Kelompk 15 dan 16/ Offering A

Aisyatur Robia (150341600791)

Aushofusy Syarifah Agustin (15034160)

Resume Genetika ke-4

Replikasi DNA, Fage X174 dan Rolling Circle Replication

1. Replikasi DNA
Makhluk hidup mempertahankan jenisnya dengan cara bereproduksi. Reproduksi
dapat dilakukan secara sederhana seperti penggandaan (duplikasi) maupun secara
kompleks pada hewan dan tumbuhan tingkat tinggi. Reproduksi sendiri memiliki
proses berupa transmisi informasi genetic dari kedua induk untuk digabungkan.
Karena informasi genetic tersimpan dalam DNA, maka replikasi DNA merupakan
pusat dari biologi.
Watson dan Crick mengusulkan struktur double helix dari DNA yang disertai
dengan basa komplementernya, mereka mengenalkan bahwa basa komplementernya
secara spesifik dapat menjadi acuan dalam mekanisme duplikasi DNA. Ketika dua
rantai komplemen dari double helix terpisah (dengan cara memutus ikatan hydrogen
antar pasangan), setiap rantai akan menyintesis rantai baru yang sesuai dengan
pasangannya. Sehingga tiap rantai induk dapat bertindak sebagai template untuk
rantai komplemen yang baru. Sebagai contoh Adenin yang merupakan induk dari
rantai yang dapat menjadi template melalui potensi ikatan hydrogen untuk
menggabungkan Timin pada rantai komplemen. Mekanisme inilah yang disebut
dengan replikasi semikonservatif.
 Gambar 5.12. Replikasi DNA menurut Watson and Crick
Berdasarkan mekanisme replikasi DNA, terdapat 3 model hipotesis yang
muncul. Salah satunya adalah (1)semi konservatif, (2)konservatif dimana replikasi
pada rantai induk tetap utuh dan (3)dispersive, yaitu replikasi dimana setiap segmen
diselingi oleh beberapa macam fragmentasi, sintesis dan proses penggabungan.

Gambar 5.13. Hipotesis Replikasi DNA (sumber: Replication.pdf. Adobe Reader,

2011)

Percobaan Meselson-Stahl
 Hasil dari tes kritikal pertama Watson and Crick bahwa DNA bereplikasi
secara semikonservatif yang dipublikasikan pada tahun 1958 oleh M.S. Meselson dan
F.W. Stahl. Mereka menumbuhkan sel-sel E.coli menjadi beberapa generasi pada
15
medium yang mengandung isotop nitrogen, N yang telah disubtitusikan pada
14
normal isotop N. Basa purin dan Pirimidin pada DNA mengandung nitrogen,
15
sehingga DNA sel pada medium N akan memiliki kerapatan yang lebih besar
14
daripada DNA pada sel di medium N. Karena perbedaan densitas (kerapatan)
molekul dapat dipisahkan dengan sebuah prosedur yang disebut "equilibrium density-
gradient centrifugation", Meselson dan Stahl mampu membedakan 3 kemungkinan
mode replikasi DNA dengan mengikuti perubahan densitas DNA sel yang
ditumbuhkan pada medium 15N yang kemudian dipindahkan ke medium normal, 14N
dalam beberapa periode waktu ( disebut dengan density transfer experiment).
Hampir semua densitas DNA mirip dengan densitas larutan yang mengandung
garam berat seperti cesium chloride (CsCl). Sebagai contoh densitas Cscl adalah
14
sekitar 1,7 g/cm3. DNA E.coli pada medium N memiliki densitas 1,719g/cm3,
15 14
pemindahan sel dari medium yang mengandung N ke N akan meningkatkan
densitas menjadi 1,724g/cm3.
Ketika larutan garam tinggi contohnya 6M Cscl disentrifugasi pada kecepatan
sangat tinggi (3000-5000 RPM) selama 48-72 jam, sebuah kesetimbangan densitas
akan terbentuk. Gaya sentrifugal disebabkan oleh larutan yang berputar pada
kecepatan tinggi yang menyebabkan sedimen garam berada di bawah tabung. Difusi,
pada sisi lain, merupakan hasil pergerakan molekul garam untuk kembali ke atas
(pada konsentrasi garam yang rendah) pada tabung. Setelah pemutaran dengan
kecepatan tinggi dalam periode tertentu, sebuah kesetimbangan antara sedimentasi
dan difusi pun tercapai, yakni saat gradient linier dari peningkatan kerapatan dari atas
tabung ke bawah tabung (gambar 5.14). Jika ini merupakan DNA, maka akan terjadi
pergerakan menuju ke sebuah posisi dimana densitas dari larutan garam sama dengan
densitasnya sendiri. Demikian, jika suatu campuran DNA E.coli yang mengandung
15
N (DNAberat) dan DNA E.coli yang mengandung 14N (DNA ringan) disentrifugasi
menggunakan cscl density gradient sentrifugation, molekul DNA akan terpisah
menjadi 2 pita, salah satunya mengandung yang berat ( 15N) dan satunya mengandung
yang ringan (14N). fig 5.14
Meselson dan Stahl mengambil sel-sel yang telah tumbuh pada medium yang
15
mengandung N untuk beberapa generasi (yang mengandung DNA berat), lalu
dicuci untuk menghilangkan sisa dari medium 15N , dan dipindahkan ke medium yang
14 14
mengandung N. Sel dibiarkan tumbuh di media yang mengandung N selama
beberapa waktu tertentu, DNA diekstraksi dan dianalisis dalam penyeimbang gradient
kerapatan CsCl. Hasil eksperimen mereka hanya menghasilkan replikasi
semikonservatif yang telah diprediksi oleh Watson and Crick dan tidak ditemukan
sintesis DNA model konservatif dan dispersif. Semua DNA yang diisolasi dari sel
generasi pertama pada medium yang mengandung 14N memiliki setengah kerapatan
antara kerapatan DNA "berat" dan DNA "ringan". Kerapatan di tengah-tengah ini
biasanya disebut sebagai kerapatan "hybrid".
 Gambar 5.14. Cesium Chloride Density Gradients
(https://umaine.edu/connelllab/2012/11/20/cesium-chloride-density-gradients/)
Replikasi konsevatif tidak akan menghasilkan molekul DNA dengan
kepadatan hibrid; setelah satu generasi dari replikasi konservatif DNA berat
dalam medium ringan, maka separuh DNA akan tetap berat dan yang lainnya
akan menjadi ringan. Jika replikasi di uraikan, Meseison dan Stahl akan
mengobservasi perubahan DNA dari berat menuju ke ringandalam setiap
generasi. Hasil dari percobaan Meselson dan Stahl tidak sesuai dengan kemungkinan
yang ada. Penelitian selanjutnya telah membuktikan Meselson dan Stahl bahwa
replikasi DNA adalah semi-konservatif dan terjadi pada banyak organisme termasuk
hewan dan tumbuhan tinggi.

2. Bakteriofag X174
Bakteriofag X174 adalah perwkilan dari grup virus kecil, kedua bakteri dan
eukariotik yang menyimpan informasi genetik pada untai tunggal dan Molekul DNA
yang bulat. Ketika virus ini menginvefeksi sel inang E. Coli pada kasus X174,
untai tunggal terminus virus sampai keturunan lengkap untai positif telah disintesis.
(G) ujung 5 'untai positif dipindahkan dari untai negatif dan deoxyribonukleotides
ditambahkan ke bebas 3'-OH asa lingkaran (dikelola oleh untai negatif utuh) berputar
mengelilingi sumbu. gen protein tetap terikat pada garpu replikasi saat dikirimkan
mengelilingi untai negatif circular. (H-i) sekali asal untai positif baru telah disintesis,
gen A protein membelah asal baru lahir dan sekaligus ligates 3 'dan 5' termini untuk
menghasilkan kovalen ditutup untai positif circular. (I-I) sintesis untai negatif
pelengkap kemudian terjadi discountinously seperti dalam tahap 1 menggunakan
untai positif baru lahir sebagai template. pada "fragmen okazaki" yang diprakarsai
oleh RNA primer di tahap ini juga, namun, RNA primer tersebut tidak ditampilkan
dalam diagram. (I-f-I) DF orangtua terus mereplikasi dengan Mode rolling circle
sampai populasi sekitar 60 RFS keturunan yang dihasilkan. (Bawah, i-q) tahap III:
sintesis kromosom keturunan untai tunggal. (I-p) replikasi rolling circle dari
keturunan RFS terjadi seperti untuk RFS orangtua dalam tahap II, kecuali bahwa
untai negatif tidak disintesis. sebaliknya, untaian positif yang dikemas dalam virion
progeni. (N-p) beralih dari sintesis RF (tahap II) ke keturunannya sintesis untai positif
(tahap III) hasil dari pengikatan baru disintesis mantel virus protein untuk untai
positif baru lahir, mencegah dari yang berfungsi sebagai template untuk sintesis untai
negatif. (Q) pematangan virion progeni melengkapi fag X174 rolling circle
kehidupan. sekitar 500 virion progeni diproduksi per sel yang terinfeksi.
DNA (disebut untai positif) diubah ke bentuk heliks ganda (disebut bentuk
replikatif (RF) oleh sintesis dari pelengkap strand "negatif". RF orangtua untai ganda
ini kemudian bereplikasi beberapa kali untuk menghasilkan populasi molekul RF
keturunan (double-stranded), yang pada gilirannya meniru asimetris untuk
menghasilkan populasi besar anakan virus (+) untai. untaian virus progeni kemudian
dimasukkan ke dalam mantel protein untuk menyelesaikan siklus reproduksi.
replikasi kromosom X174 sehingga dapat dibagi menjadi tiga tahap (1) orang tua
(+) untai --- RF orangtua, (2) RF orangtua --- RFS keturunan, dan (3) keturunan RFS
--- keturunan (+) untai, dalam dua rusa terakhir, DNA sintesis terjadi dengan
mekanisme yang berbeda yang disebut "rolling circle ) sebagian besar fitur dari
"rolling circle ". replikasi yang sama dengan yang dibahas sebelumnya untuk
replikasi melalui o lebih umum, "mata", dan struktur Y-bentuk. dalam kasus ini,
bagaimanapun, struktur replikatif adalah molekul DNA circular dengan ekor
terdampar tunggal.
Replikasi lingkaran bergulir dimulai ketika aktivitas endonuklease urutan-
spesifik dari gen fag X174 A protein memotong untai positif dari RF orangtua pada
asal replikasi. kegiatan endonuklease ini adalah situs-spesifik, itu memotong X174
kromosom hanya pada satu situs, asal replikasi. itu menghasilkan 3'-OH dan termini
5'-fosfat di lokasi yang dipotong di (+) untai, yang (-) untai tetap asupan. ujung 5 'dari
(+) untai dibatalkan dan "terkelupas" sementara (-) untai berputar tentang itu sumbu
(demikian nama "bergulir lingkaran"). ini menghasilkan lingkaran dengan ekor itu.
sebagai awalnya diusulkan oleh W. Gilbert dan D. Dressler, model lingkaran bergulir
replikasi DNA termasuk enzim spesifik, yang disebut "transferase" yang melekat
ujung 5 'dari (+) untai ke situs spesifik pada membran sel. meskipun sebagian besar,
jika tidak semua, kromosom mereplikasi yang melekat pada membran, sedikit yang
diketahui tentang sifat spesifik dari lampiran tersebut .in kasus apapun, lampiran
membran bukan merupakan fitur penting dari replikasi lingkaran bergulir. sebagai
berputar lingkaran dan ujung 5 'dipindahkan, DNA polimerase mengkatalisis ekstensi
kovalen pada yang lain (3'-OH) end.
Halaman X174 gen A protein adalah protein kunci dalam X174 replication.it
memiliki satu set yang luar biasa dari kegiatan. (1) gen A protein prossesses kegiatan
endonuklease situs-spesifik yang memotong untai positif pada titik asal. (2) gen A
protein kemudian mempertahankan energi f fosfodiester linkage dibelah dengan
menggunakan lampiran kovalen dari ujung 5'-fosforil itu sel (3) gen A protein tetap
terikat pada 5'-ujung untai positif dan replikasi garpu sementara garpu melintasi
lengkapku Template dikurangi melingkar. (4) ketika untai positif lengkap telah
disintesis, gen A protein membelah asal baru, ligates 3'-hidroksil dan 5'-phosphoril
termini, dan sekali lagi menjadi kovalen terkait dengan untai terminal 5'positive baru
yang dihasilkan. siklus ini kegiatan protein gen diulang sampai populasi RFS
keturunan (tahap II) atau keturunan helai positif (tahap III) diproduksi. sampai saat
ini, bukti bergulir lingkaran replicaion ditemukan (1) beruntai tunggal virus DNA
seperti X174, (2) replikasi terkait dengan pengalihan kromosom selama "kawin"
(konjugasi) pada bakteri, dan (3) replikasi ekstrakromosomal kecil molekul DNA
yang membawa sekelompok gen rRNA selama oogenesis di amfibi
Selama induk RF untuk replikasi menghasilkan keturunan RF, untaian positif
nescent digunakan sebagai template untuk sintesis terputus helai negatif
komplementer, dalam beberapa kasus, sintesis untai komplementer mungkin terjadi
paling tidak kontinyu pada ekor terdampar tunggal sebelum sintesis untai pertama
pemilik telah selesai. dalam kasus tersebut, untai ekor ganda akan dihasilkan. beralih
dari sintesis DNA RF beruntai ganda DNA beruntai tunggal virus (+) disintesis terjadi
ketika protein spesifik dari mantel virus diproduksi di sel. rolling circle terus
berlanjut, tetapi sebagai untai virus dipindahkan, mantel protein ini mengikat dan
mencegah sintesis helai komplementer (-) .
3. Retrovirus dan Retrotransposon
Retrovirus
Retrovirus ditemukan dengan mempelajari penyebab beberapa jenis tumor di
ayam, kucing, dan tikus. Dalam setiap kasus, virus RNA terlibat dalam produksi
tumor. Kemajuan penting dalam memahami siklus kehidupan ini virus datang
pada tahun 1970 ketika David Baltimore, Howard Temin, dan Satoshi Mizutani
menemukan sebuah DNA polimerase-yaitu, reverse transcriptase RNA-
dependent, yang memungkinkan virus ini untuk menyalin RNA menjadi DNA.
Penelitian Penemuan diprakarsai ini pada proses transkripsi balik dan
memberikan sekilas ke dalam apa yang mungkin disebut "retro-dunia" -yang
urutan DNA berasal dari transkripsi terbalik. Kita sekarang tahu bahwa transkripsi
terbalik bertanggung jawab untuk mengisi genom dengan berbagai jenis urutan
DNA, termasuk, tentu saja, retrovirus. Penemuan reverse transcriptase karena itu
membuka pandangan ke komponen genom yang sebelumnya telah diselidiki.
 Banyak jenis retrovirus telah diisolasi dan diidentifikasi. Namun, lambang
tersebut adalah human immunodeficiency virus (HIV), yang menyebabkan
kekebalan mengakuisisi sindrom defisiensi, atau AIDS, penyakit yang sekarang
mempengaruhi puluhan juta orang.
AIDS pertama kali terdeteksi pada kuartal terakhir abad kedua puluh. Ini
adalah penyakit serius dari sistem kekebalan tubuh. Seperti berlangsung,
seseorang kehilangan kemampuan untuk melawan infeksi oleh bermacam-macam
patogen, termasuk organisme yang biasanya jinak.Tanpa pengobatan, orang yang
terinfeksi menyerah pada infeksi ini, dan akhirnya Mereka mati. AIDS ditularkan
dari satu orang ke orang lain melalui cairan tubuh seperti darah atau air mani yang
telah terkontaminasi dengan HIV.

Virus bola memasuki host sel dengan berinteraksi dengan protein reseptor
tertentu, yang disebut reseptor CD4, yang terletak di permukaan sel. Interaksi ini
dimediasi oleh glikoprotein (protein yang gula telah terpasang) disebut gp120, yang
tertanam dalam lipid membran yang mengelilingi partikel virus. Setelah gp 120 telah
"merapat" dengan CD4 yang reseptor, membran virus dan sel sekering dan partikel
virus dirawat sel. Di dalam sel, membran lipid dan mantel protein yang mengelilingi
partikel virus dihapus, dan bahan dalam inti virus dilepaskan ke dalam sitoplasma sel.
inti ini berisi dua identik untai tunggal RNA molecules- virus genome dan sejumlah
kecil protein yang memfasilitasi replikasi genom, termasuk dua molekul dari reverse
transcriptase virus, satu terikat satu sama untai RNA virus.
Sebaliknya transcriptase-dan lainnya transcriptases terbalik HIV serta untai
tunggal RNA menjadi DNA untai ganda. Yang dihasilkan untai ganda molekul DNA
kemudian disisipkan pada posisi acak dalam kromosom dari sel yang terinfeksi, pada
dasarnya mengisi genom yang sel dengan banyak salinan dari virus genom. salinan
ini kemudian dapat disalin oleh polimerase RNA biasa sel untuk menghasilkan
sejumlah besar RNA virus, yang berfungsi untuk mengarahkan sintesis protein virus
dan juga menyediakan RNA genomik untuk perakitan partikel virus baru. Partikel ini
dikeluarkan dari sel oleh proses pemula melalui sel selaput. Partikel diekstrusi
kemudian dapat menginfeksi sel-sel lain dengan berinteraksi dengan
CD4 reseptor pada permukaannya. Dengan cara ini, materi genetik HIV
direplikasi dan disebarluaskan melalui populasi sel kekebalan rentan. Genom HIV,
sedikit lebih dari 10 kilobases panjang, berisi beberapa gen. Tiga gen ini,
dilambangkan gag, pol, dan env, ditemukan di semua retrovirus lainnya. Gen gag
mengkodekan protein dari partikel virus; gen pol mengkodekan sebaliknya
transcriptase dan enzim lain yang disebut integrase, yang mengkatalisis penyisipan
bentuk DNA dari genom HIV ke dalam kromosom sel inang; dan gen env
mengkodekan glikoprotein yang tertanam dalam amplop lipid virus. Mari sekarang
kita lihat lebih dekat pada replikasi genom HIV (Gambar 17,12).
Proses ini, dikatalisasi oleh reverse transcriptase, dimulai dengan sintesis
DNA tunggal untai komplementer dengan RNA untai tunggal dari genom virus. Hal
ini prima oleh tRNA yang melengkapi urutan disebut PBS (primer mengikat situs)
terletak di sebelah kiri pusat di RNA HIV (langkah 1 pada Gambar 17,12). tRNA ini
dikemas sudah terikat pada PBS di inti HIV. Setelah reverse transcriptase
mengkatalisis sintesis dari 3 akhir DNA virus, ribonuklease H (RNase H)
mendegradasi RNA genomik dalam duplex RNA-DNA (langkah 2). degradasi ini
daun berulang (R) urutan DNA untai baru lahir gratis untuk berhibridisasi dengan
urutan R di 3 akhir RNA HIV. Hasil akhirnya adalah bahwa wilayah R dari baru lahir
DNA untai "melompat" dari 5 akhir RNA HIV ke 3? akhir dari RNA HIV (langkah
3). reverse transcriptase berikutnya memperluas copy DNA dengan menggunakan 5
wilayah RNA HIV sebagai template (langkah 4). Pada langkah 5, RNaseH
menurunkan semua RNA di duplex RNA-DNA kecuali kecil wilayah, yang
polypurine saluran (PPT), yang sebagian besar terdiri dari purin adenin dan guanin.
saluran polypurine ini digunakan untuk sintesis DNA kedua untai utama bagian dari
genom HIV (langkah 6). Setelah tRNA dan RNA genomik hadir dalam duplexes
RNA-DNA dikeluarkan (langkah 7), sebuah DNA kedua "melompat" terjadi selama
yang PBS di 5? akhir untai DNA kedua hybridizes dengan pelengkap PBS di 5? akhir
untai DNA pertama (langkah 8). 3 -hydroxyl Termini dari dua untai DNA kemudian
digunakan untuk sintesis DNA prima untuk menyelesaikan sintesis double-stranded
DNA HIV (langkah 9). Perhatikan bahwa konversi dari virus RNA ke DNA virus
menghasilkan urutan tanda tangan di kedua ujung molekul DNA. urutan ini, disebut
mengulangi terminal lama (ltrs), diperlukan untuk integrasi genom virus ke dalam
DNA sel inang. Integrasi ( Gambar 17,13) dari DNA virus dikatalisis oleh integrase
enzim, yang memiliki aktivitas endonuklease. Integrase pertama menghasilkan
tersembunyi 3 berakhir di DNA HIV dengan membuat pemotongan untai tunggal
dekat ujung kedua ltrs (langkah 1). Ini ujungnya tersembunyi yang selanjutnya
digunakan untuk serangan integrase-dikatalisasi obligasi fosfodiester di target dalam
urutan DNA dari sel inang. Proses ini menghasilkan pembentukan hubungan
fosfodiester baru antara 3 berakhir DNA HIV dan 5? Fosfat dalam DNA inang
(langkah 2). Pada tahap akhir dari integrasi, perbaikan DNA enzim dari mengisi sel
inang dalam kesenjangan untai tunggal untuk menghasilkan genom DNA HIV
kovalen dimasukkan ke dalam DNA kromosom dari sel inang (langkah 3). Perhatikan
itu urutan target di lokasi integrasi diduplikasi dalam proses. genom HIV terintegrasi
setelahnya menjadi bagian permanen dari genom sel inang, replikasi sama seperti
segmen lain dari tuan rumah DNA. retrovirus terpadu dari berbagai jenis yang hadir
di vertebrata genom, termasuk kita sendiri. Karena retrovirus ini direplikasi bersama
dengan sisa dari DNA, mereka ditransmisikan ke anak sel selama pembelahan, dan
jika mereka terintegrasi dalam sel germinal-line, mereka juga diteruskan ke generasi
berikutnya melalui gamet. Genetika sebut urutan DNA diwariskan yang berasal dari
transkripsi terbalik dan integrasi genom virus retrovirus endogen. Untuk sebagian
besar, urutan ini telah kehilangan kemampuan mereka untuk menghasilkan menular
partikel virus; mereka, oleh karena itu, sisa-sisa berbahaya dari virus kuno infeksi.
HIV bukan merupakan retrovirus endogen, tetapi jika harus kehilangan nya potensial
mematikan dan menular dalam bentuk terintegrasi melalui kuman line, itu bisa
menjadi salah satu. Kami sekarang mengalihkan perhatian kita untuk dua kelas dari
retrotransposon: the elemen retroviruslike, yang menyerupai bentuk terintegrasi dari
retrovirus, dan retroposons, yang merupakan salinan DNA dari polyadenylated RNA.

1. LANGKAH sintesis DNA dimulai menggunakan tRNA sebagai primer.

2. RNase H mendegradasi RNA genomik di duplex RNA-DNA.

3. copy DNA berulang (R) urut hybridizes dengan sisa urutan R dari RNA
genom.

4. DNA untai diperpanjang.

 5. RNase H mendegradasi RNA di duplex RNA-DNA kecuali untuk saluran
polypurine.

6. Sintesis untai DNA kedua dimulai menggunakan RNA saluran polypurine

sebagai primer.

7. RNA primer dan tRNA dihapus.

8. PBS urut pada ujung 3 'hybridizes dengan PBS pada ujung 5 '.

9. sintesis DNA pada 3 'ujung kedua untai melengkapi HIV genom DNA dengan
Ltrs di kedua ujungnya

Elemen Retrovirus
Elemen Retroviruslike ditemukan di banyak eukariota yang berbeda, termasuk
ragi, tanaman, dan hewan. Meskipun perbedaan dalam ukuran dan nukleotida urutan,
mereka semua memiliki struktur dasar yang sama: daerah coding pusat diapit oleh
mengulangi panjang terminal, atau ltrs, yang berorientasi pada arah yang sama.
urutan yang diulang biasanya beberapa ratus pasang nukleotida panjang. Setiap LTR
yang, pada gilirannya, biasanya dibatasi oleh singkat, mengulangi terbalik seperti
yang ditemukan di jenis-jenis transposon. Karena dari ltrs karakteristik mereka,
unsur-unsur retroviruslike kadang-kadang disebut retrotransposon LTR. Wilayah
coding dari elemen retrovirus seperti berisi kecil jumlah gen, biasanya hanya dua.
Gen-gen ini adalah homolog dengan gag dan pol gen yang ditemukan di retrovirus;
gag mengkode protein struktural dari kapsul virus, dan pol mengkodekan reverse
transcriptase / integrase protein. Retrovirus memiliki gen ketiga, env, yang mengkode
protein komponen amplop virus. Dalam elemen retroviruslike, gag dan protein pol
memainkan peran penting dalam proses transposisi. Salah satu elemen retroviruslike
terbaik-dipelajari adalah transposon Ty1 dari ragi Saccharomyces cerevisiae. Elemen
ini adalah tentang 5,9 pasang kilobase panjang; Ltrs nya sekitar 340 pasangan basa
panjang, dan menciptakan target situs duplikasi 5-bp pada penyisipan ke kromosom.
Kebanyakan strain ragi memiliki sekitar 35 eksemplar dari elemen Ty1 di genom
mereka. elemen Ty1 hanya memiliki dua gen, Tya dan tyb, yangyang homolog
dengan gag dan pol gen dari retrovirus. Biokimia penelitian telah menunjukkan
bahwa produk-produk dari kedua gen dapat membentuk seperti virus partikel dalam
sitoplasma sel ragi. Transposisi dari Ty1 elemen melibatkan transkripsi kebalikan dari
RNA (? Gambar 17.14).
Setelah RNA disintesis dari Ty1 DNA, sebuah reverse transcriptase dikodekan
oleh gen tyb menggunakannya sebagai template untuk membuat DNA untai ganda,
mungkin dalam partikel viruslike. Kemudian DNA baru disintesis diangkut ke
nukleus dan dimasukkan di suatu tempat dalam genom, menciptakan elemen Ty1
baru. elemen Retroviruslike juga telah ditemukan di Drosophila. Salah satu yang
pertama yang diidentifikasi disebut copia, dinamakan demikian karena menghasilkan
jumlah berlebihan RNA. Unsur copia secara struktural mirip dengan unsur Ty1 ragi.
gypsy yang elemen, Drosophila retrotransposon lain, lebih besar dari elemen copia
karena mengandung gen yang sama dengan gen env retrovirus. Kedua copia yang dan
elemen gypsy membentuk partikel viruslike dalam sel Drosophila; namun, hanya
partikel yang mengandung RNA gipsi dapat bergerak melintasi membran sel,
mungkin karena mereka juga mengandung produk gen env gipsi ini. Unsur gipsi Oleh
karena itu tampaknya menjadi retrovirus asli. Banyak keluarga lain transposon
retroviruslike telah ditemukan di Drosophila, tapi kegiatan mereka yang kurang
dipahami.
Retroposons
The retroposons, atau non-LTR retrotransposon, adalah besar dan luas kelas
didistribusikan retrotransposon, termasuk F, G, dan aku elemen Drosophila dan
beberapa jenis elemen pada mamalia. Ini elemen bergerak melalui sebuah molekul
RNA yang terbalik ditranskripsikan dalam DNA, biasanya dengan protein dikodekan
oleh unsur-unsur itu sendiri. Meskipun mereka membuat situs target duplikasi ketika
mereka memasukkan ke dalam kromosom, mereka tidak memiliki mengulangi
terbalik atau langsung sebagai terpisahkan bagian dari termini mereka. Sebaliknya,
mereka dibedakan oleh homogen urutan A: pasangan basa T di salah satu ujung.
Urutan ini berasal dari transkripsi kebalikan dari poli (A) ekor yang ditambahkan
dekat 3? akhir RNA retroposon selama pematangan nya. retroposons terpadu Oleh
karena itu menunjukkan sisa-sisa asal mereka sebagai transkrip kebalikan dari RNA
polyadenylated.
Pada Drosophila, retroposons khusus yang ditemukan di ujung (telomeres)
kromosom, di mana mereka melakukan fungsi kritis pengisian DNA yang hilang
dengan replikasi kromosom yang tidak lengkap. Dengan setiap putaran replikasi
DNA, kromosom menjadi lebih pendek. Memendekkan terjadi karena DNA
polymerase hanya bisa bergerak dalam satu arah, menambahkan nukleotida ke 3?
akhir primer (Bab 10). Biasanya, primer adalah RNA, dan ketika dihapus, daerah
beruntai tunggal yang tersisa pada akhir DNA rangkap. Pada putaran berikutnya
replikasi, untai kekurangan menghasilkan dupleks yang lebih pendek daripada yang
asli. Karena proses ini terus berlanjut, siklus setelah siklus, kromosom kehilangan
materi dari ujungnya. Untuk mengimbangi kerugian ini, Drosophila telah
berkembang mekanisme penasaran melibatkan setidaknya dua retroposons yang
berbeda, salah satu yang disebut Het-A dan lain yang disebut TART (untuk
retrotransposon telomere-terkait). Mary Lou Pardue, Robert Levis, Harald
Biessmann, James Mason, dan rekan-rekan mereka telah menunjukkan bahwa kedua
elemen transpos istimewa sampai ke ujung kromosom, memperpanjang mereka
dengan beberapa kilobases. Akhirnya, urutan dialihkan hilang oleh DNA lengkap
replikasi, tapi kemudian transposisi baru terjadi untuk memulihkan mereka. HET-A
dan Oleh karena itu retroposons TART melakukan fungsi penting dari regenerasi
hilang skromosom berakhir.

Pertanyaan
1. Kapan dan bagaimana proses replikasi terjadi?
Jawab: Proses replikasi dimulai ketika enzim DNA polimerase memisahkan dua
untai DNA heliks ganda, seperti ritsleting terbuka. Kemudian, setiap untai DNA
yang lama akan berfungsi sebagai cetakan yang menentukan urutan nukleotida
 di sepanjang untai DNA komplementer baru yang bersesuaian dengan cara
mendeteksi basa komplemennya. Setelah mendapatkan pasangan yang sesuai,
nukleotida yang baru tersebut disambung satu sama lain untuk membentuk tulang
punggung gula-fosfat untai DNA yang baru. Jadi, setiap molekul DNA terdiri
atas satu untai DNA lama dan satu untai DNA baru.

2. Ketika replikasi terjadi terdapat kemungkinan terjadinya mutasi pada DNA?

Bagaimana cara DNA untuk meminimalisir terjadinya mutasi?
Jawab: Enzim DNA polimerase memiliki fungsi lain, yaitu mengoreksi DNA
yang baru terbentuk, membetulkan setiap kesalahan replikasi, dan memperbaiki
DNA yang rusak. Adanya fungsi tersebut menjadikan rangkaian nukleotida DNA
sangat stabil dan mutasi jarang terjadi.
3. Apa perbedaan dn persamaan retroviruslike pada ragi, tanaman dan hewan?

Jawab: elemen Retroviruslike ditemukan di banyak eukariota yang berbeda,

termasuk ragi, tanaman, dan hewan. Meskipun perbedaan dalam ukuran dan
nukleotida urutan, mereka semua memiliki struktur dasar yang sama: daerah
coding pusat diapit mengulangi panjang terminal, atau ltrs, yang berorientasi
pada arah yang sama. urutan yang diulang biasanya beberapa ratus pasang
nukleotida panjang. Setiap LTR yang, pada gilirannya, biasanya dibatasi oleh
singkat, mengulangi terbalik seperti yang ditemukan di jenis-jenis transposon.
Karena dari ltrs karakteristik mereka, unsur-unsur retroviruslike kadang-
kadang disebut retrotransposon LTR. Wilayah coding dari elemen retrovirus
seperti berisi kecil jumlah gen, biasanya hanya dua. Gen-gen ini adalah
homolog dengan gag dan pol gen yang ditemukan di retrovirus.

4. RNA yang terbalik ditranskripsikan dalam DNA mereka tidak memiliki

mengulangi terbalik atau langsung sebagai terpisahkan bagian dari termini
mereka mengapa?

Jawab: Karenna mereka dibedakan oleh homogen urutan A pasangan basa T di

salah satu ujung. Urutan ini berasal dari transkripsi kebalikan dari poli (A)
ekor yang ditambahkan dekat 3 akhir RNA retroposon selama pematangan
nya. retroposons terpadu Oleh karena itu menunjukkan sisa-sisa asal mereka
sebagai transkrip kebalikan dari RNA polyadenylated.