1.

Percobaan Meselson-Stahl
Pada tahun 1958 M. S. Meselson dan F. W. Stahl menguji atau melakukan percobaan untuk
mengetahui cara replikasi dari DNA. Pada saat itu terdapat beberapa teori yang menjelaskan cara
replikasi DNA yaitu konservatif, semikonservatif dan dispersif. Pada saat itu Watson dan Crick
mengajukan teori semi konservatif yang selanjutnya diuji oleh Meselson dan Stahl
Meselson dan Stahl membiakkan bakteri pada medium yang mengandung isotop nitrogen
yaitu 15N dan 14N Karena mereka mengetahui bahwa purin dan pirimidin pada DNA mengandung
unsur nitrogen. DNA yang mengandung isotop 15N lebih berat densitasnya dibandingkan DNA
yang mengandung 14N. Selanjutnya dilakukan uji pemisahan berdasarkan perbedaan densitas
dengan prosedur yang disebut equilibrum density-gradient centrifugation. Dari uji ini dapat
dibedakan model replikasi DNA dengan menggunakan petunjuk berupa perubahan densitas DNA
sel yang dibiakkan pada medium 15N yang ditransfer atau dipindahkan ke medium 14N dalam
waktu yang bervariasi (metode ini disebut density transfer experiment)
Densitas DNA hampir sama dengan densitas garam berat seperti sesium klorida (CsCl).
CsCl sebanyak 6M memiliki berat 1,7 g/cm3 sedangkan DNA E. coli 14N dan 15N memiliki
densitas berturut-turut 1,710 g/cm3 dan 1,724 g/cm3. Selanjutnya bakteri dari medium 15N
dipindahkan ke medium 14N dan ditunggu hingga terbentuk 2 generasi (sekitar 20 menit setiap
pembentukan generasi). Pada saat diuji DNA dari generasi pertama terbentuk fraksi “hybrid” yang
mengandung gabungan dari DNA yang mengandung 15N dan 14N sehingga letaknya tidak terlalu
ke dasar dan tidak terlalu ke atas. Pada generasi kedua DNA yang telah diuji menunjukkan adanya
fraksi “hybrid” dan fraksi yang menunjukkan DNA yang hanya mengandung unsur 14N.
Dari uji diatas dapat disimpulkan bahwa teori yang diajukan oleh Watson dan Crick
terbukti secara makroskopis yang mana hal ini dibuktikan oleh eksperimen dari Meselson dan
Stahl. Sehingga teori konservatif dan teori Dispersif terbantahkan oleh eksperimen ini.

2. Rolling Circle Replication

Pada saat virus menginfeksi sel inang maka DNA virus yang memiliki rantai tunggal akan
dikonversikan menjadi rantai ganda (Double Helix) hal ini disebut sebagai ”replicative form”.
Untaian ganda induk RF ini kemudian mereplikasi beberapa kali untuk memproduksi sebuah
populasi progeni molekul RF (untai ganda). Untaian progeni virus kemudian digabungkan ke
dalam mantel protein untuk melengkapi siklus reproduksi. Replikasi kromosom Ф
X174 kemudian dapat dibagi ke dalam 3 tahap:
(1) induk untai (+) –> induk RF
(2) induk RF –> progeny RFs, dan
(3) Progeni RFs –> untaian (+) progeny.
Di dua tahap terakhir, DNA mensintesis kejadian mekanisme yang disebut “Rolling Circle”
replication.
Rolling circle replication dimulai ketika aktivitas endonuklease khusus gen protein A
phage Ф X174 membagi untaian positif induk RF di sumber replikasi. Aktivitas endonukleas ini
ada di bagian yang spesifik, yang memotong kromosom Ф X174 di hanya satu sisi, sumber
replikasi. Proses tersebut memproduksi 3’ OH dan 5’ fosfat terminal di sisi yang terpotong pada
untai (+), Untai (-) tetap utuh. Ujung 5’ dari untai (+) dilepaskan dan ketika untai (-) berputar
disekitar sumbu (ini dinamakan “Rolling Circle”).
Selama induk RF untuk replikasi progeny RF, mulai timbul untaian positif yang digunakan
sebagi template untuk memutuskan sintesis unting komplemen (-). Dalam beberapa kasus, sintesis
unting komplemn dapat terputus di ekor unting tunggal sebelum sintesis unting pertama telah
komplet. Dalam banyak kasus, sebuah ekor unting ganda akan diproduksi. Tombol dari DNA RF
unting ganda mensintesis DNA virus unting tunggal (+) yang juga mensintesis kejadian ketika
protein spesifik mantel virus diproduksi di dalam sel. Rolling circle replication berlanjut, tetapi
unting virus dipindahkan, mantel protein ini membungkus dan mencegah sintesis unting
komplemen (-). Gen protein A virus Ф X174 adalah sebuah kunci protein dalam replikasi. Itu
karena, gen protein A virus Ф X174 menguasai sebuah set luar biasa dari aktivitas :
(1) Sebuah sisi aktivitas endonukleus yang membagi untaian positif dari sumbernya.
(2) Gen protein A kemudian memelihara energi pembelahan hubungan fosfordiester oleh
sebuah lampiran kovalen 5’ fosforil terminal itu sendiri.
(3) gen A protein menyisakan loncatan 5’ terminal di untaian (+) dan ke cabang replikasi
ketika cabang melintasi template untaian (-) sirkuler yang komplet.
(4) Ketika sebuah untaian (+) telah disintesis, gen protein A membelah sumber baru, ligase
terminal 3’ hidroksil dan 5’ fosforil. Siklus gen protein A beraktivitas diulang hingga populasi
progeni RF diproduksi.
Hingga saat ini, petunjuk untuk rolling circle replication telah ditemukan untuk (1) DNA untaian
tunggal virus Ф X174 (2) Replikasi yang berhubungan dengan kromosom yang mentransfer
selama konjugasi di bakteri dan (3) Replikasi ekstrakromonal molekul DNA pengikut kelompok
gen rRNA selama oogenesis di amphibia.

3. Reverse Transcription
Transkripsi balik (Reverse transcription) merupakan proses kebalikan transkripsi yaitu
mengkopi RNA menjadi DNA. Definisi yang lain menyebutkan bahwa reverse transcription
adalah proses yang mentranskripsikan untai tunggal RNA menjadi DNA komplemennya (cDNA)
dengan katalisator enzim reverse transcriptase, primer dNTPs dan enzim RNAase Inhibitor. Tanpa
reverse transkripsi, pekerjaan mencari umumnya dilakukan dengan mengisolasi DNA total genom
kemudian memotong-motongnya menjadi ratusan ribu potongan dan diteruskan dengan
mempelajari masing-masing potongan dengan teliti, cara tersebut menghabiskan waktu dan tenaga
yang banyak dan tidak efisien. Dengan enzim yang sesuai, pekerjaan mencari gen tidak harus
dimulai dengan mengisolasi DNA genom total tetapi cukup dengan mengisolasi mRNA.
Transkripsi balik ini ditemukan oleh Howard Temin dan David Baltimore dari Universitas
Wisconsin-Madison. Transkripsi balik ini dapat dilakukan oleh retrovirus. Retrovirus merupakan
virus yang tergolong famili Retroviridae yang memiliki materi genetik berupa RNA dan dapat
mereplikasi DNA dan prosesnya disebut transkripsi balik. Retrovirus dapat melakukan transkripsi
balik dengan bantuan enzim reverse transcriptase yang dimilikinya, enzim yang pertama kali
ditemukan oleh Howard Temin dan David Baltimore pada tahun 1970.Contoh retrovirus
adalah Human Immunodeficiency Virus and Human T-Lymphotropic virus.
Proses transkripsi balik ini berlangsung setelah virus berhasil memasuki sel inang. Segera
setelah virus menginfeksi sel inang, virus akan melakukan transkripsi balik dari rantai tunggal
RNA menjadi rantai ganda DNA. Dalam peristiwa transkripsi balik, bagian dari RNA virus akan
bersilangan dengan tRNA sel inang yang spesifik, bagian dari RNA virus tersebut disebut primer-
binding site (PBS), bagian ini terletak dekat ujung 5` RNA. Kemudian tRNA ini akan menjadi
ujung 3` dari untai DNA yang sesuai dengan kode pada RNA virus. Kemudian ujung bagian luar
PBS akan terlepas dari untai RNA virus dengan bantuan enzim Rnase H.
Proses selanjutnya DNA meloncat dari ujung 5` ke segmen R pada ujung 3` RNA virus.
lalu dari ujung ini, DNA mengalami polimerisasi mengikuti kode pada RNA virus. Di sisi lain
sebagian dari RNA telah terlepas akibat Rnase H. Dari sisa untai RNA virus yang masih ada
dibentuk untai DNA kedua yang sesuai dengan kode pada DNA yang pertama. Terjadi lompatan
kembali, segmen PBS pada untai DNA pertama bertemu dengan PBS pada DNA untai DNA
kedua. Kemudian dari masing-masing untai DNA melakukan polimerisasi sehingga terbentuklah
DNA untai ganda (dobel helix), proses transkripsi balik RNA menjadi DNA adalah sebagai berikut
:
1. tRNA primer terikat pada Primer Binding Site (PBS) RNA.
2. Enzim reverse transcriptase memulai kerjanya dari PBS dengan mengkopi RNA menjadi
rantai tunggal DNA. Pada tahap ini, pengkopian RNA hanya terjadi dari PBS ke LTR
(Long Terminal Repeat).
3. Setelah terjadi pengkopian RNA, RNase H akan memindahkan fragmen RNA (U5 dan R)
yang telah dikopi sebelumnya.
4. Tahapan tersebut diikuti dengan loncatan pertama, yakni berpindahnya kopi DNA ke ujung
rantai 3’.
5. Rantai DNA mulai dikopi kembali dengan diawali dari ujung rantai 3’.
6. RNase H memindahkan RNA yang telah dikopi dan hanya menyisakan satu fragmen RNA
yang utuh, yang dinamakan bidang polypurine.
7. Reverse transcriptase mulai menyusun rantai kedua DNA. Tahapan ini dimulai dari bidang
polypurine. Pembuatan rantai kedua DNA merupakan pembuatan rantai sebagai pasangan
kode rantai pertama.
8. Sekarang, RNase H memindahkan semua RNA, bidang polypurine dan tRNA primer.
9. Loncatan kedua terjadi, PBS yang terletak pada rantai kedua terikat pada PBS di rantai
pertama.
10. Enzim Reverse Transcriptase telah menyelesaikan tugasnya dengan menuntaskan
pengkopian rantai kedua DNA sekaligus menyelesaikan pembentukan LTR pada tiap-tiap
ujung rantai.
Setelah rantai ganda DNA terbentuk, DNA ini siap bergabung dengan DNA sel inang dengan
bantuan enzim integrase.
4. DNA Polymerase dan Sintesis

DNA In Vitro Banyak yang telah dipelajari tentang mekanisme molekuler yang terlibat
dalam proses biologis dengan memecah-mecah langit-langit menjadi berbagai organel,
makromolekul, dan komponen lainnya, dan kemudian menyusun kembali sistem dalam tabung
reaksi. Sistem vitro mampu melakukan peristiwa metabolisme tertentu jadi informasi yg didapat
lebih berlulaitas. Sintesis DNA in vitro pertama kali dilakukan oleh Arthur Kornberg dan rekannya
pada 1957 dengan mengisolasi suatu enzim dari E. coli yang mengkatalisasi kovalen tambahan
nukleotida ke rantai DNA. Enzim ini membutuhkan 5'-trifosfat dari setiap 4 deoksiribonukleosida
yaitu, deoksiadenosin trifosfat (DATP), deoxychymidine triphosphate (dTTP), deox-Guanosine
triphosphate (dGTP), dan deoxycytic ine triphosphate (dCTP). Enzim hanya aktif dalam
keberadaan ion Mg dan DNA yang sudah ada sebelumnya. DNA harus terdapat dua komponen
penting, satu melayani fungsi primer dan lainnya berfungsi template yaitu, DNA Primer dan
Templat DNA.

Sejak penemuan Kornberg dan pekerjaan penembakan yang luas dengan DNA polimerase
I dari E coli. besar jumlah DNA polimerase telah diisolasi dan dikarakterisasi dari berbagai
organisme. Tiga polimerase DNA yang berbeda (I, II, dan III) telah diidentifikasi dan dipelajari
dalam E. coli dan B. subtilis. Demikian pula, tiga DNA polimerase, yang disebut a, B, dan y, telah
diidentifikasi dalam beberapa eukariota yang berbeda, dan baru-baru ini DNA polimerase
keempat, bernama 8, telah diisolasi dari betis timus dan tulang tulang kelinci. Dengan demikian,
setidaknya ada empat poli DNA yang berbeda dalam eukariota.

Fungsi tepat beberapa polimerase masih belum jelas. Namun, pada E. coli dan B. subtilis.
DNA polimerase III, daripada DNA polimerase I adalah enzim replikasi utama. Beberapa bukti
terkuat untuk ini berasal dari studi mutan, yang disebut mutan polA dan DNA polimerase I
bertanggung jawab atas eksisi primer RNA yang digunakan dalam inisiasi sintesis DNA.

Sebagian besar polimerase DNA prokariotik yang dipelajari sejauh ini tidak hanya
memperlihatkan 5 'yang dibahas sebelumnya, tetapi juga memiliki aktivitas ekslusif 3'-5' Kedua
aktivitas (polimerase dan exonuclease) hadir dalam molekul makro-protein yang sama. Aktivitas
eksonuklease 3'-5 'mengkatalisis penghilangan nukleotida, satu per satu, dari ujung 3' rantai
polinukleotida. Beberapa polimerase, seperti DNA polimerase I dari E. coli, juga memiliki
aktivitas exonuclease 5 '3'. Kedua aktivitas eksonuklease yang berhubungan dengan polimerase ini
memainkan peran penting dalam metabolisme DNA

Aktivitas 3'-5 'exonuclease dari poli-DNA DNA melakukan fungsi kritis "proofreading"
atau "ed-iting" yang diperlukan untuk tingkat kesetiaan karakteristik replikasi DNA yang besar
ketika disajikan dengan DNA template-primer yang memiliki ketidakcocokan ter- minal (basis
atau urutan basa yang tidak berpasangan atau tidak berpasangan pada ujung primer 3 '),
eksonuclease 3'5' dari klip polimerase dari dasar atau basis yang tidak berpasangan. Fungsi
proofreading dari exonuclease 3'5 'ini, yang dibangun dalam DNA polimerase, sangat penting,
untuk replikasi DNA dan juga: ia sangat akurat.

Aktivitas exonuclease 5'3' dari banyak polimerase DNA prokariotik juga sangat penting.
Itufungsi dalam penghapusan segmen DNA yang rusak oleh iradiasi sinar ultraviolet dan agen
lainnya. Eksonuklease 5 '3' dari polimer, seperti E. coli DNA polimerase I, juga berfungsi dalam
menghilangkan primer RNA dari DNA. Aktivitas exonuclease 5'-3 'ini belum ditemukan di salah
satu DNA polimerase eukarvouc. Dalam eukarvote, fungsi aktivitas ekslusif 5'-3 'yang terkait
dengan DNA polimerase pada prokariota harus dilakukan oleh enzim terpisah.

"Paradox Tumbuh-Titik" dan Sintesis DNA Terputus.

Dua untaian progeni yang disintesis pada setiap garpu replikasi sedang diperluas dalam
arah keseluruhan yang sama. Karena helai komplementer dari heliks ganda memiliki polaritas
yang berlawanan, ini berarti bahwa sintesis terjadi pada ujung 5 'dari satu helai (atau 3'5') dan
ujung 3 'dari helai lainnya (5'- 3' ). Polimerase memiliki persyaratan mutlak untuk 3'-hidroksil
bebas: mereka hanya -3 ' sintesis. bukti kuat telah terakumulasi yang menunjukkan bahwa semua
sintesis terjadi dalam arah 5'-3 '. Resolusi paradoks dihasilkan dari demonstrasi bahwa sintesis
dari satu untai DNA tidak sesuai.

Autoradiografi dan mikroskop elektron menunjukkan bahwa dua untai DNA yang baru
lahir yang ukurannya pada setiap cabang replikasi sedang diperluas ke arah yang sama pada tingkat
makromolekul. Karena untaian komplementer dari heliks ganda DNA memiliki polaritas kimia
yang berlawanan, satu untai cenderung ke arah 5 '3' secara keseluruhan dan untai lainnya
diperpanjang dalam arah keseluruhan 3'-5 '. Namun, pada tingkat molekuler, sintesis sebenarnya
terjadi dalam arah yang berlawanan. Bukti untuk modus replikasi DNA terputus ini berasal dari
studi di mana perantara dalam sintesis DNA dilabel secara radioaktif oleh pertumbuhan sel untuk
waktu yang sangat singkat dalam medium yang mengandung (PH) timidin ("pelabelan nadi"). Sel-
sel E. coli diberi label selama 15 detik, misalnya, semua label ditemukan dalam potongan-
potongan kecil, panjang 1000-2000 nukleotida. Potongan-potongan kecil atau segmen DNA ini,
sering disebut "fragmen Okazaki" setelah R Okazaki, yang pertama kali mengidentifikasi mereka,
lebih kecil, sekitar 100-200 nukleotida panjang, dalam eukariota. Hal ini menunjukkan "fragmen
Okazaki" adalah perantara sejati dalam tesis DNA daripada semacam produk sampingan
metabolisme. sintesis DNA adalah kontinu untuk untai yang tumbuh dalam arah 5'-3 'secara
keseluruhan dan tidak kontinyu untuk untai yang tumbuh dalam arah keseluruhan 3'-5'.

inisiasi dan "Masalah Primer"

Tidak ada DNA polimerase yang diketahui dapat memulai sintesis untai DNA. Karena
sintesis dari masing-masing "fragmen Okazaki" memerlukan peristiwa inisiasi, mekanisme inisiasi
rantai yang efisien sangat penting untuk replikasi DNA yang sedang berlangsung. RNA
polimerase, enzim kompleks yang mengkatalisis sintesis molekul RNA dari templat DNA, telah
lama diketahui mampu memulai sintesis rantai RNA baru di lokasi spesifik pada DNA. Sintesis
primer RNA dikatalisis oleh enzim yang disebut primase, yang memiliki sifat yang sangat berbeda
dari yang ada pada polimerase RNA. E. coli primase adalah produk dari gen anaG. Pada
prokariota, primer RNA adalah 10-60 nukleotida. Pada eukariota mereka cukup pendek, sekitar
10 nukleotida panjang. Penggunaan primer RNA hampir pasti merupakan mekanisme yang paling
umum digunakan untuk memulai sintesis DNA. Namun demikian, beberapa virus tampaknya
memilikimengembangkan mekanisme yang sangat berbeda untuk inisiasi sintesis DNA (lihat
Kornberg. 1980).

Perangkat Replikasi Lengkap adalah Kompleks

Ketika Watsen dan Crick mengerjakan struktur doutle-helix dari DNA, mereka segera
mengenali bahwa sifat komplementer dari dua untai menyediakan dasar sederhana untuk duplikasi
materi genetik yang setia. Dengan demikian, heliks ganda orangtua mengarahkan sintesis dua
heliks ganda keturunan identik. DNA polimerase I, yang mampu mensintesis DNA in vitro,
tampaknya memberikan hubungan akhir dalam apa yang Ras anggap sebagai mekanisme
sederhana yang elegan untuk replikasi materi genetik - tetapi tidak demikian halnya.
 Replikasi DNA itu kompleks. Itu dilakukan oleh kompleks multienzim, sering disebut alat
replikasi atau replisome. Dalam eukariota, komponen dari mesin replikasi baru saja dimulai untuk
diidentifikasi. Bahkan dalam prokariota, replikasi DNA membutuhkan banyak protein berbeda,
dan perincian tentang bagaimana beberapa protein ini berfungsi dalam replikasi DNA masih
diselidiki hingga saat ini.

Pertama, dua untaian komplementer dari heliks ganda orangtua harus dilepas dan
dipisahkan sehingga masing-masing dapat berfungsi sebagai emplate untuk sintesis untaian anak
perempuan baru. Pelepasan dan gerakan garpu replikasi terjadi secara progresif dengan untaian
yang sementara tidak terluka di depan garpu saat bergerak sepanjang kromosom. Untai DNA yang
baru lahir kemudian diprakarsai oleh penggunaan primer RNA oleh mekanisme yang dibahas lebih
awal. Sintesis primer RNA dikalkulasi oleh kelas khusus enzim yang disebut primase. Aktivitas
primase membutuhkan pembentukan kompleks primase dan setidaknya enam protein lain;
kompleks ini disebut primosome. Primosome melakukan reaksi priming awal untuk strana
terkemuka yang terdampar. diperpanjang terus-menerus dalam arah keseluruhan 5 'sampai 3') dan
pengulangan priming sintesis fragmen Okazaki.

Perpanjangan kovalen dari rantai DNA prima selama replikasi kromosom di E. coli
dilakukan oleh DNA polmerase III. Aktivitas 5 'sampai 3' polimerase dan aktivitas eksonuklease
5 'sampai 3' keduanya ada pada poixpeptice DNA polimerase III. Aktifitas proofreading 3 'sampa
dari polimerase III ada pada e polipeptida. Fungsi dari subunit lainnya masih belum pasti. Setelah
aktivitas ONA polmerase III dan garpu replikasi. DNA polimerase I mengkatalisasi penghilangan
primer RNA dengan aksi terpadu dari aktivitas eksonuklease 5 'sampai 3' dan aktivitas poli-merase
5 'hingga 3', dan DNA ligase menghasilkan kovalen, kloalen dari untaian tunggal yang dihasilkan.

Beberapa komponen penting untuk replikasi DNA telah diidentifikasi secara genetik, yaitu.
Strain E. coli membawa mutasi telah diidentifikasi. Ketika mutasi ini dikarakterisasi secara
genetik, mereka ditemukan untuk mengidentifikasi serangkaian gen yang produknya diperlukan
untuk sintesis DNA in vivo. Produk dari beberapa gen ini diketahui.

Diharapkan bahwa fungsi pasti dari banyak produk gen yang terlibat dalam replikasi akan
dikerjakan selama beberapa tahun ke depan. Upaya untuk menyelesaikan utuh. Namun, replisom
fungsional sebagian besar tidak berhasil. Rekonstitusi subkompleks replikasi aparatus dari protein
murni lebih berhasil. Ini tidak diragukan lagi adalah hasil dari fakta bahwa kompleks tersebut
disatukan oleh interaksi protein-protein yang relatif lemah, yang terganggu selama prosedur
isolasi. Selain itu, replika complexs mungkin terikat membran dan membutuhkan struktur
membran untuk perakitannya. Ada banyak bukti bahwa garpu replikasi berhubungan dengan
membran sel pada prokariota dan dengan amplop nuklir pada eukariota.

Fag X174 dan "Lingkaran Bergulir"

Bacteriophage X174 merupakan perwakilan dari sekelompok virus kecil, baik bakteri
maupun eukariotik, yang menyimpan informasi genetik mereka dalam molekul DNA sirkuler
beruntai tunggal. Ketika virus ini menginfeksi sel inang, E. coli dalam kasus X174, virus cingle-
stranded DNA (disebut untai "positif" (+)) dikonversikan menjadi bentuk heliks ganda (disebut
"bentuk replikasi RF) dengan sintesis untaian" negatif "(-) yang saling melengkapi. kemudian
mereplikasi beberapa kali untuk menghasilkan populasi molekul RF progeni (beruntai ganda),
yang kemudian bereplikasi secara asimetris menghasilkan populasi besar untaian virus turunan
(+). Helai virus progeni kemudian dimasukkan ke dalam mantel protein untuk menyelesaikan
siklus reproduksi. Replikasi kromosom ĐX174 dengan demikian dapat dibagi ke dalam tahap: (1)
untaian parental (+) strand ➡untaian induk RF , (2)parental RF ➡ keturunan RFs, dan (3)

keturunan RFs ➡ keturunan (+) strand. Dalam dua tahap-tahap, sintesis DNA terjadi melalui
mekanisme berbeda yang disebut replikasi "lingkaran bergulir".

Sebagian besar fitur replikasi "bergulir lingkaran" adalah sama dengan yang dibahas
sebelumnya untuk replikasi melalui 0, "mata," dan bedah berbentuk Y yang lebih umum. Namun,
dalam kasus ini, struktur replikave adalah molekul DNA sirkular dengan ekor beruntai tunggal.
Replikasi lingkaran bergulir dimulai ketika aktuivitas endonuklease spesifik-sekuen dari gen
OX174 fag Sebuah protein memotong untaian positif RF orangtua pada asal replikasi. Aktivitas
endonuklease ini adalah spesifik lokasi; itu memotong kromosom dX174 hanya pada satu situs,
asal replikasi. Ini menghasilkan 3'-OH dan 5'-fosfat termini di situs potongan untai (+); untai (-)
tetap utuh. Ujung 5 'dari untai (+) tidak dilepas dan "dikupas" sedangkan untai (-) berputar pada
sumbunya (dengan demikian nama "lingkaran bergulir"). Ini melingkari lingkaran dengan
ekornya. Seperti yang awalnya diusulkan oleh W. Gilbert dan D. Dressler, model lingkaran
bergulir dari replikasi DNA termasuk enzim spesifik, yang disebut "transferase," yang menempel
ujung 5 'dari (+) untai ke situs tertentu pada membran ceii . Meskipun sebagian besar, jika tidak
semua, kromosom replikasi melekat pada membran, sedikit yang diketahui tentang sifat spesifik
dari lampiran tersebut. Dalam beberapa kasus, perlekatan membran bukan fitur esensial replikasi
lingkaran bergulir. Saat lingkaran berputar dan ujung 5 'dipindahkan, DNA polimerase
mengkatalisasi ekstensi kovalen di ujung lainnya (3'-OH).

Selama parentai RF ke progeni replikasi RF, untai positif yang baru lahir digunakan
sebagai template untuk sintesis terputus dari untai negatif komplementer. Dalam beberapa kasus,
sintesis untaian komplementer dapat terjadi secara tidak terputus pada ekor beruntai tunggal
sebelum sintesis untai pertama telah selesai. Dalam kasus seperti itu, ekor beruntai ganda akan
diproduksi. Peralihan dari sintesis DNA RF untai ganda ke sintesis DNA untai tunggal (+) terjadi
ketika protein spesifik dari mantel virus diproduksi di dalam sel. Replikasi lingkaran bergulir terus
berlanjut, tetapi ketika untai virus dipindahkan, protein lapisan ini mengikatnya dan mencegah
sintesis untaian komplementer (-).

Fase OX174 gen A protein adalah protein kunci dalam replikasi ØX174. Itu memiliki
serangkaian kegiatan yang luar biasa. (1) Gene A protein memiliki aktivitas endonuklease khusus
lokasi yang membelah untai positif di tempat asalnya. (2) Gen A Protein kemudian
mempertahankan energi dari ikatan fosfodiester deformasi melalui perlekatan kovalen dari
terminal 5'-fosforil ke dirinya sendiri. (3) Gene A protein tetap terikat ke 5'ierminus dari untai
posituve dan ke replikasi garpu sementara garpu melintasi templat minus-untai melingkar lengkap.
(4) Ketika untai positif lengkap telah disintesis, protein A gen memotong asal baru, ligate 3'-
hidroksil dan 5'-fosforil termini, dan sekali lagi secara bersamaan terkait dengan yang baru dilibasi
5'-positif- untai teiminus. Siklus aktivitas gen A ini diulang sampai populasi RF progeni (stadium
II) atau untai positif progeni (stadium III) diproduksi.

Sampai saat ini, bukti untuk replikasi lingkaran bergulir telah ditemukan untuk (1) virus
DNA sir.gle-stranded seperti OX174, (2) replikasi yang terkait dengan transfer kromo selama
"kawin" (konjugasi) di bakteri ( lihat Bab 8), dan (3) replikasi molekul DNA ekstrachromosomal
kecil yang mengukir cluster gen TRNA selama ogenesis dalam amfibi.

5. Struktur Nukleoid Prokaryot

Kita sekarang tahu bahwa kromosom bakteri fungsional "nucieoids" ("nucleoids" daripada
"nuclei" karena mereka tidak dibatasi oleh membran nuklir) memiliki sedikit kemiripan dengan
struktur yang terlihat dalam autoradiograf Cairns seperti halnya metabolis aktif kromosom
interphase dari eukariota memiliki sedikit kemiripan morfologis dengan kromosom metafase
mitosis atau meiotik.

Panjang kontur molekul DNA melingkar dari E. coli 1100 um. Sel E. coli berdiameter 1-
2 um. Saat kromosom E. coli diisolasi oleh prosedur gen dengan tidak adanya deterjen ionik dan
disimpan di hadapan kation konsentrasi tinggi seperti poliamina untuk menetralkan negatif: gugus
fosfat DNA bermuatan, kromosom tetap dalam keadaan sangat terkondensasi sebanding dalam
ukuran dengan nukleoid. Struktur ini, disebut Genom Folded, Struktur ini tergantung pada RNA
dan protein, keduanya merupakan komponen genom terlipat. Genom terlipat dapat dilemaskan
dengan perlakuan menggunakan deoksiribonuklease (DNase) atau ribonuklease (RNase)

Supercoiling DNA adalah fitur penting dari semua kromosom, dari yang terkecil dari virus
hingga yang eukariota, terjadi setiap kali DNA mengalami underwound ("supercoils negatif") atau
over-luka ("supercoils positif"). satu mengambil heliks ganda melingkar tertutup secara kovalen
dari DNA, memecah satu untai, dan memutar salah satu ujung yang dihasilkan untuk 360 ° di
sekitar untaian komplementer, sementara memegang ujung yang lain tetap, satu superkoil akan
dimasukkan ke dalam molekul. Jika ujung bebas diputar dalam arah yang sama dengan heliks
ganda DNA adalah luka (tangan kanan), akan dihasilkan supercoil positif dansebaliknya.
Questioning and Answering

Pertanyaan ( Azril Febrian180342618001 )

1. Jelaskan Perbedaan retrovirus dan virus?
 Retrovirus adalah kelompok virus, tetapi retrovirus membawa karakteristik khusus, yang
tidak terlihat dalam virus.
 Virus mengandung materi genetik DNA atau RNA, tetapi retrovirus hanya RNA.
 Jika virus memiliki DNA, itu menyisipkan DNA ke dalam sel inang, dan terintegrasi
langsung ke dalam genom inang pada fase litik, sedangkan retrovirus memiliki RNA
sebagai materi genetik dan kebutuhan untuk mengkonversi RNA ke DNA sebelum
memasukkannya ke dalam genom inang.
 Jadi, virus memiliki proses transkripsi, sedangkan retrovirus memiliki proses transkripsi
balik.
2. Bagaimana hubungan antara peristiwa transkripsi balik dengan kekebalan virus?
Jika terjadi kesalahan, Frekuesi kesalahan transkripsi yang tinggi ternyata justru
menguntungkan sel prokariotik yang bersangkutan. Fenomena tersebut merupakan salah satu
faktor yang menyebabkan partikel prokariotik seperti virus sulit untuk diberantas, pola genetik
virus cenderung cepat berubah sehingga tidak terkoreksi oleh sikstem imun manusia

Ade wahyu pratama (180342618041)

1.Apa hasil dari penelitian meselson- stahl pada bakteri Ecoli ?

Jawab

Semua DNA dari medium 15N yang diisolasi ke medium 14 N memiliki kerapatan
setengah antara kepadatan berat dan ringan DNA ini dilihat dari satu generasi yang telah tumbuh.
Kepadatan setengah biasa disebut Hibrid. Sedangkan replikasi konservatif tidak akan
menghasilkan molekul DNA dengan kerapatan hibrid yaitu DNA berat dalam media DNA ringan,
separuh DNA masih berat dan setengahnya masih ringan jika mampu menyebar maka akan
menjadi replikasi konservatif. Kesimpulannya replikasi DNA bersifat semikonservatif.

2. Bagaimana replikasi rolling circle pada bakteriofag ФX174?

Jawab

Pada saat DNA virus beruntai tunggal (disebut untai "positif" (+)) diubah menjadi bentuk heliks
ganda (disebut "bentuk replika," RF ) dengan sintesis untaian "negatif" komplementer (-). RF
parental ganda ini kemudian bereplikasi beberapa kali untuk menghasilkan populasi molekul RF
progeni (double-stranded), yang pada gilirannya secara asimtatif untuk menghasilkan populasi
besar untaian virus progeni (+). Tali progeni kemudian dimasukkan ke dalam protein untuk
melengkapi siklusreproduksi. Replikasi ФX174 kromosom dapat dibagi menjadi beberapa tahap:

(1)untai induk (+)→ induk R

(2) RF →RFs induk progeni, dan

(3) untaian progeni → progeni(+).

Replikasi awal menghasilkan 3 '-OH dan 5' -fosfat termini di lokasi potongan untai (+); untai (-)
tetap utuh. Ujung 5 (untai 5 'terlepas dan dikupas) sementara untai (-) berputar mengelilingi
porosnya (dengan demikian nama "lingkaran melingkar")