Muh.

Reza Jaelani
153112620120030

EKSPRESI GENETIK

Sel merupakan unit dasar kehidupan terkecil. Komponen dasar sebuah sel
terdiri atas keberadaan membrane sel, sitoplasma, mitokondria, ribosom, dan
materi genetik. Dalam sistem organisme seluler materi genetik terdiri dari dua
komponen yaitu DNA dan RNA. DNA dan RNA berperan dalam mekanisme
ekspresi genetik yang diturunkan secara kontinu dari induk ke keturunannya.

https://en.wikipedia.org/wiki/DNA
DNA merupakan makromolekul yang tersusun atas polimer nukleotida yang
terdiri atas gula 2-deoksiribosa yang dalam struktur siklik pada C-1 terhubung
dengan basa nitrogen (timin, adenine, guanine, sitosin), pada ujung C-5 terikat
dengan gugus fosfat yang melalui ikatan fosfodiester tersambung ke nukleotida
lainnya membentuk rantai DNA.

Susunan DNA
https://en.wikipedia.org/

BIOLOGI SEL- Muh. Reza Jaelani

April-2016
Secara unik rantai DNA terdiri atas rantai ganda berpasangan, tersusun secara
antipararel. Rantai pertama DNA beorientasi 5’ ke ujung 3’ sedangkan rantai
pasangannya beorientasi 3’ ke ujung 5’. Oreintasi ujung 5’ dan 3’ didasarkan
pada nomor C pada struktur siklik 2-deosiribosa. Ujung 5’ merupakan atom C-5
yang mengikat gugus fosfat sedangkan ujung 3’ merupakan atom C-3 yang
mengikat gugus hidroksil. Orientasi ini penting agar terbentuknya ikatan
hidrogen antar basa-basa nitrogen pada bagian dalam untai DNA, Timin akan
berpasangan dengan Adenin membentuk 2 ikatan hidrogen, sedangkan Guanin
akan berpasangan dengan Sitosisn dengan membentuk 3 ikatan hidrogen.

Siklus Sel
http://www.shmoop.com/

Molekul DNA merupakan molekul sentral penyandi ribuan aturan kehidupan

berupa kode-kode genetik. DNA secara teratur diekspresikan melalui
mekanisme ekspresi genetik. Dalam pandangan dogma sentral terdapat 3
mekanisme ekspresi genetik yaitu proses replikasi DNA yang yang terjadi pada
fase S siklus sel sebagai persiapan untuk mitosis maupun meiosis, kemudian
transkripsi yang terpadi pada fase G sebagai jawaban atas kebutuhan regulasi,
pertumbuhan, dan perkembangan sel yang menghasilkan mRNA, tRNA, dan
rRNA. Tetapi hanya mRNA lah yang akan diprosesing lebih lanjut melalui
tahapan translasi, menerjemahkan kode-kode genetik menjadi urutan asam
amino yang berpolimer membentuk polipeptida sehingga dikenal istilah “satu
gen satu polipetida” karena setiap coding region pada DNA mengkode urutan
asam amino yang spesifik baik sebagai protein struktural maupun fungsional.

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
 Dogma Sentral
https://www2.estrellamountain.edu
Sebelum dibahas lebih jauh mengenai proses replikasi, transkripsi, dan
translasi lebih jauh, diawal kita perlu menyepakati pembagian mekanisme
berdasarkan organisme prokariot dan eukariot. Ini penting, walaupun secara
prinsip dasar mekanismenya relatif sama namun ada beberapa perbedaan
secara struktural dalan hal komponen-komponen yang terlibat dan hasl dari
ekspresi genetik kedua golongan tersebut.
Dimulai dari proses replikasi yang merupakan aktivitas penggandaan untaian
DNA. Aktivitas penggandaan untai DNA berjalan secara semi konservatif hal ini
didasarkan pada percobaan dari Matthew Meselson dan Franklin Stalh.
Walaupun sekarang ini diketahui ada semacan virus tertentu seperti virus
ϕχ174 yang memiliki aktivitas replikasi DNA secara konservatif walaupun hanya
pada beberapa bagian tertentunya.
Pada model replikasi secara semi konservatif, setiap untaian DNA berperan
sebagai DNA template, setiap untaian template direplikasi dengan mekanisme
polimerisasi untai DNA baru yang bersifat komplementer terhadap urutan
nukleotida DNA template.

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
 Ori dan Buble of Replication
http://philschatz.com/

Pada awalan proses replikasi terjadi denaturasi untai DNA. Untaian ganda
diuraikan menjadi untaian yang terbuka ikatan hidrogennya agar dapat
dilakukan proses replikasi. Pada tahapan denaturasi untaian DNA diurai ikatan
hidrogennya oleh enzim helikase. Awalan proses denaturasi pada untai DNA
membentuk struktur khas berupa gelembung replikasi yang disebut sebagai titik
ori (origin of replication) yang secara serentak menjadi awalan pembukaan
untai DNA dengan mekanisme disosiasi ikatan hidrogen antar pasangan basa
nitrogen. Pembukaan untai DNA menjadikan terbentuk sebuah struktur yang
disebut garpu replikasi (replication fork), sesuai dengan bukti percobaan John
Cairn pada pengamatan replikasi pada E.coli. Pembukaan untai DNA ini
menuju ke dua arah (bidireksional), bukti tersebut didapatkan dari percobaan
Gyurasits dan Wake pada biakan B. subtilis.

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
 Replikasi DNA
http://philschatz.com/

Pada untai yang terdenaturasi pada ori akan dimulai sintsesi primer. Primer
merupakan fragmen RNA berukuran 10-12 nukleotida yang menyediakan ujung
3-OH sebagai awalan reaksi polimerisasi monomer nukleotida untuk
membentuk untai baru yang komplementer dengan untaian template.
Aktivitas enzim helikase dalam membuka untaian DNA dibantu dengan aktivitas
enzim topoisomerase. Enzim topoisomerase membantu melonggarkan lilitan
untai DNA agar membuka jalan bagi enzim helikase dan mencegah terputusnya
untaian DNA yang dibuka akibat puntiran dan pembukaan ikatan hidrogen DNA.
Agar untai yang sudah terdisosiasi tetap dalam keadaan single strand maka
pada untai DNA single strand terjadi penempelan protein SSB (Singel Strand
Binding Protein). Untaian DNA akan terdenaturasi membentuk struktur
gelembung yang disebur buble of replication maka dengan pembukaan untai
juga dimuali proses inisiasi pada titik ori yaitu dengan dimulainya pembentukan
primer dengan bantuan aktivitas enzim primase yang memulai pembentukan
primer berupa fragmen RNA berukuran 10-12 nukleotida. Sebenarnya primer
tidak hanya molekul RNA namun juga dapat berupa fragmen DNA seperti pada
reaksi amplifikasi secara invitro pada PCR, dan pada eukariot dengan struktur
DNA linear, susunan primer dapat berupa protein yang spesifik.

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
Bukti mengenai molekul RNA dipakai sebagai primer didapatkan pada
penelitian bakteriofag M13 yang terhambat proses replikasi pada sel inangnya
akibat keberadan rifampisin sebagai inhibitor primosom (penyintesis fragmen
awal RNA pada E.coli) yang menjelaskan bahwa replikasi menggunakan
untaian fragmen RNA sebagai primer. Bukti juga didapat dari penelitian Tuneko
Okazaki mengenai aktivitas DNase yang menyisakan fragmen-fragmen pendek
berupa RNA pada fragmen Okazaki.

Orientasi Replikasi DNA

http://www.yourgenome.org/
Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
Setelah terbentuknya kompleks inisiasi berupa molekul primer yang menempel
pada untai template di titik ori (proses anneal) sebagai penyedia ujung 3-OH
maka proses polimerasasi mulai berlangsung dengan bantuan enzim DNA
polimerase dengan bahan berupa monomer dNTP yang terdiri atas dGTP,
dATP, dCTP, dan dTTP. Ujung 3-OH pada primer membentuk ikatan
fosfodiester dengan dNTP yang komplementer dengan untaian DNA template.
Pembentukan ikatan fosfodiester melibatkan pemecahan ikatan fosfat dan
penggabungan antara gugus –OH dan Fosfat, pemecahan gugus fosfat
menyebabkan pelepasan energi yang mengaktivasi lebih lanjut dari reaksi
polimerisasi DNA sehingga dari reaksi replikasi DNA disebut sebagai reaksi
autokatalitik.
Polimerisasi untaian DNA baru yang komplementer dengan untai DNA template
merupakan tahapan elongasi dengan orientasi arah pembentukan dari ujung 5’
ke ujung 3’ sehingga selalu dihasilkan gugus –OH untuk pembentukan ikatan
fosfodiseter yang baru sebagai penyambung monomer nukleotida. Seperti
disebutkan di atas bahwa replikasi berjalan secara bidireksional artinya untaian
polimerisasi DNA menuju ke dua arah. Ada yang searah dengan pembukaan
untai DNA yang kemudian membentuk untaian anakan kontinu yang dikenal
sebagai leading strand. Sedangkan yang polimerasi untai anakan yang
berlawanan dengan arah pembukaan untai DNA kemudian mebentuk untai
diskontinu berupa fragmen-fragmen DNA yang dikenal dengan lagging stand
atau lebih dikenal sebagai fragmen Okazaki.
Pada leading strand hanya diperlukan satu molekul primer untuk menginisiasi
elongasi, karena sifat untai DNA anakan akan kontinu mengikuti pembukaan
untaian DNA template sehingga tidak akan ditemukan celah dalam
pembentukan. Sedangkan pada lagging strand diperlukan banyak molekul
primer dikarenakan polimerasi yang sifatnya diskontinus akibat perbedaan arah
polimerisasi dan pembukaan untai DNA template. Untai dibuka menjaui arah
polimerisasi, sehingga dibelakang untai DNA anakan akan banyak terjadi celah
dan celah itu akan mengaktivasi pembentukan primer baru untuk melakukan
polimerisasi ulang sehingga dihasilkan DNA anakan berupa fragmen-fragmen
okazaki. Agar fragmen okazaki tersambung menjadi untaian kontinu maka
terdapat aktivitas enzim endonuclease dari arah 5’ ----> 3’ untuk mendegradasi
terlebih dahulu molekul primer, setelah itu dengan bantuan enzim ligase, celah
Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
antar fragmen okazaki disambungkan dengan bantuan sumber energi dari NAD
dan ATP.
Pada prokariot seperti E.Coli, diketahui bahwa terdapat 3 jenis DNA polimerase
yaitu DNA polimerase I, DNA polimeraase II, dan DNA polimeraase III. DNA
polimerase I berperan sebagai endonuclease pada penyambungan fragmen
okazaki, sedangkan DNA polimerase II diketahui berperan dalam reparasi DNA,
dan DNA polimerase III lah yang berperan dalam reaksi polimerasi untai DNA
anakan.
Pada eukariot terdapat perbedaan struktural DNA polimerase. DNA polimerase
pada eukariot terdiri atas lima macam yaitu, DNA polimerase α yang berperan
sebagai inisiator pada replikasi yang memiliki aktivitas primase untuk penyedia
awalan polimerisasi, DNA polimerase δ sebagai agen polimerasi DNA anakan,
DNA polimerase β yang memiliki aktivitas reparasi DNA, DNA polimerase ε
yang juga memiliki aktivitas reparasi DNA, dan DNA polimerase γ yang
melakukan aktivitas polimerasi pada DNA mitokondria.

Struktur Huruf θ pada saat Replikasi genom E.coli

https://www.ucm.es

Perbedaan mekanisme replikasi pada prokariot dan eukariot juga nampak pada
jumlah ori dan struktur pembentukan gelembung replikasi. Pada prokaroit
dengan struktur DNA sirkuler biasanya tidak memerlukan banyak titik ori
berkaitan dengan besar molekul DNA yang relatif lebih kecil dibanding eukariot.
Pada replikasi DNA sirkuler selama proses berlangsung akan terbentuk struktur
huruf θ akibat pembukaan dan polimerasi untai DNA anakan sampai selesainya

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
proses replikasi. Sedangkan pada eukariot, selama proses replikasi akan
ditemukan banyak titik ori akibat besarnya ukuran DNA yang berstruktur linear.
Setiap ori memulai polimerisasi untai DNA anakan yang baru yang pada
akhirnya akan mempertemukan setiap ori dan menyambungkan setiap untainya
anakan hasil replikasi. Kecepatan pembukaan garpu replikasi pun berbeda
antara prokariot dan eukariot. Pada prokariot pembukaan garpu replikasi
berlangsung lebih cepat, hal tersebut berkaitan dengan siklus sel organisme
uniseluler yang umumnya berlangsung cepat sehingga fase S harus dilakukan
secara cepat.
Pada akhir replikasi terdapat mekanisme terminasi pada sisi terminus pada
tahapan ini terjadi proses pelepasan DNA polimerasi dari untai template. Pada
prokariot seperti E.coli sisi tempat replikasi ditandai dengan keberadaan protein
Tus (terminus utilization substance) yang terdiri atas enam sisi terminasi yaitu
TerA, TerB, TerC, TerD, TerE, dan TerF yang terikat pada suatu urutan
nukeotida konsensus terminasi yaitu AATTAGTATGTTGTAACTAANT, pada
sekuen ini pergerakan garpu replikasi ditahan dengan menghentikan aktivitas
enzim helikase saat melewati protein Ter pada sekuen dan proses polimerasi
akan berlangsung sampai dengan akhiran hilanggnya garpu replikasi. Kedua
untai yang terbentuk harus dilepasakan dengan baktuan aktivitas enzim
topoisomerase I.
Sedangkan pada eukariot, terminasi ditandai dengan bertemunya setiap garpu
replikasi dan terjadi persambungan antai untai DNA anakan yang dibentuk dan
terlepasnya DNA polimerase.
Mekanisme replikasi DNA pada ujung telomer memiliki perbedaan mekanisme.
Pada ujung telomere, mekanisme replikasi dikendalikan oleh aktivitas enzim
Telomerase yang sekaligus berperan sebagai primer, karena apabila pada
ujung telomere replikasinya menggunakan primer berupa RNA yang kemudian
terdegradasi maka akan menyebabkan pemendekan untaian DNA. Sehingga
ditemukanlah solusi mekanisme telomerase oleh Elizabeth Blackburn.
Telomerase akan menambah banyak sekuen spesifik pada setiap organisme di
ujung kromosom. Semua aktivitas replikasi DNA berlangsung pada fase S
siklus Sel, produk akhir dari replikasi DNA adalah untaian DNA baru yang terdiri
dari untai lama dari induk yang berpasangan dengan untaian DNA anakan yang
baaru direplikasi. Pada saat fase pembelahan sel akan nampak sebagai
Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
kromosom dengan struktur huruf X yang menandakan kromosom telah
diduplikatkan.

https://www.ndsu.edu/pubweb

Berlanjut ke mekanisme transkripsi. Transkripsi merupakan kelanjutan dari

proses ekspresi genetik. Transkripsi diperlukan untuk melakukan penyalinan
kode-kode pada DNA menjadi kode yang dapat diterjemahkan yang disebut
sebagai molekul RNA. Secara struktural RNA merupakan terdiri atas untai
tunggal dengan perbedaan basa nitrogen pirimidin dengan DNA yaitu timin
digantikan dengan Urasil, yang berbeda dalam hala keberadaan gugus metil
pada timin, gugus metil pada timin merupakan modifikasi dari urasil. Gugus
metil tersebut berperan dalam pengikatan DNA ke protein histon. Terdapat
beberapa jenis RNA yang terlibat dalam sintesis protein yaitu mRNA, tmRNA
(hanya pada bakteri), SRP RNA, tRNA, rRNA, dan sRNA. Hanya mRNA yang
akan ditranslasikan. Sedangkan molekul RNA lainnya tetap berada dalam
bentuk urutan nukleotida hasil transripsi hanya mengalami modifikasi struktur
berupa pelipatan akibat interaksi intra molekuler seperti pada tRNA dan SRP
RNA sebagai molekul fungsional. Ada juga yang bergabung dengan polipeptida
membentuk makromolekul yang lebih besar seperti pada rRNA yang bersatu
dengan protein-protein spesifik membentuk sub unit– sub unit ribosom.

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
Transkripsi merupakan suatu proses penyalinan gen dari bahasa DNA menjadi
bahasa RNA. Gen didefinisikan sebagai bagian dari DNA yang mengkode asam
amino jika ditranslasikan, namun tidak semua hasil transkripsi ditranslasikan
seperti rRNA, tRNA, dan SPR RNA.
Pembahasan transkripsi secara rinci harus dibedakan antara transkripsi pada
prokariot dan eukariot. Mengingat adanya perbedaan struktur DNA dan struktur
gen pada kedua organisme tersebut. Struktur DNA pada prokariot hanya
berupa untainya DNA sirkuler yang terkondensasi membentuk molekul seperti
gumpalan supercoil (seperti gulungan kabel telepon) yang terdapat dalam
sitoplasma sel tanpa nukleus. Sedangkan pada eukariot molekul DNA terkemas
di dalam nukleus membentuk struktur kromatin dengan jalinan protein histon
sebagai porosnya yang terkondensasi secara rapih.

Struktur Gen Prokariot

http://www.biology.arizona.edu/

Mulai dari sistem transkripsi pada prokariot. Pada prokariot, struktur gen terdiri
dari beberapa bagian yang diorganisasikan dalam suatu struktur operon.
Contoh pada gambar di atas adalah struktur gen yang berperan dalam
metabolisme laktosa. Gen terdiri atas struktur promoter sebagai daerah awalan
dari inisiasi sebagai daerah pengenalan yang dikenali oleh RNA polimerase.
Promoter merupakan struktur unik dan spesifik pada daerah hulu suatu gen.
urutan nukleotida pada promoter ditandai dengan keberadaan kotak Pribnow
pada posisi -10 dan -35 sebelum gen struktural. Pada posisi -10 dan -35
terdapat nukeotida konsensus yang didapatkan dari analisis yang dilakukan
pada 100 jenis gen.
Pada -10 : T (89%), A (81%), T (50%), A (61%), A (65%), T (100%)
Pada -35 : T (85%), T (83%), G (81%), A (61%), C (69%), A (52%)
Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
Jarak maksimum antara kedua kotak adalah 17 nukleotida, berdasarkan
temuan jika ada mutasi pada daerah kotak pribnow atau pergeseran jumlah
nukleotida maka terjadi hambat aktivitas pembentukan kompleks RNA
polimerase pada daerah promoter. Konsensus pada kotak pribnow TATAAT
sering kali disebut sebagai TATA box.
Selain itu juga terdapat struktur operator yang terletak antara promoter dan gen
struktural. Operator merupakan daerah urutan nukleotida tempat perlekatan
protein regulator yang dikode oleh gen repressor. Daerah ini merupakan daerah
kontrol yang dikontrol oleh aktivitas biokimia sel. Seperti halnya pada operon
lac. Pada kondisi glukosa yang mencukupi daerah operator pada operon lac
akan terkunci oleh suatu protein regulator, sedangkan ketika persediaan
glukosa habis dan yang tersedia adalah laktosa maka kompleks protein
regulator akan berikatan dengan laktosa sehingga ikatan pengunci terdisosiasi
sehingga RNA polimerasi dapat melakukan transkripsi pada gen operon lac.
Selain daerah operator sebagai pengendali ekspresi genetik, juga terdapat
kompleks attenurator yang berupa urutan nukleotida yang terdapat pada gen-
gen yang berperan dalam biosintesis asam amino.
Bagian ketiga adalah bagian gen struktural. Bagian ini merupakan daerah yang
akan ditranskripsi atau sebagai daerah pengkode. Pada prokariot, satu gen
struktural memiliki bagian-bagian gen yang mengkode bermacam-macam
polipeptida yang akan ditranskripsikan secara sendiri-sendiri, sehingga dari
hasil transkripsi berupa mRNA akan bersifat polisistronik, seperti pada operon
lac pada bagian gen struktural berisi gen pengkode β-galaktosidase, permease,
dan trans-asetilase. Berdasarkan analisis juga didapatkan tidak terdapat
struktur intron pada DNA prokariot. Hal ini berkaitan dengan proses translasi
yang langsung terjadi sebelum proses transkripsi berakhir. Hal tersebut
berkaitan dengan siklus sel pada prokariot yang cepat, seperti pada E.coli yang
melakukan pembelahan sel setiap 15 menit sekali, sehingga memerlukan
kecepatan yang tinggi dalam ekspresi genetik. Bagian terakhir adalah bagian
terminator yang merupakan daerah signal bagi pengakhiran transkripsi.
Proses transkripsi memerlukan faktor-faktor pengendali pada daerah promoter
seperti faktor rho, RNA polimerase, DNA template, dan monomer ribonukleotida
berupa 5’-trifosfat ATP, GTP, CTP, dan UTP. Reaksi polimerase selalu

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
bergerak dari arah 5’ ke 3’ bersesuaian dengan arah pembentukan ikatan
fosfodiester.
Pada prokariot, RNA polimerase hanya terdiri dari satu macam saja yang terdiri
atas 4 sub unit yaitu sub unit β, β-primer, ζ, dan α. Keseluruhan kompleks unit
RNA polimerase akan tersusun atas β, β-primer, ζ, dan α2 yang disebut sebagai
RNA polimerase holoenzim.
Pada dasarnya reaksi transkripsi berawal dari proses inisiasi pada molekul
DNA. Inisiasi dimulai ketika kompleks RNA polimerase yang disebut RNA
polimerase holoenzim mengenali daerah promoter membentuk kompleks
tertutup dengan promoter, sub unit ζ berperan dalam menstimulasi inisiasi
transkripsi sedangkan yang menentukan kepekaan dan ketahanan
pembentukan kompleks adalah sub unit β, sebagaimana yang ditujukan dalam
penelitian Walter dan Alfred mengenai aktivitas hambatan transkripsi akibat
antibiotic rifampisin, tetapi tidak menghambat polimerasi dalam tahapan
transkripsi. Pembentukan kompleks terbuka promoter ditandai dengan disosiasi
struktur double heliks DNA dan membentuk gelembung transkripsi

a b
Kompleks RNA polimerasse (a) Gelembung Transkripsi (b)
https://en.wikipedia.org

setelah terbentuknya gelembung transkripsi maka sub unit ζ akan terlepas dari
kompleks RNA polimerase, hal ini penting agar reaksi polimerase terjadi pada
kekuatan ionik yang rendah, sehingga RNA polimerase dapat bergerak
melakukan transkripsi pada daerah DNA template.

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
 DNA template
https://www.mun.ca/biology

RNA polimerase bergerak melakukan transkripsi pada DNA template atau anti
sense. RNA polimerase mentranskripsi dengan melakukan polimerase
monomer ribonukleotida dengan pembentukan ikatan fosfodiester dengan
bantuan sub unit β, secara kontinu dan bersifat komplementer terhadap untai
DNA template, A pada DNA template akan berpasangan dengan U pada untai
RNA, G pada DNA template berpasangan dengan C, C dengan G, dan T
dengan A, molekul RNA yang terbentuk akan membentuk hybrid dengan DNA
template, namun hybrin berupa ikatan hidrogen ini bersifat sementar dan akan
terdisosiasi kembali.
Terminasi transkripsi pada prokariot terjadi saat RNA polimerase mencapai
ujung gen yang disebut terminator. Sinyal terminasi biasanya dijumpai dalam
struktur berupa hairpin dan lengkungan (loop) yang kaya urutan GC yang
terbentuk pada molekul RNA hasil transkripsi Terdapat dua macam terminator
yaitu yang tidak tergantung protein rho (rho independent terminator), dan
terminator yang tergantung protein rho (rho dependent terminator).

Hairpin structure
https://www.studyblue.com
Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
Pada struktur yang tidak tegantung faktor Rho, sinya terminasi ditandai dengan
daerah yang kaya akan GC yang membentuk strukrur melengkung (strem and
loop) pada RNA sepanjang 20 basa disebelah hulu dari ujung 3’-OH dan diikuti
oleh rangkaian 4-8 residu uridin berurutan. Struktur tersebut menyebabkan
RNA polimerse tersendat jalannya dan berhenti dan melepaskan bagian 5’
hybrid DNA-RNA akibatnya molekul RNA hasil transkripsi terlepaskan.
Sedangkan pada terminasi yang terkait dengan faktor rho daerah terminasi
dicirikan dengan struktur yang kaya akan AU. Faktor rho pada akhir terminasi
menyebabkan destabilitas ikatan hybrid RNA-DNA sehingga RNA hasil
transkripsi terlepas dari DNA template.
Beralih ke transkripsi pada eukariot. Padasarnya memiliki dasar mekanisme
yang sama, namun ada perbedaan yang fundamental dari mulai struktur gen,
sampai dengan adanya tahapan prosesing pasca transkripsi terhadap molekul
RNA yang terbentuk.
Pada organisasi gen eukariot, umumnya bersifat monosistronik. Karena satu
kali transkripsi hanya menghasilkan satu jenis produk ekspresi genetik. Dalam
bagian genom eukariot tidak dikenal sistem operon karena satu promoter hanya
mengendalikan satu gen struktural. Genom pada eukariot dapat dikelompokan
menjadi tiga kelas yaitu :
1. Gen kelas I
Gen kelas satu merupakan gen yang bertanggung jawab sebagai untai
pengkode rRNA yang digunakan untuk menyusun ribosom yaitu 18S
rRNA, 28S rRNA, dan 5.8S rRNA. Struktur gen pengkode rRNA bersifat
tandem (bersambung) dan terdapat dalam struktur nucleolus. Pada gen
kelas I terdapat dua macam promoter yaitu promoter antara (spacer
promoter). Transkripsi pada gen kelas I ini dilakukan oleh RNA
polimerase I. hasil transkripsi dari gen kelas I tidak mengalami translasi.

2. Gen kelas II
Gen kelas II merupakan gen yang bertanggung jawab mengode segala
macam protein yang ditranskripsi menggunakan RNA polimerase II.
Pada eukariot gen ini diatur ekspresinya oleh satu promoter. Promoter

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
gen kelas II terdiri dari empat elemen yaitu sekuen inisiator, yang terletak
di daerah inisiasi transkripsi, elemen hilir, kotak TATA, dan elemen hulu.
Daerah konsensus kotak TATA pada eukariot mirip dengan prokariot.
Kotak TATA menentukan titik awal inisiasi secara tepat. Kotak TATA
pada promoter memiliki sekuen konsensus T (82%), A (99%), T (93%), A
(83%), A (83%), A (50%). Kotak TATA ini penting karena berdasarkan
seraangkaian uji in vitro menunjukan bahwa perubahan kotak TATA
menjadi TAGA atau TAA pada gen konalbumin menyebabkan tidak
terjadinya transkripsi.
Peranan kotak TATA pada beberapa gen dapat digantikan dengan peran
kota GC pada posisi -33 yaitu dengan urutan konsensus
GGGGCGGAGC. Kotak GC ini biasanya terdapat pada gen house-
keeping yaitu gen yang diekspresikan di semua sel karena diperlukan
untuk jalur metabolisme utama pada sel, dan juga terdapat pada gen
yang diatur ekspresinya berdasarkan perkembangan organisme
tersebut. Bukti bahwa kotaak TATA juga diungkap dalam penelitian Max
Birnstiel pada 1980 yang membuktikan esensi keberadaan kotak TATA
sebagai penentu penemuan posisi awal transkripsi. Pada posisi -100
ada kotak lain yang disebut kotak CCAAT yang juga penting dalam
mengawali transkripsi. Kotak CCAAT diketahui berfungsi mengikat
protein faktor transkripsi yaitu CCAAT-binding transcription factor (CTF)
dan CCAAT-enhancer-binding protein (CEBP).
Elemen lain pada daerah hulu yang menjadi elemen pengatur adalah
enhancer dengan sekuen konsensus TGTGGAATTAG. Daerah yang
mengandung enhancer dapat terletak sampai beberapa kilo base pair
dari promoter. Enhancer ini juga terdiri atas modul-modul yang lebih kecil
yaitu enhanson yang menjadi unit dasar dari sebuah enhancer.
Enhancer adalah sebuah elemen yang menstimulasi ekspresi suatu gen.
Maka jika terdapat elemen stimulator terdapat juga elemen inhibitor
ekspresi genetik yaitu daerah silencer. Silencer bekerja dengan
menyebabkan penggulungan pada kromatin menjadi bentuk yang
terkondensasi sehingga sulit diakses oleh RNA polimerase.

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
 Kerja Enhancer
http://schoolbag.info/biology/living/90.html

Elemen enhancer dan silencer tergantung pada protein yang menempel,

seperti pada contoh respon sel terhadap hormone tiroid. Elemen yang
menentukan tanggapan hormon tiroid akan bersifat silencer jika reseptor
hormon tiroid terikat pada elemen tersebut bersama-sama dengan
ligannya yaitu hormon tiroid. Sebaliknya, jika elemen tersebut berikatan
dengan hereptor hormon tiroid secara bersamaan dengan hormon tiroid
akan bertindak sebagai enhancer.
Pada gen kelas II ditemukan pula conserved sequences (sekuen lestari)
di sekitar daerah titik awal transkripsi untuk optimalisasi proses
transkripsi dengan sekuen konsensus PyPyANT/APyPy (Py : pirimidin, N
adalah nukleotida apapun).
Pasca transkripsi gen kelas II akan dihasilkan RNA yang belum matang
sehingga diperlukan tahapan post transkripsi untuk menghasilkan RNA
matang yang akan ditranslasikan.
Pada bagian struktural gen kelas II umum dijumpai adanya urutan
nukleotida yang tidak ditranslasikan karena mengalami splicing pada
saat maturasi mRNA. Sekuen nukleotida ini disebut sekuen intron
(intervening sequences), sebaliknya bagian struktural yang
ditranslasikan nantinya merupakan sekuen ekson. Sekuen intron juga
Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
 terdapatpada gen kelas beberaoa gen rRNA dan gen kelas III khususnya
yang mengkode tRNA.

3. Gen kelas III

Gen kelas III mengkode tRNA, 5S rRNA, dan beberapa molekul RNA
kecil yang berada di dalam nukleus. Gen kelas III ditranskripsi oleh RNA
polimerase II. Secara umum terdapat 2 jenis gen dalam gen kelas III
yaitu gen kelas III klasik dan non klasik. Gen klasik memiliki promoter
pada bagian dalam gen struktural, sedangkan gen non klasik memiliki
promoter yang mirip dengan gen kelas II tetapi juga masih ada promoter
yang terletak di dalam gen struktural.

Enzim RNA polimerase pada eukariot dikenal sebagai RNAPOL yang terdiri
atas 3 jenis dengan karakteristik sebagi berikut :
Tabel Karakteristik RNA Polimerase

RNA pol I RNA pol II RNA pol III

Peranan Transkripsi gen Transkripsi gen kelas II Transkripsi gen

kelas I kelas III

Berat Molekul 630 kDa 567 kDa 697 kDa

Jumlah Sub unit 13 12 14

Aktivitas Pada ionik rendah, Pada ionik tinggi, lebih Aktif pada range
+2
srimulasi oleh Mn aktif dengan adanya ionik yang lebar,
+2 +2 +2
dan Mg Mn dan Mg lebih aktif dengan
+2
adanya Mn

Respon terhadap Tahan Rentan Terinhibisi pada

α-amanitin konsentrasi tinggi

Lokasi dalam Sel Nukleolus Nukeoplasma Nukleoplasma

Pada mekanisme transkripsi eukariot, RNA polimerase tidak menempel secara

langsung pada DNA melaikan dengan perantara faktor transkripsi (Transcription
Factor = TF). TF dapat dikelompokan menjadi umum dan khusus. Faktor umum
mengarahkan RNA polimerase kearah promoter yang menginisiasi pembukaan
kompleks DNA membentuk gelembung replikasi, sedangkan faktor kusus lebih

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
spesifik mengatur transkripsi setiap gennya. Komplek open opromoter
mengawali rangkaian polimerisasi untai RNA berdasarkan DNA template.

Kompleks Inisiasi
http://schoolbag.info/biology/living/90.html

Pada transkrpsi gen kelas II faktor transkripsi umum diantaranya adalah TFIIA,
TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH, dan TFIIJ. Faktor-faktor tersebut akan
menempel ke daerah promoter secara bertahap membentuk kompleks pra-
inisiasi yang di kenali RNA polimerase II. TFIID mula-mula akan menempel
pada kotak TATA yang dibantu oleh TFIIA, kemudian diikuti penempelan TFIIB,
dan kemudian TFIIF yang diikuti penempelan RNA polimerase II, akhirnya akan
diikuti dengan penempelan TFIIE, TFIIH, dan TFIIJ. Setelah kompleks pra-
inisiasi terbentuk maka RNA polimerase II siap untuk melakukan polimersiasis
dengan orientasi dari arah 5’ ke 3’.
TFIIH menyebabkan pembukaan ikatan hidrogen pada untai DNA dan
menyebabkan pembentukan gelembung traanskripsi yang memungkinkan
terjadinga transkripsi untai template DNA, TFIIH juga melakukan fosforilasi
terhadap RNA polimerase II yang memicu perubahan pra-inisiasi menjadi
inisiasi dan selanjutnya elongasi yang kemudian distimulasi oleh TFIIS.
Pada gen kelas I dimulai transkripsi dengan pembetukan kompleks pra-inisiasi
yang dilakukan oleh RNA polimerase I dan 2 faktor transkripsi yaitu SL1 dan
UBF (Upstream binding factor). SLI bersifat spesifik untuk suatu spesies, SL1
berperan dalam pra-inisiasi terhadap promoter pada bagian kotak TATA,
kompleks ini menstimulasi adanya transkripsi gen kelas I.
Transkripsi gen kelas I dimulai dari promoter antara dan berakhir pada sisi
sebelah hulu promoter. Selain SL1 juga diperlukan UBF akan menempel pada
promoter dan menfasilitasi terjadinya transkripsi.

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
Sedangkan pada gen kelas II terdapat sejumlah faktor transkripsi seperti TFIIIA,
TFIIIB, TFIIIC dan protein TBP. Pada sintesi tRNA TFIIIA tidak diperlukan,
sebaliknya pada sintesis 5S rRNA justru diperlukan semua faktor transkripsi.
TFIIIC adalah yang pertama kali menempel pada kotak A dan kotak B yang ada
pada promoter internal. Penempelan TFIIIC menstimulasi penempelan TFIIIB
dna TBP pada daerah hulu awal transkripsi. TFIIIA adalah suatu protein
pengikat pada DNA yang memiliki fungsi zick-finger.
Faktor TBP merupakan protein universal pada semua transkripsi gen yang tidak
memiliki kotak TATA dan berperan sebagai inisiator transkripsi pengganti
perannan kotak TATA.
Setelah dilakukan inisiasi maka terjadilah elongasi oleh RNA polimerase, urutan
RNA akan dikomplementerkan dengan merangkai ribonukleotida dengan
pasnagan yang komplementer pada DNA template, semua gen struktural akan
ditranskripsikan menjadi RNA. RNA polimerasi tidak memiliki kemampuan untuk
membedakan sekuen ekson dan intron, sehinggan intron nantinya akan
dibuang melalui mekanisme splicing.
Untuk terminasi pada eukariot sampai saat ini belum dipahami secara jelas.
Akan tetapi bukti-bukti menunjukan bahwa terminasi terjadi pada daerah
beberapa ratus atau bahkan ribu nukleotida disebelah hilir sisi sinyal
poliadenilasi (AAUAAA). Secara umum belum ditemukan sekuen konsensus
sebagai sinyal terminasi, saat ini baru diketahui bahwa pada khamir S.
cerviseae yang diduga mempunyai sekuen sinyal terminasi berupa sekuen
TAG…TAGT….(Daerah kaya AT)…TTT.
Dalam proses transkripsi pada eukariot, RNA akan juga melewati beberapa
tahapan seperti berikut :
1. Splicing
DNA hasil transkripsi adalah pre-mRNA yang masih mengandung
sekuen ekson dan intron. Sekuen intron harus dibuang agar tidak
ditranslasi, dan menyambungkan semua sekuen ekson menjadi mRNA
yang mature. Proses ini merupakan proses yang akurat dengan
pengendalian berupa splicing signals dengan memanfaatkan sekuen
lestari pada intron seperti dibawah ini, bagian yang putus-putus
merupakan intron yang akan dibuang.
Ekson-GU……………..AG-Ekson
Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
 Selain itu juga terdapat urutan konsensus pada pertemuan antara ekson
dan intron. Dengan urutan sebagai berikut :
INTRON
EKSON EKSON

5’ A64 G72 G100 U68 A68 A68 G84 U63……..….….6Py74-87 N C65 A100 G100 N 3’

Urutan signal Splicing

Angka-angka disebelah hurufsimbol nukleotida merupakan persentase

frekuensi nukleotida pada masing-masing posisi tersebut, sedangkan N
adalah tanda bahwa pas posisi tersebut dapat diisi jenis apa saja
nukleotida, sedangkan Py menunjukan posisi yang diisi jenis basa
pirimidin. Urutan signal yang tertera diatas hanya berlaku pada mRNA
yang belum matang, sedangkan pada tRNA dan gen struktural pada
mitokondria dan kloroplas terdapat perbedaan mekanisme pemotongan-
penyambungan RNA-nya.
Pada gen-gen yang ada dalam nukleus hanya ada urutan nukleotida
lestari (conserved nukleotida) yang pendek yaitu TACTAAC yang terletak
sekitar 30 pasangan basa di sebelah hulu dari sisi 3’ penyambungan.
Residu adenine pada posisi keenam kotak TACTAAC adalah residu
lestari dan mempunyai peranan penting dalam proses pemotongan-
penyambungan intron-ekson. Secara umum dapat dikatakan bahwa
sekuen intron pada gen-gen dalam nukleus bersifat acak, kecuali sekuen
dinukleotida GT dan AC serta kotak TACTAAC. Intron ada gen-gen
mitokondria dan kloroplas juga mempunyai sekuen lestari tetapi berbeda
dari gen di nukleus.
Dari beberapa penelitian diketahui bahwa sinyal slpicing pada precursor
mRNA jika terdapat mutasi pada sekuen signal konsensus dan kotak
TACTAAC menunjukan perubahan fenotif pada banyak eukariot yang
menimbulkan penyakit seperti kelainan hemoglobin.
Pada dasarnya proses splicing melalui tipe berikut:
1) Intron pada precursor tRNA dipotong menggunakan endonuclease
yang diikuti penyambungan menggunakan ligase.

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
 Dalam tahap 1 enzim yang disebut tRNA endonuclease yang
terdapat di dalam membrane nukleus melakukan dua pemotongan
secara tepat pada setiap ujung-ujung intron, selanjutnya pada
tahapan 2 suatu enzim yang disebut splicing ligase menyambungkan
kedua bagian tRNA sehingga dihasilkan tRNA yang fungsional.

Splicing pre-tRNA
http://mol-biol4masters.masters.grkraj.org/

2) Intron pada beberapa precursor rRNA dipotong melalui mekanisme

autokatalitik melalui reaksi yang melibatkan molekul RNA sendiri
yang tidak melibatkan enzim. Lebih jauh juga diketahui bahwa
mekanisme ini terjadi untuk precursor tRNA dan mRNA pada
mitokondria dan kloroplas.
Mekanisme splicing atokatalitik tidak memerlukan energi maupun
enzim tetapi melibatkan reaksi transfer ikatan fosfodiester tanpa ada
penghilangan ikatan. Mekanisme ini dibedakan menjadi dua yaitu
pada gen-gen yang mengandung intron grup I dan intron grup II.
Contoh mekanisme pada intron grup I misalnya pada 26S rRNA pada
Tetrahymena, proses splicing melibatkan penambahan nukleotida
guanine pada ujung 5’intron. Guanine berasal dari luar struktur intron
yang akan menyerang nukleotida adenine pada ujung 5’intron dan
menyebabkan pelepasan ekson. Pada tahapan kedua, ekson 1
menyerang 2 sekaligus melakukan penyambungan ekson 1 dan
ekson 2 serta melepaskan intron.

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
 Splicing Autokatalitik
http://mol-biol4masters.masters.grkraj.org/

Gen-gen mitokondri dan klorplas mengandung gen intron grup I dan

intron grup II tetaapi memiliki perbedaan mekanisme. Pada intron
grup II mekanisme penyerangan dilakukan oleh nukleotida adenine
yang ada di dalam intron sendiri membentuk struktur lariat seperti
pada mekanisme splicing menggunakan spliceosome dengan gugus
Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
 katalitik pada intron grup II. Lebih lanjut bahwa penemuan
mekanisme ini memunculkan hipotesis bahwa intron pada pre-mRNA
gen pada nukleus secara evolusioner berasal dari intron grup II pada
bakteri.

3) Intron pada pre-mRNA dipotong dengan mekanisme reaksi dua-

langkah yang dilakukan partikel ribonukleoprotein yang disebut
spliceosome.
Secara sederhananya mekanisme ini dapat digambarkan dalam
tahapan di bawah ini

Splicing pre-mRNA
https://et.wikipedia.org/wiki/Splaissimine
http://www.nature.com/nrn/journal/

Dalam mekanisme ini pertama-tama gugus 2-OH nukleotida adenine

pada intron akan menyerang ikatan fosfodiester yang
menghubungkan ekson 1 dengan intron yang menyebabkan
terputusnya ikatan antara ekson 1 dan intron sehingga dihasilkan
ekson 1 yang bebas dan struktur lariat (tali laso, gabungan intron dan
ekson 2. Struktur lariat tersebut memiliki ujung 5’GU yang berikatan
dengan titik percabangan dengan ikatan fosfodiester. Pada tahapan

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
 kedua ujung 3-OH pada ekson 1 menyerang ikatan fosfodiester
antara intron dan ekson 2 menghasilkan struktur ekson lariat dan
terjadi penyambungan ekson 1 dan ekson 2 yang diperantarai ikatan
gugus fosfat 5’ dan ekson 2.
Pada sebuah penelitian terhadap khamir, menunjukan bahwa dalam
mekanisme splicing berlangsung dalam sebuah partikel berukuran
40S yang disebut spliceosome, selain itu juga terdapat faktor lain
yang berperan dalam splicing yaitu small RNA (snRNA) yang
berasosiasi dengan sebuah protein membentuk kompleks small
ribonuklear proteins (snRNP) kompleks tersebut terdiri atas
U1,U2,U4,U5, dan U6.

2. Poliadenilasi mRNA
Prosesing lebih lanjut dari sebuah pre-mRNA adalah tahapan
poliadenilasi, yaitu proses penambahan poliA (rantai AMP) pada ujung 3’
mRNA sepangjang kurang lebih 200-250 nukleotida. Sebuah molekul
pre-mRNA akan mengalami poliadenilasi sebelum terjadinya terminasi
pada proses transkripsi yang dilakukan dengan cara memotong
precursor mRNA pada bagian yang nantinya akan menjadi mRNA
matang yang kemudian dilanjutkan dengan penambahan poliA pada
ujung 3’ yang terbuka.

Poliadenilasi
http://www.biochemistry.ucla.edu

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
 Penambahan ini dilakukan oleh enzim poli(A) polimerase yang ada
dalam nukleus. Sebagian besar mRNA mengandung poliA, kecuali pada
mRNA pengkode histon.
Tempat penambahan poliA dicirikan suatu sinyal poliadenilasi pada gen
mamalia yang terdiri atas nukleotida AATAAA yang diikuti oleh sekitar 20
niukleotida yang kaya residu GT serta diikuti oleh motif yang kaya T.
Penambahan poliA menyebabkan peningkatan stabilitas mRNA
sehingga tidak mudah terdegradasi.

3. Capping mRNA
Pada ujung 5’mRNA terjadi suatu reaksi metilasi yang kemudian dikenal
sebagai mRNA cap. Pada penelitian Yasuhiro diketahu bahwaa cap
tersebut tersusun atas 7-metilguanosin (m7G).
Cap m7G disintesis melalui tahapan-tahapan dengan bantuan banyak
enzim. Pada tahap pertama enzim RNA trifosfatase akan memotong
gugus fosfat pada ujung pre-mRNA, kemudian aktivitas enzim guanili
transferase menambahkan GMP (Guanosin monofosfat). Selanjutnya
enzim metil-transferase melakukan metilasi tudung guanisun pada N 7
dan gugus 2’-O-metil pada nukleotida ujung tersebut. Proses ini terjadi
pada tahapan awal transkripsi sebelum transkripsi memcapai panjang 30
nukleotida. Cap m7G berikatan dengan mRNA melalui ikatan trifosfat
yang tidak dapat dipotong aktivitas enzim RNase.
Penambangan capping pada mRNA diduga memiliki fungsi sebagi
pelindung mRNA dari degradasi, meningkatkan efisiensi translasi,
meningkatkan pengangkutan mRNA ke sitoplasma, dan meningkatkan
efisiensi dalam splicing.

4. Pemrosesan rRNA dan tRNA

Molekul rRNA yang dihasilkan dari transkripsi pada eukariot dan
prokariot merupakan sebuah prekursor. Contohnya pada mamalias
dihasilkan prekursor rRNA berukuran 45S yang sebenarnya terdiri atas
rRNA 28S, 18S, dan 5.8S. untuk mendapatkan bagian-bagian tersebut
maka diperlukan pemotongan pre rRNA menjadi unit-unit fungsional
tersebut dengan bantuan enzim RNase.
Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
 Pemotongan pre rRNA menjadi unit-unit fungsional
http://atlasgeneticsoncology.org/

pada prekursor tRNA merupakan bagian belum matang yang juga harus
dilakukan pemotongan agar menjadi unit-unit fungsional, kadang
prekursor tRNA juga mengandung sekuen yang dapat menjadi rRNA.
Pemotongan dapat dilakukan dengan aktivitass enzim RNAse III.

Pemotongan prekursor tRNA

http://kushnerlab.genetics.uga.edu/

Setelah dilakukan pemotongan, tRNA masih mengandung ujung-ujung 5’

dan 3’. Pada ujung-ujung tersebut terdapat nukleotida-nukleotida
tambahan yang pada ujung 5’ akan dipotong menggunakan enzim
RNase P, sedangkan pada ujung 3’ akan menggunakan enzim RNase D,
RNase BN, RNase T, RNase PH, RNase II, dan PNPase.
Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
Setelah proses transkripsi selesai maka berlanjut ke proses translasi. Proses
translasi hanya terjadi pada mRNA. Proses translasi merupakan proses
penerjemahan bahasa nukleotida menjadi bahasa asam amino yang akan
dipolimerisasi dalam bentuk polipeptida. Proses translasi terjadi di dalam
ribosom. Ribosom merupakan organel sel yang tersusun atas molekul-molekul
rRNA dan beberapa jenis protein yang tersusun menjadi sub unit besar dan
keci ribosom, ribosom pada prokariot memiliki ukuran 70S sedangkan pada
eukariot berukuran 80S. Pada prokariot sub unit kecil berukuran 30 S yang
terdiri atas rRNA 16S yang membentuk kompleks dengan 21 macam protein.
Sedangkan sub unit besar berukuran 50S.

Sedangkan pas eukariot sub unit kecil berukuran 40S dengan kandungan rRNA
18S dengan 33 macam protein. Sub unit besar berukuran 60S dengan rRNA
berukuran 5S, 5.8S, dan 28S dengan 49 macam protein.
Pada prokariot, translasi sudah dimulai sebelum proses transkripsi berakhir,
dengan demikian proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir serentak.
Hal tersebut dapat dipahami karena mRNA pada prokariot tidak mengalami
proses lanjutan, dan juga disebabkan kecepatan pertumbuhan sel prokariot
yang beregenerasi dalam hitungan menit, sehingga memerlukan baham
pembentukan utamanya protein yang lebih cepat.

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
 Translasi pada DNA prokariot
http://book.bionumbers.org/
Proses translasi yang langsung terjadi pada prokariot juga disebabkan letak
DNA yang berada pada sitoplasma sehingga mRNA dapat langsung ditempeli
ribosom untuk ditranslasikan. Berbeda dengan struktur DNA eukariot yang lebih
komleks dan terdapat di dalam nukleus, menyebabkan translasi tidak serentak
terjadi pasca transkripsi.
Pada dasarnya proses translasi pada prokariot maupun eukariot dapat dibagi
menjadi tiga tahapan, yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi. Sebelum terjadi
inisiasi, diperlukan pembawa asam amino yaitu tRNA aminoasil. Masing-masing
asam amino akan diikatkan pada tRNA yang spesifik melalui tahapan tRNA
charging yang merupakan proses penambahan muatan asam amino pada
tRNA.

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
 tRNA Charging
http://www.mun.ca/biology
Proses ini berlangsung pada ujung 3 basa tRNA pada ujung 3’ dengan urutan
CCA. Pada residu adenosine akan ditambahkan asam amino yang diikatkan
dengan ikatan ester antara gugus karboksil asam amino dengan gugus hidroksil
2’ atau 3’ yang apa pada adenosine paling ujung. Reaksi ini dikatalisis oleh
enzim aminoasil tRNA sintetase melalui dua tahapan. Reaksi pertama adalah
aktivasi asam amino dengan menggunakan ATP dan dihasilkan aminoasil-
AMP. Selanjutnya enerdi dari AMP digunakan untuk memindahkan gugus asam
amino ke tRNA sehingga dihasilkan aminoasil-tRNA.

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
 Ini

Inisiasi
http://www.nature.com/nsmb/journal/v19/n6/full/nsmb.2285.html
Berlanjut ke proses inisiasi. Pada prokariot, inisiasi ditandai dengan
penggabungan mRNA dengan ribosom sub unit kecil dan formilmetionin-tRNA
membentuk kompleks inisiasi 30S. pembentukan ini memerlukan GTP dan
beberapa protein yang disebut sebagai faktor inisiasi (IF). IF-3 secara sendirian
berikatan denga ribosom sub unit kecil yang ikatannya distabliskan oleh IF-2
dan IF-3. Setelah ikatan tersebut terbentuk kemudian mRNA dan amino asil
tRNA yang pertama akan bergabung dengan rangkaian tersebut. Pada
prokariot, asam amino pertama yang digabungkan adalah N-formil metionin
(fMet).
Dalam proses inisiasi IF-3 berperan dalam pengikatan mRNA ke ribosom,
sedangkan IF-2 berperan dalam mengikatkan fMet-tRNAfMet pada kompleks
inisiasi 30S. Ikatan antara kodon inisiasi pada mRNA ditentukan oleh pasangan
nukleotida antar sekuens yang disebut sekuens Shine-Dalgarno (SD) dengan
sekuens komplementer pada ujung 3’ 16S rRNA, sekuen SD (AGGAGG)
terletak disebelah hulu kodon inisiasi.
Setelah itu terjadi penggabungan sub unit besar membentuk kompleks inisiasi
70S. Pada tahanan ini IF-1 dan IF-3 terlepas dari kompleks, selanjutnya terjadi
hidrolisis GTP yang diikuti oleh terlepasnya IF-2 menyisakan kompleks 70S
yang sudah ditempeli oleh mRNA yang siap ditranslasikan.

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
Pada eukariot terdapat beberapa perbedan dalam hal inisiasi. Pada eukariot,
asam amino pertama adalah metionin, bukan formil metionin, dengan molekul
tRNA inisiator berupa tRNAiMet. Pada eukariot juga tidak ditemukan sekuen
Shine-Dalgarno karenan peranannya digantikan oleh cap 7meti guanosin pada
mRNA mature.

Ribosom bersama dengan tRNAiMet menemukan kodon awal dengan cara

berikatan dengan ujung 5’ cap mRNA, kemudian melakukan pelacakan ke arah
5’ ke 3’ sampai menemukan kodom inisiasi AUG. Dalam model ini, ribosom
akan memulai translasi ketika ditemukan sekuen kodon AUG yang pertama kali.
Akan tetapi berdasarkan penelitian terhadap 699 mRNA didapatkan fakta
bahwa 6-10% kodon inisiasi tidak selalu AUG, pada kasus ini didapatkah
bahwa ribosom melewati satu atau dua AUG sebelum melakukan inisiasi
translasi. Sekuen AUG yang dikenali sebagai kodon inisiasi adalah sekuens
yang terletak pada sekuens konsensus CCRCCAUGG (R : purin A atau G).
Pada eukariot, faktor inisiasi yang diperlukan adalah eIF-1 eIF-2, eIF-3, eIF-5,
dan eIF-6. eIF-3 mengubah sub unit kecil ribosom eukariot menjadi bentuk yang
siap menerima aminoasil-tRNA pertama, terbentuklah kompleks 43S.
Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
Selanjutnya dengan bantuan eIF-4, mRNA akan melekat kompleks 43S
membentuk kompleks 48S. Kemudian dengan bantuan eIF-5 terjadi perlekatan
antara sub unit besar dengan kompleks 48S sehingga dihasilkan kompleks 80S
yang siap mentranslasikan mRNA. eIF-6 berperan dalam menginhibisi asosiasi
sub unit besar dan sub unit kecil sebelum dilakukannya translasi. Sedangkan
eIF-4 akan melekat pada struktur cap mRNA dan menstimulasi terjadinya
transkripsi.

Struktur Ribosom

Ribosom memiliki 3 ruang yaitu E (Exit), P (Peptidil), dan A (Aminoasil).

Setelah terjadi inisiasi maka berlanjut ke proses elongasi. Pada proses ini,
triples nukleotida dari mRNA (kodon) akan ditranslasikan dengan cara
mencocokan urutan komplementer antara kodon dan anti kodon dari tRNA yang
membawa asam amino yang bersesuai dengan apa yang dikode oleh kodon,
yang kemudian dilakukan polimersisasi membentuk ikatan peptide.
Proses elongasi terjadi dalam tiga tahapan.

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
 http://www.discoveryandinnovation.com/
Pertama pengikatan aminoasil-tRNA pada sisi A, masih kosong pada awal
translasi. Molekul tRNA pertama berikatan dengan kodon AUG atau GUG pada
mRNA melalui pasangan komplementer pada anti kodon. Macam-macam tRNA
akan dicocokan antara kodon dan anticodon. Proses ini dibantu oleh suatu
protein yang disebut faktor pemanjjangan (Tu ; elongation factor Tu, EF-Tu).
Penyisipan in I dilakukan setelah proses hidrolisis GTP menjadi GDP.
Setelah ssi P dan A terisi, maka tahapan selanjutnya adalah pembentukan
ikatan peptide yang dikatalisis oleh enzim peptidil transferase. Molekul fMet dan
tRNAiMet yang ada di sisi P hanya berisi tRNA saja, sedangkan sisi A berisi
dipeptidil tRNA. Kemudian terjadi proses translokasi dipeptidil tRNA. Dari sisi A
ke sisi P, Sedangkan tRNA kosong menempati sisi E. Pada proses translokasi
ini, mRNA bergerak dari arah 5’ ke 3’ sepanjang tiga-tiga nukleotida sehingga
berikutnya akan bergeser ke sisi A untuk menunggu aminoasil-tRNA berikutnya.
Proses translokasi ini memerlukan GTP dan faktor pemanjangan (elongation
G).

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
Polipeptida yang dari pencocokan antara kode pada kodon dan ati kodon.
Asam amino yang dibawa oleh tRNA akan dirangkai melalui ikatann peptide
membentuk polipeptida yang keluar melalui exit tunnel.
Dalam proses translasi,s etiap kodon berpasangand engan anticodon yang
sesuai yang terdapat pada tRNA, contohnya kodon metionin (AUG) mempunyai
komplemennya dalam bentuk anticodon UAS yang terdapat pada tRNA. Pada
waktu tRNA membawa asam amini diikat ke dalam sisi A dalam ribosom. Jika
setiap kodon memerlukan tRNA tersendiri, maka diperlukan banyak tRNA untuk
translasi. Oleh karena itu Francis Crick mengemukakan hipotesis Wobble untuk
menunjukan bahwa tRA yang diperlukan tidak harus sebanyak kodon yang ada.
Crik mengemukakan bahwa kedua basa pertama dalam setiap kodon harus
berpasangan secara tepat dengan anticodon yang sesuai, sedangkan basa
ketiga dapat berpasangan dengan basa yang tidak biasa. Dalam hal ini Crick
mengemukakan bahwa G dapat berpasangan tidak hanya dengan C pada
posisi ketiga kodon, tetapi dapat berpasangan juja dengan U sehingga
meghasilkan pasangan basa wobble G-U.
Lebih jauh crick jega mengemukan bahwa dalam tRNA ada suatu basa yang
tidak biasa yaitu inosin yang mempunyai struktur mirip G. Basa inosin dapat
berpasangan dengan C atau dengan U pada posisi ketiga kodon. Selain itu
inosin juga dapat berpasangan dengan A. dengan demikian anti koso
mengandung inosin pada posisi pertama dapat berpasangan dengan tiga
macam kdom
Translasi berakhir pada saat salah satu menemukan urutan sekuens konsensus
bermakna STOP UAA, UGA, dan UAG.
Pada E.coli dikenal Release Factor (RF) atau eRF yang membantu terminasi
tersebut mengenali kodon Stop yang mengaktifkan enzim peptidil transferase
menghidrolisis ikatan antara tRNA dengan sisi P, dan menyebabkan tRNA yang
kosong tersebut mengalami translokasi ke sisi E. sedangkan pada eukariot
dikenal adanya eRF yang berperan sama dengan RF.
Setelah itu polipeptida sudah terbentuk, dan sub unit – su unit ribosom akan
terdisosiasi kembali.

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
REFERENSI
Buku

Yuwono, Triwibowo. 2005. Biologi Molekular. Jakarta : Erlangga.

Starr, Cecie,dkk. 2009. Biology : The unity and diversity of life. Jakarta :
Salemba Teknika.

Karp, Gerald. 2013. Cell and Molecular Biology 7th. USA : Wiley

Nelson, David, Michael M.Cox. 2011. Lehninger :Principle of Biochemistry 5th.

New York : WH Freaaman and Company

Internet

http://mol-biol4masters.masters.grkraj.org/html/RNA_Processing3C-
Self_Splicing_RNAs.htm
http://www.nature.com/nrn/journal/v2/n1/box/nrn0101_043a_BX1.html
http://www.biochemistry.ucla.edu/biochem/Faculty/Martinson/Cleavageandpolya
denylation.html
http://atlasgeneticsoncology.org/Genes/GC_RMRP.html
http://kushnerlab.genetics.uga.edu/research.html
http://www.shmoop.com/dna/dna-replication.html
http://www.yourgenome.org/facts/what-is-dna-replication

Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016
 Biologi Sel
Muh. Reza Jaelani- April 2016