M.

Priya Sultan / 24 / E5

Substansi Genetik 3.2

1. Hershey dan Chase melakukan eksperimen mereka pada fag T2, virus yang
strukturnya kemudian diketahui dengan mikroskop elektron. Fag ini hanya terdiri dari
cangkang protein yang mengandung materi genetik. Fag ini menginfeksi bakteri
dengan menempel pada membran luar bakteri dan menyuntikkan materi genetik
mereka dan meninggalkan cangkang kosong mereka menempel pada permukaan
bakteri. Infeksi materi genetik ini menyebabkan mesin genetik bakteri ini
mereproduksi virus.

Pada percobaan pertama, Hershey dan Chase memberi label DNA fag dengan unsur
radioaktif fosfor-32. Mereka menginfeksi bakteri E. coli dengan fag, kemudian
mengeluarkan cangkang protein dari sel yang terinfeksi dengan blender dan
sentrifuga. Mereka menemukan bahwa perunut radioaktif tersebut hanya terlihat
dalam sel-sel bakteri, dan tak ditemukan pada cangkang protein.

Pada percobaan kedua mereka melabeli fag dengan belerang-35 radioaktif (belerang
ditemukan pada asam amino sisteina dan metionina, tapi tak ditemukan dalam DNA).
Setelah pemisahan, perunut radioaktif ditemukan dalam cangkang protein, tapi tak
dalam bakteri terinfeksi. Ini mengkonfirmasi bahwa bahan genetik yang menginfeksi
bakteri adalah DNA.

2. E. coli dibiakkan selama beberapa generasi di medium yang mengandung 15N. Ketika
DNA diekstrak dari sel tersebut dan disentrifuga pada gradien kerapatan garam, DNA
berpisah pada titik tempat kerapatannya sama dengan larutan garam tersebut. DNA
dari sel yang dihasilkan memiliki kerapatan yang lebih tinggi (lebih berat). Setelah
itu, sel E. coli dengan hanya 15N dalam DNA-nya ditaruh kembali dalam medium
14N dan dibolehkan untuk membelah diri hanya sekali. DNA kemudian diekstrak dari
sebuah sel dan dibandingkan dengan DNA dengan 14N maupun dengan 14N.
Hasilnya ditemukan DNA tersebut memiliki kerapatan antara. Karena replikasi
konservatif akan menghasilkan banyaknya DNA dengan kerapatan yang tinggi dan
rendah dalam jumlah yang sama (namun tidak ada DNA dengan kerapatan antara),
percobaan ini menunjukkan replikasi seperti ini tidak terjadi. Namun hasil ini
konsisten dengan replikasi semikonservatif dan dispersif.

Replikasi semikonservatif akan menghasilkan DNA untai ganda dengan satu untai
15N dan satu untai 14N, sedangkan replikasi dispersif akan menghasilkan DNA untai
ganda, dengan kedua untai memiliki campuran DNA 15N dan 14. Kedua hasil ini
akan muncul sebagai DNA dengan kerapatan antara. DNA kemudian diekstrak dari
sel yang dibiakkan selama beberapa generasi dalam medium 15N, diikuti dengan dua
pembelahan diri di dalam medium 14N. DNA dari sel-sel ini ditemukan memiliki
jumlah yang sama dua kerapatan berbeda. Satu berhubungan dengan kerapatan antara
 DNA yang ditumbuhkan hanya selama satu pembelahan diri dalam medium 14,
sedangkan sejumlah lain berhubungan dengan sel yang sepenuhnya dibiakkan dalam
medium 14N.

Hasil ini tidak konsisten dengan replikasi dispersif, yang seharusnya menghasilkan
DNA dengan kerapatan tunggal, lebih rendah daripada kerapatan antara sel generasi
tunggal, tetapi dengan kerapatan lebih tinggi daripada DNA dari sel yang semata-mata
ditumbuhkan dalam medium DNA 14N. Pada replikasi dispersif DNA 15N awal akan
terbelah sama banyak di antara semua untaian DNA. Hasil ini konsisten dengan
replikasi semikonservatif. Sejumlah sel-sel generasi kedua akan memiliki satu untaian
DNA 15N awal bersama-sama dengan salah satu dari DNA 14N, yang menjelaskan
munculnya DNA dengan kerapatan antara. Sejumlah sel-sel lain akan memiliki
sepenuhnya DNA 14N, untai pertama disintesis pada pembelahan pertama, sedangkan
untai lainnya disintesis pada pembelahan kedua. Penemuan ini sangat penting dalam
perkembangan biologi dan sangat membantu dalam perawatan penyakit, seperti
kanker.
3. Tahapan
a. Memulai replikasi
Replikasi DNA dimulai pada lokasi spesifik disebut sebagai asal replikasi,
yang memiliki urutan tertentu yang bisa dikenali oleh protein yang disebut
inisiator DnaA. Mereka mengikat molekul DNA di tempat asal, sehingga
mengendur untuk perakitan protein lain dan enzim penting untuk replikasi
DNA. Sebuah enzim yang disebut helikase direkrut ke lokasi untuk unwinding
(proses penguraian/seperti membuka resleting) heliks dalam alur tunggal.
Helikase melepaskan ikatan hidrogen antara pasangan basa, dengan cara yang
tergantung energi. Titik ini atau wilayah DNA yang sekarang dikenal sebagai
garpu replikasi (Garpu replikasi atau cabang replikasi adalah struktur yang
terbentuk ketika DNA bereplikasi). Setelah heliks yang terbuka, protein yang
disebut untai tunggal mengikat protein (SSB) mengikat daerah terbuka dan
mencegah mereka untuk menempel kembali. Proses replikasi sehingga
dimulai, dan garpu replikasi dilanjutkan dalam dua arah yang berlawanan
sepanjang molekul DNA.
b. Sintesis untai DNA baru
Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada sebagai
template yang dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA polimerase.
Selain replikasi mereka juga memainkan peran penting dalam perbaikan DNA
dan rekombinasi.
c. Pembentukan leading strand
DNA polimerase dapat menambahkan nukleotida baru hanya untuk ujung 3′
dari untai yang ada, dan karenanya dapat mensintesis DNA dalam arah 5′ → 3′
saja. Tapi untai DNA berjalan di arah yang berlawanan, dan karenanya sintesis
DNA pada satu untai dapat terjadi terus menerus. Hal ini dikenal sebagai
untaian pengawal (leading strand). Di sini, DNA polimerase III (DNA pol III)
mengenali 3′ OH ujung RNA primer, dan menambahkan nukleotida
 komplementer baru. Saat garpu replikasi berlangsung, nukleotida baru
ditambahkan secara terus menerus, sehingga menghasilkan untai baru.
d. Pembentukan lagging strand
Pada untai berlawanan, DNA disintesis secara terputus dengan menghasilkan
serangkaian fragmen kecil dari DNA baru dalam arah 5 ‘→ 3’. Fragmen ini
disebut fragmen Okazaki, yang kemudian bergabung untuk membentuk
sebuah rantai terus menerus nukleotida. Untai ini dikenal sebagai lagging
Strand (untai tertinggal) sejak proses sintesis DNA pada untai ini hasil pada
tingkat yang lebih rendah. Di sini, primase menambahkan primer di beberapa
tempat sepanjang untai terbuka. DNA pol III memperpanjang primer dengan
menambahkan nukleotida baru, dan jatuh ketika bertemu fragmen yang
terbentuk sebelumnya. Dengan demikian, perlu untuk melepaskan untai DNA,
lalu bergeser lebih lanjut kebagian atas untuk memulai perluasan primer RNA
lain. Sebuah penjepit geser memegang DNA di tempatnya ketika bergerak
melalui proses replikasi.

Kompenen :
a. DNA Polimerase I
Memproses fragmen Okazaki selama terjadi lagging strand
b. DNA Polimerase III
Berperan dalam replikasi DNA pada bakteri E.Coli
c. DNA Ligase
DNA ligase diperlukan untuk menggabungkan fragmen Okazaki saat proses
replikasi, menyambung potongan-potongan DNA yang baru disintesis, serta
berperan dalam proses reparasi DNA.
d. Primase
Primase menambahkan primer RNA pada akhir 3' untai DNA, membuat sisi 5'
pada untai DNA baru. Primer ini terdiri dari 5-10 nukleotida RNA dan bekerja
sebagai titik awal penambahan nukleotida DNA. Pada untai yang memiliki
akhir 3' terbuka pada garpu replikasi, primer hanya ditambahkan sampai akhir
untai ini.
e. DNA Helikase
Enzim helikase berfungsi menghidrolisis rantai ganda polinukleotida menjadi
dua rantai tunggal mononukleotida.
f. DNA single strand binding protein (SSB)
Melindungi DNA untai tunggal dari kerusakan fisik dan mencegah renaturasi.
g. DNA Girase
Enzim DNA girase ini merupakan target agresi antibiotik sehingga pemberian
antibiotik dapat mencegah berlanjutnya replikasi DNA bakteri.
h. Nukleotida
Nukleotida berfungsi sebagai gudang informasi genetik.
i. DNA Template
 Template DNA digunakan oleh RNA polimerase untuk menghasilkan untai
RNA dengan urutan nukleotida yang sama dengan untai pengkode untuk
produksi unit RNA fungsional dan mRNA untuk membuat protein.

4. Struktur DNA
a. Proofreading
Istilah proofreading digunakan dalam genetika untuk merujuk pada proses
koreksi kesalahan, pertama kali diusulkan oleh John Hopfield dan Jacques
Ninio, yang terlibat dalam replikasi DNA, kekhususan sistem kekebalan,
pengenalan substrat enzim di antara banyak proses lain yang membutuhkan
peningkatan spesifisitas.
b. Mismatch repair
Perbaikan ketidakcocokan DNA adalah sistem untuk mengenali dan
memperbaiki kesalahan penyisipan, penghapusan, dan kesalahan
penggabungan basa yang dapat timbul selama replikasi dan rekombinasi DNA,
serta memperbaiki beberapa bentuk kerusakan DNA. Perbaikan
ketidakcocokan adalah spesifik-untai.
c. Nucelotide excision repair
Perbaikan eksisi nukleotida adalah mekanisme perbaikan DNA. Kerusakan
DNA terjadi terus-menerus karena bahan kimia, radiasi, dan mutagen lainnya.
Ada tiga jalur perbaikan eksisi untuk memperbaiki kerusakan DNA untai
tunggal: perbaikan eksisi nukleotida, perbaikan eksisi dasar, dan perbaikan
ketidakcocokan DNA.

5. Jumlah timin sama atau hampir sama dengan jumlah adenin. Jumlah sitosin sama atau
hampir sama dengan jumlah guanin. Berdasarkan kasus yang disajikan pada soal, jika
suatu rantai DNA mengandung 35% timin, maka guaninnya 15%

6. One gene one enzyme adalah dalam satu gen dapat mengekspresikan jenis enzim
tertentu sesuai kode yang dibawanya. Sedangkan one gene one polypeptide adalah
setiap satu gen mengekspresikan polipeptida tertentu sesuai kode yang dibawanya
melalui proses sintesis protein.

7. Pengemasan DNA
a. Transkripsi
Proses transkripsi, merupakan proses pencetakan atau penulisan ulang DNA
ke dalam mRNA (kodon). Proses ini terjadi di dalam nukleus. Pada tahap ini,
setiap basa nitrogen DNA dikodekan ke dalam basa nitrogen RNA. Misalnya,
jika urutan basa nitrogen DNA adalah ACT TAC CAA, maka urutan mRNA
hasil transkripsi adalah UGA AUG GTU.
b. Translasi
Tahap translasi adalah tahap penerjemahan kode dari mRNA oleh tRNA ke
dalam urutan asam amino. Tahap ini terjadi di dalam sitoplasma dengan
bantuan ribosom. Ribosom merupakan salah satu organel di sitoplasma yang
 berperan dalam sintesis protein. Ribosom terdiri dari dua bagian, yaitu subunit
besar dan subunit kecil. Ribosom mengandung protein dan rRNA (RNA
ribosom).

Pada tahap translasi kode genetik atau kodon dari mRNA diterjemahkan
menjadi rangkaian asam amino. Kodon merupakan urutan tiga basa nitrogen
pada mRNA. Setiap urutan tiga basa tersebut memiliki arti khusus yang dapat
diterjemahkan dalam proses translasi. Urutan tiga basa tersebut dikenal
sebagai triplet. Misalnya, AUG, AAA, UCA, dan UUA. Translasi dibagi
menjadi 3 tahap:
1. Inisiasi (pengawalan)
Translasi diawali ketika mRNA dan tRNA inisiator berikatan dengan
ribosom subunit kecil. Molekul tRNA inisiator merupakan molekul
yang membawa asam amino pertama dan merupakan komplemen
kodon AUG (kodon start). Biasanya membawa asam amino metionin.
2. Elongasi (pemanjangan)
Elongasi terjadi setelah tRNA kedua berikatan dengan kodon
berikutnya setelah kodon start. Misalnya, kodon lain setelah kodon
start adalah CUC, maka akan berikatan dengan antikodon tRNA GAG
yang membawa asam amino asam glutamat. Kedua asam amino,
metionin dan asam glutamat, akan berikatan dengan bantuan enzim
peptidil transferase.
3. Terminasi (penghentian)
Translasi akan terhenti ketika ribosom mencapai kodon stop pada
mRNA. Kodon stop yang dimaksud yaitu UAA, UAG, UGA. Kodon
stop tidak berikatan dengan tRNA, namun berikatan dengan protein
khusus yang disebut release factors (faktor pelepas).

8. Bentuk kromosom
a. DNA antitemplate (sense)
5' - GGG - AAA - TCC - CAT - TTT - ATG - GTA - 3'
b. Kodon
5' - GGG - AAA - UCC - CAU- UUU - AUG - GUA - 3'
c. Antikodon
3' - CCC- UUU - AGG - GUA - AAA - UAC - CAU - 5'
d. Urutan asam amino
AUG sebagai kodon start, maka urutan asam aminonya adalah :
AUG - GUA
met - val

9. Jenis kromosom
a. Preparasi dan isolasi DNA
Tahap pertama dalam isolasi DNA adalah proses perusakan atau
penghancuran membran dan dinding sel. Pemecahan sel (lisis) merupakan
tahapan dari awal
 isolasi DNA yang bertujuan untuk mengeluarkan isi sel. Tahap penghancuran
sel atau jaringan memiliki beberapa cara yakni dengan cara fisik seperti
menggerus sampel dengan menggunakan mortar dan pestle dalam nitrogen
cair atau dengan menggunakan metode freezing-thawing dan iradiasi. Cara
lain yakni dengan menggunakan kimiawi maupun enzimatik. Penghancuran
dengan menggunakan kimiawi seperti penggunaan detergen yang dapat
melarutkan lipid pada membran sel sehingga terjadi destabilisasi membran sel.
Sementara cara enzimatik seperti menggunakan proteinase K seperti untuk
melisiskan membran pada sel darah serta mendegradasi protein globular
maupun rantai polipeptida dalam komponen sel.
b. Pemurnian DNA
Pemurnian DNA dari kotoran-kotoran seperti protein menggunakan teknik
sentrifugasi atau filtrasi vakum.
c. PCR
Proses penyalinan DNA disebut juga dengan PCR. Salinan DNA ini-lah yang
nantinya akan diuji untuk penanda genetik. Mesin PCR dapat melakukan
reaksi untuk memperbanyak DNA secara keseluruhan. Proses PCR terdiri dari
tiga tahap yaitu denaturasi, annealing, dan ekstensi.
d. Elektroforesis
Elektroforesis DNA merupakan teknik untuk memisahkan sampel DNA
berdasarkan atas ukuran berat molekul dan struktur fisik molekulnya. Molekul
DNA bermuatan negatif sehingga di dalam medan listrik akan bermigrasi
melalui matriks gel menuju kutub positif (anoda).
e. Typing
Tahapan typing untuk memperoleh tipe DNA.
f. Finishing
Finishing untuk mencocokan tipe-tipe DNA.

10. Kromosom
Gambar A
Ditunjukkan bahwa hasil pola pita DNA anak, terdapat pola yang sama dengan
ibunya. Akan tetapi, tidak ditemukan kesamaan pola pada terduga ayah. Seharusnya
pola pita DNA anak merupakan gabungan DNA dari ayah dan ibu. Berdasarkan uji
elektroforesis DNA, maka disimpulkan bahwa IBU merupakan orang tua biologis dari
ANAK, tetapi TERDUKA AYAH bukanlah merupakan orang tua biologis ANAK
Gambar B
Ditunjukkan bahwa hasil pola pita DNA anak, terdapat pola yang sama dengan
ibunya. Juga ditemukan adanya kesamaan pola dengan ayah terduga. Sehingga
berdasarkan uji elektroforesis DNA, dapat disimpulkan bahwa IBU dan TERDUGA
AYAH merupakan orang tua biologis ANAK.