Oleh :
Achmad Fauzi
BAB I
PENDAHULUAN
Dulu sebelum struktur DNA diketahui, para ilumuan tertarik pada kemampuan organisme
membuat salinan yang layak dari dirinya sendiri, dan kemudian kemampuan sel memproduksi
banyak salinan sama précis makromolekul komplek. Spekulasi tentang permasalahan ini terfokus
pada konsep template. Template sel seharusnya menjadi permukaan dimana molekul berada
dalam susunan yang khusus dan bergabung untuk membentuk makromolekul yang struktur dan
fungsinya unik.
Proses replikasi DNA menunjukan contoh biologi pertama dari penggunaan template
untuk memandu sintesa makromolekul. Tahun 1940an mengantarkan pada pengetahuan bahwa
DNA merupakan molekul genetik, tetapi semuanya berubah ketika James Watson dan Francis
Crick menyimpulkan struktur DNA yang menjelaskan bagaimana DNA bekerja sebagai template
untuk replikasi dan penyaluran informasi genetic. Satu strand merupakan pelengkap strand yang
lain. Aturan keras pasangan basa berarti bahwa penggunaan salah satu strand sebagai templat
akan menghasilkan strand lain yang dapat diprediksi susunan complementarinya.
Ciri pokok proses replikasi DNA dan mekanisme yang digunakan enzim yang
mengkatalisasi DNA telah menunjukan kesamaan yang identik pada semua organisme. Kesatuan
mekanisasi akan menjadi tema utama seperti yang kita proses dari cirri umum proses replicas.
BAB II
PEMBAHASAN
A. Definisi :
Replikasi DNA dan sintesis protein adalah dua hal yang dilakukan sebelum pembelahan
sel. Replikasi DNA dan sintesis protein bertujuan untuk menghasilkan segala sesuatu dalam sel
menjadi dua kali lipat untuk keperluan pembelahan sel. Dalam replikasi DNA dan sintesis
protein, istilah penyalinan kode gen diartikan sebagai pembentukan DNA/RNA baru yang
memiliki basa nitrogen berlawanan dengan DNA/RNA yang disalin.
B. Replikasi DNA
Replikasi DNA adalah proses penggandaan DNA baru menggunakan DNA yang telah
ada. Model mengenai proses replikasi DNA :
DNA induk menjadi rantai yang terputus-putus, masing-masing rantai membentuk DNA
baru Model yang diakui sampai sekarang adalah model semikonservatif.Komponen-komponen
yang bekerja dalam replikasi DNA antara lain DNA, enzim helikase, enzim topoisomerase,
enzim DNA polimerase, dan enzim ligase.
Komponen-komponen yang bekerja dalam sintesis protein antara lain mRNA (RNAd),
rRNA, tRNA, enzim RNA polimerase, enzim aminoasiltRNA sintetase, dan enzim peptidil
transferase. Proses transkripsi terjadi di inti sel:
mRNA dibuat dengan menyalin rantai DNA yang disebut DNA sense atau kodogen.
Rantai DNA lawan yang tidak disalin disebut DNA antisense. 2) mRNA dibuat menggunakan
RNA polimerase sehingga menghasilkan kodon. Kodon adalah urutan basa nitrogen yang
merupakan salinan DNA sense atau kodogen, yang mengkode asam amino tertentu.
Urutan basa nitrogen kodon sama dengan DNA antisense. Asam amino dikode oleh
triplet kodon, yaitu susunan 3 basa nitrogen yang menentukan jenis 20 asam amino berbeda.
Redundansi adalah keadaan dimana satu jenis asam amino dapat dikode oleh >1 triplet
kodon. Proses translasi terjadi di ribosom:
1) mRNA lalu keluar dari inti sel dan berikatan dengan rRNA pada ribosom
2) tRNA lalu mencari start kodon (AUG) pada mRNA untuk memulai translasi.
Pada start kodon:
a) Unit ribosom kecil dan besar bergabung
b) AUG mengkode metionin (Met), sehingga setiap protein pasti mengandung metionin
Selama translasi:
a) tRNA mengenali kodon menggunakan antikodon (lawan kodon)
b) Asam amino yang dikode tRNA lalu dibentuk oleh rRNA, lalu diikatkan dengan tRNA
menggunakan aminoasiltRNA sintetase.
3) Peptidil transferase mengikat asam amino yang dihasilkan tiap triplet kodon menjadi rantai
polipeptida.
4) tRNA berhenti menerjemahkan setelah mencapai stop kodon (UAA/UAG/UGA). Pada stop
kodon:
a. Tidak ada asam amino yang dikode.
b. mRNA, unit ribosom kecil dan besar, tRNA terpisah-terpisah.
c. Rantai polipeptida lepas dari tRNA dan dibawa keluar ribosom, dan dimodifikasi di badan
Golgi untuk diubah menjadi enzim, hormon, protein struktural, atau organel baru, sebagai
ekspresi gen.
Replikasi DNA dikatakan semikonservatif jika masing-masing strand DNA berlaku sebagai
template untuk sintesa strand baru, dua molekul DNA baru akan dihasilkan, masing-masing
dengan satu strand baru dan satu strand lama. Proses ini disebut replikasi semikonservatif.
Hipotesa tentang replikasi semikonservatif diusulkan oleh Watson dan Crick setelah publikasi
paper mereka tentang stuktur DNA; teri tersebut dibuktikan percobaan yang didesign dengan
mahir oleh Mattew Meselson dan Franklin Stahl pada tahun 1957 (Gb. 24-2. Meselson dan Stahl
menumbuhkan sel E.coli selama beberapa generasi pada medium dimana sumber nitrogen
(NH4Cl) mengandung 15N, isotop nitrogen terberat disamping isotop normal, lebih banyak,
ringan yakni 14N. DNa yang terisolasi dari sel ini memilika densitas 1%lebih besar dari pada
DNA normal DNA[14N]. meskipun ini hanya perbedaan kecil , campuran [15N]DNA berat
dengan [14N]DNA ringan dapat dipisahkan dengan sentrifugasi untuk keseimbangan pada
garadien densitas klorida sesium.
Sel E.coli yang berkembang pada medium 15N ditransfer ke medium baru yang hanya
mengandung isotop 14N, dimana sel-sel tersebut dibiarkan berkembang sampai populasi sel
menjadi berlipat ganda. DNA yang terisolasi dari generasi pertama sel membentuk pita tunggal
pada gradient CsCl pada posisi yang mengindikasikan bahwa DNA helik ganda dari sel turunan
merupakan hibrida yang mengandung satu strand 14N baru dan satu stran 15N inang .
Hasil ini menumbangkan replikasi konservatif, hipotesis lain dimana satu turunan molekul DNA
akan terdiri dari dua strand DNa hasil sintesa baru dan yang lainnya akan mengandung dua
strand inang, sementara tidak akan dihasilakan molekul DNA hybrid pada percobaan Meselson-
Stahl. Hipotesis replikasi semikonservatif kemudianmendukung langkah selanjutnya pada
percobaan. Pada medium 14N,sel dibiarkanmengganda, dan produk hasil DNA dari lingkaran
kedua replikasi ini menunjukan duapita, satu memiliki densitas yang sama denganDNA ringan
dan yang lainnya memilikidensitas DNA hybrid yang diamati sel pertama menggandakan diri.
Replikasi mulai pada dari yang asli dan biasanya berlangsung dua arah
Pertanyaan tentang inang sekarang muncul. Apakah strand inang dilepaskan seluruhnyasebelum
masing-masing tereplikasi? Apakah replikasi dimulai padatempat yang acakatau selalu pada
point unik tertentu? Setelah inisiasi pada titik tertentu dalam DNA,apakah replikasi berlangsung
searah atau dua arah? Indikasi awal menunjukan proseskoordinasi di mana strand inang
dilepaskan dan direplikasi diajukan oleh John Cairns
menggunakan teknik autoradiograpi. Cairns membuat DNA sel E. coli radiaktif dengan
mengembangkannya dalam medium yang mengandung timidin berlabel tritium (3H).
Saat DNA diisolasi dengan hati-hati, menyebar dan terlapisi dengan emulsi potografik,dan
dibiarkan selama beberapa minggu, residu timidin radioaktif yang menghasilkan “lintasan” grain
perak pada emulsi, memproduksi gamabaran molekul DNA. Lintasanini menunjukan kromosom
E. coli secara utuh merupakan lingkaran tunggal, sepanjang 1.7 mm (lihat Gb. 23-2). DNA
radioactive yang teisolasi dari sel selama proses replikasi menunjukan loop ekstra radioaktif (Gb.
24-3). Jumlah besar radioactivity dalam loop terkait dengan DNA yang diajukan Chairns untuk
menyimpulkan bahwa loop dalam DNA merupakan formasi dua strand radioaktif yang saling
berhubungan, masing-masing melengkapi strand inang. Salah satu atau kedua loop merupakan
titik dinamis , yang diberi istilah cabang replikasi, dimana DNA inang dilepaskan danpemisahan
strand secara cepat dengan replikasi. Hal ini menunjukkan bahwa kedua strand DNA direplikasi
secara serempak, dan variasi dari percobaan ini (Gb. 23-3b) mengindikasikan bahwa replikasi
kromosom bakteri berlangsung dua arah; kedua ujungloop memiliki cabang replikasi aktif.Untuk
menentukan apakah loop berasal dari titik unik pada DNA, penunjukanyang dibutuhkan dalam
rangkaian DNA. Proses ini disediakan dengan teknik denaturation mapping, yang dikembangkan
oleh Ross Inmun dan teman-temannya.
Menggunakan 48502 pasangan basa kromosom dari bakteri fage , Inman menunjukanbahwa
DNa dapat dengan selektif diubah sifatnya pada susuna yang tidak selalu kayaakan pasangan
basa A=T. hal ini menghasilkan pola gelembung strand tunggal yangdapat diproduksi (lihat Gb.
12-30). Ketika DNA yang terisolasi mengandung loopreplikasi dirubah sifatnya secara partial
dengancara ini, perkembagan cabang replikasidapat diukur dan dipetakan menggunakan wilayah
denaturasi sebagai titik awalreferensi. Teknik yang dipakai mengungkapkan bahwa loop
replikasi selalu berawaldari titik unik yang disebut origin. Disamping itu, hasil penelitian ini
menguatkanobservasi awal yang mengatakan replikasi biasanya berlangsung dua arah. Untuk
molekul DNA sel, dua cabang replikasi bertemu pada suatu titik pada sisi lingkaran yang
berlawanan dengan origin.
Strand DNA yang baru selalu disintesa dengan arah 5’_ 3’ (ujung 5’ dan 3’ strand DNA ).
Karena kedua strand DNA anti parallel, strandtersebut bertindak sebagai template yang dibaca
dari ujung 3’ kemudian 5’.
Jika sintesis strand DNA selalu berlangsung dari arah 5’_ 3’, bagaimana mungkin kedua strand
dapat disintesis secara seretntak? Jika dua-duanya disintesis secara berkelanjutanseperti cabang
replikasi berpindah, salah satu harus disintesis dengan arah3’_ 5’. Permasalahn ini dipecahkan
oleh Reiji Okazaki dan rekan-rekannya pada tahun1960an. Okazaki menemukan bahwa salah
satu dari strand DNA baru disintesis dalamlembaran pendek, yang disebut fragmen Okazaki.
Hasil ini kemudian membawa pasasebuah kesimpulan bahawa salah satu strand disinstesis secara
berkelanjutan dansatunya lagi terputus (Gb. 24-4). Strand yang berkelanjutan atau leading strand
adalahstrand yang mana sintesis 5’_ 3’ berlangsung dengan arah yang sama sepertiperpindahan
cabang replikasi. Strand teputus atau lagging strand merupakan stranddimana sintesis 5’ _ 3’
berlangsung dengan arah yang berlawanan dengan perpindahancabang. Panjang fragmen
Okazaki berkisar dari ratusan samapi ribuan nukleotida, tergantung jenis selnya.
Pencarian enzim yang dapat mensistesis DNA telah dimulai dari tahun 1955 oleh
ArthurKornberg dan rekan-rekannya. Penelitian ini membawa pada pemurnian dan
pencirianDNA polymerase pada sel E. coli, enzim polipeptida tunggal yang sekarang
dikenaldengan sebutan DNA polymerase I (Mr 103.000). kemudian, ditemukan bahwa E.
colimengandung skurang-kurangnya dua DNA polymerase yang berbeda , yang akandijelaskan
dibawah.Studi mendalam DNA polymerase I mengungkapkan ciri proses DNA sintetis
yangdibuktikan secara umum pada semua DNA polymerase. Reksi pokoknya adalahserangan
nukleopilik oleh kelompok nukleotida 3’hidroksil pada ujung 3’ strand yang tumbuh di 5’-_-
posporus deoxynucleoside 5’-trifospat yang baru masuk . Pirofospat anorganik dihasilkan
melalui reaksi tersebut. Persamaan reaksinya adalah: (dNMP)n + dNMP _ (dNMP)n + PPi DNA
perpanjangan DNA Dimana dNMP dan dNTP merupakan deoxynucleoside 5’-monofospat dan
5’-trifospat, secara berturut-turut.
Penelitian awal tentang DNA polymerase I membawa kepasa sebuah definisi tentangdua
persyaratan sentral untuk DNA polymerase. Pertama, semua DNa polymerasemembutuhkan
template (Gb. 24-5). Reaksi polimerisasi dipandu oleh template strandDNA sesuai denga aturan
pasangan basa yang diasumsikan oleh Watson dan Crick: dimana terdapat guanine pada
template, sitosin ditambahkan pada strand baru, dan
sebagainya. Hal ini metupakan penemuan yang beda , tidak hanya karena penemuan ini
menghasilkan dasar kimia untuk replikasi DNA semikonservatif, tetapi karena penemuan ini
memberikan contoh tentang penggunaan template untuk memandu reaksi biosintetik. Kedua,
dibutuhkan primer. Primer merupakan segmen strand baru(pelengkap template)dengan kelompok
3’-hidroksil kemana nukleotida ditambahkan.Ujung 3’ dari primer disebut primer terminus.
Dengan kata lain, bagian dari strand baruharus sudak ditempatkan; polymerase hanya dapat
menambahkan nukleotida padastrand yang sudah ada sebelumnya. Ini sudah dibuktikan sebagai
kasus pada semuaDNA polymerase, dan penemuan ini dilengkapi dengan cerita pengerutan DNA
yangmenarik. Tidak ada enzim sintesis DNA dapat memulai sisntesis pada strand DNA baru.
Seperti yang akan kita lihat kemudian pada bab ini, enzim yang mensintesis RNA memiliki
kemampuan memulai sintesis, dan akibatnya, primer sering merupakan oligonukleotida RNA.
Setelah nukleotida ditambahkan pada strand DNA yang berkembang, DNA polymeraseharus
harus dipisahkan atau dihilangkan dari template dan menambahkan nukleotidayang lain.
Pemisahan dan penggabungan kembali polymerase dapat membatasikecepatan reaksi
keseluruhan, oleh karena itu kecepatan reaksi umumnya bertambahjika polymerase
menambahkan nukleotida tambahan tanpa pemisahan pada template. Jumlah nukleotida yang
ditambahkan , rata-rata, sebelum polymerase dipisahkan didefinisikan sebagai processivity. DNA
polymerase bervariasi dalam hal processivitynya, dengan beberapa penambahan sedikit
nukleotida dan penambahan lainnya sebelum pemisahan terjadi.
Proses replikasi haru dilaksanakan dengan ketelitian yang tinggi. pada E. coli, kesalahan terjadi
hanya satu dari 109 sampai 1010 nukleotida yang ditambahkan. Untuk kromosom E. coli yang
mengandung 4,7 x 106 pasangan basa, ini berat kesalahan akan dibuat hanya 1000 sampi 10000
replikasi. Selama polimerisasi, pembedaan anta nukleotida yang benar dan yang tidak benar
bergantung pada ikatan hydrogen yang
mengkhususkan pasangan yang benar antara basa yang saling melengkapi. Basa yangsalah tidak
akan membentuk ikatan hydrogen yang benar dan dapat dihilangkan sebelum ikatan pospodiester
terbentuk. Keakuratan reaksi polimerisasi tidak cukup menghitung tingkatan keakuratan pada
proses replikasi. Pengukuran dalam vitro secarahati-hati menunjukan bahawa DNA polimerisasi
memasukan satu nukleotida yang salahuntuk setiap 104 sampai 105 nukleotida yang benar.
Kesalahan ini sering terjadi karenabasa dalam bentuk tautomerik yang tidak biasa (lihat Gb 12-
9), membiarkan basa padaikatan hydrogen dengan pasangan yang salah. Tingkat kesalahan
kemudian dikurangi dalam vivo dengan mekanisme tambahan enzim.Hakekat mekanisme pada
hampir semua DNA polymerase adalah memisahkan aktivitaseksonuklease 3’_5’ yang
menyediakan pemeriksaan ganda masing-masing nukleotida setelah ditambahkan. Aktivitas
nuclease membiarkan enzim menghilangkan nukleotida yang baru ditambahkan dan cendrung
mengkhususkan pada pasangan basa yang salah dipasangkan . Jika nukleotida yang salah telah
ditambahkan, translokasipolymerase ke posisi dimana nukleotida berikutnya ditambahkan akan
dihalangi.
Aktivitas eksonuklease 3’_5’ menghilangkan kesalahan pemasangan nukleotida, dan polymerase
akan dimulai kembali. Aktivitas ini disebut proofreading, aktivitas yang tidak menyederhanakan
kemunduran reaksi polimerisasi, karena pirofospat tidak terlibat. Aktivitas polimerisasi dan
proofreading DNA polymerase apat diukur secara terpisah. Pengukuran seperti tersebut
menunjukan bahwa proofreading meningkatkan keakuratan reaksi polimerisasi dari lipatan 102
sampai 103. Pemisahan basa yang benar dan tidak benar tergantung pada interaksi pasangan basa
yang samayang digunkanan selama polimerisasi. Strategi peningkatan kekauratan dengan
interaksi nonkovalen yang saling melengkapi untuk pemisahan dua kali dengantahapan yang
berurutan sangat umum dalam sintesis informasi yang mengandungmolekul. Strategi yang sama
digunakan untuk meyakinkan kekauratan sintesis protein Secara keseluruhan, DNA polymerase
melakukan kesalahan setiap 106 samapi 108 basa yang ditambahkan. Keakuratan replikasi sel E.
coli yang telah diukur menunjukan tingkatan tinggi. sisa tingkatan akurasinya dihitung dengan
sistem enzim terpisah yangmemperbaiki kesalahan pemasangan pasangan basa yang terjadi
setelah replikasi. Proses yang disebut perbaikan kesalahan pemasangan (mismatch repair) ini
dijelaskan dalam proses perbaikan DNA lainnya di bab ini.
Kita tahu bahwa replikasi pada E. coli tidak hanya membutuhkan DNA polymerasetetapi juga
membutuhkan 20 atau lebih enzim dan protein yang berbeda, yangmasing-masing memiliki
tugas. Meskipun belum menjadi sesuatu yang nyata,keseluruhan kompleks telah disebut sistem
DNA replicase (DNA Replicase system)atau replisome. Kompleksiti enzim replikasi
menunjukan persyaratan yang ditentukanpada saat proses oleh struktur DNA. Kami akan
memperkenalkan nbeberapa kelasutama replikasi enzim dengan mempertimbangkan
permaslahan yang dipecahkannya.Untuk menambah akses ke strand DNA yakni agar bertindak
sebagai template dua inangstrand harus dipisahkan. Hal ini dikerjakan oleh enzim yang disebut
Helicases, yang bergerak sepanjang DNA dan memisahkan strand dengan menggunakan energy
kimia
yang berasal dari ATP. Pemisahan strand membentuk penekatan topoligi pada struktur DNA
helix, yang dibebaskan olek aksi topoisomerase. Strand yang terpisah distabilkan dengan ikatan
protein-DNA. Primer harus ada atau disintesa sebelum DNA polymerasemensintesis DNA.
Primer umumnya menunjukan segment RNA yang dihentikan olehenzim Primases. Akhirnya,
Primer RNA harus dihilangkan dan digantikan oleh DNA.Pada E.coli, hal tersebut merupakan
salah satu fungsi DNA polymerase I. setelah penghilangan segmen RNA dan pengisian salah
satu gap dengan DNA, titik pada bagian belakang DNA dimana terdapat ikatan pospodiester
rusak. Kerusakan tersebut,disebut torehan, harus ditutup dengan ezim DNA ligase. Semua proses
tersebut harus dikoordinasikan dan diregulasi. Pengaruh dari proses dan enzim tersebut telah
dikarakterisasikan pada sistem E. coli.
Molekul DNA pada sel eukaryotic lebih luas dari sel eukaryotic pada bakteri dan terorganisir
pada struktur nucleoprotein kompleks (kromatin) (Ban 23). Ciri esensialdari replikasi DNA sama
denga eukariot dan prokariot. Namun, beberapa variasimenarik pada asas umum yang dijelaskan
di atas memberikan pandangan baru tentangregulasi replikasi dan hubungannya dengan lingkaran
sel. Origin replikasi disebut ORS (autonomously replicating sequence) telah teridentifikasidan
diamati pada yeast. Elemen ARS menjangkau sampai region 300 pasangan basa danmengandung
beberapa susunan yang dipelihara yang sangat penting untuk fungsi ARS. Ada hampir 400
elemen ARS pada yeast, dengan kebanyakan kromosom yang memilikibeberapa. Protein yang
secara khusus mengikat region ARS telah diidentifikasi padayeast, meskipun fungsinya belum
banyak diketahui.
Salah satu dari subunit tersebut memiliki aktivitas primase. Subunit yang paling
luas(Mr~180.000) mengandung aktivitas polimerisasi. DNA polymerase d memiliki duasubunit.
Enzim ini menunjukkan asosiasi yang menarik dan stimulasi dengan proteinPCNA (proliferating
cell nuclear antigen Mr~29.000) ditemukan pada jumlah yangbanyak dalam nukelus sel yang
berkembangbiak. PCNA pada yeastakan berfungsibersama-sama dengan DNA polymerase d dari
timus anak sapi dan PCNA timus anaksapi dengan DNA polymerase d yeast, mengajukan
konservasi struktur dan fungsidari komponen kunci alat divisi sel pada semua sel eukaryotic.
PCNA menunjukanfungsi yang sama dengan subunit _ DNA polymerase III E. coli ,
yaknimembentuk kelem lingkar yang mempertinggi prosesivas DNA polymerase δ.
2. Watson dan Crick Menemukan Heliks Ganda dengan Cara Membuat Model-Model
yang sesuai dengan Data Sinar-X
Model Watson-Crick menjelaskan aturan-aturan Chragaff. Di mana saja satu untai molekul DNA
memiliki sebuah A, untaian pasangannya pasti mempunyai sebuah T. dan sebuah G pada satu
untai selalu berpasangan dengan sebuah C pada untai komplementernya. Oleh karena itu, pada
DNA dari setiap organisme, banyaknya adenin sama dengan banyakn7ya timim dan banyaknya
guanin sama dengan sitosin.
Protein-protein yang Membantu Replikasi DNA terdapat dua jenis protein lain yang ikut
berperan, diantaranya: helikase dan protein pengikat untai-tunggal. Helikase adalah sejenis
enzim yang berfungsi membuka heliks ganda di cabang replikasi, memisahkan kedua untai lama.
Selain mengkatalisis enzim juga mengoreksi DNA Selama Replikasinya dan Memperbaiki
Kerusakan pada DNA yang ada. Pada perbaikan salah pasang, protein mengoreksi DNA yang
bereplikasi dan memperbaiki kesalahan dalam pemasangan basa. Pada perbaikan eksisi, enzim
perbaikan membetulkan DNA yang dirusak oleh agen fisis dan kimiawi.