Percobaan Meselson-Stahl

Intisari dari tiga postulat metode sintesis DNA

Percobaan Meselson-Stahl adalah percobaan yang dilakukan oleh Matthew
Meselson dan Franklin Stahl yang mendemonstrasikan bahwa replikasi DNA
adalah semikonservatif. Replikasi semikonservatif berarti bahwa bila ulir DNA
yang beruntai ganda direplikasi, setiap dari kedua ulir DNA yang beruntai ganda
tersebut terdiri dari satu untai yang berasal dari ulir awal, dan satu untai lagi
berasal dari sintesis baru.

14
Nitrogen adalah konstituen utama DNA. N adalah isotop terbanyak nitrogen,
tetapi DNA dengan isotop 15N juga dapat ditemukan dan stabil. Isotop 15N tidak
radioaktif, hanya lebih berat daripada nitrogen biasa.

15
E. coli dibiakkan selama beberapa generasi di medium yang mengandung N.
Ketika DNA diekstrak dari sel tersebut dan disentrifuga pada gradien kerapatan
garam, DNA berpisah pada titik tempat kerapatannya sama dengan larutan garam
tersebut. DNA dari sel yang dihasilkan memiliki kerapatan yang lebih tinggi
(lebih berat).

Setelah itu, sel E. coli dengan hanya 15N dalam DNA-nya ditaruh kembali dalam
medium 14N dan dibolehkan untuk membelah diri hanya sekali. DNA kemudian
14
diekstrak dari sebuah sel dan dibandingkan dengan DNA dengan N maupun
dengan 14N. Hasilnya ditemukan DNA tersebut memiliki kerapatan antara. Karena
replikasi konservatif akan menghasilkan banyaknya DNA dengan kerapatan yang
tinggi dan rendah dalam jumlah yang sama (namun tidak ada DNA dengan
kerapatan antara), percobaan ini menunjukkan replikasi seperti ini tidak terjadi.
Namun hasil ini konsisten dengan replikasi semikonservatif dan dispersif.

Replikasi semikonservatif akan menghasilkan DNA untai ganda dengan satu untai
15 14
N dan satu untai N, sedangkan replikasi dispersif akan menghasilkan DNA
untai ganda, dengan kedua untai memiliki campuran DNA 15N dan 14. Kedua hasil
ini akan muncul sebagai DNA dengan kerapatan antara.

DNA kemudian diekstrak dari sel yang dibiakkan selama beberapa generasi dalam
medium 15N, diikuti dengan dua pembelahan diri di dalam medium 14N. DNA dari
sel-sel ini ditemukan memiliki jumlah yang sama dua kerapatan berbeda. Satu
berhubungan dengan kerapatan antara DNA yang ditumbuhkan hanya selama satu
pembelahan diri dalam medium 14, sedangkan sejumlah lain berhubungan dengan
sel yang sepenuhnya dibiakkan dalam medium 14N.

Hasil ini tidak konsisten dengan replikasi dispersif, yang seharusnya

menghasilkan DNA dengan kerapatan tunggal, lebih rendah daripada kerapatan
antara sel generasi tunggal, tetapi dengan kerapatan lebih tinggi daripada DNA
dari sel yang semata-mata ditumbuhkan dalam medium DNA 14N. Pada replikasi
dispersif DNA 15N awal akan terbelah sama banyak di antara semua untaian DNA.

Hasil ini konsisten dengan replikasi semikonservatif. Sejumlah sel-sel generasi

kedua akan memiliki satu untaian DNA 15N awal bersama-sama dengan salah satu
14
dari DNA N, yang menjelaskan munculnya DNA dengan kerapatan antara.
14
Sejumlah sel-sel lain akan memiliki sepenuhnya DNA N, untai pertama
disintesis pada pembelahan pertama, sedangkan untai lainnya disintesis pada
pembelahan kedua. Penemuan ini sangat penting dalam perkembangan biologi
dan sangat membantu dalam perawatan penyakit, seperti kanker.
Replikasi DNA

Replikasi DNA adalah proses penyalinan dari untai ganda pada molekul DNA.
Proses ini sangat penting bagi seluruh makhluk hidup dan mekanisme umum dari
replikasi DNA antara organisme prokariotik dan organisme eukariotik adalah
berbeda. Oleh karena tiap untai dari DNA memiliki kode genetik yang sama,
kedua untai tersebut dapat bertindak sebagai template (cetakan) untuk membentuk
untai yang lainnya. Untai yang bertindak sebagai template tetap dalam bentuknya
secara keseluruhan dan untai yang baru akan disusun oleh nukleotida-nukleotida.
Proses ini disebut replikasi DNA semikonservatif. Pasangan untai ganda DNA
yang dihasilkan akan serupa ; pembacaan kesalahan dan mekanisme pemeriksaan
kesalahan akan dilakukan agar bentuknya sangat mirip. Pada suatu sel, replikasi
DNA harus terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariotik mereplikasi DNA mereka
sepanjang interval antara pembelahan sel. Pada eukariotik, pengaturan waktu yang
tepat harus dilakukan dan ini terjadi selama fase S dari siklus sel, mendahului
proses mitosis atau meiosis I. 'Garpu' replikasi adalah suatu struktur yang
terbentuk saat DNA bereplikasi. Hal ini terbentuk akibat dari bekerjanya Helikase,
yang memutuskan ikatan Hidrogen yang menghubungkan kedua untai ganda
DNA. Struktur yang dihasilkan mempunyai dua cabang, masing-masing terdiri
dari untai tunggal DNA. Pada replikasi DNA, untai yang tertinggal adalah untai
DNA di sisi yang berlawanan dari 'garpu' replikasi dari untai sebelumnya. Untai
ini berurutan dari 3' ke 5' (angka ini menandakan posisi molekul sesuai dengan
jumlah atom karbon yang dimiliki). Ketika enzim Helikase melepaskan untaian
DNA, dua untai tunggal dari DNA ('garpu' replikasi) terbentuk. DNA polimerase
tidak dapat membentuk untaian dari arah 3' ke 5'. Dengan demikian,
komplementer dari untaian 3' ke 5' dari untaian template dipadukan dalam
segmen-segmen pendek yang disebut dengan fragmen Okazaki.

Enzim yang berperan dalam proses replikasi adalah :

1.Topoisomerase:
bertanggung jawab dalam proses dimulainya pembukaan double heliks DNA.
Tegangan ikat pada struktur gulungan double heliks DNA dapat dipatahkan
dengan penorehan (nicking) salah satu untai DNA tunggal (topoisomerase I).
Topisomerase II menoreh untai DNA dua-duanya. Topoisomerases I dan II tetap
berikatan dengan DNA setelah nicking.

2.Helicase;
menyempurnakan proses membukanya double heliks, setelah gulungan supercoil
dihilangkan oleh topoisomerase. Dua untai DNA ini secara alami ingin berikatan
satu sama lain karena adanya afinitas ikatan hidrogen, dengan demikian, aktivitas
helikase memerlukan energi dalam bentuk ATP untuk memisahkan menjadi dua
untai DNA.

3.DNA polymerase: mengkatalisis pembentukan ikatan hidrogen antara nukleotida

baru yang akan membentuk untai baru dengan nukleotida pada untai DNA lama
yang berfungsi sebagai pencetak (template strand). Mengkatalisis reaksi antara 5'
phosphate pada nukleotida baru dan 3' OH bebas pada polinukleotida yang sedang
dibentuk (ikatan phosphodiester). Sebagai hasilnya, untai baru DNA hanya dapat
bertambah panjang pada arah dari 5' ke 3. Sekali lagi, untuk diketahui bahwa
ikatan phosphodiester dibentuk antara gugus 3' OH pada gula dengan gugus 5'
phosphate dari nukleotida yang baru. Terdapat beberapa bentuk polymerase DNA;
DNA polymerase III bertanggungjawab dalam proses sintesis untai DNA baru.
DNA polymerase adalah kelompok yang terdiri dari beberapa sub-unit protein
yang berbeda (disebut holoenzyme). Enzim ini memiliki aktivitas proofreading,
yaitu dapat memastikan bahwa enzim ini menyisipkan basa nitrogen yang tepat,
dan memiliki aktivitas sebagai 3' 5' exonuclease (excision of nucleotides) dengan
demikian enzim ini dapat memotong bila terjadi kesalahan.

4. Primase, adalah bagian dari agregat protein yang disebut primeosome. Enzim
ini berfungsi menempelkan primer RNA pendek ke untai tunggal/ single-stranded
DNA untuk bertindak sebagai pengganti 3'OH bagi DNA polymerase sebagai
tempat darimana memulai sintesis. Primer RNA ini pada akhirnya akan dibuang
oleh RNase, dan gap/ tempat lowong ini akan diisi oleh kerja DNA polymerase I.

5.Ligase: mengkatalisis pembentukan ikatan phosphodiester antara 3'OH dan

5'phosphate yang berdekatan. Enzim ini dapat menyambung gap yang tidak
tersambungketika RNA primer dibuang dan kemudian digantikan.

6.Single-stranded binding proteins: sangat penting untuk menjaga stabilitas dari

replication fork. Single-stranded DNA adalah sangat labil, atau tidak stabil, oleh
karena itu protein ini akan berikatan dengannya ketika masih dalam keadaan untai
tunggal (single stranded) dan menjaganya agar tdk terdegradasi.