ADP). Pada hidrolis ini ternyata dibebaskan energy yang
cukup besar yaitu 7.000 kal/mol ATP.Oleh karena itu ikatan antara gugus
fosfat dinamakan “ikatan berenergi tinggi” dan diberi tanda ~ .
Dalam tubuh,ATP dan UTP berfungsi sebagai penyimpan energi
yang diperoleh dariproses oksidasi senyawa-senyawa dalam makanan kita untuk
kemudian dibebaskan apabila energi tersebut diperlukan.

F. Ikatan Fosfodiester
Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan
basa N, pada asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang
menghubungkan antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5’ gula pentosa dan
gugus hidroksil pada posisi 3’ gula pentosa nukleotida berikutnya. Ikatan ini
dinamakan ikatan fosfodiester karena secara kimia gugus fosfat berada dalam
bentuk diester.

Oleh karena ikatan fosfodiester menghubungkan gula pada suatu nukleotida

dengan gula pada nukleotida berikutnya, maka ikatan ini sekaligus
menghubungkan kedua nukleotida yang berurutan tersebut. Dengan demikian,
akan terbentuk suatu rantai polinukleotida yang masing-masing nukleotidanya
satu sama lain dihubungkan oleh ikatan fosfodiester. Kecuali yang berbentuk
sirkuler, seperti halnya pada kromosom dan plasmid bakteri, rantai polinukleotida
memiliki dua ujung. Salah satu ujungnya berupa gugus fosfat yang terikat pada
posisi 5’ gula pentosa. Oleh karena itu, ujung ini dinamakan ujung P atau ujung
5’. Ujung yang lainnya berupa gugus hidroksil yang terikat pada posisi 3’ gula
pentosa sehingga ujung ini dinamakan ujung OH atau ujung 3’. Adanya ujung-
ujung tersebut menjadikan rantai polinukleotida linier mempunyai arah tertentu.
Pada pH netral adanya gugus fosfat akan menyebabkan asam nukleat bermuatan
negatif. Inilah alasan pemberian nama ’asam’ kepada molekul polinukleotida
meskipun di dalamnya juga terdapat banyak basa N. Kenyataannya, asam nukleat
memang merupakan anion asam kuat atau merupakan polimer yang sangat
bermuatan negatif.

G. Sekuens Asam Nukleat

Telah dikatakan di atas bahwa urutan basa N akan menentukan
spesifisitas suatu molekul asam nukleat sehingga biasanya kita menggambarkan
suatu molekul asam nukleat cukup dengan menuliskan urutan basa (sekuens)-nya
saja. Selanjutnya, dalam penulisan sekuens asam nukleat ada kebiasaan untuk
menempatkan ujung 5’ di sebelah kiri atau ujung 3’ di sebelah kanan. Sebagai
contoh, suatu sekuens DNA dapat dituliskan 5’-ATGACCTGAAAC-3’ atau
suatu sekuens RNA dituliskan 5’-GGUCUGAAUG-3’. Jadi, spesifisitas suatu
asam nukleat selain ditentukan oleh sekuens basanya, juga harus dilihat dari arah
pembacaannya. Dua asam nukleat yang memiliki sekuens sama tidak berarti
keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebut dilakukan dari arah yang
berlawanan (yang satu 5’→ 3’, sedangkan yang lain 3’→ 5’).

H. Sintesis DNA dan RNA

1. Sintesis DNA

Sintesis DNA disini dimaksud adalah replikasi DNA yaitu proses

perbanyakan bahan genetic. Pengkopian rangkaian molekul bahan
genetik( DNA atau RNA) sehingga dihasilkan molekul anakan yang sangat
identik.

Model replikasi DNA secara semikonservatif menunjukkan bahwa

DNA anakan terdiri atas pasangan untaian DNA induk dan untaian DNA
hasil sintesis baru.
 Model ini memberikan gambaran bahwa untaian DNA induk
berperanan sebagai cetakan (template) bagi pembentukan untaian DNA
baru. Model ini memberikan gambaran bahwa untaian DNA induk
berperanan sebagai cetakan (template) bagi pembentukan untaian DNA
baru.
Komponen utama Replikasi, adalah sebagai berikut:

a. DNA cetakan, yaitu molekul DNA atau RNA yang akan direplikasi.
b. Molekul deoksiribonukleotida, yaitu dATP, dTTP, dCTP,
dan dGTp. Deoksiribonukleotida terdiri atas tiga komponen yaitu:
(i) basa purin atau pirimidin, (ii) gula 5-karbon( deoksiribosa) dan (iii)
gugus fosfat.
c. Enzim DNA polimerase, yaitu enzim utama yang mengkatalisi
proses polimerisasi nukleotida menjadi untaian DNA.
d. Enzim primase, yaitu enzim yang mengkatalisis sintesis primer
untuk memulai replikasi DNA.
e. Enzim pembuka ikatan untaian DNA induk, yaitu enzim helikase dan
enzim lain yang membantu proses tersebut yaitu enzim girase.
f. Molekul protein yang menstabilkan untaian DNA yang sudah
terbuka,yaitu protein SSB (single strand binding protein).
g. Enzim DNA ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi untuk
menyambung fragmen- fragmen DNA.
 Meknisme dasar replikasi, adalah sebagai berikut:

a. Denaturasi (pemisahan) untaian DNA induk,

b. Peng-"awal"-an( initiation, inisiasi) sintesis DNA.
c. Pemanjangan untaian DNA,
d. Ligasi fragmen-fragmen DNA, dan
e. Peng-"akhir"-an (termination, terminasi) sintesis DNA.

Sintesis untaian DNA yang baru akan dimulai segera setelah kedua
untaian DNA induk terpisah membentuk garpu replikasi Pemisahan kedua
untaian DNA induk dilakukan oleh enzim DNA helikase. Sintesis DNA
berlangsung dengan orientasi 5'-P →3'-OH. Oleh karena ada dua untaian
DNA cetakan yang orientasinya berlawanan, maka sintesis kedua untaian
DNA baru juga berlangsung dengan arah geometris yang berlawanan
namun semuanya tetap dengan orientasi 5' → 3'.

Sintesis untaian DNA baru yang searah dengan pembukaan garpu

replikasi dapat berlangsung tanpa terputus (sintesis secara kontinu).
Untaian DNA yang disintesis secara kontinu semacam ini disebut sebagai
untaian DNA awal (leading strand). Sintesis untaian DNA baru yang
searah dengan pembukaan garpu replikasi dapat berlangsung tanpa terputus
(sintesis secara kontinu). Untaian DNA yang disintesis secara kontinu
semacam ini disebut sebagai untaian DNA awal (leading strand).

Pada untaian DNA awal, polimerisasi DNA berlangsung secara

kontinu sehingga molekul DNA baru yang disintesis merupakan satu unit.
Pada untaian DNA awal, polimerisasi DNA berlangsung secara kontinu
sehingga molekul DNA baru yang disintesis merupakan satu unit.
Fragmen-fragmen DNA pendek yang disintesis tersebut disebut fragmen
Okazaki, karena fenomena sintesis DNA secara diskontinu tersebut
pertama kali iungkapkan oleh Reiji Okazaki pada tahun 1968.

2. Sintesis RNA
Sintesis RNA biasanya dikatalisis oleh enzim DNA-RNA polimerase-
menggunakan sebagai template, sebuah proses yang dikenal sebagai
transkripsi. Inisiasi transkripsi dimulai dengan pengikatan enzim ke urutan
promotor dalam DNA (biasanya ditemukan "upstream" dari gen).
DNA helix ganda dibatalkan oleh aktivitas helikase enzim. Enzim
kemudian berlanjut sepanjang untai template dalam arah 3 'to 5',
mensintesiskan molekul RNA komplementer dengan elongasi terjadi di 5
'ke 3' arah. Urutan DNA juga menentukan di mana berakhirnya sintesis
RNA akan terjadi. RNA sering dimodifikasi oleh enzim setelah transkripsi.
Misalnya, poli dan topi 5 'ditambahkan ke mRNA eukariotik intron pra-dan
dikeluarkan oleh spliceosome.
 Ada juga sejumlah polimerase RNA RNA-tergantung yang
menggunakan RNA sebagai template mereka untuk sintesis untai baru
RNA. Sebagai contoh, sejumlah virus RNA (seperti virus polio)
menggunakan jenis enzim untuk mereplikasi materi genetik mereka. Juga,
RNA-dependent RNA polimerase merupakan bagian dari jalur
interferensi RNA di banyak organisme.
Transkripsi merupakan sintesis RNA dari salah satu rantai DNA,
yaitu rantai cetakan atau sense, sedangkan rantai komplemennya
disebut rantai antisense. Rentangan DNA yang ditranskripsi menjadi
molekul RNA disebut unit transkripsi. Informasi dari DNA untuk sintesis
protein dibawa oleh mRNA. RNA dihasilkan dari aktifitas enzim RNA
polimerase. Enzim polimerasi membuka pilinan kedua rantai DNA
hingga terpisah dan merangkaikan nukleotida RNA. Enzim RNA
polimerase merangkai nukleotida-nukleotida RNA dari arah 5‟ ? 3‟, saat
terjadi perpasangan basa di sepanjang cetakan DNA. Urutan nukleotida
spesifik di sepanjang cetakan DNA. Urutan nukleotida spesifik di sepanjang
DNA menandai dimana transkripsi suatu gen dimulai dan diakhiri.
Transkripsi terdiri dari 3 tahap yaitu: inisiasi (permulaan),
elongasi (pemanjangan), terminasi (pengakhiran) rantai mRNA.

1. Inisiasi
Daerah DNA di mana RNA polimerase melekat dan mengawali
transkripsi disebut sebagai promoter. Suatu promoter menentukan di
mana transkripsi dimulai, juga menentukan yang mana dari kedua untai
heliks DNA yang digunakan sebagai cetakan.
2. Elongasi
Saat RNA bergerak di sepanjang DNA, RNA membuka pilinan
heliks ganda DNA, sehingga terbentuklah molekul RNA yang akan
lepas dari cetakan DNA- nya.
 3. Terminasi
Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi
urutan DNA yang disebut terminator. Terminator yang ditranskripsi
merupakan suatu urutan RNA yang berfungsi sebagai sinyal
terminasi yang sesungguhnya. Pada sel prokariotik, transkripsi
biasanya berhenti tepat pada akhir sinyal terminasi; yaitu,
polimerase mencapai titik terminasi sambil melepas RNA dan DNA.
Sebaliknya, pada sel eukariotik polimerase terus melewati sinyal
terminasi, suatu urutan AAUAAA di dalam mRNA. Pada titik yang
lebih jauh kira-kira 10 hingga 35 nukleotida, mRNA ini dipotong
hingga terlepas dari enzim tersebut.

I. Struktur tangga berpilin (double helix) DNA dan Modifikasi struktur

molekul RNA
Dua orang ilmuwan, J.D.Watson dan F.H.C.Crick, mengajukan model
struktur molekul DNA yang hingga kini sangat diyakini kebenarannya dan
dijadikan dasar dalam berbagai teknik yang berkaitan dengan manipulasi DNA.
Model tersebut dikenal sebagai tangga berplilin (double helix). Secara alami DNA
pada umumnya mempunyai struktur molekul tangga berpilin ini.
Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA
sebagai dua rantai polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan
arah pilinan ke kanan. Fosfat dan gula pada masing-masing rantai menghadap ke
arah luar sumbu pilinan, sedangkan basa N menghadap ke arah dalam sumbu
pilinan dengan susunan yang sangat khas sebagai pasangan - pasangan basa antara
kedua rantai. Dalam hal ini, basa A pada satu rantai akan berpasangan dengan
basa T pada rantai lainnya, sedangkan basa G berpasangan dengan basa C.
Pasangan-pasangan basa ini dihubungkan oleh ikatan hidrogen yang lemah
(nonkovalen). Basa A dan T dihubungkan oleh ikatan hydrogen rangkap dua,
sedangkan basa G dan C dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga. Adanya
ikatan hidrogen tersebut menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat satu sama
lain dan saling komplementer. Artinya, begitu sekuens basa pada salah satu rantai
diketahui, maka sekuens pada rantai yang lainnya dapat ditentukan. 19 Oleh
karena basa bisiklik selalu berpasangan dengan basa monosiklik, maka jarak
antara kedua rantai polinukleotida di sepanjang molekul DNA akan selalu tetap.
Dengan perkataan lain, kedua rantai tersebut sejajar. Akan tetapi, jika rantai yang
satu dibaca dari arah 5’ ke 3’, maka rantai pasangannya dibaca dari arah 3’ ke 5’.
Jadi, kedua rantai tersebut sejajar tetapi berlawanan arah (antiparalel).

Ja
rak antara dua pasangan basa yang berurutan adalah 0,34 nm. Sementara itu, di
dalam setiap putaran spiral terdapat 10 pasangan basa sehingga jarak antara dua
basa yang tegak lurus di dalam masing-masing rantai menjadi 3,4 nm. Namun,
kondisi semacam ini hanya dijumpai apabila DNA berada dalam medium larutan
fisiologis dengan kadar garam rendah seperti halnya yang terdapat di dalam
protoplasma sel hidup. DNA semacam ini dikatakan berada dalam bentuk B atau
bentuk yang sesuai dengan model asli Watson-Crick. Bentuk yang lain, misalnya
bentuk A, akan dijumpai jika DNA berada dalam medium dengan kadar garam
tinggi. Pada bentuk A terdapat 11 pasangan basa dalam setiap putaran spiral.
Selain itu, ada pula bentuk Z, yaitu bentuk molekul DNA yang mempunyai arah
pilinan spiral ke kiri. Bermacam-macam bentuk DNA ini sifatnya fleksibel,
artinya dapat berubah dari yang satu ke yang lain bergantung kepada kondisi
lingkungannya.
 Tidak seperti DNA, molekul RNA pada umumnya berupa untai
tunggal sehingga tidak memiliki struktur tangga berpilin. Namun, modifikasi
struktur juga terjadi akibat terbentuknya ikatan hidrogen di dalam untai tunggal
itu sendiri (intramolekuler). Dengan adanya modifikasi struktur molekul RNA,
kita mengenal tiga macam RNA, yaitu RNA duta atau messenger RNA (mRNA),
RNA pemindah atau transfer RNA (tRNA), dan RNA ribosomal (rRNA). Struktur
mRNA dikatakan sebagai struktur primer, sedangkan struktur tRNA dan rRNA
dikatakan sebagai struktur sekunder. Perbedaan di antara ketiga struktur molekul
RNA tersebut berkaitan dengan perbedaan fungsinya masing-masing.

J. Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat

Beberapa sifat fisika-kimia asam nukleat :
a. Stabilitas asam nukleat
Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun
struktursekunder RNA, sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut
menjadi stabil akibatadanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang
berpasangan. Padahal, sebenarnyatidaklah demikian. Ikatan hidrogen di
antara pasangan-pasangan basa hanya akan samakuatnya dengan ikatan
hidrogen antara basa dan molekul air apabila DNA berada dalambentuk rantai
tunggal. Jadi, ikatan hidrogen jelas tidak berpengaruh terhadap
stabilitasstruktur asam nukleat, tetapi sekedar menentukan spesifitas
perpasangan basa.Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada
interaksi penempatan(stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa.
Permukaan basa yang bersifathidrofobik menyebabkan molekul-molekul air
dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut
menjadi kuat.
b. Pengaruh asam
Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO4 dengan suhu
lebih dari 100ºC, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi
komponen 21 komponennya. Namun, di dalam asam mineral yang lebih
encer, hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus
sehingga asam nukleat dikatakan bersifat apurinik.
c. Pengaruh alkali
Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya
perubahan status tautomerik basa. Sebagai contoh, peningkatan pH akan
menyebabkan perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk
enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah proton. Selanjutnya,
perubahan ini akan menyebabkan terputusnya sejumlah ikatan hidrogen
sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA mengalami denaturasi. Hal yang
sama terjadi pula pada RNA. Bahkan pada pH netral sekalipun, RNA jauh
lebih rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan dengan DNA karena adanya
gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya.
d. Denaturasi kimia
Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam
nukleat pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH2)2)
dan formamid (COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif tinggi, senyawa-
senyawa tersebut dapat merusak ikatan hidrogen. Artinya, stabilitas struktur
sekunder asam nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda mengalami
denaturasi.
e. Viskositas
DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat
tinggi karena diameternya hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat
mencapai beberapa sentimeter. Dengan demikian, DNA tersebut berbentuk
tipis memanjang. Selain itu, DNA merupakan molekul yang relatif kaku
sehingga larutan DNA akan mempunyai viskositas yang tinggi. Karena
sifatnya itulah molekul DNA menjadi sangat rentan terhadap fragmentasi
fisik. Hal ini menimbulkan masalah tersendiri ketika kita hendak melakukan
isolasi DNA yang utuh.
f. Kerapatan apung
Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan
kerapatan apung (bouyant density)-nya. Di dalam larutan yang mengandung
garam pekat dengan berat 22 molekul tinggi, misalnya sesium klorid (CsCl)
8M, DNA mempunyai kerapatan yang sama dengan larutan tersebut, yakni
sekitar 1,7 g/cm3. Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang
sangat tinggi, maka garam CsCl yang pekat akan bermigrasi ke dasar tabung
dengan membentuk gradien kerapatan. Begitu juga, sampel DNA akan
bermigrasi menuju posisi gradien yang sesuai dengan kerapatannya. Teknik
ini dikenal sebagai sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan
(equilibrium density gradient centrifugation) atau sentrifugasi isopiknik.
Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di
dasar tabung dan protein akan mengapung, maka DNA dapat dimurnikan baik
dari RNA maupun dari protein. Selain itu, teknik tersebut juga berguna untuk
keperluan analisis DNA karena kerapatan apung DNA (ρ) merupakan fungsi
linier bagi kandungan GC-nya. Dalam hal ini, ρ = 1,66 + 0,098% (G + C).
 BAB IV
PENUTUP
A. Kesimpulan
Asam nukleat adalah senyawa-senyawa polimer yang menyimpan
semua Informasi genetika, yaitu seperangkat “cetak biru” tentang karakteristik
aktual dan potensial yang diterima oleh suatu organism dari generasi
sebelumnya, untuk kemudian diwariskan ke generasi berikutnya.
Asam nukleat memiliki fungsi, yaitu menyimpan, menstransmisi, dan
mentranslasi informasi genetik; metabolisme antara(intermediary metabolism)
dan reaksi-reaksi informasi energi; koenzim pembawa energi; koenzim
pemindah asam asetat, zat gula, senyawa amino dan biomolekul lainnya;
koenzim reaksi oksidasi reduksi.
DNA memiliki struktur, yaitu gula pentosa (deosiribosa), fosfat dan
basa nitrogen yang meliputi basa purin (guanin dan adenin) dan basa pirimidin
(timin dan sitosin) dan RNA tersusun atas molekul-molekul, yaitu gula ribosa,
fosfat, dan basa nitrogen yang terdiri atas purin (adenin dan guanin) dan pirimidin
(urasil dan sitosin).
Nukleosida adalah kompleks gula-basa pada basa pirimidin melalui
ikatan glikosidik atau glikosilik. Sedangkan Nukleotida secara umum sebenarnya
adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat.
Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan
basa N, pada asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang
menghubungkan antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5’ gula pentosa dan
gugus hidroksil pada posisi 3’ gula pentosa nukleotida berikutnya. Ikatan ini
dinamakan ikatan fosfodiester karena secara kimia gugus fosfat berada dalam
bentuk diester.
Sekuens asam nukleat atau pengurutan asam nukleat adalah proses
penentuan urutan nukleotida pada suatu fragmen DNA atau RNA. Sebagai contoh,
suatu sekuens DNA dapat dituliskan 5’-ATGACCTGAAAC-3’ atau suatu
sekuens RNA dituliskan 5’-GGUCUGAAUG-3’. Jadi, spesifisitas suatu asam
nukleat selain ditentukan oleh sekuens basanya, juga harus dilihat dari arah
pembacaannya. Dua asam nukleat yang memiliki sekuens sama tidak berarti
keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebut dilakukan dari arah yang
berlawanan (yang satu 5’→ 3’, sedangkan yang lain 3’→ 5’).
Proses replikasi DNA dan RNA dimulai ketika enzim DNA
polimerase memisahkan dua pita DNA heliks ganda. Setiap pita DNA yang
“lama” sekarang berfungsi sebagai cetakan yang menentukan urutan nukleotida di
sepanjang pita DNA komplementer baru yang bersesuain. Nukleotida baru
tersebut disambung satu sama lain untuk membentuk tulang punggung gula fosfat
pita DNA baru.
Sintesis RNA biasanya dikatalisis oleh enzim DNA-RNA polimerase-
menggunakan sebagai template, sebuah proses yang dikenal sebagai transkripsi.
Inisiasi transkripsi dimulai dengan pengikatan enzim ke urutan promotor dalam
DNA (biasanya ditemukan "upstream" dari gen.
Sintesis DNA disini dimaksud adalah replikasi DNA yaitu proses
perbanyakan bahan genetic. Pengkopian rangkaian molekul bahan
genetik( DNA atau RNA) sehingga dihasilkan molekul anakan yang sangat
identik.
Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua
rantai polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah pilinan
ke kanan. Fosfat dan gula pada masing-masing rantai menghadap ke arah luar
sumbu pilinan, sedangkan basa N menghadap ke arah dalam sumbu pilinan
dengan susunan yang sangat khas sebagai pasangan - pasangan basa antara kedua
rantai. Dalam hal ini, basa A pada satu rantai akan berpasangan dengan basa T
pada rantai lainnya, sedangkan basa G berpasangan dengan basa C. Pasangan-
pasangan basa ini dihubungkan oleh ikatan hidrogen yang lemah (nonkovalen).
Basa A dan T dihubungkan oleh ikatan hydrogen rangkap dua, sedangkan basa G
dan C dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga. Adanya ikatan hidrogen
tersebut menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat satu sama lain dan saling
komplementer.
Asam Nukleat memiliki sifat fisika dan kimia antara lain Stabilitas asam
nukleat, Pengaruh Asam, Pengaruh Alkali, Denaturasi kimia, Viskositas dan
kerapatan Apung.
B. Saran
Dengan adanya makalah ini aku harapkan para pembaca dapat
mengetahui lebih banyak lagi tentang Asam Nukleat guna menambah wawasan
untuk pembelajaran.
 DAFTAR PUSTAKA
Dryer L.R..,1994. Biokimia Suat Pendekatan Berorientasi Kasus. UI press :
Jakarta

Poedjiadi A., 2005. Dasar-Dasar Biokimia. UI press : Jakarta

Robinsson dan Trevor, 1995. Kandungan Organik Tumbuhan Tinggi. ITB press :
Bandung.

Robert K.M., David A.B., Kathleen M.B., Peter J.K., Victor W.R. dan Anthony
P.W., 2014. Biokimia Herper. EGC : Jakarta.

Sinaga E., 2012. Biokimia Dasar. ISFI Penerbit : Jakarta.