BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Tubuh manusia terdiri dari berbagai senyawa, salah satunya adalah asam
nukleat. Asam nukleat merupakan komponen besar inti sel. Hal ini
mengindikasikan bahwa asam nukleat berperan penting dalam meopang seluruh
proses kehidupan. Asam nukleat meliputi ADN dan ARN, keduanya terlibat
dalam proses sintesis protein.

Friederich Mischer (1844-1895) merupakan orang yang mengawali

penelitian dalam kimia dan inti sel. Ia percaya bahwa rahasia kehidupan dapat
diungkapkan melalui penilitian kimia terhadap sel-sel. Pada tahun 1869,
bertempat di laboratorium milik Felix Hoppesler di Tubingen (Swis), Friderich
Mischer mengambil materi yang berasal dari sel-sel nanah pada bekas pembalut
luka, kemudian materi tersebut dilarutkan dalam asam encer sehingga diperoleh
inti sel yang masih terikat pada sejumlah protein. Selanjutnya beliau
menambahkan enzim pemecah protein sehingga didapatkan inti sel saja, dengan
cara ekstraksi terhadap inti sel diperoleh suatu zat yang larut dalam basa tetapi
tidak larut dalm asam. Zat tersebut kemudian diberi nama nuclein yang sekarang
dikenal sebagai nukleoprotein. Sebemarmya apa yang beliau peroleh merupakan
campuran senyawa-senyawa yang mengandung 30% DNA.

Asam nukleat sebagai makromolekul terdapat dalam semua sel memiliki

peranan penting dalam kehidupan suatu organisme karena di dalamnya terdapat
materi genetik. Asam nukleat sering disebut sebagai polinukleotida karena
tersusun dari beberapa nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida
mempunyai struktur yang terdiri dari gugus fosfat, gula pentosa, dan basa
nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Ada dua jenis asam nukleat yaitu DNA
(deoxyribonucleic acid) atau asam deoksiribonukleat (AND) dan RNA
(ribonucleic acid) atau asam ribonukleat (ARN), baik DNA maupun RNA berupa

1
 anion yang umumnya terikat pada protein dengan sifat basa. Senyawa gabungan
antara asam nukleat dan protein disebut nukleoprotein. Asam nukleat merupakan
salah satu senyawa pembentuk sel dan jaringan normal. Oleh karena itu penulis
tertarik untuk memahami asam nukleat secara lebih mendalam sehingga judul
yang diangkat dalam makalah ini yaitu “Asam Nukleat”.

1.2 Rumusan Masalah

Berdasarkan latar belakang di atas, dapat dirumuskan beberapa permasalahan

seperti di bawah ini:

1. Apakah yang dimaksud dengan asam nukleat dan bagaimana struktur dari asam
nukleat?

2. Apakah yang dimaksud dengan Hukum Ekivalen Chargaff?

3. Bagaimana struktur molekul ADN?

4. Bagaimana proses denaturasi dan renaturasi pada Molekul ADN?

5. Berapakah ukuran molekul ADN?

6. Bagaimana proses replikasi ADN?

7. Bagaimana proses sintesis molekul ADN?

8. Bagaimana struktur molekul ARN?

1.3 Tujuan

Tujuan penulisan makalah ini yaitu:

1. Memahami pengertian dari asam nukleat dan struktur dari asam nukleat.

2. Memahami Hukum Ekivalen Chargaff.

3. Memahami struktur molekul ADN.

4. Memahami proses denaturasi dan renaturasi pada molekul ADN.

2
5. Mengetahui ukuran molekul ADN.

6. Memahami proses replikasi ADN.

7. Memahami proses sintesis molekul ADN.

8. Memahami struktur molekul ARN.

3
 BAB II
ISI
2.1 Struktur Asam Nukleat
DNA atau Deoxyribonucleic Acid merupakan bagian yang paling penting
dalam pewarisan sifat yang mana melalui DNA yang didalamnya termuat gen-gen
spesial dari mahluk hidup berperan penting dalam proses pewarisan sifat. Dalam hal
ini tentunya penemuan mengenai DNA membawa pengaruh besar dalam ilmu
pengetahuan utamanya biologi dalam mengetahui pewarisan sifat dan dalam
kemajuan dalam ilmu genetika. Pada penelitian awal dari penemuan DNA ini didasari
oleh Hukum Mendel yang mana teori tersebut dijadikan acuan dalam penelitian lebih
lanjut hingga akhirnya dalam penelitian ini lanjut ini munculah nama Friedrich
Miescher. Menurut Suwirna (2001: 131) Pada tahun 1869, Friedrich Miescher
melakukan penelitian dengan sel-sel leukosit dari nanah pada pembalut luka seorang
pasien, yang kemudian selanjutnya dibubuhi oleh pepsin dan HC1 untuk
mencernakan proteinnya sehingga nukleus dari sel dapat terlihat, setelahnya nukleus
sel yang didapatkan dikocok dengan campuran eter dan dari penelitian ini ia
menemukan suatu asam yang diberi nama nuklein. Penelitian terus berlanjut yang
mana kali ini digunakan spermatozoa ikan salmon yang mana memperoleh hasil bila
nuklein ini memiliki kandungan posfor yang cukup banyak.

Penelitian ini terus berlanjut hingga pada tahun 1889 muncul kembali ilmuan
dalam penelitian ini dengan nama Richard Altman yang mana menemukan bila pada
nuklein terseut tidak terdapat protein sehingga ia beranggapan bila nuklein yang di
temukan oleh Friedrick Miescher lebih cocok disebut sebagai Asam Nuklet (nucleic
acid). Temuan ini dikembangkan lagi oleh Albreent Kossel yang menghasilkan
temuan dua pirimidin yaitu sitosin dan timin dan dua purin yaitu adenin dan guanin di
dalam asam nukleat, sehingga atas penemuannya ia mendapatkan hadiah nobel pada
tahun 1910. Penelitian berikutnya dilakukan oleh Fisher pada tahun 1880. Dari hasil
risetnya ditemukan adanya zat-zat pirimidin dan purin di dalam asam nukleat.
Penelitian kemudian semakin berkembang yang mana Lavene berhasil

4
mengidentifikasi bahwa karbohidrat yang terdapat dalam asam nukleat adalah gula
ribosa dan menemukan lagi pada asam nukleat berbeda memiliki gula deoksiribosa.
Selainitu ia juga memiliki pendapat bila posfor yang terdapat dalam asam nukleat
adalah gugusan pospor yang berfungsi sebagai pengikat dalam ikatan kovalen antara
molekul gula dan molekul primidin atau purin. Memasuki tahun 1920-an, dengan
pewarna ungu DNA yang khas, yang dikembangkan oleh ahli kimia Jerman, Robert
Feulgen, DNA ditemukan terletak secara ekslusif pada kromosom. Karena itu, DNA
merupakan lokasi yang diharapkan bagi suatu bahan genetik.

Pada tahun yang sama Phoebus Levine dari Institut Rockefeller (seorang ahli
biokimia kelahiran Rusia) mengungkapkan bahwa gula DNA adalah deoksiribosa
(karena itu namanya asam deoksiribonukleat). Penelitian selanjutnya dilakukan oleh
ahli biologi molekuler, James Dewey Watson dan Francis H.C. Crick pada tahun
1953. Hasil penelitian tersebut memperlihatkan bahwa DNA tidak berdiri sendiri
sebagai suatu rantai tunggal melainkan sebagai dua rantai yang saling berpilin,
dengan basa pada rantai yang satu melekat pada basa rantai yang lain. Dengan lain
perkataan, DNA adalah suatu heliks ganda. Teori model ini dikukuhkan dan
disempurnakan oleh M.A.F. Wilkins pada tahun 1961. Oleh karena penemuan ini
mereka bertiga mendapat hadiah nobel pada tahun 1962 dalam kedokteran dan
fisiologi.

Setelah dilakukan penelitian secara terus-menerus maka diketahuilah struktur dan

makromolekul penyususun asam nukleat, yang mana terdiri dari basa nitrogen, gula
pentana dan posfat yang mana ketiga mekromolekul ini kemudian membentuk suatu
struktur asam nukleat yang khas yaitu double helix pada struktur DNA dan single
helix pada struktur RNA.

5
 a. Basa Nitrogen

Struktur asam nuklet terbentuk dari makromolekul basa nitrogen yang

merupakan derivat dari purin dan primidin, disebut dengan sebutan basa dikarenakan
kemampuan makromolekul ini dalam menangkap ion H+ di dalam air walaupun
makromolekul ini tidak dapat melepas ion OH-. Telah diketahui bila basa nitrogen ini
merupakan derivat dari purin dan primidin yang mana basa primidin memiliki derivat
berupa sitosin, timin dan urasil sedangkan pada basa purin memiliki beberapa derivat
yaitu adenin dan guanin.

b. Gula pentosa

6
 Asam nukleat memiliki mekromolekul yang disebut dengan gula pentosa,
dikatakan gula pentosa dikarenakan memiliki atom C yang berjumlah 5 yang mana
dalam asam nukleat terdapat dua macam gula pentana yaitu Ribosa dan Deoksiribosa
yang mana perbedaan terletak pada kelebihan atom O pada atom C nomer dua yang
dimiliki oleh Ribosa.

Keberadaan gula pentosa menentukan struktur rantai asam nukleat yang mana
asam nukleat yang disebut DNA memiliki gula pentosa yaitu Deoxyribosa sedangkan
RNA memiliki gula pentosa berupa Ribosa.

c. Gugus posfat

Gugus posfat dalam rantai asam nukleat berfungsi dalam mdngikat molekul basa
nitrogen dengan gula pentosa dengan ikatan ester. Keberadaan gugus posfat inilah
yang kemudian membentuk struktur berupa rantai asam nukleat

Telah dikatakan bila asam nuklet memiliki 2 jenis basa nitrogen yang mana
basa primidin memiliki derivat berupa sitosin, timin dan urasil sedangkan pada basa
purin memiliki beberapa derivat yaitu adenin dan guanin. Dalam hal ini basa Adenin
selalu berpasangan dengan Timin dan Guanin selalu berpasangan dengan Cytosin.
Keberadaan Urasil pada struktur asam nukleat hanya ditemukan pada RNA sehingga
tidak ditemukan pada DNA. DNA dan RNA memiliki struktur yang berbeda hal ini
dikarenakan DNA memiliki ikata hidrogen pada basa nitrogennya yang mana akan
membentuk 2 ikatan hidrogen ataupun 3 ikatan hidrogen. Ikatan senyawa antara gula
pentosa dan basa nitrogen disebut dengan nukleosida sedangkan satu monomer asam
nukleat yang telah berikatan dengan gugus posfat disebut nukleotida. Dapat diketahui

7
ikatan anatara gula pentosa dengan basa nitrogen terjadi antara atom C nomor satu
pada pentosa dengan atom N nomor 9 pada purin.

Gugus posfat yang berfungsi sebagi pengikat antar molekul sehingga

berbentuk layaknya rantai. Ikatan ini berfungsi untuk mejaga agar makromolekul
tetap terjalin, yang mana ikatan ini menghubungkan atom C nomor 3 pada nukleosida
dengan atom C nomor 5 pada nukleosida lainnya. Dalam hal ini tersisa gugus asam
dari posfat yang kemdian berfungsi dalam ikatan ion dengan protein basa salah
satunya yaitu histon. Histon merupakan protein yang terdapat pada setiap kromosom
yang berpran penting dalam membentuk struktur asam yang berpilin pilin, yang mana
terdapat 8 jenis bentuk dari histon yaitu H2A, H2B, H4 dan H3 yang masing masing
berjumlah 2 pada setiap ikatan posfat pada kumpulan histon ini, disamping itu
terdapat histon dengan tipe H1 yang berada pada area sambungan plinan asam
nukleat dengan pilinan lainnya. Dalam hal ini untai DNA yang dipintal sedemikian
rupa pada histon disebut nekleosom.

8
 Terdapat pemberian nama nukleosida sesuai dengan jenis dari basa yang mana
derivat primidin diberi nama dengan akhiran -idin sedangkan derivat purin diberi penamaan
dengan akhiran –eosin. Pada nukleosida yang mengandung gula deoksiribosa diberi awalan
berupa deoksi-.

Jenis Basa Nitrogen Nama Neukleosida

Gula Ribosa Gula Deoksiribosa
Timin Timidin Deoksitimidin
Sitosin Sitisin Deoksisitidin
Urasil Uridin -
Adenin Adenosin Deoksiadenosin
Guanin Guanosin Dioksiguanosin

Sedangkan penamaan nukleotida diberi akhiran –ilat, bila gula pentosanya

berupa deoksiribosa maka mana awalannya diberi awalan deoksi-.

Jenis Basa Nitrogen Nama Neukleosida

Gula Ribosa Gula Deoksiribosa
Timin Timidilat Deoksitimidilat
Sitosin Sitisilat Deoksisitidilat
Urasil Uridilat -
Adenin Adenilat Deoksiadenilat
Guanin Guanilat Dioksiguanilat

9
 Gugus nukleotida dapat pula memiliki lebih dari satu gugus posfat misalkan
adenosin dipospat (ADN) atau pun adenosin tripospat. Dalam hal ini gugus posfat
memiliki peranan penting utamanya dalam memasok energi dalam sel. kedua ikatan
posfat yang ada di ujung molekul ATP banyak mengandung energi jika ikatan tersebut
lepas maka energinya dapat digunakan untuk melaksanakan kegiatan dalam sel. selain
itu juga keberadaan macam macam gugus posfat ini menentukan berbagai kegiatan
antara lain UTP berperan dalam pembentukan polisakarida, GTP berperan dalam
pembentukan selulosa, ATP dalam pembentukan protein, STP berperan dalam
pembentukan lipid, ATP, GTP, UTP, STP dalam pembentukan RNA dan d-ATP, d-
GTP, d-TTP serta d-STP berperan dalam pembentukan DNA

2.2 Eksperimen Alfred Harsey dan Martha Chase

Pada tahun 1952, Alfred Hershey dan Martha Chase melakukan penelitian atau
eksperimen untuk menunjukkan fakta bahwa DNA merupakan materi genetik.
Eksperimen ini dilakukan karena banyak ilmuwan yang menganggap bahwa protein
merupakan materi genetik. Alfred Hershey dan Martha Chase menggunakan virus

10
bakteriofage T-2 yang menyerang bakteri Escherisia coli serta perunut radioaktif 32P
dan 35S. Partikel virus tersebut mengandung ADN dan protein pembungkus (kapsid).
Virus merupakan organisme paling kecil, reproduksinya dikontrol oleh materi genetik
yang tersimpan dalam asam nukleat. Virus merupakan organisme aseluler parasit
obligat yang hanya mampu bereproduksi di dalam sel inang. Virus sering digunakan
dalam penelitian karena struktur dan komposisi kimia yang sederhana (hanya terdiri
dari protein dan asam nukleat) serta laju reproduksinya sangat cepat. Adapun
langkah-langkah dalam eksperimen Alfred Hershey dan Martha Chase yaitu:

1. Pemberian label secara spesifik.

DNA fage ditumbuhkan dalam medium yang mengandung isotop radiokatif

32
fosfor P. Dalam hal ini, penggunaan isotop radioaktif fosfor karena DNA
mengandung fosfor tetapi tidak mengandung sulfur. Sementara lapisan protein
bakteriofage ditumbuhkan dalam medium yang mengandung isotop radioaktif
35
S. Dalam hal ini, penggunaan isotop radioaktif sulfur karena lapisan protein
mengandung sulfur tetapi tidak mengandung fosfor.

32 35
2. Pencampuran bakteriofage yang telah berlabel P atau S dengan bakteri
Escherisia coli yang tidak berlabel dan dibiarkan beberapa menit.

Pencampuran ini dilakukan agar bakteriofage menginfeksi bakteri Escherisia

coli. Bakteriofage menginfeksi bakteri Escherisia coli dengan cara mengaitkan
ekornya pada dinding bakteri Escherisia coli sehingga terbentuk kompleks
perlekatan antara bakteriofage dengan bakteri Escherisia coli.

3. Kemudian dilakukan blender pada kompleks perlekatan antara bakteriofage

dengan bakteri Escherisia coli. Hal ini bertujuan agar bekteriofage yang
menempel pada dinding Escherisia coli terpisah.

4. Sentrifugasi untuk memperoleh pelet (sedimen) yaitu sel bakteri Escherisia coli
dan supernatan yaitu bakteriofage T-2.

11
 Tingkat radioaktifitas pada masing-masing fraksi diukur. Pada bakteriofage
yang berlabel 32P ditemukan radioaktifitas yang tinggi dalam sel bakteri. Hal ini
mengindikasikan bahwa DNA bakteriofage telah masuk ke dalam sel bakteri.
35
Sementara pada bakteriofage S, material radioaktif lebih banyak ditemukan
pada bakteriofage yang telah mati. Hal ini mengindikasikan bahwa protein
bakteriofage tidak pernah masuk ke dalam sel bakteri Escherisi.a coli.

Berdasarkan eksperimen yang telah dilakukan, mereka mengambil kesimpulan bahwa

ADN yang berasal dari partikel viruslah yang mengendalikan sel bakteri untuk
membentuk partikel-partikel virus baru (identik dengan partikel virus semula).
Penelitian Alfred Hershey dan Martha Chase menunjukkan bahwa ADN berperan
sebagai pembawa informasi genetik.

12
 Pada tahun 1953 terjadi suatu peristiwa penting yaitu ditemukannya struktur
molekul ADN. Molekul tersebut berupa rantai kembar (dupleks) yang bersifat
komplementer dan dapat mangadakan replikasi yaitu membeah menjadi dua bagian
yang sama.

Berdasarkan penemuan di atas, dan penemuan-penemuan selanjutnya

menunjukkan bahwa ADN mempunyai dua fungsi yang jelas yaitu:

1. Sebagai pembawa informasi genetik untuk mengatur fenotipe sel.

Informasi genetik yang terdapat di dalam molekul ADN mula-mula

ditranskripsikan ke dalam molekul ARN dan selanjutnya ARN
menterjemahkannya menjadi asam amino. Asam amino sendiri merupakan
penyusun protein sehingga secara singkat dapat dirumuskan bahwa informasi
genetik ditransfer dari asam nukleat menuju protein.

2. Melaksanakan replikasi sendiri.

Setiap kromosom mengandung sebuah molekul ADN, maka dalam

menggandakan fenotipe sel, ADN berfungsi menyelenggarakan pembelahan
kromosom (dari sebuah kromosom menjadi dua kromosom yang identik).

Tabel

Struktur, Reaksi, serta Peranan ADN dan ARN

(Perbedaan ADN dengan ARN)

Sifat dan Komponen ADN ARN

Lokasi Terutama di dalam Dalam sitoplasma,
nukleus, di dalam nukleolus, dan kromosom
mitokondria, dan
kloroplas
Basa pirimidin Timin Urasil
Basa purin Adenin Adenin

13
 Guanin Guanin
Gula pentosa Deoksiribosa Ribosa
Reaksi sitokimia Feulgen Zat warna basofil dengan
perlakuan ribonuklease
Enzim yang dapat Deoksiribonuklease (DN- Ribonuklease
menguraikan (hidrolisis) ase) (RN-ase)
Peranannya di dalam sel Pembawa informasi Terlibat dalam sintesis
genetik (ADN = gen) protein

2.3 Hukum Ekivalen Chargaff

Seluruh informasi genetik dalam sel disimpan pada sebuah molekul AND dalam
kromosom. Jadi, apa yang selama ini disebut sebagai gen tidak lain adalah ADN.
Sebagai pengecualian yaitu gen pada beberapa partikel virus berupa ARN. Jika
direntangkan, molekul ADN pada bakteri Escherisia coli sekitar 1,4 mm, sedangkan
spada sebuah sel diploid tubuh manusia, panjang molekul ADN mencapai 1,7 m.

Molekul ADN adalah asam nukleat yang terdiri sari empat jenis nukleotida
(dapat dibedakan menurut jenis basa nitrogennya) yaitu adenin (A), timin (T)< sitosin
(S), dan guanin (G). Erwin Chargaff di antara tahun 1949 dan 1955 meneliti susunan
kimia molekul ADN dengan analisis kimia yang cermat dan ia menemukan bahwa:

a. Dalam setiap molekul ADN, jumlah adenin (A) selalu sama dengan jumlah timin
(T), dan jumlah guanin (G) selalu sama dengan jumlah sitosin (S).

b. Jumlah seluruh purin selalu sama dengan jumlah seluruh pirimidin (A+G = T+S).

Kesimpulan di atas dinamakan Hukum Ekivalen Chargaff.

2.4 Struktur Molekul DNA

Struktur molekul DNA ditemukan oleh beberapa ahli yaitu Maurice Wilkins
dan Rosalind Franklin serta Francis Harry Compton Crick dan James Dewey
Watson. Pada tahun 1940 hingga awal tahun 1950-an, percobaan para ilmuwan

14
menyatakan bahwa DNA merupakan bagian dari kromosom yang mengandung
gen sebagai substansi genetika dan dapat menurunkan sifat induk kepada
keturunannya. Sejak penemuan tersebut, banyak ilmuwan yang tertarik untuk
meneliti struktur DNA, termasuk Rosalind Franklin. Rosalind Franklin
merupakan seorang ilmuwan inggris dalam bidang kimia dan crystallographer
sinar X. Keahliannya dalam bidang crystallographer sinar X inilah yang
membantu Rosalind Franklin dalam menemukan struktur molekul DNA bersama
dengan Maurice Wilkins di laboratorium fisika King’s College. Rosalind Franklin
terkenal dengan karyanya pada gambar difraksi sinar-X dari DNA yang dikenal
dengan Photo51. Berdasarkan hasil foto itulah, kedua ilmuwan tersebut
menganalisis struktur molekul DNA.

Gambar 2.5.1 Photo51

Gambar
Disi lain, Francis Harry DNA Crick
Compton menggunakan
seorang Sinar X dalam bidang fisika
ilmuwan
dan crystallographer sinar X serta James Dewey Watson seorang ilmuwan dalam
bidang genetika virus dan bakteri juga meneliti struktur molekul DNA di
laboratorium kimia Cambridge University. Hasil penelitian kedua ilmuwan
tersebut membuahkan hasil ketika melihat Photo51 dari Maurice Wilkins tanpa
sepengetahuan Rosalind Franklin. Berdasarkan hasil analisis dari Photo51
tersebut, Crick dan Watson menyatakan jika “struktur molekul DNA adalah
double helix atau spiral ganda yang berpilin. Spiral ganda berpilin itu merupakan
susunan dari kode-kode gen yang disebut dengan Adenine (A), Thymine (T),
Guanine (G), dan Cytosine (C)”. Hasil penemuannya tersebut segera
dipublikasikan dan diketahui oleh publik pada tahun 1953, sementara Rosalind

15
Franklin dan Maurice Wilkins sedang merevisi artikel ilmiahnya. Oleh karena itu,
penemu struktur molekul DNA yang dikenal hingga saat ini adalah Francis Crick
dan James D.Watson. Terdapat beberapa isu dan konflik yang menyertai
penemuan penting dalam bidang genetika ini. Salah satunya yaitu ilmuwan wanita
tidak berhak untuk mempublikasikan hasil penemuannya pada saat tersebut dan
Rosalind Franklin meninggal karena kanker rahim pada usia 37 tahun sebelum
mendapatkan apresiasi atas hasil kerja kerasnya dalam menemukan struktur
molekul DNA. Sehingga, penghargaan Nobel dalam bidang Physiology or
Medicine hanya diberikan kepada Maurice Wilkins, Francis Crick, dan James
D.Watson pada tahun 1962.
Secara garis besar, kesimpulan beberapa ilmuwan tersebut mengenai struktur
molekul DNA adalah sebagai berikut (Suwirna, 2001) :
1. Setiap molekul DNA terdiri atas dua rantai (strand) polinukleotida yang
membentuk double helix yang mengelilingi sumbu pusat. Rantai DNA
juga sering disebut dengan DNA dupleks karena strukturnya tersebut.
Adapun diameter antara rantai atau heliks sebesar 20 Angstrom. Dikatakan
sebagai rantai polinukleotida dikarenakan rantai DNA terdiri atas ratusan
hingga ribuan nukleotida. Satu nukleotida terdiri atas gugus fosfat, gula
deoksiribosa, dan basa nitrogen.

Gambar 2.5.2 Struktur Molekul DNA

2. Kedua rantai berjalan anti parallel, artinya ikatan ester fosfat pada atom C
nomor 5’ dan pada atom C nomor 3’ berjalan kea rah yang berlawanan.

16
3. Basa-basa nitrogen pada rantai DNA terletak di sebelah dalam heliks dan
letaknya tegak lurus pada sumbu pusat. Rantai bagian luar terdiri atas
rangkaian deoksiribosa dan fosfat yang terletak secara berselang-seling.
4. Kedua rantai polinukleotida satu sama lain dihubungkan dengan ikatan
hidrogen dengan perantara basa-basa nitrogen. Basa nitrogen penyusun
DNA terdiri atas dua jenis yaitu basa purin yang terdiri atas Adenin (A)
dan Guanin (G) serta basa pirimidin yang terdiri atas Timin (T) dan
Sitosin (C). Pasangan basa nitrogen yang dapat dihubungkan dengan
ikatan hidrogen bersifat khusus, artinya basa pirimidin hanya akan
berpasangan dengan basa purin. Hal ini dikarenakan perbedaan struktur
dari kedua jenis basa nitrogen. Basa pirimidin merupakan jenis basa
nitrogen yang terdiri dari satu cincin atom, sedangkan basa purin terdiri
atas dua cincin atom. Untuk menjaga keseragaman jarak antara dua rantai,
maka basa purin harus berpasangan dengan basa pirimidin begitu pula
sebaliknya. Jika basa purin dapat berpasangan dengan basa purin lainnya
dan basa pirimidin dapat berpasangan dengan basa pirimidin lainnya maka
akan ada cincin ganda yang berikatan dengan cincin ganda atau cincin
tunggal berikatan dengan cincin tunggal. Hal tersebut tentu menyebabkan
jarak antar dua rantai menjadi tidak seragam akibatnya struktur molekul
DNA menjadi tidak stabil. Tidak hanya itu, pasangan antar basa juga tidak
sembarangan. Basa pirimidin sitosin (C) hanya akan berpasangan dengan
guanine (G) yang dihubungkan dengan tiga ikatan hidrogen dan basa
pirimidin timin (T) hanya akan berpasangan dengan adenine (A) yang
dihubungkan dengan dua ikatan hidrogen. Seperti yang telah diketahui,
ikatan hidrogen hanya akan terjadi jika suatu molekul memiliki atom N,
O, F dengan pasangan electron bebas sehingga dapat berikatan dengan H
dari molekul lain. Dilihat dari struktur kimianya, sitosin (C) memiliki satu
atom H bebas dengan atom N dan O yang memiliki pasangan elektron
bebas, sedangkan guanine (G) memiliki dua atom H bebas dengan satu
atom O yang memiliki pasangan elektron bebas sehingga dapat

17
 membentuk ikatan hidrogen yang stabil. Begitu pula dengan molekul
adenine (A) dengan satu atom H bebas dan satu atom N yang memiliki
pasangan elektron bebas, sedangkan timin (T) memiliki satu atom H bebas
dan atom O yang memiliki pasangan elektron bebas sehingga dapat
membentuk ikatan hidrogen yang stabil pula.

Gambar 2.5.3 Ikatan Hidrogen Basa Adenin dan Timin

Gambar 2.5.3 Ikatan Hidrogen Basa Guanine dan Sitosin

5. Di dalam suatu molekul DNA, urutan nukleotida pada rantai yang satu
tidak dapat ditentukan, tetapi harus komplementer dengan urutan
nukleotida pada rantai pasangannya.

Rantai 1 (5’) T G S A G T (3’)

Rantai 2 (3’) A S G T S A (5’)

Dalam setiap jarak 34 Angstrom, double helix membuat satu putaran lengkap.
Karena jarak antara dua monomer nukleotida 3,4 Angstrom, maka setiap putaran
lengkap terdiri atas 10 nukleotida.

18
2.5 Denaturasi dan Renaturasi Molekul DNA
Seperti yang sudah disampaikan dalam sub bab sebelumnya, dua rantai
molekul DNA dihubungkan dengan ikatan hidrogen antar basa nitrogen. Tidak
seperti ikatan kovalen dan ikatan ion, ikatan hidrogen bersifat lemah. Sehingga,
dengan perlakukan berupa proses pemanasan atau pemberian alkali yang kuat
dapat menyebabkan putusnya ikatan hidrogen dan terpisahnya dua rantai DNA.
Peristiwa terlepasnya rantai DNA menjadi rantai tunggal disebut dengan
denaturasi (Suwirna, 2001). Dalam proses pemanasan, suhu yang diperlukan
untuk mendenaturasi DNA yaitu berkisar antara 95-97oC dengan waktu 30 detik
jika menggunakan suhu 95 oC dan 15 detik jika menggunakan suhu 97 oC (Zein
dan Prawiradilaga, 2013). Hal lain yang perlu diperhatikan dalam proses
denaturasi DNA terutama dalam penggunaan suhu tinggi adalah kandungan basa
nitrogennya. Semakin banyak kandungan Guanine (G) dan Sitosin (C) pada DNA
tersebut maka akan semakin tinggi suhu yang diperlukan serta waktu yang lebih
lama dibandingkan jika DNA tersebut lebih banyak mengandung Adenine (A) dan
Timin (T). Hal ini dikarenakan struktur Guanine (G) dan Sitosin (C) yang
dihubungkan dengan tiga ikatan hidrogen sehingga jauh lebih kuat dan stabil
ikatannya dibandingkan dengan Adenine (A) dan Timin (T) yang hanya
dihubungkan dengan dua ikatan hidrogen (Zein, 2014). Adapun cara lain yang
dapat dilakukan untuk mendenaturasi DNA adalah dengan memberikan zat kimia.
Pengaruh pemberian alkali pada asam nukleat dapat menyebabkan perubahan
struktur dari basa nitrogen. Contohnya saja struktur Guanine (G) yang akan
berubah bentuk menjadi enolat karena molekul guanine akan kehilangan proton
jika terjadi perubahan pH. Perubahan struktur tersebut tentu akan menyebabkan
putusnya ikatan hidrogen sehingga akan terjadi denaturasi DNA. Zat kimia yang
dapat digunakan dalam proses denaturasi DNA antara lain urea (CO(NH 2)2) dan
formamid (COHNH2).
Sifat denaturasi pada DNA bersifat reversible, artinya struktur DNA yang
sudah terlepas dapat disatukan kembali. Jika larutan yang mengandung molekul
DNA didinginkan atau dinetralisir secara perlahan maka pasangan-pasangan basa

19
 nitrogen akan terbentuk kembali. Proses tersebut disebut dengan renaturasi.
Konsep renaturasi DNA yang diperkenalkan pertama kali oleh J. Marmur pada
tahun 1963 ini memiliki arti penting dalam biologi molekuler. Peranan penting
tersebut antara lain (Suwirna, 2001) :
1. Lamanya proses renaturasi dapat digunakan untuk mengetahui banyaknya
seluruh molekul DNA pada suatu organisme. Semakin banyak molekul
DNA yang dimiliki oleh suatu organisme maka waktu yang diperlukan
dalam proses renaturasi tentu akan semakin lama.
2. Rantai DNA tunggal dapat membentuk molekul hibrid dengan rantai DNA
tunggal yang berasal dari spesies lain. Kemampuan tersebut dapat
digunakan untuk mengetahui hubungan kekerabatan antar spesies, karena
semakin dekat hubungan kekerabatan dari dua spesies maka akan semakin
banyak persamaan yang ditemukan pada molekul DNA.
3. Rantai DNA tunggal tidak hanya dapat membentuk molekul hibrid dengan
sesame rantai DNA tunggal, tetapi juga dengan rantai RNA. Namun dalam
molekul hibrid tersebut, Adenine (A) akan berpasangan dengan Urasil (U)
karena tidak adanya basa Timin (T) pada RNA.

2.6 Ukuran Molekul DNA

Untuk mengetahui ukuran dari Molekul DNA, Molekul DNA
mempunyai muatan istrik l negatif, sehingga bila ditempatkan pada medan
listrik akan bermigrasi menuju kutub positif. Tetapi kebanyakan molekul DNA
mempunyai bentuk dan muatan listrik yang hampir sama sehingga fragmen-
fragmen dengan ukuran yang berbeda tidak terpisahkan oleh elektroforesis
biasa. Tetapi ukuran molekul DNA merupakan suatu faktor pemisahan jika
elektroforesis dikerjakan dalam suatu gel. Gel yang dibuat dari agarosa,
poliakrilamid atau campuran keduanya akan membentuk kerangka pori-pori
yang kompleks untuk dilewati molekul DNA menuju elektroda positif. Makin
kecil molekul DNA makin cepat migrasinya melewati gel, sehingga molekul
DNA akan terpisah berdasarkan ukurannya.
Gel agarosa dan poliakrilamid dapat dibuat dengan berbagai bentuk,
ukuran, porositas serta dijalankan dalam berbagai konfigurasi. Kemampuan

20
pemisahan gel agarosa lebih rendah rdibanding gel poliakrilamid tetapi
penanganannya lebih mudah. Selain itu DNA yang berukuran sekitar 2 pb
sampai 50 pb dapat dipisahkan dalam berbagai konsentrasi gel agarosa.
1. Penampakan Molekul DNA dalam Gel
Letak DNA pada gel dapat dilihat melalui pewarnaan gel dengan senyawa
etidium bromida. Pewarnaan ini menghasilkan pita-pita yang paling tidak
mengandung 1-10 ng DNA, yang dapat dideteksi di bawah cahaya UV.
Etidium bromida merupakan zat warna berfluorosensi yang dapat terikat
diantara pasangan basa dan membuat molekul DNA lebih kaku. Ikatan yang
terbentuk akan meningkatkan intensitas fluorosensi dari zat warna bebasnya.
2. Perkiraan Ukuran Molekul DNA
Elektroforesis gel akan memisahkan molekul DNA dengan ukuran yang
berbeda, yaitu molekul yang paling kecil akan melewati jarak yang paling
besar menuju elektroda positif. Jika ada beberapa fragmen DNA dengan
ukuran berbeda, maka tampak rangkaian pita-pita pada gel. Ukuran DNA hasil
elektroforesis gel dapat diperkirakan dengan menggunakan marka DNA yang
telah diketahui ukurannya.
Cara yang paling akurat untuk menentukan ukuran fragmen-fragmen
tersebut adalah melalui hubungan matematik antara kecepatan migrasi dan
ukuran pasangan basa. Persamaannya adalah sebagai berikut :
Log pb = bx + a
dimana x adalah jarak migrasi, pb adalah jumlah pasangan basa, a serta b
adalah konstanta yang tergantung pada kondisi elektroforesis (Sambrook, et
al. dalam T. Milanda, 1994).

21
 Molekul DNA yaitu berupa heliks kembar (double helix), molekul
AND panjang dan tidak bercabang pada sel seleukaryotik molekul DNA
berbentuk linear dan bersenyawa dengan protein pada sel sel prokartiyotik
molekul DNA tidak bersenyawa dengan protein sedangkan bentukna
melingkar.
Pada molekul yang sederhana memerlukan mlekul DNA yang Banyak,
kromoson yang sederhana misalnya yang terdapat ada partikel virus polyoma
yang panjangnya sekitar 5 gen, mempunyai molekul DNA yang panjangnya
sekitar 1,7 mikrometer. Kromoson bakteri Escherechi coli yang panjangnya
sati millimeter (1000 kali panjang selnya) mengandung molekul DNA yang
terdiri pasangan basa nitrogen, jika diasumsikan bahwa 1000 pasangan basa
sama dengan panjang satu gen maka dapat diperkirakan bahwa pada
kromoson bakteri terdapat 4000 gen.

2.7 Replikasi DNA

Replikasi DNA adalah proses di mana sebuah molekul DNA asli
menghasilkan dua salinan identik DNA. Replikasi DNA adalah proses

22
biologis yang terjadi pada semua organisme hidup. Replikasi DNA merupakan
dasar untuk pewarisan. DNA terbuat dari dua helai dan setiap helai sel induk
bertindak sebagai template untuk produksi untai komplementer. Proses ini
dikenal sebagai replikasi semi-konservatif DNA.
a. Proses DNA Replikasi
Mekanisme replikasi DNA terjadi dalam tiga langkah terkoordinasi yang
dikatalisasi secara enzimatis. Langkah-langkah replikasi DNA adalah sebagai
berikut:
1. Inisiasi: Proses replikasi dimulai pada titik tertentu dari DNA yang
dikenal sebagai “asal” yang dikatalisis oleh protein inisiator. Urutan asal
adalah A – T. Di lokasi situs asal protein inisiator membentuk kompleks
pra-replikasi yang membuka ritsleting DNA untai ganda.
2. Elongasi: Pemanjangan atau Elongasi molekul DNA adalah
menambahkan sedikit asam amino pada rantai protein yang sedang
tumbuh. Sintesis leading strand dimulai dengan dengan sintesis RNA
primer dengan primase di lokasi asal. Urutan nukleotida yang
ditambahkan ke primer oleh enzim DNA polimerase III arah 5 ‘ke 3’.
3. Garpu Replikasi Replikasi garpu adalah struktur selama replikasi DNA.
Garpu Replikasi diciptakan oleh enzim helikase yang memutus ikatan
hidrogen yang memegang untai DNA bersama-sama. Helai ini berfungsi
sebagai template untuk leading strand dan lagging strand. Leading Strand
adalah untai DNA berkembang yang disintesis dalam arah yang sama
dengan garpu replikasi. Enzim polimerase membaca template Leading
Strand dan hal itu menambah nukleotida untuk melengkapi untai yang
berkembang terus menerus. Lagging Strand adalah untai DNA
berkembang yang disintesis berlawanan dengan arah garpu replikasi.
Replikasi Lagging Strand lebih rumit daripada Strand Leading. Lagging
strand disintesis dalam segmen singkat dikenal sebagai fragmen Okazaki.
Dalam Lagging strand, template DNA memulai sintesis RNA primer

23
 singkat. Primer RNA kemudian dihapus dan diganti dengan fragmen DNA
dan bergabung bersama oleh DNA ligase
4. Terminasi: Terminasi replikasi DNA selesai oleh protein terminasi..
b. Macam- macam replikasi DNA
Watson dan Crick telah mengusulkan bahwa untuk menggandakan
dirinya, DNA harus membuka ke pusat, semacam seperti ritsleting akan
terpisah, sehingga untai DNA baru bisa dibangun di atas helai terbuka.
Mengikuti aturan bebas pemasangan basa, adenin akan berpasangan
dengan timin, dan sitosin akan berpasangan dengan guanin. Ide ini
disebut model template (cetakan), karena salah satu untai DNA berfungsi
sebagai cetakan untuk yang baru.

Watson dan Crick menduga bahwa model ini akan menghasilkan dua untai
ganda DNA baru, masing-masing dengan satu helai induk (atau template)
DNA dan satu untai DNA anak (atau yang baru disintesis) . Mereka
menyebut model semi-konservatif, karena setengah dari DNA induk itu
dilestarikan di setiap molekul DNA baru.

24
 Model Replikasi DNA
Para ilmuwan melihat DNA heliks ganda dan bertanya-tanya bagaimana di
dunia ini mungkin bisa membuka diri tanpa menjadi kusut atau terkoyak.
Jadi mereka pikir beberapa ide lain tentang bagaimana replikasi DNA
bekerja. Salah satu hipotesis, disebut model dispersif, menyarankan
bahwa DNA hanya disalin menjadi potongan pendek pada suatu waktu,
menghasilkan untai baru yang berganti-ganti induk dan anak DNA. Ide
lain, yang disebut model konservatif, berpendapat bahwa DNA tidak
terbelah sama sekali, tapi entah bagaimana untaian induk terus utuh sambil
membuat salinan sama sekali baru dan terpisah.

c. Enzim Replikasi DNA

DNA polimerase adalah enzim yang melakukan segala bentuk
replikasi DNA. DNA polimerase tidak memulai proses sintesis untai baru.
Mereka memperpanjang untai DNA atau RNA yang ada yang dipasangkan
dengan untai cetakan. DNA Polimerase juga memainkan peran penting
dalam proses-proses lain dalam sel seperti perbaikan DNA, rekombinasi
genetik, transkripsi terbalik dan lain-lain. Enzim ini juga digunakan di
laboratorium biologi molekuler di PCR, sekuensing DNA dan teknik
kloning molekuler.
Sehubungan dengan replikasi DNA, DNA polimerase menambahkan
basa nukleotida pada satu untai tunggal membuatnya menjadi DNA untai

25
 ganda. Enzim ini menambahkan nukleotida bebas di ujung untai 3′ cetakan
yang menghasilkan formasi untai baru dalam arah 5′-3′. DNA polimerase
bergerak sepanjang untai template dalam arah 3′-5 ‘ dan untai anak yang
terbentuk dalam arah 5′-3’. Hal ini menyebabkan pembentukan DNA
antiparalel beruntai ganda untuk satu sama lain.

2.8 Sintesis molekul ADN

Bahan penyusun (building block) molekul ADN adalah molekul
deoksiribonukleotida yang berasal dari penguraian diPospat dan tripospat. Dalam
tahun 1950 Arthur Konberg berhasil menemukan enzim DNA-polimerase yang
bekerja sebagai biokatalisator dalam replikasi dan penyusunan molekul AND. Ia juga
telah berhasil membuktikan bahwa Enzim polimerase dapat bekerja in Vitro untuk
menyusun molekul ADN . Ia melaksanakan percobaan dengan suatu sistem bebas sel-
(Cell free system) dengan bahan-bahan yang diambil dari bakteri escherichia colli
yaitu :
a. 4 nukleotida komponen ADN ( d-ATP, d-GTP, d-STP, dan d-TTP)
b. Enzim ADN polimerase
c. Beberapa ATP sebagai sumber energi dalam proses sintesis
d. Beberapa fragmen molekul ADN sebagai pencetak primer
Dengan sistem tersebut konbeg berhasil memperoleh ADN baru. Jumlah molekul
ADN pada akhir percobaan dapat mencapai 20 kali jumlah molekul masukan.
Berdasarkan atas hasil penelitian dan penelitian yang lain kini telah diketahui bahwa :
1. Dalam replikasi ADN dan sintesis ADN diperlukan enzim ADN-polimerase
2. Enzim DNA polimerase baru dapat berfungsi menyusun molekul ADN, baik
pada sel-sel prokariotik maupun pada sel sel eukariotik, jika :
a. Ada molekul ADN sebagai primer atau pencetak pada sel-sel yang
hidup.
b. Tersedia 4 jenis nukleotida yang merupakan komponen ADN yaitu, d-
ATP, d-TTP, d-GTP, dan d-STP.

26
 Pada waktu replikasi kedua rantai polinukleotida pada Helix kembar terbuka
dari pilinannya sehingga terbentuk gambaran seperti huruf Y. Penyusunan rantai
polinukleotida yang baru berlangsung sepotong demi sepotong sehingga terbentuk
beberapa segmen. Segmen-segmen tersebut akhirnya dihubungkan oleh enzim ligase,
enzim penghubung ADN sehingga menjadi rantai polinukleotida yang utuh.
Segmen ADN yang pendek-pendek mula-mula ditentukan oleh Okazaki pada
tahun 1966 sehingga dinamai fragmen Okazaki. Setelah bakteri diberi 3H-timidin
selama beberapa detik, ia menemukan sejumlah fragmen ADN yang berlabel
radioaktif yang masing-masing terdiri atas 100 sampai 2000 nukleotida. Pada sel sel
eukariotik fragmen Okazaki terdiri atas 200 nukleotida. Untuk memulai pembentukan
fragmen Okazaki diperlukan segmen ARN sebagai primer pencetak. Setelah
pembentukan fragmen selesai, segmen ARN dilepaskan dengan enzim yang khusus
dan celah-celah yang ada di isi oleh ADN polymerase. Fragmen-fragmen Okazaki
yang satu dengan yang lain akhirnya dihubungkan oleh ADN ligase.
Beberapa bagian molekul ADN pada bakteri dan sel-sel mamalia dapat rusak
karena sinar ultraviolet atau radiasi. Bagian yang rusak tersebut dihilangkan dan
diganti dengan fragmen yang baru yang disusun seperti tersebut di atas dengan
bantuan enzim ligase.

2.9 Asam Ribonukleat

Pada dasarnya struktur molekul ARN serupa dengan molekul AND, hanya
saja pada molekul ARN gula pentosa nya berupa ribosa sedangkan timin diganti oleh
urasil. Komposisi basa pada molekul ARN tidak mengikuti hukum ekivalen chargaff
karena molekul ARN hanya terdiri atas satu rantai polinukleotida. Molekul RNA ada
3 jenis yaitu, ARN-duta, ARN-pemindah, dan ARN-ribosom. Ketiga jenis ARN
tersebut terlibat dalam sintesis protein dengan tugas pokok sebagai berikut :
a. ARN-duta membawa informasi genetik ke ribosom dalam bentuk kondom
untuk menerima urutan asam amino dalam rantai polipeptida yang akan
dibentuk

27
b. ARN-pemindah mengidentifikasikan asam amino sesuai dengan informasi
genetik yang dibawa oleh RNA-duta dan kemudian mengangkut
memindahkan ke ribosom
c. ARN-ribosom merupakan komponen unit-unit ribosom, jumlah massa nya ada
50% dari massa ribosom seperti telah diuraikan dimuka ribosom adalah
tempat berlangsungnya sintesis protein

28
 BAB III
SIMPULAN DAN SARAN

3.1 Simpulan
Berdasarkan pembahasan diatas, simpulan makalah ini adalah sebagai berikut :
1. Struktur asam nukleat terdiri atas tiga komponen, yaitu basa nitrogen, gula
pentosa, dan gugusan fosfat.
2. Struktur, raksi, dan peranan DNA dan RNA dalam sel berbeda, yaitu dari segi
lokasi, basa pirimidin, gula pentosa, reaksi sitokimia, enzim yang dapat
menguraikan, serta dari segi peranan.
3. Hukum ekivalen chargaff yaitu dalam setiap molekul DNA jumlah adenine
(A) selalu sama dengan jumlah timin (T), dan jumlah guanine (G) selalu sama
dengan jumlah sitosin (C) dan jumlah seluruh purin selalu sama dengan
jumlah seluruh pirimidin (A+G = T+S)
4. Struktur molekul DNA adalah double helix atau rantai ganda yang
dihubungkan dengan ikatan hidrogen antara basa nitrogen.
5. Denaturasi dan renaturasi DNA merupakan peristiwa terlepasnya dan
bergabungnya kembali rantai ganda DNA yang dipengaruhi oleh beberapa
faktor seperti suhu dan pH (derajat keasaman).
6. Ukuran molekul DNA berbeda-beda tergantung pada organisme, seperti virus
polyoma yang memiliki panjang 1,7 mikrometer, bakteri Escherichia coli
dengan panjang 1360 mikrometer, ragi dengan panjang 4800 mikrometer,
Drosophila melanogaster dengan panjang 56000 mikrometer, Homo sapiens
dengan panjang 990.000 mikrometer, dan Dipnoi Afrika Selatan dengan
panjang 34.700.000 mikrometer.
7. Replikasi DNA berlangsung secara semikonservatif.
8. Dalam sintesis molekul DNA diperlukan adanya enzim DNA-polimerase yang
baru dapat berfungsi menyusun molekul DNA jika ada molekul DNA sebagai
pencetak dan tersedia 4 jenis nukleotida yang merupakan komponen DNA.

29
 9. Asam ribonukleat merupakan asam nukleat dengan komposisi yang hampir
serupa namun terdapat perbedaan pada gula pentose yang berupa gula ribosa
dan basa pirimidin yang terdiri atas sitosin (C) dan timin (T), dengan tiga jenis
yaitu RNA duta, RNA transfer, dan RNA ribosa.

3.2 Saran
Adapun saran yang dapat penulis sampaikan yaitu agar pembaca dapat
meningkatkan pemahaman dan wawasannya kembali secara lebih mendalam
mengenai struktur asam nukleat baik asam deoksiribonukleat (DNA) dan asam
ribonukleat (RNA) termasuk peranannya dalam suatu organisme.

30