DNA merupakan molekul hidup karena mampu melakukan penggandaan diri (replikasi).

Fungsi ini disebut fungsi autokatalisis karena

DNA mampu mensistesis dirinya sendiri. Replikasi merupakan peristiwa sintesis DNA. Replikasi DNA dapat terjadi dengan adanya
sintesis rantai nukleotida baru dari rantai nukleotida lama. Prosesnya dengan menggunakan komplementasi pasangan basa untuk
menghasilkan suatu molekul DNA baru yang sama dengan molekul DNA lama. Proses yang terjadi tersebut dipengaruhi oleh enzim
helikase, enzim polimerase, dan ligase. Ada tiga kemungkinan terjadinya replikasi DNA, yaitu konservatif, semikonservatif, dan dispersif.
Gb. Replikasi DNA
1. a. Model konservatif, yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak berubah, berfungsi sebagai cetakan untuk dua rantai DNA baru.
Replikasi ini mempertahankan molekul dari DNA lama dan membuat molekul DNA baru.
2. b. Model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru disintesis dengan prinsip komplementasi pada
masing-masing rantai DNA lama. Akhirnya dihasilkan dua rantai DNA baru yang masing-masing mengandung satu rantai cetakan
molekul DNA lama dan satu rantai baru hasil sintesis.
3. c. Model dispersif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama digunakan sebagai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru.
Oleh karena itu, hasil akhirnya diperoleh rantai DNA lama dan baru yang tersebar pada rantai DNA lama dan baru. Replikasi ini
menghasilkan dua molekul DNA lama dan DNA baru yang saling berselang-seling pada setiap untai.
Setelah berhasil membuat model struktur DNA, Watson dan Crick memprediksi bahwa DNA bereplikasi dengan cara semikonservatif.
Kemudian pada tahun 1958, Matthew Meselson dan Franklin Stahl melakukan percobaan untuk menguji ketiga alternatif hipotesis
replikasi DNA tersebut dengan menggunakan DNA bakteri Eschericia coli. Hasilnya ternyata mendukung model replikasi semikonservatif
yang telah diprediksi oleh Watson dan Crick.
REPLIKASI DNA
Replikasi DNA berarti penggandaan. Ada 3 model replikasi DNA yaitu :
1. Model konservatif.
Model ini menyatakan bahwa 2 rantai DNA bereplikasi tanpa memisahkan rantai-rantainya.
2. Model semi konservatif.
Model ini menyatakan bahwa 2 rantai DNA berpisah kemudian bereplikasi.
3. Model dispersi.
Model ini menyatakan bahwa DNA terpecah menjadi potongan-potongan yang kemudian bereplikasi.
Meselson dan Stahl membuktikan bahwa DNA bereplikasi sesuai model semi-konservatif.

Proses replikasi terbagi atas 3 tahap:
1. Inisiasi. Replikasi tidak berlangsung pada titik acak pada DNA namun berlangsung pada awal yang disebut tempat awal replikasi. Protein
inisiator menempel pada daerah tersebut kemudian berikatan menyebatkan rantai heliks terbuka untuk menunjukkan satu rantai yang
digunakan untuk membangun rantai baru.
2. Elongasi. DNA polimerase bertugas untuk memasangkan basa nitrogen baru dengan rantai DNA lama sehingga terbentuklah rantai DNA
yang baru. DNA polymerase menambahkan basa-basa baru ke ujung 3 rantai yang ada, kemudian mereka mensintesis dari arah 5 ke 3
dengan menyediakan rantai basa pasangan untuk cetakan. Triplet AUG merupakan sinyal untuk memulai proses sintesis, sehingga triplet
ini dinamakan kodon start.
3. Terminasi. Replikasi berakhir saat DNA polimerase mengenali daerah basa nitrogen yang diulang-ulang, daerah ini disebut telomer.Maka
terbentuklah rantai DNA yang baru.
Pada Sintesis protein, salah satu rantai DNA akan dikodekan oleh mRNA. Rantai yang dikodekan tersebut disebut DNA Sense atau DNA
template, sedangkan rantai pasangannya yang tidak dicetak disebut DNA Antisense atau DNA Komplementer. Triplet kode-kode genetik
DNA yang dikodekan oleh mRNA disebut kodogen.

RNA
Berbeda dengan DNA, RNA merupakan rantai panjang lurus yang berfungsi dalam sintesis protein. Terdapat 3 jenis RNA yaitu:
1. mRNA(messenger RNA atau RNA duta/RNAd), bertugas untuk mengkodekan kode genetik dari DNA untuk sintesis protein. Terdapat di
anak inti.sel. Triplet kode genetik pada mRNA disebut kodon.
2. tRNA(transfer RNA atau RNAt), bertugas untuk mencocokkan triplet yang ada pada mRNA dengan protein yang sesuai. Terdapat di
sitoplasma. Triplet kode genetik pada tRNA disebut antikodon.
3. rRNA(ribosomal RNA atau RNAr), bertugas untuk memasangkan kodon mRNA dengan antikodon tRNA dan menggeser rantai-rantai
supaya terbentuk polipeptida(protein). Terdapat di ribosom.

Struktur RNA(ribosenucleic acid) yaitu
1. Gula 5 karbon ribosa.
2. Gugus fosfat.
3. Basa nitrogen yang persis sama dengan basa nitrogen DNA namun pada mRNA thymine diganti dengan urasil.

PRA SINTESIS PROTEIN
Sebelum sintesis protein dilakukan, perlulah diadakan persiapan yang menyeluruh, salah satunya pemasangan asam amino pada
salah satu ujung tRNA. 1 asam amino harus diikatkan pasada salah satu ujung tRNA dengan antikodon yang benar, namun protein ini
sesuai dengan kodon bukan antikodon. Enzim yang melakukan proses ini adalah enzim tRNA aminoasil sintetase. Enzim ini mengikatkan
asam amino pada bagian sisi asam amino kemudian tRNA dengan antikodon spesifik untuk asam aminonya. tRNA dan asam amino
berikatan pada enzim sebelum akhirnya dilepaskan.

SINTESIS PROTEIN
Sintesis protein adalah proses pembentukan protein dari monomer peptida yang diatur susunannya oleh kode genetik. Sintesis
protein dimulai dari anak inti sel, sitoplasma dan ribosom. Sintesis protein terdiri dari 3 tahapan besar yaitu:
1. Transkripsi.
DNA membuka menjadi 2 rantai terpisah. Karena mRNA berantai tunggal, maka salah satu rantai DNA ditranskripsi (dicopy).
Rantai yang ditranskripsi dinamakan DNA sense atau template dan kode genetik yang dikode disebut kodogen. Sedangkan
yang tidak ditranskripsi disebut DNA antisense/komplementer. RNA Polimerase membuka pilinan rantai DNA dan
memasukkan nukleotida-nukleotida untuk berpasangan dengan DNA sense sehingga terbentuklah rantai mRNA. Contoh
transkripsi:
2. Translasi
mRNA / RNAd yang sudah terbentuk keluar dari anak inti sel menuju rRNA. Disana mRNA masuk ke rRNA / RNAr diikuti oleh
tRNA / RNAt. Ketika antikodon pada tRNA cocok dengan kodon mRNA kemudian rantai bergeser ke tengah. Kodon mRNA
berikutnya dicocokkan dengan tRNA kemudian asam amino yang pertama berikatan dengan asam amino kedua. tRNA
pertama keluar dari rRNA. Proses ini berlangsung hingga kodon stop, ribosom subunit besar dan kecil terpisah, mRNA dan
tRNA keluar dari ribosom.
Kodon stop : UAA,UAG, UGA
Rumus cepat:mRNA=DNA komplementer=DNA antisense=kode protein
tRNA=DNA template=DNA sense=kodogen. Berikut ini adalah gambar proses sintesis protein.





Enzim-enzim pada replikasi DNA
Replikasi DNA merupakan proses enzimatis. Enzim-enzim yang berperan (fungsi, sifat, dan cara kerja) pada replikasi DNA antara
lain enzim DNA polimerase, DNA ligase, DNA gyrase, dan Helicase. Ada 3 macam enzim polimerase DNA yaitu polimerase DNA I, II,
dan III.
1. Enzim polimerase DNA I
- DNA polimerase I berperan menghilangkan RNA primer yang melekat pada lagging strand DNA dan mengganti dgn DNA
- Merupakan rantai tunggal polipeptida dengan BM 109 kdal
- Mengkatalisir penempelan unit deoxyribonucleotida baru ke rantai DNA pemula (primer strand)
- Kecepatan mengkatalisir 10 nukleotida diambahkan tiap detik setiap 1 mol polimerase DNA I
- Mempunyai aktivitas 3-5 exonuclease yaitu mengecek hasil polimerisasi sebelum dilanjutkan
- Mempunyai aktivitas 5-3 exonuclease
Perbedaan 3-5 exonucleasedan 5-3 exonucelase
3-5 exonuclease
- Proof reading action
- Berfungsi menghidrolisa DNA jika terjadi kesalahan
(memotong nukleotida yang bukan pasangan nukleotidanya) dari ujung 3-OH
- Nukleotida yang diambil harus mempunyai gugus 3-OH bebas dan bukan bagian double helix
5-3 exonuclease
- Membetulkan kesalahan dengan menghidrolisa DNA dari ujung rantai 5- fosfat
- Pemotongan ikatan terjadi pada ikatan fosfodiester ujung 5 atau beberapa residu dari ujung 5
- Pemotongan ikatan harus sudah di dalam rantai double helix
- Kesalahan yang dibetulkan baik salah karena basa tidak sesuai dengan pasangannya maupun kesalahan yang lain, misal terjadinya
thymine dimer.
2. Enzim polimerase DNA II
Fungsi spesifik enzim polimerase DNA II belum dapat jelas, hanya diketahui enzim ini berperan juga pada replikasi DNA.
Kecepatan mengkatalisis sebanyak 0,5 nukleotida ditambahkan tiap detik, serta mempunyai aktivitas 3-5 exonuclease.
3. Enzim Polimerase DNA III
Merupakan polimerase yang bertanggungjawab Pada replikasI invivo. Merupakan Holoenzim kompleks denGan BM 550.000 yang
terdiri atas 7 polipeptida yang berbeda, membawa aktivitas 5-3 exonclease sedangkan lainnya memBawa aktivitas 3-5 exonulease.
Satu atau lebih polipeptida yang lain mengikat molekul ATP. Sedangkan sisanya belum diketahui fungsinya. Mungkin dua kompleks
holoenzim dibutuhkan dalam replication fork, kecepatan mengakataliisis 150 nukleotida ditambakan setiap detik. Enzim polimerase DNA
III ini mengandung ion Zn
2+
dan mebutuhkan ion Mg
2+
untuk bekerjanya.
4. DNA ligase
Enzim polimerase DNA dapat menambahkan deoksiribonukleotida ke rantai pemula, tetapi tidak dapat mengkatalisis
penggabungan 2 rantai DNA. Pada tahun 1967 ditemukan adanya enzim yag mengkatalisis pembentukan ikatan fosfodiester antara 2 rantai.
Enzim ini disebut enzim ligase, yang mempunyai ciri:
- Berupa rantai polipeptida tunggal BM 77000
- Memerlukan gugus OH pada ujung 3 bebas dan gugus fosfat pada ujung 5 rantai yang lain, pembentukan ikatan fosfodiester ini berupa
reaksi endergoni (butuh tenaga)
- Menyambung 2 mol rantai DNA yang merupakan bagian dari DNA double helix (tidak dapat menyambung 2 mol rantai tunggal)
Fungsi enzim ligase sebagai berikut:
- Memperbaiki rantai yang putus pada DNA dupleks
- Menyambung ujng DNA dupleks untuk menghasilkan DNA sirkuler
- Menyambung sintesa DNA pada proses rekombinasi
- Bekerja sama dengan polimerase DNA pada replikasi DNA
5. Enzim girase DNA (DNA Gyrase)
- Termasuk topoisomerase tipe II
- Berfungsi membuka supercoiled sebelum replikasi berlangsung
- Mengubah bentuk relax menjadi supercoiled dengan membutuhkan ATP
6. Enzim helicase
Enzim yang membuka putaran segmen DNA tepat di bagian depan garpu replikasi, disebut enzim helicase. Enzim ini mengikat
ATP dan mengikat rantai tunggal DNA. Ada dua macam enzim helicase, satu mengikat pada templatenya lagging strand dan bergerak
dengan arah 5-3, yang satunya lagi mengikat pada rantai template leading strand dan bergerak dengan arah 3-5.
7. Single Strand Binding Protein (SSBP)
Secepatnya setelah rantai terbuka beberapa mol protein tertentu mengikatkan diri sangat erat untuk menjaga jangan sampai rantai
berdekatan lagi. Enzim ini disebut Helix-destabilizing protein (single strand DNA binding protein (SSBP). SSBP pada E.coli merupakan
polipeptida yang terdiri atas 177 asam amino. Rantai yang telah terikat oleh SSBP menjadi kaku dan lurus, tidak ada lekukan/bengkokan.
8. Enzim primase
DNA beraktivitas dengan arah 5-3 (hanya terdiri atas 10 nukleotida). Kemudian pada ujung 3 ditambahkan dioksiribonukleosida
trifosfat (oleh enzim polimerase DNA III) satu demi satu sehinga lengkap 1000-2000 nukleotid. Nukleotida pada RNA pemula/RNA
primer dihilangkan/diputus satu demi satu oleh aktivitas 5-3 exonuclease.
(Moeljoprawiro, 2007)
Bahan dasar untuk replikasi DNA adalah Deoxyribonucleotida 5triphosphate, enzim-enzim polimerase DNA I, II, III, dan enzim
ligase DNA. Untuk mensintesa DNA, enzim polimerase DNA I membutuhkan 4 macam deoksiribonukleosida 5 triphoshate (dATP,
dGTP, dTTP, dCTP) atau ion Mg2+ rantai pemula DNA (primer chain) dengan gugus bebas 3-OH dan DNA template. Pemanjangan
rantai dengan arah 5-3. Pemanjangan terjadi karena penggabungan 3-OH pada DNA pemula dengan atom fosfor yang paling di adalam
dari deoksiribonukleosida trifosfat yang ditambahkan.

Sumber: http://desainwebsite.net/pendidikan/enzim-enzim-pada-replikasi-dna#ixzz1z0DHUThe

Enzim yang berperan dalam proses replikasi adalah :

1.Topoisomerase:
bertanggung jawab dalam proses dimulainya pembukaan double heliks DNA. Tegangan ikat pada struktur gulungan double heliks DNA dapat
dipatahkan dengan penorehan (nicking) salah satu untai DNA tunggal (topoisomerase I). Topisomerase II menoreh untai DNA dua-duanya.
Topoisomerases I dan II tetap berikatan dengan DNA setelah nicking.

2.Helicase;
menyempurnakan proses membukanya double heliks, setelah gulungan supercoil dihilangkan oleh topoisomerase. Dua untai DNA ini secara alami
ingin berikatan satu sama lain karena adanya afinitas ikatan hidrogen, dengan demikian, aktivitas helikase memerlukan energi dalam bentuk ATP
untuk memisahkan menjadi dua untai DNA.

3.DNA polymerase:
mengkatalisis pembentukan ikatan hidrogen antara nukleotida baru yang akan membentuk untai baru dengan nukleotida pada untai DNA lama yang
berfungsi sebagai pencetak (template strand).
mengkatalisis reaksi antara 5' phosphate pada nukleotida baru dan 3' OH bebas pada polinukleotida yang sedang dibentuk (ikatan phosphodiester).
Sebagai hasilnya, untai baru DNA hanya dapat bertambah panjang pada arah dari 5' ke 3. Sekali lagi, untuk diketahui bahwa ikatan phosphodiester
dibentuk antara gugus 3' OH pada gula dengan gugus 5' phosphate dari nukleotida yang baru.
Terdapat beberapa bentuk polymerase DNA; DNA polymerase III bertanggungjawab dalam proses sintesis untai DNA baru.
DNA polymerase adalah kelompok yang terdiri dari beberapa sub-unit protein yang berbeda (disebut holoenzyme). Enzim ini memiliki aktivitas
proofreading, yaitu dapat memastikan bahwa enzim ini menyisipkan basa nitrogen yang tepat, dan memiliki aktivitas sebagai 3' 5' exonuclease
(excision of nucleotides) dengan demikian enzim ini dapat memotong bila terjadi kesalahan.

4.Primase, adalah bagian dari agregat protein yang disebut primeosome. Enzim ini berfungsi menempelkan primer RNA pendek ke untai tunggal/
single-stranded DNA untuk bertindak sebagai pengganti 3'OH bagi DNA polymerase sebagai tempat darimana memulai sintesis. Primer RNA ini pada
akhirnya akan dibuang oleh RNase, dan gap/ tempat lowong ini akan diisi oleh kerja DNA polymerase I.
5.Ligase: mengkatalisis pembentukan ikatan phosphodiester antara 3'OH dan 5'phosphate yang berdekatan. Enzim ini dapat menyambung gap yang
tidak tersambungketika RNA primer dibuang dan kemudian digantikan.
6.Single-stranded binding proteins: sangat penting untuk menjaga stabilitas dari replication fork. Single-stranded DNA adalah sangat labil, atau tidak
stabil, oleh karena itu protein ini akan berikatan dengannya ketika masih dalam keadaan untai tunggal (single stranded) dan menjaganya agar tdk
terdegradasi.

Sebutkan dan jelaskan jenis replikasi DNA.
2. Jelaskan bagaimana proses sintesis protein
3. Sebutkn dan jelaskan enzim apa saja yang berperan dalam proses replikasi
4. Apa yang dimaksud dengan:
a. mRNA
b. tRNA
c. rRNA