UNIVERSITAS MANDALA WALUYA

NAMA : ANDINI FEBRIYANI

NIM : A202101078
KELAS : G2
MATA KULIAH : BIOLOGI MOLEKULER MEDIK

MAHASISWA

D-IV TEKNOLOGI LABORATORIUM MEDIS

UNIVERSITAS MANDALA WALUYA

KENDARI

2022
 TITIK AWAL REPLIKASI ORI DAN REPLIKASI DUA ARAH
(Bidirectional Replication)
2022

LATAR BELAKANG
DNA merupakan polimer lurus dari nukleotida yang terkandung dalam inti
sel-sel eukariotik, mitokondria dan kloroplas tumbuh-tumbuhan. Struktur primer
DNA adalah berupa urutan nukleotida DNA yang mengandung informasi genetik.
Setiap nukleotida tersebut terdiri atas satu basa nitrogen berupa senyawa purin
atau pirimidin, satu gula pentosa berupa 2-deoksiribosa dalam bentuk funabosa,
dan satu molekul fosfat. Di dalam DNA, senyawa purinnya berupa adenin (A) dan
guanin (G), sedangkan senyawa pirimidinnya berupa sitosin (C) dan timin (T) [1].
Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan penyusun utama dari sel makhluk
hidup, perbedaan basa pada DNA dapat digunakan sebagai penanda dari spesies
tertentu dalam suatu analisis keanekaragaman untuk tujuan pengembangan sistem
pemuliaan berbasis molekular [2]. DNA genomik mengandung berbagai
polimorfisme, seperti substitusi nukleotida tunggal, penyisipan/penghapusan, dan
motif pengulangan nukleotida [3]. Struktur polimer DNA terdiri dari 2 buah pita
paralel yang memiliki arah berlawanan. Satu pita memiliki arah 5’ - 3’, sedangkan
pita yang lain memiliki arah 3’-5’. Sifat kimia inilah yang menyebabkan rantai
dobel DNA [15].
 Replikasi DNA adalah proses penggandaan rantai ganda DNA. Pada
sel,replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota berjalin-jalin
melaksanakan replikasi DNA. Pada eukariota waktu terjadinya replikasi DNA
sangatlah diatur, yaitu pada fase S siklus sel, sebelum mitosis atau meiosis I.
Penggandaan tersebut menggunakan enzim DNA polimerase yang menolong
pembentukan ikatan sel nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA. Proses
replikasi DNA dapat pula dilakukan in vitro dalam proses yang dinamakan reaksi
berantai polimerase (PCR).
Replikasi DNA diawali dengan terbukanya dua rantai polipeptida yang
masing-masing berfungsi sebagai cetakan. Sehubungan dengan penyusunan satu
pita pelengkapnya yang baru, enzim helikase membentuk gelembung-gelembung
replikasi. Suatu protein pengikat pita tunggal akan tetap menjaga agar kedua pita
pada setiap gelembung terpisah. Jumlah gelembung replikasi pada makhluk hidup
eukariot dapat mencapai ratusan sampai ribuan sepanjang molekul DNA. Enzim
ligase berfungsi menyambung fragmen DNA hasil sintesis [4].Replikasi DNA
diawali dengan terbukanya dua rantai polipeptida yang masing-masing berfungsi
sebagai cetakan. Sehubungan dengan penyusunan satu pita pelengkapnya yang
baru, enzim helikase membentuk gelembung-gelembung replikasi. Suatu protein
pengikat pita tunggal akan tetap menjaga agar kedua pita pada setiap gelembung
terpisah. Jumlah gelembung replikasi pada makhluk hidup eukariot dapat
mencapai ratusan sampai ribuan sepanjang molekul DNA. Enzim ligase berfungsi
menyambung fragmen DNA hasil sintesis [4].

REPLIKASI DNA
Replikasi DNA dan sintesis protein adalah dua hal yang dilakukan sebelum
pembelahan sel [5]. Dalam replikasi DNA dan sintesis protein, istilah penyalinan
kode gen diartikan sebagai pembentukan DNA/RNA baru yang memiliki basa
nitrogen berlawanan dengan DNA/RNA yang disalin. Mekanisme replikasi bahan
genetik sangat kompleks dan melibatkan banyak   protein yang masing-masing
mempunyai peranan spesi&ik. Protein protein yang terlibat di dalam proses
reprikasi bahan genetik dikode oleh gen-gen yang terdapat di dalam bahan genetik
itu sendiri. Oleh karena itu, ada kaitan &ungsional yang sangat erat dan tidak
terpisahkan antara proses replikasi bahan genetik dengan  proses ekspresi genetik
dan metabolisme sel se'ara keseluruhan[1].
Replikasi adalah proses penggandaan DNA dari DNA yang telah ada,
sehingga masing – masing dari dua sel anak mewarisi genom lengkap dari sel
induk. Proses transkripsi adalah pembentukan molekul RNA dari DNA. Rantai
ganda DNA diubah menjadi rantai tunggal kemudian hanya satu rantai DNA yang
akan menjadi template untuk pembentukan RNA. Setelah proses transkripsi
dilanjutkan proses translasi, yaitu penyusunan protein dari sequence asam amino
berdasarkan urutan basa nukleotida yang dibaca dari Mrna [17].
Replikasi DNA diawali dengan terbukanya dua rantai polipeptida yang
masing-masing berfungsi sebagai cetakan. Sehubungan dengan penyusunan satu
pita pelengkapnya yang baru, enzim helikase membentuk gelembung-gelembung
replikasi. Suatu protein pengikat pita tinggal akan tetap menjaga agar kedua pita
pada setiap gelembung terpisah. Jumlah gelembung replikasi pada makhluk hidup
eukariot dapat mencapai ratusan sampai ribuan sepanjang molekul DNA. Enzim
lihase berfungsi menyambung fragmen DNA hasil sintesis [4].

1. Proses Replikasi DNA

Replikasi diawali dengan terbentuknya titik awal replikasi atau yang disebut
dengan ori (origin of replication) [6]. Ori adalah rangkaian nukleotida khusus
pada rantai DNA yang akan menjadi titik awal terjadinya replikasi. Sel prokariotik
memiliki DNA yang pendek, oleh karena itu replikasi DNA prokariotik hanya
akan diawali dengan satu ori saja. Namun replikasi DNA eukariotik akan diawali
ratusan bahkan beberapa ribu ori karena DNA yang sangat panjang. Enzim DNA
girase berperan dalam membuka pilinan DNA untuk proses replikasi DNA. Jika
enzim DNA girase terhambat maka proses replikasi DNA dan transkripsi juga
terhambat sehingga mengakibatkan kerusakan pada sel bakteri dan akhirnya
kematian sel bakteri [7].
Cabang replikasi (replication fork) adalah struktur yang terbentuk ketika DNA
bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat enzim helikasi yang memutus
ikatan-ikatan hidrogen pada masing-masing terdiri dari sebuah untaian tunggal
DNA. Masing-masing cabang tersebut menjadi "cetakan" untuk pembentukan dua
untaian DNA baru berdasarkan urutan nukleotida komplementernya. DNA
polimerase membentuk untaian DNA baru dengan memperpanjang
oligonukleotida yang dibentuk oleh enzim primase dan disebut primer (Gambar
1). DNA akan melewati 5 tahapan yaitu pradenaturasi DNA, denaturasi DNA,
penempelan primer, polimerisasi DNA dan polimerisasi DNA akhir. Tahapan ini
disebut dengan proses replikasi DNA secara enzimatik tanpa menggunakan
organisme. Dengan teknik ini, DNA dapat dihasilkan dalam jumlah besar serta
waktu relatif singkat dan memudahkan teknik lain yang menggunakan DNA
seperti elektroforesis dan sekuensing [8]. Teknik yang digunakan yaitu teknologi
DNA rekombinan yang diharapkan dapat menghasilkan suatu strain yang
membawa gen penyandi enzim yang diinginkan dengan kualitas yang jauh lebih
baik dari sifat alaminya [11].

Gambar 1. Replikasi DNA [19]

DNA memiliki kemampuan untuk melakukan replikasi dengan melibatkan

beberapa enzim yaitu: 1. Helikase yang berfungsi untuk membuka rantai ganda
DNA menjadi dua buah rantai tunggal; 2. Polymerase berperan menggabungkan
deoksiribonukleosida sebagai unsur penyusun rantai baru; 3. Ligase berfungsi
untuk menggabungkan bagian rantai tunggal DNA yang baru terbentuk [9].

2. Replikasi Dua Arah (Bidirectional Replication)

Secara umum, replikasi DNA berjalan dua arah = bidirectional. Perunutan
DNA (sequencing) dilakukan dari dua arah, yaitu forward dan reverse [10].
Penambahan nukleotida baru melalui cara atau proses yang berbeda dengan arah
yang sama yakni arah 5’—3’ sehingga menghasilkan leading strand dan lagging
strand (Gambar 2). Setelah mendapatkan pasangannya yang sesuai akan terbentuk
ikatan dengan arah pembentukan nukleotida sesuai arah 5— 3 dan arah 3—5 [16].
Arah yang sama yakni penambahan gugus nukleotida baru selalu pada atom 3
gula deoksiribosa arahnya selalu 5—3 sehingga berakibat terbentuknya untai
DNA yang leading strand (kontinyu) dan lagging strand yakni DNA baru yang
dihasilkan terputus-putus. Enzim polymerase bukan untuk memisahkan dua untai
DNA, tetapi menambahkan nukleotida baru pada untai DNA lama. Enzim yang
paling berperan pada polymerisasi nukleotida baik pada pembentukan leading
strand maupun lagging strand adalah DNA polymerase III. DNA polymerase I
berperan pada polymerisasi nukleotida di tempat terlepasnya primer ARN satu
demi satu dengan arah 5’—3’. DNA polymerase II belum diketahui peranannya
[4].
Replikasi dari setiap DNA linier memerlukan suatu mekanisme khusus yang
melibatkan ujung 5’ dari genom dan sejumlah mekanisme lainnya. Berdasarkan
analisis elektron mikroskop, mtDNA dari Paramecium (sekitar 40 kb) mempunyai
loop dengan utas tunggal yang tertutup secara kovalen (“covalently-closed single-
stranded”) pada satu ujung dan suatu struktur terbuka pada ujung lainnya sehingga
menyediakan suatu pola replikasi unik. Replikasi dapat berlangsung melalui
“hairpin loop” sehingga menghasilkan suatu molekul dimer, yang kemudian
diproses menjadi dua monomer yang berikatan silang (“cross-linked”).
Mekanisme restorasi dari sekuens terminal pada ujung terbuka masih belum
diketahui. Dengan demikian kemungkinan besar bahwa monomer-monomer dari
plasmid ini merupakan intermediet dari dimer-dimer pada saat replikasi
berlangsung [13].
Replikasi mtDNA bergantung pada gen dari nDNA yang disebut nuclear-
encoded polymerase gamma atau PLOG dan mitochondrial transcription factor.
Mitokondria mempunyai peran yang vital karena membebaskan energi adenosin
trifosfat (ATP) dalam respirasi aerob yang diperlukan untuk aktivitas metabolisme
sel. Selain berperan dalam pelepasan energi, mitokondria juga terlibat dalam
pengaturan apoptosis sel dan homeostasis kalsium [12].
 Gambar 2. Arah Replikasi DNA

Beberapa faktor turut berperan dalam proses transkripsi ini seperti RNA
polimerase, promotor dan enhancer, faktor transkripsi. Penghambatan ekspresi
gen pada tingkat transkripsi dapat dicapai dengan menggunakan
oligodeoksinukleotida (ODN) sintetik yang dapat berhibridisasi dengan DNA
untai ganda sehingga terbentuk DNA untai tiga terpilin. DNA dalam bentuk ini
menyebabkan gagalnya pengikatan faktor transkripsi pada gen promotor sehingga
transkripsi dapat dihambat. Selain itu ODN yang membentuk untai tiga tersebut
dapat mengakibatkan tidak terbukanya untai ganda DNA. Selain transkripsi,
pembentukan untai tiga terpilin ini juga mengakibatkan terhambatnya replikasi
DNA[18]. Terdapat beberapa faktor yang dapat menentukan tingkat keberhasilan
teknik amplifikasi DNA menggunakan PCR. Faktorfaktor itu antara lain
deoksiribonukleotida triphosphat (dNTP); oligonukleotida primer; DNA cetakan
(template); komposisis larutan buffer; jumlah siklus reaksi; enzim yang
digunakan; dan faktor teknis dan non-teknis lainnya, seperti kontaminasi. PCR
memiliki keunggulan yaitu mampu melipatgandakan suatu fragmen DNA
sehingga mencapai 109 kali lipat. Oleh karena itu, adanya kontaminasi dalam
jumlah sangat sedikit sekalipun dapat mengakibatkan terjadinya kesalahan dengan
menghasilkan produk amplifikasi yang tidak diharapkan [14].

DAFTAR PUSTAKA
1. Masrurotullaily, M., Ahmad Dhiyaa, U. H., & Nanda Eska, A. N. (2020).
Studi Penerapan Lintasan Hamilton Dalam Rekonstruksi Rantai Rna.
2. Ekasari, T. W. D., Retnoningsih, A., & Widianti, T. (2012). Analisis
keanekaragaman kultivar pisang menggunakan penanda PCR-RFLP pada
Internal Transcribed Spacer (ITS) DNA ribosom. Indonesian Journal of
Mathematics and Natural Sciences, 35(1).
3. Kurniawati, S., Hartati, N. S., Hartati, H., & Sudarmonowati, E. (2020).
The Polymorphic Gene of Single Nucleotide Polymorphism (SNP) of
Phytoene Synthase (PSY) to Characterize Carotenoids Yellow Root
Cassava. Jurnal ILMU DASAR, 21(1), 19-26.
4. Nusantari, E. (2013). Jenis Miskonsepsi Genetika yang Ditemukan pada
Buku Ajar di Sekolah Menengah Atas. Jurnal Pendidikan Sains, 1(1), 52-
64.
5. Adam, K., & Wulandri, S. (2013). Ulasan Sistematik: Marka Molekular
Penanda Patogenitas dan Sebaran Inang Pada Virus Avian Influenza
H5N1. Jurnal Biotek Medisiana Indonesia, 2(1), 9-17.
6. Adam, K., & Wulandri, S. (2013). Ulasan Sistematik: Marka Molekular
Penanda Patogenitas dan Sebaran Inang Pada Virus Avian Influenza
H5N1. Jurnal Biotek Medisiana Indonesia, 2(1), 9-17.
7. Mufti, N., Bahar, E., & Arisanti, D. (2017). Uji Daya Hambat Ekstrak
Daun Sawo terhadap Bakteri Escherichia coli secara In Vitro. Jurnal
Kesehatan Andalas, 6(2), 289-294.
8. Bangol, I., Momuat, L. I., & Kumaunang, M. (2014). Barcode DNA
tumbuhan pangi (Pangium edule R.) berdasarkan gen matK. Jurnal
MIPA, 3(2), 113-119.
9. Nasution, R. (2020). Penerapan Metode Example Non Example (ENE)
DalamPembelajaran Biologi Di Kelas Xii SMA 10 Kota Jambi. Jurnal
Pendidikan Islam, 6(2), 143-154.
10. Hindarto, C. K., Rostinawati, T., & Retnoningrum, D. S. (2011).
Identifikasi Mutasi Pada Daerah Dna Polimerase Dan Hbsag Virus
Hepatitis B. Fitofarmaka: Jurnal Ilmiah Farmasi, 1(2), 22-30.
11. Winangsih, F., Bintang, M., & Priyatno, T. P. (2014). Kloning Gen β-1, 4
Glukanase dari Burkholderia cepaciake dalam Escherichia coli dan
Karakterisasi Sekuennya. Current Biochemistry, 1(3), 116-125.
12. Winangsih, F., Bintang, M., & Priyatno, T. P. (2014). Kloning Gen β-1, 4
Glukanase dari Burkholderia cepaciake dalam Escherichia coli dan
Karakterisasi Sekuennya. Current Biochemistry, 1(3), 116-125.
13. Tallei, T. E., Moeis, M. R., Endoh, H., & Utama, W. (2008).
Determination of Nucleotide Sequences of Mitochondrial Plasmid
pGT704 of Paramecium caudatum. IPTEK The Journal for Technology
and Science, 19(3).
14. Feranisa, A. (2016). Komparasi Antara Polymerase Chain Reaction (Pcr)
dan Loopmediated Isothermal Amplification (Lamp) dalam Diagnosis
Molekuler. ODONTO: Dental Journal, 3(2), 145-151.
15. Suriasih, K. (2015). Pemotongan dan Menyambung DNA dalam Kloning
Gen, Studi pada Kloning Gen Prolidase dari Bakteri Asam Laktat. Media
Ilmiah Teknologi Pangan (Scientific Journal of Food Technology), 2(1),
078-088.
16. Rosnita, R., Widodo, A., Maryani, E., & HK, B. T. (2011). Analisis
Kemampuan Inkuiri Mahasiswa Calon Guru SD pada Konsep IPBA untuk
Pengembangan Perkuliahan Berbasis Inkuiri. Bioedukasi, 4(2).
17. Yudianto, A. R. R. A. A. (2015). Identifikasi Dna Dari Swab Earphone
Dengan Teknik Str (Short Tandem Repeat) Untuk Kepentingan
Forensik. Jurnal Biosains Pascasarjana, 17(1), 26-32.
18. Laksmitawati, D. R., & Prijanti, A. R. (2005). Penghambatan Ekspresi
Gen dengan Antisense Oligonukleotida sebagai Upaya Pengobatan
Penyakit. Jurnal Ilmu Kefarmasian Indonesia, 3(2), 92-99.
19. https://www.google.com/search?q=replikasi+dna&tbm=isch&ved.
Diakses pada 22/6/2022. Pukul 02:30 WITA.