Plasmid dan Episome

Plasmid merupakan satu dari beberapa molekul DNA ekstrakromosomal atau

kromosom mini. Plasmid dapat didefinikan sebagai replika yang diwariskan secara stabil
dalam keadaan ekstrakromosomal. Plasmid kebanyakan disingkirkan walaupun terkadang
sangat penting ada lingkungan tetentu. Plasmid memiliki signifikansi praktis utama pada 2
bidang yaitu, penyebaran beberapa antibiotik serta resistensi obat pada bakteri patogen dan
ketidakstabilan mikroorganisme industri yang penting.
Terdapat tiga jenis utama plasmid bakteri telah dipelajari secara luas: (1) F dan F
'plasmid, faktor kesuburan konjugasi yang telah dibahas sebelumnya; (2) Plasid R
(sebelumnya disebut RTF, atau faktor transfer resistansi), plasmid yang membawa gen untuk
resistensi terhadap antibiotik atau obat antibakteri lainnya; dan (3) plasma Colid (sebelumnya
disebut faktor colicinogenik), plasma yang mengkode colicins, yang merupakan protein yang
membunuh sel E.coli. Transfer DNA plasmid konjugatif atau dapat ditularkan melalui
konjugasi. Semua plasmid F dan F, banyak plasmid R, dan beberapa plasmid Col bersifat
konjugatif. Sifat konjugatif dari banyak plasmid R memiliki signifikansi utama dalam
penyebaran gen resistensi antibiotik dan obat melalui populasi bakteri patogen.
Episome merupakan elemen genetik yang dapat mereplikasi di salah satu dari dua
keadaan alternatif sebagai bagian yang terintegrasi dari krom host utama atau sebagai
elemen genetik otonom, independen dari kromosom bost utama. Banyak plasmid tidak ada
dalam keadaan terintegrasi dan karenanya bukan episom. Banyak dari sifat mereka sekarang
diketahui bergantung pada keberadaan sekuens DNA pendek yang disebut elemen IS atau
sekuens penyisipan. Elemen IS juga ada dalam kromosom inang utama. Urutan pendek ini
(dari sekitar 800 hingga sekitar 1400 nukleotida-panjang) dapat transposable, yaitu, mereka
dapat bergerak dari satu posisi ke posisi lain dalam suatu kromo, atau pindah dari satu
kromosom ke kromosom yang berbeda. IS memediasi rekomendasi antara elemen genetik
yang tidak homogen di mana mereka berada.
Elemen-elemen IS memediasi integrasi episom ke dalam kromosom inang. Seperti
hanlnya dalam kasus integrasi E. coli K12 F plasmid selama pembentukan Hfr's . Faktor E. coli
K12 F mengandung satu salinan IS2 dan dua salinan IS3 (Gbr. 8.20). Posisi elemen-elemen IS
dalam berbagai faktor F dan dalam kromosom dari berbagai galur E. coli dipercayai untuk
menentukan lokasi-lokasi integrasi faktor F selama pembentukan galur

Transposable materi genetik

Unsur transposable ditemukan oleh B. Mc-Clintock melalui analisis ketidakstabilan
genetik pada jagung. McClintock menduga mosaik, alel C' penghambatan telah hilang
beberapa saat selama pengembangan endosperma, yang mengarah ke klon jaringan yang
mampu menghasilkan pigmen. Genotipnya -CC, di mana tanda hubung menunjukkan
hilangnya alel C '. Analisis lebih lanjut menunjukkan bahwa alel ini telah hilang melalui
kerusakan kromosom. Lepasnya segmen kromosom dari sentromernya, menghasilkan
fragmen asentrik. Fragmen itu hilang selama pembelahan sel, sehingga semua keturunan sel
ini akan kekurangan bagian dari kromosom yang diturunkan dari ayah. fragmen yang hilang
adalah fragmen yang membawa alel C ', tidak ada sel dalam klon ini yang akan dihambat
untuk membentuk pigmen maka saat satu dari mereka menghasilkan bagian dari aleuron,
warna akan muncul.
McClintock menemukan bahwa mosaik kernel seperti itu kerap dihasilkan dari jeda
pada situs tertentu pada kromosom 9. McClintock menemukan contoh kerusakan lainnya di
situs yang berbeda pada chromomome 9, dan juga pada kromosom lain. kerusakan pada
situs-situs ini bergantung pada aktivasi dan faktor Ds juga terlibat. Ds bisa ada di banyak situs
berbeda dalam genom, dan bahwa mungkin bagi Ds untuk mengubah posisinya. Melalui
analisis genetik, Mc-Clintock menunjukkan bahwa Ac dan Ds dapat bergerak. Elemen ac dapat
mengaktifkan dirinya sendiri, tetapi elemen Ds tidak bisa. Setiap kali transposon
mengaktifkan diri, ia dikatakan berfungsi secara otonom; setiap kali tidak melakukan
swadaya, itu dianggap tidak otonom.

Transposabel elemen pada bakteria

Transposon bakteri paling sederhana adalah urutan penyisipan, atau elemen IS.
Biasanya kurang dari 1500 nukleotida-pasangan panjang dan hanya mengandung gen yang
terlibat dalam mempromosikan atau mengatur transposisi. Kadang-kadang dua elemen IS
homolog bergabung dengan gen lain untuk membentuk transposon komposit (Tn) dan yg tiak
mengandung elemen IS (Tn3). Bakteriofage X yang terintegrasi dianggap elemen
transposabel karena dapat memasukkan dirinya ke dalam bakteri kromosom. Namun, fag ini
mewakili batas atas ukuran transposon dan jelas mengandung banyak gen yang tidak
diperlukan untuk perilaku penyisipan.

IS Element
elemen diatur secara kompak dan terdapat urutan pengkodean tunggal dengan
pendek, identik, atau urutan yang hampir identik di kedua ujungnya. Panjangnya berkisar
antara 9 hingga 40 pasangan nukleotida. Satu salinan duplikasi terletak di setiap sisi elemen.
elemen-elemen IS memediasi integrasi episom ke dalam kromosom bakteri. Proses ini
melibatkan rekombinasi homolog antara elemen-elemen IS yang terletak di episom dan
dalam kromosom. Transposon komposit dibuat ketika dua elemen IS menyisipkan saling
berdekatan. Masing-masing transposon komposit ini membawa gen untuk resistensi
antibiotik-resistensi kloramfenikol pada Tn9, resistensi kanamisin pada Tn5, dan resistensi
tetrasiklin pada Tn10.

Keluarga Tn3
kelompok transposon ini memiliki pengulangan terminal terbalik yang panjangnya 38-40
nukleotida dan menghasilkan duplikasi situs target 5 pasang nukleotida pada saat penyisipan. Mereka
lebih besar dari IS dan biasanya mengandung gen aksesori serta gen yang diperlukan untuk transposisi.
Ada tiga gen, tnpA, trpR, dan bla, yang masing-masing mengkodekan transposase, penekan resolvasel,
dan enzim yang disebut beta laktamase. Transposase memediasi perpaduan dua molekul, membentuk
struktur yang disebut kointegrasi. Pada tahap kedua transposisi, resolusi tnph yang dikodekan
memediasi spesifik-situs rekombinasi antara dua elemen Tn3 Produk gen tnpR juga memiliki fungsi
lain, yaitu, untuk menekan sintesis protein transposase dan resolvase.
Signifikansi Medis dari Transposon Bakteri
Transposon bakteri jelas bertanggung jawab untuk transposisi gen yang
mengendalikan resistensi terhadap antibiotik dari satu molekul ke molekul lainnya. Semua
plasmid R konjugatif memiliki setidaknya dua komponen, satu segmen membawa set gen
yang terlibat dalam transfer DNA konjugatif dan segmen kedua membawa gen atau gen
antibiotik dan / atau resistensi obat. Beberapa senyawa R plasmid telah ditandai sebagai
mengandung dua atau lebih penentu-R, masing-masing diapit oleh elemen IS. Tidak hanya
plasmid yang tersebar dengan cepat di dalam spesies bakteri, tetapi mereka juga
ditransmisikan melintasi spesies dan bahkan garis generik. Membatasi penggunaan antibiotik
untuk infeksi bakteri serius dan tidak menggunakannya untuk setiap infeksi kecil yang datang.
Jika kita tidak membatasi penggunaan, antibiotik dan obat yang sangat efektif saat ini
mungkin memiliki sedikit utilitas di masa depan.

Elemen transposable dalam Eukariot

Meskipun beberapa penelitian terinci dari unsur-unsur yang telah dilakukan dengan
bakteri, ada juga penelitian yang luas tentang transposons dalam eukariota, dimulai dengan
karya klasik Mc-Clintock. Beberapa penemuan terbaru dengan transposon ragi, jagung, dan
Drosophila selanjutnya dibahas.

Elemen Ragi TY
Ragi Saccharomyces cerevisiae membawa sekitar 35 salinan elemen transposabel (Ty)
dalam genom haploidnya. Transposon ini sekitar 5.900 dan pasangan nukleotida panjang dan
dibatasi di setiap ujungnya oleh segmen DNA yang disebut urutan d, yang panjangnya kira-
kira 340 pasangan basa Setiap bagian berorientasi pada arah yang sama, membentuk apa
yang dikenal sebagai pengulangan terminal panjang langsung, atau LTRS. Terkadang LTR
terlepas dari elemen Ty. ment, menciptakan solo yang disebut ᵟ. Diperkirakan bahwa solo ᵟ
ini dihasilkan oleh rekombinasi antara LTRS dari elemen Ty yang lengkap. Transposisi unsur-
unsur Ty melibatkan zat antara RNA. Setelah RNA disintesis dari DNA Ty, produk gen TyB
menggunakan RNA untuk membuat DNA beruntai ganda. Proses ini disebut transkripsi
terbalik. Kemudian DNA yang baru disintesis dimasukkan di suatu tempat di dalam geom
tersebut, menciptakan elemen Ty baru. Karena kesamaan keseluruhannya dengan retrovirus,
elemen Ty ragi kadang-kadang disebut retrotransposon.

Transposon Jagung
Unsur transposabel telah ditemukan di beberapa pabrik, terutama jagung (Zea mays)
dan snapdrag (Antirrbinum majus). Investigasi yang paling luas telah melibatkan jagung, di
mana beberapa keluarga transparan telah diidentifikasi.

Elemen Ac dan Ds
Keluarga jagung Ac / Ds, awalnya ditemukan oleh McClintock, terdiri dari banyak
elemen yang tersebar di seluruh genom. Studi molekuler telah menunjukkan bahwa elemen
otonom fungsional, Ac, terdiri dari 4563 pasangan nukleotida yang terikat oleh pengulangan
langsung 8- pasangan nukleotida. Pengulangan langsung ini dibuat pada saat elemen
dimasukkan pada site di sebuah kromosom. McClintock menyebut Ac dan Ds sebagai elemen
pengontrol. Kadang-kadang, mutasi yang diakibatkan oleh elemen kontrol ini tidak tetap.
Sebagai contoh, salah satu mutasi dari lokus bronze yaitu bz–m2. Mutasi ini diakibatkan oleh
insersi dari elemen Ac dan akan berbalik jika elemen Ac dihilangkan. Sedangkan mutasi yang
lain yaitu bz–m1, disebabkan oleh insersi dari Ds. Namun reversi pada kasus ini hanya terjadi
jika elemen Ac ada di bagian manapun pada genom. Inilah perbedaan dari kedua alel tersebut.
Elemen Ac dapat aktif sendiri namun Ds tidak. Ketika suatu transposon dapat mengaktifkan
dirinya sendiri, hal ini disebut berfungsi secara autonom, sedangkan jika tidak maka disebut
nonautonom.

Elemen Spm dan dSpm

Kelompok transposon jagung lainnya yang ditemukan oleh McClintock adalah
kelompok suppressor-mutator. Dalam kelompok ini, elemen otonom disebut Spm dan
elemen non-otonom disebut dSpm ("d" berarti dihapus atau rusak). Elemen Spm adalah
sepanjang 8287 pasang nukleotida, termasuk 13 pasang nukleotida dengan putaran (ulangan)
terbalik. ketika masuk ke dalam kromosom, mereka membuat duplikasi lokasi target 3 pasang
nukleotida. Elemen dSpm lebih kecil dari elemen Spm karena sebagian dari rangkaian DNA
telah dihapus. Penghapusan ini mengganggu fungsi gen yang dibawa oleh elemen Spm
lengkap sehingga mencegah sintesis produk gen. karena produk ini diperlukan untuk
transposisi, elemen dSpm yang dihapus tidak dapat merangsang gerakan mereka sendiri.
Kelompok Spm dinamai karena elemennya dapat menekan fungsi gen yang telah
ditransfusikan.Hal ini terjadi ketika elemen dSpm yang dimasukkan berinteraksi dengan
elemen Spm yang terletak di tempat lain dalam genom. Gambar 9.17 menunjukkan contoh di
mana elemen dSpm telah dimasukkan ke dalam salah satu gen yang mengendalikan
pigmentasi dalam biji. Perhatikan bahwa meskipun penyisipan dSpm mengurangi ekspresi
gen tersebut, ia tidak menghapus sepenuhnya. Namun, ketika elemen Spm otonom
dimasukkan ke dalam genom, ekspresi gen pigmentasi sepenuhnya dihambat di sebagian
besar biji. Ini menunjukkan aksi "suppressor" atau penghambatan oleh elemen Spm. Selain
itu, elemen ini merangsang eksisi (penghilangan) elemen dSpm di beberapa sel, yang
mengarah ke klon di mana fungsi gen sebagian dikembalikan. Klon ini, yang dikenali dari
pigmentasi sedang hingga berat, menunjukkan fungsi "mutator" trans-acting dari elemen
Spm. Baru-baru ini, analisis biokimia telah menyatakan bahwa aktivitas unsur-unsur Ac dan
Spm dikendalikan oleh metilasi nukleotida yang dipilih dalam urutan DNA. penelitian tentang
fenomena ini saat ini sedang berlangsung dan dapat mengarah pada pemahaman yang lebih
mendalam tentang mekanisme yang mengatur perilaku kelompok elemen transposable.
DROSOPHILA TRANSPOSONS
Elemen yang dapat diubah telah ditemukan pada berbagai binatang, tapi beberapa
informaasi terbaik datang dari penelitian dengan Drosophila. Yang mana sebanyak 15% dari
DNA adalah aktif. Beberapa kelas dari Drosopila transposons telah diidentifikasi.

Retrotransposons
 Merrupakan grup terbesar dari Drosophila transposons terdiri atas elemen retrovirus
seperti element atau Retrotransposons. Elemen ini adalah 5000-15000 pasangan nukleotida
panjang dan menyerupai bentuk terpadu dari retrovirus seperti halnya element TY dari ragi.
Masing- masing retrotransposons dibatasi dari salah satu ujung dari rangkaian terminal
panjang yang diulang atau LTR, yang mana mungkin terdiri dari beberapa ratus pasangan
nukleotida. Keduanya baik LTRs diorientasikan dalam tujuan yang sama. Dalam hal ini, LTRs
dibatasi oleh rangkaian pendek yang diulang yang mana mempunyai tujuan yang berlawanan.
Ketika retrotransposons masuk kedalam sebuah transposons, ini menciptakan target sisi
duplikasi, dengan satu salinan dalam tiap tiap sisi transposons. Ukuran dari duplikasi ini
merupakan ciri dari masing masing family retroposons.
Target dari sisi duplikat duplikat selalu berorientasi dalam tujuan yang sama. Ini tidak
jelas berapa banyak perbedaan retrotransposons dalam Drosophila, tapi kenyataannya tidak
ada lebih dari 30. Penelitian dengan strain yang berbeda berindikasi ukuran dari masing-
masing family yang berbeda. Contohnya, beberapa strain hanya mempunyai beberapa
element gypsy, yang lainnya mempunyai lebih dari seratus. Oleh karena itu, element-element
ini tersebar disemua genom. Penempatan posisis dalam strain yang berbeda. Yang mana
kemungkinan banyak dari variasi acak. Tapi banyak peneliti mempunyai spekulasi bahwa
jumlah dari element dalam family retroposons mungkin diatur. Retrotransposons
bertanggung jawab untuk banyak pada mutasi dari genetik keunggulan drosophila.
menunjukkan 4 alel dari tempat X- Linked white yang mana dikarenakansisipan
Retrotransposons. Dalam satu kasus, ekspresi dari locus terhapus pada pokoknya. Dimana
dalam lainnya ini semata mata mengurangi dari level tipe liar. Walaupun banyak dari sispan
Retrotranposons dalam mutasi Drosophila seimbang, sedikit penelitian telah di amati. Untuk
hal ini, gypsy mutasi sisipan dari pemotongan sayap sayap locus kadang kadang kembali ke
tipe liar. Pengembalian dari alel ini tampak diasosiasi dengan pemotongan dari elemen Gypsy.
Seperti halnya TY elemen pada ragi, penempatan dari drosophila retrotransposons tampak
terlibat sebuah RNA intermediet.
Mekanisme detail tidak diketahui, tapi ini terfikirkan untuk menyerupai proses dari
infeksi retroviral. P element dan disgenesis hibrida Beberapa dari penelitian yang sangat luas
pada Drosophila transponsons telah fokus pada anggota dari family P element (19.20).
transponsons kecil ini berakhir di 31 pasang nukleotida dibalik pengulangan dan diapit oleh 8
pasang nukleotida target sisi duplikat. Anggota dari keluarga P elemen merubah dalam
ukuran. Elemen yang paling besar adalah 2907 pasang nukleotida panjang, termasuk
penghubung dibalik pengulangan tapi bukan termasuk target sisi duplikat. Elemen-elemen
yang lengkap ini mengurus kebutuhan pergerakannya sendiri.

Genetik dan evolusioner penting dari transposible elemen

Mutasi dan kerusakan kromosom
keraguan bahwa transposibel elemen adalah bertanggung jawab dari mutasi dalam
organisme yang memiliki perbedaan sangat luas. Pembuktian yang terbaik berasal dari
Drodophila, yang mana banyak mutasi alel yang telah ditunjukkan untuk membuktikan sisipan
transposons. Bagaimanapun pekerjaan percobaan dengan elemen transposible yang berbeda
jenis meyarankan bahwa kejadian dari mutasi sebuah mutasi sisipan masih agak jarang
terjadi, mungkin karena banyak keluarga transposons yang beregulasi secara ketat. Ketika
regulasi ini kalah, tranposisi penuh bisa saja terjadi, disebabkan banyak mutasi secara
langsung. Ini nampaknya apa yang terjadi ketika P elemen berpindah pada disgenik hibrida
dari drosophila. Transposable element juga menghasilkan kerusakan kromosom. Demonstrasi
ini oleh kebiasaan dari DS elemen ganda dalam maize dan oleh P elemen di drosophila.
Di kedua kasus, kerusakan dapat menyebabkan kehilangan atau penyusunan ulang
dari material kromosom. Diskusi serius dari struktural aberasion di bahas dalam bab 18 dan
19. Kadang kadang transposable elemen transposibel mediet kejadian kombinasikan kembali
antara DNA molekul. Satu contoh adalah, IS mediet hasil dari F plasmid kedalam kromosom
E-coli. Yang lain adalah penyusunan kembali struktur dari x kromosom dari Drosophila berikut
dikombinasikan kembali antara homologi transposons yang ditempatkan dalam posisi yang
berbeda. J. K. Liem telah menemukan bahwa satu famili dari element transposable
menampakkan kejadian kejadian ini menyebabkan dari penghilangan atau pembalikan dari
segmen yang besar dari kromosom. Penemuan ini dan yang lainnya menyarankan bahwa
transpososn mungkin berperan sangat penting dalam evolusi dari struktur kromosom.

Penggunaan dalam Analisis genetik

Kebiasaan alami dari transposabel elemen menyebabkan perpindahan telah
dimanfaatkan dalam lab. Dalam beberapa organisme, kemungkinan saat ini untuk
merangsang perpindahan dari elemen terperinci dari sebuah famili, yang mana meningkatkan
taraf perpindahan alami. Prosedur ini mempunyai keuntungan melalui metode tradisional
termasuk perpindahan. Sebab elemen yang dapat berubah yang mana telah menyebabkan
perpindahan masuk kedalam gen dapat melayani sebagai tanda untuk penelitian lebih detail.
Mas adepan ini terlihat paling baik dalam Drosophila, yang mana teknik dari in situ hibrition
dapat digunakan untuk lokasi dari sisipan transposons. Dalam teknik ini, penamaan radioaktiv
rangkaian transposons dibuat single strain. Dan kemudian hibrida pada single stranded DNA
pada kromosom raksasa dari kelanjar saliva. Reaksi hibridisasi mengambil alih dari permukaan
slide mikroskop dimana kromosom telah tersebar oleh kelenjar terdistorsi.Ketika reaksi
hibridisasi lengkap. Tempat dari rangkaian radioaktiv dapat dipisahkan dengan
autoradiography. Kromosom dalam gambar ini
Questioning and Answering
Ade wahyu pratama (180342618041)
1. Mengapa plasmid dan episome sebagai DNA bakteri ekstrakromosomal tidak dapat
disebut sama ? bagaimana membedakan antara episome dan plasmid?
Jawab:
Episom dan plasmid berfungsi sebagai DNA bakteri extrakromosoml. Plasmid
adalah molekul DNA melingkar replikasi sendiri yang memiliki sifat khusus seperti
resistensi antibiotik, dan lain-lain. Plasmid digunakan sebagai vektor dalam
teknologi DNA rekombinan. Plasmid tidak bisa berintegrasi ke dalam kromosom
bakteri. Episom adalah jenis DNA extrakromosom bakteri lainnya. Mereka mampu
berintegrasi ke dalam kromosom bakteri dan masuk ke sel anak selama replikasi.
Mereka lebih besar dari plasmid yang mengandung lebih banyak pasangan basa.
Inilah perbedaan antara plasmid dan episom.
Plasmid Episome
Definisi Plasmid adalah molekul Episom adalah tipe DNA
DNA ekstrakromosom ekstrakromosom yang
bakteri yang kecil, lebih besar daripada
melingkar, dan berikatan plasmid
ganda
Kemampuan Mengandung informasi Tidak mengandung
Mereplikasi Diri penting untuk informasi untuk
pereplikasian diri pereplikasian diri
Ikatan dengan DNA Tidak bisa berikantan Mereka bisa terintegrasi
Kromosom dengan DNA kromosom dengan DNA kromosom
bakteri
Pengkodean Gen Beberapa gen yang Episom tidak
Khusus berada di plasmid mengandung gen
memberikan ciri khas spesial. Plasmid F
pada bakteri seperti mengandung hanya DNA
resistensi antibiotik, faktor F.
toleransi logam berat, dll.
Penggunaan sebagai Plasmid digunakan Episoms tidak digunakan
Vektor sebagai vektor sebagai vektor

2. Mengapa elemen Tn3 cenderung tidak bergerak? Bagaiana kaitannya dengan

strukturnya?
Jawab:
Proses transposisi pada Tn3 berlangsung dua tahap. Tahap pertama adalah
penggabungan dua molekul. Dari penggabungan ini dibentuk struktur yang disebut
dengan cointegrate. Saat itu terjadi proses replikasi pada trasnposon dan membentuk
sambungan pada cointegrate. Setelah itu memasuki tahap kedua yaitu pemutusan
mediasi rekombinasi pada lokasi Tn3 oleh pengkode tnpR. Dari proses ini
menyebabkan terbentuknya dua molekul yang merupakan hasil kopian dari
trasnposons. Pada tahapan ini muncul urutan Tn3 yang disebut dengan res. Adanya
pengikatan represor pada daerah res menyebabkan transkripsi gen tnpA dan tnpR
ditekan sehingga elemen Tn3 cenderung bersifat tidak mobil.