BAB 13

KONJUGASI PADA BAKTERI

Konjugasi adalah suatu proses transfer informasi genetik satu arah yang terjadi melalui
kontak langsung antara suatu sel bakteri donor dan suatu sel bakteri resipien. Bakteri donor
dianggap sebagai berkelamin jantan, sedangkan bakteri resipien dianggap sebagai berkelamin
betina. Konjugasi dapat diartikan sebagai fusi temporer dua organisme sel tunggal dalam
rangka transfer seksual materi genetik yang menyebabkan terjadinya rekombinasi pada bakteri.
Tabel 13.1
Persamaan dan perbedaan rekombinasi yang terjadi melalui transformasi, transduksi, dan
konjugasi pad bakteri (Gardner, dkk., 1991).
Kriteria
Proses rekombinasi
Dibutuhkan kontak sel Sensitif terhadap DNase
Transformasi Tidak Ya
Transduksi Tidak Tidak
Konjugasi Ya Tidak
Peristiwa konjugasi ditemukan pada E. coli pertama kali oleh J. Lederberg dan E. L
Tatum yang mempelajarai dua strain E. coli yang berbeda kebutuhannya nutrisinya, yaitu strain
A dan B. Strain A bergenotip met, bio, thr+, leu+, thi+ sedangkan strain B met, bio, thr+,
leu+, thi+. Strain yang memiliki gen mutan membutuhkan tambahan nutrisi dalam
pertumbuhannya, misalnya strain A membutuhkan tambahan nutrisi berupa asam amino
metionin dan vitamin biotin dalam mediumnya dan strain B membutuhkan tambahan nutrisi
asam amino treonin dan leusin, serta vitamin tiamin dalm mediumnya. Sedangkan strain wild
type tidak membutuhan nutisi tambahan dalam mediumnya. Strain yang membutuhkan nutrisi
untuk perkembangannya disebut auxkotrop. Sedangkan yang tidak membutuhkan nutrisi
tambahan disebut prototroph. Dalam percobaan tersebut, strain A dan B dicampur dan
dibiakkan dalam medium minimal. Sebagai kontrol, kedua strain ditumbuhkan dalam medium
minimal secara terpisah. Strain yang dibiakkan pada secara terpisah tidak tumbuh, sebaliknya,
strain yang dicampur dapat tumbuh membentuk koloni. Hal ini membuktikan adanya
pertukaran informasi genetik dari kedua strain. J. Lederberg dan E. L Tatum menyatakan
bahwa peristiwa ini bukanlah mutasi, tetapi rekombinasi. Peristiwa rekombinasi inilah yang
menyebabkan pada perlakuan campuran strain A dan B, sebagian sel auxotroph berubah
menjadi prototroph. laju perubahan sel auxotroph menjadi sel prototroph sebenarnya sangat
rendah, yaitu satu di dalam 10 juta atau 106.
Kemudian Bernard Davis membuktikan bahwa rekombinasi disebabkan oleh konjugasi
melalui percobaanyya menggunakan suatu perangkat tabung U. Pada percobaan itu strain A
dan B diletakkan dalam medium cair yang terpisah satu sama lain oleh suatu filter berpori
sangat halus yang tidak dapat dilewati oleh sel-sel bakteri tapi dapat dilewati oleh medium cair.
Setelah beberap jam dibiarkan dalam keadaan terpisah, sel-sel itu ditumbuhkan pada medium
minimal; terbukti tidak ada koloni yang tumbuh. Hal tersebut membuktikan bahwa tidak
terbentuk koloni prototrofik dan disimpulkan bahwa kontak antar sel dibutuhkan agar terjadi
suatu perubahan genetik. Konjugasi menyebabkan terjadinya rekombinasi.
 Selama konjugasi berlangsung terjadi transfer DNA dari suatu sel donor ke sebuah sel
resipien melewati suatu penghubung antar sel khusus, yang disebut tabung konjugasi. Sel donor
memiliki karakteristik khusus yang berupa juluran tambahan serupa rambut di permukaan sel
yang disebut sebagai F. Pili atau sex pili. Pembentukan F. Pili terletak pada molekul DNA
sirkuler kecil yang disebut kromosom mini. Kromosom tersebut disebut sebagai F (fertility)
factor, sex factor,atau plasmid F dengan panjang 94.500 pasang nukleotida. Terdapat 19 gen
yang terletak pada faktor F, dimana 9 gen bertanggung jawab terhadap pembentukan F pili dan
gen yang lain bertanggung jawab terhadap transfer informasi genetik. Di dalam sel bakteri,
faktor F dapat terintegrasi dengan kromosom inang atau bebas tidak terintegrasi. Jika
terintegrasi dengan kromosom inang, maka faktor F itu bereplikasi bersama dengan bagian
bagian kromosom inang yang lain. Jika tidak berintegrasi, maka maka faktor F bereplikasi
secara otonom, tidak tergantung pada replikasi kromosom inangnya. Faktor F mirip dengan
episom.

Bakteri F+, F-, dan Hfr

Sel donor yang mengandung faktor F disebut sebagai sel F+, sedangkan sel yang tidak
mengandung faktor F disebut sel F-(sel resipien). Sel-sel F+ mempunyai kemampuan
membentuk F pili maupun tabung konjugasi serta melakukan transfer materi genetik,
sedangkan sel-sel F- tidak memiliki kemampuan tersebut. Jika satu populasi sel F+ dicampur
dengan satu populasi sel F-, maka pada keturunan berikutnya tidak akan ditemui lagi sel F-,
seluruh sel turunan merupakan populasi F+. Hal itu karena sel F+ memiliki kemampuan untuk
melakukan konjugasi. Sehingga dia akan mentrasnfer informasi genetiknya ke sel F - dan
menyebabkan rekombinasi. Pada penelitian lebih lanjut, ditemukan strain F+ yang memiliki
frekuensi rekombinasi yang sangat tinggi yang disebut Hfr (high frequency recombination).
Pada 1950, Cavalli-Sforza memberi perlakuan dengan mustard nitrogen terhadap suatu
strain F+ E. coli K12 (Klug dan Cummings,2000). Setelah itu diperoleh suatu strain bakteri
donor yangg mempunyai laju atau frekuensi rekombinasi yang sangat tinggi, yaitu satu di
dalam 10 juta atau 1000 kali lebih tinggi dibanding laju atau frekuensi rekombinasi pada strain
F+ yang dilaporkan mula-mula. Dari pengkajian lebih lanjut terungkap bahwa strain-strain Hfr
terbentuk melalui suatu peristiwa pindah silang tunggal yang berdampak terintegrasinya faktor
F ke dalam kromosom bakteri (Russel,1992). Dalam keadaan terintegrasi dengan kromosom
inang, faktor F tidak bereplikasi secara bebas, tetapi justru bereplikasi bersama bagian-bagian
kromosom inang yang DNA resipien unting ganda pula. Dalam hal ini kroomosom rekombinan
sel resipien diwariskan kepada sel-sel turunan melalui replikasi, sedangkan fragmen DNA
linear yang tersisa mengalami degradasi.
Di samping laju atau frekuensi rekombinan yang sangat tinggi pada strain bakteri Hfr,
perbedaan lain antara strain Hfr dan strain F+ adalah bahwa setelah rekombinasi sel F-hampir
tidak pernah berubah menjadi sel F+ataupun sel Hfr. Bahwa pada konnjugasi antara sel Hfr,
hal itu bersangkut paut dengan keutuhan faktor F yang ditransfer. Dalam hal ini agar supaya
suatu sel resipien menjadi sel F+, sel resipien tersebut harus menerima transfer faktor F utuh.
Telah dikemukakan bahwa transfer materi genetik selama proses konjugasi bersangkut paut
dengan replikasi yang didahului oleh terputusnya salah satu unting DNA faktor F. Dalam
hubungan ini diyakini bahwa transfer materi genetik itu dimulai dengan faktor F pada suatu
celah yang terbentuk oleh enzim endonuklease.
Faktor F!
Terkadang faktor F yang terntegrasi dengan inang terlepas. Akibat dari hal itu adalah
bahwa faktor F yang terlepas tadi membawa sebagian kecil kromosom inang yang letaknya
berdekatan dengan tempat terintegrasinya faktor F. Fenomena itulah yang menyebabkan
terbentuknya F! (F prime). Faktor! Adalah fakor F yang mengandung sebagian kecil kromosom
bakteri atau yang mengandung gen-gen bakteri. Contohnya pada kromosom strain E.coli yang
telah di insersi oleh faktor F pada tapak yang berbatasan langsung dengan daerah lac+. Daerah
lac+ mengandung gen-gen yang dibutuhkan pada metabolisme pembongkaran laktose. Jika
pada proses pemisahan faktor F kromosom bakteri itu melipat dan melengkung keluar tidak
tepat, maka gen-gen di daerah lac+ yang berdekatan letaknya dapat ikut tercakup dalam
lengkungan itu.
Sel yang memiliki faktor F! masih tetap dapat berkonjugasi dengan sel F-. Hal itu
disebabkan karena seluruh fungsi faktor F tetap ada. Pada saat berlangsungnya konjugasi, satu
salinan faktor F! ditransfer ke sel F-, yang mengakibatkan secara fenotip sel itu menjadi sel F+.
Selain itu resipien juga menerima suatu salinan gen bakteri yang ikut terbawa oleh faktor F.
Fenomena trasnfer gen-gen kromosom dari suatu sel bakteri donor ke sebuah sel resipien oleh
faktor F disebut sebagai sex duction.

Percobaan Konjugasi yang Terputus dari E. Wollman dan F. Jacob

Untuk mempelajari proses konjugasi antara strain E. coli, digunakan dua strain yaitu
Hfr H dan F-. Salah satu strain Hfr H yang digunakan adalah: str+ thr+ leu+ azi+ ton+ lac+
gal+, sedangakan alternatif genotip strain F adalah str+ trh leu azi+ ton+ lac+ gal+,
sedangkan alternatif genotip strain F- adalah str+ trh leu azi+ ton+ lac gal (Russel, 1992). Gen
trh dan leu masing-masing bertanggungjawab terhadap sintesis asam amino threoni dan leusin.
Pasangan alela azi3/azi1, ton3/ton1, dan str3/str1 amsing-masing mengontrol sensitivitas atau
resistensi terhadap sodium azida, fag T1, serta antibiotik streptomisin. Pasangan alela lac1/ lac
dan gal1/gal masing-masing benrtanggung jawab terhadap pemanfaatan laktose dan galaktose
sebagi sumber karbon. Kedua strain tersebut dicampur dalam medium pertumbuhan pada suhu
37 dan mulai melakukan konjugasi, sampel-sampel diambil dan diaduk kuat dalam sebuah
blender untuk memutuskan tabung konjugasi serta memisahkan sel-sel.
Sel-sel yang terpisah diletakkan pad medium yang mengandung antibiotiok
streptomisin, tetapi tidak mengandung asam amino threonin dan leusin. Pada medium ini strain
Hfr H maupun F- tidak dapat tumbuh, yang dapat tumbuh hanyalah sel-sel rekombinan. Sel
strain Induk Hfr H akan mati terbunuh antibiotik streptomisisn dan sel strain induk F- tidak
dapat hidup tanpa ada asam amino threonin dan leusin pada medium. Hasilnya, jika sel yang
berkonjugasi dipisahkan pada waktu 8 menit pertama setelah pencampuran belum ada ekspresi
rekombinan. Kemudian untuk 8 setengah menit terdapat gen thr+ dan leu+ yang ditransfer.
Selanjutnya gen-gen lain menyusul dengan waktu yang lebih lama. Medium-medium khusus
lain akan digunakan lebih lanjut untuk menguji/ mendeteksi gen-gen penanda lain ynag sudah
berhasil ditransfer. Medium-medium khusus yang digunakan lebih lanjut adalah yang
mengandung sodium azida, fag T1, laktose dan galaktose. Hasil pengujian ynag menggunakan
medium-medium khusus lain itu menunjukkan bahwa sekitar 9 menit setelah percampuran sel-
sel Hfr dan F-, gen azi ditransfer ke sel resipien (Strickberger, 1985; Russel, 1992). Gen ton+
ditransfer ke resipien sekitar 10 menit setelah pencampuran sel-sel Hfr H dan F-; gen lac+ dan
gal+ masing-masing ditransfer sekitar 17 menit dan 25 menit setelah pencampuran.

Pemetaan Kromosom E. coli atas Dasar Hasil Percobaan Konjugasi Terputus

Pada percobaan konjugasi terputus seperti yang telah dikemukakan memperlihatkan
bahwa transfer kromosom Hfr ke dalam sel F- berlangsung dalam pola linear. Transfer sebuah
kromosom lengkap dari suatu sel hafr ke f- berlangsung selama 90-100 menit, tergantung pada
macam strain yang digunakan. Interval waktu kemunculan tipe rekombinan antar suatu gen
penanda dengan yang lainnya dapat digunakan sebagai suatu ukuran jarak genetik atau untuk
memperkirakan jarak fisik antara gen-gen penanda pada kromoso (E. coli). Jrak peta seukuran
1 menit berhubungan dengan panjang segmen kromosom yang ditransfer dalm 1 menit selama
konjugasi. Standar peta kromosom E.coli dalam interval 0 (secara artbier diterapkan pada gen
thr A) -100 menit (atas dasar percobaan konjugasi terputus). Satu menit pada pemetaan bakteri
ekuivalen dengan unit peta map unit pada eukariotik. Saat melakukan percobaan konjugasi
terputus lain dengan menggunakan stain Hfr H dan F- yang lain diperoleh hasil yang sama akan
tetapi ditemukan perbedaan penting. Meskipun gen-gen selalu ditranfer secara linear, gen-gen
yang masuk dulu dan yang masuk kemudian ke sel resipien berbeda-beda sesuai strain Hfr
yang digunakan. Jika diperhatikan laju masuknya gen dan juga peta genetik yang berbeda-beda
untuk tiap strain maka ditemukan pola yang jelas. Perbedaan besar antara tiap strain adalah
titik awal serta arah masuknya gen-gen dilihatdari titik awal tsb. Hal tersebut disebabkan oleh
bentuk kromosom E.coli yang sirkuler. Jika awal O berbeda-beda antar strain maka urutan gen
yang ditransfer berbeda-beda pula. Pada berbagai strain Hfr faktor F berintegrasi ke dalam
kromosom pada titik yang berbeda dan posisi titik menentukan tapak O.
 Gen-gen yag letaknya dekat dengan tapak O pertama kali di tranfer dan faktor F
ditranfer paling akhir, jarang terjadi konjugasi berlangsung dalam waktu yang cukup lama
sehingga seluruh kromosom ditransfer. Inilah alasan setiap kali sel Hfr berkonjugasi dengan F-
sel resipien tetap tetap tergolong F-.

Pemetaan Kromosom E. coli atas Dasar Percobaan Konjugasi yang Tidak Terputus
Selain menggunakan percobaan konjugasi yang terputus, pemetaan kromosom pada E.
coli juga bisa menggunakan percobaan konjugasi yang tidak terputus. Pada percobaan ini,
proses konjugasi tidak diputus, artinya dibiarkan secara langsung selama 1-2 jam. Beberapa
gen diseleksi dan ada yang digunakan sebagai penanda. Misalnya saja thr+, leu+, str+ yang
diseleksi dan dihitung. Kemudian azi+, ton+, tac+, gal+ yang digunakan sebagai penanda
rekombinan. Ternyata, frekuensi rekombinan menurun sebagai suatu fungsi jaraknya dari
penanda rekombinan thr+ leu+. Semakin jauh jaraknya dari penanda patokan thr+ leu+, frekuensi
tiap penanda rekombinan lain juga berkurang. Penanda rekombinan lain semakin berkurang
setiap kali jaraknya dari penanda patokan thr+ leu+ makin jauh, disebebakan oleh: pertama,
putusnya tabung konjugasi maupun kromosom per satuan waktu mempunyai peluang yang
hampir tetap; dan kedua, tiap dua penanda donor diintegrasikan ke dalam kromosom resipien
melalui sepasang kejadian rekombinasi mempunyai peluang yang rendah, karena integrasi
suatu fragmen donor ke dalam sebuah kromosom resipien selalu membeutuhkan du akejadian
rekombinasi

Pertanyaan dan Jawaban

1. Apa perbedaan percobaan konjugasi terputus dan tidak terputus? Lebih efektif mana
dalam pemetaan kromosom E. coli?
Jawab: Perbedaanya terletak pada perlakuan bakteri selama konjugasi. Pada konjugasi
terputus, sel yang sedang berkonjugasi diputus prosesnya dalam waktu tertentu.
Sedangkan pada konjugasi tidak terputus, proses konjugasi dibiarkan sampai selesai
sekitar 1-2 jam. Dalam pemetaan kromosom E. coli, lebih efektif menggunakan
 percobaan konjugasi terputus. Hal itu karena percobaan konjugasi terputus lebih
sederhana dan lebih langsung.
2. Mengapa konjugasi antara sel strain Hfr dan strain F- tidak menghasilkan srain F+
melainkan tetap F-?
Jawab: Saat terjadi konjugasi antara sel strain Hfrdan F- , gen-gen yag letaknya dekat
dengan tapak O pertama yang pertama kali di tranfer ke sel resipien (F-) dan faktor F
ditranfer paling akhir ke sel resipien dan jarang terjadi konjugasi berlangsung dalam
waktu yang cukup lama sehingga tidak seluruh kromosom ditransfer ke sel resipien.
Hal tersebut menyebabkan tidak semua materi genetik tertranfer ke sel resipien termask
faktor F, dan berakibat sel resipien tetap menjadi F-.