MAKALAH

MIKROBIOLOGI DASAR

Oleh:
Kelompok 10
Nama-nama Anggota Kelompok:

Ferbronia Faleri Jehanut 1901040013

Hery Oktavianus Bili 1901040086
Fridolin Dismas Iven Klau 1901040085
Firlo Lenviero Aleixo Pereira 1901040044

UNIVERSITAS NUSA CENDANA

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
JURUSAN PENDIDIKAN BIOLOGI
KUPANG 2021
 KATA PENGANTAR
Dengan Rahmat Tuhan yang Maha Esa,yang lagi maha penyayang Kami
panjatkan Puji dan Syukur atas Kehadirat-nya,yang telah melimpahkan Rahmat
dan berkat-nya kepada kami,sehingga dalam kesempatan yang berbahagia ini
penyusun masih diberikan kesempatan untuk menyelesaikan tugas makalah
tentang "Genetika Mikroorganisme.Dalam menyelesaikan tugas makalah ini,
penyusun menggunakan buku panduan dan internet. Didalam makalah ini berisi
materi-materi tentang genetika mikroorganisme dan fisiologinya.Penyusun
makalah bermaksud untuk memperdalam pemahaman sebagai seorang mahasiswa
dan melatih kemandirian agar tidak hanya menerima dari dosen, tetapi harus
mengembangkan sendiri dengan cara mencari informasi yang bersangkutan. Akhir
kata semoga makalah ini dapat bermanfaat bagi yang membacanya.

Kupang,25 Agustus 2021

Penyusun
 BAB I
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Genetika merupakan suatu cabang ilmu yang dinamis dan berkembang
dengan cepat. Penelaahnya dilakukan oleh beribu-ribu ilmuwan diseluruh
dunia. Rekayasa genetika adalah suatu segi baru studi genetika yang
menjanjikan pada masyarakat baik perkembangan yang menguntungkan
maupun kemungkinan timbulnya akibat-akibat yang membawa bencana. Kita
harus merenungkan bagaimana cara untuk menaklukan semua penyakit
menurun dan kemungkinan terubahnya suatu mikroba yang umum dan tidak
berbahaya menjadi bentuk patogenik.
Pada masa kini genetika telah mampu menjelaskan cara DNA
mengendalikan sifat dan mempertahankan proses yang penting di dalam sel
hidup. Langkah pertama dalam pengekspresian sifat yang dikandung DNA
ialah dengan mencetak molekul RNA berdasarkan urutan nukleotida pada
DNA.Molekul RNA merupakan polimer rantai tunggal yang terdiri dari
empat macam nukleotida yaitu adenin (A), urasil (U), sitosin (C) dan guanin
(G)(Ristiati, 2000).
Genetika mikrobia telah mengungkapkan bahwa gen terdiri dari DNA,
suatu pengamatan yang melekat dasar bagi biologi molekuler. ‘Genetika
bakteri mendasari perkembangan rekayasa genetika, suatu teknologi yang
bertanggung jawab terhadap perkembangan di bidang kedokteran.
Berdasarkan paparan data tersebut, penulis akan menyajikan informasi
tentang genetika bakteri pada makalah ini.
B. Rumusan Masalah
1. Apa pengertian dari genetika mikroba?
2. Bagaimana sifat bahan genetis pada mikroba?
3. Apa saja komponen genetik yang dimiliki oleh bakteri?
4. Bagaimana mekanisme perpindahan materi genetik pada bakteri?
C. Tujuan
1. Untuk mengetahui pengertian dari genetika mikroba.
2. Untuk mengetahui sifat bahan genetis pada mikroba.
3. Untuk mengetahui komponen genetik yang dimiliki bakteri
4. Untuk mengetahui proses perpindahan materi genetik pada bakteri.
 BAB II
PEMBAHASAN
A.Pengertian Genetika Mikroba
Penelaahan tentang genetika pertama kali dilakukan oleh seorang ahli botani
bangsa Austria, Gregor Mendel pada tanaman kacang polongnya. Pada tahun
1860-an ia menyilangkan galur-galur kacang polong dan mempelajari akibat-
akibatnya. Hasilnya antara lain terjadi perubahan-perubahan pada warna,
bentuk, ukuran, dan sifat-sifat lain dari kacang polong tersebut. Penelitian
inilah ia mengembangkan hukum-hukum dasar kebakaan. Hukum kebakaan
berlaku umum bagi semua bentuk kehidupan. Hukum-hukum mendel berlaku
pada manusia dan juga organisme. Percobaan terdahulu yang sangat populer
dalam genetika, yakni lalat buah Drosophila. Namun sekarang, percobaan
-percobaan ilmu kebakaan dengan menggunakan bakteri Escherichia coli.
Bakteri ini di pilih karena paling mudah di pelajari pada taraf molekuler
sehingga merupakan organisme pilihan bagi banyak ahli genetika. Hal ini
membantu perkembangan bidang genetika mikroba. Jasad renik yang di
pelajari dalam bidang genetika mikroba meliputi bakteri, khamir, kapang, dan
virus (Waluyo, 2005).
Genetika mikrobia tradisional terutama berdasarkan pada pengamatan atau
observasi perkembangan secara luas. Variasi fenotif telah diamati
berdasarkan kemampuan gen untuk tumbuh dibawah kondisi terseleksi,
misalnya bakteri yang mengandung satu gen yang resisten terhadap ampisilin
dapat dibedakan dari bakteri kekurangan gen selama pertumbuhannya dalam
lingkungan yang mengandung antibiotik sebagai suatu bahan penyeleksi.
Catatan, bahwa seleksi gen memerlukan ekspresinya dibawah kondisi yang
tepat, dapat diamati pada tingkat fenotif.
Genetika mikrobia telah mengungkapkan bahwa gen terdiri dari DNA, suatu
pengamatan yang melekat dasar bagi biologi molekuler. Penemuan
selanjutnya dari bakteri telah mengungkapkan adanya restriction enzymes
(enzim restriksi) yang memotong DNA pada tempat spesifik, menghasilkan
fragmen potongan DNA. Plasmida diidentifikasikan sebagai elemen genetika
kecil yang mampu melakukan replikasi diri pada bakteri dan ragi. Pengenalan
dari sebuah fragmen potongan DNA kedalam suatu plasmid memungkinkan
fragmen di perbanyak (teramplifikasi). Amplifikasi regio DNA spesifik dapat
di capai oleh enzim bakteri menggunakan polymerase chain reaction (PCR)
atau metode amplifikasi nukleotida berdasar enzim yang lain (misalnya
amplifikasi berdasar transkripsi). DNA yang di masukkan kedalam plasmid
dapat di kontrol oleh promoter ekspresi pada bakteri yang mengamati protein,
di ekspresi pada tingkat tinggi. Genetika bakteri mendasari perkembangan
 rekayasa genetika, suatu teknologi yang bertanggung jawab terhadap
perkembangan di bidang kedokteran.(Jewetz, 2001).
Ada dua fenomena biologi pada konsep hereditas yaitu:
1.Hereditas yang bersifat stabil di mana generasi berikut yang terbentuk dari
pembelahan satu sel mempunyai sifat yang identik dengan induknya.
2.Variasi genetik yang mengakibatkan adanya perbedaan sifat generasi
berikut dari sel induknya akibat peristiwa genetik tertentu, misalnya
mutasi.Pada bakteri, unit herediternya disebut genom bakteri. Genom bakteri
lazimnya disebut sebagai gen saja. Gen bakteri biasanya terdapat dalam
molekul DNA (asam deoksirinukleat) tunggal, meskipun dikenal pula adanya
materi genetik di luar kromosom (ekstrakromosomal), yang di sebut plasmid,
yang tersebar luas dalam populasi bakteri. Meskipun bakteri bersifat haploid,
transimisi gen dari satu generasi ke generasi berikutnya berlangsung secara
linier, sehingga pada setiap siklus pembelahan sel, sel anaknya menerima satu
set gen yang identik dengan sel induknya.

B.Sifat Bahan Genetis pada Mikroba

Material genetik bakteri terdiri atas kromosom dan plasmid. Keduanya terdiri atas
DNA. Dua fungsi utama materi genetik adalah replikasi dan ekspresi. Material
genetik harus bereplikasi secara akurat sehingga dihasilkan 2 replikan (anakan)
yang identik dengan induknya. Materi genetik juga terekspresi dalam bentuk
karakter terobservasi atau fenotip.
1.Kromosom
Kromosom bakteri mempunyai beratnya 2-3% dari berat kering satu sel, pada sel
haploid (prokariot) bersifat kromosom tunggal dan tidak berpasangan. Berbentuk
sirkuler, panjangnya ± 1mm, beratnya 2-3% dari berat kering satu sel, disusun
sekitar 4 juta kpb DNA, makromolekul yang sangat banyak ini dikemas agar tidak
berubah dalam bentuk superkoil (± 70-130 superkoil domain) (Syahrurachman,
1994). Kebanyakan gen prokariota terdapat pada kromosom, yang terletak dalam
suatu bagian pusat sitoplasma, yang dinamakan daerah nuklear atau nukleoid
untukn membedakannya dari membran-pengikat nukleus pada sel eukariotik.
Jumlah nukleoid dalam sel bakteri dapat lebih dari satu, tergantung kecepatan
pertumbuhan dan ukuran sel. Nukleoid berisi gen yang penting untuk
pertumbuhan bakteri.
2 . Plasmid
Plasmid adalah material genetik ektrakromosomal. Ukuran plasmid lebih kecil
daripada kromosom. Plasmid biasanya mengkode polipeptida yang tidak penting
bagi pertumbuhan secara langsung. Plasmid berbentuk sirkuler, tetapi terdapat
plasmid berbentuk linier seperti terlihat pada Borrelia dan Streptomyces. Plasmid
dibedakan menjadi 2, yaitu plasmid konjugatif dan non-konjugatif. Plasmid
konjugatif adalah plasmid yang mampu didonorkan ke resepien, sedangkan
plasmid non-konjugatif tidak dapat didonorkan. Plasmid non-konjugatif biasanya
berukuran kurang dari 7,5 kbp dan biasanya berjumlah banyak (10-20
perkromosom). Plasmid didistribusikan secara acak ke sel anakan.
Meskipun plasmid tidak berperan langsung dalam pertumbuhan, tetapi plasmid
memiliki fungsi penting secara medis. Fungsi penting plasmid secara medis, yaitu
kemampuan plasmid mengkode polipeptida resistensi antibiotik, toksin, struktur
permukaan sel untuk perlekatan dan kolonisasi. Plasmid yang berperan dalam
resistensi antibiotika disebur plasmid R atau faktor R.
C.Materi Genetik Bakteri
1. Kromosom DNA
Kebanyakangen prakariota terdapat pada kromosom, yang terletak dalam
satu bagian pusat sitoplasma, yang dinamakan daerah nuklear atau
nukleoid untuk membedakannya dari membran pengikat nukleus pada sel
eukariotik.Gen bakteri terdapat dalam molekul DNA tunggal (haploid).
Berbentuk sirkuler, panjangnya ±1mm, beratnya 2-3% dari berat kering
satu sel, disusun sekitar 4 juta kpd DNA, makromolekul yang sangat
banyak ini dikemas agar tidak berubah dalam bentuk superkoil (± 70-130
superkoil dominan). Jumlah nukleoid dalam sel bakteri dapat lebih dari
satu, tergantung kecepatan pertumbuhan dan ukuran sel. Nukleoid berisi
gen yang penting untuk pertumbuhan bakteri(Kusnadi dkk, 2003).

Gambar 1. Materi genetik pada bakteri

Informasi genetika disimpan sebagai suatu urutan basa pada DNA.

Kebanyakan molekul DNA adalah rantai ganda, dengan basa-basa
komplementer (A-T; G-C) berpasangan menggunakan ikatan hidrogen
pada pusat molekul. Sifat komplementer dari basa memungkinkan satu
rantai (rantai cetakan, template) menyediakan informasi untuk salinan
atau ekpresi informasi pada suatu rantai yang lain (rantai penyandi)
(Campbell, 2002).

Pasangan-pasangan basa tersusun dalam bagian pusat double helix DNA

dan menentukan informasi genetiknya. Setiap empat basa diikatkan pada
phosphor-2-deoxyribose membentuk suatu nukleotida. Setiap nukleotida
dibentuk dari tiga bagian yaitu (Campbell, 2002).

a. Sebuah senyawa cincin yang mengandung nitrogen, disebut basa

nitrogen. Dapat berupa purin atau pirimidin.

Gambar 2. Double Helix DNA

b. Sebuah gugusan gula yang memiliki lima karbon (gula pentosa),

disebut deoksiribosa.
c. Sebuah molekul fosfat.
Bagian-bagian tersebut terhubungkan bersama-sama dalam urutan basa
nitrogen-deoksiribosa-fosfat.Purin dan pirimidin yang membentuk
nukleotida, masing-masing memiliki dua macam basa yaitu purin berupa
adenine dan guanine, serta pirimidin berupa cytosine dan
thymine(Campbell, 2002).
Watson dan Crick, dengan sinar X menemukan bahwa struktur DNA
terdiri dari dua rantai poliribonukleotida yang dihubungkan satu sama
lain oleh ikatan hidrogen antara purin di satu rantai dengan pirimidin di
rantai lain, dalam keadaan antiparalel, dan disebut sebagai
struktur double helix. Ikatan hidrogen ini hanya dapat menghubungkan
Adenin (6 aminopurin) dengan Timin (2,4 dioksi 5 metil pirimidin) dan
antara Guanin (2 amino 6 oksipurin) dengan Sitosin (2 oksi 4 amino
pirimidin). Singkatnya pasangan basa pada suatu sekuens DNA adalah
A-T dan S-G. Karena adanya sistem berpasangan demikian, maka setiap
rantai DNA dapat dijadikan cetakan/template untuk membangun rantai
DNA yang komplementer. Waktu terjadinya proses replikasi DNA dalam
pembelahan sel, molekul DNA dari sel anaknya terdiri dari satu rantai
DNA yang komplememter tapi dibuat baru, dengan kata lain,
pemindahan materi genetik dari satu generasi ke generasi berikutnya
adalah dengan cara semikonservatif (Snustad, 2012).
Fungsi primer DNA pada hakikatnya adalah sebagai sumber perbekalan
informasi genetik yang dimiliki oleh sel induk. Proses replikasi di
kerjakan dengan amat lengkap sehingga sel anaknya mendapatkan pula
informasi genetik yang lengkap, sehingga terjadi kesetabilan genetik
dalam suatu  populasi mikroorganisme. Satu benang kromosom biasanya
terdiri dari lima juta pasangan basa dan terbagi atas segmen atau sekuens
asam amino tertentu yang akan membentuk stuktur protein. Protein ini
kemudian menjadi enzim-enzim, komponen membran sel dan struktur sel
yang lain yang  secara keseluruhan menentukan karakter dari sel
itu.Mekanisme yang menunjukan bahwa sekuen nukleotida di dalam gen
menentukan sekuens asam amino pada pembentukan protein adalah
sebagai berikut (Snustad, 2012).

a. Suatu enzim amino sel bakteri yang disebut enzim RNA polimerase
membentuk satu rantai oliribonukleotida (= messesnger RNA =
mRNA) dari rantai DNA yang ada. Proses ini diseut transkripsi. Jadi
pada transkripsi DNA, terbentuk satu rantai RNA yang
komplementer dengan salah satu rantai double helix dari DNA.
b. Secara enzimatik asam amino akan teraktifasi dan ditransfer kepada
transfer RNA (= tRNA yang mempunyai daptor basa yang
komplementer dengan basa mRNA di satu ujungnya dan mempunyai
asam amino spesifik di ujung lainnya tiga buah basa pada mRNA di
sebut triplet basa yang lazim disebut sebagai kodon untuk suatu
asam amino.
c. mRNA dan tRNA bersama-sama menuju kepermukaan ribosom
kuman, dan disinilah rantai polipeptida terbentuk sampai
seluruhkodon selesai dibaca menjadi menjadi suatu sekuen asam
amino yang membentuk protein tertentu. Proses ini disebut translasi.
Panjang molekul DNA pada umumnya tersusun dalam ribuan pasang
DNA ribuan pasang basa, atau kilobase pavis (kbp). Suatu kromosom
Eshericia coli memiliki 4639 kbp. Panjang keseluruhan kromosom E.coli
diperkirakan I nm. Oleh karena keseluruhan dimensi sel bakteri
diperkirakan 1000 kali lebih kecil dari pada panjangnya tersebut sehingga
terbentuk lipatan yang melipat lagi atau supercoiling, menyusun struktur
fisik dari molekul in vivo.
 Tabel 1. Persentase Basa Nitrogen pada Khamir, Mycobacterium tuberculosis, dan
Manusia
Presentase basa nitrogen
Jenis
Adenin Sitosin Guanin Timin
Khamir (yeast) 32 18 18 32
Mycrobacterium
16 34 34 16
tuberculosis
Manusia 131 19 19 131

Antara setiap pasangan Adenin-Timin terbentuk dua ikatan hidrogen

(A=T), sedangkan antara setiap pasangan Guanin-Sitosin terbentuk tiga
ikatan hidrogen (G≡C). Akibat dari pembentukan pasangan-pasangan
tersebut ialah bahwa kedua utasan heliks DNA bersifat anti-paralel, yang
berarti bahwa setiap utas menuju arah yang berlawanan sehingga yang
satu diakhiri dengan gugusan hidroksil-3’ bebas dan yang lain dengan
gugusan fosfat-5’

Molekul DNA dari bakteri yang membawa sebagian besar gen normalnya
sering disebut sebagai kromosomnya, dengan analogi kromosom
organisme yang lebih tinggi. Nama ini membedakan molekul dari DNA
plasmid, yang dalam beberapa kasus bisa hampir sama besar dengan
DNA kromosom tetapi biasanya membawa gen yang tidak selalu
diperlukan untuk pertumbuhan bakteri (Larry, 2007)

John Cairns mencapai visualisasi pertama yang jelas dari molekul DNA
bakteri, dia menggunakan autoradiografi (paparan emulsi film oleh
peluruhan atom radioaktif) untuk menunjukkan sirkularitas molekul
DNA E. coli yang utuh berlabel (Gambar 1.7). Molekul DNA memiliki
panjang yang sedikit lebih besar sekitar > 1mm dan terdiri dari sekitar
4700 kb yang ditutup secara kovalen (semua bergabung dengan ikatan
kimia kovalen). Panjang kontur 1000 kali lebih besar dari molekul DNA
bila dibandingkan dengan ukuran rata-rata sel E. coli menunjukkan
bahwa DNA harus sangat terlipat di dalam sitoplasma. David Pettijohn
dan rekan-rekan kerjanya kemudian menunjukkan bahwa adalah
mungkin untuk mengekstrak molekul DNA utuh dari sel-sel bakteri dan
mempertahankan setidaknya beberapa dari konfigurasi terlipat mereka.
Struktur ini telah ditetapkan nukleoida atau kromosom terlipat dan
menempati sekitar 20% volume E. coli. Suatu nukleoid yang khas dapat
dilihat pada Gambar 1.8. Sekitar 5% dari volume nukleoid adalah DNA.
Studi imunolabel dari bagian yang dilihat oleh mikroskop elektron telah
menunjukkan bahwa inti nukleoid pada dasarnya adalah DNA untai
ganda dengan DNA untai tunggal dan protein di pinggiran. Kepadatan
DNA dalam nukleoid sel bakteri sebanding dengan kromosom interfase
dalam sel mamalia (Edward, 2006)

Gambar 3.Autoradiograph dari molekul DNA diekstrak dari E. coli Hfr3000. DNA
diberi label dengan timidin tritiated selama dua generasi dan kemudian diekstrak dari
sel menggunakan enzim lysozyme, yang menyerang dinding sel. Emulsi fotografi
dilapisi DNA dan terkena atom radioaktif selama 2 bulan. Ketika tritium membusuk,
partikel beta yang dipancarkan mengaktifkan emulsi dengan cara yang sama seperti
paparan cahaya. Setelah pengembangan emulsi, butir-butir perak terbentuk yang
posisinya menunjukkan lokasi dari molekul DNA asli. Skala di bagian bawah mewakili
panjang 100 µm; panjang DNA, potongan bagian yang direplikasi, diperkirakan sekitar
1,1 mm. Harus diingat bahwa sel dari mana molekul DNA ini diekstraksi mungkin
hanya beberapa mikrometer panjangnya
Struktur DNA bakteri berbeda secara signifikan dari kromosom
organisme yang lebih tinggi. Satu perbedaan adalah bahwa DNA dalam
kromosom sebagian besar bakteri melingkar dalam arti bahwa ujung-
ujungnya bergabung satu sama lain. Sebaliknya, kromosom eukariotik
biasanya linier dengan ujung bebas. Sirkularitas DNA kromosom bakteri
memungkinkan untuk mereplikasi secara keseluruhan tanpa
menggunakan telomere, seperti kromosom eukariotik lakukan, atau ujung
terminal berlebihan, seperti yang dilakukan oleh beberapa bakteriofag.
Bahkan dalam kasus di mana kromosom bakteri bersifat linier, mereka
tidak menggunakan mekanisme yang sama, melibatkan telomerase untuk
meniru ujungnya, yang digunakan oleh kromosom eukariotik. Perbedaan
lain antara DNA bakteri dan eukariota adalah bahwa DNA pada
eukariota melilit protein yang disebut histone untuk membentuk
nukleosom. Bakteri memiliki protein HU, HN-S, Fis, dan IHF, di mana
DNA sering dibungkus, dan archaea memiliki histones belum sempurna
yang terkait dengan eukariota. Namun, secara umum, DNA kurang
terstruktur dalam bakteri daripada di eukariota (Larry, 2007).
Semua bakteri pada umumnya diasumsikan mengandung satu
kromosom melingkar (Circular). Namun, ada banyak pengecualian
(Jumas-Bilak et al. 1998). Rhodobacter sphaeroides memiliki dua
kromosom melingkar, kromosom I mengandung 3,0 juta pasangan basa
dan kromosom II yang mengandung 0,9 juta pasangan basa. Kode
kromosom II untuk beberapa gen asam amino dan gen biosintesis vitamin
tidak menunjukkan perbedaan mendasar dari kromosom I. Namun, data
sekuensing menunjukkan bahwa terdapat 144 “Open Reading Frame”
(daerah yang dapat diterjemahkan) pada kromosom II. Paduan kromosom
juga dikenal di Brucella melitensis dan Leptospira interrogans.
Rhizobium meliloti dan Burkholderia cepacia, di sisi lain, memiliki tiga
kromosom masing-masing. Dalam beberapa kasus, gen RNA ribosom
dapat ditemukan pada dua kromosom (Edward, 2006).
 Terdapat beberapa contoh bakteri yang memiliki kromosom linear
(Casjens 1998). Yang menonjol di antara mereka adalah Streptomyces
coelicolor, Streptomyces lividans, Rhodococcus fascians, dan anggota
genus Borrelia. Yang paling tidak biasa adalah Agrobacterium
tumefaciensbiovar, yang memiliki kromosom melingkar dan kromosom
linier. Pertanyaan langsung yang mungkin muncul tentu saja adalah apa
yang terjadi pada ujung kromosom linear. Dalam sel eukariotik ternyata
terdapat telomere yang melindungi ujung DNA. Borrelia dan
Agrobacterium menggunakan sistem di mana satu untai DNA berayun
kembali menjadi untai komplementer (jepitan rambut).
Streptomycesprotects (Edward, 2006)

Gambar 4. Inti E. coli yang menempel. Sel-sel dilumuri lembut dengan lisozim dan
deterjen. DNA dipisahkan dari puing-puing seluler oleh sedimentasi melalui
peningkatan konsentrasi sukrosa dan kemudian dipasang untuk mikroskopi elektron
menggunakan monolayer Cytochrome Cmolecules pada permukaan larutan formamida.
DNA diwarnai dengan uranil asetat dan dilapisi dengan platinum untuk meningkatkan
kontras. Sisa-sisa membran sel dapat dilihat di dekat pusat foto. Partikel halus yang
mengelilinginya mungkin adalah bagian dari membran sel. Serat DNA kontinu dalam
berbagai keadaan superkoiling memancar keluar dari membran sel. Serabut keriting
RNA pendek untai tunggal, mewakili transkripsi yang sedang berlangsung, dapat dilihat
di sepanjang DNA

Kromosom archaea dari anggota euryarchaeota (metanogen dan

halofiliekstrim) memiliki protein histon sejati, sedangkan molekul DNA
superkoil dari sel bakteri biasa dikaitkan dengan protein yang hanya
“mirip histon” tertentu, protein dasar yang menjadikan struktur teratur
untuk kromosom bakteri. Protein “mirip histon” Yang paling menonjol di
antara bakteri adalah protein HU dan H-NS.
HU adalah protein yang melimpah (2 × 104 hingga 1 × 105 salinan per
sel), dan protein yang berkaitan erat ditemukan di antara cyanobacteria
dan archaea. Ketika nuklease (enzim yang memecah asam nukleat)
ditambahkan ke DNA, akan membuat pemotongan setiap 10 bp, sesuai
dengan satu pergantian heliks (lihat Gambar. 1.4). Namun, di hadapan
HU protein yang dimurnikan, pemotongan terjadi setiap 8,5 bp,
menunjukkan bahwa DNA heliks telah menjadi overwound (lebih erat
melingkar). Mereka juga melaporkan bahwa kompleks HU-DNA juga
mengandung superkoil negatif yang disebabkan oleh interaksi dari dua
komponen. Struktur yang digambarkan mirip tetapi tidak identik dengan
nukleosome eukariotik. Namun, pengamatan mikroskopis elektron
menggunakan antibodi terhadap HU telah menunjukkan bahwa HU
terlokalisasi di pinggiran nukleoid di wilayah transkripsi aktif,
mengesampingkan struktur nukleosom utama seperti untuk DNA bakteri.
Selain itu, DNA eukariotik memiliki nukleosom yang terkait dengan
setiap loop supercoiled sedangkan ada sejumlah besar supercoils yang
tidak terkendali dalam nukleoid bakteri. Kromosom H. salinarumseems
memiliki kedua daerah bebas protein dan terkait protein dan karena itu
dapat menempati jalan tengah (Edward, 2006).
Protein H-NS (histone-like nucleoid structuring protein) telah dipelajari
dalam E. coli dan Salmonella, tetapi protein serupa juga umum di jumpai
dari lebih dari 70 bakteri Gram-negatif (Trendeng dan Bertin 2003).
Struktur fisik dari termini amino dan karboksi diketahui menyebabkan
fungsi fisiologis protein ini menjadi lebih jelas (Rimsky, 2004). Protein
tersebut tampaknya memiliki beberapa preferensi untuk melengkungkan
DNA dan dapat bertindak sebagai ritsleting untuk bergabung dengan dua
untai DNA bersama-sama seperti dalam kasus loop jepit rambut.
Pengikatan H-NS juga mempengaruhi fungsi promotor dan karena itu
juga mempengaruhi regulasi gen. Selain H-NS, ada juga IHF (integrasi
 faktor host), dan Fis (faktor untuk stimulasi inversi). Struktur orde tinggi
yang diberikan oleh protein ini sering dapat disimpulkan oleh fenotip
pleiotropik dari mutan defisiensi, tetapi struktur ini tidak memiliki
dampak besar pada kondensasi kromosom (Dorman dan Deighan 2003).
Archaea juga memiliki protein pengikat DNA, dan beberapa di antaranya
memiliki dampak yang signifikan pada struktur DNA karena suhu
pertumbuhan normal untuk organis sehingga telah meninjau protein
nukleoid utama untuk Sulfolobus. Ini termasuk Sul7d, yang mengikat
menstabilkan ikatan hidrogen dan Alba, yang mengikat menginduksi
supercoiling negatif. Ada histones sejati di Euryarchaeota tetapi tidak di
Crenarchaeota. Struktur yang diprediksi dari histone menunjukkan bahwa
mereka membentuk silinder protein di sekitar mana DNA dapat
membungkus. (Edward, 2006)
Bakteri paling sering digunakan dalam percobaan genetika.
Keanekaragaman mikrobia seperti bakteri dapat dipertahankan melalui
sifat karakteristik yang terus diwariskan dari generasi selanjutnya.
Bakteri banyak diketahui dan diteliti karena mudah dikembangbiakan
dan perkembangbiakan cepat. Selain itu, bakteri memiliki materi genetik
ekstrakromosomal khas yang disebut plasmid yang berbentuk sirkuler.
Mikrobia, bakteri mudah bermutasi sehingga akan muncul varietas-
varietas baru dari mikroba dan mikrobia cenderung memiliki daya hidup
yang tinggi (resisten) terhadap cekaman lingkungan dan kondisi yang
tidak menguntungkan. Kemampuan atau daya hidup yang tinggi pada
mikrobia menyebabkan mikrobia dapat hidup di lingkungan manapun
(Snustad, 2012).
2. Plasmid
Plasmid merupakan materi genetik di luar kromosom (ekstra
kromosomal). Tersebar luas dalam populasi bakteri. Terdiri dari beberapa
100 kpd, beratnya ±1-3 % dari kromosom-bakteri. Berada bebas dalam
sitoplasma bakteri. Kadang – kadang dapat bersatu dengan kromosom
bakteri. Dapat berpindah dan dipindahkan dari satu spesies ke spesies
lain. Jumlahnya dapat mencapai 30 atau dapat bertambah karena
mutasi(Kusnadi dkk, 2003).
Plasmid, yang ukurannya sangat bervariasi dari beberapa ribu hingga
ratusan ribu pasangan basa (bp) (ukuran yang sebanding dengan
kromosom bakteri), adalah molekul DNA beruntai ganda yang paling
sering berbentuk melingkar. Namun, beberapa bakteri ada yang memiliki
plasmid linier, dan beberapa plasmid, yang paling sering berasal dari
bakteri gram positif, dapat mengakumulasi DNA beruntai tunggal karena
adanya replikasi lingkaran-putar yang menyimpang. Jumlah salinan
plasmid juga bervariasi di antara plasmid, dan sel bakteri dapat
menyimpan lebih dari satu jenis. Dengan demikian, sel dapat menyimpan
dua atau lebih jenis plasmid yang berbeda, dengan ratusan salinan dari
beberapa jenis plasmid dan hanya satu atau beberapa salinan dari jenis
lain (Larry, 2007)
Seperti kromosom, plasmid menyandikan protein dan molekul RNA
dan bereplikasi sebagai sel tumbuh, dan salinan direplikasi biasanya
didistribusikan ke setiap sel anak ketika sel membelah. Plasmid bahkan
berbagi beberapa jenis fungsi yang sama untuk partisi yang akurat
(fungsi Par) dan rekombinasi spesifik lokasi dengan kromosom induk.
Dengan satu definisi, setiap elemen replikasi secara independen dalam
sel yang tidak mengandung gen penting untuk pertumbuhan bakteri (yang
disebut gen rumah tangga) disebut plasmid (Larry, 2007).
Plasmid mungkin bertahan karena mereka sangat sering
menyediakan produk gen yang dapat menguntungkan bakteri dalam
keadaan tertentu. Akibatnya, isolat bakteri yang diambil dari lingkungan
sering akan kehilangan sebagian atau semua plasmid dari waktu ke waktu
ketika dibudidayakan di laboratorium. Ada sejumlah contoh di mana
plasmid telah mengambil banyak dari atribut kromosom, seperti ukuran
yang lebih besar dan pengkodean beberapa gen housekeeping. Sebagai
contoh, plasmid pSymB dari beberapa Sinorhizobiumspecies adalah
sekitar setengah sebesar kromosom dan membawa gen penting, termasuk
gen untuk tRNA arginin dan minCDEgenes yang terlibat dalam
pemilihan lokasi divisi. Juga, Vibrio cholerae yang juga memiliki dua
molekul DNA besar, yang keduanya membawa gen esensial.
Agrobacterium tumefaciens memiliki dua molekul DNA besar, satu
lingkaran dan linear lainnya, yang keduanya membawa gen esensial.
Dalam kasus di mana plasmid hampir sebesar kromosom dan membawa
gen penting, yang mana kromosom dan mana yang merupakan plasmid?
Mungkin kriteria yang lebih baik untuk apakah molekul DNA adalah
plasmid atau kromosom adalah sifat dari asal-usul replikasinya. Dalam
semua kasus yang diketahui, salah satu molekul DNA besar memiliki
asal bakteri khas replikasi, dengan oriCsite dan dnaA terkait erat, dnaN,
dan gyrAgenes, antara lain, sedangkan molekul DNA lainnya memiliki
asal plasmid khas, dengan repABC-like gen lebih karakteristik dari
plasmid (Larry, 2007).
a. Struktur Plasmid
Kebanyakan plasmid berbentuk lingkaran, meskipun plasmid
linear juga ada. Dalam plasmid melingkar, semua nukleotida di
masing-masing untai bergabung dengan nukleotida lain di setiap sisi
dengan ikatan kovalen untuk membentuk untai berkelanjutan yang
melilit satu sama lain. DNA seperti itu dikatakan melingkar kovalen
tertutup dan, karena tidak ada ujungnya untuk berputar, plasmid
dapat mempertahankan stres supercoiled. Untaian DNA yang tidak
terserap menunjukkan periodisitas heliks sekitar 10,5 bp, seperti
yang diprediksi dari struktur ganda heliks Watson-Crick. Sebaliknya,
dalam DNA yang supercoiled, dua untai yang melilit satu sama lain
lebih sering atau kurang dari sekali dalam sekitar 10,5 bp. Jika
mereka dibungkus satu sama lain lebih sering daripada sekali setiap
10,5 bp, DNA positif supercoiled; jika mereka lebih sering dilipat
satu sama lain, DNA menjadi supercoiled. Seperti kromosom, DNA
plasmid melingkar kovalen tertutup biasanya negatif supercoiled.
Karena DNA kaku, supercoiling negatif memperkenalkan stres, dan
 stres ini sebagian dibebaskan oleh plasmid yang membungkus
dirinya sendiri, seperti yang diilustrasikan pada Gambar 4.1A. Ini
membuat plasmid lebih kompak, sehingga bermigrasi lebih cepat
dalam gel agarosa (Gambar 4.1B). Di dalam sel, DNA membungkus
protein, yang meredakan sebagian stres. Sisa stres memfasilitasi
beberapa reaksi yang melibatkan plasmid, seperti pemisahan dua
untai DNA untuk replikasi atau transkripsi (Larry, 2007)

Gambar 5. Supercoiling dari plasmid melingkar kovalen tertutup (CCC). (A)

Istirahat dalam satu untai melemaskan DNA, menghilangkan supercoiling dan
membuat DNA kurang kompak. (B) Diagram skematik gel agarosa yang
menunjukkan bahwa lingkaran supercoiled tertutup kovalen berjalan lebih
cepat pada gel daripada lingkaran rileks yang rata. Tergantung pada kondisi,
DNA linier dan DNA melingkar kovalen berjalan di kira-kira posisi yang sama
seperti lingkaran renggang lepas dengan panjang yang sama. Tanda panah
menunjukkan arah migrasi.
b. Jenis Plasmid
Pili F dan I, dua macam pili yang disebut, pili F dan I, diketahui
terlibat dalam transfer plasmid dari sel ke sel. Dua kelompok faga
RNA diketahui menginfeksi sel yang membawa plasmid yang dapat
dipindahkan. Faga ini dapat digunakan untuk melihat adanya pili F
dan I pada sel. Dua macam pili ini dapat juga dibedakan secara
imunologi. Pili F dilibatkan dalam transfer faktor F dan beberapa
plasmid resisten antibiotik. Pili F juga terdapat pada sel Hfr. Pili I
dilibatkan dalam transfer plasmid resisten antibiotik, plasmid yang
menentukan colicin, dan lainnya(Kusnadi dkk, 2003).
Faktor R. Faktor R pertama kali ditemukan di jepang pada
strain bakteri entrik yang mengalami resistensi terhadap sejumlah
antibiotik (multipel resisten). Munculnya resistensi bakteri terhadap
beberapa antibiotik, sangat berarti dalam dunia kedokteran, dan
dihubungkan dengan meningkatnya penggunaan antibiotik untuuk
pengobatan penyakit infeksi. Sejumlah perbedaan gen – gen resisten
antibiotik dapat dibawa oleh faktor R. Plasmid R100 disusun oleh 90
Kpd yang membawa gen resisten untuk sulfonamid,
streptomisin/spektenomisin, asam fusidat, kloramfenikol, tetrasiklin,
dan pembawa gen resisten terhadap merkuri. R100 dapat berpindah
diantara bakteri entrik dari genus Eschericia, Klebsiella, Proteus,
Salmonella, dan shigella, tetapi tidak akan berpindah ke bakteri
nonenterik Pseudomonas. Juga sudah diketahui faktor R dengan gen
resisten terhadap knamisin, penisilin, tetrasiklin, dan neomosin.
Beberapa elemen resisten obat pada faktor R merupakan elemen
yang dapat bergerak, dan dapat digunakan dalam mutagenesis
transposon(Kusnadi dkk, 2003).
Gen-gen untuk sifat yang tidak berhubungan dengan resistensi
antibiotik juga dibawa oleh faktor R. Yang terpenting diantaranya
menghasilkan pili untuk transfer konjugatif, tetapi faktor R juga
membawa gen untuk replikasi dirinya sendiri dan gen untuk
mengatur produksi protein yang mencegah pengenalan plasmid lain.
Selanjutnya adalah satu faktor R yang menghambat pengenalan dari
tipe plasmid lain yang sama, suatu fenomena yang diketahui sebagai
ketidak cocokan(Kusnadi dkk, 2003).
Karena faktor R dapat mengalami rekombinasi genetik, gen dari
dua faktor R dapat bergabung menjadi satu. Rekombinasi plasmid
 merupakan suatu alat yang mungkin pertama kali ditimbulkan oleh
pembiakan organisme resisten obat(Kusnadi dkk, 2003).
Plasmid dapat membawa gen yeng berhubungan dengan fungsi
– fungsi khusus lain, misalnya pada.
1) Rhizobium sp. berperan dalam fiksasi nitrogen.
2) Streptococcus (grup N) berperan dalam penggunaan laktosa,
sistem galaktose fosfotransferase, metabolisme sitrat.
3) Rhodospirillum rubrum berperan dalam sistem pigmen
fotosintesis.
4) Escherichia coli berfungsi dalam pengambilan dan metabolisme
sukrosa, ambilan sitrat.
5) Pseudomonas sp. berfungsi dalam degradasi kamfor, toluena,
oktana, asam silsilat.
6) Bacillus stearothermophilus berfungsi menghasilkan enzim α –
amilase.
A. Konjugasi
Konjugasi adalah suatu proses transfer informasi genetic satu arah yang
terjadi melalui kontak sel langsung antara suatu sel bakteri donor dan suatu
sel bakteri resipien (Russel, 1992). Di lain pihak, konjugasi juga diartikan
sebagai fusi temporer dua organism sel tunggal dalam rangka transfer seksual
materi genetik (Klug dan Cummings, 2000). Pemindahan ini dikode oleh
plasmid. Plasmid adalah unsur genetik ekstrakromosomal (di luar kromosom)
dan dapat melangsungkan replikasi di dalam sitoplasma sel bakteri. Plasmid
adalah potongan bundar DNA yang merupakan gen tambahan. Bila unsu
rekstrakromosomal dapat bereplikasi dan terpadu ke dalam kromosom bakteri
disebut episom. Hal ini membedakan episom dari plasmid, karena plasmid
tidak terpadu ke dalam kromosom (Ristiati, 2000).
Konjugasi pertama kali ditemukan oleh J. Lederberg dan E.L. Tatum pada
1946 (Gardner, et al., 1991; Russel, 1992; Klug dan Cummings, 2000).
Peristiwa konjugasi itu ditemukan pada E. coli. Lederberg dan Tatum
mempelajari dua strain E. coli yang berbeda kebutuhan nutrisinya, yaitu strain
A dan B (Russel, 1992; Klug dan Cummings, 2000). Strain A bergenotip met-
bio- thr+ leu+ thi+, sedangkan strain B bergenotip met+ bio+ thr- leu- thi-.
Konjugasi memerlukan kontak langsung antara donor dan resepien.
Kontak terjadi melalui jembatan konjugasi (pili) maupun tanpa jembatan
konjugasi. Kemampuan donor tersebut terletak pada plasmid. Oleh karena itu
plasmid yang mampu mendonorkan materi genetik disebut plasmid F atau
plasmid seksual. Setiap bakteri F+ memiliki 1-3 pili yang mampu mengikat
protein membran sel resepien untuk memulai proses inisiasi konjugasi.
Setelah terjadi kontak, maka pili berubah fungsi menjadi jembatan konjugasi.
Jembatan konjugasi biasanya memendek untuk mempermudah proses
konjugasi. Plasmid bakteri donor memisah menjadi 2 pita tunggal dan salah
satu untai plasmid ditransfer ke bakteri resepien. Pada proses transfer pita
DNA plasmid, bakteri donor segera mengganti pita terdonor dengan
mekanisme replikasi. Ketika bakteri resepien menerima DNA, maka dia juga
melakukan replikasi untuk DNA baru sehingga DNA plasmid donor menjadi
2 untai (Irianto, 2007).

Gambar 6. Konjugasi Bakteri

Sumber: quazoo.com
Konjugasi merupakan pemindahan bahan genetic dari suatu sel bakteri
yang bertindak sebagai donor kepada sel bakteri yang bertindak sebagai
 resipien. Pada proses konjugasi, sel donor (jantan) memasukkan sebagian
DNA ke dalam sel resipien melalui pili seks yang dimiliki oleh sel jantan.
Setelah DNA donor masuk ke dalam sel resipien, enzim-enzim yang bekerja
pada DNA resipien menggunting dan mengeksisi suatu fragmen DNA
resipien. Kemudian DNA donor dipadukan ke dalam kromosom resipien di
tempat DNA yang tereksisi. Pemindahan ini dikode oleh plasmid. Plasmid
adalah unsure genetis ekstrakromosomal (di luar kromosom) dan dapat
melangsungkan replikasi di dalam sitoplasma sel bakteri. Plasmid adalah
potongan bundar DNA yang merupakan gen tambahan. Bila unsure
ekstrakromosomal dapat bereplikasi dan terpadu ke dalam kromosom bakteri
disebut episom. Hal ini membedakan episom dari plasmid, karena plasmid
tidak terpadu ke dalam kromosom. Pada bakteri gram negative misalnya
E.coli, konjugasi terjadi dengan cara perlekatan antara sel donor dengan sel
resipien melalui pili seks atau faktor F (factor kesuburan atau fertility factor).
Pada bakteri gram positif misalnya Streptococcus faecalis, perlekatan antara
sel donor dan resipien tidak melaui pili. Proses konjugasi secara artificial
dapat digunakan untuk memetakan gen pada bakteri (Ristiati, 2000).

Tabel 2. Persamaan dan perbedaan rekombinasi yang terjadi melalui transformasi, transduksi,
dan konjugasi pada bakteri (Gardner,at al., 1991).
Kriteria
Proses rekombinasi Dibutuhkan kontak sel Sensitif terhadap DNase
Transformasi Tidak Ya
Transduksi Tidak Tidak
Konjugasi Ya Tidak

B. Transduksi
Proses transfer gen bakteri melalui perantara virus dinamakan transduksi.
Virus yang menyerang bakteri disebut bakteriofage, atau disebut juga fage.
Fenomena ini pertama ditemukan oleh Lederberg dan Zinder (Volk &
Wheeler.1984). Transduksi adalah proses pemindahan bahan genetik dari
suatu bakteri ke bakteri lain melalui bakteriofage. Bila bakteriofage
menyerang bakteri maka DNA bakteriofage diinjeksikan ke dalam sel bakteri.
Proses transduksi dipergunakan untuk mengembangkan galur-galur bakteri
baru, memetakan kromosom bakteri dan untuk banyak percobaan genetis lain
(Gardner, dkk, 1991).
Saat DNA fage dikemas di dalam pembungkusnya untuk membentuk
bakteri-bakteri fage baru, DNA fage tersebut dapat membawa sebagian dari
DNA bakteri yang telah menjadi inangnya. Selanjutnya, bila fage
menginfeksi bakteri lainnya, maka fage akan memasukkan DNAnya yang
mengandung sebagian dari DNA bakteri inang sebelumnya. Dengan
demikian, fage tidak hanya memasukkan DNAnya sendiri ke dalam sel
bakteri yang diinfeksinya, tetapi juga memasukkan DNA dari bakteri lain
yang ikut terbawa pada DNA fage. Jadi, secara alami fage memindahkan
DNA dari satu sel bakteri ke bakteri lainnya. Ada dua kemungkinan yang
terjadi yaitu sel mengalami lisis atau bersifat lisogenik (Snustad & Simmons,
2012). Ada dua tipe transduksi yaitu transduksi umum (generalized
transduction) dan transduksi khusus (specialized transduction).
1. Transduksi Umum
Transduksi umum terjadi bila suatu fage memindahkan gen dari kromosom
bakteri atau plasmid. Fage transduksi dimulai dengan adanya sel inang
yang diinjeksi fage. Partikel-partikel fage yang baru terbentuk di dalam sel
inang dan kromosom inang hancur. Salah satu partikel fage yang terbentuk
membawa fragmen DNA bakteri secara random dan disimpan di dalam
kepala fage tersebut. Hal tersebut terjadi karena enzim endonuklease yang
berperan dalam pengemasan DNA fage tanpa sengaja mengemas DNA
inang.
Ketika sel inang mengalami lisis, partikel transduksi dilepaskan bersama-
sama dengan fage normal. Partikel transduksi tidak dapat mereplikasi diri,
tetapi dapat mempengaruhi sel lain jika menginjeksi sel inang baru.
Kromosom sel inang dapat mengalami rekombinasi dengan DNA yang
dibawa partikel transduksi. Rekombinasi terjadi karena adanya allel sifat
yang sama baik dari DNA inang maupun DNA yang dibawa oleh fage.
Bakteri yang dapat mengalami transduksi umum contohnya Salmonella
thypimurium (Gardner, dkk, 1991).
 Gambar 7. Mekanisme Transduksi Umum

2. Transduksi Khusus
Transduksi khusus biasanya terjadi pada daerah spesifik pada kromosom
inang yang terintegrasi langsung dengan genom fage. Hanya gen bakteri
yang dekat dengan titik penempelan saja yang bisa terintegrasi dengan
genom fage. Hal ini terjadi pada fage temperate tertentu. Fage transduksi
khusus ini terbentuk karena adanya kesalahan saat rekombinasi eksisi dari
profage. Karena DNA profage terikat dengan DNA inang, maka proses
replikasi dikendalikan oleh inang. Kebanyakan DNA fage diekspresikan
pada saat fage berada dalam fase profage (Anthony, dkk. 2004).
Pada induksi profage, genom fage terpisah dari DNA inang. Proses ini
disebut eksisi. Eksisi akan membentuk fage, prosesnya mirip dengan
pembentukan plasmid. Pada eksisi yang biasa terjadi, yang akan lepas dari
DNA inang hanyalah DNA fage itu sendiri. Tetapi pada beberapa
fenomena, fage yang terbentuk yang membawa gen-gen inang yang berada
di sebelahnya. Contohnya adalah profage ʎ yang terintegrasi diantara gen
gal dan bio pada kromosom E. coli dapat membawa gen gal dan bio
bersama DNA fage saat proses eksisi. Setelah fage terpisah dari DNA
inang, fage berreplikasi hingga sel induk lisis. Fage yang membawa gen
 inang merupaka fage defektif yang dapat mengakibatkan rekombinasi pada
sel yang dijadikan inang baru (Gardner, dkk, 1991).

Gambar 8. Mekanisme Transduksi Khusus

Gambar 9. Perbedaan Tranduksi Umum dan Transduksi Khusus

C. Transformasi
Transformasi adalah mekanisme pertama pertukaran gen bakteri yang
ditemukan. Pada tahun 1928, Fred Griffith menemukan bahwa salah satu
bentuk pneumokokus patogenik (sekarang disebut S. pneumoniae) dapat
secara misterius "berubah" menjadi bentuk lain. Percobaan Griffith
didasarkan pada fakta bahwa S. pneumonia menghasilkan dua jenis koloni
dengan penampilan yang berbeda, satu jenis yang dibuat oleh bakteri patogen
dan jenis lain yang dibuat oleh bakteri yang tidak mampu menyebabkan
infeksi (yaitu, mereka tidak patogen). Koloni yang dibuat oleh strain
patogenik tampak halus pada piring agar, karena bakteri mengeluarkan kapsul
polisakarida. Kapsul itu tampaknya melindungi mereka dan memungkinkan
mereka bertahan hidup di inang vertebrata, termasuk tikus, yang dapat
mereka infeksi dan mereka bunuh. Namun, mutan pembentuk koloni kasar
yang tidak dapat membuat kapsul kadang-kadang muncul dari pembentuk
koloni halus, dan mutan ini tidak bersifat patogenik pada tikus.
Dalam eksperimennya, Griffith mencampur sel S. pneumoniae mati yang
membuat koloni halus dengan sel non patogen hidup yang hanya membuat
koloni kasar dan menyuntikkan campuran ke tikus (Gambar 6.1). Tikus yang
diberi suntikan hanya bakteri pembentuk koloni yang bertahan hidup, tetapi
tikus yang menerima campuran pembentuk koloni halus mati dan pembentuk
koloni hidup mati. Selanjutnya, Griffith mengisolasi bakteri pembentuk
koloni halus dari darah tikus mati. Menyimpulkan bahwa bakteri patogen
yang mati mengeluarkan “prinsip transformasi” yang mengubah bakteri
pembentuk koloni kasar non-patogen hidup ke dalam bentuk kolon halus
patogen, ia berspekulasi bahwa prinsip transformasi ini adalah polisakarida
itu sendiri. Kemudian, peneliti lain melakukan percobaan di mana mereka
mengubah pembentuk koloni kasar menjadi pembentuk koloni halus dengan
mencampur bentuk kasar dengan ekstrak pembentuk koloni halus dalam
tabung uji. Kemudian, sekitar 16 tahun setelah Griffith melakukan
eksperimennya dengan tikus, Oswald Avery dan kolaboratornya memurnikan
"prinsip transformasi" dari ekstrak pembentuk halus-koloni dan menunjukkan
bahwa itu adalah DNA (lihat Avery et al., Bacaan yang Disarankan). Dengan
demikian, Avery dan rekan adalah yang pertama menunjukkan bahwa DNA,
dan bukan protein atau faktor lain dalam sel, adalah materi keturunan.
Transformasi adalah salah satu pilar genetika molekuler karena sering
merupakan cara terbaik untuk memperkenalkan kembali DNA yang diubah
secara eksperimen ke dalam sel. Transformasi pertama kali ditemukan pada
bakteri, akan tetapi saat ini metode tersebut juga telah dirancang untuk
mengubah banyak jenis sel hewan dan tumbuhan.
Terminologi analisis genetika dengan transformasi mirip dengan konjugasi
dan transduksi (lihat bab 3). DNA berasal dari bakteri donor dan diambil oleh
bakteri penerima. Jika DNA yang masuk bergabung kembali dengan DNA
residen dalam sel, seperti kromosom, tipe rekombinan dapat terbentuk; sel
yang telah mengambil DNA yang masuk disebut sebagai transforman.
Frekuensi jenis rekombinan untuk berbagai penanda genetik dapat digunakan
untuk analisis genetik. Data genetik seperti itu diperoleh dengan transformasi
dianalisis sama dengan yang diperoleh dengan transduksi. Jika daerah dari
dua penanda dapat dibawa pada bagian DNA transformasi yang sama, kedua
penanda tersebut dikatakan dapat mentransformasikannya. Semakin tinggi
frekuensi cotransformasi, semakin erat kaitannya adalah dua penanda pada
DNA.

Gambar 10. proses transformasi bakter. A : segmen DNA bergabung dengan DNA
genom. B; Segmen DNA membentuk plasmid baru
1. Transformasi Alam
Sebagian besar jenis sel tidak dapat mengambil DNA secara efisien
kecuali mereka telah terpapar dengan zat kimia atau listrik khusus untuk
membuatnya lebih permeabel. Namun, beberapa jenis bakteri secara
alami dapat ditransformasikan, yang berarti bahwa mereka dapat
mengambil DNA dari lingkungannya tanpa memerlukan perlakuan
semacam itu. Bahkan bakteri yang dapat berubah secara alami tidak
selalu mampu mengambil DNA tetapi melakukannya hanya pada tahap
tertentu dalam siklus kehidupan mereka atau di bawah kondisi
pertumbuhan tertentu.
Bakteri pada tahap di mana mereka dapat mengambil DNA dikatakan
kompeten, dan bakteri yang secara alami mampu mencapai keadaan ini
dikatakan secara alami kompeten. Bakteri transformatif yang kompeten
secara alami ditemukan pada beberapa genus, termasuk bakteri gram
positif, seperti Bacillus subtilis, bakteri tanah, dan Streptococcus
pneumoniae, yang menyebabkan infeksi tenggorokan, dan bakteri gram
negatif, seperti Haemophilus influenzae, agen penyebab pneumonia. dan
meningitis tulang belakang, Neisseria gonorrhoeae, yang menyebabkan
gonorrhea, dan Helicobacter pylori, suatu patogen perut. Acinetobacter
baylyi, bakteri tanah lain, sangat sangat mudah berubah, seperti juga
beberapa spesies cyanobacteria laut, termasuk Synechococcus. Thermus
thermophilus, thermophile ekstrim, dan Deocococcus radiodurans, suatu
organisme yang tahan terhadap tingkat radiasi yang tinggi, juga secara
alami kompeten. Genome sequencing telah mengungkapkan bahwa
banyak organisme lain yang belum dibuktikan secara alami dapat
ditransformasikan mengandung beberapa gen yang diketahui terlibat
dalam kompetensi pada spesies lain, menunjukkan bahwa beberapa
organisme ini dapat berubah dalam kondisi tertentu.
2. Langkah Transformasi Alam
Langkah-langkah umum yang terjadi dalam transformasi alam agak
berbeda dalam sistem yang berbeda. Sistem model terbaik yang dicirikan
adalah B. subtilisand S. pneumoniae (gram positif) dan H. influenzaeand
N. gonorrhoeae (gram negatif). Proses pengambilan DNA tergantung
pada apakah bakteri gram negatif atau gram positif, karena adanya
membran luar pada bakteri gram negatif. Pada bakteri gram negatif,
langkah-langkah dasarnya adalah (i) pengikatan doubleblestranded DNA
ke permukaan sel luar dari bakteri, (ii) pergerakan DNA beruntai ganda
melintasi membran luar dan dinding sel, (iii) degradasi satu untaian
DNA, dan (iv) translokasi sisa untai DNA ke dalam sitoplasma sel di
seluruh membran dalam. Sekali dalam sel, DNA transformasi beruntai
tunggal dapat secara stabil berintegrasi ke dalam genom dengan
rekombinasi homolog dari untaian tunggal yang ditranslokasi ke dalam
kromosom atau DNA penerima lainnya, membangun kembali dirinya
sebagai plasmid setelah sintesis untai komplementer dan daur ulang
menggunakan rekombinasi, atau direndahkan. Dalam organisme gram
positif yang tidak memiliki membran luar, DNA dua kali lipat berikatan
dengan permukaan luar, satu untai terdegradasi, dan untai lainnya
diangkut melalui dinding sel dan membran.
 BAB III
PENUTUP

A. Simpulan
1. Materi genetik pada bakteri terdiri dari DNA dan plasmid (materi genetik
ekstrakromosomal).
2. Proses perpindahan materi genetik pada bakteri dapat dilakukan dengan
konjugasi, transduksi, dan transformasi.
B. Saran

Semoga dengan adanya makalah ini diharapkan pembaca dapat memahami

tentang genetika mikroba, sehingga dapat menambah pengetahuan mengenai
materi tersebut. Makalah ini masih jauh dari kata sempurna,oleh karena itu kritik
dan saran dari pembaca yang sifatnya membangun sangat kami harapkan.
 Daftar Pustaka
Anthony J.F. Griffiths, Susan R. Wessler, Richard C. Lewontin, William M.
Gelbart, David T. Suzuki, Jeffrey H. Miller. 2004. An Introduction to
Genetic Analysis, Eighth Edition. New York : WH Freeman and
Company.

Campbell, et all. 2002. Biologi edisi 5 jilid 1. Jakarta: Erlangga.

http://dewirha93.blogspot.co.id/2015/03/genetika-mikroba.html
http://mynameisobos.blogspot.co.id/2014/10/makalah-genetika-mikroba.html

http://ag1992.blogspot.co.id/2015/06/genetika-mikroba.html 26