“ASAM NUKLEAT”
KELOMPOK 6
Anggota :
NADILA ANGGRAINI S
LEYLA NOVITA B
1. Apa itu asam nukleat ?
Asam nukleat merupakan suatu polinukleotida, yaitu polimer linier yang tersusun dari
monomer-monomer nukleotida yang berikatan melalui ikatan fosfodiester. Fungsi utama asam
nukleat adalah sebagai tempat penyimpanan dan pemindahan informasi genetik. Informasi ini
diteruskan dari sel induk ke sel anak melalui proses replikasi. Sel memiliki dua jenis asam nukleat
yaitu asam deoksiribonukleat (deoxyribonucleic acid/DNA) dan asam ribonukleat (ribonucleic
acid/RNA). (Marks Dawn, et al., 2000). Asam nukleat terdapat pada semua sel hidup dan bertugas
untuk menyimpan dan mentransfer genetic, kemudian menerjemahkan informasi ini secara tepat
untuk mensintesis protein yang khas bagi masing-masing sel. Fungsi asam nukleat antara lain:
1. Menyimpan, mentransmisi, dan mentranslasi informasi genetik;
2. Metabolisme antara (intermediary metabolism) dan reaksi-reaksi informasi energi;
3. Koenzim pembawa energi;
4. Koenzim pemindah asam asetat, zat gula, senyawa amino dan biomolekul lainnya;
5. Enzim reaksi oksidasi dan reduksi.
Struktur yang berbeda lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. Basa N, baik
pada DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik
(mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan, yaitu purin dan
pirimidin. Basa purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik), sedangkan basa pirimidin hanya
mempunyai satu cincin (monosiklik). Pada DNA, dan juga RNA, purin terdiri atas adenin (A) dan
guanin (G). Akan tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA. Kalau pada DNA
basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T), pada RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya
terdapat urasil (U). Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi
nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil
Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya basa N yang
dapat bervariasi. Pada kenyataannya memang urutan (sekuens) basa N pada suatu molekul asam
nukleat merupakan penentu bagi spesifisitasnya. Identifikasi asam nukleat dilakukan berdasarkan
atas urutan basa N-nya sehingga secara skema kita bisa menggambarkan suatu molekul asam
nukleat hanya dengan menuliskan urutan basanya saja.
Jadi, DNA memiliki struktur, yaitu gula pentosa (deosiribosa), fosfat dan basa nitrogen
yang meliputi basa purin (guanin dan adenin) dan basa pirimidin (timin dan sitosin) dan RNA
tersusun atas molekul-molekul, yaitu gula ribosa, fosfat, dan basa nitrogen yang terdiri atas purin
(adenin dan guanin) dan pirimidin (urasil dan sitosin).
Pada RNA, purin dan pirimidin yang berkaitan dengan ribosa membentuk suatu molekul
yang dinamakan nukleosida atau ribonukleosida, yang merupakan prekursor dasar untuk sintesis
DNA. Ribonukleosida yang berkaitan dengan gugus fosfat membentuk suatu nukleotida atau
ribonukleotida. RNA merupakan hasil transkripsi dari suatu fragmen DNA, sehingga RNA
merupakan polimer yang jauh lebih pendek dibandingkan DNA.
Berawal pada tahun 1868, Friedrich Miescher (1844-1895) adalah orang yang mengawali
pengetahuan mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun 1868, dilaboratorium Hoppe-Syler di
Tubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada nanah bekas pembalut luka, kemudian sel-sel
tersebut dilarutkan dalam asam encer dan dengan cara ini diperoleh inti sel yang masih terikat pada
sejumlah protein. Dengan menambahkan enzim pemecah protein ia dapat memperoleh inti sel saja
dan dengan cara ekstraksi terhadap inti sel diperoleh suatu zat yang larut dalam basa tetapi tidak
larut dalam asam. kemudian zat ini dinamakan “nuclein” sekarang dikenal dengan nama
nucleoprotein. Selanjutnya dibuktikan bahwa asam nukleat merupakan salah satu senyawa
pembentuk sel dan jaringan normal.
Sejarah penemuan DNA adalah sebagai berikut:
- Gregor Mendel "Bapak genetika" (1857) yang mengarah ke peningkatan minat
dalam penelitian genetika.
- Friedrich Miescher (1869) menemukan suatu zat yang ia disebut "nuclein"
- Richard Altmann (1889) mengisolasi sperma salmon yang disebut dengan "asam
nukleat".
- Frederick Griffith (1928) menyatakan bahwa DNA adalah molekul warisan.
- Phoebus Levene (1929) menunjukkan bahwa komponen DNA terkait dalam urutan fosfat-
gula-basis
- Erwin Chargaff (1940) mengatakan: A = T, dan G = C.
- Rosalind Franklin dan Maurice Wilkins membuat Kristal molekul DNA.
(dll)
Penemuan DNA
Pada tahun 1953, Frances Crick dan James Watson menemukan model molekul DNA
sebagai suatu struktur heliks beruntai ganda, atau yang lebih dikenal dengan heliks ganda
Watson-Crick. DNA merupakan makromolekul polinukleotida yang tersusun atas polimer
nukleotida yang berulang-ulang, tersusun rangkap, membentuk DNA haliks ganda dan berpilin
ke kanan.
Penemuan RNA
Sebelum ditemukannya RNA, terlebih dulu ditemukan asam nukleat. Asam nukleat
ditemukan pada tahun 1868 oleh Friedrich Miescher, materi ini disebut material 'nuclein' karena
ditemukan dalam inti sel. Selanjutnya Ia menemukan bahwa sel-sel prokariotik, yang tidak
memiliki inti, juga mengandung asam nukleat.
Peran RNA dalam sintesis protein telah diduga sejak 1939. Severo Ochoa memenangkan
hadiah nobel 1959 di bindang kedokteran setelah ia menemukan proses bagaimana RNA disintesis.
Robert W Hokkey menemukan urutan 77 nukleotida dari tRNA ragi pada tahun 1965, yang
membuat ia memenangkan penghargaan nobel pada tahun 1968 di bidang kedokteran.
Pada tahun 1967, Carl Woese menyadari bahwa RNA dapat mengalami katalitik dan
menduga bahwa bentuk-bentuk awal kehidupan bergantung pada RNA, baik untuk membawa
informasi genetik maupun untuk mengkatalisis reaksi biokimia.
Pada tahun 1976, Walter Fiers dan timnya berhasil menentukan urutan nukleotida lengkap
pertama dari genom virus RNA, yaitu MS2 bakteriofag.
Setelah itu banyak sekali penemuan-penemuan yang mengungkap misteri RNA semakin
jelas, sehingga mengantarkan kita pada pengetahuan yang sekarang ini. Keadaan ini memberikan
motivasi untuk terus mengembangkan penelitian demi mengungkap rahasia dibalik materi genetik
termasuk di dalamnya RNA.
Makanan transgenik adalah bahan pangan yang telah diubah, baik fenotipe maupun
genotipe--nya dengan jalan rekayasa genetika. Para ahli rekayasa genetika telah menerapkan
pengetahuan yang mereka pelajari pada pangan dengan tujuan untuk meningkatkan dan
menyempurnakan kualitas dan kuatitas pangan. Rekayasa genetika adalah penggunaan teknik
biologi yang cermat untuk menata ulang gen dengan menyingkirkan, menambahkan atau
menukar gen dari satu organisme ke organisme lain untuk mendapatkan jenis baru yang lebih
baik dari sifat aslinya. Bagian tubuh makhluk hidup yang dapat disingkirkan, ditambah atau
ditukar adalah bahan inti sel yang disebut deoxiribo nucleic acid (DNA).
Saat ini para ilmuwan sedang mencoba beberapa cara kerja terapi gen untuk pengobatan
kanker:
1. Menambahkan gen sehat pada sel yang memiliki gen cacat atau tidak lengkap. Contohnya, sel
sehat memiliki “gen penekan tumor” seperti p53 yang mencegah terjadinya kanker. Setelah
diteliti, ternyata pada kebanyakan sel kanker gen p53 rusak atau bahkan tidak ada. Dengan
memasukkan gen p53 yang normal ke dalam sel kanker, diharapkan sel tersebut akan normal
dan sehat kembali.
2. Menghentikan aktivitas “gen kanker” (oncogenes). “Gen kanker” merupakan hasil mutasi dari
sel normal, yang menyebabkan sel tersebut membelah secara liar menjadi kanker. Ada juga
gen yang menyebabkan sel kanker bermetastase (menjalar) ke bagian tubuh lain.
Menghentikan aktivitas gen ini atau protein yang dibentuknya, dapat mencegah kanker
membesar maupun menyebar.
3. Menambahkan gen tertentu pada sel kanker sehingga lebih peka terhadap kemoterapi maupun
radiasi, atau menghalangi kerja gen yang dapat membuat sel kanker kebal terhadap obat-obat
kemoterapi. Juga dicoba cara lain, membuat sel sehat lebih kebal terhadap kemoterapi dosis
tinggi, sehingga tidak menimbulkan efek samping.
4. Menambahkan gen tertentu sehingga sel-sel tumor/kanker lebih mudah dikenali dan
dihancurkan oleh sistem kekebalan tubuh. Sebaliknya, menambahkan gen pada sel-sel
kekebalan tubuh sehingga lebih mudah mendeteksi dan menghancurkan sel-sel kanker.
5. Menghentikan gen yang berperan dalam pembentukan jaringan pembuluh darah baru
(angiogenesis) atau menambahkan gen yang bisa mencegah angiogenesis. Jika suplai darah
dan makanannya terhenti, kanker akan berhenti tumbuh,bahkan mengecil lalu mati.
6. memberikan gen yang mengaktifkan protein toksik tertentu pada sel kanker, sehingga sel
tersebut melakukan aksi “bunuh diri” (apoptosis). Satu dari banyak tantangan dalam
pengembangan pendekatan DNA rekombinan adalah bagaimana mengantarkan “gen
pembunuh” hanya ke dalam sel tumor dan tidak ke sel normal.Sejak kanker diketahi sebagai
suatu penyakit genetik yang disebabkan oleh mutasi atau perubahan – perubahan lain pada
gen. penggunaan teknik DNA rekombinan semakin sering digunakan dalam menghambat
perkembangan penyakit tersebut. Salah satu metode yang sering diandalkan adalah
pendekatan terapi gen.
Sejak diketahui bahwa kanker merupakan penyakit akibat mutasi gen, para ahli mulai
berfikir bahwa terapi gen tentu efektif untuk mengobatinya. Apalagi kanker jauh lebih banyak
penderitanya dibandingkan dengan penyakit keturunan akibat kelainan genetis yang selama ini
diobati dengan terapi gen.
Pemanfaatan Asam Nukleat dalam bidang bioinformatika
Istilah bioinformatka mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980 yang mengacu pada
penerapan ilmu komputer dalam bidang biologi. Kemajuan teknik biologi molekular dalam
mengungkap sekuens biologis dari protein (sejak awal 1950) dan asam nukleat (sejak 1960-an)
mengawali perkembangan basis data dan teknik analisis sekuens biologis. Basis data sekuens
protein mulai dikembangkan pada tahun 1960-an di Amerika Serikat, sementara basis data
sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970-an di Amerika Serikat dan Jerman (pada European
Molecular Biology Laboratory, Laboratorium Biologi Molekular Eropa). Penemuan teknik
sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970-an menjadi landasan terjadinya
ledakan jumlah sekuens DNA yang berhasil diungkapkan pada 1980-an dan 1990-an, menjadi
salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, meningkatkan kebutuhan
akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.
Database untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah GenBank (Amerika Serikat), EMBL
(Eropa), dan DDBJ (DNA Data Bank of Japan). BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
merupakan tools bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan basis data sekuens
biologis. BLAST pada basis data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens asam
nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini digunakan
untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil
sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing.
Assey
Analisis kuantitatif ada metode PCR-RT (Real-time PCR) merupakan teknologi terkini untuk
amplifikasi DNA dan metode spektrofotometri dengan menyerap cahaya ultraviolet karena
keberadaan basa-basa purin dan pirimidin.
Analisis Kualitatif ada metode LCR yang didasarkan pada kemampuan DNA ligase
menghubungkan secara kovalen dua oligonukleotida berdekatan yang dihibridisasi ke cetakan
(template) yang lebih panjang yang dapat mengikat kedua oligonukleotida, metode hibridisasi
yang sangat peka untuk menganalisis maupun menentukan karakter suatu fragmen DNA, metode
elektroforesis dengan memanfaatkan migrasi elektroforesis DNA melalui gel agarosa, metode
spektrofotometri IR dengan memanfaatkan absorbansi, metode blotting dengan memindahkan
bagian protein yang telah dipisahkan agar bagian protein tersebut mengalami imobilisasi, metode
staining dengan visualisasi DNA setelah diseparasi oleh gel elektroforesis, metode sequencing
dengan penentuan urutan nukleotida suatu fragmen DNA tertentu (gen) atau genom, dan metode
RT-PCR dengan memanfaatkan aktivitas enzim polymerase.
HASIL DISKUSI
Pada RNA basa nitrogen yang digunakan adalah urasil, hal ini karena :
1. Struktur dari urasil lebih sederhana dari timin, hal ini apabila menggunaakan timin
dapat merusak kode genetic
2. Degradasi basa nitrogen dapat menghasilkan urasil
3. Urasil dapat membahayakan DNA
DNA terletak pada inti sel (double helix) yang digandakan kromosom saat pembelahan
sel
DNA juga terletak pada mitokondria, kloroplas, sentriol, plastid, dan sitoplasma
DNA yang terletak pada mitokondria merupakan DNA plasmid sebagai fungsi
kekerabatan
RNA terletak pada ribosom, sitoplasma, dan keberadaannya tidak selalu tetap karena
mudah terurai dan harus dibentuk kembali
RNA polymerase adalah suatu enzim yang membantu mempercepat proses pembentukan
RNA
Ada tiga macam RNA yaitu mRNA sebagai messenger atau menyalin kode genetic dari
dna yang akan ditanskripkan, tRNA merupakan RNA transfer yakni membawa asam
amino ke ribosom, rRNA sebagai mesin perakit dalam sintesis protein yang bergerak ke
satu arah sepanjang mRNA
Terdapat beberapa virus adalah RNA yang mana dapat berperan sebagai DNA
Adenin selalu berpasangan dengan timin dan guanin berpasangan dengan sitosin, ketika
pasangan tersebut salah berpasangan, apakah dapat terjadi mutasi? Mengapa adenin selalu
dengan timin dan sitosin dengan guanin?
Jawab :
Watson dan crick menyimpulkan bahwa adenin harus berpasangan dengan timin dan
guanin dengan sitosisn, karena factor-faktor sterik ikatan hidrogen. Pembatasan sterik ini
disebabkan oleh sifat heliks tulang punggung gugus fosfat yang teratur pada setiap rantai
polinukleotida. Atom-atom hidrogen dalam basa purin dan pirimidin mempunyai posisi
yang sudah tertentu. Adenin tidak dapat berpasangan dengan sitosin karena terdapat dua
hidrogen di dekat salah satu tempat pengikatan dan tidak ada hidrogen tempat yang
lainnya, hal itu juga terjadi pada guanin yang tidak bias dengan timin. Sebaliknya adenin
membentuk dua hidrogen dengan timin sedangkan guanin membentuk tiga ikatan
hidrogen dengan sitosin. Hal ini ketika salah berpasangan dapat terjadi mutasi yang
berarti terjadi kesalahan penerjemahan kode genetik
Degradasi basa nitrogen (sitosin) dapat menghasilkan urasil menyebabkan mutase sitosin
ke urasil tidak terdeteksi dan kode genetic rusak sehingga dipakainya timin, terjadinya
mutasi pada sitosin dapat diperiksa oleh enzim-enzim pada proses replikasi DNA dan
mutasi dikoreksi, hal ini juga berarti jika DNA menggunakan urasil maka enzim-enzim
pada proses replikasi (atau bisa saja tidak dihasilkannya enzim-enzim) DNA tidak dapat
mengoreksi adanya mutasi tersebut dan urasil digunakan pada RNA.
Urasil dapat membahayakan DNA, hal ini karena urasil sifatnya lebih bebas dan mampu
berpasangan dengan gugus lain sehingga basa dna menjadi kacau dan organisme menjadi
tidak normal. Hal ini pada DNA digunakan timin karena timin adalah urasil yang telah
dimetilasi dan dapat melindungi DNA dari enzim nuklease yang dihasilkan virus. Urasil
tidak berbahaya bagi RNA karena umumnya RNA berada pada keadaan berkas tunggal.
Kromosom adalah benang-benang halus yang tersusun dari asam nukleat seperti dna dan
rna biasanya dapat diamati ketika tahap metafase pada mitosis dan meiosis, kromosom
juga bertanggung jawab dalam hal sifat keturunan (hereditas) yang diwariskan induk ke
keturunannya
Gen adalah unsur hereditas atau unit pewarisan sifat bagi organisme yang mana gen
merupakan bagian dari dna yang membawa informasi genetic. Gen merupakan segmen
pada kromosom yang mengandung kode yang diperlukan untuk mengarahkan
pembentukan polipeptida atau Protein atau rna.
Genom adalah kandungan total dna dalam sel, yang mana organisme hanya memiliki satu
genom dan genom itu sendiri tersusun dari semua pasangan basa dalam sel