Mata Kuliah Rekayasa Genetika

Tugas Final Exam

No. soal: 37

“Macam-Macam DNA Dari Segi Cara Lilitannya Untuk

Membentuk Double Helix”

OLEH
MUH. AZWAR AR
N012181022

PROGRAM STUDI MAGISTER FARMASI

PASCASARJANA UNIVERSITAS HASANUDDIN

MAKASSAR
2019

1
 DNA terdiri dari empat deoxyribonucleosides [purine (adenine atau guanine)

dan pyrimidine (cytosine atau thymine) basa +deoxyribose] yang tersusun dalam

rangkaian dengan ikatan phosphodiester yang menghubungkan antara 5 rantai karbon

pada deoxiribose pada salah satu nucleoside ke rantai karbon ketiga pada deoxyribose

dari nukleosida yang berdekatan.

Fungsi biologis dari DNA itu sendiri adalah sebagai berikut:

1. DNA adalah bahan genetik dalam organisme eukariotik lainnya, yang

hadir dalam bentuk kromosom linier, melingkar pada prokaryota.

2. Informasi genetik yang dibawa oleh DNA pada urutan yang dikenal

sebagai gen.

3. Set lengkap informasi dalam suatu organisme dikenal sebagai genotipe.

4. Gen didefinisikan sebagai unit dasar keturunan.

5. Ini adalah wilayah DNA yang mempengaruhi karakteristik tertentu dalam

suatu organisme.

6. Urutan gen DNA mempengaruhi fenotipe suatu organisme.

7. Urutan basa pada untai DNA mendefinisikan urutan messenger RNA yang

kemudian memberikan satu atau lebih urutan protein.

8. Kode genetik merupakan urutan tiga nukleotida yang menentukan urutan

asam amino, protein.

9. Pembelahan sel adalah proses oleh organisme untuk tumbuh, DNA

direplikasi dan setiap sel putri menerima genom sama seperti orangtua

mereka.

2
 10. Untai ganda DNA membantu replikasi DNA.

11. Helai dilepaskan untuk masing-masing untai dan, untai pelengkap

diciptakan.

Friederich Miescher untuk pertama kali memisahkan DNA dari inti sel dalam

tahun 1896 dan menamakan zat yang baru ditemukan itu "nuklein", suatu awal dari

istilah asam nukleat. Pada tahun 1953, penelitian kristalografik dengan sinar-X oleh

James Watson dan Francis Crick mengungkapkan struktur tiga dimensi DNA dan

segera menyimpulkan replikasinya. Pencapaian yang menakjubkan ini merupakan

salah satu yang paling berarti dalam sejarah biologi karena membuka jalan untuk

pemahaman tentang fungsi gen pada tingkat molekul. Watson & Crick melakukan

analisis gambaran difraksi sinar-X serat-serat DNA yang dibuat oleh Rosalind

Franklin dan Maurice Wilkins dan menetapkan satu model struktural yang pada

dasarnya terbukti benar. Ciri-ciri penting model DNA mereka adalah :

1. Dua rantai heliks polinukleotida melingkar mengelilingi satu sumbu. Kedua

rantai memiliki arah yang berlawanan (anti paralel).

2. Basa purin dan pirimidin terdapat di bagian dalam heliks, sedangkan unit-

unit fosfat dan deoksiribosa terdapat di bagian luar. Bidang-bidang basa

tegak lurus terhadap sumbu heliks. Bidang-bidang gula hampir tegak lurus

terhadap bidang basa.

3. Diameter heliks adalah 20 A. Jarak antara basa yang bersebelahan ialah 3,4 A pada

poros heliks dengan sudut rotasi sebesar 36°. dengan demikian, putaran heliks

berulang setelah 10 residu pada setiap rantai, yaitu pada interval 3,4 A.

3
 4. Kedua rantai saling berhubungan melalui ikatan hidrogen antara pasangan-

pasangan basa. Adenin selalu berpasangan dengan timin; guanin selalu

berpasangan dengan sitosin.

5. Urutan basa sepanjang rantai polinukleotida tidak dibatasi dengan cara

apapun. Urutan yang tepat basa-basa itu mengandung informasi genetik.

Gambar 1. Konfigurasi menyeluruh dari heliks rangkap DNA. Perhatikan bahwa

kedua untaian adalah komplementer dan anti-paralel. Ikatan hidrogen antara dua basa

Aspek yang paling penting pada DNA heliks ganda adalah pasangan basa yang

spesifik. Watson dan Crick menyimpulkan bahwa adenin harus berpasangan dengan

timin, dan guanin dengan sitosisn, karena faktor-faktor sterik ikatan hidrogen.

Pembatasan sterik ini disebabkan oleh sifat heliks tulang punggung gula fosfat yang

teratur pada setiap rantai polinukleotida. lkatan-ikatan glikosidik antara gula dan.

basa yang berpasangan berjarak kira-kira 10,8 A. Pasangan basa purinpirimidin

4
sesuai benar dalam ruangan itu. Sebaliknya disitu tidak terdapat cukup ruangan untuk

dua purin. Terdapat ruangan lebih dari cukup untuk dua pirimidin, tetapi keduanya

akan terlalu jauh terpisah untuk memberikan ikatan hidrogen. Karena itu satu anggota

pasangan basa dalam suatu heliks DNA harus selalu berupa purin dan yang lain

berupa pirimidin, karena faktor-faktor sterik. Pasangan basa ini lebih jauh dibatasi

oleh kebutuhan pengikatan hidrogen. Atom-atom hidrogen dalam basa purin dan

pirimidin mempunyai posisi yang sudah tertentu. Adenin tidak dapat berpasangan

dengan sitosin karena akan terdapat dua hidrogen di dekat salah satu tempat

pengikatan dan tidak ada hidrogen di tempat yang lainnya. Demikian pula guanin

tidak berpasangan dengan timin. Sebaliknya adenin membentuk dua ikatan hidrogen

dengan timin, sedangkan guanin membentuk tiga ikatan hidrogen dengan sitosin.

Daya tarik antara kedua pasangan basa paling kuat pada orientasi dan jarak ikatan

hidrogen ini.

Komponen Penyusun DNA double heliks yaitu:

1. Dua rantai polinukleotida tersebut tersusun dalam “a coiled double helix”.

2. Rantai gula dan fosfat membentuk rangka luar dari helix.

3. Basa nitrogen-basa nitrogen yang melekat pada gula menonjol ke dalam

pusat helix.

4. Jarak antara 2 strand adalah 1,1 nm yang diisi oleh basa nitrogen

5. Jarak antara 2 basa adalah 3,4 A

6. Setiap putaran dalam helix terdapat 10 basa

7. Setiap putaran dalam helix mempunyai jarak 34 A

5
 8. Kedua stran (rantai polinukleotida) anti paralel artinya suatu rantai

mempunyai arah yang berlawanan dengan rantai pasangannya. Misalnya

suatu stran berakhir dengan gugus 5 fosfat sedang rantai pasangannya

berakhir dengan gugus 3 OH (hidroksil).

9. Kedua rantai polinukleotida komplementer artinya urutan nukleotida pada

suatu rantai menentukan urutan nukleotida pada rantai pasangannya.

10. Antara satu basa nitrogen dengan basa pasangannya dihubungkan oleh

ikatan hidrogen.

11. Dua ikatan hidrogen antara A dan T; Tiga ikatan hidrogen antara C dan G

12. Basa nitrogen A hanya dapat berpasangan dengan T, sedangkan C dengan

Gambar 2. (a) Ikatan antara nukleotida-nukleotida membentuk asam nukleat

6
 dalam DNA dan (b) RNA (Wolf, 1993).

Beberapa hal terkait pasangan basa DNA adalah sebagai berikut:

1. Dalam struktur heliks ganda DNA, setiap jenis basa nukleotida pada satu

helai berikatan dengan salah satu jenis nukleobasa pada untai yang lain, ini

dikenal sebagai pasangan basa komplementer.

2. Basa Purina berpasangan dengan Pirimidina oleh ikatan hidrogen yang

mana basa adenin terpasang dengan timin dengan 2 ikatan hidrogen dan

Sitosina berikatan dengan guanina dengan 3 ikatan hidrogen.

3. Ikatan dua nukleotida sepanjang dua heliks ganda disebut pasangan basa.

4. Ikatan hidrogen tidak seperti ikatan kovalen dan mereka bisa ditarik

terpisah seperti ritsleting, oleh kekuatan mekanik atau suhu tinggi.

5. Sebagai hasil dari pasangan basa komplementer, informasi dalam DNA

beruntai diduplikasi pada setiap untai.

6. Interaksi antara pasang basa komplementer sangat penting untuk fungsi

DNA.

Asam nukleat memainkan peran penting dalam penyimpanan dan ekspresi

informasi genetik.Mereka dibagi menjadi dua kelas utama: asam deoksiribonukleat

(DNA) hanya berfungsi dalam penyimpanan informasi, sementara asam ribonukleat

(RNA) terlibat dalam sebagian besar langkah ekspresi gen dan biosintesis protein.

Semua asam nukleat terdiri dari komponen nukleotida, yang terdiri dari basa nitrogen,

7
gula dan residu fosfat. Gula dan basa nitrogen tanpa gugus fosfat disebut sebagai

nukleosida. Basa nitrogen diklasifikasikan menjadi dua jenis

1. Menyatu 5 & 6 cincin beranggota (heterosiklik) yang disebut sebagai Purin

misalnya: Adenin (A) danGuanin (G).

2. Enam cincin beranggota disebut sebagai Pyrimidines misalnya: Thymine (T),

ytosine (C) danUracil (U)

Purin bebas dan pirimidin adalah dasar yang lemah dan dengan demikian disebut basa

Gambar 3: Struktur kimia Purin, Pirimidin, guanine dan sitosin

Purin bebas Dalam nukleotida basa bergabung dengan 1 'karbon pentosa oleh

ikatan N-β-glikosil dan fosfat diesterifikasi menjadi karbon 5'. Fosfat karbon 5

'bereaksi dengan gugus –OH terlampirhingga 3 rib ribose sugar carbon. Selama

8
pembentukan ikatan ini, molekul air dihapus. Proses ini dilanjutkan untuk membuat

polinukleotida dengan satu ujung 3 'gula karbon yang melekat pada -OH bebas

(disebut ujung 3') dan pada ujung lainnya gula gula 5 'yang melekat pada fosfat bebas

(disebut ujung 5'). s dan pirimidin adalah dasar yang lemah dan dengan demikian

disebut basa.

Gambar 4: Struktur DNA

Struktur: Menggunakan metode difraksi sinar X, Rosalind Franklin dan

Maurice Wilkins menunjukkan bahwa DNA menghasilkan pola difraksi X-Ray

karakteristik dari mana James Watson dan Francis Crick menyimpulkan model heliks

ganda dari struktur DNA yang menunjukkan dua rantai polinukleotida yang berjalan

9
di arah yang berlawanan. dan melilit satu sama lain. Temuan Erwin Chargoff yang

diterbitkan pada tahun 1949 sangat membantu dalam memecahkan misteri yang

mendasar. Dia menunjukkan bahwa meskipun organisme yang berbeda memiliki

jumlah DNA yang berbeda, persentase adenin selalu sama dengan timin dan

persentase guanin sama dengan sitosin. Ini hanya mungkin ketika adenin (A)

berpasangan dengan timin (T) dan guanin (G) berpasangan dengan sitosin (C) dalam

heliks ganda. Dalam heliks ganda DNA, adenin membentuk dua ikatan hidrogen

dengantimin pada untai yang berlawanan dan guanin membentuk tiga ikatan hidrogen

dengan sitosin padauntai yang berlawanan. Untuk penemuan struktur DNA, Francis

Crick, James Watson dan Maurice Wilkins memberikan Hadiah Nobel dalam

Fisiologi dan Kedokteran (1962).

Gambar 5: Ikatan hydrogen dalam helix ganda DNA

10
 Serat DNA mengasumsikan apa yang disebut B- Conformation, ketika ion

counter adalah logam alkali seperti Na dan kelembaban relatif> 92%. Ini adalah

struktur paling stabil untuk urutan acak DNA dan oleh karena itu titik acuan standar

Gambar 6: Ukuran struktur Helix Ganda DNA

Struktur utama DNA adalah struktur kovalen sederhana dan sebenarnya

adalah urutan nukleotida. Struktur sekunder di sisi lain mewakili struktur stabil dan

teratur yang diambil oleh beberapa atau semua nukleotida dalam asam ukleat.

11
Gulungan lebih lanjut dan komplekslipat kromosom besar dalam kromatin eukariotik

dan asam nukleat bakteri umumnya dianggap struktur tersier.

Beberapa struktur yang tidak biasa Menekuk terjadi pada DNA heliks di mana

pun empat atau lebih residu adenosin muncul secara berurutan dalam satu untai.

Penekukan ini mungkin penting dalam pengikatan beberapa protein ke DNA.

Beberapa struktur yang tidak biasa melibatkan tiga atau bahkan empat untai DNA.

Saat nukleotida yang berpartisipasi dalam pasangan basa Watson-Crick dapat

membentuk sejumlah ikatan hidrogen tambahan.

Gambar 7: Konsep pasangan Basa Hoogs Teen

12
 Tripleks paling stabil pada pH rendah, dan mudah terbentuk dalam urutan

panjang yang mengandung hanya purin dalam untai yang diberikan. Struktur tetraplex

juga dapat terbentuk dalam urutan DNA dengan proporsi residu guanosin yang sangat

tinggi.

Struktur DNA lain yang disebut H-DNA ditemukan dalam polypyrimidine

atau polypurine tract yang juga menggabungkan pengulangan cermin. Dua dari tiga

helai heliks tripleks H-DNA mengandung pirimidin dan yang ketiga mengandung

purin.

Solusi DNA asli sangat kental pada pH 7,0 dan suhu kamar (25 ° C). Ketika

larutan tersebut mengalami ekstrim pH atau suhu di atas 80 ° C, viskositasnya

menurun tajam karena gangguan ikatan hidrogen dan penumpukan dasar yang

menyebabkan unwinding DNA helix ganda untuk membentuk dua untai tunggal.

Karena interaksi dasar DNA menunjukkan penurunan absorpsi UV relatif

terhadap suatu larutan dengan onentase nukleotida bebas yang sama. Ini disebut efek

hipokromik. Denaturasi menghasilkan efek berlawanan yang mengarah ke

peningkatan penyerapan yang disebut sebagai efek hiperkromik. Inkubasi DNA pada

pH rendah (≈3) menyebabkan penghapusan secara selektif dari basa purin,

menghasilkan turunan yang disebut asam apurinic yang sangat tidak stabil.

Dua orang ilmuwan, J.D.Watson dan F.H.C.Crick, mengajukan model struktur

molekul DNA yang hingga kini sangat diyakini kebenarannya dan dijadikan dasar

dalam berbagai teknik yang berkaitan dengan manipulasi DNA. Model tersebut

13
dikenal sebagai tangga berplilin (double helix). Secara alami DNA pada umumnya

mempunyai struktur molekul tangga berpilin ini.

Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua

rantai polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah pilinan ke

kanan. Fosfat dan gula pada masing-masing rantai menghadap ke arah luar sumbu

pilinan, sedangkan basa N menghadap ke arah dalam sumbu pilinan dengan susunan

yang sangat khas sebagai pasangan – pasangan basa antara kedua rantai. Dalam hal

ini, basa A pada satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada rantai lainnya,

sedangkan basa G berpasangan dengan basa C. Pasangan-pasangan basa ini

dihubungkan oleh ikatan hidrogen yang lemah (nonkovalen). Basa A dan T

dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap dua, sedangkan basa G dan C

dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga. Adanya ikatan hidrogen tersebut

menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat satu sama lain dan

saling komplementer. Artinya, begitu sekuens basa pada salah satu rantai diketahui,

maka sekuens pada rantai yang lainnya dapat ditentukan.

Oleh karena basa bisiklik selalu berpasangan dengan basa monosiklik, maka

jarak antara kedua rantai polinukleotida di sepanjang molekul DNA akan selalu tetap.

Dengan perkataan lain, kedua rantai tersebut sejajar. Akan tetapi, jika rantai yang satu

dibaca dari arah 5’ ke 3’, maka rantai pasangannya dibaca dari arah 3’ ke 5’. Jadi,

kedua rantai tersebut sejajar tetapi berlawanan arah (antiparalel) (3,4).

Struktur DNA bersifat antipararel memungkinkan masing-masing untai pada

DNA dapat menjadi templete dalam proses replikasi DNA. Hal ini DNA parental dan

14
DNA anakan hasil replikasi bersifat sama sehingga informasi genetik terkonservasi

dari generasi ke generasi. Arah polinukleotida DNA dapat berdasarkan pada ikatan

fosfodiester antar nukleotida (diester : 2 ikatan antara gugus –OH yang bereaksi

dengan gugus fosfat yang bersifat asam). Pada punggung gula fosfat DNA, gugus

fosfat terhubung dengan atom carbon 3’ dari molekul gula deoksiribosa dan

selanjutnya pada atom carbon 5’. Dua ujung dari rantai polinukleotida berbeda. Pada

ujung yang satu yang tidak berikatan dengan nukleotida adalah ujung 5’ (gugus fosfat

(-OPO3-) dimana bagian ujung ini sering disebut ujung 5’. Pada ujung yang lain yang

juga tidak berikatan dengan nukleotida juga disebut ujung 3’ (mengandung gugus

hidroksil -OH). Pada DNA arah replikasi adalah 5’ → 3’, dimana pada DNA doble

helix tersebut ujung 5’ akan berikatan dengan ujung 3’ pada untai berikutnya.

DNA terdiri dari dua untaian polynucleotide yang berikat bersama membentuk

double helix. Kerangka gula deosiribosadan fosfat yang menyusun DNA terletak di

bagian luar molekul, sedangkan basa purin dan pirimidin terletak di dalam untaian

(helix). Basa-basa purin dan pirimidin yang berpasangan terletak pada bidang datar

yang sama dan tegak lurus terhadap aksis untaian DNA. Kedua rantai mempunyai

orientasi yang berlawanan (antiparalel) rantai yang satu mempunyai orientasi 5’ 

3’, sedangkan rantai yang lain berorientasi 3’  5’. Kedua rantai tersebut berikatan

dengan adanya ikatan hidrogen antara basa adenine (A) dengan thymine (T), dan

antara guanine (G) dengan cytosine (C). Ikatan antara A-T berupa dua ikatan

hidrogen, sedangkan antara G-C berupa tiga ikatan hidrogen sehingga ikatan G-C

15
lebih kuat. Adanya ribuan ikatan hydrogen pada molekul DNA menyebabkan kuat

dan stabilnya ikatan double helix.

Gambar 8. DNA double helix (a) dan model space-filling DNA (b).

DNA berfungsi sebagai penyimpan informasi genetik. DNA memiliki

komposisi N yang berbeda-beda Berdasarkan penelitian Erwin Chargaff dkk (1940)

hasilkan 4 hal yang berkaitan dengan komposisi basa N pada DNA:

a. Komposisi basa N DNA umumnya bervariasi dari satu spesies dengan

spesies yang lain.

b. DNA suatu spesimen yang diisolasi dari jaringan yang berbeda dari suatu

spesies yang sama mempunyai komposisi basa N yang sama.

16
 c. Komposisi basa N pada DNA suatu spesies tidak berubah akibat umur

organisme, status nutrisi atau perubahan lingkungan.

d. Semua DNA (tidak tergantung spesiesnya) mempunyai jumlah residu

adenin (A) yang sama dengan ressidu timin (A = T), sedang jumlah residu

guanin akan sama dengan residu sitosin (G = C). Jumlah punin sama

dengan jumlah pinimidin atau A + G = T + C (rumusan Chargaff)

DNA dapat membentuk 3 struktur yang berbeda. DNA mempunyai struktur

yang fleksibel tergantung dari posisi ikatan fosfodiester yang menghubungkan gula

dan fosfat. Ada tiga struktur DNA, yaitu:

a. Bentuk A, mempunyai jarak uliran (koil) 0,23 m per pasangan basa,

tersusun oleh 11 pasang basa, dan arah uliran ke kanan

b. Bentuk B, merupakan stnuktur umum DNA, mempunyai jarak uliran 0,34

nm per pasangan basa, tersusun oleh 10,5 pasang basa dan arah uliran ke

kanan.

c. Bentuk Z, hanya dijumpai pada DNA yang berperan spesifik, jarak uliran

0,38 nm per pasangan basa, tersusun 12 pasang basa dan anah ulinan ke

kiri.

Urutan basa N berupa adenin yang muncul Iebih dari 4 kali pada salah satu

rantai DNA akan menyebabkan struktur yang melengkung, misalnya 6 adenin

membentuk sudut 18°. Lengkungan tersebut berfungsi untuk mengikat protein.

17
 Urutan DNA spesifik yang sering dijumpai adalah urutan palindrom yakni

urutan basa N pada salah satu rantai DNA yang dibaca ke arah kanan akan sama

dengan urutan basa N dan rantai DNA yang lain yang dibaca ke arah kin. Urutan

spesifik tersebut merupakan sasaran bekerjanya enzim endonuklease (enzim yang

memotong rantai DNA).

DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) membawa informasi genetik dari sel dan

mengandung ribuan gen. Setiap gen berfungsi sebagai resep atau panduan untuk

membuat molekul protein. DNA adalah sejenis biomolekul yang menyimpan dan

menyandi instruksi-instruksi genetika setiap organisme dan banyak jenis virus.

Instruksi-instruksi genetika ini berperan penting dalam pertumbuhan, perkembangan,

dan fungsi organisme dan virus. DNA tersusun dari asam nukleat yang merupakan

makromolekul esensial bagi seluruh makhluk hidup.

Molekul DNA terdiri dari dua untaian biopolimer yang berpilin satu sama

lainnya membentuk heliks ganda. Dua untaian DNA ini dikenal sebagai

polinukleotida karena keduanya terdiri dari satuan-satuan molekul yang disebut

nukleotida. Tiap-tiap nukleotida terdiri atas salah satu jenis basa nitrogen (guanina

(G), adenina (A), timina (T), atau sitosina (C)), gula monosakarida yang disebut

deoksiribosa, dan gugus fosfat. Nukleotida-nukelotida ini kemudian tersambung

dalam satu rantai ikatan kovalen antara gula satu nukleotida dengan fosfat nukelotida

lainnya. Hasilnya adalah rantai gula-fosfat yang berselang-seling. Menurut kaidah

pasangan basa (A dengan T dan C dengan G), ikatan hidrogen mengikat basa-basa

dari kedua untaian polinukleotida membentuk DNA untaian ganda.

18
 Usaha pencarian struktur DNA telah dilakukan oleh banyak ilmuwan sejak

tahun 1940. Pada tahun 1953, Watson dan Crick mengemukakan model struktur

molekul DNA yang hingga sekarang diakui kebenarannya.

DNA mempunyai struktur jalin ganda (double helix). Sifat-sifat spesifik dari

basa N pada DNA menentukan struktur rangkaian DNA. DNA membentuk jalin

ganda heliks yang berputar ke arah kanan pada porosnya dengan pola yang teratur

berupa 2 periode uliran (koil). Periode pertama uliran berjarak 0,34 nm, sedangkan

uliran kedua berjarak 3,6 nm. Adanya pola uliran tersebut menyebabkan terbentuknya

struktur cekungan besar (major groove) dan cekungan kecil (minor groove). Dua

rangkaian DNA yang membentuk jalin ganda tersebut mempunyai arah ikatan

fosfodiester 5’, 3’ yang berlawanan (antiparalel) yakni 5’,3’ dan 3’,5’.

Urutan basa N berupa adenin yang muncul lebih dari 4 kali pada salah satu

rantai DNA akan menyebabkan struktur yang melengkung, misalnya 6 adenin

membentuk sudut 18°. Lengkungan tersebut berfungsi untuk mengikat protein.

Urutan DNA spesifik yang sering dijumpai adalah urutan palindrom yakni urutan

basa N pada salah satu rantai DNA yang dibaca ke arah kanan akan sama dengan

urutan basa N dan rantai DNA yang lain yang dibaca ke arah kiri.

19
 Gambar 9. Struktur DNA

Salah satu cara untuk mengetahui struktur DNA diuraikan melalui model yang

dilakukan oleh Watson and Crick yaitu identfikasi tiga konformasi berbeda dari DNA

double helix. Dengan kata lain, geometri dan dimensi dari double helix dapat

bervariasi.DNA dapat membentuk 3 struktur yang berbeda. DNA mempunyai

struktur yang fleksibel tergantung dari posisi ikatan fosfodiester yang

menghubungkan gula dan fosfat. Ada tiga struktur DNA, yaitu:

20
Gambar 10. Tiga jenis DNA berdasarkan cara lilitannya membentuk double helix.

B-DNA (kiri), A-DNA (tengah), dan Z-DNA (kanan)

a. Bentuk A, mempunyai jarak uliran (koil) 0,23 m per pasangan basa,

tersusun oleh 11 pasang basa, dan arah uliran ke kanan. A-DNA yang

lebih pendek dan lebar yang ditemukan pada sampel dehidrasi DNA dan

jarang ditemukan pada kondisi fisiologis yang normal.

b. Bentuk B, merupakan struktur umum DNA, mempunyai jarak uliran 0,34

nm per pasangan basa, tersusun oleh 10,5 pasang basa dan arah uliran ke

kanan.Konformasi yang paling umum pada makhluk hidup adalah B-

DNA.

21
 c. Bentuk Z, hanya dijumpai pada DNA yang berperan spesifik, jarak uliran

0,38 nm per pasangan basa, tersusun 12 pasang basa dan arah ulinan ke

kiri. Z-DNA yang merupakan konformasi dengan arah lilitan ke kanan. Z-

DNA hanya ditemukan pada jenis tertentu dari aktivitas biologi. Z-DNA

pertama kali ditemukan pada 1979, namun pada waktu itu masih tidak

dilirik. Ilmuwan kemudian menemukan bahwa protein tertentu berikatan

dengan sangat kuat pada Z-DNA, menunjukkan Z-DNA memainkan peran

biologis yang penting dalam perlindungan melawan penyakit virus (Rich

& Zhang, 2003). Z-DNA dapat terbentuk ketika DNA berada dalam

urutan purin-pirimidin seperti GCGCGC, dan memang nukleotida G dan

C berada dalam konformasi yang berbeda, yang mengarah ke pola zig-zag.

Perbedaan mendasar antara bentuk A-DNA dan B-DNA adalah konformasi

dari cincin gula deoksiribosa. Pada B-DNA, cincin gula deoksiribosa terletak pada

C2’, sementara pada A-DNA terletak di C3’. Perbedaan berikutnya adalah

penempatan pasangan basa dalam dupleks. Pada B-DNA, pasangan basa hampir

terpusat pada sumbu axis heliks, namun pada A-DNA, pasangan basanya ditempatkan

jauh dari sumbu pusat axis dan lebih dekat ke major groove. Hasilnya adalah heliks

yang berbentuk pita dengan inti silinder yang lebih terbuka dalam bentuk A.

Perbedaan yang besar antara Z-DNA dengan bentuk yang lain terletak pada

nukleotida G. Z-DNA memiliki gugus gula pada endokonformasi C3’ (sama seperti

A-DNA, dan berbeda dengan B-DNA) dan basa guanine berada dalam sinkonformasi.

22
 DNA bisa ada dalam 3 bentuk A, B & Z. Meskipun hanya B-DNA dan Z-

DNA yang telah diamati secara langsung dalam organisme fungsional. Konformasi

bahwa DNA mengadopsi tergantung pada tingkat hidrasi, urutan DNA, jumlah dan

arah supercoiling, kimiamodifikasi basa, jenis dan konsentrasi ion logam serta

kehadiran poliamina dalam larutan.

Bentuk B dari DNA adalah struktur yang paling stabil dalam kondisi

fisiologis. Suatu bentuk umumnya diamati pada sampel DNA yang didehidrasi secara

parsial, sementara di dalam sel itu dapat diproduksi dalam pasangan hibrida untai

DNA dan RNA serta dalam kompleks DNA-dupleks enzim. DNA masih tersusun

dengan helix ganda tangan kanan tetapi heliks lebih lebar dan jumlah pasangan basa

per belokan heliks adalah 11 daripada 10 di B-DNA. Bidang pasangan Basa di A-

DNA miring sekitar 20 ° sehubungan dengan sumbu heliks. Perubahan struktural ini

memperdalam alur utama sambil membuat dangkal alur kecil. Reagen yang

digunakan untuk mempromosikan kristalisasi DNA cenderung mendehidrasi dan

dengan demikian sebagian besar molekul DNA pendek cenderung mengkristal dalam

bentuk A.

Z bentuk di sisi lain menunjukkan rotasi heliks tangan kiri. Ada 12 pasang

basa per heliks dan strukturnya tampak lebih ramping dan memanjang. DNA tulang

punggung mengambil tampilan zig-zag dan itulah alasannya, mengapa Z-DNA juga

dikenal sebagai zig-zag DNA. Urutan di mana pyrimidine bergantian dengan purin

cenderung membentuk Z helix lebih mudah. Dalamkiri heliks residu purin beralih ke

konformasi syn bergantian dengan pirimidin dalam anti konformasi.

23
 Tabel 1. Perbandingan A-DNA, B-DNA, dan Z-DNA

B-form A-form Z-form

Helix sense Right handed Right handed Left handed

Base pairs per turn 10 Å 11 12

Vertical rise per bp 3.4 2.56 Å 19 Å

Rotation per bp +360 +330 -300

Helical diameter 19 Å 19 Å 19 Å

Gambar 11. Tiga konformasi DNA double helix

(sumber: Pierce, Benjamin. Genetics: A Conceptual Approach, 2nd ed)

24
 DAFTAR PUSTAKA

1. Boyer, R. 1999. Concept in Biochemistry. Brooks Cole Publishing Company.

2. Horton, H.R., Moran LA, Rawn J.D. and Scrimgeor, KG. 1996. Principle of
Biochemistry. Second Edition. Prentice-Hall International, Inc.

3. Lehninger, AL., Nelson, D.L., Cox, MM. 1993. Principle of Biochemistry.

Second Edition. Worth Publisher.

4. Nelson, DL. and Cox, M.M. 2000. Lehninger: Principles of Biochemistry.

Third Edition. Worth Publisher.

5. Mahaghi A, Katan A. 2013. A Physicist’s View of DNA. De Physicus 24e (3):

59-61.

6. Rich, A., &. Zhang, S. Z-DNA: The long road to biological function. Nature
Reviews Genetics 4, 566–572 (2003)

7. Energy and Metabolism : Why is double stranded DNA antiparallel ? What

are the advantages of that as opposed to just parallel ? 2018;1(c):2221.

8. Life AS. The DNA Molecule For 3-D Structure of this image using Jmol.

25