1. Genetika mikroba adalah bidang studi dalam mikrobiologi dan rekayasa genetika .

 Genetika
mikroba mempelajari mikroorganisme untuk tujuan yang berbeda. Mikroorganisme yang
diamati adalah bakteri, dan archaea. Beberapa jamur dan protozoa juga merupakan subjek yang
digunakan untuk belajar di bidang ini. Studi mikroorganisme melibatkan studi genotipe dan
sistem ekspresi. Genotipe adalah komposisi turunan dari suatu organisme. (Austin, "Genotype,"
nd) Rekayasa Genetika adalah bidang pekerjaan dan studi dalam genetika
mikroba. [1] Penggunaan teknologi DNA rekombinan adalah proses dari pekerjaan
ini. [1] Prosesnya melibatkan pembuatan molekul DNA rekombinan dengan memanipulasi
sekuens DNA. [1]DNA yang diciptakan itu kemudian bersentuhan dengan organisme
inang. Kloning juga merupakan contoh rekayasa genetika. [1]
Sejak penemuan mikroorganisme oleh Robert Hooke dan Antoni van Leeuwenhoek
selama periode 1665-1885 [2] mereka telah digunakan untuk mempelajari banyak proses dan
telah memiliki aplikasi di berbagai bidang studi dalam genetika. Sebagai contoh: Laju
pertumbuhan mikroorganisme yang cepat dan waktu generasi yang pendek digunakan oleh para
ilmuwan untuk mempelajari evolusi. Penemuan Robert Hooke dan Antoni van Leeuwenhoek
melibatkan penggambaran, pengamatan, dan deskripsi mikroorganisme. [3] Mucor adalah
mikrofungi yang disajikan dan diberikan oleh Hooke. [4] Kontribusinya adalah, Mucor sebagai
mikroorganisme pertama yang diilustrasikan. Kontribusi Antoni van Leeuwenhoek terhadap
protozoa mikroskopis dan bakteri mikroskopis dihasilkan untuk pengamatan dan deskripsi
ilmiah.[4] Kontribusi ini dicapai dengan mikroskop sederhana, yang mengarah pada pemahaman
mikroba saat ini dan terus memajukan pemahaman ilmuwan.  [5] Genetika mikroba juga
memiliki aplikasi untuk dapat mempelajari proses dan jalur yang mirip dengan yang ditemukan
pada manusia seperti metabolisme obat

2. STRUKTUR DNA DAN RNA

3.
4. DNA (ASAM DEOKSIRIBONUKLEAT)
5. DNA/ Kromosom bakteri lebih banyak diteliti dari pada kromosom organisme lain. DNA
bakteri mampu mengkode 1000-3000 polipeptida yang berbeda-beda. DNA bakteri
merupakan molekul berantai ganda yang sirkuler. Struktur Dna bakteri tidak merupakan
bentuk sederhana tetapi merupakan belitan yang tidak teratur dalam sitoplasma. James
Watson dan Francis Crick (1953) telah menemukan struktur DNA yang berupa dua untai
pita DNA terpilin. Penemuan ini merupakan titik awal revolusi biologi karena merupakan
penemuan struktur DNA ini sangat penting untuk mempelajari dan memahami bagaimana
informasi genetik dapat dipindahkan dari satu generasi ke generasi berikutnya serta
bagaimana DNA dapat mengendalikan replikasinya.
6. Replikasi informasi herediter di dalam sel melibatkan sintesis molekul DNA baru yang
mempunyai urutan nukleotida sama seperti genom sel inangnya. Molekul DNA adalah
 makromolekul yang mempunyai informasi herediter suatu sel. DNA ini tersusun oleh sub
unit-sub unit yang disebut dengan nukleotida atau deoksiribonukleotida. Urutan
nukleotida menentukan kespesifikan suatu informasi herediter dan berisi mekanisme
untuk mengendalikan eksperi genetik.
7. Masing-masing deoksiribonukleotida terdiri dari basa nitrogen (asam nukleat), gula
deoksiribosa, dan gugus fosfat. Basa asam nukleat terdiri dari basa purin terdiri : Adenin
(A) dan guanin (G) yang mempunyai dua cincin. Dan pirimidin terdiri atas : timin (T) dan
sitosin (C) yang hanya mempunyai satu cincin. Purin dan pirimidin merupakan molekul
heterosiklis karena mengandung dua macam atom C dan N. Basa asam nukleat menempel
pada deoksiribosa membentuk deoksiribonukleosida. Deoksiribonukleosida ini
bergabung dengna gugus fosfat pada atom C5 membentuk subunit deoksiribonukleotida
DNA.
8. RNA (ASAM RIBONUKLEAT)
9. Asam nukleat lainnya yang dijumpai secara alamiah ialah asam ribonukleat (RNA).
Bedaanya dari DNA ialah :
10. 1. Biasanya berutasan tunggal
11. 2. Komponen gula pada nukloetida yang membentuk RNA adalah ribosa, dan bukan
deoksiribose. Ribose adalah sama dengan deoksiribose kecuali adanya gugusan hidroksil
pada atom karbon nomor 2
12. 3. Basa bernitrogen pirimidin yang dijumpai pada nukleotida yang membentuk RNA
ialah urasil bukan timin.

3. Mutasi adalah perubahan spontan pada gen suatu makhluk hidup/bakteri. Sebagai contoh
yang sederhana adalah adanya koloni bakteri Serratia marcescens yang berwarna putih diantara
koloni yang berwarna merah. Jika koloni putih tersebut diisolasi dan kemudian diteliti sifat-
sifatnya serta dibandingkan dengan bakteri dari koloni merah, maka sifat-sifat selain
pigmentasinya sama. Bakteri dari koloni putih tersebut dikatakan mutan kadang-kadang mutan
putih tersebut dapat kembali menjadi merah. Peristiwa ini dinamakan mutasi balik
Perubahan-perubahan karena mutasi dapat dibedakan dengan modifikasi (perubahan tidak
menurun) yang disebabkan karena faktor lingkungan. Dalam hal modifikasi semua sel akan
mengalami perubahan fenotif, sedangkan pada mutasi hanya sebgian kecil dari populasi. Ada dua
macam mutasi yaitu mutasi selektif dan mutasi tidak selektif Mutasi selektif ialah mutasi yang
menguntungkan bagi kelangsungan hidup bakteri tersebut. Mutasi ini terjadi pada keadaan
lingkungan tertentu misalnya adanya antibiotika.Mutan tersebut dapat tumbuh dengan adanya
antibiotika dalam dosis tertentu yang dapat menghambat dan membunuh sel induknya.Mutasi ini
dinamakan juga mutasi buatan.Mutasi tidak selektif ialah mutasi yang tidak mempunyai sifat
yang lebih menguntungkan atau merugikan dibandingkan dengan pertumbuhan sel
induknya.Mutasi ini disebut juga mutasi alami, tanpa campur tangan manusia.
Mekanisme terjadinya mutasi (mutagenesis).Sel yang mengalami mutasi (mutan)
mengalami perubahan urutan nukleotida dari DNA nya.Bagian DNA yang mengalami perubahan
tersebut dinamakan muton. Perubahan ini akan mempengaruhi sebagian dari aktivitas sel,
misalnya susunan asam amino dari polipeptida/ protein. Ditinjau dari perubahan nukleotida atau
basa DNA maka dapat dikenal macam-macam perubahannya, yaitu mutasi titik. Pertukaran,
pengurangan, pengisian, pembalikan
Mutasi paling umum terjadi selama replikasi DNA. Beberapa mutasi terjadi sebagai akibat
kerusakan yang ditimbulkan oleh cahaya ultraviolet atau sinar X. Karena unsur-unsur ini
merupakan bagian yang tak terhindarkan dari lingkungan. Tidak satupun mekanisme tertentu
yang dapat diusulkan untuk menerangkan pengaruh mutagenik sinar X. Karena sinar X dapat
menyebabkan pecahnya banyak ikatan kimiawi yang berbeda-beda macamnya, maka mungkin
merusak DNA dengan berbagai cara. Pengaruh utama cahaya UV ialah menyebabkan
pembentukan dimer dengan ikatan silang antara pirimidin-pirimidin yang bersebelahan, terutama
timin. Dimer ini mengacaukan proses replikasi yang normal (Pelczar, 2008).
Penemuan yang paling banyak membuka rahasia mutasi pada tahun-tahun belakangan ini
datang dari penelitian mengenai pengaru hmutagenik berbagai bahan kimia. Ada dua tipe
senyawa kimia yang mutagenik. Yang pertama terdiri dari senyawa-senyawa yang dapat bereaksi
secara kimiawi dengan DNA. Karena kekhususan replikasi DNA bergantung pada ikatan purin-
pirimidin, yang diakibatkan oleh ikatan hidrogen antara gugusan-gugusan amino dan hidroksil
ini dapat menyebabkan mutasi. Asam nitrous, yang dapat membuang gugusan amino dari purin
dan pirimidin, adalah mutagen semacam itu (Pelczar, 2008).
5. Perpindahan gen merupakan suatu kegiatan yang dilakukan bakteri dengan mengirimkan
informasi genetik (DNA) dari sel donor ke sel resipien. Pertukaran gen antar bakteri dapat terjadi
karena bakteri pada umumnya hidup berkoloni bahkan bercampur dengan banyak bakteri jenis
lain. Pertukaran gen akan menghasilkan rekombinan baru. Pertukaran gen atau materi genetik
secara garis besar dilakukan melalui cara transfer gen dan transposisi.
Transfer gen merupakan perpindahan materi genetik termasuk plasmid dari sel donor ke sel
resipien. Sedangkan transposisi merupakan pemindahan rantai DNA pendek (hanya beberapa
urutan saja) antara satu plasmid ke plasmid lain, atau dari kromosom ke plasmid dalam sel
tersebut. Transfer gen terjadi melalui beberapa cara yaitu, transformasi, transduksi, dan
konjugasi (Snustad, 2012).
Gambar 1. Tiga tipe mekanisme transfer gen pada bakteri (Snustad, 2012).
a.        Transformasi
Kali pertama diamati oleh Frederick Griffith (1928) Fragmen DNA bebas dapat melewati
dinding sel dan kemudian bersatu dalam genom sel tersebut sehingga mengubah genotipnya. Hal
ini biasanya dikerjakan di laboratorium dalam penelitian rekayasa genetika, tapi dapat pula
terjadi secara spontan meskipun dalam frekuensi yang kecil.
Transformasi merupakan proses pemindahan DNA telanjang yang mengandung sejumlah
terbatas informasi DNA dari satu sel ke sel yang lain.DNA tersebut diperoleh dari sel donor
melalui lisis secara alamiah atau dengan cara ekstraksi kimiawi, begitu DNA diambil oleh sel
resipien makaterjadilah rekombinasi. Gejala transformasi ini ditemukan kali pertama
pada Streptococcus pneumonia oleh F. Griffith pada tahun 1928. Pengamatannya menunjukkan
bahwa ada dua macam tipe koloni bakteri tersebut, yaitu koloni halus (tipe S atau smooth) yang
bersifat patogen dan koloni kasar (tipe R atau rough) yang non patogen. Dalam percobaannya
ditemukan jika campuran bakteri tipe S yang telah dimatikan dengan pemanasan dan sel tipe R
hidup disuntikkan pada tikus maka tikus akan mati dan dari bangkai tikus dapat diisolasi bakteri
tipe S yang hidup. Griffith mengatakan bahwa ada substansi yang berasal dari bakteri tipe S
(mati) diambil oleh bakteri tipe R (hidup) sehingga tipe R ini berubah menjadi tipe S yang
patogen. Perubahan dari tipe R ke tipe S ini disebut transformasi. Pada tahun 1944, Oswald
Avery, Macleod, McCarty mengisolasi substansi tersebut dan berhasil mengidentifikasinya
sebagai DNA.Percobaan Avery dan kawan-kawan inilah yang mendemontrasikan untuk pertama
kali bahwa bahan genetik adalah DNA (Gardner, 2000).
 

Gambar 2. Transformasi pada bakteri (Snustad, 2012).

Manfaat yang didapat dari transformasi gen pada bakteri yaitu merupakan sarana penting  dalam
rekayasa genetika. Selain itu banyak penelitian yang telah menggunakan hasil transformasi untuk
memetakan kromosom bakteri dan sangat bermanfaat untuk penelitian genetika dalam
laboratorium.
b.   Konjugasi
Transfer unilateral materi genetik antara bakteri sejenis maupun dengan jenis lain dapat terjadi
melalui proses konjugasi (mating). Hal ini dimungkinkan karena adanya faktor F yang
menentukan adanya pili seks pada virus bakterial tertentu. Kuman yang mempunyai pili seks
disebut kuman F+, dan melalui pilinya materi genetik dari sel donor (F+) termasuk plasmid
DNAnya dapat berpindah ke dalam sel resipien. Jadi gen-gen tertentu yang membawa sifat
resistensi pada obat dapat berpindah dari populasi kuman yang resisten ke dalam kuman yang
sensitif. Dengan cara inilah sebagian besar dari sifat resisten obat tersebar dalam populasi kuman
dan menimbulkan apa yang disebut multidrug resistance.
Konjugasi merupakan pemindahan bahan genetik dari suatu sel bakteri yang bertindak sebagai
donor kepada sel bakteri yang bertindak sebagai resipien. Pada proses konjugasi, sel donor
(jantan) memasukkan sebagian DNA ke dalam sel resipien melalui pili seks yang dimiliki oleh
sel jantan. Setelah DNA donor masuk ke dalam sel resipien, enzim-enzim yang bekerja pada
DNA resipien menggunting dan mengeksisi suatu fragmen DNA resipien. Kemudian DNA donor
dipadukan ke dalam kromosom resipien di tempat DNA yang tereksisi. Pemindahan ini dikode
oleh plasmid. Plasmid adalah unsur genetis ekstra kromosomal (diluar kromosom) dan dapat
melangsungkan replikasi didalam sitoplasma sel bakteri. Plasmid adalah potongan bundar DNA
yang merupakan gen tambahan. Bila unsur ekstra kromosomal dapat bereplikasi dan terpadu ke
dalam kromosom bakteri disebut episom. Hal ini membedakan episom dari plasmid, karena
plasmid tidak terpadu ke dalam kromosom. Pada bakteri gram negatif misalnya E.coli, konyugasi
terjadi dengan cara perlekatan antara sel donor dengan sel resipien melalui piliseks atau faktor F
(faktor kesuburan atau fertility factor). Pada bakteri gram positif misalnya Streptococcus
faecalis, perlekatan antara sel donor dan resipien tidak melaui pili. Proses konyugasi secara
artificial dapat digunakan untuk memetakan gen pada bakteri (Ristiati, 2000).
Gambar 3. Proses konjugasi pada bakteri (Snustad, 2012).
c.    Transduksi
Transduksi merupakan proses pemindahan bahan genetik dari suatu bakteri ke bakteri lain
melalui bakteriofage. Bila bakteriofage menyerang bakteri maka DNA bakteriofage diijeksikan
ke dalam sel bakteri. Saat DNA fage dikemas di dalam pembungkusnya untuk membentuk
bakteri-bakteri fage baru, DNA fage tersebut dapat membawa sebagian dari DNA bakteri yang
telah menjadi inangnya. Selanjutnya, bila fage menginfeksi bakteri lainnya, maka fage akan
memasukkan DNA-nya yang mengandung sebagian dari DNA bakteri inang sebelumnya.
Dengan demikian, fage tidak hanya memasukkan DNA-nya sendiri ke dalam sel bakteri yang
diinfeksinya, tetapi juga memasukkan DNA dari bakteri lain yang ikut terbawa pada DNA fage.
Jadi, secara alami fage memindahkan DNA dari satu sel bakteri ke bakteri lainnya. Ada dua
kemungkinan yang terjadi yaitu sel mengalami lisis atau bersifat lisogenik (Snustad, 2012).
Lisis terjadi jika DNA bakteriofage akan mengambil alih fungsi metabolisme bakteri untuk
memproduksi DNA dan protein bakteriofage, kemudian terjadi perakitan partikel virus dan
akhirnya virus yang utuh akan keluar dari sel  bakteri ketika sel mengalami lisis. Sedangkan
DNA bakteriofage akan berintegrasi dengan DNA bakteri sehingga terbentuklah bakteri yang
bersifat lisogenik. Bakteri yang bersifat lisogenik dapat mengalami fase litik, namun belum
diketahui penyebab dari fenomena tersebut. Di alam keadaan demikian, DNA bakteriofage akan
melepaskan diri dari DNA bakteri dan mengambil alih fungsi metabolisme untuk menghasilkan
partikel virus yang baru seperti halnya pada kemungkinan pertama. Proses transduksi
dipergunakan untuk mengembangkan galur -galur  bakteri baru, memetakan kromosom bakteri
dan untuk banyak percobaan genetis lain.
Transduksi dapat juga terjadi dengan cara DNA dari plasmid masuk ke dalam genom
bakteriofag. Oleh bakteriofag plasmid ditransfer ke populasi bakteri lain. Transduksi biasa terjadi
pada bakteri Gram positif seperti Staphylococcus, tapi diketahui pula terjadi pada Salmonella.
Gambar 4. Proses tranduksi pada bakteri.
Plasmid
Materi genetik bakteri  dibawa dalam satu kromosom utama dan dalam satu sampai beberapa
molekul DNA ekstrakromosomal yang disebut plasmid. Plasmid merupakan elemen
genetik yang berupa molekul DNA utas ganda sirkuler (tak berujung) yang berukuran
kecil,  yang dapat mereplikasi secara independen dari kromosom utama dalam keadaan
extrachromosomal (diluar kromosom). Plasmid tidak diperlukan untuk kelangsungan hidup sel
tempat mereka tinggal. Namun, dalam kondisi lingkungan tertentu seperti ketika terdapat
antibiotic, plasmid berfungsi penting jika plasmid tersebut membawa gen untuk resistensi
terhadap antibiotic (Gardner, 2000).
Dalam bakteri E. coli ada tiga jenis plasmid utama yaitu: (i) faktor F, (fertilitas) yang
bertanggung jawab terhadap proses konjugasi; (ii) Plasmid R, (resistensi) mengandung gen
resistensi terhadap antibiotic atau logam berat  sehingga sel inang resisten terhadap antibiotik
dan obat antibakteri lain; dan (iii) plasmid Col, menyandi protein yang membunuh sel-sel sensitif
E. Coli (Gardner, 2000)..
Berdasarkan kemampuanya untuk membuat sel inang berkonjugasi, plasmid dibedakan menjadi
2 yaitu  plasmid conjugative dan plasmid yang nonconjugative. Sifat conjugative pada  banyak
plasmid R berperan penting dalam penyebaran secara cepat gen antibiotic dan resistensi obat
pada populasi bakteri pathogen. Evolusi R plasmid yang membuat bakteri inang resisten
terhadap beberapa antibiotik telah menjadi masalah kesehatan yang serius , dan penggunaan
antibiotik untuk tujuan nontherapeutic telah memberikan kontribusi terhadap evolusi cepat dari
beberapa bakteri sehingga berkali-kali lebih resistan terhadap obat (Gardner, 2000).
Episom
Faktor F dan materi genetic tertentu memiliki sifat yang unik yang disebut episom.  Menurut
Jacob dan Wollman,  episom adalah elemen genetik yang tidak penting untuk  inang dan dapat
mereplikasi secara otomatis atau terintegrasi ke dalam kromosom bakteri inang . episom tidak
sama dengan plasmid. Episom memiliki kemampuan untuk memasukkan diri ke dalam
kromosom . kemampuan ini tergantung pada keberadaan sekuens DNA pendek yang disebut
insertion sequences ( atau IS elemen). insertion sequences ( dari sekitar 800 sampai sekitar 1400
pasang nukleotida panjang ) merupakan transposabel  yaitu elemen yang dapat berpindah dari
satu kromosom ke kromosom yang berbeda. Selain itu, IS elemen memediasi rekombinasi antara
unsur-unsur genetik dinyatakan nonhomolog. Dengan kata lain episome merupakan penggalan
plasmid yang berintegrasi dengan kromosom dan akhirnya merupakan bagian dari kromosom
tersebut (Lewin, 2004).
Transposon
Plasmid kecil yang dapat berpindah diantara molekul DNA yang memiliki struktur basa yang
berlainan. Transposon tidak membawa informasi genetika yang dibutuhkan untuk memasangkan
replikasi sendiri terhadap pembagian sel, sehingga perkembangbiakannya tergantung pada
penyatuan fisiknya dengan replika bakteri. Penyatuan ini dibantu oleh kemampuan transposon
untuk membentuk tiruannya sendiri, yang mungkin disisipkan dalam replika yang sama atau
mungkin disatukan pada replika lainnya. Spesifisitas dari rangkaian pada bagian sisipan biasanya
rendah, sehingga transposon kadang cenderung menyisip dalam sistem acak. Sebagian besar
plasmid ditransfer antar sel bakteri, dan penyisipan dari sebuah transposon ke dalam suatu
plasmid bisa menyebabkan penyebaran dalam sebuah populasi (Lewin, 2004).