Pengertian Replikasi DNA

Replikasi DNA adalah proses di mana sebuah molekul DNA asli menghasilkan dua salinan
identik DNA. Replikasi DNA adalah proses biologis yang terjadi pada semua organisme
hidup. Replikasi DNA merupakan dasar untuk pewarisan.

DNA terbuat dari dua helai dan setiap helai sel induk bertindak sebagai template untuk
produksi untai komplementer. Proses ini dikenal sebagai replikasi semi-konservatif DNA.

Proses DNA Replikasi

Mekanisme replikasi DNA terjadi dalam tiga langkah terkoordinasi yang dikatalisasi secara
enzimatis. Langkah-langkah replikasi DNA adalah sebagai berikut:

Inisiasi:

Proses replikasi dimulai pada titik tertentu dari DNA yang dikenal sebagai asal yang
dikatalisis oleh protein inisiator. Urutan asal adalah A T. Di lokasi situs asal protein inisiator
membentuk kompleks pra-replikasi yang membuka ritsleting DNA untai ganda.

Elongasi:

Pemanjangan atau Elongasi molekul DNA adalah menambahkan sedikit asam amino pada
rantai protein yang sedang tumbuh. Sintesis leading strand dimulai dengan dengan sintesis
RNA primer dengan primase di lokasi asal. Urutan nukleotida yang ditambahkan ke primer
oleh enzim DNA polimerase III arah 5 ke 3.

Garpu Replikasi

Replikasi garpu adalah struktur selama replikasi DNA. Garpu Replikasi diciptakan oleh
enzim helikase yang memutus ikatan hidrogen yang memegang untai DNA bersama-sama.
Helai ini berfungsi sebagai template untuk leading strand dan lagging strand.

Terminasi:

Terminasi replikasi DNA selesai oleh protein terminasi.

Replikasi DNA semikonservatif

Replikasi molekul DNA yang terjadi dengan dua untai komplementer yang dipisahkan oleh
aksi enzim tertentu. Enzim ini membuka molekul dan mengekspos basa nukleotida. Setiap
untai molekul DNA tetap utuh dan berfungsi sebagai template untuk sintesis untai
komplementer. Modus replikasi DNA adalah semi-konservatif di mana salah satu dari
setengah molekul DNA yang lama dan setengah lainnya yang baru.

Apa itu Leading Strand

Leading Strand adalah untai DNA berkembang yang disintesis dalam arah yang sama dengan
garpu replikasi. Enzim polimerase membaca template Leading Strand dan hal itu menambah
nukleotida untuk melengkapi untai yang berkembang terus menerus.

Lagging Strand
Lagging Strand adalah untai DNA berkembang yang disintesis berlawanan dengan arah garpu
replikasi. Replikasi Lagging Strand lebih rumit daripada Strand Leading. Lagging strand
disintesis dalam segmen singkat dikenal sebagai fragmen Okazaki. Dalam Lagging strand,
template DNA memulai sintesis RNA primer singkat. Primer RNA kemudian dihapus dan
diganti dengan fragmen DNA dan bergabung bersama oleh DNA ligase.

Enzim Replikasi DNA

Berikut ini adalah enzim dan protein yang mengambil bagian dalam mekanisme replikasi
DNA.

DNA girase enzim DNA girase ini membuat potongan dalam struktur heliks ganda
DNA dan memisahkan masing-masing pihak.

Helikase Enzim ini mengurai molekul DNA untai ganda.

Strand tunggal Binding Protein Ini adalah protein kecil yang mengikat sementara
untuk setiap sisi untai untuk menjaga mereka terpisah satu sama lain.

DNA Polimerase kompleks Enzim ini berjalan ke untai DNA menambahkan basa
nukleotida ke setiap helai. Nukleotida ditambahkan untuk melengkapi nukleotida
yang terdapat pada untai yang ada.

DNA polimerase juga mengoreksi DNA baru.

DNA Ligase enzim DNA ligase menutup fragmen menjadi untai yang kontinu.

DNA Polimerase

DNA polimerase adalah enzim yang melakukan segala bentuk replikasi DNA. DNA
polimerase tidak memulai proses sintesis untai baru. Mereka memperpanjang untai DNA atau
RNA yang ada yang dipasangkan dengan untai cetakan. DNA Polimerase juga memainkan
peran penting dalam proses-proses lain dalam sel seperti perbaikan DNA, rekombinasi
genetik, transkripsi terbalik dan lain-lain. Enzim ini juga digunakan di laboratorium biologi
molekuler di PCR, sekuensing DNA dan teknik kloning molekuler.

Sehubungan dengan replikasi DNA, DNA polimerase menambahkan basa nukleotida pada
satu untai tunggal membuatnya menjadi DNA untai ganda. Enzim ini menambahkan
nukleotida bebas di ujung untai 3 cetakan yang menghasilkan formasi untai baru dalam arah
5-3. DNA polimerase bergerak sepanjang untai template dalam arah 3-5 dan untai anak
yang terbentuk dalam arah 5-3. Hal ini menyebabkan pembentukan DNA antiparalel
beruntai ganda untuk satu sama lain.
 proses replikasi dna

Replikasi DNA prokariotik

Replikasi DNA dalam prokariota digambarkan sebagai berikut:

Proses replikasi DNA membutuhkan sejumlah besar protein dan enzim yang
memainkan peran penting selama proses tersebut.

Salah satu enzim yang paling penting dalam proses ini adalah DNA polimerase, yang
menambah urutan nukleotida ke rantai DNA yang berkembang.

Pada prokariota, ada urutan nukleotida spesifik yang dikenal sebagai asal replikasi
yang merupakan titik inisiasi dari proses replikasi.

E.coli memiliki asal replikasi tunggal yang kaya dengan urutan A T. Protein tertentu
mengenali situs asal dan mengikat dengan itu.

Enzim helikase membuka DNA dengan memecah ikatan hidrogen.

DNA membentuk struktur berbentuk Y disebut garpu replikasi.

Untai tunggal yang mengikat protein melapisi untai DNA dekat garpu replikasi yang
mencegah DNA tidak berliku kembali.

Enzim DNA Polimerase menambahkan nukleotida hanya pada arah 5-3.

Leading stand yang melengkapi dari arah 3 ke 5 untai orangtua disintesis terus
menerus menuju garpu replikasi.

lagging strand yang melengkapi dalam arah 5 ke 3 untai orangtua yang

membutuhkan RNA primer untuk mensintesis nukleotida dalam fragmen pendek yang
dikenal sebagai fragmen Okazaki.

enzim DNA Polimerase I menggantikan primer RNA dengan nukleotida DNA.

 DNA ligase menutup celah antara fragmen Okazaki yang bergabung dengan fragmen
untuk membentuk molekul DNA tunggal.

Replikasi DNA eukariotik

Replikasi DNA pada eukariota adalah proses yang sangat rumit yang melibatkan banyak
enzim dan protein. Proses ini terjadi dalam 3 tahap utama: inisiasi, elongasi dan terminasi.

Inisiasi

Dalam proses inisiasi ada urutan spesifik nukleotida disebut asal replikasi yang merupakan
situs untuk inisiasi replikasi. Protein tertentu mengikat ke situs asal, enzim helikase membuka
heliks DNA dan membentuk dua garpu replikasi. Eukariota memiliki beberapa asal replikasi
yang memungkinkan replikasi secara simultan di beberapa tempat.

Elongasi

Selama proses perpanjangan enzim yang disebut DNA polymerase menambahkan nukleotida
DNA pada ujung 3 template. Leading adalah Untai yang disintesis dalam arah 5 - 3.
Lagging strand, nukleotida baru dalam bentuk nukleotida RNA kemplementer yang baru
ditambahkan. Nukleotida RNA kemudian diganti dengan nukleotida DNA. Leading strand
yang melengkapi ke untai DNA orangtua disintesis terus menerus menuju garpu replikasi,
karena DNA polimerase dapat mensintesis DNA dalam arah 5 ke 3. Lagging strand
disintesis dalam bentuk fragmen Okazaki. Fragmen ini memerlukan primer RNA untuk
memulai sintesis.

Terminasi

Selanjutnya dalam proses, primer RNA dihapus dan nukleotida RNA digantikan oleh
nukleotida DNA oleh polimerase DNA enzim. Celah antara fragmen ditutup oleh enzim DNA
ligase.
Secara sederhana:

Mula-mula, heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai tunggal oleh enzim helikase
(9) dengan bantuan topoisomerase (11) yang mengurangi tegangan untai DNA. Untaian DNA
tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian tunggal (10) untuk mencegahnya
membentuk heliks ganda kembali. Primase (6) membentuk oligonukleotida RNA yang
disebut primer (5) dan molekul DNA polimerase (3 & 8) melekat pada seuntai tunggal DNA
dan bergerak sepanjang untai tersebut memperpanjang primer, membentuk untaian tunggal
DNA baru yang disebut leading strand (2) dan lagging strand (1). DNA polimerase yang
membentuk lagging strand harus mensintesis segmen-segmen polinukleotida diskontinu
(disebut fragmen Okazaki (7)). Enzim DNA ligase (4) kemudian menyambungkan potongan-
potongan lagging strand tersebut.

Salah satu tahapan penting dalam proses pertumbuhan jasad hidup adalah proses perbanyakan
bahan genetik. Proses perbanyakan bahan genetik dikenal sebagai proses replikasi. Pada
replikasi DNA, rantai DNA baru dibentuk berdasarkan urutan nukleotida pada DNA yang
digandakan. Replikasi merupakan proses pelipatgandaan DNA. Replikasi DNA adalah proses
penggandaan molekul DNA untai ganda. Pada sel, replikasi DNA terjadi sebelum
pembelahan sel. Prokariota terus-menerus melakukan replikasi DNA. Penggandaan tersebut
memanfaatkan enzim DNA polimerase yang membantu pembentukan ikatan antara
nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA. Proses replikasi DNA dapat pula dilakukan in
vitro dalam proses yang disebut reaksi berantai polimerase (PCR).

Setiap molekul DNA yang melakukan replikasi sebagai suatu satuan tunggal dinamakan
replikon. Replikasi molekol DNA dimulai dari tempat khusus yang disebut titik mula
replikasi (origins of replication), bentangan pendek DNA yang memiliki sekuens nukletida
spesifik. Kromosom E. coli, seperti banyak kromosom bakteri lain melingkar dan memiliki
satu titik mula. Berkebalikan dengan kromosom bakteri, kromosom eukariot mungkin
memiliki beberapa ratus atau beberapa ribu titik mula replikasi. (Campbell, 2008)

Proses inisiasi ini ditandai oleh saling memisahnya kedua untai DNA, yang masing-masing
akan berperan sebagai cetakan bagi pembentukan untai DNA baru sehingga akan diperoleh
suatu gambaran yang disebut sebagai garpu replikasi. Biasanya, inisiasi replikasi DNA, baik
pada prokariot maupun eukariot, terjadi dua arah (bidireksional). Dalam hal ini dua garpu
replikasi akan bergerak melebar dari ori menuju dua arah yang berlawanan hingga tercapai
suatu ujung (terminus).

1. Tahapan-tahapan dalam proses replikasi

Inisiasi, DNA dalam sel-sel eukaryotik memiliki ARCs (autonomously replicating

sequence) yang berperan sebagai asal muasal replikasi dan mereka saling berlawanan dari
asal bakterial (ORI). ARCs terdiri atas 11 pasangan landasan rentetan tambah dua atau tiga
rentetan nucleotida pendek tambahan dengan 100 hingga 200 pasangan landasan sepanjang
area DNA. Grup utama dari enam protein, secara kolektif dikenal dikenal sebagai ORC
(Origin Recognition Complex), mengikat asal muasal replikasi, menandai replikasi DNA
dengan tepat pada saat waktu yang sesuai melalui siklus sel. Pengenalan situs awal replikasi,
oleh suatu protein komponen polymerase DnaA yang dihasilkan oleh gen dnaA.

Terbentuknya Garpu Replikasi. Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork)
ialah struktur yang terbentuk ketika DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat
enzim helikase yang memutus ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan kedua untaian DNA,
membuat terbukanya untaian ganda tersebut menjadi dua cabang yang masing-masing terdiri
dari sebuah untaian tunggal DNA. Masing-masing cabang tersebut menjadi cetakan untuk
pembentukan dua untaian DNA baru berdasarkan urutan nukleotida komplementernya. DNA
polimerase membentuk untaian DNA baru dengan memperpanjang oligonukleotida (RNA)
yang dibentuk oleh enzim primase dan disebut primer.

Pemanjangan Untaian DNA. DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan
menambahkan nukleotida dalam hal ini, deoksiribonukleotida ke ujung 3 hidroksil bebas
nukleotida rantai DNA yang sedang tumbuh. Dengan kata lain, rantai DNA baru (DNA
anak) disintesis dari arah 53, sedangkan DNA polimerase bergerak pada DNA induk
dengan arah 35. Namun demikian, salah satu untaian DNA induk pada garpu replikasi
berorientasi 35, sementara untaian lainnya berorientasi 53, dan helikase bergerak
membuka untaian rangkap DNA dengan arah 53. Oleh karena itu, replikasi harus
berlangsung pada kedua arah berlawanan tersebut

Pembentukan Leading strand. Pada replikasi DNA, untaian pengawal (leading strand) ialah
untaian DNA disintesis dengan arah 53 secara berkesinambungan. Pada untaian ini, DNA
polimerase mampu membentuk DNA menggunakan ujung 3-OH bebas dari sebuah primer
RNA dan sintesis DNA berlangsung secara berkesinambungan, searah dengan arah
pergerakan garpu replikasi.

Pembentukan Lagging strand. Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada sisi
yang berseberangan dengan leading strand pada garpu replikasi. Untaian ini disintesis dalam
segmen-segmen yang disebut fragmen Okazaki. Panjang fragmen okazaki mencapai sekitar
2.000 nukleotides panjang dalam sel-sel bakterial dan sekitar 200 panjang nukelotides dalam
sel-sel eukaryotic. Pada untaian ini, primase membentuk primer RNA. DNA polimerase
dengan demikian dapat menggunakan gugus OH 3 bebas pada primer RNA tersebut untuk
mensintesis DNA dengan arah 53. Fragmen primer RNA tersebut lalu disingkirkan
(misalnya dengan RNase H dan DNA Polimerase I) dan deoksiribonukleotida baru
ditambahkan untuk mengisi celah yang tadinya ditempati oleh RNA. DNA ligase lalu
menyambungkan fragmen-fragmen Okazaki tersebut sehingga sintesis lagging strand menjadi
lengkap.

DNA polymerases tidak mampu mengisi ikatan covalent yang hilang. Celah yang tersisa
direkat oleh DNA ligase. Enzim ini mengkatalis pembentukan ikatan phosphodiester antara 3
OH dari salah satu helaian dari 5-P dari helaian yang lain.DNA ligase diaktifkan oleh AMP
(adenosine monophosphate) sebagai cofactor (faktor pengendali). Dalam E.coli, AMP
dibawa dari nucleotide NAD+. Dalam sel-sel eukaryotik, AMP ditandai dari ATP. Ligase-
ligase tidak dilibatkan dalam pemanjangan rantai; melainkan, mereka berperan pemasang
enzim-enzim untuk perekatan celah melalui molekul DNA.

Modifikasi Post-Replikasi DNA, Setelah DNA direplikasikan, dua helaian tersintesis

terbaru dipasangkan ke modifikasi enzimatik. Perubahan-perubahan ini biasanya melibatkan
penambahan molekul-molekul tertentu untuk mengkhususkan titik-titik sepanjang helix
ganda. Pada cara ini, tags sel, atau label-label, DNA, sehingga ini bisa membedakan material
genetiknya sendiri dari berbagai DNA asing yang mungkin bisa masuk ke dalam sel.
Modifikasi post-replikasi DNA mungkin juga mempengaruhi cara molekul diikat. DNA
merupakan faktor utama modifikasi dengan penambahan kelompok methyl ke beberapa
adenine dan residu-residu cytosine. Grup methyl ditambahkan oleh DNA methylasess setelah
nucleotides telah digabungkan dengan DNA polymerases.

Penambahan methyl ke cytosine membentuk 5-methylcytosine dan methylasi dari adenine

membentuk 6-methyladine. Methyladine lebih umum daripada methylcytosine dalam sel-sel
bakterial, di mana dalam sel-sel eukaryotik, grup methyl paling banyak ditambahkan ke
cytosine. Methylase muncul hanya pada beberapa rentetan nucleotide khusus. Dalam sel-sel
eukaryotik, sebagai contoh, methylasi secara umum muncul pada saat cytosine berdampingan
ke guanine di sisi 3-OH (5 P-CG-3OH).Pola methylasi bersifat spesifik untuk spesies yang
diberikan, berperan seperti tanda tangan untuk DNA spesies tersebut. Hal ini patut
diperhatikan karena grup methy melindungi DNA melawan perlawanan enzim-enzim tertentu
disebut restriction endonucleases Oleh karena itu DNA asing melalui sebuah sel dicerna
dengan restriction endonucleases. Dalam sel tertentu, restriction endonucleases bisa
memotong DNA di titik khusus tertentu di mana DNA methylase menambah sebuah grup
methyl.

Pola methylasi melindungi DNA dari cernaan oleh sel yang memiliki endonucleases tapi
tidak melawan pembatasan enzim-enzim yang diproduksi sel-sel spesies yang lain.
Pembatasan ini menyederhanakan pertukaran DNA antar sel dari spesies yang diproduksi sel-
sel spesies yang berbeda. Methylasi DNA pada titik-titik tertentu mungkin akan berakhir pada
konversi terdekat dari B-DNA ke bentuk-bentuk Z-DNA. Dalam bentuk B-DNA, grup-grup
hydropholic methyl dari alur utama, menghasilkan pengaturan yang tepat. Dengan
mengubahnya ke bentuk Z, grup-grup methyl membentuk area hydropholik yang membantu
menstabilkan DNA. Konversi lokal ini (dari B-DNA ke Z-DNA) mungkin mempengaruhi
fungsi beberapa gen.

Sel B adalah limfosit yang memainkan peran penting pada imunitas humoral, sedangkan
limfosit lain yaitu sel T memainkan peran penting imunitas seluler. Fungsi utama sel B adalah
untuk membuat antibodi melawan antigen. Sel B adalah komponen sistem imun adaptif.

Reseptor antigen pada sel B, biasa disebut reseptor sel B, merupakan imunoglobulin. Pada
saat sel B teraktivasi oleh antigen, sel B terdiferensiasi menjadi sel plasma yang
memproduksi molekul antibodi. Antibodi yang diproduksi berupa imunoglobulin dengan tipe:
[1]

IgG yang mengikat mikroba dengan sangat efisien

IgM yang mengikat bakteri

IgA yang terdapat pada interstitium, saliva, lapisan mukosa dan saluran pencernaan
untuk mencegah infeksi oleh antigen.

IgE yang mengikat parasit dan merupakan penyebab utama terjadinya gejala alergi

IgD yang selalu terikat pada sel B dan memainkan peran untuk menginisiasi respon
awal sel B

Sel B terbagi menjadi dua jenis:[2]

Sel B-1 atau sel B CD5, merupakan sel B yang ditemukan pada ruang peritoneal dan
pleural dan memiliki kemampuan untuk berproliferasi.

Sel B-2 atau sel B konvensional, merupakan sel B hasil sintesis sumsum tulang yang
memenuhi plasma darah dan jaringan sistem limfatik dan tidak memiliki kemampuan
untuk berproliferasi.

Sel B berasal dari sel punca yang berada pada jaringan hemopoietik di dalam sumsum tulang.
[3]
Sel NK (bahasa Inggris: natural killer cell, NK cell) adalah turunan limfosit yang mempunyai
andil sangat besar dalam sistem imun bawaan. Jumlah sel NK adalah 10-15% dari semua
limfosit perifer darah. Sel NK termasuk dalam kelompok innate lymphoid cells (ILC) yaitu
kelompok sel limfoid namun bekerja pada sistem imun bawaan. Sel NK mengekpresikan
reseptor yang berbeda dengan turunan limfosit pada umumnya yaitu tidak memiliki TCR,
CD3, dan reseptor Ig. Protein marker dari sel NK adalah molekul CD16 dan CD56.[1]

Sel NK tidak menyerang sel yang mempunyai ekspresi protein MHC (sama seperti sel T
CD8), tetapi menyerang sel yang tidak memiliki ekspresi protein MHC tubuh.[2] Sel-sel
dinamakan sel pembunuh alami karena sel-sel bisa langsung beraksi tanpa membutuhkan
aktivasi. Sel target akan mengalami apoptosis dan hancur, akibat sekresi sel NK dari granula
toksik yang mengandung protein jenis perforin dan granzim.

Sel T (limfosit T) adalah kelompok sel darah putih yang memainkan peran utama pada
kekebalan seluler. Sel T mampu membedakan jenis patogen dengan kemampuan berevolusi
sepanjang waktu demi peningkatan kekebalan setiap kali tubuh terpapar patogen. Hal ini
dimungkinkan karena sejumlah sel T teraktivasi menjadi sel T memori dengan kemampuan
untuk berproliferasi dengan cepat untuk melawan infeksi yang mungkin terulang kembali.
Kemampuan sel T untuk mengingat infeksi tertentu dan sistematika perlawanannya,
dieksploitasi sepanjang proses vaksinasi, yang dipelajari pada sistem imun adaptif.[1]

Respon yang dilakukan oleh sel T adalah interaksi yang terjadi antara reseptor sel T (bahasa
Inggris: T cell receptor, TCR) dan peptida yang terikat pada MHC pada permukaan sel
penyaji antigen (APC). Ikatan polivalen yang terjadi memungkinkan pengiriman sinyal antar
kedua sel.[2] Sebuah fragmen peptida kecil yang melambangkan seluruh isi seluler, dikirimkan
oleh sel target ke antarmuka sebagai MHC untuk dipindai oleh TCR yang mencari sinyal
asing dengan lintasan pengenalan antigen. Aktivasi sel T memberikan respon kekebalan yang
berlainan seperti produksi antibodi, aktivasi sel fagosit atau penghancuran sel target dalam
seketika. Dengan demikian respon imun adaptif terhadap berbagai macam penyakit dapat
diterapkan.[3]

Sel T memiliki prekursor berupa sel punca hematopoietik yang bermigrasi dari sumsum
tulang menuju kelenjar timus, tempat sel punca tersebut mengalami rekombinasi VDJ pada
rantai-beta reseptornya. "T" pada kata sel T adalah singkatan dari kata timus yang merupakan
organ penting tempat sel T tumbuh dan menjadi matang. Beberapa jenis sel T telah ditemukan
dan diketahui mempunyai fungsi yang berbeda-beda.