Tugas Ujian

Mata Kuliah : Rekayasa Genetik

Dosen : Prof. Dr. H. M. Natsir Djide, M.S., Apt.

TRANSKRIPSI PADA EUKARIOTIK

AZIZAH NUR AR
N012181023

PROGRAM STUDI MAGISTER FARMASI

UNIVERSITAS HASANUDDIN
MAKASSAR
2019

1
 KATA PENGANTAR

Assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh

Segala puji bagi Allah SWT yang telah memberikan penulis

kemudahan sehingga kami dapat menyelesaikan makalah ini dengan tepat

waktu. Tanpa pertolongan-Nya tentunya penulis tidak akan sanggup untuk

menyelesaikan makalah ini dengan baik. Shalawat serta salam semoga

terlimpah curahkan kepada baginda tercinta kita yaitu Nabi Muhammad

SAW yang kita nanti-natikan syafa’atnya di akhirat nanti. Tak lupa pula

penulis mengucapkan rasa terima kasih yang tak terhingga kepada Dosen

pengajar Bapak Prof. Dr. H. M. Natsir Djide, M.S., Apt. yang telah

memberikan ilmu dan pengetahuan kepada kami.

Penulis mengucapkan syukur kepada Allah SWT atas limpahan

nikmat sehat-Nya, baik itu berupa sehat fisik maupun akal pikiran, sehingga

penulis mampu untuk menyelesaikan pembuatan makalah sebagai tugas

ujian dari mata kuliah Rekayasa Genetik dengan judul “Transkripsi pada

Eukariotik”.

Penulis tentu menyadari bahwa makalah ini masih jauh dari kata

sempurna. Oleh karena itu, penulis menyampaikan permohoan maaf yang

sebesar-besarnya.

Demikian, semoga makalah ini dapat bermanfaat. Terima kasih.

Makassar, 15 Mei 2019

2
 BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

llmu pengetahuan dalam bidang rekayasa genetika mengalami

perkembangan yang luar biasa. Perkembangannya diharapkan mampu

memberikan solusi atas berbagai permasalahan baik dari segi sandang,

pangan, dan papan yang secara konvensional tidak mampu memberikan

konstribusi yang maksimal.

Perkembangan dari rekayasa genetika tersebut diikuti dengan

berbagai macam isu permasalahan seperti sosial, ekonomi, lingkungan,

kesehatan, politik, agama, etika dan legalitas suatu produk rekayasa

genetika.

Rekayasa genetika memegang peranan penting dalam merubah

susunan genetika makhluk hidup sesuai dengan keperluan manusia di

masa ini. Rekayasa Genetik, dinyatakan sebagai kemajuan yang paling

mengagumkan semenjak manusia berhasil memisahkan atom.

Dalam istilah rekayasa genetik dikenal istilah Dogma Sentral

Molekuler. Dogma sentral adalah suatu kerangka kerja untuk dapat

memahami urutan transfer informasi antara biopolymer (DNA, RNA,

protein) dengan cara yang paling umum dalam organisme hidup. Sehingga

secara garis besar, dogma sentral maksudnya adalah semua informasi

terdapat pada DNA, kemudian akan digunakan untuk menghasilkan

3
molekul RNA melalui transkripsi, dan sebagian informasi pada RNA

tersebut akan digunakan untuk menghasilkan protein melalui proses yang

disebut translasi.

Transkripsi merupakan tahapan awal dalam proses sintesis protein

yang nantinya proses tersebut akan berlanjut pada ekspresi sifat-sifat

genetik yang muncul sebagai fenotip dan untuk mempelajari rekayasa

genetik tahap dasar yang harus kita ketahui adalah bagaimana mekanisme

sintesis protein sehingga dapat terekspresi sebagai fenotip.

Transkripsi adalah proses sintesis molekul RNA pada DNA templat.

Pada organisme eukariotik proses ini terjadi pada inti sel/nukleus.

Sedangkan pada organisme prokariotik berada di sitoplasma karena tidak

memiliki inti sel (tepatnya pada kromosom).

Dalam proses transkripsi, RNA disintesis menggunakan DNA

sebagai cetakan, maka penyalinan DNA ke RNA belum mampu

menerangkan bahwa informasi genetik dalam bentuk DNA telah

diekspresikan. Jauh sebelum DNA diidentifikasi sebagai pembawa

informasi genetik, telah diketahui bahwa protein dalam bentuk enzim

merupakan mesin-mesin sel yang terlibat dalam berbagai reaksi biokemis.

Makalah ini ditulis untuk mengetahui konsep dasar transkripsi DNA

menjadi RNA khususnya pada organisme eukarotik.

B. Rumusan Masalah

Adapun yang menjadi rumusan masalah dari makalah ini yaitu

bagaimana proses transkripsi DNA menjadi RNA pada eukariotik ?

4
C. Tujuan Penulisan

Berdasarkan dari rumusan masalah di atas, maka tujuan penulisan

dari makalah ini ialah untuk mengetahui proses transkripsi DNA menjadi

RNA pada eukariotik.

5
 BAB II

PEMBAHASAN

A. Transkripsi

Transkripsi adalah pembentukan mRNA (messenger RNA/RNA

duta) dari salah satu pita DNA dengan bantuan enzim RNA polimerase.

mRNA membawa pesan DNA untuk memilih polipetida yang sesuai dalam

sintesis protein. Pilinan DNA membuka sebagian salah satu rantainya

(rantai sense) akan membentuk rantai penggenap (ARN duta) yang berisi

kode genetik/kodon. Setelah ARN duta terbentuk, kemudian melepaskan

diri dari DNA dan berpilin kembali.

Gambar. Transkripsi

Pembentukan mRNA (messenger RNA/RNA duta) dari salah satu

pita DNA dengan bantuan enzim RNA polimerase. mRNA membawa pesan

DNA untuk memilih polipetida yang sesuai dalam sintesis protein. Pilinan

DNA membuka sebagian salah satu rantainya (rantai sense) akan

membentuk rantai penggenap (RNA duta) yang berisiko degenetik/kodon.

6
Setelah RNA duta terbentuk, kemudian melepaskan diridari DNA dan

berpilin kembali.

DNA yang berada di nukleus akan berikatan dengan RNA

polimerase. Terbukanya rantai DNA memicu RNA polimerase melekat ke

daerah yang dinamakan dengan promotor), Enzim RNA polimerase (RNAP)

mengatalisis ribonukleotida menjadi rangkaian RNA yang bersifat

komplementer terhadap untai pengkode dan melokalisasi promoter. Enzim

ini akan berikatan dengan promoter pada untai cetakan, kemudian akan

diikuti oleh proses inisiasi sintesisRNApada titik mula, elongasi rantaiRNA,

hingga tercapai rangkaian terminasi. Terbentuknya mRNA maka terjadilah

transkripsi pada inti sel. mRNA akan membawa informasi genetik yang ada

pada DNA menuju ribosom). mRNA yang terbentuk selanjutnya akan

dipindahkan dari inti menuju ribosom, kemudian diterjemahkan menjadi

protein di ribosom).

Di dalam transkripsi terdapat bagian-bagian gen, yaitu upstream,

transcribed, dan downstream yang memiliki fungsi masing-masing.

1. Upstream yaitu awal terjadinya transkripsi (stimulus dimulainya proses

transkripsi). Pada proses ini enzimRNApolimerase (RNAP) akan

mengkatalisis polimerase ribonukleotida menjadi rangkaianRNAyang

bersifat komplementer terhadap untai cetakan gen. Enzim ini akan

berikatan dengan promoter pada untai cetakan, kemudian akan diikuti

oleh proses inisiasi sintesisRNApada titik mula,elongasi rantaiRNA,

hingga tercapai rangkaian terminasi.

7
2. Transcribed yaitu proses dimana terjadi kompleks RNAP pada

transkripsi. Dengan adanya ATP+XTP akan terbentuk inisiasi rantai RNA

yang kemudian terjadi pelepasan faktor sigma yang selajutnya akan

terbentuk elongasi rantai RNA.

3. Downstream adalah proses terjadinya terminasi dan pelepasan rantai.

Saat rantai RNA telah lengkap maka RNAP akan dilepas dari cetakan.

Dalam biosintesis RNA, pemanjangan rantai nukleotida berlangsung

arah 5′ à 3′ RNA, dikatalisis oleh suatu enzim, yang diberi nama RNA

polimerase. Sewaktu RNA polimerase berinteraksi dengan promotor di

daerah pengawalan dari suatu gen, maka sintesis RNA dimulai pada titik

berangkat (startpoint), bergerak sepanjang DNA cetakan, dan menyalin

salah satu rantai DNA cetakan (coding sequence) ke dalam rantai RNA

hingga mencapai urutan DNA yang disebut terminator. Hasilnya adalah

suatu molekul tunggal RNA yang disebut terjemahan utama (primary

transcript), dari titik pengawalan sampai ke terminator didefinisikan sebagai

satuan transkripsi, dan dapat mencakup lebih dari satu gen. Urutan DNA

sebelum titik pengawalan transkripsi disebut hulu (upstream) dan urutan

DNA setelah terminator disebut hilir (downstream). Terkadang, urutan DNA

ditulis hanya menunjukan daerah yang mengandung sandi, yang sama

dengan urutan RNA. Posisi basa dalam DNA itu dinotasi mulai dari titik

pengawalan sebagai +1 membesar ke arah hilir. Notasi sebelum titik

pengawalan adalah -1 kemudian bilangan negatif meningkat ke arah hulu.

mRNA sebagai terjemahan utama bersifat tidak stabil. Dalam prokarion,

8
mRNA mudah dihancurkan atau diproses membentuk hasil akhir yang

matang. Dalam eukarion, mRNA dimodifikasi pada ujung-ujungnya, dan

semua jenis RNA diproses ke arah pematangan dengan membuang sub-

sub perintah yang memungkinkan setiap RNA berfungsi secara seluler.

Transkripsi yang dipercepat reaksinya oleh RNA polimerase,

berlangsung dalam apa yang disebut gelembung transkripsi (trancription

bubble), yaitu daerah dimana ikatan hidrogen dalam DNA dilelehkan

sementara. Gelembung transkripsi, yang berukuran ~18 pb itu, bergerak

sejalan dengan bergeraknya RNA polimerase meneliti dengan cermat dan

membaca salah satu rantai DNA yang mengandung sandi (coding region)

serta menyalinnya ke dalam rantai tunggal RNA. Sewaktu RNA disintesis,

terbentuklah hibrida RNA-DNA yang diprediksi (berdasarkan struktur RNA

dalam kompleks RNA-RNA polymerase) berukuran lebih pendek dari

gelembung transkripsi, sekitar ~12 pb.

Eksperimen pemotongan RNA dalam kompleks RNA-RNA

polimerase oleh ribonuklease bahkan menunjukan bahwa RNA dapat

dipotong sampai sedekat 3 basa dari titik pertumbuhan RNA, yang

menunjukkan bahwa asosiasi RNA pada DNA hanya sekitar 2-3 basa saja.

Lebih pendek dari itu, RNA melakukan pengikatan sangat kuat dengan RNA

polimerase. Jadi, kompleks sementara RNA-DNA berlangsung dalam

waktu yang sangat singkat dan dalam ukuran yang sangat pendek, yang

hanya cukup untuk memberikan keadaan mantap kepada hibrida RNA-DNA

yang menentukan spesifisitas penambahan nukleotida. Sewaktu RNA

9
polimerase bergerak maju, ikatan hidrogen yang ada pada bagian belakang

gelembung transkrip berpasangkembali. RNA yang terbentuk bergerak

bebas kecuali sekitar 25 nukleotida masih tetap berasosiasi dengan

kompleks enzim, dan mungkin berada pada saluran yang berukuran ~25Å

di dalam RNA polimerase.

Semua asam-asam nukleat disintesis dari senyawa prekursor,

nukleosida 5′ trifosfat, melalui reaksi kondensasi antara gugus 5′ trifosfat

dari nukleotida yang datang mendekat pada kompleks DNA-RNA

polimerase dengan gugus 3′-OH dari nukleotida terakhir yang ditambahkan

ke dalam rantai RNA yang baru dibentuk. Akibat serangan nukleofilik ini,

nukleotida yang datang kehilangan 2 gugus fosfat terminal (g dan b). Gugus

fosfat pada posisi a digunakan dalam pembentukan ikatan fosfodiester

dengan rantai RNA yang sedang disintesis. Dengan demikian, rantai RNA

disintesis dari ujung 5′ kearah ujung 3′, dengan kecepatan reaksi ~40

nukleotida/detik pada suhu 37oC pada RNA polimerase bakteri. Reaksi ini

jauh lebih lambat ketimbang replikasi DNA, yang berlangsung dengan

kecepatan 800 pb/detik.

Sambutan (acceptability) nukleotida yang datang ke dalam kompleks

transkripsi didasarkan pada kecocokannya dengan salah satunya adalah

tiga pasangan basa (kodon) yang ada dalam rantai DNA. Nukleotida yang

datang itu mungkin mengalami supervisi dari RNA polimerase, untuk dilihat

apakah nukleotida yang datang sesuai atau tidak. Ikatan fosfodiester

iniakan terjadi hanya apabila terdapat kecocokan dengan komplek RNA

10
polimerase-DNA. Jika syarat kecukupan tidak dipenuhi maka nukleotidanya

dilempar keluar kompleks transkripsi. Dengan demikian, diskriminasi

berlangsung dan videlitas dijaga, namun tidak hanya didasarkan pada

berpasangannya basa nukleotida, karena beberapa senyawa analog dapat

disambut dengan baik dan menjadi bagian dari RNA.

Proses transkripsi dapat dibagi ke dalam beberapa tahapan: (1)

Tahapan pengakuan cetakan (template recognition), (2) Tahapan

pengawalan (initiation), (3) Tahapan pemanjangan (elongation), dan (4)

Tahapan pengakhiran (termination).

a. Tahapan pengakuan cetakan, RNA polimerase membentuk kompleks

dengan rantai ganda DNA, ikatan hidrogen dilelehkan, dan

menciptakan gelembung transkripsi. Daerah yang dibutuhkan oleh RNA

polimerase membentuk kompleks dengan rantai ganda DNA disebut

promotor.

b. Tahapan pengawalan mendeskripsikan pembentukan ikatan nukleotida

pertama dalam RNA. Enzim RNA polimerase tetap berada di daerah

promotor sambil mensintesis ~9 nukleotida pertama. Namun demikian,

pembentukan nukleotida pendek ini terkadang mengalami keguguran

(abortion), yaitu: enzim mensintesis transkrip kurang dari 9 basa,

melepaskannya kembali, dan memulai kembali mensintesis RNA baru.

Tahapan pengawalan berakhir apabila enzim mampu mensintesis

rantai RNA baru melewati batas panjang ini.

c. Tahapan pemanjangan adalah selang selama enzim bergerak

11
 sepanjang DNA cetakan dan memperpanjang rantai RNA. Sambil ia

bergerak, ia membuka rantai ganda DNA dan menyingkapkan sandi

rantai tunggal DNA dengan nukleotida-nukleotida yang datang

menyerang ujung 3′ dari rantai RNA yang sedang mengalami

pemanjangan, membentuk molekul hibrida RNA-DNA di daerah yang

dibuka gulungannya. Persis dibelakang gulungan DNA yang terbuka ini,

rantai tunggal DNA berpasangan kembali membentuk rantai ganda

dengan pasangan aslinya. RNA kemudian muncul sebagai rantai

tunggal yang bebas, yang ujung pemanjangannya masih terkait dengan

kompleks DNA-RNA-enzim.

d. Tahapan pengakhiran melibatkan pengakuan titik dimana tidak ada lagi

basa yang ditambahkan ke dalam rantai. Untuk mengakhiri transkripsi,

pembentukan ikatan fosfodiester harus dihentikan, dan kompleks

transkripsi harus dibubarkan. Sewaktu nukleotida terakhir ditambahkan

akan diikuti oleh runtuhnya gelembung transkripsi, dan dilepaskannya

hibrida RNA-DNA. DNA kembali ke keadaan rantai ganda, RNA dan

enzim dibebaskan. Urutan basa nukleotida dalam DNA yang digunakan

agar terjadinya pengakhiran transkripsi disebut terminator.

Berbeda halnya dari organisasi gen pada prokaryot yang pada

umumnya bersifat polisistronik, gen-gen pada jasad eukaryot bersifat

monosistronik, artinya satu transkrip yang dihasilkan hanya mengkode satu

macam produk ekspresi. Pada jasad eukaryot tidak dikenal adanya sistem

operon karena satu gen struktural dikendalikan oleh satu promoter. Gen-

12
gen eukaryot tersebar pada beberapa kromosom. Banyak gen eukaryot

yang bagian strukturalnya berselang-seling antara sekuens yang

mengkode satu uratan spesifik (ekson) dan sekuens yang tidak mengkode

uratan spesifik (intron).

B. Transkripsi pada Eukariotik

Terdapat tiga macam RNA polymerase pada jasad eukariot yang

bertanggung jawab di dalam proses transkripsi tiga kelas gen. Pada

eukaryot dapat dibedakan tiga kelas gen, yaitu: (1) gen kelas I (ditranskripsi

oleh RNA polimerase I), meliputi gen-gen yang mengkode 18S rRNA dan

28S rRNA, dan 5,8S rRNA, (2) gen kelas II (ditranskripsi oleh RNA

polimerase II), meliputi semua gen yang mengkode protein dan beberapa

RNA berukuran kecil yang terdapat di dalam nukleus, dan (3) gen kelas III

(ditranskripsi oleh RNA polimerase kelas III), meliputi gen-gen yang

mengkoede tRNA, 5S rRNA, dan beberapa RNA kecil yang ada di dalam

nukleus. Perbedaan kelas gen tersebut mempunyai implikasi dalam hal

struktural gen.

Ekspresi Gen pada eukariotik

1. Mekanisme pengaturan ekspresi gen pada eukariotik

Pengaturan jenis dan jumlah protein yang terdapat dalam sel

eukariotik berlangsung di sejumlah tahapan yang berbeda. Pertama-tama,

perubahan dalam jumlah atau struktur gen dapat mempengaruhi jumlah

atau jenis protein yang dibentuk didalam sel. Gen mungkin lenyap dari sel,

jumlahnya meningkat, tersusun ulang, atau mengalami modifikasi secara

13
kimia. DNA dapat berikatan dengansenyawa lain (misalnya histon) dan

mengambil konformasi yang sulit ditranskipsikan.

Di tingkat transkripsi gen spesifik, elemen di dalam urutan DNA

(disebut elemen sis) berikatan dengan factor lain yang dikenal sebagai

elemen trans (biasanya protein) yang mendorong atau menghambat

pengikatan RNA polymerase ke gen.

Pengaturan dapat terjadi selama pengolahan transkip RNA (hnRNA)

menjadi mRNA matang. Tempat penyambungan alternatif untuk

penambahan ekor poli A dapat menghasilkan mRNA yang berbeda dari

hnRNA tunggal.

2. Tidak adanya operon pada eukariot

Operon tidak terdapat pada eukariotik. Gen yang mengkode protein

yang berfungsi bersama-sama biasanya terletak di kromosom yang

berbeda. Misalnya, gen untuk rantai globin-α hemoglobin terletak di

koromosom 16, sedangkan gen untuk rantai globin-β terletak di kromosom

11. Situasi ini berbeda di bakteri, diman gen yang mengkode protein yang

berfunsi bersama-samaterletak berdampingan satu sama lain dalam

operon. Operon diatur oleh sebuah promotor.

14
 Struktur dasar RNA mirip dengan DNA. RNA merupakan polimer

yang tersusun dari sejumlah nukleotida. Setiap nukleotida memiliki satu

gugus fosfat, satu gugus pentosa, dan satu gugus basa nitrogen (basa N).

Polimer tersusun dari ikatan berselang-seling antara gugus fosfat dari satu

nukleotida dengan gugus pentosa dari nukleotida yang lain. Perbedaan

RNA dengan DNA terletak pada satu gugus hidroksil cincin gula pentosa,

sehingga dinamakan ribosa, sedangkan gugus pentosa pada DNA disebut

deoksiribosa. Basa nitrogen pada RNA sama dengan DNA, kecuali basa

timina pada DNA diganti dengan urasil pada RNA. Jadi tetap ada empat

pilihan: adenina, guanina, sitosina, atau urasil untuk suatu nukleotida.

Selain itu, bentuk konformasi RNA tidak berupa pilin ganda sebagaimana

DNA, tetapi bervariasi sesuai dengan tipe dan fungsinya.RNA tidak berpilin

karena dari bentuk rantainya yang tunggal yang menyebabkan

konformasinya tidak sama dengan DNA.

Sintesis RNA dari cetakan DNA disebut transkripsi. Transkripsi

dikatalisis oleh enzim yang dikenal sebagai RNA polymerase. Mekanisme

kerja RNA dan DNA polymerase sangat serupa, dengan satu perbedaan

penting yaitu RNA polymerase dapat memulai sintesis untai baru. Sel

bakteri memiliki satu RNA polymerase yang mentranskripsikan semua jenis

RNA. Berlainan dengan prokariotik, sel eukariotik memiliki tiga RNA

polymerase. Polymerase I mentranskripsi gen yang mengkode rRNA 5, 8S,

28S, dan 18S. Polymerase ini sering kali ditemukan berasosiasi dengan

kromosom di dalam nukleolus. Polymerase II melakukan transkripsi dari

15
promotor yang mengontrol sistesis pra-mRNA yang masih mengandung

pengkode (ekson) dan daerah bukan pengkode (intron). Polymerase III

hanya mengenali promotor yang mengontrol sintesis RNA yang relatif

pendek, misalnya tRNA dan rRNA 5S dan sebagainya. Semua RNA

polymerase memiliki mekanisme kerja yang sama. Namun, RNA

polymerase mengenali jenis promotor yang berbeda.

Sebuah untai DNA berfungsi sebagai cetakan yang disalin dalam

arah 5’ ke3’. Ribonukleosida trifosfat ATP, GTP, CTP dan UTP berfungsi

sebagai prekusor yang membentuk pasangan basa dengan nukleotida

komplementer pada cetakan DNA. Fosfat melekat ke gugus 5’hidroksil

pada prekusor membentuk ikatan ester dengan gugus 3’hidroksil di ujung

rantai RNA yang sedang tumbuh. Pelepasan pirofosfat dan pemutusannya

oleh pirofosfatase untuk membentuk dua fosfat inorganik menghasilkan

energi yang menjalankan reaksi polimerisasi.

Di bawah ini, ditunjukkan gambar Transkripsi gen klas III dan

Transkripsi gen klas II sebagai berikut:

16
Gambar. Transkripsi gen Kelas II

17
Gambar. Transkripsi gen klas III

18
 Namun, mekanisme transkripsi secara umum pada organisme

eukariot sama dengan pada prokariot, yaitu melalui tahapan inisiasi,

elongasi dan terminasi. Perbedaan antara transkripsi pada eukariot dengan

prokariotik adalah RNA polimerase tidak melekat pada DNA selama proses

inisiasi.

a. Inisiasi

Tahap inisiasi berupa pengenalan holoenzyme (RNA polimerase) pada

tapak awal inisiasi atau yang disebut sebagai promoter. Pengenalan

promoter ini berlangsung melalui pelekatan/pengikatan holoenzyme (RNA

polimerase) pada posisi promoter. Bagian RNA polimerase yang mengenali

promoter adalah subunit τ (sigma).

Semua promoter mempunyai urut-urutan nukleotida yang sama atau sangat

mirip. Pada E. coli diketahui ada dua macam urut-urutan promoter yaitu 5'-

TTGACA-3' (-35box) dan 5'-TATAAT-3' (-10 box atau Pribnow box). -10

menunjuk pada lokasi box tersebut terdapat berkaitan dengan posisi awal

transkripsi.

Pada awal proses pengikatan RNA polimerase (holoenzime) dengan

promoter disebut sebagai "kompleks promoter yang tertutup" atau Closed

promoter complex. Dalam bentuk closed promoter complex, enzim

polimerase menutupi atau "melindungi" sekitar 60 bp (base pairs) dari heliks

ganda, bermula dari posisi di depan (upstream) -35 box menuju ke arah -

10 box. Diduga holoenzyme RNA polimerase secara khusus mengenali -35

box sebagai tapak pengikatan DNA, meskipun kesimpulan ini masih

19
kontroversial. Akan tetapi dinyatakan lagi, bahwa -10 box adalah daerah

yang jelas-jelas merupakan tempat pemutusan ikatan hidrogen antara basa

(yang disebut peleburan), maupun tempat pertama terbukanya lilitan heliks

ganda DNA. Setelah RNA polimerase berlekatan dengan bagian promoter,

selanjutnya akan membentuk formasi open promoter complex, yakni

struktur yang terbentuk akibat pemutusan ikatan hidrogen maupun

terbukanya lilitan heliks. Dengan terbentuknya open promoter complex

tersebut memungkinkan terjadinya proses polimerisasi RNA, setelah

terlebih dahulu berlangsung polimerisasi pertama yang menghadirkan dua

nukleotida yang pertama.

b. Elongasi

Setelah tahap inisiasi selesai, maka dilanjutkan dengan tahap elongasi.

Selama tahap elongasi, RNA polimerase (core enzyme) memutuskan

ikatan hidrogen, serta membuka lilitan heliks ganda. RNA polimerase

bergerak sepanjang molekul DNA dan menghubungkan ribonukleotida-

ribonukleotida ke ujung 3’ pada molekul RNA yang sedang tumbuh, sesuai

dengan macam basa pada DNA yang menjadi cetakannya. Proses ini

berlangsung dengan arah polimerisasi dari ujung 5’ ke ujung 3’. Selama

berlangsungnya polimerisasi, bagian molekul RNA yang telah terbentuk,

secara bertahap terlepas ikatannya dari untaian DNA pengkode, sehingga

memungkinkan segera terbentuknya kembali heliks ganda seperti semula.

Dalam hubungan ini bagian DNA yang terbuka, atau yang disebut

"gelembung transkripsi" hanya mengandung pasangan basa RNA-DNA

20
sejumlah antara 12 sampai 17.

c. Terminasi

Proses elongasi diakhiri di daerah terminator. Terminator dikenali oleh

protein faktor yang berasosiasi dengan RNA polimerase yang memicu

terjadinya proses terminasi. Setelah sinyal poly-A ditranskripsikan menjadi

mRNA, protein CPSF (Cleavage and Polyadenylation Specificity factor) dan

CstF (Cleavage Stimulation factor) dikirim dari domain ujung gugus

karboksil dari RNA polymerase II ke sinyal poly-A. Kedua faktor ini akan

mencari protein lain untuk memutus transkripsi dan membebaskan mRNA

dari kompleks transkripsi. Akhirnya dilakukan proses Polyadenilasi, yaitu

pembentukan 200 nukleotida dengan basa nitrogen Adenin di ujung mRNA.

Selama proses terjadiRNA polimerasi terus melakukan transkripsi hingga

beberapa kilobasa melalui mekanisme yang masih belum diketahui, ada 2

model untuk menjelaskan fenomena tersebut, yaitu model torpedo dan

model alosterik.

Terdapat 3 produk hasil transkripsi pada eukariot antara lain :

1. RNA polimerase I (RNA Pol I) mentranskripsi sebagian besar gen rRNA.

Enzim ini terdapat di dalam nukleoli dan tidak sensitif terhadap α-

amanitin.

2. RNA polimerase II (RNA Pol II) mentranskripsi semua gen penyandi

protein dan beberapa gen RNA nuklear kecil (snRNA). Enzim ini

terdapat di dalam nukleoplasma dan sangat sensitif terhadap α-

amanitin.

21
3. RNA polimerase III (RNA Pol III) mentranskripsi gen-gen tRNA, 5S

rRNA, U6 snRNA dan beberapa RNA kecil lainnya. Enzim ini terdapat

di dalam nukleoplasma dan agak sensitif terhadap α-amanitin.

Pemrosesan Pasca Transkripsi

Pada prokariot proses transkripsi dan translasi berlangsung

hampir secara serentak, artinya bahwa sebelum transkripsi selesai

dilakukan translasi sudah dapat dimulai. Hal ini dapat terjadi karena pada

prokariot tidak ada hambatan struktural sel karena semua komponen

transkripsi dan translasi terletak pada ruangan sitoplasma yang sama.

Sebaliknya pada eukariot transkripsi berlangsung di dalam nucleus

sedangkan translasi berlangsung di dalam sitoplasma dengan demikian

translasi baru dapat dijalankan jika proses transkripsi sudah selesai

dilakukan. Jeda waktu semacam ini disebut fase pasca transkripsi. Pada

fase ini terjadi beberapa proses yang unik pada eukariot antara lain (1)

pemotongan dan penyambungan RNA (RNA spilicing), (2) poliadenilasi

(penambahan gugus poli-A pada ujung 3’ mRNA), (3) penambahan tudung

(cap) pada ujung 5’ mRNA.

22
 Pemotongan dan Penyambungan RNA (splicing)
Transkip mRNA pada eukariot juga mengalami pemrosesan dalam

bentuk penambahan poliA (rantai AMP) pada ujung 3’ sepanjang kurang

lebih 200-250 nukleotida. Penambahan poliA tersebut ditambahkan pasca-

transkripsi karena tidak ada bagian gen yang mengkode rangkaian A atau

T semacam ini. Penambahan tersebut dilakukan dengan menggunakan

aktivitas enzim poli (A) polimerase yang ada di dalam nucleus.Sebagian

mRNA mengandung poliA, kecuali mRNA histon.

Penambahan poli A pada ujung 3’ meningkatkan stabilitas mRNA

sehingga mRNA mempunyai umur yang lebih panjang dibandingkan

23
dengan mRNA yang tidak mempunyai poliA. Selain itu juga ada bukti yang

menunjukan bahwa keberadaan poliA meningkatkan efisiensi translasi

mRNA semacam itu. Diketahui ada suatu protein, yaitu poly (A)-binding

protein I, yang menempel pada poliA sehingga meningkatkan efisiensi

translasi. Bukti lain juga menegaskan bahwa mRNA yang mempunyai poliA

mempunyai kemungkinan yang lebih tinggi untuk mengikat ribosom

sehingga dapat meningkatkan efisiensi translasi dibandingkan mRNA yang

tidak mengalami poliadenilasi. Poliadenilasi dilakukan pada precursor

mRNA bahkan sebelum terjadi terminasi transkripsi. Hal tersebut dilakukan

dengan caramemotong precursor pada bagian yang nantinya akan menjadi

bagian mRNA yang matang, kemudian dilanjutkan dengan menambahkan

poliA pada ujung 3’ yang terbuka. Bagian mRNA yang disintesis setelah

selesai sisi poliadenilasi yang selanjuutnya didegradasi.

Tempat dilakukan poliadenilasi dicirikan oleh sinyal poliadenilasi

pada gen mamalia. Sinyal tersebut terdiri dari rangkaian nukleotida

AATAAA yang diikuti oleh sekitar 20 nukleotida yang kaya akan residu GT

serta diikuti oleh motif yang kaya akan T. Transkip mRNA pada tanaman

dan khamir juga mengalami poliadenilasi tetapi sinyal poliadenilasinya

berbeda dari yang ada pada mamalia karena ada variasi pada sekuens

AATAAA. Pada khamir, jarang sekali ada motif AATAAA yang ditemukan.

Penambahan tudung (cap) pada ujung 5’ mRNA

Sejak tahun 1974, para peneliti telah menemukan bahwa jasad

eukariot mengalami metilasi (penambahan gugus metil) yang sebagian

24
besar terakumulasi pada ujung 5’ mRNA.Stuktur ini kemudian dikenal

sebagai tudung mRNA (mRNA cap).Penelitian selanjutnya yang dilakukan

oleh Yasuhiro Furuichi dan Kin-Ichiro Miura menunjukan bahwa tudung

mRNA tersebut berupa molekul 7-metilguanosin (m7G).tudung mRNA

tersebut disintesis dalam beberapa tahapan. Yang pertama, enzim RNA

trifosfatase memotong gugus fosfat pada ujung pre mRNA, kemudian enzim

guanili transferase memotong gugus fosfat pada ujung pre

mRNA.Kemudian enzim guanili transferase menambahkan GMP (guanosin

fosfat).Selanjutnya, enzim metil transferase melakukan metilasi tudung

guanosin pada N7 dan gugus 2’-O metil pada nukleotida ujung tudung

tersebut. Proses penambahan tudung tersebut berlangsung pada tahapan

awal transkripsi sebelum transkrip mencapai panjang 30 nukleotida.

Tudung mRNA mempunyai empat macam fungsi, yaitu: (1) melindungi

mRNA dari degradasi. (2) meningkatkan efisiensi translasi mRNA, (3)

meningkatkan pengangkutan mRNA dan nucleus ke sitoplasma dan (4)

meningkatkan efisiensi proses spilicing mRNA. Tudung m7G berikatan

dengan mRNA melalui ikatan trifosfat.Tudung tersebut juga meningkatkan

efisiensi translasi karena ribosom dapat mengakses mRNA melalui suatu

protein yang menempel pada tudung. Dengan demikian, jika tidak ada

tudung, maka protein yang melekat pada tudung tidak akan menempel. Hal

itu akhirnya akan mengurangi kemungkinan ribosom untuk menempel dan

melakukan translasi.

25
 BAB III

PENUTUP

Proses transkripsi secara umum pada organisme eukariot sama

dengan pada prokariot, yaitu melalui tahapan inisiasi, elongasi dan

terminasi. Perbedaan antara transkripsi pada eukariot dengan prokariotik

adalah RNA polimerase tidak melekat pada DNA selama proses inisiasi.

a. Inisiasi

Tahap inisiasi berupa pengenalan holoenzyme (RNA polimerase) pada

tapak awal inisiasi atau yang disebut sebagai promoter. Pengenalan

promoter ini berlangsung melalui pelekatan/pengikatan holoenzyme (RNA

polimerase) pada posisi promoter.

b. Elongasi

Setelah tahap inisiasi selesai, maka dilanjutkan dengan tahap elongasi.

Selama tahap elongasi, RNA polimerase (core enzyme) memutuskan

ikatan hidrogen, serta membuka lilitan heliks ganda.

c. Terminasi

Proses elongasi diakhiri di daerah terminator. Terminator dikenali oleh

protein faktor yang berasosiasi dengan RNA polimerase yang memicu

terjadinya proses terminasi.

26
 DAFTAR PUSTAKA

Corebima, A. D. 2002. Genetika Kerja Gen I. Malang: Universitas Negeri

Malang.

Edi, Syahmi. 2014. Pengantar Bioteknologi. Medan: FMIPA UNIMED

Elrod, Susan Ph.D. William Stansfiel,Ph.D, 2007. Schaum’s Outlines of

Theory and Problems of Genetics, Fourth Edition, Erlangga, Jakarta

Gardner, E.J., Simmons, M.J., & Snustad, D.P. 1991. Principles of Genetics
8th Edition. New York: John Wiley & Sons.

Yuwono, T. 2008. Biologi Molekular. Jakarta: Erlangga

27