ASAM NUKLEAT

BIOLOGI MOLEKULAR

Oleh: HG 6
Aulia Rahmi 1206247631
Fhani Meliana 1206212413
Haqqyana 1206262090
Ranee Devina 1206212483
Sri Dwi Aryani 1206212395

TEKNOLOGI BIOPROSES
DEPARTEMEN TEKNIK KIMIA
FAKULTAS TEKNIK UNIVERSITAS INDONESIA
2012

STRUKTUR ASAM NUKLEAT

 Aulia Rahmi 1206247631
Teknologi Bioproses
ABSTRAK

Asam nukleat merupakan unsur terpenting dalam makhluk hidup. Asam nukleat tersusun
dari gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen. Masing-masing komponennya memiliki
struktur yang berbeda-beda. Asam nukleat terbagi menjadi dua jenis, ada DNA dan RNA. DNA
dan RNA, memiliki struktur yang nyaris sama, hanya saja pada gugus gula dan salah satu
basa pirimidinnya ada yang berbeda. DNA juga memiliki arah pilinan yang berbeda. RNA
hanya memiliki satu pilinan atau single helix. Selain itu, pasangan basa yang ada pada
susunan asam nukleat, ditemukan sebuah teori tentang dasar pasangan basa olehJames
Watson & Francis Crick.

I. Pendahuluan

Pada tahun 1870, Johann Friedrich Miescher Circa berhasil menemukan suatu substansi
asam lemah di nukleus sel darah putih manusia. Asam lemah tersebut dinamakan nuclein.
Lalu, beberapa tahun kemudian, Miescher memisahkan nuclein menjadi protein dan
komponen asam nukleat. Pada tahun1920-an, asam nukleat ditemukan sebagai komponen
terbesar dari kromosom. Pada asam nukleat, terdapat unsur fospor (P), sebagai tambahan dari
unsur yang umumnya seperti C, H, O, dan N. Berbeda dengan protein, asam nukleat tidak
memiliki unsur belerang (S). Hidrolisis dari asam nukleat dari kromosom menghasilkan gugus
fosfat anorganik, gula pentosa dan 4 basa heterosiklik yang berbeda. Penyusun asam nukleat
yang terdiri darigugus fosfat anorganik, gula pentosa dan 4 basa heterosiklik yang berbeda
dinamakan nukleotida, sedangkan penyusun asam nukleat yang hanya mengandung gula
pentosa dan 4 basa heterosiklik yang berbeda dinamakan nukleosida.

II. Komposisi Asam Nukleat

Asam nukleat terdiri dari dari gugus fosfat anorganik, gula pentosa dan 4 basa heterosiklik
yang berbeda. Bedasarkan komposisinya, asam nukleat dibedakan menjadi dua jenis yakni
DNA dan RNA. DNA atau asam deoksiribonukleat memiliki komposisi yang terdiri dari gugus
fosfat, gula deoksiribosa, dan basa nitrogen yang terdiri dari adenin, guanin, sitosin, dan timin.
RNA atau asam ribonukleat juga memiliki gugus fosfat. DNA memiliki struktur rantai ganda atau
(Double Strands) dan berpilin. Namun, berbeda dengan DNA, RNA terdiri dari gula ribosa dan
basa nitrogen yang terdiri dari adenin, guanin, sitosin, dan urasil. RNA memiliki struktur rantai
tunggal (Single Strands) dan tidak berpilin. Walaupun terdapat komponen yang berbeda, baik
DNA, maupun RNA memiliki struktur yang sama, yakni :

a. Gugus Fosfat

Gugus fosfat merupakan penyusun asam nukleat yang

menyebabkan muatan negatif, sehingga bersifat asam.
Dalam nukleotida, biasanya terdapat satu gugus fosfat
(monophososphates). Dalam nukleosida, bisa terdapat
satu gugus fosfat, dua gugus fosfat (diphosphates), bahkan
tiga gugus fosfat (triphosphates).Rantai tunggal Asam
nukleat terbentuk dari polimer fosfat-gula pentosa
(polyester) dengan basa purine dan pyrimidin sebagai
group sampingan. Ikatan antar nukleotida tersebut disebut
ikatan phosphodiester pada atom nomor 5 dan 3.
Gambar a.1. Gugus fosfat
 b. Gula Pentosa
Gula pentosa yang terdapat di dalam
nukleotida adalah jenis gula aldopentosa yang
memiliki 5 atom karbon. Pada DNA, jenis
gulanya berbentuk gula deoksiribosa. Kata
Deoksi- berarti tanpa oksigen, yang terlihat
pada strukturnya. Hal inilah yang
membedakannya dengan gula yang terdapat
pada RNA. Pada RNA, jenis gula berbentuk
gula ribosa.
Gambar a.2. Gula pada RNA (a) dan pada DNA (b)

c. Basa Nitrogen

Gambar a.3. Basa nitrogen

Pada nukleotida terdapat dua jenis basa nitrogen yakni purin dan pirimidin.Purin
merupakan derivasi dari double-ringed structure. Pirimidin merupakan derivasi dari single-
ringed structure. Purin terbagi menjadi adenin (A) dan guanin (G), sedangkan pirimidin
terbagi menjadi sitosin (C) dan timin pada DNA. Pada RNA, tidak terdapat timin (T),
melainkan urasil (U). Pada nukleotida, guanin (G) berpasangan dengan sitosin (C) dengan
tiga ikatan hidrogen, sedangkan pada pasangan adenin (A) dengan timin (T)/ urasil (U)
dengan dua ikatan hidrogen.

Menurut hukum Chargaff, proporsi basa Adenin (A) dan Timin (T) serta Sitosin (C) dan
Guanin (G) selalu sama, sehingga komposisi DNA dapat dinyatakan dengan kandungan
G+C yang berkisar antara 26 % - 74%.

II. Jenis Asam Nukleat

Berdasarkan jenisnya, DNA dan RNA memiliki klasifikasi yang berbeda.

a. DNA
1) Berdasarkan Letak

Ikatanglycosidicyang menghubungkan basa pada posisi 1 dari 2-deoksiribosa bisa

menentukan letak DNA. Ikatan ini membentuk dua bentuk yakni, syn dan anti.Rotasi ikatan
C-1 menyebabkan dua perbedaan arah, yakni :

anti-
Memperpanjang basa dan cincin pentosa pada arah yang berlawanan. Untuk
pirimidin, berarti O-2 berpaling dari pentosa.
syn-
Mengarahkan basa dan pentosanya dalam arah yang sama.

Berdasarkan hal ini, letak DNA terbagi menjadi dua macam jenis, yakni:

Gambar b.1. Right handed dan Left handed(a) syn- dan anti- (b)
 Berpilin ke kanan (Right-
Handed Double Helix)
Hal ini dikarenakan ikatanglycosidicselalu dalam bentuk anti. Contoh A-DNA dan B-
DNA
Berpilin ke kiri (Left-Handed Double Helix)
Hal ini dikarenakan membentuk syn pada residu purin, tetapi membentuk anti pada
residu pirimidin. Contoh Z-DNA

2) Berdasarkan Bentuk

Berdasarkan bentuknya, DNA terbagi menjadi tiga bentuk yakni :

A-DNA
DNA yang berpilin setiap 11 pasangan basa, memiliki major groove jauh lebih
sempit dari B DNA, minor groove jauh lebih lebar dan memiliki lubang pusat pada
bagian dalamnya.
B-DNA
DNA yang berpilin setiap 10 pasangan basa dan memiliki major groove lebar, dan
minor groove sempit.
Z-DNA
DNA yang berpilinan ke kiri yang membentuk zig zag seperti huruf z.

b. RNA
1) Berdasarkan macam

Berdasarkan macamnya, RNA terbagi menjadi enam macam jenis, yakni :

mRNA(messenger-RNA)
RNA yg mentranfer informasi mengenai deretan asam amino pada protein yang
akan dibangun sesuai dengan urutan kode pada DNA.
tRNA (transfer- RNA)
RNA yang merupakan bagian dari Ribosom dan berfungsi untuk sintesis protein
pada makhluk hidup. T-RNA dibagi menjadi tiga, yakni primer,sekunder, dan tersier.
rRNA ((ribosomal-RNA)
RNA yang membangun ribosom bersama dengan protein.

III. Standard Base Pair

Aturan Watson-Crick, yakni :

a) Ikatan hidrogen yang disyahkan adalah adenin-timin/urasil dua ikatan dan sitosin-guanin
tiga ikatan.

b) Dimensi dari pasangan basa yang telah ditentukan adalah sama. Ex. jarak C1'-C1' hampir
mirip dengan keduanya.

c) Ikatan beta-glycosidic dipasangkan dengan pangkal pasangan basa.

d) Beberapa atom pada basa purindan Pirimidin yang terlibat dalam ikata hidrogen,masih
memiliki potensi untukhydrogen bonding. Potential ini sangat penting untuk sequence
specific protein binding.

e) Pasangan basa Watson-Crick berupa struktur planar.

Pasangan basa nitrogen pada asam nukleat, baik DNA maupun RNA, ditentukan oleh
aturan Watson-Crick.MenurutJames Watson&Francis Crick, ukuranjarakantarapasanganbasa
o
sekitar 0,34 nm (3,4 A) dansetiapputaranuntaian terdiri dari 10
pasangbasadanjaraksatuputarheliks sekitar 3,4 nm.Pada pasangan basa Adenin-Timin, Ikatan
hidrogen dibentuk dari exocyclic pada amino group di C6 pada adenin dan karbonil di C4 pada
timin. Ikatan hidrogen juga terbentuk di N1 pada adenin dan N3 pada timin. Pada pasangan
basa Guanin-Cytosine, Ikatan hidrogen dibentuk dari exocyclic pada NH 2 di C2 pada guanin
dan karbonil di C2 pada sitosin. Ikatan hidrogen juga tebentuk di N1 pada Guanin dan N3 pada
sitosin, serta karbonil C6 pada guanin dan exocylic NH2 sitosin.

Gambar c.1 Pasangan adenin-timin (a) Pasangan guanin-sitosin (b)

IV. Asam Nukleat Pada Makhluk Hidup

a. Prokariot
Asam nukleat terdapat pada makhluk prokariot. Namun, pada makhluk prokariot, hanya
terdapat salah satu jenis asam nukleat saja. Makhluk prokariot, hanya memiliki DNA saja
atau RNA saja.

b. Eukariot
Asam nukleat juga terdapat pada makhluk eukariot. Namun, berbeda dengan makhluk
prokariot, dalam tubuh makhluk eukariot terdapat kedua jenis asam nukleat, yakni DNA
dan RNA. Dalam proses packaging suatu kromosom, DNA dibantu oleh sebuah protein
yang bernama protein Histone. Histones adalah protein dasar yang dapat menyatukan DNA
di dalam nukleus dan membantu mengubahnya menjadi kromatin. DNA nukleus tidak
muncul dalam bentuk rantai lurus yang bebas, DNA dibalut dengan histone untuk
disesuaikan dengan bentuk nukleus dan bisa mengambil bagian dalam membentuk formasi
kromosom.

Gambar d. 1 (Struktur DNA dalam Proses Packaging)

RINGKASAN

Penyusun asam nukleat yang terdiri dari gugus fosfat anorganik, gula pentosa dan 4 basa
heterosiklik, yakni basa purin dan basa pirimidin. Kesatuan komponen tersebut dinamakan
nukleotida, sedangkan kesatuan komponen tersebut tanpa gugus fosfat dinamakan nukleosida.
Basa purin terdiri dari adenin dan guanin. Basa pirimidin terdiri sitosin dan timin. Pada RNA, tidak
terdapat timin, tetapi digantikan dengan urasil. DNA dan RNA memiliki gugus gula pentosa yang
berbeda. Untuk DNA, deoksiribosa. Untuk RNA, ribosa. DNA ada yang berpilin ke kiri dan ke
kanan. Standar untuk pasangan basa ditemukan olehJames Watson & Francis Crick, yang sering
disebut sebagai aturan Watson-Crick.Asam nukleat terdapat pada makhluk prokariot dan eukariot.
Namun, pada makhluk prokariot, hanya terdapat salah satu jenis asam nukleat saja, yakni hanya
memiliki DNA saja atau RNA saja. Berbeda dengan makhluk prokariot, dalam tubuh makhluk
eukariot terdapat kedua jenis asam nukleat, yakni DNA dan RNA.

REFERENSI
Watson, James D. ,2002.Molecular Biology of the Gene, 4th editions. America: Harvard.

Campbell, Neil.A. ,2008. Biology, 8th edition. San Fransisco : Pearson.

C.F.H. Bryce and D. Paccini, 2009.Molecular Biology of the Gene, Revised editions. Portsmouth
:Holbrooks printers.

Lodish H, Berk A, Zipursky SL, et al., 2000. Molecular Cell Biology. 4th edition.New York: W. H.
Freeman; 2000.

U.S. National Library of Medicine, 2014. What is DNA ?. [press release] 10 Februari 2014.
Available at :<http://ghr.nlm.nih.gov/handbook/basics/dna> [ accessed 17 februari 2013].

Annunziato, A., 2008. DNA packaging: Nucleosomes and chromatin.[online] Available at:
http://www.nature.com/scitable/topicpage/dna-packaging-nucleosomes-and-chromatin-310
[accessed 17 Februari 2013].

Fungsi Asam Nukleat

Ranee Devina Rusli Putri
(1206212483- Teknologi Bioproses)
ABSTRAK
Asam Nukleat merupakan makromolekul biokimia yang sangat penting bagi semua makhluk hidup.
Asam nukleat terdiri atas rantai nukleotida yang mengandung informasi genetik suatu makhluk
hidup, yang diturunkan dari satu generasi ke generasi selanjutnya. Namun, belum seluruh fungsi
asam nukleat diketahui. Pada makalah ini, dijelaskan fungsi dari masing- masing asam nukleat,
baik DNA (Asam Deoksiribonukleat), dan RNA (Asam Ribonukleat). Makalah ini disusun
berdasarkan hasil penelusuran jurnal- jurnal yang telah diterbitkan, dan juga berdasarkan situs-
situs yang membahas tentang asam nukleat. Melalui research yang telah dilakukan, diperoleh
beberapa fungsi DNA, dan beberapa tipe RNA beserta fungsinya, serta bagaimana asam nukleat
dapat melalukan berbagai fungsinya tersebut. Dalam makalah ini, juga diketahui perbedaan RNA
pada eukariotik, dan prokariotik.

Kata Kunci

Asam Nukleat, DNA (Deoxyribonucleic Acid), RNA(Ribonucleic Acid),.

1. ASAM NUKLEAT

Asam nukleat merupakan polimer

dari monomer- monomer yang disebut
nukleotida. Asam nukleat dibagi kedalam
beberapa kelas berdasarkan gula yang
digunakan untuk membentuk nukleotida,
yaitu DNA (Deoxyribonucleic Acid) dan
RNA (Ribonucleic Acid), dimana timin
hanya ditemukan pada DNA dan urasil
hanya ditemukan pada RNA.
Untuk sekian lama, fungsi dari
asam nukleat untuk makhluk hidup tidak
diketahui, sampai pada tahun 1944,
Oswald Avery memperlihatkan bukti
bahwa asam nukleat berperan dalam
penyimpanan dan transfer informasi
genetik yang dibutuhkan untuk sintesis
protein. Pernyataan ini awalnya ditolak
oleh banyak peneliti pada zaman itu,
mereka percaya bahwa struktur asam
nukleat terlalu umum untuk dapat
menyimpan informasi berupa kode yang
Gambar 1. Heliks ganda DNA. merupakan ribuan protein yang berbeda,
(Sumber: http://www.ncbi. yang dibutuhkan makhluk hidup untuk
nlm.nih.gov/books/NBK26821/) bertahan hidup.
Penemuan stuktur DNA (Gambar
1) merupakan petunjuk diketahuinya
fungsi asam nukleat. Pada tahun 1954,
James Watson, dan Francis Crick
mengusulkan struktur DNA yang menjelaskan bagaimana DNA dapat digunakan sebagai
penyimpanan informasi genetik. Penemuan struktur heliks ganda DNA ini juga
menyelesaikan permasalahan mengenai penurunan sifat. Kedua untaian heliks ganda DNA
bersifat komplementer satu sama lain, masing- masing merupakan pasangan dari yang
satunya, yang dapat diprediksi. Hal ini merupakan ciri DNA yang memungkinkan
dilakukannya penyalinan secara tepat gen-gen yang bertanggung jawab atas penurunan
 sifat genetik. Dalam persiapan untuk pembelahan sel, kedua untaian dari masing- masing
untai akan berfungsi sebagai cetakan untuk mengurutkan nukleotida- nukleotida ke dalam
suatu untaian komplementer baru. Salinan identik molekul DNA itu kemudian didistribusikan
ke kedua sel anak. Dengan demikian, struktur DNA itu menyebabkan berfungsinya DNA
tersebut dalam penghantaran (transmisi) informasi genetik ketika suatu sel bereproduksi.

2. DNA (Deoxyribonucleic Acid)

DNA adalah materi genetik yang diwarisi organisme dari orangtuanya. DNA
memenuhi fungsi ini dengan sangat baik, ia menyerupai sebuah kapal untuk informasi
genetik bagi semua bentuk kehidupan. Namun terdapat pengecualian yaitu RNA virus,
yang terbatas untuk genom yang sangat pendek, karena RNA lebih tidak stabil
dibandingkan DNA secara relatif. Molekul DNA virus hanya mengandung sedikit gen,
sementara molekul DNA pada tiap kromosom hewan dan tumbuhan tingkat tinggi
mengandung ribuan gen.
Ketika suatu sel bereproduksi sendiri dengan cara membelah, DNA-nya akan disalin
dan diteruskan dari satu generasi sel ke generasi sel berikutnya. Informasi yang terkode
dalam struktur DNA memprogram semua aktivitas sel tersebut. Namun demikian, DNA tidak
secara langsung terlibat dalam pelaksanaan operasi sel. DNA mengatur kehidupan sel dan
tubuh suatu makhluk hidup melalui proses replikasi (penggandaan) dan transkripsi
(pencetakan). Replikasi berguna untuk pembelahan sel dan reproduksi, sedangkan
transkripsi berguna untuk sintesis protein. Melalui sintesis protein dibentuk berbagai zat
dan organel yang mengatur tubuh dan memengaruhi sifat makhluk hidup.
DNA terletak di dalam nukleus, plastida, dan mitokondria. Mitokondria dan kloroplas
memiliki sitem genetik mereka sendiri. Mereka memiliki DNA mereka sendiri, yang tidak
diduplikasi dalam nukleus. DNA mereka yang berisi sejumlah gen diperlukan untuk
respirasi aerobik seluler (seperti fotosintesis, dalam kasus kloroplas).

Secara umum, terdapat tiga fungsi DNA, yaitu:

1. DNA merupakan pembawa informasi genetis. DNA sebagai bentuk kimiawi gen
merupakan pembawa informasi genetik makhluk hidup. DNA membawa instruksi
bagi pembentukan ciri dan sifat makhluk hidup.

2. DNA juga berperan dalam duplikasi diri dan pewarisan sifat. Karena DNA
mengandung semua informasi sifat makhluk hidup, ia juga harus memiliki informasi
bagi perbanyakan diri (replikasi). Replikasi DNA memberikan jalan bagi DNA untuk
mewariskan dari satu sel ke sel lainnya.

3. DNA merupakan ekspresi informasi genetik. Gen- gen membawa informasi untuk
membentuk protein tertentu. Proses ini terjadi melalui mekanisme sintesis protein.
Proses pembentukan protein ini terjadi melalui proses transkripsi DNA menjadi
RNA dan translasi RNA membentuk rantai polipeptida.
3. RNA (Ribonucleic Acid)

RNA adalah polimer ribonukleotida,

dan berperan dalam aktivitas sintesis protein.
Tidak seperti DNA, RNA beruntai tunggal.
Berdasarkan sifatnya, RNA dapat dibedakan
menjadi RNA genetik dan RNA non-genetik.
RNA genetik umumnya terdapat pada virus,
dan berfungsi layaknya DNA bagi virus,
bertanggung jawab dalam membawa unsur
genetik (genom virus). Sementara RNA
nongenetik tidak berfungsi layaknya DNA.

Secara tradisional, sebagian besar

molekul RNA dianggap berfungsi sebagai
mediator yang membawa informasi gen ke
mesin translasi. Pengecualian yang paling
menonjol ialah RNA transfer (tRNA) dan RNA
ribosom (rRNA), dimana keduanya terlibat
dalam proses penerjemahan. Namun, sejak
akhir 1990-an, telah secara luas diakui
Gambar 2. Untai tunggal RNA. bahwa jenis molekul RNA lain yang tidak
(Sumber:http://www.sciencepr diterjemahkan banyak terdapat pada
ofonline.com/) berbagai organisme, mulai dari bakteri
hingga mamalia, dan mempengaruhi
berbagai proses termasuk replikasi plasmid,
perkembangan fage, struktur kromosom, transkripsi DNA, proses dan modifikasi RNA, dan
lain- lain. Molekul RNA yang tidak diterjemahkan ini memiliki berbagai jenis nama, sebutan
sRNAs (Small RNA) umumnya digunakan untuk RNAs bakteri sementara untuk noncoding
RNAs (ncRNAs) umumnya digunakan pada eukariotik.
Pada eukariotik, terdapat banyak subtipe dari gen ncRNA termasuk rRNA, mRNA,
tRNA, snRNA, snoRNAs, RNAi, dan ncRNAs panjang (XIST dan HOTAIR). Pada
prokariotik, selain rRNAs, mRNAs, tRNAs, kita dapat menemukan RNAs kecil (miRNA,
siRNAs, dan piRNAs), CRISPRs dan tmRNAs, dan bahkan virus dapat berisi RNA kecil.
ncRNA umumnya terlibat pada proses transkripsi- translasi sekitar konversi, dan regulasi
informasi dari DNA ke protein, mekanisme pertahanan virus, atau terlibat dalam regulasi
gen (misalnya RNAi).

Berikut adalah penjelasan dari masing- masing ncRNA.

1. mRNA

mRNA (RNA mesenjer) berfungsi untuk membawa informasi yang menentukan urutan
asam amino protein dari DNA ke ribosom. Messenger RNA (mRNA) mengangkut
informasi genetik yang di salin dari DNA dengan bentuk 3 kode basa, dimana masing-
masing ditentukan oleh asam amino yang berbeda- beda.

2. tRNA

Transfer RNAs (tRNAs) adalah molekul RNA kecil yang mengandung 75 hingga 95
nukleotida. Sebagian besar tRNAs berfungsi sebagai pengangkut asam amino dan
berpartisipasi dalam sintesis protein. Rna transfer berperan sebagai molekul adaptor
dalam sintesisprotein, mentranslasi kodon- kodon mRNA menjadi asam amino. tRNAs
juga berperan dalam reaksi yang tidak bergantung pada ribosom depending
translation.
3. rRNA

Ribosomal RNA (rRNA) bekerja sama dengan satu set protein untuk membentuk
ribosom. Strukturnya yang kompleks, yang secara fisik bergerak sepanjang molekul
mRNA, mengkatalisasi perakitan asam amino ke rantai protein. Mereka juga mengikat
tRNAs dan berbagai molekul lainnya yang dibutuhkan untuk sintesis protein. Ribosom
terdiri dari sub unit besar dan kecil, yang masing- masing mengandung molekul rRNA
mereka masing- masing.

4. snRNA

RNA nukleus kecil (snRNA) mempunyai peran struktural, dan katalitik dalam spliosom,
yaitu kompleks dari protein dan RNA yang menyambung pra-RNA dalam nukleus
eukariotik.

5. RNAi

RNAi (RNA interference)

digunakan untuk memblokir
ekspresi gen tertentu dan
mengevaluasi respon terhadap
senyawa kimia atau perubahan
jalur sinyal.

6. miRNA

miRNA (RNA mikro) terlibat

dalam perendaman gen atau
gene silencing. miRNA
biasanya mengontrol tingkat
transkripsi mRNA target dan
dengan demikian, menghalangi proses translasi protein.

7. siRNA
Gambar 3. Mekanisme kerja RNAi
(Sumber: siRNA terlibat dalam proses
http://www.lifetechnologies.com/id/en/ho pertahanan terhadap serangan
me/life-science/rnai/rna-interference- virus. siRNA berperan
overview.html) menghapuskan mRNA target.

8. pi-RNA

pi-RNA (Piwi- Interacting RNA) ialah RNA kecil yang berperan pada sel gonad hewan,
dan melindungi genom dari pengaruh buruk dari transposon (seberkas DNA yang
memiliki kemampuan berpindah tempat dari suatu tempat ke tempat lainnya)

9. snoRNA

Pematangan rRNA eukariotik membutuhkan aksi dari populasi snoRNAs (Small

nucleolar RNAs) yang besar. Beberapa fungsi snoRNAs ialah selama pengolahan
hidrolitik dari transkripsi primer untuk spesies rRNA.

10. XIST-RNA

XIST-RNA mengkodekan molekul RNA yang memainkan peran penting dalam

menentukan kromosom X yang akan tetap aktif, dan kromosom X yang akan
dihapuskan. XIST-RNA hanya terdapat pada sel mamalia betina.
KESIMPULAN
Secara umum, asam nukleat berfungsi sebagai penyimpanan dan transfer informasi
genetik yang dibutuhkan untuk sintesis protein. Asam Nukleat dibagi kedalam beberapa kelas
berdasarkan gula yang digunakan untuk membentuk nukleotida, yaitu DNA (Deoxyribonucleic
Acid) dan RNA (Ribonucleic Acid). Baik DNA maupun RNA memiliki fungsi yang berbeda satu
sama lain. DNA merupakan pembawa informasi genetik makhluk hidup. Ia membawa instruksi bagi
pembentukan ciri dan sifat makhluk hidup. DNA juga berperan dalam duplikasi diri dan pewarisan
sifat. Struktur DNA menjelaskan bagaimana DNA dapat digunakan sebagai penyimpanan informasi
genetik. Penemuan struktur heliks ganda DNA juga menyelesaikan permasalahan mengenai
penurunan sifat. Kedua untaian heliks ganda DNA bersifat komplementer satu sama lain. Hal ini
merupakan ciri DNA yang memungkinkan dilakukannya penyalinan secara tepat gen- gen yang
bertanggung jawab atas penurunan sifat genetik.Gen- gen membawa informasi untuk membentuk
protein tertentu melalui mekanisme sintesis protein. Proses pembentukan protein ini terjadi melalui
proses transkripsi DNA menjadi RNA dan translasi RNA membentuk rantai
polipeptida.RNAberperan dalam aktivitas sintesis protein. Terdapat berbagai jenis RNA dengan
fungsi yang berbeda- beda, namun jenis RNA yang paling umum ialah mRNA, rRNA, dan tRNA.

REFERENSI

Alberts B., Johnson A., Lewis J., et al., 2002. Molecular Biology of the Cell. 4th edition.[e-book]
New York: Garland Science. Available at:
<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK26821/>[Accessed 12 Feb 2014].

Lodish H., Berk A., Zipursky SL., et al., 2000. Molecular Cell Biology. 4th edition. [e-book] New
York: W. H. Freeman. Available at: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21603/> [Accessed 15
Feb 2014].

Lesley J Collins., 2011. THE RNA INFRASTRUCTURE: An Introduction to ncRNA Networks.

[online] New Zealand: Landes Bioscience. Available at:
<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK53773/>[Accessed 13 Feb 2014].
Campbell, Neil. A., Reece, Jane. B., and Mitchell, Lawrence.G., 2002. BIOLOGY, Fifth Edition.
Jakarta: Erlangga.

Lodish, Harvey., Berk, Arnold., Kaiser, Chris. A., 2007. Molecular Cell Biology, Sixth Edition. United
States: W. H. Freeman.

Plath K, Mlynarczyk-Evans S, Nusinow DA, Panning B., 2002. Xist RNA and the mechanism of X
chromosome inactivation. Available at: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12429693>
[Accessed 18 Feb 2014].

Handler D, Meixner K, Pizka M, Lauss K, Schmied C, Gruber FS, Brennecke J., 2013. The genetic
makeup of the Drosophila piRNA pathway. Available at:
<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23665231> [Accessed 18 Feb 2014].
 REPLIKASI DNA DAN TRANSKRIPSI RNA
Fhani Meliana - 1206212413

Teknologi Bioproses

ABSTRAK

Sintesis asam nukleat bagi organisme bertujuan untuk menyusun dan menyimpan salinan
tambahan informasi genetik. Selain itu, proses ini bertujuan membentuk komponen sektoral yang
esensial seperti protein, protein-karbohidrat, protein-lipid, atau dengan kata lain asam nukleat
memiliki peranan penting dalam biosintesa protein. Terdapat dua jenis asam nukleat, yakni DNA
dan RNA. DNA berfungsi sebagai pembawa materi genetik sedangkan RNA berfungsi sebagai
penyalur informasi genetik. Tahapan yang harus dilalui dalam sintesis protein adalah transkripsi
dan translasi.

Kata Kunci

replikasi, transkripsi, RNA mesenjer, RNA polimerase, inisiasi, elongasi, terminasi, modifikasi,
capping, splicing, enhanser

Sintesis DNA

Sintesis DNA kerap disebut replikasi DNA. DNA membawa informasi untuk membuat semua
protein sel. Protein ini menerapkan semua fungsi organisme hidup dan menentukan karakteristik
organisme. Sebelum sel bisa berkembang biak, pertama kali sel harus mereplikasi atau membuat
salinan DNA-nya. Lokasi replikasi DNA tergantung pada jenis sel yaitu sel prokariotik atau sel
eukariotik. Replikasi DNA terjadi dalam sitoplasma sel prokariotik dan terjadi di dalam inti sel
eukariotik. Namun, terlepas dari lokasi terjadi replikasi DNA, proses dasar replikasinya tetap
sama .

Struktur DNA cocok dengan mudah masuk ke

tahap replikasi DNA. Setiap sisi double helix
berjalan berlawanan arah (anti-paralel).
Pergerakan struktur ini dapat dilihat ketika sisi
tengahnya terbuka dan masing-masing sisi
dapat berfungsi sebagai pola atau template
untuk sisi lain (replikasi semi-konservatif).
Namun, untai DNA tidak terbuka sepenuhnya.
Pada tahap replikasi, peristiwa terbukanya
untai DNA hanya terjadi di daerah kecil yang
disebut replication fork atau garpu replikasi,
yang kemudian bergerak ke bawah seluruh
panjang molekul.

Proses replikasi DNA serta komponen Gambar 1. DNA double heliks membuka dan
pendukungnya dapat dirinci sebagai berikut: masing masing sisi menyiapkan cetakan untuk
1. Sebuah enzim yang disebut DNA girase membuat molekul baru.
membuat celah di heliks ganda dan Image courtesy: U.S. Department of Energy
memisahkan setiap sisi. Human Genome Program
2. Sebuah enzim yang disebut helikase
membuka DNA untai ganda.
3. Beberapa protein kecil yang disebut untai tunggal protein (SSB atau strand binding protein)
mengikat sementara setiap sisi dan menjaga untaian ketika dipisahkan.
4. Sebuah kompleks enzim yang disebut DNA polimerase berjalan ke bawah untai DNA dan
menambahkan nukleotida baru untuk masing-masing untai. Nukleotida pasangan dengan
nukleotida komplementer pada dudukan yang ada (A dengan T, G dengan C )
5. Sebuah sub unit polimerase DNA mengkoreksi DNA baru
6. Sebuah enzim yang disebut DNA ligase mensegel fragmen DNA baru menjadi satu untai
panjang yang berkesinambungan
7. Salinan baru secara otomatis berakhir lagi

Berbagai jenis sel direplikasi DNA mereka pada kecepatan yang berbeda. Beberapa sel terus
membelah, seperti pada rambut dan kuku serta sel-sel sumsum tulang. Sel-sel lain melalui
beberapa rangkaian pembelahan sel dan berhenti membelah (termasuk sel-sel khusus, seperti
yang ada di otak, otot dan jantung). Akhirnya, beberapa sel berhenti membelah, tetapi dapat
diinduksi untuk membelah untuk memperbaiki cedera seperti sel-sel kulit dan sel-sel hati. Sel tidak
secara konstan membelah terus - menurut, isyarat untuk replikasi DNA pada sel datang dalam
bentuk bahan kimia. Bahan kimia ini bisa berasal dari bagian lain dari tubuh yaitu hormon atau dari
lingkungan.

Sintesis RNA

RNA (ribonucleic acid) pada manusia berfungsi dalam membantu sintesis protein. Terdapat dua
macam RNA yaitu RNA genetik dan RNA non genetik yang hanya dimiliki oleh organisme tertentu
yang tidak memiliki DNA seperti virus. Fungsi dari RNA ini sama dengan fungsi DNA yaitu sebagai
pewaris sifat dan pelaksana dalam proses sintesis protein. Terdapat 3 jenis RNA yaitu mRNA
(messenger RNA), transfer RNA (tRNA) dan ribosomal RNA (rRNA). Ketiganya memiliki peran
yang berbeda, mRNA berfungsi sebagai pola cetakan pembentuk polinukleotida dan sebagai
pembawa kode kode genetik dari DNA ke ribosom. Sedangkan tRNA sebagai RNA terpendek
berfungsi sebagai pembawa kodon (materi genetik)
yang dibawa oleh mRNA, dan rRNA yang jumlahnya
sangat banyak dipakai selanjutnya bertugas
membantu sintesis protein.

Transkripsi dapat diartikan sebagai perekaman atau

penyalinan sedangkan secara fungsional
diartikan sebagai proses transfer informasi
genetika yang terdapat dalam urutan
nukleotida RNA. Secara molekul penyalinan
atau perekaman informasi genetik yang
menghasilkan RNA tersebut berlangsung
dengan acuan DNA sebagai template atau
cetakan. Pada proses transkripsi dihasilkan
RNA sehingga proses transkripsi dapat
disebut juga proses biosintesa RNA.

Gambar 2. Proses Transkripsi Pada proses transkripsi enzim yang bertanggung

sumber: jawab atas transkripsi adalah RNA polimerase, yang
http://chemistry.umeche.maine.edu/CHY431/R bergerak di sepanjang gen dari pomoternya (hijau)
eg-Types.jpg sampai persis di belakang terminatornya (merah).
Secara singkat proses transkripsi dapat dijelaskan
sebagai berikut; RNA polimerase menyusun molekul RNA dengan urutan nukleotida yang
berkomplementer dengan untai cetakan gen tersebut.

Setelah terikat dengan promoternya, RNA polimerase mengulur kedua untai DNA dan memulai
sintesis RNA pada titik awal (start) pada untai cetakan tersebut. Urutan nukleotida di dalam
promoter menentukan ke arah mana RNA polimerase itu menghadap dan karena itu menentukan
untai mana yang digunakan sebagai cetakannya. RNA polimerase bekerja downstream dari
promoternya, mengulur DNA dan memanjangkan RNA yang tumbuh pada arah 5 3.
Bersamaan setelah transkripsi, untai DNA membentuk kembali heliks ganda.
Pada akhirnya RNA polimerase mentranskripsi terminator, suatu urutan nukleotida di sepanjang
DNA yang menandakan akhir dari unit transkripsi tersebut. Selanjutnya RNA-nya dilepas dan
polimerase berpisah dari DNA. Pada prokariotik transkrip RNA dari gen pengkode protein segera
dapat digunakan sebagai mRNA, pada eukariotik RNA ini telah terlebih dahulu harus mengalami
proses tambahan.

Melalui pendalaman lebih luas lagi, RNA mesenjer sebagai pembawa informasi dari DNA ke
peralatan pensintesis protein sel, ditranskripsi dari untai cetakan suatu gen. Enzim RNA
polimerase membuka pilinan kedua untai DNA sehingga terpisah dan mengaitkannya bersama
sama nukleotida RNA pada saat nukleotida nukleotida ini membentuk pasangan basa di
sepanjang cetakan DNA. Seperti DNA polimerase yang berfungsi dalam replikasi DNA, RNA
polimerase dapat menambahkan nukleotida hanya ke ujung 3 dari polimer yang sedang tumbuh.
Dengan demikian molekul RNA memanjang pada arah 5 3. Urutan nukleotida spesifik di
sepanjang DNA menandai di mana transkripsi dimulai dan berakhir. Rentangan DNA yang
ditranskripsi menjadi molekul RNA disebut untuk transkrip atau sense strand.

Bakteri hanya memilki satu tipe RNA polimerase yang mensintesis tidak saja mRNA tetapi juga tipe
RNA lain yang berfungsi dalam sintesis protein. Sebaliknya, eukariota memiliki tiga tipe RNA
polimerase dalam nukleusnya yaitu RNA polimerasi I, RNA polimerasi II, dan RNA polimerasi III.
Tipe yang digunakan untuk sintesis mRNA adalah RNA polimerase II. Secara spesifik tahapan
transkripsi adalah inisiasi, elongasi, dan terminasi.

Inisiasi

Daerah DNA dimana RNA polimerase melekat dan mengawali transkripsi disebut sebagai
promoter. Suatu promoter mencakup titik awal (start point) transkripsi nukleotida dimana
sebenarnya sintesis RNA dimulai dan biasanya membentang beberapa lusin nukleotida upstream
dari titik titik awal. Di samping menentukan di mana transkripsi dimulai, promoter ini juga
menentukan yang mana dari kedua untai heliks DNA yang digunakan sebagai template atau
cetakan.

Bagian bagian tertentu suatu promoter sangat penting untuk pengikatan RNA polimerase. Dalam
prokariota, RNA polimerase itu sendiri secara khusus mengenali dan mengikatkan dirinya dengan
promoternya. Sebaliknya, dalam eukariota, suatu kumpulan protein yang disebut faktor transkripsi
menjadi perantara antara pengikatan polimerase RNA dan inisiasi transkripsi. Hanya setelah faktor
transkripsi tertentu diikatkan pada promoter barulah RNA polimerase mengikatkan diri pada
promoter tersebut. RNA polimerase tidak dapat menginisiasi transkripsi gen, inisiasi tergantung
pada faktor transkripsi, faktor transkripsi adalah penunjang keberhasilan transkripsi dari semua
gen pengkode protein. Dari sekian banyak faktor transkripsi hanya satu faktor transkripsi yang
mengenali urutan protein termasuk mengenali satu sama lain dan RNA polimerase. Interaksi
antara RNA polimerase eukariotik dan faktor transkripsi merupakan contoh pentingnya interaksi
protein protein dalam mengontrol transkripsi eukariotik. Ketika kompleks inisiasi yang utuh telah
terbentuk, barulah polimerase dapat mulai bergerak di sepanjang untai template DNA,
memproduksi untai komplementer RNA.

Sejauh ini, disimpulkan bahwa interaksi antara faktor transkripsi dan RNA polimeras dengan
promiter biasanya tidak dapat menginisiasi transkripsi secara efisien, hanya menghasilkan tingkat
inisiasi yang rendah dan sedikit transkrip RNA. Kunci untuk meningkatkan transkrip eukariotik
adalah elemen kontrol. Urutan urutan DNA mampu meningkatkan efisiensi promoter dengan
cara mengikat faktor transkripsi tambahan. Beberapa ahli biologi memasukan elemen kontrol
proksimal ke dalam promoter kemudian elemen kontrol distal disebut enhanser yang letaknya jauh
dari promoter. Kerjasama antara faktor transkripsi dengan enhanser memainkan peranan penting
dalam kontrol transkripsi. Meskipun letak enhanser jauh dari promoter, enhanser dapat membantu
promoter dengan metode pembengkokan DNA.
Elongasi

Pada saat RNA bergerak di sepanjang RNA, RNA itu terus membuka pilinan heliks ganda tersebut,
memperlihatkan kira kira 20 basa DNA sekaligus untuk berpasangan dengan nukleotida RNA.
Enzim ini menambahkan nukleotida ke ujung 3 dari molekul RNA yang sedang tumbuh begitu
enzim itu berlanjur di sepanjang heliks ganda DNA terbentuk kembali dan molekul RNA baru
akan lepas dari cetakan DNA-nya. Transkripsi berlanjut pada laju kira kira 60 nukleotida per detik
pada eukariota. Satu gen tunggal dapat ditranskripsi secara simultan oleh beberapa molekul RNA
polimerase yang saling mengikuti. Untai RNA yang sedang tumbuh memperlihatkan jejak dari
setiap polimerase, dengan panjang setiap untai baru yang mencerminkan sejauh mana enzim
tersebut bekerja dari titik awalnya. Banyaknya molekul polimerase yang secara simultan
mentranskripsi gen tunggal akan meningkatkan jumlah molekul mRNA dan membantu suatu sel
pembuat protein dalam jumlah yang lebih besar.

Terminasi

Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase

mentranskripsi urutan DNA yang disebut
terminator. Terminator yang ditranskripsi yaitu suatu urutan RNA, berfungsi
sebagai sinyal terminasi sesungguhnya. Terdapat beberapa
mekanisme yang berbeda untuk terminasi transkripsi. Pada sel
prokariotik, transkripsi biasanya berhenti tepat
pada akhir sinyal terminasi, ketika polimerase mencapai
titik tersebut polimerase melepas RNA dan DNA.
Sebaliknya pada sel eukariota polimerase justru melewati
sinyal terminasi, suatu urutan AAUAAA di dalam
pra- mRNA ini dipotong hingga terlepas dari enzim tersebut.
Tempat pemotongan pada RNA juga merupakan
tempat untuk penambahan ekor poli (A) yaitu
salah satu langkah pemrosesan RNA.

Gambar 3. Rangkaian sintesis RNA

Sumber:
http://www.ocf.berkeley.edu/~edy/transc
ription.gif Modifikasi RNA Pasca Transkripsi

Enzim enzim dalam nukleus eukariotik

memodifikasi pra-mRNA dalam berbagai cara sebelum pesan genetiknya disampaikan ke
sitoplasma. Selama pemrosesan RNA ini, kedua ujung transkrip primer biasanya diganti. Dalam
beberapa kasus bagian bagian interior tertentu dari molekul tersebut kemudian dipotong dan
bagian sisanya disambung menjadi satu kembali. Tidak seperti mRNA sel prokariotik mRNA sel
eukariotik mengalami modifikasi yang lebih luas setelah sintesis oleh RNA polimerase II.
Perubahan ini meliputi capping, polyadenylation, dan splicing

Penggantian ujung ujung mRNA (Capping)

Pada setiap ujung molekul pra-mRNA dimodifikasi dengan cara tertentung, seperti ujung 5 yang
pertama dibuat selama transkripsi, segera ditutup dengan bentuk nukleotida guanin (G) yang
termodifikasi. Ujung 5 ini memiliki fungsi yaitu melindungi mRNA dari perombakan (degradasi)
oleh enzim hidrolitik. Selain itu, setelah mRAN mencapai sitoplasma, ujung 5 berfungsi sebagai
bagian dari tanda pelekatan pada ribosom. Ujung lain molekul mRNA, ujung 3, juga termodifikasi
sebelum pesannya meninggalkan nukleus. Pada ujung 3 ini suatu enzim menambahkan ekor poli
(A) yang terdiri atas 30 hingga 200 nukleotida adenin. Seperti tutup 5, ekor poli (A) menghambat
(menginhibisi) degradasi RNA dan membantu ribosom melekat padanya. Ekor poli (A) ini
tampaknya juga mempermudah ekspor mRNA dari nukleus.

Pemisahan Gen dan Penyambungan RNA

Tahap yang paling mengagumkan dari pemrosesan RNA di dalam nukleus eukariotik adalah
pemindahan sebagian molekul RNA yang mula mula disintesis aktivitas pemotongan dan
penempelan yang disebut penyambungan RNA. Gen eukariotik sering terganggu oleh urutan yang
tidak muncul dalam RNA akhir. Perlu diingat bahwa urutan segmen bukan pengkode tersebar
selang seling di antara segmen pengkode gen dan kemudian di antara segmen pengkoda pra-
mRNA. Hal ini dapat diartikan bahwa urutan nukelotida DNA yang mengkode polipeptida eukariotik
tidak kontinu. Segmen segmen asam nukleat bukan pengkode yang terletak di antara daerah
pengkode disebut urutan penyela. Kemudian urutan penyela yang akan dihapus disebut intron.
Proses dimana intron dibuang disebut splicing. Setelah proses splicing, urutannya disebut ekson.
Semua jenis utama dari RNA yang berbeda dalam sel eukariotik dapat memiliki intron. Meskipun
sebagian besar gen eukariotik yang lebih tinggi memiliki intron, beberapa tidak. Eukariota lebih
tinggi cenderung memiliki persentase lebih besar dari gen mereka mengandung intron daripada
eukariota yang lebih rendah, dan intron cenderung lebih besar juga. Pola ukuran intron dan
penggunaan secara umum mengikuti pohon evolusi, tapi ini hanya kecenderungan umum. Gen
Titin manusia memiliki jumlah ekson terbesar (178), ekson tunggal terpanjang (17.106 nukleotida)
dan urutan terpanjang coding (80.781 nukleotida = 26.927 asam amino). Transkrip primer
terpanjang diproduksi oleh gen distrofin (2,4 juta nukleotida).

RNA polimerase mentranskripsi intron maupun ekson dari DNA, yang menciptakan molekul RNA
yang terlalu besar. Tetapi pra-mRNA tidak pernah meninggalkan nukleus, molekul mRNA yang
memasuki sitoplasma merupakan versi ringkas dari transkrip primernya. Intron dipotong dari
molekul dan ekson bergabung menjadi satu untuk membentuk suatu molekul mRNA dengan
urutan pengkode yang kontinu.

Ribozim

Seperti pra-mRNA, jenis lain transkrip primer dapat juga disambung namun dengan mekanisme
beragam dan tidak melibatkan spliosom. Akan tetapi sama halnya dengan penyambungan mRNA,
RNA sering terlibat dalam mengkatalisis reaksi tersebut. Dalam kasus tertentu penyambungan
terjadi sama sekali protein bahkan tanpa RNA tambahan. RNA intron sendiri yang mengkatalisis
proses tersebut. Misalnya dalam protozoa Tetrahymena, penyambungan sendiri terjadi dalam
produksi komponen RNA dari ribosom organisme (RNA ribosom). Seperti enzim, ribosom berfungsi
sebagai katalisator. Penemuan ribozim ini mematahkan pernyataan bahwa semua katalisator
enzim harus berupa protein.

KESIMPULAN

Proses sintesis asam nukleat pada sel eukariotik dan prokariotik tidak memiliki perbedaan
signifikan. Secara tahapan proses sintesis asam nukleat sama, yang membedakan hanya pada
lokasi dan RNA polimerase yang berperan. Pada sel prokariotik tidak memiliki RNA polimerase
yang bervariasi sedangkan sel eukariotik memiliki RNA polimerase I, RNA polimerase II, dan RNA
polimerase III. Sintesis asam nukleat dibagi menjadi dua yaitu sintesis DNA yang biasa disebut
replikasi DNA dan sintesis RNA atau disebut juga proses transkripsi. Replikasi DNA melibatkan
lebih banyak enzim seperti DNA girase, helikase membuka DNA untai ganda, untai tunggal protein
(SSB atau strand binding protein), DNA polimerase, DNA ligase. Tahapan dalam repilkasi DNA
ialah pembuatan celah pada heliks ganda oleh DNA girase, pembukaan untai DNA oleh enzim
helikase. Tahap selanjutnya di untai tunggal protein (SSB atau strand binding protein) mengikat
sementara setiap sisi untuk menjaga untaian ketika dipisahkan. Kemudian polimerase berjalan ke
bawah untai DNA dan menambahkan nukleotida baru pada masing-masing untai. Sub unit DNA
polimerase akan mengkoreksi urutan DNA kemudian DNA polimerase akan mensegel untaian
DNA baru. Sedangkan dalam proses sintesis RNA atau transkripsi melibatkan RNA polimerase dan
faktor transkripsi yang menginduksi biosintesis RNA. Tahapan transkripsi RNA yakni pelekatan
faktor transkripsi, inisiasi (permulaan), elongasi (pemanjangan), terminasi (pemutusan).
REFERENSI

Campbell, N. A., Reece, J.B. and Mitchell, L.G., 2000. Biologi. Edisi Kelima. Jakarta: Erlangga.

Cooper, G. M. 2000. The Cell: A Molecular Approach. Second Edition. Sunderland: Sinauer
Associates.

Craig Freudenrich, Ph.D. 2008. How DNA Works. [online]. Illinois. Available at:
http://science.howstuffworks.com/life/cellular-microscopic/dna3.htm [Accessed 16 February 2014].

Lodish,H., Berk, A., Kaiser,C.A., Krieger, M., Scott, M. P., Bretscher, A., Ploegh,H., Matsudaira, P.
2008. Molecular Cell Biology. Sixth Edition. USA: W. H. Freeman and Company.

DETEKSI ASAM NUKLEAT

 Sri Dwi Aryani
1206212395-Teknologi Bioproses

ABSTRAK

Keberadaan asam nukleat (DNA atau RNA) dalam suatu organisme dapat diketahui atau di
deteksi dengan 2 cara yaitu secara kualitatif dan kuantitatif. Analisis kuantitatif merupakan salah
satu teknik analisis yang bertujuan untuk menentukan seberapa banyak asam nukleat yang
terkandung dalam sebuah sampel. Sementara analisis kualitatif bertujuan untuk mengetahui jenis
dan struktur asam nukleat yang terdapat dalam sebuah sampel. Analisis secara kualitatif dapat
dilakukan melalui metode DNA Sequencing, Elektroforesis Gel Agarosa, Elektroforesis SDS PAGE,
Hibridisasi, Blotting, Southern Blotting, Northern Blotting, dan Western Blotting. Sementara analisis
secara kuantitatif dapat dilakukan melalui metode spektrofotometri UV, PCR (Polymerase Chain
Reaction), dan microarray.

Kata Kunci

PCR (Polymerase Chain Reaction), DNA Sequencing, Elektroforesis Gel Agarosa, Elektroforesis
SDS PAGE, Hibridisasi, Blotting, Southern Blotting, Northern Blotting, Western Blotting,
Spektrofotometri UV, microarray,metode Maxam-Gilbert, metode Sanger

DETEKSI/ANALISA ASAM NUKLEAT SECARA KUALITATIF

DNA SEQUENCING

Metode Maxam-Gilbert

Metode sekuensing DNA yang pertama dikenal adalah metode kimia yang dikembangkan
oleh A.M. Maxam dan W. Gilbert pada tahun 1977. Metode Maxam-Gilbert dapat diterapkan baik
untuk DNA untai ganda maupun DNA untai tunggal dan melibatkan pemotongan basa spesifik
yang dilakukan dalam dua tahap. Pada metode ini fragmen-fragmen DNA yang akan disekuens
dipotong-potong terlebih dahulu secara parsial menggunakan piperidin. Kemudian DNA dilabeli
pada salah satu ujungnya, biasanya menggunakan fosfat radioaktif atau suatu nukleotida pada
ujung 5.
Sekuens fragmen DNA yang dipelajari atas dasar laju migrasi masing-masing pita. Lajur
kedua berisi fragmen-fragmen yang salah satu ujungnya adalah A atau G. Untuk memastikannya
harus dilihat pita-pita pada lajur pertama. Jika pada lajur kedua terdapat pita-pita yang posisi
migrasinya sama dengan posisi migrasi pada lajur pertama, maka dapat dipastikan bahwa pita-pita
tersebut merupakan fragmen yang salah satu ujungnya adalah G. Sisanya adalah pita-pita yang
merupakan fragmen dengan basa A pada salah satu ujungnya. Cara yang sama dapat kita
gunakan untuk memastikan pita-pita pada lajur ketiga, yaitu dengan membandingkannya dengan
pita-pita pada lajur keempat.
Seperti halnya pada elektroforesis gel agarosa, laju migrasi pita menggambarkan ukuran
fragmen. Makin kecil ukuran fragmen, makin cepat migrasinya. Dengan demikian, ukuran fragmen
pada contoh tersebut di atas dapat diurutkan atas dasar laju/posisi migrasinya. Jadi, kalau
diurutkan dari yang terkecil hingga yang terbesar, hasilnya adalah fragmen-fragmen dengan ujung
TTGCCCCGCGTGGCGCAAAGG. Inilah sekuens fragmen DNA yang dipelajari.

Metode Sanger

Metode Sanger pada dasarnya memanfaatkan dua sifat salah satu subunit enzim DNA
polimerase yang disebut fragmen klenow. Kedua sifat tersebut adalah kemampuannya untuk
menyintesis DNA dengan adanya dNTP dan ketidakmampuannya untuk membedakan dNTP
dengan ddNTP. Jika molekul dNTP hanya kehilangan gugus hidroksil (OH) pada atom C nomor 2
gula pentosa, molekul ddNTP atau dideoksi nukleotida juga mengalami kehilangan gugus OH
pada atom C nomor 3 sehingga tidak dapat membentuk ikatan fosfodiester. Artinya, jika ddNTP
disambungkan oleh fragmen klenow dengan suatu molekul DNA, maka polimerisasi lebih lanjut
tidak akan terjadi atau terhenti. Basa yang terdapat pada ujung molekul DNA ini dengan sendirinya
adalah basa yang dibawa oleh molekul ddNTP.
Dengan dasar pemikiran itu sekuensing DNA menggunakan metode dideoksi dilakukan
pada empat reaksi yang terpisah. Pertama-tama DNA didenaturasi untuk menghasilkan rantai
tunggal. Dari proses ini dihasilkan 2 buah rantai ganda, yaitu rantai template dan rantai
komplemen. Kemudian, keempat rantai template tersebut diikatkan dengan DNA primer pada
ujung 5.
Keempat reaksi ini berisi dNTP sehingga polimerisasi DNA dapat berlangsung. Namun,
pada masing-masing reaksi juga ditambahkan sedikit ddNTP sehingga kadang-kadang
polimerisasi akan terhenti di tempat-tempat tertentu sesuai dengan ddNTP yang ditambahkan.
Jadi, di dalam tiap reaksi akan dihasilkan sejumlah fragmen DNA yang ukurannya bervariasi tetapi
ujung 3nya selalu berakhir dengan basa yang sama. Sebagai contoh, dalam reaksi yang
mengandung ddATP akan diperoleh fragmen-fragmen DNA dengan berbagai ukuran yang
semuanya mempunyai basa A pada ujung 3nya.
Untuk melihat ukuran fragmen-fragmen hasil sekuensing tersebut dilakukan elektroforesis
menggunakan gel poliakrilamid sehingga akan terjadi perbedaan migrasi sesuai dengan
ukurannya masing-masing. Setelah ukurannya diketahui, dilakukan pengurutan fragmen mulai dari
yang paling pendek hingga yang paling panjang, yaitu fragmen dengan ujung C (satu basa) hingga
fragmen dengan ujung G (sembilan basa). Dengan demikian, hasil sekuensing yang diperoleh
adalah CCACGTATG. Urutan basa DNA yang dicari adalah urutan yang komplementer dengan
hasil sekuensing ini, yaitu GGTGCATAC.

ELEKTROFORESIS

Metoda Elektroforesis gel agarosa didasarkan perbedaan tingkat migrasi molekul dalam
sebuah medan listrik. Media yang umum digunakan adalah gel agarosa dan poliakrilamid.
Kecepatan molekul yang bergerak pada medan listrik tergantung pada muatan, bentuk dan
ukurannya. Elektroforesis dapat digunakan untuk separasi makromolekul (seperti protein dan
asam nukleat). Pemberian aliran listrik dapat menyebabkan terjadi perpindahan aliran elektron dan
zat objek, kemudian akan bergerak dari elektroda negatif ke arah sisi elektroda positif. Kecepatan
pergerakan ini berbeda-beda, tergantung dari muatan dan berat molekul DNA. Kisi-kisi gel
berfungsi sebagai pemisah. Objek yang berberat molekul lebih besar akan lebih lambat
berpindah.Molekul DNA bermuatan negatif sehingga nanti di dalam medan listrik akan bermigrasi
melalui matriks gel menuju kutub positif (anode). Makin besar ukuran molekulnya, makin rendah
laju migrasinya, sehingga elektroforesis mampu memisahkan fragmen DNA berdasarkan ukuran
panjangnya.
Manfaat elektroforesis gel antara lain untuk mengetahui ukuran fragmen DNA dari produk
PCR, memisahkan produk DNA dari hasil digesti yang berbeda ukuran, kemudian di-sequencing,
dan juga untuk pemurnian atau purifikasi DNA.

ELEKTROFORESIS GEL AGAROSA

 Elektroforesis gel agarosa digunakan untuk memisahkan fragmen DNA yang berukuran
lebih besar dari 100 pb dan dijalankan secara horizontal. Gel agarosa dapat melakukan
pemisahan sampel DNA dengan ukuran dari beberapa ratus hingga 20.000 pasang basa (pb).
Teknik ini sederhana, cepat terbentuk, dan mampu
memisahkan campuran potongan DNA sesuai dengan
ukurannya secara akurat, dibanding dengan densitas gradient
sentrifugasi. Saat arus listrik diaplikasikan pada gel, molekul
bermuatan negatif akan berpindah menuju elektroda positif
dan molekul bermuatan positif akan menuju elektroda
bermuatan negatif.
Lokasi fragmen DNA yang terbentuk seperti pita-pita
pada elektroforesis dapat diamati secara spesifik dengan
menggunakan pewarna. Pewarna yang digunakan adalah
etidium bromida yang dapat menyisip di antara basa-basa
pada DNA. Gel yang diberi etidium bromida dan disinari
dengan UV akan memperlihatkan lokasi DNA sebagai untai
berwarna merah-jingga.
Marker adalah segmen DNA yang spesifik dan telah
diketahui ukurannya. Marker berfungsi untuk mengetahui
ukuran DNA hasil apmlifikasi. Marker DNA yang terdapat
dalam gel elektroforesis berfungsi sebagai penanda posisi
molekul DNA yang bermigrasi untuk menentukan perkiraan
ukuran basa-basanya.
Gel agarosa memiliki beberapa kelebihan seperti mudah didapat, harganya relatif murah,
tidak bersifat toksik, serta memiliki pori yang kecil. Agarosa merupakan polisakarida yang diekstrak
dari rumput laut.
Faktor-faktor yang menyebabkan kegagalan elektroforesis gel agarosa antara lain karena
sel belum lisis sempurna, DNA belum keluar dari sel, serta DNA mengalami degradasi (tekanan
mekanik).

ELEKTROFORESIS SDS PAGE

SDS-PAGE (sodium dodecylsulfate polyacrylamide gel electrophoresis) merupakan salah

satu metode analisis kualitatif yang dapat memisahkan 1 pb dan dijalankan secara vertical. Semua
teknik elektroforesis membutuhkan arus listrik untuk menggerakkan molekul bermuatan melalui
matriks atau gel. Dalam kasus ini, kita memerlukan matriks yang digunakan terbuat dari polimer
akrilamid. Sehingga PAGE diartikan sebagai proses pemisahan protein dalam sebuah gel
akrilamid melalui aplikasi arus listrik. Seperti halnya pada elektroforesis DNA, molekul yang lebih
kecil akan bergerak lebih cepat dan karena itu akan lebih jauh pada gel.
Untuk memisahkan protein secara akurat berdasarkan ukurannya, akan sangat penting jika
kita mendenaturasi protein sebelum mengisikannya dalam gel. Untuk melakukan hal ini, kita akan
menggunakan loading buffer dengan 2 bahan penting, SDS dan DTT (ditiotreitol). DTT adalah
agen pereduksi yang kuat yang memutus ikatan disulfida. Selain itu untuk mempergunakan 2 agen
kimia untuk mendenaturasi protein, kita juga harus memanaskan beberapa sampel hingga 95oC
untuk membantu mendenaturasi protein secara sempurna Setelah itu dilakukan proses elektrolisis
agar fragmen DNA tersebut bermigrasi berdasarkan bobot molekulnya.
HIBRIDISASI

Hibridisasi asam nukleat adalah salah satu metode analisis yang paling sering digunakan.
Teknik ini digunakan untuk Southern blotting, Northern blotting dan untuk skrining library. Tujuan
metode ini adalah untuk melihat (visulisasi) sekuens asam nukleat tertentu (DNA atau RNA) dalam
lingkungan/latar belakang campuran sekuens lain yang kompleks. Teknik ini memanfaatkan sifat
DNA yaitu dua untai asam nukleat yang komplemen akan saling mengikat (hibridisasi) dengan
tingkat spesifisitas yang tinggi. Teknik hibridisasi meliputi dua proses, yaitu proses dan proses
renaturasi. Proses denaturasi biasanya dilakukan dengan cara pemanasan DNA untuk memecah
ikatan hidrogen yang terdapat di antara pasangan basa sehingga rantai asam nukleat akan
terpisah. Proses ini kemudian diikuti dengan proses renaturasi dengan cara pendinginan.

BLOTTING

Blotting adalah suatu teknik memindahkan atau

mentransfer DNA, RNA, atau protein ke lembaran tipis atau
matriks membran sehingga DNA, RNA, atau protein
tersebut dapat dipisahkan. Teknik ini berupa lanjutan dari
penggunaan elektroforesis gel. Matriks yang biasa dipakai
dapat berupa nitroselulosa (NC). Namun NC juga memiliki
kekurangan, yaitu beberapa komponen yang memiliki
afinitas lemah dapat hilang selama pemrosesan. Matriks
lain yang dapat digunakan untuk menutupi kekurangannya
yaitu kertas diazobenzyloxymethyl (DBM). Ada pula kertas lain, yaitu iazophenylthioeter (DPT).

Macam-macam teknik blotting:

SOUTHERN BLOTTING

Teknik analisis ini dapat digunakan untuk menganalisis keberadaan dan ukuran spesifik
nukleotida pada DNA dari sumber yang berbeda. Southern blotting dimulai dengan pemisahan
fragmen DNA dengan menggunakan enzim pemotong. DNA kemudian didenaturasi (dipisahkan
menjadi 2 untai tunggal) dengan perlakuan alkali, selanjutnya untai tunggal ditransfer ke membran
melalui transfer kapilaritas.
DNA kemudian dianalisis lebih lanjut dengan menggunakan elektroforesis gel agarosa.
Setelah proses elektroforesis seesai, fragmen-fragmen DNA
tersebut dilabeli dengan menggunakan Ethidium Bromida.
Hasil dari tahap elektroforesis kemudian dipindahkan ke nylon
filter, agar keberadaan nukleotida dapat diketahui, pada nylon
filter tersebut ditambahkan radioactive probe. Radioactive
probe tersebut akan berikatan dengan nukleotida dari Gambar 6.2 Southern blot.
fragmen DNA yang ingin diketahui. Tahap terakhir adalah
(sumber:
melapisi nylon filter dengan X-ray film.
Fragmen DNA yang spesifik dideteksi dengan http://blogs.uajy.ac.id/reditato
menggunakan pelacak. Pelacak biasanya merupakan DNA napa/2013/05/28/pemisahan-
yang dimurnikan dan bisa ditandai dengan aktifitas spesifik menggunakan-gel-gel-
radionukletida. Lokasi sinyal yang terlihat setelah autradiografi
membuat kita dapat menentukan ukuran dari fragmen DNA
tersebut.

WESTERN BLOTTING

Teknik ini pertama kali dibuat oleh W. Neal Burnette

dan dinamai Western blot untuk mengikuti teknik Southern blot yang pertama kali ditemukan.
Western blot adalah proses pemindahan protein dari gel hasil elektroforesis ke membran.
Membran ini dapat diperlakukan lebih fleksibel daripada gel sehingga protein yang terblot pada
membran dapat dideteksi dengan cara visual maupun fluoresensi. Deteksi ekspresi protein pada
organisme dilakukan dengan prinsip imunologi menggunakan antibodi primer dan antibodi
sekunder. Setelah pemberian antibodi sekunder, deteksi
dilakukan secara visual dengan pemberian kromogen atau Gambar 6.2 Teknik Western Blotting
secara fluoresensi. Pada deteksi secara fluoresensi, reaksi (sumber:http://blogs.uajy.ac.id/reditato
antara antibodi primer dengan antibodi sekunder akan napa/files/2013/05/western.jpg)
memberikan hasil fluoresens yang selanjutnya akan
membakar film X-ray, deteksi ini dilakukan di kamar gelap.
Northern Blotting
Pemisahan gel dan hibridisasi asam nukleat dapat juga untuk analisis RNA menggunakan
prosedur Northern blotting. Beberapa hal yang membedakan dengan Southern blotting adalah: (1)
RNA jauh lebih rentan terhadap degradasi dibanding DNA, oleh karena itu elektroforesis dilakukan
dalam buffer yang mengandung zat kimia yang bersifat melindungi (biasanya formaldehid), (2)
RNA sudah berupa untai tunggal dan membutuhkan kondisi denaturasi yang lebih ringan, (3) RNA
biasanya berukuran tertentu sehingga tidak memerlukan digesti enzim untuk memperoleh pola
pita.

Gambar 6.3 Teknik Northern Blotting (sumber:

http://blogs.uajy.ac.id/reditatonapa/files/2013/05/northern.jpg)

DETEKSI/ANALISA ASAM NUKLEAT SECARA KUANTITATIF

SPEKTROFOTOMETRI UV

Pengembangan teknologi yang penting untuk mendapatkan genotip dengan hasil yang baik
adalah kuantifikasi DNA. Keakuratan dan kuantifikasi DNA yang tepat sangat diperlukan untuk
mendapatkan hasil genotip yang efisien. Sampai saat ini, spektrofotometri telah menjadi metode
tradisional untuk kuantifikasi DNA dalam biologi molekuler.
Penghitungan asam nukleat sangat penting sebagai prosedur dalam banyak penelitian
biologi molekuler. Namun, penentuan konsentrasi DNA atau RNA yang akurat bisa menjadi sulit,
terutama ketika kemurnian sampel tidak pasti. Di banyak kasus, pendekatan yang paling cepat
dan akurat untuk menentukan konsentrasi asam nukleat yang relatif murni dan protein adalah
dengan membaca absorbansi pada spektrofotometri. Jumlah cahaya yang diserap oleh sampel
berbanding lurus dengan konsentrasi protein dan / atau asam nukleat dalam sampel. Konversi
absorbansi dalam pembacaan konsentrasi didasarkan pada hukum Lambert-Beer.
Jumlah DNA dicerminkan berat molekul bukan oleh volume. Untuk mengetahui jumlah
DNA, maka DNA hasil isolasi harus dianalisis dengan spektrofotometer UV dengan panjang
gelombang 260 nm. Kualitas DNA yang berhubungan dengan kemurnian terhadap kontaminan
protein dapat dilihat dari perbandingan absorbansi suspensi DNA pada panjang gelombang 260
nm terhadap 280 nm. Rasio OD260 / OD280 antara 1,8 - 2,0 mencerminkan DNA yang relatif
murni dan terbebas dari kontaminan protein. Nilai absorbansi pada panjang gelombang 260 nm
dapat dikonversikan menjadi konsentrasi, yaitu nilai 1 pada OD260 = 50 ug DNA utas ganda tiap
ml.
Penentuan panjang gelombang maksimum perlu dilakukan untuk mengetahui dimana
terjadi absorpsi maksimum dan untuk meningkatkan proses absorpsi larutan terhadap sinar.
Panjang gelombang yang digunakan untuk mengetahui kandungan DNA/RNA menggunakan
spektrofotometri UV adalah 260 nm, sedangkan untuk mengetahui kandungan protein
menggunakan spektrofotometri UV dengan panjang gelombang 280 nm.

Analisis PCR (Polymerase Chain Reaction)

Proses yang berlangsung secara in vitro dalam tabung reaksi sebesar 200 l ini mampu
menggandakan atau mengkopi DNA hingga miliaran kali jumlah semula. Metode PCR ini terdiri
atas 20 sampai 40 siklus dan memerlukan bantuan dari enzim DNA Polimerase. Komponen-
komponen yang dibutuhkan dalam PCR adalah DNA template, primer, dNTP, Buffer, dan ion
logam. Masing-masing komponennya memiliki peranan yang penting.
 Primer merupakan
sepasang DNA utas
tunggal atau
oligonukleotida pendek
yang menginisiasi dan
membatasi reaksi
pemanjangan rantai atau
polimerisasi DNA. PCR
hanya mampu
menggandakan DNA
pada daerah tertentu
sepanjang maksimum
10.000 bp saja, dan
dengan teknik tertentu
bisa sampai 40.000 bp.
Primer dirancang untuk
memiliki sekuen yang
komplemen dengan DNA
template, jadi dirancang
agar menempel
mengapit daerah tertentu
yang kita inginkan.
Selanjutnya, dNTP alias
building blocks yang
berperan sebagai batu
bata penyusun DNA
Gambar 1.1 Tahapan pada proses PCR (sumber: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) yang baru. dNTP terdiri
atas 4 macam sesuai
dengan basa penyusun
DNA, yaitu dATP, dCTP,
dGTP dan dTTP. Buffer biasanya terdiri atas bahan-bahan kimia untuk mengkondisikan reaksi agar
berjalan optimum dan menstabilkan enzim DNA polymerase. Sementara ion logam yang
dibutuhkan adalah ion logam bivalen (Mg2+) yang fungsinya sebagai kofaktor bagi enzim DNA
polymerase dan ion logam monovalen, kalsium (K+). PCR dilakukan dengan menggunakan mesin
Thermal Cycler yang dapat menaikkan dan menurunkan suhu dalam waktu cepat sesuai
kebutuhan siklus PCR.
Tahapan reaksi yang berlangsung pada PCR ini adalah pra-denaturasi, denaturasi,
annealing, ekstensi (elongasi), final elongasi. Pada pra-denaturasi dilakukan DNA Polimerase
diaktivasi dengan cara dipanaskan selama 1-9 menit di awal reaksi agar reaksi berjalan sempurna.
Pada proses denaturasi, dilakukan dengan pemanasan hingga 96oC selama 30-60 detik. Pada
suhu ini DNA utas ganda akan memisah menjadi utas tunggal. Kemudian pada proses annealing
setelah DNA menjadi utas tunggal, suhu diturukan ke kisaran 40-60 oC selama 20-40 detik untuk
memberikan kesempatan bagi primer untuk menempel pada DNA template di tempat yang
komplemen dengan sekuen primer. Ekstensi atau elongasi dilakukan dengan menaikkan suhu ke
kisaran suhu kerja optimum enzim DNA polymerase, biasanya 70-72 oC. Pada tahap ini DNA
polymerase akan memasangkan dNTP yang sesuai pada pasangannya, jika basa pada template
adalah A, maka akan dipasang dNTP, begitu seterusnya (pasangan A adalah T, dan C dengan G).
Enzim akan memperpanjang rantai baru ini hingga ke ujung. Lamanya waktu ekstensi bergantung
pada panjang daerah yang akan diamplifikasi, secara kasarnya adalah 1 menit untuk setiap 1000
bp. Final Elongasi biasanya dilakukan pada suhu optimum enzim (70-72oC) selama 5-15 menit
untuk memastikan bahwa setiap utas tunggal yang tersisa sudah diperpanjang secara sempurna.
Proses ini dilakukan setelah siklus PCR terakhir.

MICROARRAY

Teknik analisis microarray ini digunakan untuk menginterpretasikan data yang dihasilkan
dari eksperimen terhadap DNA, RNA, dan protein. Metode ini memungkinkan para peneliti untuk
menyelidiki keadaan ekspresi sejumlah besar dari gen dari suatu organisme di seluruh gen.
Percobaan tersebut dapat menghasilkan volume data yang sangat besar, memungkinkan para
peneliti untuk menilai keadaan keseluruhan sel atau organisme. Jumlah data yang besar ini dapat
sulit untuk dianalisis, terutama dalam ketiadaan gen anotasi.
Sebuah array DNA adalah kumpulan bintik-bintik melekat pada dukungan solid seperti slide
mikroskop dimana spot masing-masing berisi satu atau lebih beruntai tunggal fragmen DNA
oligonukleotida. Array memungkinkan untuk meletakkan jumlah besar bintik-bintik yang sangat
kecil (100 diameter micrometre) pada slide tunggal. Setiap tempat memiliki fragmen molekul DNA
yang melengkapi urutan DNA tunggal (mirip dengan Southern blotting). Sebuah variasi dari teknik
ini memungkinkan ekspresi gen dari suatu organisme pada tahap tertentu dalam pembangunan
yang berkualitas (profiling ekspresi). Dalam teknik ini RNA dalam jaringan adalah terisolasi dan
diubah menjadi cDNA berlabel. cDNA ini kemudian dihibridisasi dengan fragmen di array dan
visualisasi hibridisasi dapat dilakukan.
Sejak beberapa array dapat dilakukan dengan posisi yang sama persis fragmen mereka
sangat berguna untuk membandingkan ekspresi gen dari dua jaringan yang berbeda, seperti
jaringan sehat dan kanker. Juga, kita dapat mengukur apa gen disajikan dan bagaimana
perubahan ekspresi yang dengan waktu atau dengan faktor lain. Sebagai contoh, ragi roti yang
umum itu,''Saccharomyces cerevisiae'', mengandung sekitar 7000 gen, dengan microarray, orang
dapat mengukur secara kualitatif bagaimana gen masing-masing dinyatakan, dan bagaimana
bahwa perubahan ekspresi, misalnya, dengan perubahan suhu.
Ada banyak cara yang berbeda untuk mengarang mikroarray; yang paling umum adalah
chip silikon, mikroskop slide dengan bercak ~ 100 diameter micrometre, array kustom, dan array
dengan bercak yang lebih besar pada membran berpori (macroarrays). Ada bisa dimana saja dari
100 spot ke lebih dari 10.000 pada array yang diberikan. Array juga dapat dibuat dengan molekul
lain dari DNA. Sebagai contoh, sebuah array antibodi dapat digunakan untuk menentukan apa
yang protein atau bakteri yang hadir dalam sampel darah.

KESIMPULAN

Deteksi asam nukleat secara kualitatif dapat dilakukan dengan metode DNA Sequencing,
Elektroforesis Gel Agarosa, Elektroforesis SDS PAGE, Hibridisasi, Blotting, Southern Blotting,
Northern Blotting, dan Western Blotting. Sekuensing DNA terbagi menjadi 2 metode, yaitu metode
Maxam-Gilbert dan metode Sanger.
Pada metode Maxam-Gilbert, fragmen-fragmen DNA yang akan disekuens dipotong-potong
terlebih dahulu secara parsial menggunakan piperidin. Kemudian DNA dilabeli pada salah satu
ujungnya, biasanya menggunakan fosfat radioaktif atau suatu nukleotida pada ujung 5.
Sementara pada metode Sanger, analisis DNA dilakukan pada empat reaksi yang terpisah.
Pertama-tama DNA didenaturasi untuk menghasilkan rantai tunggal. Kemudian, keempat rantai
template tersebut diikatkan dengan DNA primer pada ujung 5. Keempat reaksi ini berisi dNTP dan
sedikit ddNTP sehingga polimerisasi DNA dapat berlangsung dan polimerisasi akan terhenti di
tempat-tempat tertentu sesuai dengan ddNTP yang ditambahkan. Jadi, di dalam tiap reaksi akan
dihasilkan sejumlah fragmen DNA yang ukurannya bervariasi tetapi ujung 3nya selalu berakhir
dengan basa yang sama. Untuk melihat ukuran fragmen-fragmen dari hasil 2 metode sekuensing
tersebut dilakukan elektroforesis menggunakan gel poliakrilamid sehingga akan terjadi perbedaan
migrasi sesuai dengan ukurannya masing-masing.
Pada metode elektroforesis, yang menjadi prinsip dasar adalah molekul asam nukleat
dipisahkan dengan suatu medan listrik dimana molekul negative tersebut akan berpindah ke kutub
positif (anode). Perpindahan proses molekul ini berdasarkan dengan berat molekul, apabila suatu
berat molekul semakin kecil maka molekul tersebut akan dapat berpindah dengan cepat. Teknik
analisis ini dapat digunakan untuk mengetahui ukuran dari DNA yang dianalisis. Ada 2 jenis gel
yang biasa digunakan yaitu agarosa dan poliakrilamid. Gel agarosa dapat menganalisis DNA yang
berukuran lebih panjang daripada gel poliakrilamid.
Teknik hibridisasi meliputi dua proses, yaitu proses denaturasi dan proses renaturasi.
Proses denaturasi biasanya dilakukan dengan cara pemanasan DNA untuk memecah ikatan
hidrogen yang terdapat di antara pasangan basa sehingga rantai asam nukleat akan terpisah.
Proses ini kemudian diikuti dengan proses renaturasi dengan cara pendinginan. Dalam rangkaian
proses yang dilakukan, dapat dikombinasikan dengan teknik PCR. Teknik ini juga sering di
aplikasikan pada teknik analisis blotting. Blotting adalah suatu teknik memindahkan atau
mentransfer DNA, RNA, atau protein ke lembaran tipis atau matriks membran sehingga DNA,
RNA, atau protein tersebut dapat dipisahkan. Teknik ini berupa lanjutan dari penggunaan
elektroforesis gel. Terdapat beberapa macam teknik blotting, yaitu southern, northern dan western
blotting. Salah satunya, yaitu analisis southern blotting dapat digunakan untuk menganalisis
keberadaan dan ukuran spesifik nukleotida pada DNA dari sumber yang berbeda. Southern
blotting dimulai dengan pemisahan fragmen DNA dengan menggunakan enzim pemotong
kemudian didenaturasi. DNA kemudian dianalisis lebih lanjut dengan menggunakan elektroforesis
gel agarosa. Setelah proses elektroforesis seesai, fragmen-fragmen DNA tersebut dilabeli dengan
menggunakan Ethidium Bromida.
Sementara analisis secara kuantitatif dapat dilakukan melalui metode spektrofotometri UV,
PCR (Polymerase Chain Reaction) dan microarray. Jumlah DNA dicerminkan berat molekul bukan
oleh volume. Untuk mengetahui jumlah DNA, maka DNA hasil isolasi harus dianalisis dengan
spektrofotometer UV dengan panjang gelombang 260 nm. Kualitas DNA yang berhubungan
dengan kemurnian terhadap kontaminan protein dapat dilihat dari perbandingan absorbansi
suspensi DNA pada panjang gelombang 260 nm terhadap 280 nm. Pada teknik analisis PCR,
asam nukleat yang akan dianalisis melalui tahap pra-denaturasi, denaturasi, annealing, ekstensi
(elongasi), dan final elongasi. Pertama, DNA utas ganda akan memisah menjadi utas tunggal,
kemudian primer akan menempel pada DNA template di tempat yang komplemen dengan sekuen
primer. Setelah itu asam nukleat akan mengalami ekstensi atau pemanjangan. Sementara pada
teknik analisis microarray ini digunakan untuk menginterpretasikan data yang dihasilkan dari
eksperimen terhadap DNA, RNA, dan protein. Metode ini memungkinkan untuk menyelidiki
keadaan ekspresi sejumlah besar dari gen dari suatu organisme di seluruh gen.

REFERENSI

Elizabeth Canfield, 1999. Sanger Method for DNA Sequencing. [online] Available at:
<http://www.bio.davidson.edu/Bio111/seq.html> [Accessed 15 February 2014].

Campbell, N. A., Reece, J.B. and Mitchell, L.G., 2000. Biologi. Edisi Kelima. Jakarta: Erlangga.

Lodish,H., Berk, A., Kaiser,C.A., Krieger, M., Scott, M. P., Bretscher, A., Ploegh,H., Matsudaira, P.
2008. Molecular Cell Biology. Sixth Edition. USA: W. H. Freeman and Company.

Cooper, G. M. 2000. The Cell: A Molecular Approach. Second Edition. Sunderland: Sinauer
Associates.

Ding, C., Cantor, C. R. 2004. Quantitative Analysis of Nucleic Acids. Journal of Biochemistry and
Molecular Biology, [e-journal] 37. Abstract only. Available through: BMB Reports Online
<http://www.jbmb.or.kr/fulltext/jbmb/view.php?vol=37&page=1> [Accessed 13 February
2014]

Lawrence, E. 1989. Hendersons dictionary of biological terms. 10th ed. John Will & Sons,
New York.

Martin, R. 1996. Gel electrophoresis: nucleid acids. Bios scientific Publisher, Oxford.
 Aplikasi Asam Nukleat dalam Aspek Kehidupan

Haqqyana1, 1206262090

1
Teknologi Bioproses,Departemen Teknik Kimia, Universitas Indonesia, KampusUniversitas Indonesia,
Depok 16424, Indonesia

Abstrak

Aplikasi asam nukleat merupakan suatu subjek ilmu pengetahuan yang akan terus selalu
berkembang. Baik dalam aspek kesehatan, pertanian, pangan, maupun forensik. Asam nukleat
dapat juga berperan sebagai enzim dengan aktivitas katalistik dan komponen utama biosensor.
Teknologi DNA yang memanfaatkan manipulasi material genetik memang masih menyisakan
banyak pertanyaan yang terkait dengan masalah teknis maupun etis. Meskipun begitu
perkembangannya tetap membawa perbaikan tidak hanya bagi ilmu pengetahuan tetapi juga
dalam kesejahteraan hidup manusia.

Kata Kunci: Asam nukleat, GMO, DNA, RNA, teknologi DNA rekombinan

1.1 GMO (Genetically Modified Organism)

GMO meupakan organisme hasil rekayasa genetika yang telah mengalami perubahan
DNA sehingga menghasilkan produk yang berbeda dengan produk yang terdapat di alam.
Tujuan dari GMO adalah untuk menghasilkan produk rekayasa genetika yang memiliki sifat-
sifat keunggulan dancost-effective. Secara umum, teknik untuk menghasilkan GMO adalah
dengan mengambil gen tertentu dari suatu organisme induk dan menaruhnya ke dalam
organisme lain, baik tumbuhan maupun hewan. Dalam tulisan ini akan dibahas mengenai
produk GM pada pertanian dan pangan, serta kesehatan.

1.1.1 Pertanian dan Pangan

Modifikasi genetik pada hasil pertanian khususnya makanan bukanlah suatu hal
baru. Saat ini, produksi makanan hasil rekayasa genetik masihberasal dari tanaman
saja. Salah satu makanan hasil modifikasi geneti yang pengembangannya telah disetujui
FDA (Food and Drug Administration) untuk konsumsi adalah tomat yang direkayasa
dengan gen antisens yang dapat memperlambat proses pembusukan.
Produksi tomat tersebut dilakukan dengan mengklon gen tomat yang mengkode
enzim pematangan dan disiapkan gen dengan untai cetakan yang komplementer
dengan gen normal. Ketika disambungkan ke dalam DNA tomat, antisens gen akan
ditranskripsi menjadi RNA komplementer dengan gen pematangan mRNA. RNA
antisens terikat dengan mRNA normal yang menghalangi sintesis dari enzim tersebut.
hasilnya, tomat jarang sekali matang sebelum sampai di tempat pemasaran sehingga
waktu pembusukan akan melambat.
Selain tomat, banyak sekali produksi peranian dan pangan yang telah
dikembangkan dengan modifikasi genetik. Beberapa di antaranya adalah jagung, beras,
canola, kentang, kedelai, dan kapas. Tanaman-tanaman tersebut dimodifikasi agar
resistan terhadap serangga dan virus serta herbisida yang digunakan para petani untuk
mengontrol gulma.
 Gambar 1. Contoh produk pangan hasil GMO (Sumber: bodyunburdened.com)

Studi lanjutan tentang bahan pangan yang telah mengalami modifikasi gen oleh
peneliti China menunjukkan bahwasannya ditemukan sebagian kecil RNA nasi pada
darah dan organ manusia yang memakan nasi produk GM. Tim peneliti dari Universitas
Nanjing menunjukkan bahwasannya materi genetik tersebut dapat mengikat reseptor
dalam sel hati manusia dan memengaruhi peningkatan kolesterol dalam darah. RNA
temuan tersebut merupakan jenis MiRNA yang telah teridentifikasi menjadi penyebab
beberapa penyakit pada manusia, termasuk di dalamnya adalah kanker, Alzheimers,
dan diabetes.

1.1.2 Kesehatan dan Farmasi

Perkembangan teknologi DNA rekombinan dalam bidang ilmu kesehatan
menghasilkan kemajuan yang signifikan. Beberapa produk hasil rekayasa genetik yang
sangat penting adalah antibodi monoklonal, vaksin subunit, serta asam nukleat antisens.
Teknologi DNA rekombinan dapat digunakan untuk memproduksi vaksin yang lebih baik.
Hal tersebut dapat dilakukan dengan cara melakukan delesi gen penyebab virulensi.
Dengan cara tersebut, vaksin tidak akan berubah bentuk menjadi infeksius. Penggunaan
teknologi ini juga memungkinkan peningkatan sifat imunogen suatu vaksin terhadap
protein target dengan fusi gen ataupun mutasi terarah sehingga dapat menghasilkan
vaksin generasi baru.
Penelitian asam nukleat antisens semakin berkembang dengan ditemukannya RNA
interference (RNAi). RNAi merupakan sebuah mekanisme menghilangkan ekspresi gen
setelah gen berhasil ditranskripsi atau merupakan suatu proses alami yang
meminimalisasibahkandapat menghilangkan suatu aktivitas gen tertentu. Pendekatan ini
dapat digunakan pada penyakit jantung, kanker, dan kolesterol tinggi.
Teknologi DNA dalam aspek bidang kesehatan dan farmasi menuntun sebuah
penemuan vektor ekspresi. Dengan memasukkan promoter yang sangat aktif serta
elemen kontrol gen lainnya ke dalam DNA vektor, dapat dibuat suatu sel inang untuk
membuat produk dalam jumlah besar dari gen yang diselipkan. Selain itu, sel inang
dapat pula direkayasa sehingga dapat mensekresi protein. Dalam perkembangannya,
vektor ekspresi dapat digunakan untuk pembuatan insulin serta hormon pertumbuhan
manusia (HGH).
Insulin merupakan protein farmasetik yang diproduksi dalam Escherichia coli
dengan menggunakan teknologi DNA. Pada awalnya insulin diproduksi melalui isolasi
insulin yang berasal dari pankreas babi dan sapi. Metode ini tidak efisien disebabkan
perbedaan struktur asam amino antara babi dan sapi dengan asam amino pada
manusia. Produksi insulin dengan menggunakan vektor ekspresi dapat menghasilkan
insulin yang lebih baik dengan melakukan modifikasi urutan asam amino. Aktivitas
interaksi asam amino insulin dengan reseptor insulin dapat dinaikkan dengan melakukan
substitusi histidin menjadi glutamat pada B10 (Sudjadi, 2004). Untuk menghasilkan
insulin beraktivitas cepat dapat dilakukan substitusi beberapa asam amino pada rantai B
sehingga tidak terjadi dimerisasi ataupun polimerisasi insulin (Glick and Pasternak,
1998; Walsh, 1999; Sudjadi, 2004).
Seiring dengan produksi insulin pada vektor ekspresi, hormon pertumbuhan
manusia juga mulai ikut diproduksi. Pembuataan hormon pertumbuhan ini dilakukan
 dengan mengisolasi mRNA total dari kelenjar pituitari yang menghasilkan somatrotopin.
mRNA kemudian diubah menjadi cDNA dan dibuat pustaka cDNA-nya. Fragmen ini
kemudian disisipkan pada vektor ekspresi yang membawa promoter lac dan
ditransformasikan ke dalam E. coli. Modifikasi hormon pertumbuhan juga dapat
dilakukan dengan melakukan mutasi terarah terhadap cDNA hormon untuk mengubah
beberapa asam amino (His-18, His-21, dan Glu-174) yang bekerja sebagai ligan untuk
Zn2+. Hasil modifikasi ini menghasilkan hormon pertumbuhan yang tidak dapat
berikatan dengan reseptor prolaktin (Glick and Pasternak, 1998; Sudjadi, 2004).

1.2 Kesehatan
1.2.1 Terapi Gen
Terapi gen merupakan suatu teknik yang menggunakan gen untuk menyembuhkan
atau mencegah suatu penyakit. Dengan mengganti gen yang cacat, terapi gen dapat
membantu jaringan maupun organ yang rusak untuk dapat kembali bekerja dengan baik.
Pendekatan terapi gen berbeda dengan pengobatan biasa yang hanya meredam gejala
tanpa menangani permasalahan genetik.
Gen yang diinsersikan ke dalam sel secara langsung biasanya tidak akan berfungsi.
Untuk itu dibutuhkan suatu vektor pembawa gen, umumnya adalah virus, untuk
mengirimkan gen ke dalam sel secara tepat. Virus tertentu biasa digunakan sebagai
vektor dikarenakan memiliki kemampuan untuk mengirimkan gen dengan cara
menginfeksi sel target. Vektor virus sebelumnya telah dimodifikasi terlebih dahulu
sehingga tidak dapat menimbulkan penyakit ketika digunakan pada manusia. Beberapa
tipe virus, seperti retrovirus, menggabungkan materi genetiknya (termasuk gen normal
yang telah diselipkan) ke dalam kromosom pada sel manusia. Tipe virus lainnya, seperti
adenovirus, memperkenalkan DNA-nya pada inti sel target tanpa menggabungkannya
pada kromosom sel target. Keunggulan dari penggunaan virus sebagai vektor adalah
kemampuannya dalam menarget dan memasuki sel bahkan sel yang spesifik. Virus juga
dapat dimodifikasi sehingga tidak dapat melakukan replikasi dan merusak sel target.
Sayangnya, virus hanya dapat membawa materi genetik dalam jumlah terbatas serta
masih dapat memicu respon imun pada tubuh pasien.
Virus dapat secara efektif mengirimkan materi genetik ke dalam sel manusia,
namun ia memiliki keterbatasan tertentu. Keterbatasan-keterbatasan tersebut dapat
ditangani dengan menggunakan vektor non-viral. Salah satu contoh vektor tipe ini
adalah plasmid. Di alam, bakteri menggunakan plasmid untuk mentransfer gen dengan
satu lainnya. Untuk mempermudah plasmid memasuki sel, vektor plasmid biasanya
dibungkus dengan liposom yang merupakan miniatur dari paket berbasis lipid
menyerupai membran sel. Liposom tersebut mengirimkan plasmid DNA di dalamnya
dengan cara melebur pada sel membran. Kekurangan dari vektor berupa plasmid dan
liposom adalah kemampuannya memasukkan gen ke dalam sel masih kurang efektif
dibandingkan dengan virus. Meskipun begitu, liposom dapat membawa gen dalam
jumlah besar dan umumnya tidak memicu respon imun. Beberapa tipe liposom dapat
beracun. Secara umum liposom lebih tepat digunakan untuk terapi gen ex vivo.
Vektor sintetik yang biasa disebut dengan verosom merupaka liposom yang
diselimuti protein viral pada permukaannya. Vektor ini mengkombinasikan keunggulan
masing-masing dari plasmid dan virus. Protein viral akan berinteraksi dengan protein
pada permukaan sel target, hal ini menyebabkan virosom dapat melebur ke dalam
membran sel dan menginsersikan isiannya ke dalam sel. Tipe protein viral yang berbeda
juga dapat menarget sel-sel yang spesifik.
 Gambar 2. Terapi gen dengan menggunakan vektor adenovirus(Sumber: U.S. National Library of
Medicine)

Selain dengan menggunakan vektor, gen dapat dimasukkan ke dalam tubuh

manusia dengan dua cara. Pertama, dengan metode in vivo, yakni menginjeksikan
vektor secara langsung ke dalam tubuh dengan menyasar pada sel yang menjadi target.
Kedua, yakni dengan melakukan metode ex vivo, dengan cara menyelipkan gen ke
dsalam sel yang telah dikeluarkan dari tubuh dan merupakan sel yang dapat
memperbanyak diri selama masa hidup pasien, sperti sumsum tulang belakang. Setelah
gen dimasukkan dan teraktivasi, barulah sel tersebut dikembalikan ke dalam tubuh si
pasien. Pendekatan dengan cara ex vivo ini jarang sekali memicu respon imun
dikarenakan tidak adanya virus yang dimsukkan ke dalam tubuh pasien. Metode ini juga
memungkinkan ilmuwan untuk memastikan bahwa sel dapat berfungsi dengan baik
sebelum dimasukkan kembali ke dalam tubuh pasien.
Terapi gen telah berkembang sejak tahun 70-an. Telah dilakukan suatu percobaan
untuk menyembuhkan sindrom kerusakan arginase pada dua gadis muda menggunakan
teknik in vivo dengan virus wild-type Shope papilloma sebagai vektornya. Harapannya,
arginase viral dapat menggantikan enzim yang hilang dari tubuh pasien. Meskipun
begitu, tidak diketahui tingkat keberhasilan dari percobaan ini setelah diberhentikan.
Pada tahun 1990, dilakukan terapi gen yang diakui secara internasional di Amerika
Serikat. Terapi gen metode ex vivo dilakukan dengan menggunakan retrovirus dalam
upaya menyembuhkan kerusakan enzim dan melanoma. Percobaan terapi gen ini
mengalami kegagalan. Upaya-upaya peneliti untuk mengoptimalkan terapi gen
mengalami keterpurukan pada tahun 1999, yakni ketika seorang pasien meninggal saat
menjalani terapi gen untuk penyakit liver. Terapi gen dalam perkembangannya memang
masih terus memunculkan berbagai pertanyaan teknis maupun etis untuk dapat menjadi
jawaban dalam memperbaiki kelainan genetik suatu individu.

1.2.2 SNPs untuk Diagnosis Penyakit

Single nucleotide polymorphisms, biasa disingkat SNPs, merupakan suatu jenis
variasi genetik yang sering terjadi pada manusia.Tiap-tiap SNP merepresentasikan
suatu perbedaan pada urutan basa nukleotida DNA.Terdapat dua macam substitusi
basa nukleotida yang disebabkan oleh SNPs, yaitu 1) transisi yang terjadi antar purin
(A,G) maupun antar pririmidin (C,T) dan 2) transversi yang terjadi antara satu basa purin
dengan satu basa pirimidin. Secara umum, substitusi transisi oleh SNPs lebih banyak
terjadi pada manusia dibandingkan dengan transversi.
 Gambar 3. Substitusi yang oleh SNP pada basa nuleotida suatu DNA (Sumber: broadinstitute.org)

SNPs tidak terdistribusi secara merata dalam genom manusia juga pada kromosom
dalam tubuh. Variasi genetik ini muncul secara alami pada DNA manusia. Secara kasar,
jumlah SNPs dalam genom manusia mampu mencapai 10 juta SNPs, yang berarti
terdapat sedikitnya 1 SNP dalam setiap 300 nukleotida. Dalam daerah codingterdapat
1/3 jumlah SNPs dalam genom apabila dibandingkan dengan keberadaan SNPs pada
daerah non-coding. Diketahui pula bahwasannya variasi urutan DNA tidak terlalu banyak
terjadi pada kromosom seks. Dalam suatu kromosom tunggal, SNPs dapat
terkonsentrasi pada suatu daerah spesifik yang dapat dijadikan dasar untuk melakukan
genotyping test.Pengujian genetik yang didasarkan pada SNPs memanfaatkan DNA
suatu individu untuk menentukan nukleotida gen yang diuji. Dengan begitu, akan
didapatkan identitas SNP yang dapat digunakan sebagai penanda biologis untuk
membantu para ilmuwan dalam menemukan gen yang berkaitan dengan penyakit
tertentu.
Terdapat dua macam SNPs, yakni coding region SNPs dan non-coding region
SNPs. Sebuah SNP pada daerah coding memiliki dua efek berbeda pada protein yang
dihasilkan. Pada SNP sinonim, substitusi yang dihasilkan menyebabkan tidak ada asam
amino yang berubah menjadi protein. Kejadian ini juga biasa disebut sebagai mutasi
diam. SNP non-sinonim menyebabkan perubahan asam amino yang akan dikodekan.
Kebanyakan SNPs tidak memiliki pengaruh pada kesehatan maupun pertumbuhan.
Sebagian variasi genetik justru malah menjadi penemuan yang sangat penting bagi studi
tentang kesehatan manusia. Ilmuwan juga telah menemukan SNPs yang dapat
membantu memprediksi respon individu pada obat tertentu, racun, dan resiko
perkembangan suatu penyakit.

1.3 Nucleic Acid Enzyme(Ribozyme)

Penemuan RNA katalis alami membuat para ilmuwan melakukan penelitian untuk
mengembangkan asam nukleat buatan yang mampu melakukan aktivitas katalitik. Enzim
asam nukleat buatan meliputi RNA (ribozyme) dan DNA (deoxyribozyme). Dalam tulisan ini
akan lebih dijelaskan mengenai ribozyme.
Pada tahun 1982, Kruger et al. melaporkan adanya aktivitas katalitik oleh RNA. Sejak
saat itu, kata ribozyme mulai digunakan untuk mendefinisikan RNAs katalitik, baik alami
maupun buatan. Kita tidak dapat merancang enzim asam nukleat yang benar-benar memiliki
aktivitas katalitik berbeda dari aslinya maupun melalui modifikasi enzim yang telah diketahui.
Sehingga, digunakanlah teknik pencarian kombinasi untuk mengidentifikasi fungsi urutan RNA
dengan cara menukar urutan rantai RNA dalam jumlah besar melalui strategi yang tepat.
Proses ini dinamakan seleksi in vitro yang telah terbukti dapat mengidentifikasi enzim asam
nukleat dengan jangkauan aktivitas katalitik yang luas.
Ribozyme buatan pertama ditemukan pada tahun 1990. Sejak saat itu, seleksi in vitro
digunakan untuk meneliti berbagai kemungkinan aktivitas katalitik untuk ribozyme buatan.
Ribozyme alami diketahui dapat mengkatalis perpecahan fosfodiester atau ligasi, dengan
pengecualian ribosom, dibuat dengan menggunakan RNA dan protein, dapat mengkatalis
 pembentukan ikatan peptida. Sampai sekarang, aktivitas katalitik yang dapat dilakukan
ribozyme maupun deoxyribozyme masih terbatas pada rekasi tertentu saja.

1.4 Nucleic Acid Enzyme (NAE) Based Sensor

Sensor merupakan sebuah alat yang dapat merespon stimulus baik berupa fisik maupun
kimiawi dan memproduksi sinyal yang dapat terdeteksi. Sensor setidaknya memiliki dua
komponen, yakni pengenalan target dan transduksi sinyal. Elemen yang berfungsi untuk
pengenalan target dapat berupa entitas biologi maupun kimia seperti molekul organik, peptida,
protein, asam nukleat, karbohidrat, bahkan sel secara utuh.idealnya, elemen ini haruslah
memiliki afinitas yang tinggi, spesifikasi yang tinggi, jangkauan yang luas, waktu respon yang
cepat, ketahanan pakai yang lama, dan kemampuan deteksi analit yang baik. Antibodi biasa
digunakan untuk elemen pengenalan target karena memiliki kemampuan sepeti yang telah
disebutkan. Elemen transduksi sinyal bertanggung jawab terhadap konversi molekul yang
terdeteksi menjadi sinyal. Beberapa elemen yang sering digunakan adalah warna, sinyal
elektrokimia, perubahan resonansi magnetik, dan pendaran cahaya (fluorescence).
Telah diketahui bahwasannya semua enzim merupakan protein, pandangan ini diperkuat
dengan adanya penemuan ribozyme oleh Cech dan Altman. Sejauh ini, ribozyme alami telah
dapat digunakan untuk mengkatalisis beberapa reaksi, salah satunya adalah pembentukan
rantai peptida pada ribosom. Di sisi lain, seleksi in vitro berhasil mengidentifikasi ribozyme
buatan yang dapat digunakan untuk mengkatalisis berbagai macam reaksi seperti fosforilasi,
reduksi aldehid, polimerisasi, reaksi Diels-Alder, reaksi aldol, dan sintesis amida. Karena
NAEs dapat melalui seleksi in vitro, memiliki stabilitas yang baik, dan dapat disiapkan serta
dimodifikasi dengan sintesis kimiawi dengan harga yang efisien, sehingga dapat digunakan
sebagai komponen dalam berbagai aplikasi bioteknologi, seperti agen anti-viral, biosensor
untuk ion logam dan molekul organik, juga komponen untuk nanomotor.
Untuk sensor berbasis enzim asam nukleat (NAE), molekul target biasanya merupakan
kofaktor yang dapat mengakselerasi reaksi katalisis atau merupakan inhibitor dari suatu
reaksi. Hal ini menunjukkan bahwasannya tekanan seleksi dapat digunakan pada proses
seleksi sehingga reaksi yang diinginkan hanya dapat terjadi ketika ada analit target. Akibat
reaksi katalisis NAE, ion-ion metal biasanya digunakan sebagai kofaktor sehingga sensor
berbasis NAE merupakan sensor yang baik untuk mendeteksi logam-logam. Dalam
penggunaan NAE sensor untuk metal sensing, DNAzyme lebih dipilih daripada ribozyme
dikarenakan stabilitasnya relatif tinggi, harga rendah, dan mudah untuk melakukan sintesis.
Adanya NAE sensor ini memudahkan penelitian dalam melakukan deteksi logam berat yang
biasanya dilakukan dengan menggunakan analisis elektrokimawi dan spektrometri. Beberapa
jenis NAE sensor antara lain adalah fluorescense NAE sensor dan coloring NAE sensor.

1.5 Forensik
Dalam lingkup forensik, teknologi DNA juga digunakan untuk memudahkan proses
identifikasi korban maupun pelaku kejahatan. Pengujian DNA dapat melakukan identifikasi
terhadap individu dengan tingkat ketelitian yang tinggi karena urutan DNA setiap orang yang
cenderung spesifik. Analisis RFLP dengan metode southern blotting biasa digunakan untuk
mendeteksi kemiripan dan perbedaan sampel DNA dengan hanya membutuhkan jumlah
sampel darah yang sedikit. Selain metode RFLP, metode deteksi DNA lainnya yang biasa
digunakan adalah dengan simple tandem repeat (STR) berbasis lokus genetik poliformik yakni
keunikan pasangan basa berulang yang dimiliki tiap-tiap individu dalam lokus genom yang
dimiliki. Yang membedakan metode ini dengan RFLP adalah perbedaan panjang STR yang
menyebabkan fragmen restriksi yang mengandung STR memiliki ukuran yang bervariasi.
Tidak seperti RFLP yang disebabkan oleh perbedaan jumlah tempat restriksi dalam daerah
genom.
 Gambar 4. Diagram prosedur analisis RFLP (Sumber: dnafingerprinting19.tripod.com)

Selain kedua cara yang telah disebutkan, identifikasi sidikjari DNA dapat juga dilakukan
dengan metode PCR (polymerase chain reaction). Prosedur identifikasi PCR memiliki tiga
tahapan agar dapat menghasilkan salinan DNA dalam jumlah banyak. Tahapan-tahapan
tersebut adalah 1) denaturasi, 2) hibridisasi, dan 3) sintesis DNA. PCR sering digunakan untuk
memperkuat hasil identifikasi STR karena tingkat kepekaannya yang tinggi.

Gambar 5. Teknolgi PCR (Sumber: sites.bergen.org)

Kesimpulan

Asam nukleat memiliki banyak fungsi yang dapat diaplikasikan dalam berbagai aspek
kehidupan. Teknologi DNA yang masih terus dalam pengembangan dengan produk utama
penelitiannya adalah GMO (Genetically Modified Organism) menghasilkan kemajuan yang
signifikan khususnya di bidang kesehatan, pertanian, dan pangan. Beberapa contoh organisme
hasil modifikasi genetik di bidang pertanian adalah tomat, jagung, dan kapas. Pada bidang
kesehatan, penemuan antibodi monoklonal, asam nuleat antisens, dan vektor ekspresi cukup
mampu menjadi solusi permasalahan kesehatan di dunia. Selain dari segi pengobatan, teknologi
DNA juga dikembangkan dalam bidang kesehatan untuk mengoptimalkan tindakan diagnosis dan
prevensi suatu penyakit dengan ditemukannya SNPs. Penemuan asam nukleat enzim juga
memiliki beragam fungsi dalam pengaplikasiannya, yakni sebagai enzim katalisis dan dapat pula
digunakan sebagai biosensor. Aplikasi asam nukleat juga dapat ditemukan dalam bidang forensik
yakni sebagai basis uji deteksi DNA.
Referensi

Campbell N.A, Jane B. Reece, Lawrence G. Mitchell, 2000. Biologi. Edisi 5, jilid I. Jakarta:
Erlangga.

Genetic Home Reference, 2014. Handbook : Help Me Understand Genetics Gene Therapy [pdf]
Lister Hill National Center for Biomedical Communications, U.S. National Library of Medicine,
National Institutes of Health, Department of Health & Human Services. Terdapat pada:
<http://ghr.nlm.nih.gov/handbook/therapy.pdf> [diakses pada 17 Februari 2014]

Genetic Home Reference, 2014. What are single nucleotide polymorphisms (SNPs)?. [online]
Terdapat pada: <http://ghr.nlm.nih.gov/handbook/genomicresearch/snp> [diakses pada 17 Februari
2014]

Genetic Science Learning Center University of Utah, 2014. Gene Delivery: Tools Of The Trade.
[online] Terdapat pada: <http://learn.genetics.utah.edu/content/genetherapy/gttools/> [diakses
pada 17 Februari 2014]

Genetic Science Learning Center University of Utah, 2014. What is Gene Therapy?. [online]
Terdapat pada: <http://learn.genetics.utah.edu/content/genetherapy/gtintro/> [diakses pada 17
Februari 2014]

Iowa State University, [n.d.]. Marker Assisted Selection [pdf] Iowa State University Extension and
ISU Office of Biotechnology. Terdapat pada:
<http://www.biotech.iastate.edu/publications/mendel/ModuleIIP1.pdf> [diakses pada 17 Februari
2014]

Levaux, Ari., 2012. The Very Real Danger of Genetically Modified Foods, [online] 9 Januari.
Terdapat pada: <http://www.theatlantic.com/health/archive/2012/01/the-very-real-danger-of-
genetically-modified-foods/251051/> [diakses pada 19 Februari 2014]

Liu, Juewen., Cao, Z. and Lu, Yi., 2009. Functional Nucleic Acid Sensors [pdf] NIH Public Access.
Terdapat pada < http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2681788/pdf/nihms-104431.pdf>
[diakses pada 17 Februari 2014]

Silverman, Scott K., 2008. Nucleic Acid Enzymes (Ribozymes and Deoxyribozymes): In Vitro
Selection and Application [pdf] University of Illinois. Terdapat pada:
<http://www.scs.illinois.edu/silverman/docs/SilvermanPub52.pdf> [diakses pada 17 Februari 2014]

Smith, Kaleigh., 2002. Genetic Polymorphism and SNPs : Genotyping, Haplotype Assembly
Problem, Haplotype Map, Functional Genomics and Proteomics [pdf]. Terdapat pada:
<http://www.cs.mcgill.ca/~kaleigh/compbio/snp/snp_summary.pdf> [diakses pada 17 Februari
2014]

Sudjadi, 2004. PERKEMBANGAN OBAT PRODUK BIOTEKNOLOGI: Peran Teknologi DNA

Rekombinan dalam Pengembangan Biopharmaceuticals [pdf] Universitas Gajah Mada. Terdapat
pada: <http://lib.ugm.ac.id/digitasi/upload/949_pp0911112.pdf> [diakses pada 17 Februari 2014]

Zhang, Lin., et. Al, 2011. Exogenous plant MIR168a specifically targets mammalian LDLRAP1:
evidence of cross-kingdom regulation by microRNA. Cell Research, [online] Terdapat pada:
<http://www.nature.com/cr/journal/v22/n1/full/cr2011158a.html> [diakses pada 19 Februari 2014]