Mekanisme Dasar Replikasi

Oleh :

NAMA : WINDAH ANUGRAH SUBAIDAH

NIM : P2500214016

PROGRAM MAGISTER FARMASI

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS HASANUDDIN
2015
 BAB I

PENDAHULUAN

Gen adalah unit hereditas suatu organisme hidup. Gen ini dikode

dalam materi genetis organisme yang dikenal sebagai DNA, atau RNA pada

beberapa virus. Komposisi gen atau DNA adalah daerah pengkode (ekson

dan intron) yang mengkode RNA atau protein ditambah sekuens

pengaturan (regulatory sequence), termasuk promotor yang menginisiasi

terjadinya transkripsi, daerah yang mengaktifkan / menginaktifkan ekspresi

gen (enhancer/silencer) yang menentukan tinggi rendahnya aktivitas

transkripsi, area poliadenilasi di ujung-3, tempat pemotongan (splacing

site), seperti sinyal terminasi transkripsi. (1)

Molekul DNA membawa informasi hereditas dari sel. DNA dapat

menentukan sifat genetik suatu individu karena setiap makhluk hidup

mempunyai urutan pasangan basa yang spesifik dan berbeda dengan yang

lain. Perbedaan urutan pasangan basa antarindividu dapat dilihat pada saat

sequence (proses pengurutan basa) dalam analisis DNA. (1)

Bahan genetik yang ada pada setiap jasad akan mengalami proses

perbanyakan sebagai salah satu tahapan sangat penting dalam proses

pertumbuhan sel atau perbanyakan partikel virus. Proses perbanyakan

bahan genetik dikenal sebagai proses replikasi. Studi awal mengenai

proses perbanyakan bahan genetik dilakukan pada jasad yang genomnnya

berupa molekul DNA. Meskipun demikian, perlu diingat bahwa jasad

tertentu, khususnya virus tertentu, genomnya berupa molekul RNA. Genom

yang berupa molekul RNA ini juga akan direplikasi meskipun dengan

melalui tahapan yang sedikit berbeda dibanding dengan replikasi genom

yang berupa molekul DNA.(4)

Replikasi bahan genetik dapat dikatakan sebagai proses yang

mengawali pertumbuhan sel. Sel mempunyai mekanisme replikasi bahan

genetik yang dilengkapi dengan sistem penyunting (editing) yang sangat

akurat sehingga bahan genetik yang diturunkan kepada sel anakan

(progeny) mempunyai komposisi yang sangat identic dengan komposisi

bahan genetik sel induk. Replikasi bahan genetik diikuti oleh pembentukan

sel-sel anakan yang membawa duplikat bahan genetik hasil replikasi. Oleh

karena itu kesalahan dalam proses replikasi bahan genetik dapat

mengakibatkan perubahan pada sifat-sifat sel anakan. (2) Dalam makalah

ini akan dijelaskan bagaimana DNA melakukan replikasi.

 BAB II

PEMBAHASAN

1. Struktur DNA

Untuk mengetahui tentang mekanisme dasar dari replikasi maka kita

perlu mengetahui terlebih dahulu struktur DNA. Studi tentang DNA

(deoxyribonucleic acid ) pertama kali dilakukan oleh Friedrich Miescher dari

Jerman yang mengisolasi inti dari sel darah putih pada tahun 1869.

Miescher menemukan bahwa di dalam inti sel tersebut terdapat senyawa

yang mengandung fosfat yang kemudian dinamakan nuklein. Kemudian

bukti bahwa DNA merupakan bahan yang menyebabkan terjadinya proses

transformasi pada S. pneumoniae ditunjukkan oleh eksperimen yang

dilakukan oleh Oswald Avery, Colin MacLeod dan Mackyn McCrty pada

tahun 1944. Mereka melakukan eksperimen serupa dengan yang dilakukan

oleh Griffith, namun mereka melakukan pengujian lebih lanjut terhadap

senyawa yang menyebabkan transformasi S. pneumoniae. (1)

Struktur molekul DNA pertama kali diungkapkan oleh James Watson

dan Francis Crick pada tahun 1953 berdasarkan atas foto difraksi sinar-X

yang dibuat oleh Rosalind Franklin dan Maurice Wilkins. Berdasarkan atas

data kimia dan fisik, Watson dan Crick membuat model struktur DNA yang

disebut untai ganda (double helix).(3)

 DNA terdiri dari empat deoxyribonucleosides [purine (adenine atau

guanine) dan pyrimidine (cytosine atau thymine) basa +deoxyribose] yang

tersusun dalam rangkaian dengan ikatan phosphodiester yang

menghubungkan antara 5-karbon pada deoxiribose pada salah satu

nucleoside ke 3-karbon pada deoxyribose dari nukleosida yang

berdekatan. (4)

Gambar 1. Struktur adenine, thymine, guanine dan cytosine

Basa purin dan pirimidin berbentuk planar yang berpasangan satu

dengan yang lainnya melalui ikatan hydrogen. Pasangan basa tersusun

parallel satu dengan yang lain dan tegaklurus terhadap struktur

fosfodiester.(4)
 Gambar 2. Representatif dari strand asam nukletida. Disini
ditunjukkan bahwa strand tunggal DNA mengandung basa yakni cytosine
(C), Adenine (A) dan Guanine (G). (a) struktur kimia menunjukkan grup
hidroksi pada ujung 3 dan grup fosfotpada ujung 5. Dikatan juga pahwa
dua ikatan phosphodiester berikatan seara tegak lurus: dua ikatan ini
biasanya disebutsebagai ikatan phosphodiester. (b) pada stick diatas,
gula mengindikasikan pada garis vertical dan iktan phosphodiester sebagai
garis miring: basa ditunjukkan oleh huruf awalan yang disingkat.
Direpresentatifkan secara sederhana pada gambar berikutnya.
Strand asam nukleit tunggal mempunyai backbone/ kerangka yang

terdiri dari pentose-phosphate dimana basa purin dan pirimidin sebagai side

group. Seperti polypeptide, asam nukleat mempunyai ujung-ujung kimia

yakni: ujung 5 merupakan hydroxyl atau phosphate pada karbon 5 pada

sambungan gulanya. Hubungan kimia antara nukleotida yang berdekatan,

biasa disebut ikatan phosphodiester, terdiri dari 2 ikatan phosphoester, satu

pada bagian 5phosphate dan yang lainnya pada sisi 3. (3)

 DNA terdiri dari dua untaian polynucleotide yang berikat bersama

membentuk double helix. Kerangka gula deosiribosa dan fosfat yang

menyusun DNA terletak di bagian luar molekul, sedangkan basa purin dan

pirimidin terletak di dalam untaian (helix). Basa-basa purin dan pirimidin

yang berpasangan terletak pada bidang datar yang sama dan tegak lurus

terhadap aksis untaian DNA. Kedua rantai mempunyai orientasi yang

berlawanan (antiparalel): rantai yang satu mempunyai orientasi 5 3,

sedangkan rantai yang lain berorientasi 3 5. Kedua rantai tersebut

berikatan dengan adanya ikatan hidrogen antara basa adenine (A) dengan

thymine (T), dan antara guanine (G) dengan cytosine (C). Ikatan antara A-

T berupa dua ikatan hidrogen, sedangkan antara G-C berupa tiga ikatan

hidrogen sehingga ikatan G-C lebih kuat. Adanya ribuan ikatan hydrogen

pada molekul DNA menyebabkan kuat dan stabilnya ikatan double helix.(2)
Gambar 3. DNA double helix. (a) model space-filling DNA B merupakan
bentuk DNA yang paling umum terdapat didalam sel. Basa (merah)
memutar kedalam dari kerangka fosfat-gula (merahgelap dan biru), tetapi
lekukannya dapat diakses baik lekukan besar maupun lekukan kecil. Arah
panah menunjukkan 5 3 sebagai arah dari untaian tersebut. Ikatan
hydrogen antara basa tersebut pada pusat struktur. Lekukan besar dan
kecil merupakan potensial penerima dan pemberi hydrogen. (b) Struktur
kima DNA double helix. Skema ini menunjukkan kerangka gula fosfat dan
iakatn hydrogen dari basa Watson-crick.
2. Mekanisme Dasar Replikasi

Bahan genetik yang ada pada setiap jasad akan mengalami proses

perbanyakan sebagai salah satu tahapan sangat penting dalam proses

pertumbuhan sel atau perbanyakan partikel virus. Proses perbanyakan

bahan genetik dikenal sebagai proses replikasi. Studi awal mengenai

proses perbanyakan bahan genetik dilakukan pada jasad yang genomnnya

berupa molekul DNA. Meskipun demikian, perlu diingat bahwa jasad

tertentu, khususnya virus tertentu, genomnya berupa molekul RNA. Genom

yang berupa molekul RNA ini juga akan direplikasi meskipun dengan

melalui tahapan yang sedikit berbeda disbanding dengan replikasi genom

yang berupa molekul DNA.(2)

Replikasi bahan genetik dapat dikatakan sebagai proses yang

mengawali pertumbuhan sel, meskipun sebenarnya pertumbuhan

merupakan suatu resultan banyak proses yang berkaitan satu sama lain.

Sel mempunyai mekanisme replikasi bahan genetik yang dilengkapi dengan

sistem penyunting (editing) yang sangat akurat sehingga bahan genetik

yang diturunkan kepada sel anakan (progeny) mempunyai komposisi yang

sangat identic dengan komposisi bahan genetik sel induk. Replikasi bahan

genetik diikuti oleh pembentukan sel-sel anakan yang membawa duplikat

bahan genetik hasil replikasi. Oleh karena itu kesalahan dalam proses

replikasi bahan genetik dapat mengakibatkan perubahan pada sifat-sifat sel

anakan.(2)

Mekanisme replikasi bahan genetik sangat kompleks dan melibatkan

banyak protein yang masing-masing mempunyai peran spesifik. Protein-

protein yang terlibat dalam proses replikasi bahan genetik dikode oleh gen-

gen yang terdapat di dalam bahan genetik itu sendiri. Oleh karena itu, ada

kaitan fungsional yang sangat erat dan tidak terpisahkann antara proses

replikasi bahan genetik dengan proses ekspresi genetik dan metabolisme

sel secara keseluruhan. Hambatan yang terjadi pada proses metabolisme,

misalnya penghambatan induksi energi dapat pula mempengaruhi proses

replikasi karena replikasi juga memerlukan pasukan energi. Secara umum,

replikasi bahan genetik merupakan proses pengkopian rangkaian molekul

bahan genetik (DNA atau RNA) sehingga dihasilkan molekul anakan yang

sangat identic. Meskipun konsep dasar replikasi antara struktur bahan

genetik yang satu dengan yang lainnya adalah serupa, namun diketahui

ada banyak perbedaan dalam hal mekanisme replikasi rinci yang berbeda

dalam hal mekanisme rincinya. Sebagai contoh, bahan genetik yang berupa

molekul RNA mempunyai mekanisme replikasi rinci yang berbeda dengan

molekul DNA. Pada kelompok virus misalnya, replikasi bahan genetiknya

terdapat dalam sel inang yang sebenarnya merupakan jasad hidup yang

laindari jasad virus itu sendiri. Hal ini dapat terjadi karena virus merupakan

jasad parasite obligat. Dilain pihak, Replikasi DNA pada prokariotik dan

eukariotik terjadi di dalam sel jasad hidup yang bersangkutan.(2)

Sebelum mekanisme replikasi DNA dapat dibuktikan secara

eksperimental oleh Matthew Messelson dan Franklin Stal pada tahun 1958,

ada tiga hipotesis yang berkembang mengenai mekanisme replikasi DNA.

(gambar.4) Hipotesis pertama dikenal sebagai model replikasi secara

semikonservatif seperti yang dikemukakan oleh Watson dan Crick. Menurut

hipotesis ini, setiap molekul untai ganda DNA anakan terdiri atas satu untai-

tunggal DNA induk dan satu untai tunggal DNA hasil sintesis baru. Hipotesis

kedua dikenal sebagai model replikasi secara konservatif. Menurut model

konservatif, molekul DNA untai-ganda induk tetap bergabung sedangkan

kedua untaian DNA anakan terdiri atas molekul hasil sintesis baru.

Hipotesis ketiga yaitu model replikasi secara dispersif menyatakan bahwa

molekul DNA induk mengalami fragmentasi sehingga DNA anakan terdiri

atas campuran molekul lama (berasal dari DNA induk) dan molekul hasil

sintesis baru.(2,3)

Gambar.4 Hipotesis Replikasi DNA. (a) model semikonservatif:

model ini menjelaskan dua untaian indukan berpisah dan setiap untaian
indukan membuat kopi untaian anakan masing-masing. Dua molekul
anakan berasal dari untaian yang baru dan untaian lama. Catatan: setelah
replikasi kedua, dua molekul DNA terdiri hanya meterial yang baru
sementara material yang lain terdiri dari untaian lama dan baru (b) Model
konservatif: model ini menjelaskan molekul indukan langsung mensintesis
molekul untaian ganda secara utuh, sehingga setelah replikasi pertama
satu molekul terdiri dari dua untaian yang lama. Hal ini berulang pada
replikasi berikutnya. (c) Model dispersive : material dari dua untaian indukan
terdistribusi banyak atau sedikit secara acak antara dua molekul anakan.
Pada model ini,material lama terdistribusi secara simetris antara dua
molekul anakan.
 Pada tahun 1958 Mathew Meselson dan Franklin Stahl berhasil

menunjukkan secara empiris bahwa replikasi DNA berlangsung dengan

mekanisme secara semikonservatif. Meselson dan Stahl melakukan

eksperimen untuk mengetahui mekanisme replikasi DNA dengan

menggunakan bakteri Escherchia coli. Pertama kali, bakteri E.coli

ditumbuhkan dalam merdium mengandung nitroben berat yaitu isotope

15N selama beberapa generasi. Dengan cara demikian maka molekul DNA

induk mempunyai lebel isotope berat sehingga molekulnya mempunyai

densitas yang lebih tinggi disbanding DNA normal. Sel-sel molekul DNAnya

sudah berlebel tersebut kemudian dipindahkan ke dalam medium baru yang

mengandung isotope nitrogen ringan, yaitu 14N. Pada selang waktu

tertentu setelah dipindahkan ke medium baru, sampel sel dipanen dan

DNA-nya diisolasi. DNA hasil isolasi tersebut kemudian disentrifugasi

dengan ultrasentifugasi gradient CsCl untuk menentukan densitas molekul

DNA-nya. Hasil pengukuran densitas DNA yang diisolasi pada generasi

pertama, semua DNA mempunyai densitas molekul hybrid, yaitu densitas

yang dihasilkan oleh gabungan molekul DNA yang mengandung 15N dan
14N. Pada generasi kedua densitas molekul DNA terdiri atas dua kelompok

yaitu yang mempunyai densitas molekul hybrid. Kelompok kedua tersebut

terdiri atas molekul DNA yang kedua untaiannya mengandung isotope

14N.(2,3)

Hasil eksperimen Meselson dan Stahl tersebut dengan jelas

menunjukkan bahwa molekul DNA anakan terdiri atas satu untai DNA induk
dan satu untai DNA hasil sintesis baru sehingga sesuai dengan model

replikasi secar semikonservatif. Hasil eksperimen tersebut kemudian

dikonfirmasi lagi dengan pemanasan pada suhu 100 oC, kemudian

disentrifugasi dalam gradient CsCL. DNA yang sudah didenaturasi tersebut

menghasilkan dua pita DNA yang terdiri atas untai tunggal DNA yang

mengandung 15N dan untai tunggal DNA yang mengandung 14N.(2,3)

Berdasarkan atas eksperimen tersebut seperti dijelaskan diatas

dapat diambil kesimpulan bahwa replikasi DNA berlangsung secara

semikonservatif. Meskipun demikian, bukti-bukti baru menunjukkan adanya

penyimpangan dari teori replikasi semacam ini. Diketahui bahwa

mekanisme replikasi DNA pada virus tertentu, misalnya virus X174, yang

genomnya berupa DNA untai-tunggal, melibatkan tahapan proses replikasi

DNA dengan mekanisme yang berbeda yaitu dengan model konservatif,

meskipun hanya pada tahapan tertentu.(2,3)

 Gambar 5. Percobaan Meselson-Stahl (a) ekspetasi komposisi dari
sintesis DNA pada DNA E. Coli 15N setelah dipindahkan ke medium yang
memgandung 14N jika replikasi terjadi berdasarkan mekanisme konservatif
maupun semikonservatif. Dalam eksperimen tersebut Meselson dan Stahl
menumbuhkan E. Coli dalam medium yang mengandung isotope nitrogen
15N sehingga DNA yang disintesis menjadi lebih berat kemudian bakteri

dipindahkan dalam medium biasa yang mengandung 14N yang lebih

ringan. Selanjutnya DNA diisolasi dan diultrasentrifugasi menggunakan
gradient cesium chloride (CsCl) untuk menentukan desitas DNA-nya.
Setelah replikasi DNA yang pertama, satu pita DNA baru muncul dengan
kerapatan yang berada diantara DNA yang dilabel dengan 15N (sehingga
DNA dupleks menjadi berat/berat [B/B] dan diantara DNA dengan 14N (DNA
ringan (R) atau R/R). Hasil ini menunjukkan bahwa hipotesis replikasi
secara konservatif tidak mungkin terjadi. Replikasi berikutnya menunjukkan
bahwa replikasi secara dispersive juga tidak mungkin terjadi karena
replikasi secara dispersive akan menghasilkan produk yang terdiri atas
seperempat 15N dan tiga perempat 14N setelah dua kali replikasi dalam
medium yang mengandung 14N Sebliknya, replikasi secara semikonservatif
akan menghasilkan produk yang terdiri atas setengah B/R dan setengah
lagi sebagai R/ R. Dengan kata lain, produk hybrid B/R pada replikasi yang
pertama masing-masing akan terpisah menjadi untaian B dan R yang
akhirnya akan bertemu dengan pasangannya yang lebih ringan dan
menghasilkan nisbah (rasio) 1:1 DNA B/R terhadap R/R (b) Patern gradient
density DNA sebelum dan sesudah E. Coli dipindahkan dari medium 15N ke
14N

Model replikasi DNA secara semikonservatif menunjukkan bahwa

DNA anakan terdiri atas pasangan untaian DNA induk dan untaian DNA

hasil sintesis baru. Model ini memberikan gambaran bahwa untaian DNA

induk berperan sebagai cetakan(template) bagi pembentukan untaian DNA

baru, Seperti diketahui, molekul DNA untai-ganda terdiri atas dua untau

molekul DNA yang berpasangan secara komplementer yaitu antara basa

nukleotida A dan T, dan antara C dan G. oleh karena itu, proses replikasi

DNAharus diawali dengan pemutusan (denaturasi) ikatan antara untaian

DNA yang satu dengan untaian komplementernya. Hal ini dimaksudkan

agar masing-masing untaian DNA tersebut dapat bertindak sebagai

cetakan, sebab poses pemasangan nukleotida- nukleotida baru dengan

cetakannya akan terhalangi jika kedua untai itu masih berada dalam

keadaan berikatan. Dengan demikian, salah satu bagian yang sangat

penting dalam proses replikasi DNA adalah denaturasi antara untaian DNA

yang satu dengan untaian komplementernya.(2,3)

Denaturai yang terjadi pada awal replikasi DNA adalah proses

enzimatis. Oleh karena molekul DNA adalah biomolekul yang sangat vital

bagi jasad, maka denaturasi DNA terjadi secara parsial dan bertahap.

Denaturasi awal terjadi pada bagian DNA yang dikenal sebagai ori (original

of replication) atau titik awal replikasi. IKatan hydrogen antara A-T dan C-G

akan terputus dan diikuti denganpembukaan untaian DNA. Untaian DNA

membuka membentuk struktur yang disebut garpu replikasi (replication

fork). Garpu replikasi akan bergerak sehingga molekul DNA induk

membuka secara bertahap. Masing-masing untaian DNA induk yang sudah

terpisah satu sama lain berfungsi sebagai cetakan untuk menempatkan

nukleotida-nukleotida yang akan menyusun molekul DNA baru. Nukleotida

nukleotida baru akan dipolimerisasi menjadi untaian DNA baru dengan

urutan sesuai dengan urutan cetakan DNA komplemennya. Basa nukleotida

A dipasangkan dengan G. Oleh karena itu,untaian DNA baru yang terbentuk

merupakan komplemen untaian DNA induk. Proses polimerisasi nukleotida

terjadi pada kedua untaian DNA cetakan sehingga pada akhir satu kali

putaran replikasi akan dihasilkan dua molekul DNA baru yang identic.

Masing-masing molekul DNA untai-ganda yang terbentuk terdiri atas untai

DNA induk dan untai DNA baru hasil polimerasasi selama proses replikasi.

Dalam putaran replikasi berikutnya akan terjadi proses yang serupa

sehingga DNA anakan menjadi DNA induk untuk replikasi berikutnya. (2,3)

Replikasi bahan genetik ditentukan oleh beberapa komponen utama

yaitu:

1. DNA cetakan, yaitu molekul DNA atau RNA yang akan direplikasi.

2. Molekul deoksi ribonukleotida, yaitu dATP, dTTP, dCTP dan dGTP.

Deoksi ribonukleotida terdiri atas tiga komponen yaitu: (i) basa purin

atau pirimidin, (ii) gula 5-karbon (deoksiribosa) dan (iii) gugus fosfat.

3. Enzim DNA polymerase yaitu enzim utama yang mengkatalis proses

polimerisasi nukleotida menjadi untaian DNA. Pada bakteri Escherchia

coli terdapat tiga macam DNA polimerse yaitu DNA polymerase yaitu

DNA polymerase , DNA polymerase II, dan DNA polimerase III. Pada

jasad eukaryote terdapat lima macam DNA polimerase II, dan DNA

polimerase III. Pada jasad eukaryote terdapat lima macam DNA

polimerase yaitu DNA polimerase , DNA polimerase , DNA

polimerase , DNA polimerase , DNA polimerase .

4. Enzim primase yaitu enzim yang mengkatalis sintsis primer untuk

memulai replikasi DNA. Pada nakteri E. coli kompleks enzim disebut

primosom yang terdiri atas beberapa macamprotein

5. Enzim pembuka ikatan untaian DNA induk,yaitu enzim helicase dan

enzim lain yang membantu proses tersebut yaitu enzim girase

6. Molekul protein yang menstabilkan untain DNA yang sudah terbuka,

yaitu protein SSB (single strand binding protein).

7. Enzim DNA ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi untuk

menyambung fragmen-fragmen DNA.(2)

Replikasi DNA berlangsung dalam beberapa tahap yaitu:

1. Denaturasi (pemisahan) untaian DNA induk

2. Pengawalan (inisiasi) sintesis DNA

3. Pemanjangan untaian DNA

4. Ligase fragmen-fragmen DNA

5. Pengakhiran (terminasi) sintesis DNA

Sintesis untain DNA yang baru akan dimulai segera setelah kedua

untaian DNA induk terpisah membentuk garpu replikasi. Pemisahan kedua

untaian DNA induk yang akan direplikasi dilakukan oleh enzim DNA

helicase. Kedua untaian DNA induk digunakan sebagai cetakan untuk

menyintesis DNA baru. Sintesis DNA berlangsung dengan orientasi 5-P

3-OH. Oleh karena ada dua untaian DNA cetakan yang orientasinya

berlawanan, maka sintesis kedua untaian DNA baru juga berlangsung

dengan arah geometris yang berlawanan namun semuanya tetap dengan

orientasi 5 3. Keadaan semacam ini menimbulkan perbedaan dalam hal

mekanisme sintesis antara kedua untaian DNA yang baru.(2)

Dalam proses replikasi, garpu replikasi akan membuka secara

bertahap dimulai dari titik awal replikasi (ori) dan akan bergerak sepanjang
DNA cetakan sampai semua molekul DNA induk direplikasi. Seperti telah

disinggung sebelumnya, kedua untaian DNA yang baru disintesis dengan

arah geometris yang searah dengan pembukaan garpu replikasi,

sedangkan untaian DNA yang lain disintesis dengan arah yang berlawanan.

Oleh karena itu, sintesis untaian DNA baru yang searah dengan

pembukaan garpu replikasi akan dapat dilakukan tanpa terputus ( sintesis

secara kontinu). Untaian DNA yang disintesis secara kontinu semacam ini

disebut sebagai untaian DNA awal (leading strand). Secara umum dapat

dikatakan bahwa mekanisme replikasi DNA berlangsung secara

semidiskontinu karena ada perbedaan mekanisme dalam proses sintesis

kedua untaian DNA.(2)

Pada untaian DNA awal, polimerisasi DNA berlangsung secara

kontinu sehingga molekul DNA baru yang disintesis merupakan satu unit.

Sebaliknya, pada untaian DNA lambat polimerisasi dilakukan fragmen demi

fragmen. Fragmen-fragmen DNA pendek tersebut pada akhirnya

disambung (ligase) dengan enzim DNA ligase sehingga menjadi unit yang

utuh. Fragmen-fragmen DNA pendek yang disintesis tersebut disebut

sebagai fragmen Okazaki. Oleh karena fenomena sintesis DNA secara

diskontinu tersebut pertama kali diungkapkan oleh Reiji Okazaki pada tahun

1968.(2)

Pembentukan fragmen-fragmen Okazaki tersebut dibuktikan dengan

menggunakan model replikasi DNA bakteriofag T4. Dalam hal ini Okazaki

menggunakan bakteriofag T4 tipe alami maupun mutan yang tidak

mengkode enzim ligase. Sel E. coli yang diinfeksi dengan T4 diperlakukan

dengan pulsa-pulsa pendek (dalam skala detik) senyawa berlabel yaitu 3H-

timidin. DNA bakteriofag T4 yang disintesis kemudian diultrasentrifugasi

pada gradient untuk mengetahui ukuran fragmen DNA yang terbentuk pada

tiap-tiap perlakuan pulsa senyawa berlabel tersebut. Hasil pada gradient

menunjukkan bahwa dua detik setelah perlakuan telah diperoleh suatu

fragem DNA pendek berukuran sekitar 1.000 - 2.000 nukleotida. Fragmen-

fragmen DNA yang pendek semacam ini terakumulasi dalam jumlah sangat

besar jika digunakan bakteriofag T4 yang mengalami mutasi pada gen DNA

ligase.(2)

Pada model replikasi seperti yang dijelaskan diatas, replikasi

berlangsug ke satu arah sehingga hanya ada satu untaian DNA awal dan

satu untaian DNA lambat. Pada kenyataannya telah diketahui bahwa

replikasi juga dapat berlangsung ke dua arah yang berlawanan, yaitu

dikenal sebagai replikasi dua arah (bidirectional replication). Sebagian

besar sistem replikasi bahan genetik yang sudah diketahui dilakukan

dengan sistem replikasi bahan genetik yang sudah diketahui dilakukan

dengan sistem replikasi dua arah. Dalam replikasi dua arah akan terbentuk

dua garpu replikasi yang bergerak kearah yang berlawanan. Pada kedua

garpu replikasi tersebut juga terjadi sintesis DNA baru secara kontinu dan

diskontinu sehingga ada dua untaian DNA awal dan dua untaian lambat.(2)

Pada awalnya hanya diketahui bahwa replikasi DNA dimulai dengan

terjadinya pembukaan untaian DNA untai-ganda pada tempat tertentu.

Bagian DNA yang membuka tersebut semakin lama akan semakin besar

sehingga membentuk struktur serupa gelembung sehingga disebut sebagai

gelembung replikasi (replication bubble). Pembentukan gelembung

replikasi tersebut pertama kali diungkapkanoleh John Carirns pada tahun

1963 yang melakukan pelebelan pada DNA E.coli dengan prekursor DNA

radioaktif. Perlu diingat bahwa genom E.coli berupa molekul DNA lingkar.

Terhadap DNA yang mengalami replikasi tersebut kemudian dilakukan

autoradiografi sehingga diperoleh citra (image) mengenal struktur DNA

yang mengalami replikasi. DNA yang mengalami replikasi tersebut

mempunyai struktur yang spesifik yaitu menyerupai huruf (theta) sehingga

replikasinya dikenal sebagai mekanisme replikasi . Semakin lama

replikasi akan semakin besar sampai akhirnya terbentuk dua molekul. Studi

yang dilakukan oleh John Cairns belum dapat menjelaskan apakah replikasi

dilakukan hanya ke satu arah atau ke dua arah.(2)

 Gambar. 6 Skema dasar proses replikasi DNA. Pertama-tama, DNA
untai ganda membuka sehingga masing-masing untaian dapat menjadi
cetakan (template) untuk sintesis DNA baru. Orientasi sintesis DNA
adalah ujung 5 ke ujung 3 sehingga untaian DNA baru disintesis kea
rah yang berbeda (secara geometris). DNA yang satu disintesis searah
dengan pembukaan garpu replikasi (disebut sebagai untaian DNA awal
atau leading strand, sedangkan untaian yang lain disintesis dengan arah
yang berlawanan dan disebut untaian DNA lambat atau lagging strand )
Untaian DNA lambat disintesis fragmen demi fragmen (disebut sebagai
fragmen Okazaki) atau diskontinu, sedangkan untaian DNA awal
disintesis secara kontinu.
Arah pergerakan garpu replikasi dapat diamati dengan

menggunakan label autoradiografi. Perbedaan intensitas label

menunjukkan apakah garpu replikasi bergerak ke satu arah atau dua arah.

Replikasi satu arah menyebabkan suatu label (misalnya dengan label

autoradiografi ringan) diikuti oleh label lain yang lebih berat hanya pada

satu sisi autoradiograf. Sebaliknya, replikasi dua arah menghasilkan

polapelebelan seperti diatas tetapi terjadi pada kedua sisi autoradiograf.(2)

Posisi dan jumlah garpu replikasi akan membentuk pola spesifik jika

diamati dengan teknik elektroforesis dengan teknik elektrolisis dua dimensi

(2-D electrophoresis)dan dihibridasi dengan suatu pelacak (probe)

radioaktif. Dengan teknik elektroforesis ini, pertama kali molekul DNA

dipisah berdasarkan massanya, selanjutnya dilanjutkan dengan pemisahan

(separasi) berdasarkan bentuk molekul. Pola autoradiografi akan

menunjukkan deviasi elektroforetik DNA dari struktur linear. Perbedaan

bentuk garpu replikasi akan menghasilkan pola elektroforetik yang

berbeda.(2)

Replikasi dimulai dengan proses pemisahan kedua untaian DNA

induk yang akan direplikasi. Proses pemisahan ini dilakukan koleh enzim

helikasi. Selain helicase, enzim lain yang juga berperan dalam pemisahan

untaian DNA adalah enzim DNA girase. DNA girase adalah salah satu

enzim topoisomerase, yaitu suatu enzim yang dapat mengubah topologi

molekul DNA. Perubahan topologi tersebut dilakukan dengan cara

memutuskan iaktan hydrogen pada salah satu atau kedua untaian DNA

secara sementara (transient). DNA girase (topoisomerase II) adalah enzim

yang dapat menghilangkan pilinan positif (atau dengan kata lain

menimbulkan pilinan negative) yang terbentuk sewaktu terjadi replikasi

DNA (yaitu sewaktu garpu replikasi bergerak maju). Oleh karena itu, DNA

girase dalam replikasi. Peranan DNA girase dalam replikasi DNA dibuktikan

dengan menggunakan antibiotic yang dapat menghambat aktivitas enzim

ini yaitu koumermisin, asam nalidiksat, asam oksolinat dan novobiosin.

Penambahan antibiotic semacam ini ke dalam kultur bakteri yang sedang

tumbuh menyebabkan penghambatan sintesis DNA.(2)

Sebelum replikasi dimulai DNA akan mengalami perubahan

structural yang memungkinkan dimulainya proses sintesis untaian DNA

yang baru. Setelah untaian DNA dipisahkan dan dibuka dengan aktivitas

beberapa enzim selanjutnya terbentuklah garpu replikasi. Bagian DNA yang

sedang di replikasi membentuk garpu replikasi yang dijaga tetap dalam

keadaan terbuka oleh aktivitas protein SSB. Garpu replikasi akan bergerak

seiring berlangsungnya sintesis untaian DNA baru, baik untaian DNA awal

maupun untaian DNA lambat. Untaian DNA baru akan membentuk ikatan

hydrogen dengan untaian DNA induk sehingga terbentuk dua untaian DNA.

Pada garpu replikasi tersebut ditempatkan molekul primer yang akan

mengawali proses sintesis DNA baru.(2)

 BAB III

KESIMPULAN

1. DNA terdiri dari dua untaian polynucleotide yang berikat bersama

membentuk double helix. Kerangka gula deosiribosa dan fosfat yang

menyusun DNA terletak di bagian luar molekul, sedangkan basa purin

dan pirimidin terletak di dalam untaian (helix). Basa purin adenine dan

guanine sedangkan basa pirimidin cytosine dan timin. Basa-basa ini

dihubungkan oleh ikatan hydrogen. guanine dengan cytosine

(dihubungkan oleh tiga atom H), timin dan adenine (dihubungkan oleh

dua atom H).

2. Tiga hipotesis mengenai replikasi DNA yakni hipotesis replikasi secara

konservatif, hipotesis replikasi secara semikonservatif, hipotesis

replikasi secara dispersif.

3. Proses replikasi DNA berlangsung melalui beberapa tahapan dasar

yaitu denaturasi untaian induk, inisiasi sintesis DNA, pemanjangan

untaian DNA, ligase fragmen-fragmen DNA yang disintesis secara

lambat (lagging strand) dan terminasi replikasi.

 DAFTAR PUSTAKA

1. Fatchiya, Arumingtyas L.E., Widyarti S., dan Rahayu, S. 2011.

Biologi Molekular Prinsip Dasar Analisis. Jakarta: Erlangga

2. Lodish., et al. 2003. Molecular Cell Biology Fifth Edition.W.H

Freeman

3. Albert G. Moat, John W. Foster and Michael P. 2002. Microbial

Physiology. Wiley-Liss Inc.

4. Yuwono, Tribowo. 2011. Biologi Molekuler Edisi 5. Jakarta: Erlangga