Asam Nukleat

Struktur Asam Nukleat

Farisa Nurizky - 1406607962
Kelompok 4

STRUKTUR ASAM NUKLEAT

ABSTRAK
Materi genetik yang terdapat pada seluruh makhluk hidup adalah asam
nukleat. Asam nukleat mempunya struktur primer, sekunder, dan tersier.
Struktur primer asam nukleat merupakan makromolekul yang tersusun
dari monomer nukleotida. Monomer nukleotida dapat dibagi menjadi 3
komponen utama. Berdasarkan jumlah rantai dan jenis gula pentosanya,
asam nukleat dibagi menjadi dua, yaitu DNA dan RNA, yang merupakan
struktur sekunder asam nukleat. Struktur tersier
DNA dapat dibagi
menjadi tiga berdasarkan bentuknya. Struktur tersier RNA sangat
bervariasi. Terdapat beberapa faktor lingkungan serta kondisi yang dapat
mempengaruhi struktur asam nukleat serta merubah bentuk DNA dan
RNA.
Kata Kunci
asam nukleat, nukleotida, ikatan fosfodiester, pasangan basa WatsonCrick, aturan Chargaff, ikatan hidrogen, heliks, DNA, RNA
1. RANTAI NUKLEOTIDA
Asam nukleat adalah polimer nukleotida. Asam
berbentuk rantai linier yang merupakan
gabungan monomer nukleotida sebagai unit
pembangunnya.

nukleat

Tiap nukleotida terdiri atas nukleosida dan asam

fosfat. Nukleosida terdiri atas gula pentose (ribose
atau deoksiribosa) dan basa nitrogen heterosiklik,
yaitu turunan purina (adenine dan guanine) dan
turunan pirimidina (sitosin, urasil, dan timin).
(Sumardjo,2006)
Panjang dari satu rantai nukleotida berulang (fosfat, gula,
basa) adalah sekitar 3,4 Angstrom.
1.1 Gula Pentosa
Gambar 1. Molekul
Gula pentosa adalah gula monosakarida
sederhana asam nukleat
dengan lima atom karbon yang berbentuk
(Sumber: http://www.chem-iscincin segilima. Empat atom C (C1-C4)
try.org/materi_kimia/kimiakesehatan/biomolekul/asamserta satu atom O membentuk cincin
nukleat/)
segilima, sementara satu atom C (C5)
berada di luar formasi cincin seperti terlihat pada Gambar 2. Gula
pentosa berikatan dengan basa nitrogen pada atom karbon nomor 1
(C1) dan dengan gugus fosfat pada atom karbon nomor 5 (C5).

Terdapat dua jenis gula pentosa yang dapat membentuk monomer

nukleotida asam nukleat, yaitu ribosa (pada RNA) dan 2-deoxyribosa
(pada DNA). Pada ribosa, atom karbon C2 berikatan dengan gugus
hidroksil (OH), sementara pada 2-deoxyribosa atom C2 berikatan
dengan H.

Gambar 2. Perbandingan deoksiribosa (2-deoksiribosa) dengan ribosa (Sumber:

http://www.mun.ca/biology/scarr/iGen3_02-07.html)

1.2 Gugus Fosfat

Gugus fosfat terikat pada atom karbon nomor 5 (C5) yang berada di
luar formasi cincin segilima melalui ikatan fosfoester. Gugus fosfat
dapat berbentuk monofosfat, difosfat, serta trifosfat. Baik DNA maupun
RNA tersusun dari nukleosida trifosfat. Pada pH netral adanya gugus
fosfat akan menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif. Inilah
penyebab pemberian nama asam kepada molekul polinukleotida
meskipun di dalamnya juga terdapat banyak basa nitrogen.
Untuk membentuk polimer nukleotida atau asam nukleat maka terjadi
ikatan fosfodiester yaitu ikatan gugus fosfat
dengan gugus gula
pentosa dari satu nukleotida dengan nukleotida lain yaitu pada atom
karbon nomer 5 dan 3.
1.2.1 Ikatan Fosfodiester
Ikatan fosfodiester merupakan ikatan
kovalen melalui gugus fosfat yang
menghubungkan antara gugus hidroksil
(OH) pada posisi C5 gula pentosa dan
gugus hidroksil pada posisi C3 gula
pentosa nukleotida berikutnya. Ikatan
ini dinamakan ikatan fosfodiester
karena secara kimia gugus fosfat
berada dalam bentuk diester.

Oleh karena ikatan fosfodiester menghubungkan gula pada suatu

nukleotida dengan gula pada nukleotida berikutnya, maka ikatan ini
sekaligus menghubungkan kedua nukleotida yang berurutan tersebut.
Dengan demikian, akan terbentuk
Gambar 3. Ikatan fosfodiester
suatu rantai polinukleotida yang
(Sumber: http://www.chem-ismasing-masing nukleotidanya satu
try.org/materi_kimia/kimiakesehatan/biomolekul/asam-nukleat/)
sama lain dihubungkan oleh ikatan
fosfodiester.
Kecuali yang berbentuk sirkuler, seperti halnya pada kromosom dan
plasmid bakteri, rantai polinukleotida memiliki dua ujung. Salah satu
ujungnya berupa gugus fosfat yang terikat pada posisi 5 gula guanine.
Oleh karena itu, ujung ini dinamakan ujung P atau ujung 5. Ujung yang
lainnya berupa gugus hidroksil yang terikat pada posisi 3 gula uanine
sehingga ujung ini dinamakan
ujung OH atau ujung 3. Adanya
ujung-ujung tersebut menjadikan
rantai
polinukleotida
linier
mempunyai arah tertentu.
1.3 Basa Nitrogen
Basa nitrogen adalah salah satu
komponen nukleotida. Terdapat dua
macam basa nitrogen berdasarkan
banyak cincinnya, yaitu purin (dua
cincin) dan pirimidin (satu cincin).
Basa purin dibagi lagi menjadi dua
berdasarkan perbedaan struktur,
yaitu
adenin
dan
guanin.
Perbedaan
struktur
ini
akan
berpengaruh pada kekuatan ikatan
hidrogen pasangan basa. Basa
Gambar 4. Basa purin dan pirimidin
pirimidin dibagi menjadi tiga,
(Sumber:
yaitu timin, urasil dan sitosin.
http://www.bio.miami.edu/tom/courses/bil255/b
il255goods/09_dna.html)

. Posisi C1 pada gula pentosa

akan berikatan dengan posisi 9 (N-9) pada basa purin atau posisi 1 (N-1)
pada basa pirimidin melalui ikatan glikosidik atau glikosilik. Kompleks
gula-basa ini dinamakan nukleosida.

Jika gula pentosanya adalah

ribosa seperti halnya pada RNA,
maka nukleosidanya dapat berupa
adenosin, guanosin, sitidin, dan
uridin. Begitu pula, nukleotidanya
akan ada empat macam, yaitu
adenosin monofosfat, guanosin
monofosfat, sitidin monofosfat,
dan uridin monofosfat. Sementara
itu, jika gula pentosanya adalah
deoksiribosa seperti halnya pada
DNA,
maka
(2deoksiribo)nukleosidanya
terdiri
atas
deoksiadenosin,
deoksiguanosin, deoksisitidin, dan
deoksitimidin.
Aturan Chargaff mengatakan
banyaknya
basa
purin
dan
pirimidin dalam DNA selalu 1:1
sebab mereka saling berpasangan
seperti yang dapat dijelaskan
aturan pasangan basa WatsonCrick.

Gambar 5. Perbandingan ikatan hidrogen

antar basa berbentuk normal dengan basa
tautomer (Sumber:
http://www.nature.com/scitable/content/purineand-pyrimidine-bases-exist-in-different-97271)

1.3.1 Ikatan Hidrogen

Basa purin dapat berpasangan dengan basa pirimidin dikarenakan
oleh suatu ikatan hidrogen. Pada DNA, pasangan basa ini
menghubungkan antara rantai polimer nukleotida yang satu dengan
yang lain. Ikatan hidrogen adalah suatu bentuk interaksi lemah
antara suatu atom elektro negatif (atom akseptor) dengan atom
hidrogen yang terikat secara kovalen pada atom yang lain (atom
donor).
Basa purin dan pirimidin berpasangan mengikuti aturan pasangan
basa Watson-Crick. Basa purin adenin akan selalu berpasangan
dengan basa pirimidin timin (atau urasil), sementara basa pirimidin
sitosin akan selalu berpasangan dengan basa purin guanin. Hal ini
disebabkan oleh struktur masing-masing basa itu sendiri, dimana
adenin dan timin (atau urasil) hanya dapat mempunyai dua ikatan
hidrogen sedangkan sitosin dan guanin dapat membentuk tiga ikatan
hidrogen. Ikatan hidrogen terbentuk karena grup eksosiklik amino di
C6 pada adenin berikatan dengan karbonil di C4 pada timin. Ikatan
hidrogen terbentuk antara grup eksosiklik NH2 di C2 pada guanin dan
karbonil di C2 pada sitosin. Ikatan hidrogen juga tebentuk di N1 pada
guanin dan N3 pada sitosin, serta karbonil C6 pada guanin dan
eksosiklik NH2 sitosin.

1.3.2 Tautomer
Basa purin dan pirimidin juga terdapat dalam bentuk lain yang
disebut sebagai tautomer. Tautomer adalah dua molekul dengan
formula yang sama namun mempunyai kesinambungan yang
berbeda. Perubahan menjadi tautomer terjadi apabila sebuah proton
berubah posisi. Tautomerisasi menyebabkan basa berpasangan
dengan pasangan yang salah, seperti pada Gambar 5.

2. TINGKAT STRUKTUR ASAM NUKLEAT

Struktur asam nukleat DNA dan RNA mirip. Struktur ini dibagi menjadi empat
tingkatan yang berbeda, primer, sekunder, tersier dan kuaterner.
2.1 Struktur Primer
Struktur utama asam nukleat adalah urutan linear nukleotida, yang
dihubungkan satu sama lain dengan sambungan fosfodiester. Nukleotida
terdiri dari tiga komponen - dasar nitrogen, gula 5-karbon dan gugus
fosfat. Basa nitrogen yang purin (adenin, guanin) dan pirimidin {sitosin,
timin (hadir dalam DNA saja), urasil (hadir dalam RNA saja)}. Gula 5
karbon adalah deoksiribosa untuk DNA dan dan gula ribosa pada RNA.
Dasar purin, membentuk ikatan glikosidik antara mereka nitrogen dan 9 '9
- OH kelompok molekul gula. Dasar pirimidin, mereka membentuk ikatan
glikosidik antara 1 'nitrogen dan 9' OH dari deoksiribosa tersebut. Dalam
kedua purin dan pirimidin basis kelompok fosfat membentuk ikatan
dengan molekul gula antara satu kelompok oksigen bermuatan negatif
dan 5 'OH dari gula. Nukleotida membentuk hubungan fosfodiester antara
5' dan 3' atom karbon, ini membentuk asam nukleat. Urutan nukleotida
saling melengkapi satu sama lain. Contoh komplementer urutan AGCT
adalah TCGA.
2.2 Struktur Sekunder
Struktur sekunder adalah interaksi antara dasar. Struktur ini
menunjukkan bagian mana helai terikat satu sama lain. Dua untai DNA
dalam double helix DNA terikat satu sama lain dengan batas hidrogen.
Nukleotida pada satu untai pasangan basa dengan nukleotida untai
lainnya. Struktur sekunder DNA didominasi pasangan dasar dua helai
polinukleotida membentuk heliks ganda.

2.3 Struktur Tersier

Struktur tersier adalah bentuk tiga dimensi di mana seluruh rantai

dilipat. Tersier pengaturan struktur berbeda dalam empat bentuk
struktural:

Kiri atau kanan wenangan.

Panjang pergantian heliks.
Jumlah pasangan basa per giliran.
Perbedaan ukuran antara utama dan alur kecil.

2.4 Struktur Kuarterner

Struktur Kuarter adalah tingkat yang lebih tinggi dari organisasi
asam nukleat. Struktur ini mengacu pada interaksi asam nukleat dengan
molekul lain. Organisasi paling sering terlihat adalah bentuk kromatin
yang menunjukkan interaksi dengan protein histon kecil.

3. STRUKTUR DNA
DNA (deoxyribonucleic acid) dibentuk oleh dua rantai heliks berbeda
arah 180 derajat (antiparalel) yang terpilin menjadi satu. DNA berbentuk
seperti tangga yang diputar, dengan pasangan basa nitrogen purin
(adenin dan guanin) dan pirimidin (sitosin dan timin) sebagai anak tangga
sedangkan gula 2-deoksiribosa dan gugus fosfat sebagai rangka tangga.
Satu putaran heliks DNA pada umumnya kurang lebih 3,4 nm. Satu
putaran heliks dibentuk oleh kurang lebih 10 nukleotida atau sama
dengan 10 pasangan basa. Diameter
pilinan heliks sekitar 2nm. Spesifikasi
(pembeda) suatu DNA dari yang lain
adalah urutan basa nukleotidanya.
Arah pembacaan basa nukleotida dari
ujung-5 menuju ujung-3.
DNA berbentuk heliks (spiral 3
Gambar 6. Struktur DNA (Sumber:
dimensi)
karena
berbagai
https://wikispaces.psu.edu/pages/viewpage.action
penyebab, namun pada intinya
?pageId=112527211&navigatingVersions=true)
disebabkan
oleh
gaya
antarmolekul. Rangka fosfat/ribosa
bersifat hidrofilik, oleh sebab itu ia
mengarah keluar ke arah pelarut,
sementara basa nitrogen yang relatif
lebih hidrofobik mengubur diri
mereka ke arah dalam. Juga, geometri
tautan
deoksiribosa-fosfat
menyebabkan panjang yang pas
untuk basa berpasangan.

Ikatan hidrogen yang tidak sama kuat antara pasangan basa adenintimin (2 ikatan hidrogen) dan guanin-sitosin (3 ikatan hidrogen)
menyebabkan lekukan heliks DNA tidak sama panjang. Lekukan yang lebih
besar (major groove) berjarak 2,2 nm sementara lekukan yang lebih kecil
(minor groove) mempunyai lebar 1,2 nm. Karena lebih lebar, protein yang
berperan dalam transkipsi seringkali menempel pada basa yang terekspos
major groove.
Terdapat aturan yang menentukan arah berpilinnya DNA, yaitu kaidah
tangan kanan dan kaidah tangan kiri. Heliks dibaca dari ujung 5 ke ujung
3, atau dari bawah ke atas, dengan putaran yang searah dengan arah jari
yang menggenggam dan jempol yang menunjukkan arah pada sumbu
vertikal.
3.1 Variasi karakteristik heliks
Arah berpilinnya heliks, diameter, jumlah pasangan basa dalam satu
pilinan, serta topologi lekukan mayor dan minor dapat menentukan tipe
heliks tersebut, apakah termasuk tipe A, tipe B, atau tipe Z.

Gambar 7. Tipe DNA berdasarkan struktur (Sumber:

https://www.mun.ca/biology/scarr/iGen3_02-14.html)

Tabel
Perbandingan heliks DNA-A, DNA-B, dan
Karakteristik
DNA-A
DNA-B
Kaidah putar
Tangan kanan
Tangan kanan
Pasangan basa
11
10,4
tiap pilinan
Diameter
2,55
2,37
heliks (nm)
Kenaikan tiap
pasangan basa 0,23
0,34
(nm)

1.
DNA-Z
DNA-Z
Tangan kiri
12
1,84
0,38

Lekukan
mayor
Lekukan minor

Sempit, dalam

Lebar, dalam

Tidak dalam,
sempit
Dari berbagai sumber

Dangkal, lebar

Rata
Dalam, sempit

3.2 DNA Eukariot VS DNA Prokariot

Semua DNA genomik prokariotik dan kebanyakan virus adalah
molekul sirkuler, sementara hampir semua DNA eukariotik berbentuk
linear. Molekul DNA sirkuler juga terdapat dalam mitokondria, yang
terdapat dalam hampir semua sel eukariotik. DNA sirkuler juga terdapat
dalam kloroplas, yang terdapat pada tanaman dan sebagian makhluk
eukariotik uniseluler.
Masing-masing untai pada molekul DNA sirkuler membentuk struktur
tertutup tanpa ujung bebas. Pada saat replikasi DNA, untai tertutup ini
akan memutus salah satu ikatan phosphodiesternya sehingga untai
menjadi berujung bebas dan kedua untaian pun dapat memisahkan diri
tanpa saling tersangkut.
3.2.1 DNA Supercoiling
Keadaan berpilin (supercoiling state) pada molekul DNA merupakan
bagian sangat penting dalam proses pengemasan DNA, terutama pada
prokariotik. Pada eukariotik, DNA melilit pada suatu protein yang
dinamakan histon, sehingga dapat menghemat tempat dan
memudahkan mobilisasi dna. Sementara, DNA prokatiotik pada
umumnya tidak mempunyai histon, sehingga harus ada cara lain untuk
membuat DNA menjadi compact. Keadaan berpilin adalah suatu
keadaan dimana molekul DNA, yang pada dasarnya sudah membentuk
struktur heliks, mengalami proses 'pemutaran' (twist) lebih lanjut.
Keadaan semacam ini membuat DNA yang berpilin akan mengalami
torsi. Keadaan berpilin dapat berupa pilinan negatif (negative
supercoiling) atau pilinan positif (positive supercoiling). Pilinan negatif
terjadi jika DNA diputar ke arah berkebalikan dari arah pemutaran
heliksnya yang berupa heliks ganda putar-kanan (right-handed double
helix). DNA dengan keadaan pilinan negatif semacam inilah yang pada
umumnya banyak diketemukan di alam. Pada jasad eukariotik,
pembentukan nukleosom menyebabkan terbentuknya pilinan negatif.
Pada kelompok bakteri dan archaea, terdapat enzim yang disebut DNA
girase, yang juga dikenal sebagai DNA toposiomerase II, yang dapat
menyebabkan terbentuknya konformasi pilinan negatif.
4. STRUKTUR RNA
RNA hanya terdiri dari satu untai tunggal polimer nukleotida, akan
tetapi dapat melipat lipat dirinya dalam suatu aturan tertentu. RNA
merupakan polimer dari monomer nukleotida yang terdiri gula ribosa dan
gugus fosfat, dengan basa nitrogen purin (adenin dan guanin) dan
pirimidin (sitosin dan urasil). RNA mempunyai bentuk-bentuk yang
bervariasi sesuai dengan fungsinya.

4.1 mRNA
MRNA, yang merupakan
contoh cetakan sintesis
protein,
mempunyai
urutan basa yang sama
(dibaca dari ujung 5 ke
ujung 3) dengan untai
DNA yang mempunyai
urutan gen. MRNA dapat
bervariasi
dari
~300
nukleotida hingga ~7000
nukleotida,
bergantung
pada ukuran dan jumlah
dari protein yang sedang
dicoding.
4.2 tRNA
Molekul tRNA berikatan
secara kovalen dengan
asam amino di salah satu ujungnya, dan di ujung lainnya terdapat
triplet sequence (anti-codon) yang komplementer terhadap triplet
codon yang terdapat di mRNA. Semua molekul tRNA mempunyai
sekitar
70-90
nukleotida.
Gambar 8. Struktur RNA (Sumber:
http://www.uic.edu/classes/phys/phys461/phys450/ANJU
M04/)

Struktur
tRNA sekunder
berbentuk
menyerupai
daun
semanggi, hal
ini
menunjukan
bahwa
tRNA
terdiri
atas
dua
struktur
RNA
yaitu
tangkai
dan
lingkaran. Struktur tersier tRNA mirip dengan huruf L.
Gambar 9. Struktur tRNA (Sumber:
http://www.uic.edu/classes/phys/phys461/phys450/ANJUM04/)

Gambar 10. Struktur-struktur sekunder dan tersier RNA (Sumber:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21514/)

4.3 rRNA
Ribosom adalah mesin yang cukup besar (kurang lebih berdiameter
20 nm) dan tersusun dari dua subunit: subunit besar (kurang lebih 50S)
dan sebuah subunit kecil (kurang lebih 30S). Subunit yang besar
tersusun dari dua RNA ribosom (5S dan 23S) dan beberapa (kurang
lebih 34 protein) dimana subunit yang kecil mempunyai satu RNA
ribosom (16S) dan kurang lebih 21 protein. Panjang rRNA 23S kurang
lebih 3000 nukleotida, dan panjang 16S rRNA kurang lebih 1500
nukleotida.
Struktur dari RNA ribosom dapat menjadi sangat rumit karena ada
banyak cara bentuk hairpins dan loops dapat tersusun. Memprediksikan
struktur-struktur ini memerlukan kombinasi metode komputational dan
berbagai teknik eksperimen.
4.4 RNA kecil

RNA kecil (Small RNA) adalah klasifikasi dari RNA yang meliputi smallinterferring RNA (siRNA), mikro RNA (miRNA), dan piwi-interacting RNA
(piRNA). RNA kecil memegang peran penting dalam proses-proses
biologis. SiRNA adalah molekul RNA yang mempunyai panjang 20-25
nukleotida. SiRNA adalah untaian ganda RNA yang dirancang untuk
menargetkan silencing transkripsi. MiRNA adalah molekul RNA untai
tunggal yang dapat ditemukan di sel eukariot. Pada umumnya panjang
mereka adalah 20-25 nukleotida dan juga terlibat dalam repressi
translasi dan silencing gen.

5. FAKTOR-FAKTOR YANG MEMPENGARUHI STRUKTUR ASAM

NUKLEAT
Gambar 11. rRNA prokariot dan rRNA eukariot (Sumber:
http://www.mun.ca/biology/scarr/MGA2_03-23.html)

Struktur asam nukleat

bergantung pada kondisi lingkungan sekitarnya. Keberadaan zat tertentu
ataupun suhu dan pH yang ekstrim dapat membuat asam nukleat
mengalami deformasi dan atau denaturasi.
Interaksi penempatan pasangan basa
Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun struktur
sekunder RNA, sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi
stabil akibat adanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang
berpasangan.
Padahal,
sebenarnya
tidaklah
demikian. Ikatan hidrogen
di
antara
pasanganpasangan basa hanya akan
sama
kuatnya
dengan
ikatan hidrogen antara
basa dan molekul air
apabila DNA berada dalam
bentuk rantai tunggal. Jadi,
ikatan hidrogen jelas tidak
berpengaruh
terhadap
stabilitas struktur asam
nukleat, tetapi sekedar
menentukan
spesifitas
perpasangan basa.
Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi
penempatan (stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa.
Permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkan molekul-molekul
air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa sehingga perpasangan
tersebut menjadi kuat.

Asam
Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO4 dengan suhu lebih
dari 100C, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi
komponen-komponennya. Namun, di dalam asam mineral yang lebih
encer, hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus
sehingga asam nukleat dikatakan bersifat apurinik.
Alkali
Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya
perubahan status tautomerik basa. Sebagai contoh, peningkatan pH akan
menyebabkan perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk
enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah proton. Selanjutnya,
perubahan ini akan menyebabkan terputusnya sejumlah ikatan hidrogen
sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA mengalami denaturasi. Hal
yang sama terjadi pula pada RNA. Bahkan pada pH netral sekalipun, RNA
jauh lebih rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan dengan DNA karena
adanya gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya.
Bahan kimia
Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam
nukleat pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea
(CO(NH2)2) dan formamid (COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif tinggi,
senyawa-senyawa tersebut dapat merusak ikatan hidrogen. Artinya,
stabilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi berkurang dan rantai
ganda mengalami denaturasi.
Viskositas
DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi
karena diameternya hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat
mencapai beberapa sentimeter. Dengan demikian, DNA tersebut
berbentuk tipis memanjang. Selain itu, DNA merupakan molekul yang
relatif kaku sehingga larutan DNA akan mempunyai viskositas yang tinggi.
Karena sifatnya itulah molekul DNA menjadi sangat rentan terhadap
fragmentasi fisik. Hal ini menimbulkan masalah tersendiri ketika kita
hendak melakukan isolasi DNA yang utuh.
Panas
Panas dapat menyebabkan denaturasi asam nukleat. Proses denaturasi ini
dapat diikuti melalui pengamatan nilai absorbansi yang meningkat karena
molekul rantai ganda (pada dsDNA dan sebagian daerah pada RNA) akan
berubah menjadi molekul rantai tunggal.
Denaturasi termal pada DNA dan RNA ternyata sangat berbeda. Pada RNA
denaturasi berlangsung perlahan dan bersifat acak karena bagian rantai
ganda yang pendek akan terdenaturasi lebih dahulu daripada bagian
rantai ganda yang panjang. Tidaklah demikian halnya pada DNA.
Denaturasi terjadi sangat cepat dan bersifat koperatif karena denaturasi
pada kedua ujung molekul dan pada daerah kaya AT akan
mendestabilisasi daerah-daerah di sekitarnya.

Suhu ketika molekul asam nukleat mulai mengalami denaturasi

dinamakan titik leleh atau melting temperature (Tm). Nilai Tm merupakan
fungsi kandungan GC sampel DNA, dan berkisar dari 80 C hingga 100C
untuk molekul-molekul DNA yang panjang.
DNA yang mengalami denaturasi termal dapat dipulihkan (direnaturasi)
dengan cara didinginkan. Laju pendinginan berpengaruh terhadap hasil
renaturasi yang diperoleh. Pendinginan yang berlangsung cepat hanya
memungkinkan renaturasi pada beberapa bagian/daerah tertentu.
Sebaliknya,
pendinginan
yang
dilakukan
perlahan-lahan
dapat
mengembalikan seluruh molekul DNA ke bentuk rantai ganda seperti
semula. Renaturasi yang terjadi antara daerah komplementer dari dua
rantai asam nukleat yang berbeda dinamakan hibridisasi.
Interkalator
Geometri suatu molekul yang mengalami superkoiling dapat berubah
akibat beberapa faktor yang mempengaruhi pilinan internalnya. Sebagai
contoh, peningkatan suhu dapat menurunkan jumlah pilinan, atau
sebaliknya, peningkatan kekuatan ionik dapat menambah jumlah pilinan.
Salah satu faktor yang penting adalah keberadaan interkalator seperti
etidium bromid (EtBr). Molekul ini merupakan senyawa aromatik polisiklik
bermuatan positif yang menyisip di antara pasangan-pasangan basa.
Dengan adanya EtBr molekul DNA dapat divisualisasikan menggunakan
paparan sinar UV. (Susanto, 2012)
6. KESIMPULAN
Asam nukleat adalah polimer dari monomer nukleotida. Nukleotida
terdiri dari gula pentosa, gugus fosfat, dan basa nitrogen. Ikatan
fosfodiester gugus fosfat menyatukan monomer nukleotida menjadi
polimer. Rantai polimer nukleotida ganda disebut DNA. Rantai polimer
tunggal disebut RNA. Nukleotida dna terdiri dari deoksiribosa, gugus
fosfat, basa purin adenin dan guanin, serta basa pirimidin timin dan
sitosin. Antara rantai satu dengan yang lain dihubungkan dengan ikatan
hydrogen antara pasangan basa. Berdasarkan bentuknya, dna dibagi
menjadi tiga yaitu DNA-A, DNA-B, dan DNA-Z. Nukleotida RNA terdiri dari
ribosa, gugus fosfat, basa purin adenin dan guanin, serta basa pirimidin
urasil dan sitosin. Terdapat 3 jenis RNA yang utama dengan bentuk yang
berbeda-beda, yaitu tRNA, mRNA, dan rRNA. Selain itu masih ada jenisjenis RNA yang lain. Struktur asam nukleat dipengaruhi oleh kondisi
lingkungan. Panas, pH, atau asam contohnya, dapat menyebabkan
denaturasi dan deformasi asam nukleat. DNA dan RNA dapat berubah
bentuk saat dibutuhkan seperti pada saat replikasi.

REFERENSI
Cruzan, Jeff, 2012. DNA & RNA: The foundation of life on Earth. [online]
http://www.drcruzan.com/NucleicAcids.html [diakses pada 12 April
2016].

Cyr, Richard, 2009. Properties of Macromolecules II-Nucleic Acids,

Polysaccharides
and
Lipids.
[online]
(10
Agustus
2009)
https://wikispaces.psu.edu/pag es/viewpage.action?pageId=1125272
11&navigatingVersions=true [diakses pada 12 April 2016].
Department of Biology, University of Miami, 2013. Chargaff's Rule of Base
Pairing.
[online]
(01
Agustus
2013)
http://www.bio.miami.edu/~cmallery/150/gene/chargaff.htm
[diakses
pada 12 April 2016].
Lodish H, Berk A, Zipursky SL, et al., 2008. Molecular Cell Biology. New
York: W. H. Freeman.
Mustofa, Kharis. 2012. Komponen Asam Nukleat.
http://kharism.blog.unsoed.ac.id/ [di akses 12 April 2016].
National Science Foundation, 2001. DNA Structure. [online] (05 Oktober
2001)
http://www.uic.edu/classes/phys/phys461/phys450/ANJUM04/
[diakses pada12 April 2016].
Nature Education, 2013. Purine and pyrimidine bases exist in different
forms
called
tautomers.
[online]
http://www.nature.com/scitable/content/purine-and-pyrimidine-basesexist-in-different-97271 [diakses pada 12 April 2016].
Yuwono, Triwibowo, 2007. Biologi Molekuler. Jakarta: Erlangga.