*. i':r'eqr l;i.
'l Bagaimanakah satu gen yang salah dapat
ffiffiffi
't7.1 Cen menspesifikasi protein melalui transkripsi
dan translasi
"I'ranskripsi
"A7
"'2 adalah sintesis RNA yang
cliaral"rl<an oleh DNA; pengarnatan lehih rlekat
17 "3 $el eirkarint nrenrsldifikasi RhiA se{elah
transkripsi
17.4 Translasi adalah sintesis polipeptida yang
cliaralTkan oleir RNAI pengamatan lebih clekat
17.5 Mutasi titik dapat nrernengaruhi struktc.xr dan
fungsi protein
17.6 tuleskipun ekspresi gen berbeda-beda di
ar:tara don:ain-donrain kehidupal'1, konsep gen
bersifat universal
Afliram Infonrnasi Cenetik
'f$"\ada tahun 2005, seekor kijang albino muda yang
$ Cte.lihat berialan-jalan bersama beberapa kijang
i\. cokelat di pegunungan Jerman bagian Timur
memicu kepanikan publik ri;:1;:;1;; : i,. Suatu organisasi
.'
perburuan lokal menyatakan kijang albino itu menderita
'kelainan genetik' dan harus ditembak. Beberapa orang
merasa bahwa kijang itu harus dicegah agar tidak kawin
dengan kijang lain untuk menjaga lungkang gen @ene
pool) dari populasi tersebut. Yang lain memilih merelokasi
kijang albino itu ke cagar alam karena khawatir kijang itu
lebih mudah terlihat oleh pemangsa jika dibiarkan di alam
bebas. Seorang penyanyi rock |erman bahkan mengadakan
konser amal untuk mengumpulkan dana untul< merelokasi
si kijang. Apa yang memicu fenotipe mengejutkan dari
kijang ini, penyebab terjadinya perdebatan yang seru?
Pada Bab 14 Anda telah mempelajari bahwa sifat-sifat
terwariskan ditentukan oleh gen dan bahwa sifat albinisme
disebabkan oleh suatu alel resesif dari gen pigmentasi.
352 UNIT TIGA Genetika
menimbulkan penampilan yang mencolok dari kijang albino?
I(andungan informasi gen terdapat dalam bentuk sekuens
nukleotida spesifik di sepanjang untaian DNA, materi
genetik. Namun, bagaimana informasi ini menentukan
sifat organisme? Dengan kata lain, apa yang sebenarnya
dikatakan oleh gen? Bagaimana pesan gen ditranslasikan
oleh se1 menjadi sifat yang spesifik, misalnya rambut cokelat,
golongan darah A, atau, dalam kasus kijang albino, ketiadaan
pigmen? ICjang albino itu memiliki versi yang salah dari
suatu protein kunci, enzim yang dibutuhkan untuk sintesis
pigmen, dan protein ini salah karena gen yang mengodekan
protein tersebut mengandung informasi yang tidak benar.
Contoh tersebut mengllustrasikan poin utama bab ini.
DNA yang diwarisl oleh suatu organisme menyebabkan
sifat-sifat spesilik dengan cara mendiktekan sintesis proteln
dan molekul RNA yang terlibat dalam sintesis protein.
Dengan kata lain, protein merupakan penaut antara
genotipe dan fenotipe. Ekspresi gen (gene expression)
adalah proses DNA yang mengarahkan sintesis protein
(atau, dalam beberapa kasus, hanya RNA). Ekspresi gen
yang mengodekan protein mencakup dua tahap: transkripsi
dan translasi. Bab ini mendeskripsikan aiiran informasi dari
gen ke protein secara rinci dan menjelaskan bagaimana
mutasi genetik memengaruhi organisme melalui protein.
Ekspresi gen melibatkan proses-proses serupa pada ketiga
domain makhluk hidup. Memahami proses-proses ini akan
memungkinkan kita meninjau ulang konsep gen secara
terperinci pada pengujung bab.
E Gen menspesifikasi protein
nnelalui transkripsi dan translasi
Sebelum mendalami bagaimana gen mengarahkan sintesis
protein secara terperinci, mari kita melangkah mundur
dan mengulas bagaimana hubungan fundamental antara
gen dan protein ditemukan.

Bukti dari Penelitian tentang
Cacat-cacat Metabolik
Pada tahun 1909, dokter Inggris bernama Archibald
Garrod adalah orang pertama yang mengajukan bahwa
gen mendiktekan fenotipe melalui enzim-enzim yang
mengkatalisis reaksi-reaksi kimiawi spesifik dalam sel.
Garrod memostulasikan bahwa gejala-gejala penyakit
turunan mencerminkan ketidakmampuan seseorang
membuat enzim tertentu. Ia menyebut penyakit-penyakit
semacam itu sebagai 'kesalahan metabolisme bawaanl
Garrod memberi suatu contoh kelainan herediter yang
disebut alkaptonuria, kondisi urin penderita yang berwarna
hitam karena mengandung zat kimiawi alkapton, yang
menggelap saat terpapar ke udara. Garrod menalar bahwa
sebagian besar orang memiliki enzim yang memetabolisme
alkapton, sedangkan pengidap alkaptonuria memiliki
ketidakmampuan bawaan untuk membuat enzim tersebut.
Garrod mungkin merupakan orang pertama yang
menyadari bahwa prinsip-prinsip hereditas Mendel
berlaku pada manusia maupun ercis. I(emampuan Garrod
menyadari hal itu terlalu cepat untuk masanya, namun
penelitian yang dilangsungkan beberapa dasawarsa
kemudian mendukung hipotesisnya bahwa gen mendikte
produksi enzim spesifik. Ahli-ahli biokimia mengakumulasi
banyak bukti bahwa sel-sel menyintesis dan mendegradasi
sebagian besar molekul organik melalui jalur metabolik,
yang setiap reaksi kimiawi dalam urutan tersebut dikatalisis
oleh sejenis enzrm spesifik (lihat halaman 153). Ialur
metabolik semacam itu mengarah kepada, misalnya,
sintesis pigmen-pigmen yang menentukan warna mata la-lat
buah (Drosophila) (lihat Peraga 15.3). Pada tahun 1930-
an, George Beadle dan Boris Ephrussi berspekulasi bahwa
pada Dro sophila, masing-masing dari berbagai mutasi yang
memengaruhi warna mata menghalangi sintesis pigmen
pada suatu langkah yang spesifik dengan cara mencegah
produksi enzim yang mengkatalisis langkah tersebut.
Akan tetapi, reaksi-reaksi kimiawi maupun enzim-enzim
pengataiisis reaksi semacam itu belum diketahui saat itu.
Mutan Nutrisional pada Neurospora:
Penelitian llmiah
Terobosan yang mendemonstrasikan hubungan antara gen
dan enzim muncul beberapa tahun kemudian, ketika Beadle
dan Edward Tatum mulai meneliti kapang roti, Neurospora
crassa. Dengan menggunakan perlakuan yang pada tahun
\92O-an terbukti menyebabkan perubahan genetik, mereka
memborbardir Neurospora dengan sinar-X dan kemudian
mencari-cari mutan di antara para penyintas yang berbeda
dalam kebutuhan nutrisionalnya dari kapang wild type.
Neurospora wild type memiliki kebutuhan makanan
yang biasa-biasa saja. I(apang tersebut dapat sintas dalam
Iaboratorium dengan medium penyokong lembap yang
disebut agar, dicampur dengan garam-garam organik,
glukosa, dan vitamin biotin. Dari medium minimal ini,
sel-sel kapang menggunakan jalur-jalur metabolik untuk
menghasilkan semua molekul lain yang diperlukan. Beadle
dan Tatum mengidentifikasi mutan-mutan yang tidak dapat
sintas dalam medium minimal, tampaknya karena sel-sel
itu tidak mampu menyintesis molekul-molekul esensial
tertentu dari bahan-bahan minimal. Untuk memastikan
kesintasan mutan-mutan nutrisional ini, Beadle dan
Tatum menumbuhkan sel-sel tersebut dalam medium
pertumbuhan lengkap (complete growth medium), yang
terdiri atas medium minimal dilengkapi dengan ke-20 asam
amino dan beberapa nutrien lain. Medium pertumbuhan
lengkap dapat mendukung mutan apa pun yang tidak dapat
menyintesis salah satu suplemen tersebut.
Untuk mencirikan cacat metabolik pada setiap
mutan nutrisional, Beadle dan Tatum mengambil sampel
dari mutan yang tumbuh dalam medium lengkap dan
membaginya ke dalam beberapa vial yang berbeda. Setiap
vial mengandung medium minimal plus satu jenis nutrien
tambahan. Suplemen tertentu yang memungkinkan
mutan tumbuh mengindikasikan cacat metabolik yang
dimiliki. Misalnya, .iika satu-satunya vial bersuplemen
yang mendukung pertumbuhan mutan adalah yang
diperkaya dengan asam amino arginin, para peneliti bisa
menyimpulkan bahwa cacat mutan tersebut terdapat pada
jalur biokimiawi yang digunakan oleh sel-sel wild type
untuk menyintesis arginin.
Beadle dan Tatum pun menyelidiki cacat setiap mutan
secara lebih spesifik. Peraga 17.2 menunjukkan bagaimana
mereka menggunakan beberapa uji tambahan untuk
membedakan ketiga kelas mutan yang memerlukan arginin.
Mutan dalam setiap kelas membutuhkan sekumpulan
senyawa yang berbeda di sepanjang jalur penyintesis
arginin, yang terdiri atas tiga langkah. Berdasarkan hasil
yang diperoleh, para peneliti menalar bahwa pada setiap
kelas pasti terjadi blokir pada langkah yang berbeda dalam
jalur ini, karena mutan dalam kelas tersebut tidak memiliki
enzim yang mengkatalisis langkah yang terblokir.
I(arena setiap mutan mengandung cacat pada suatu
gen, hasil yang diperoleh Beadle dan Tatum memberikan
dukungan yang kuat bagi sesuatu yang mereka sebut
hipotesis satu gen-satu enzim, yang menyatakan bahwa
fungsi suatu gen adalah mendikte produksi suatu enzim
spesifik. Dukungan lebih lanjut bagi hipotesis ini datang dari
beberapa percobaan yang mengidentifikasi enzim-enzim
spesifik yang tidak dimiliki oleh mutan-mutan tersebut.
Beadle dan Tatum berbagi Hadiah Nobel tahun 1958 untuk
'temuannya bahwa gen bekerja dengan cara meregulasi
peristiwa kimiawi tertentu' (menurut komite Nobel).
Produk-produk Ekspresi Gen.' Kisah yang Terus
Berkembang
Seiring banyaknya hal yang diketahui oleh para peneliti
tentang protein, mereka membuat berbagai revisi terhadap
hipotesis satu gen-satu ehzim. Pertama, tidak semua
protein merupakan enzim. Keratin, protein struktural
dari rambut hewan, dan hormon insulin merupakan dua
contoh protein non-enzim. Karena protein yang bukan
enzim juga merupakan produk gen, ahli biologi molekular
mulai berpikir tentang pandangan satu gen-satu protein.
BAB TUJUH BELAS Dari Gen ke Protein 353
 Apakah gen-gen individual menspesifikasi enzim-enzim
yang berfungsi dalam jalur biokimiawi?

,
F'ls{OFA]l.| George Beadle dan Edward Tatum, saat itu di stanford University,
mengisolasi mutan-mutan kapang lVeurospora crassa yang membutuhkan arginin
dalam medium pertumbuhan. Para peneliti menunjukkan bahwa mutan-mutan ini
tergolong ke dalam tiga keias, masing-masing mengandung cacat pada gen yang
berbeda. Darl pertimbangan-pertimbangan lain, mereka menduga bahwa jalur
metabolik biosintesis arginin melibatkan suatu nutrien prekursor dan molekul-molekul Tldak ada
Pertumbuha n:
intermediat berupa ornttin dan sitrulin. Percobaan mereka yang paling terkenal, Selsel wild type pertu mbuhan
ditunjukkan di sini, menguji hipotesis satu gen-satu enzim sekaligus lalur penyintesis tumbuh dan Sel-sel mutan
arginin yang mereka postulasikan. Pada percobaan ini, mereka menumbuhkan ketiga membelah tidak bisa
tumbuh dan
kelas mutan dalam empat kondisi berbeda yang ditunjukkan di bagian Hasil di
membelah
bawah. Mereka menyertakan medium minimal (MM) sebagai kontrol karena mereka Medium minimal
tahu bahwa sel wild type dapat tumbuh di MM namun sel mutan tidak bisa (Lihat
tabung reaksi di kanan atas.)
Kelas-kelas Neu rospora crassa
l{A$lt. Galur wild type mampu
tumbuh dalam semua kondisi percobaan, Wild type Mutan kelas I Mutan kelas II Mutan kelas III
membutuhkan hanya medium minimal. Medium tt
Masing-masing dari ketiga kelas mutan
memiliki seperanqkat persyaratan
minimal
(MM) ,ff n. R
tl
l1
f1
pertumbuhan yang spesifik. Misalnya, (kontrol) Ui U U
rr;!;i:
mutan-mutan kelas ll tidak bisa tumbuh t| ,.Jil
ketika hanya ornitin yang ditambahkan, MM+ 1,4 l*d '

namun dapat tumbuh ketika sitrulin

atau arginin ditambahkan.
.-
.9
ornitin
LJ LJ fl- il':::
o
v
MM+
l'1 ffi
sitru I i n
n -rJ $'
t\,4M +
ffi
tl @.
arginin
(kontrol)
LJ i: u u
Dapat tumbuh Dapat tumbuh nupu, rrrlrf,' trO"O memerlukun
XfSt$ fi'r
Dari persyaratan dengan atau tanpa dengan ornitin, hanya dengan arginin untuk tumbuh
pertumbuhan mutan-mutan tersebut, suplemen apa pun sitrulrn, atau arginin sitrulin atau arginin
Beadle dan Tatum menyimpulkan
bahwa setiap kelas mutan tidak mampu Mutan kelas I Mutan kelas II Mutan kelas II
melakukan satu langkah dalam jalur (mutasi pada (mutasi pada (mutasi pada
sintesis arginin, mungkin karena tidak wild type gen A) gen 8) gen O
memiliki enzim yang dibutuhkan. Karena
.., ,.rPr,ei*r irli.,
setiap mutan termutasi pada satu gen,
;Geh4 -+ Enz,mA
mereka menyimpulkan bahwa setiap gen
yang termutasi pastilah mendiktekan
:..,..: . .)....:''
.,:.a,,.ftinitin:.;,, ,
produksi satu enzim dalam kondisi normal.
Hasilnya mendukung hipotesis satu gen- SenA-> tnzmB :
.]'] :. l.::]

satu enzim dan juga mengonfirmasi jalur

...,,,tit,:Eiti*ri*ri
iir':'
arqinin. (Perhatikan bahwa di bagian ir:r':rl!:rr"

Hasil, mutan hanya dapat tumbuh jika tld$hffi +rtiir.1tCI'C,,,.:

disuplai dengan senyawa yang dibuat
setelah langkah yang cacat, karena hal ini
,AI9ifil
mengompensasi cacat tersebut.)

tSU,f,rttfif ,,,r, C.W. geadle and E.L. Tatum, Genetic control of biochemical reactions in A./eurospora, Proceedings of the National Academy
of Sciences 21:499-506 (1941\.

WffiAnggapIahpercobaanitumenunjukkanbahwamUtan-mutanke|as|hanyadapattumbuhdalamMM
yang disuplemen oleh ornitin atau arginin dan bahwa mutan kelas ll dapat tumbuh dalam MM yang disuplemen oleh sitrulin,
ornitin, atau arginin. Kesimpulan-kesimpulan apa yang akan ditarik oleh Beadle dan Tatum dari hasil-hasil itu tentang jalur
biokimiawi tersebut dan cacat pada mutan kelas I dan kelas ll?

354 uNlT TIGA Genetika

Akan tetapi, banyak protein yang disusun dari dua atau
lebih rantai polipeptida berbeda, dan setiap polipeptida
dispesifikasi oleh gennya sendiri. Misalnya, hemoglobin,
protein pentranspor oksigen dalam se-sel darah merah
vertebrata, tersusun atas dua jenis polipeptida, sehingga ada
dua gen yang mengodekan protein ini (lihat Peraga 5.2I).
Oieh karena itu gagasan Beadle dan Tatum dinyatakan
ulang sebagai hipotesis satu gen-satu polipeptida. Bahkan
deskripsi ini tidak sepenuhnya akurat. Pertama, banyak gen
eukariot yang dapat meDgodekan sekumpulan polipeptida
yang berkerabat dekat dalam proses yang disebut
penyambungan alternatif, yang nanti akan Anda pelajari
dalam bab ini. I(edua, ada beberapa gen yang mengodekan
molekul RNA yang berfungsi penting dalam sel walaupun
tidak pernah ditranslasi menjadi protein. Untuk sekarang,
kita akan berfokus hanya pada gen-gen yang memang
mengodekan polipeptida. (Perhatikan bahwa orang lazim
menyebut produk-produk gen ini sebagai protein, bukan
polipeptida seperti seharusnya-praktik yang akan Anda
jumpai dalam buku ini.)
Prinsip-prinsip Dasar Transkripsi dan
Translasi
Gen menyediakan instruksi untuk membuat protein
spesifik. Akan tetapi, gen tidak membangun protein
secara langsung. ]embatan antara DNA dan sintesis
protein adalah asam nukelat RNA. Pada Bab 5 Anda
mempelajari bahwa RNA mirip secara kimiawi dengan
DNA, hanya saja RNA mengandung gula ribosa sebagai
pengganti deoksiribosa dan mengandung basa bernitrogen
urasil sebagai pengganti timin (lihat Peraga 5.27). Dengan
demikian, setiap nukleotida di sepanjang untai DNA
mengandung A, G, C, atau T sebagai basanya, sedangkan
setiap nukleotida di sepanjang untai RNA mengandung
A, G, C, atau U sebagai basanya. Molekul RNA biasanya
terdiri atas satu untai tunggal.
Sudah menjadi kebiasaan untuk mendeskripsikan aliran
informasi dari gen ke protein dalam istilah linguistik, karena
asam nukleat maupun protein merupakan polimer dengan
sekuens-sekuens spesifik monomer yang menyampaikan
informasi, mirip seperti sekuens-sekuens spesifik huruf
yang mengomunikasikan informasi dalam bahasa seperti
Bahasa Inggris. Dalam DNA atau RNA, monomer adalah
keempat tipe nukleotida, yang berbeda dalam kandungan
basa bernitrogen. Gen umumnya memiliki panjang yang
mencapai ratusan atau ribuan nukleotida; masing-masing
gen mengandung sekuens basa spesifik. Setiap polipeptida
dari suatu protein juga mengandung monomer-monomer
yang tertata dalam urutan linear tertentu (struktur primer
protein), namun monomer-monomernya merupakan
asam amino. Dengan demikian, asam nukleat dan protein
mengandung informasi yang tertulis dalam dua bahasa
kimiawi yang berbeda. Ini membutuhkan dua tahap utama
dari DNA ke protein, transkripsi dan translasi.
Transkripsi (transcriptioz) adalah sintesis RNA di
bawah arahan DNA. I(edua asam nukleat menggunakan
bahasa yang sama, dan informasi hanya ditranskripsi,
atau disalin, dari satu molekul menjadi molekul lain.
Selain menjadi cetakan untuk sintesis untai komplementer
baru saat replikasi DNA, untai DNA juga bisa berperan
sebagai cetakan untuk merakit sekuens nukleotida RNA
komplementer. Untuk gen pengode protein, molekul RNA
yang dihasilkan merupakan transkrip akurat dari instruksi
pembangun protein yang dikandung oieh gen, mirip
dengan transkrip kuliah yang merupakan catatan akurat
dari nilai-nilai Anda. Seperti transkrip Anda, molekul
RNA transkrip bisa dikirimkan daiam banyak salinan.
Tipe molekul RNA ini disebut RNA duta (messenger
RNA, mRNA) karena mengandung pesan genetik dari
DNA ke mekanisme penyintesis protein sel. (Transkripsi
merupakan istiiah umum untuk sintesis RNA jenis apa
pun dengan cetakan DNA. Dalam bab ini, Anda akan
mempelajari tentang beberapa tipe lain dari RNA yang
dihasilkan melalui transkripsi.)
Translasi (translation) adalah sintesis polipeptida,
yang terjadi di bawah arahan mRNA. Selama tahap ini,
terjadi perubahan bahasa. Sel harus menerjemahkan alias
mentranslasi sekuens basa molekul mRNA menjadi seleens
asam amino polipeptida. Tempat translasi adalah ribosom
(ribosome), partikel-partikel kompleks yang memfasilitasi
penautan teratur asam amino menjadi rantai poiipeptida.
Transkripsi dan translasi terjadi pada semua organisme.
Ingatlah lagi dari Bab 1 bahwa ada tiga domain makhluk
hidup: Bacteria, Archaea, dan Eukarya. Organisme dalam
kedua domain pertama dikelompokkan sebagai prokariota
karena sel bakteri dan arkea tidak memiliki nukleus
berselubung membran-ciri yang mendefinisikan sel
eukariot. Sebagian besar penelitian tentang transkripsi
dan transiasi dilakukan terhadap bakteri dan eukariota,
sehingga menjadi fokus utama dalam bab ini. Walaupun
pemahaman kita tentang transkripsi dan translasi arkea
tertinggal di belakang, kita akan membahas beberapa
aspek ekspresi gen arkea pada bagian terakhir.
Mekanisme dasar transkripsi dan translasi mirip pada
bakteri dan eukariota, namun ada perbedaan penting dalam
aliran informasi genetik pada sel-sel. I(arena bakteri tidak
memiliki nukleus, DNA-nya tidak disegregasi dari ribosom
dan peraiatan penyintesis protein lain (Peraga 17.3a). Seperti
yang akan Anda lihat, ketiadaan segregasi ini memungkinkan
translasi mRNA dimulai saat transkripsi masih beriangsung.
Sebaliknya, dalam sel eukariot, selaput nuldeus memisahkan
tempat dan waktu berlangsungnya transkripsi dan translasi
(Peraga 17.3b). Transkripsi terjadi dalam nukieus, dan
mRNA ditranspor ke sitoplasma, tempat translasi terjadi.
Namun sebelum bisa meninggalkan nukleus, transkrip
RNA eukariot dari gen pengode protein dimodifikasi
dalam berbagai cara untuk menghasilkan nRNA akhir
yang fungsional. Transkripsi gen eukariot pengode protein
menghasiikan pre-mRNA, dan pemrosesan lebih lanjut
menghasilkan nRNA akhir. Awal transkrip RNA dari gen
apa pun, termasuk yang mengodekan RNA yang tidak
ditranslasi menjadi protein, secara umum disebut transkrip
primer Qtrimary transcript).
BAB TUJUH BELAS Dari Gen ke Protein 355

,fg- .{9" "{9" -fg'
para ilmuwan terkejut saat menemukan bahwa beberapa
molekul RNA dapat bertindak sebagai cetakan untuk
F-4
_fF DNA, proses yang akan Anda baca pada Bab 19. Akan
I DNA tetapi, pengecualian yang jarang ini tidak menggugurkan
I

gagasan bahwa, secara umum, informasi genetik mengalir

-"1n""^, v
dari DNA ke RNA ke protein. Pada bagian berikut, kita
akan membahas bagaimana instruksi untuk merakit asam
amino ke dalam urut-urutan spesifik dikodekan dalam
TRANStASI asam nukleat.

Kocle Genetik
I(etika ahli biologi mulai mencurigai bahwa instruksi
untuk sintesis protein dikodekan dalam DNA, mereka
(a) Sel bakteri. Pada sel bakteri, yang tidak memiliki nukleus menyadari suatu masalah: hanya ada empat basa nukleotida
mRNA yang dihasilkan oleh transkripsi langsung ditranslasi
tanpa pemrosesan lebih lanjut. untuk menspesifikasi 20 asam amino. I(alau begitu, kode
genetik pastilah tidak seperti Bahasa Cina, misainya, yang
menggunakan satu simbol tertulis untuk melambangkan
Selaput suatu kata. I(alau begitu, berapa banyak basa yang
nukleus
bersesuaian dengan asam amino?

fs' ,f,f: *# $ferefon: FripJef Sasa

I orua Jika setiap basa nukleotida ditranslasikan menjadi satu
*
I

asam amino, hanya akan ada 4 dari 20 asam amino

uf\-f\f,\"o
Pre-mRNA
I
v AG, misalnya, dapat menspesifikasi satu asam amino,
*f=\-ft.,,,.'
mRNA
(b) Sel eukariot. Nukleus menyediakan kompartemen terpisah
untuk transkripsi. Transkrip RNA asli, disebut pre-mRNA,
diproses dalam berbagar cara sebelum meninggalkan nukleus
sebagai mRNA
A Peraga 17.3 Gambaran umum: peran transkripsi dan
translasi dalam aliran informasi genetik. Dalam sel, informasi
terwariskan mengalir dari DNA ke RNA ke protein Kedua tahap
utama aliran informasi adalah transkripsi dan translasi. Versi mjni
bagian (a) atau (b) mendampingi beberapa peraga pada bab ini
sebagai diagram orientasi untuk membantu Anda memahami
posisi Peraga tertentu dalam skema keseluruhan.
Mari kita rangkum: gen memprogram sintesis protein
melaiui pesan-pesan genetik dalam bentuk RNA duta.
Dengan kata lain, ini diatur oleh rangkaian perintah
molekular dengan aliran terarah informasi genetik: DNA
-+ RNA -> protein. I(onsep ini dinamakan dogma
sentral (central dogma) oleh Francis Crick pada tahun
1956. Bisakah konsep ini bertahan? Pada tahun 1970-an,
yang dispesifikasi. Apakah bahasa yang terdiri atas kata-
kata dengan dua huruf akan cukup? Sekuens dua basa
dan GT menspesifikasi yang lain lagi. I(arena ada
empat kemungkinan basa pada setiap posisi, kita akan
memperoleh 16 (artinya, 42) kemungkinan susunan-masih
tidak cukup untuk mengodekan ke-20 asam amlno.
Triplet basa nukleotida merupakan unit terkecil
dengan panjang seragam yang dapat mengodekan semua
asam amino. lika setiap susunan dari tiga basa berurutan
dapat menspesifikasi satu asam amino, akan terdapat 64
(artinya 43) kata kode yang mungkin-1ebih dari cukup
untuk menspesifikasi semua asam amino. Beberapa
percobaan telah memverifikasi bahwa aliran informasi dari
gen ke protein didasarkan pada kode triplet (triplet code):
instruksi-instruksi genetik untuk rantai polipeptida ditulis
dalam DNA sebagai rangkaian kata tiga nukleotida yang
tidak tumpang-tindih. Misalnya, triplet basa AGT di posisi
tertentu pada seuntai DNA menghasilkan penempatan
asam amino serin pada posisi yang bersesuaian dari
polipeptida yang sedang dibuat.
Selama transkripsi, gen menentukan sekuens basa-
basa dl sepanjang molekul mRNA (Peraga 17.4). Untuk
setiap gen, hanya satu dari kedua untai DNA yang
ditranskripsikan. Untaian ini disebut untai cetakan
(template strand) karena menyediakan pola, atau
cetakan, untuk sekuens nukleotida-nukleotida dalam
transkrip RNA. Untai DNA tertentu merupakan untai
cetakan untuk beberapa gen di sepanjang molekul DNA,
sedangkan untuk gen-gen lain untai komplementer-lah
yang berfungsi sebagai cetakan. Perhatikan bahwa untuk
suatu gen, untai yang sama digunakan sebagai cetakan
setiap kali gen tersebut ditranskripsi.

356 uNlT TIGA Genetika


Gen 2
*jp
i
Untar
.etaLan | 3'
DNA ---1
l'ls'
Mim
I RNA. I(odon pertama dipecahkan pada tahun 1961 oleh
mRNA 5'
,,1, ,--
I I
Kodon
T_-
TRANSLAST I ,1,
Protein
Asam amrno
A Peraga 17.,4 Kode triplet. Untuk setiap gen, satu untai DNA
berfungsi sebagai cetakan untuk transkrrpsi. Aturan perpasangan
basa untuk sintesis DNA juga memandu transkripsi, namun urasil
(U) menggantikan posisi timin (T) dalam RNA. Saat translasi, mRNA
dibaca sebagai sekuens triplet basa, disebut kodon. Setiap kodon
menspesifikasi satu asam amino untuk ditambahkan ke rantai
polipeptida yang sedang tumbuh. mRNA dibaca dengan arah 5'-+3'.
Molekul mRNA komplementer, bukan identik, dengan
cetakan DNA karena basa-basa RNA dirakit pada cetakan
berdasarkan aturan perpasangan basa. Perpasangan serupa
dengan yang terbentuk saat replikasi DNA, hanya'saja
U, pengganti untuk T pada RNA, berpasangan dengan
A, dan nukleotida mRNA mengandung ribosa, bukan
deoksiribosa. Seperti untai baru DNA, molekul RNA
disintesis dengan arah yang antiparalel terhadap untai
cetakan DNA. (Untuk mengulas kembali apa yang
dimaksud dengan 'antiparalel' dan ujung-ujung 5' serta
3'pada rantai asam nukleat, lihat Peraga 16.7). Misalnya,
triplet basa ACC pada DNA (ditulis sebagai 3'-ACC-5')
menjadi cetakan untuk 5'-UGG-3'pada molekul mRNA.
Triplet basa mRNA disebut kodon (codon), dan biasanya
ditulis dengan arah 5'+3'. Dalam contoh kita, UGG
merupakan kodon untuk asam amino triptofan (disingkat
Trp). Istilah kodon juga digunakan untuk triplet basa di
sepanjang untai bukan cetakan (non templafe). I(odon-
kodon ini komplementer terhadap untai cetakan, dan
dengan demikian bersekuens identik dengan mRNA, hanya
saja mengandung T bukan U. (I(arena alasan ini, untai
DNA bukan cetakan terkadang disebut 'untai pengode').
Saat translasi, sekuens kodon di sepanjang molekul
mRNA diterjemahkan, atau ditranslasi, menjadi sekuens
asam amino yang menyusun rantai polipeptida. I(odon
dibaca oleh mekanisme translasi dengan arah 5'->3' di
sepanjang nRNA. Setiap kodon menspesifikasi mana di
antara ke-20 asam amino yang akan diinkorporasikan
ke dalam posisi yang sesuai di sepanjang polipeptida.
I(arena kodon merupakan triplet basa, jumiah nukleotida
yang menyusun suatu pesan genetik pastilah tiga kali
lebih banyak daripada jumlah asam amino dalam protein
yang dihasilkan. Misalnya, 300 nukleotida diperiukan di
sepanjang satu untai mRNA untuk mengodekan asam-asam
amino dalam polipeptida yang panjangnya 100 asam amino.
Memecakkan Kode
Ahli-ahli biologi molekular memecahkan kode kehidupan
di awal tahun 1960-an ketika serangkaian percobaan
mengungkapkan translasi asam amino untuk setiap kodon
Marshall Nirenberg, dari National Institutes of Health,
dan para koleganya. Nirenberg menyintesis mRNA buatan
dengan cara menautkan nukleotida-nukleotida RNA
identik yang mengandung urasil sebagai basa. Tidak peduli
di mana pun pesan ini dimulai atau dihentikan, pesan itu
hanya dapat mengandung satu kodon berulang-ulang:
UUU. Nirenberg menambahkan'poli-U' ini ke campuran
dalam tabung reaksi yang mengandung berbagai asam
amino, ribosom, dan komponen-komponen lain yang
dibutuhkan untuk sintesis protein. Sistem buatannya
mentranslasikan poli-U menjadi polipeptida yang
mengandung banyak unit asam amino fenilalanin (Phe),
terangkai bersama sebagai suatu rantai polifenilalanin
panjang. Dengan demikian, Nirenberg memastikan
bahwa kodon mRNA UUU menspesifikasikan asam
amino fenilalanin. Dengan segera, asam-asam amino yang
dispesifikasikan oleh kodon AAA, GGG, dan CCC juga
dapat ditentukan.
Walaupun membutuhkan teknik-teknik yang lebih
rumit untuk mengodekan triplet campuran seperti AUA
dan CGA, ke-64 kodon dipecahkan pada pertengahan
tahun 1960-an. Seperti yang ditunjukkan oleh Peraga 1?.5,
61 dari ke-64 triplet mengodekan asam amino. I(etiga
kodon yang tidak mengodekan asam amino merupakan
sinyal 'stopl atau kodon terminasi, yang menandai akhir
translasi. Perhatikan bahwa kodon AUG berfungsi ganda:
mengodekan asam amino metionin (Met) dan berfungsi
sebagai sinyal 'mulail atau kodon inisiasi. Pesan-pesan
genetik dimulai dengan kodon mRNA, AIJG, yang
memberi sinyal pada mekanisme penyintesis protein untuk
mulai mentranslasikan mRNA pada lokasi itu. (I(arena
AUG juga mengodekan metionin, rantai polipeptida
diawali oleh metionin saat disintesis. Akan tetapi, sejenis
enzim mungkin segera menyingkirkan asam amino starter
dari rantai tersebut.)
Perhatikan Peraga 17.5, ada redundansi dalam kode
genetik, namun tidak ada ambiguitas. Misalnya, walaupun
kodon GAA dan GAG sama-sama menspesifikasikan asam
glutamat (redundansi), tidak satu pun di antaranya yang
menspesifikasikan asam amino lain (tidak ada ambiguitas).
BAB TUJUH BELAS Dari Gen ke Protein
 Basa mRNA kedua tumpang-tindih. Pesan tid.ak dibaca sebagai serangkaian
kata tumpang-tindih-UGGUUU, dan seterusnya-yang
UUU IlPhe ucu-l UAUIlrvr UGU I Cvs
I
akan menyampaikan pesan yang sangat berbeda.
uuc J ucc I uAc l. UGC J
Ser Evalusi f{cde Ge*eddr
UUA I Leu ucA I
$# $H$ili$.1
I I I(ode genetik nyaris universal, dimiliki oleh semua
uuc l UCG J UGG Trp
'$.#djii$fi+$i organisme dari bakteri yang paling sederhana sampai
o o
ro
o CUU LLU CAU I ccu ! tumbuhan dan hewan yang paling kompleks. I(odon RNA
-v
Itt cuc ccc
I

I cAC l
lHis
ccc
I I
J
o
CCG, misalnya, ditranslasikan sebagai asam amino prolin
tr1
o) lPro lArq ol pada semua organisme dengan kode genetik yang telah
CUA ccA CAA I cGA
I lGln I dikaji. Pada percobaan di laboratorium, gen-gen dapat
(o
CUG ccG _.j cAG l CGG ]
ditranskripsi dan ditranslasi setelah ditransplantasikan
G
E -l ttl dari satu spesies ke spesies lain, terkadang dengan
6
P Acu AAU I AGU I Ser ,F
o
o
ACC AAC l
lAsn
AGC
t hasil yang cukup mengejutkan {Ferag* 'x7.6}l Bakteri
CL I
J
Ithr zE, dapat diprogram dengan penyisipan gen manusia agar
2
&
AcA AAA I
Lvs
AGA I menyintesis protein-protein manusia tertentu untuk
I I lArg E
E
tE
ACG I AAG J AGG I 6
(!
kepentingan medis, misainya insulin. Penerapan semacam
(g co itu telah menghasilkan banyak perkembangan menarik
6 Gcu
I GAU I

lAsp
GGU-l
dalam bidang bioteknologi (lihat Bab 20).
GCC I

lAta
GAc l GGC I

lGlv Pengecualian terhadap universalitas kode genetik

GUA GcA GAA I GGA mencakup sistem-sistem translasi dengan beberapa
I lGlu I

GUG GCG I GAG ] GGG I kodon yang berbeda dari kodon standar. Variasi kecil
pada kode genetik terdapat pada beberapa eukariota
uniselular tertentu dan gen-gen organel dari berbagai
d" FeraEa 17.5 Kamus kode genetik. Ketiga basa kodon mRNA spesies. Ada pula beberapa pengecualian berupa translasi
di sini disimbolkan sebagai basa pertama, kedua, dan ketiga,
kodon stop menjadi salah satu dari dua asam amino
dibaca dengan arah 5'-+3' di sepanjang mRNA. (Berlatihlah
menggunakan kamus ini dengan mencari kodon-kodon pada
yang tidak ditemukan pada sebagian besar organisme.
Peraga 17.4). Kodon AUG tidak hanya berarti asam amino Walaupun salah satu asam amino ini (pirolisin, pyrrolysine)
metionin (Met) namun juga berfungsi sebagai sinyal 'mulai' untuk
ribosom agar mulai mentranslasikan mRNA pada titik tersebut.
Tiga dari ke-64 kodon berfungsi sebagai sinyal ltop', menandai
akhir pesan genetik. Lihat Peraga 5.17 untuk memperoleh daftar
singkatan tiga huruf untuk semua asam amino.

Redundansi dalam kode tidak selalu acak. Pada banyak

kasus, kodon-kodon yang sinonim untuk satu asam amino
tertentu hanya berbeda pada basa ketiga dari triplet. I(ita
akan mempertimbangkan keuntungan yang mungkin
diperoleh dari redundansi ini di bagian lain dari bab ini.
I(emampuan kita mengekstraksi pesan yang
dimaksudkan dari bahasa tertulis bergantung pada
pembacaan simbol-simbol dalam pengelompokan yang
benar-artinya, dalah bingkai pembacaan (read'ing
frame) yang benar. Ambil contoh pernyatan tni " The red
dog ate the bug!' I(elompokkan huruf-huruf itu secara (a) Tanaman tembakau (b) Babi mengekspresikan
salah dengan memulai pada titik yang tidak benar, dan mengekspresikan gen gen ubur-ubur. Para
kunang-kunang. Pendar penelrti menyuntikkan
hasilnya pun bisa menjadi tidak bermakna, misalnya, "her
kuning dihasilkan oleh gen protein fluoresen ke
edd oga tet heb ugl' Bingkai pembacaan juga penting reaksi kimiawi yang dalam sel telur babi yang
dalam bahasa moiekular sel. Rentangan pendek polipeptida dikatalisis oleh produk terfertilisasi. Salah satu sel
yang ditunjukkan pada Peraga 17.4, misalnya, akan dibuat protein gen kunang-kunang. telur berkembang menjadi
dengan benar hanya jika nukleotida mRNA dibaca dari babi fluoresen ini.
kiri ke kanan (5'-t3') dalam kelompok tiga huruf yang
ditunjukkan dalam Peraga: UGG UUU GGC UCA. & Peraga 17.6 Ekspresi gen dari spesies berbeda. Karena
makhluk hidup yang beraneka ragam memiliki kesamaan kode
Walaupun pesan genetik tertulis tanpa spasi di antara genetik, suatu spesies dapat diprogram untuk memproduksi
kodon-kodon, mekanisme penyintesis protein sel membaca protein-protein yang dimiliki oleh spesies lain dengan cara
pesan sebagai serangkaian kata tiga huruf yang tidak introduksi DNA spesies lain tersebut ke dalam spesies pertama.

358 uNtT T|GA Genetika

baru ditemukan pada arkea, asam amino yang satu lagi
(selenosistein, selenocysteine) merupakan komponen
dari beberapa protein bakteri dan bahkan beberapa
enzim manusia. Terlepas dari pengecualian-pengecualian
ini, nilai penting yang evolusioner dari universalitas
kode genetik yang nyaris sempurna ini amatlah jelas.
I(esamaan bahasa dari semua makhluk hidup pastilah telah
beroperasi sejak dini dalam sejarah kehidupan-cukup
dini sehingga dimiliki oleh nenek-moyang bersama dari
semua organisme modern. I(esamaan kosakata genetik
merupakan pengingat bahwa semua makhluk hidup di
Bumi diikat oleh kekerabatan.
ffir?"r
1. Produk polipeptida apa yang Anda harapkan terbentuk
dari mRNA poli-G yang panjangnya 30 nukleotida?
2. ffiffiffiHffiffi Untai cetakan dari suatu gen
mengandung sekuens 3'-TTCAGTCGT-5'. Gambarkan
sekuens bukan cetakan dan sekuens mRNA yang
indikasikan ujung 5' dan ujung 3'pada masing-masing
sekuens. Bandingkan kedua sekuens tersebut.
3. ffiffi Bayangkan bahwasuatu sekuens
bukan cetakan pada pertanyaan 2 ditranskripsikan, sebagai
pengganti sekuens cetakan. Gambarkan sekuens mRNA
dan translasikan dengan menggunakan Peraga 17.5.
(Pastikan memperhatil<an ujung 5' dan 3'.) Prediksikan
seberapa baik protein yang disintesis dari untai bukan
cetakan bisa berfungsi, jika memang betul berfungsi.
Untuk mengetahui jawaban yang dianjurkan, lihat
Apendiks A.
W17,2
f_
$ Transkripsi adalah sintesis RNA
yang diarahkan oleh DNA;
pengafttatan lebih dekat
Sekarang setelah kita mempelajari logika linguistik
dan nilai penting gvolusioner kode genetik, kita siap
mempelajari ulang transkripsi, tahap pertama ekspresi
gen, secara lebih terperinci.
KoNnponen-kompomen Molekular
T'ranskripsi
RNA duta, pembawa informasi dari DNA ke mekanisme
penyintesis protein dalam sel, ditranskripsikan dari untai
cetakan gen. Enzim yang disebut RNA polimerase
(RNA polymerase) memisahkan kedua untai DNA
dan menggabungkan nukleotida-nukleotida RNA saat
membentuk pasangan basa di sepanjang cetakan DNA
DNA polimerase yang berfungsi
{Peraga 17.7). Seperti
dalam replikasi DNA, RNA polimerase dapat merakit
polinukleotida hanya pada arah 5'-+3'. Akan tetapi, tidak
seperti DNA poiimerase, RNA polimerase mampu membuat
rantai dari nol. Enzim-enzim ini tidak memerlukan primer.
Sekuens spesifik nukleotida di sepanjang DNA
menandai tempat transkripsi gen dimulai dan berakhir.
Sekuens DNA tempat RNA polimerase melekat dan
menginisiasi transkripsi dikenal sebagai promoter. Pada
bakteri, sekuens yang menandai akhir transkripsi disebut
terminator. (Mekanisme terminasi pada eukariota
berbeda; akan kami deskripsikan nanti.) Ahli-ahli
biologi molekular menyebut arah tranksripsi 'ke hilir'
(downstream) sedangkan arah yang satu lagi disebut 'ke
hulu'(up stream). Isttlah-istilah ini juga digunakan untuk
mendeskripsikan posisi sekuens-sekuens nukleotida dalam
DNA atau RNA. Dengan demikian, sekuens promoter
pada DNA disebut mengarah ke hulu terhadap terminator.
Rentangan DNA yang ditranskripsi menjadi molekul RNA
disebut unit transkripsi (transcription unit).
Bakteri memiliki satu jenis RNA polimerase yang
tidak hanya menyintesis mRNA, namun juga berfungsi
dalam sintesis protein, misalnya RNA ribosom. Sebaliknya,
eukariota memiliki setidaknya tiga tipe RNA polimerase
dalam nukleus. Yang digunakan untuk sintesis mRNA
disebut RNA polimerase II. RNA polimerase yang lain
mentranskripsikan molekul RNA yang tidak ditranslasikan
menjadi protein. Dalam pembahasan tentang transkripsi
berikut ini, kita akan memulai dengan ciri-ciri sintesis
mRNA yang dimiliki oleh bakteri maupun eukariota, dan
kemudian mendeskripsikan beberapa perbedaan penting.
I
I Sintesis Transkrip RNA
I(etiga tahap transkripsi, seperti yang ditunjukkan oleh
Peraga 17.7 dan dideskripsikan berikut ini, adalah inisiasi,
pemanjangan (elongasi), dan terminasi rantai RNA. Pelajari
Peraga 17.7 untuk mengakrabkan diri Anda dengan
tahap-tahap dan istilah-istilah yang digunakan untuk
mendeskripslkan berbagai tahap tersebut.
Pengikatan ft.NA Polimerase dan
lnisiasi Transkripsi
Promoter suatu gen mencakup titik mulai transkripsi
(nukleotida tempat dimulainya sintesis RNA) dan
umumnya membentang dari beberapa lusin pasangan
basa yang menuju ke hilir dari titik mulai. Selain berperan
sebagai situs pengikatan untuk RNA polimerase dan
menentukan di mana transkripsi dimulai, promoter
menentukan manakah di antara kedua untai heliks DNA
yang digunakan sebagai cetakan.
Beberapa bagian tertentu dari promoter sangat
penting untuk pengikatan RNA polimerase. Pada bakteri,
RNA polimerase sendiri secara spesifik mengenali dan
berikatan dengan promoter. Pada eukariota, sekelompok
protein yang disebut faktor transkripsi (transcription
factor) memediasi pengikatan RNA polimerase dan
inisiasi transkripsi. Ingatlah lagi dari Bab 16 bahwa DNA
kromosom eukariot membentuk kompleks dengan histon
BAB TUJUH BELAS DariGenke Protein
 Promoter Unrt transkripsi

5',
3'

RNA polimerase Pemanjangan

{} tnisiasi. Setelah RNA polimerase
berikatan ke promoter, untai-untai
DNA membuka, dan polimerase Nukleotida RNA
menginisrasi sintesis RNA di titik
RNA
mula pada untai cetakan. polimerase

5', :rel 3',

3/ -rra; I
5',

lJntai cetakan DNA

DNA terbuka RNA .*,,ffii Y!
@ Pemanjangan. Polrmerase
bergerak menghilir, membuka iFi$&ffi ,{l
DNA dan memperpanjang transkrip ..usu\
i
,A{
: 'ql\i
RNA 5' ' 3'. Sele ah transL r psi,
L.ltai-LnLai DNA kembal
membentuk heliks ganda. . r, r i;"

' : : : r: : :Afah {ranskripsi: :.:

DNA bergabung laqi

1r. .. ,.ilkg hl!'!r]!, .; ,: , ::
' ,."/' Untai cetakan

RNA yang
baru dibuat

Transl.rip RNA
$ Terminasi. Pada akhirnya, transkrip
RNA dilepaskan, dan polimerase
melepaskan diri dari DNA.
^& Peraga 17.7 Tahap-tahap transkripsi: inisiasi,
pemanjangan, dan terminasi. Gambaran umum transkripsi ini
berlaku untuk bakteri maupun eukaflota, namun perincian dari
terminasi berbeda, seperti yang dideskripsikan dalam teks. Selain
itu, pada bakteri, transkrip RNA segera berguna sebagai mRNA.
Pada eukariota, transkrip RNA harus diproses terlebih dahulu.

5', 3',
3', 5',

.(,,
Transkrip RNA yang sudah selesai
dan protein-protein lain sebagai kromatin. Peran protein-
protein ini yang menjadikan DNA bisa diakses oleh
faktor transkripsi akan dibahas pada Bab 18. Baru setelah
faktor-faktor transkripsi tertentu melekat ke promoter,
RNA polimerase II dapat berikatan dengan promoter.
I(eseluruhan kompleks faktor transkripsi dan RNA
polimerase II yang terikat ke promoter disebut kompleks
inisiasi transkripsi (trancr iption initiation comp lex).
Peraga 17.8 menunjukkan peran faktor transkripsi dan
suatu sekuens DNA promoter yang sangat penting, disebut
kotak TATA (TATA boa), dalam pembentukan kompleks
inisasi pada promoter eukariot.
Interaksi antara RNA polimerase II dan faktor-faktor
transkripsi pada eukariota merupakan contoh nilai penting
interaksi protein-protein dalam mengontrol transkripsi
eukariota. Begitu polimerase melekat erat ke DNA
promoter, kedua untai DNA membuka di tempat itu, dan
enzim mulai mentranskripsi untai cetakan.
Pernaniangan Untai RNA
i(etika RNA polimerase bergerak di sepanjang DNA,
enzim tersebut terus membuka puntiran heliks ganda,
mengekspos sekitar 10 sampai 20 basa DNA dalam satu
waktu untuk perpasangan dengan nukleotida RNA (lihat
Peraga 17.7). RNA polimerase menambahkan nukleotida
ke ujung 3' RNA yang sedang tumbuh sambil terus
menyusuri heliks ganda. Setelah gelombang sintesis RNA
yang maju ini, molekul RNA baru akan melepaskan diri
dari cetakan DNA-nya, dan heliks ganda DNA terbentuk
kembali. Transkripsi berlangsung dengan laju sekitar 40
nukleotida per detik pada eukariota.
Satu gen tunggal dapat dltranskripsikan secara
bersamaan oieh beberapa molekul RNA polimerase yang
saling mengikuti bagaikan konvoi truk. RNA yang sedang
tumbuh terlepas dari setiap polimerase, dengan panjang
setiap untai baru mencerminkan seberapa jauh enzim
telah bergerak pada cetakan dari titik mulai (lihat molekul-
molekul mRNA pada Peraga 17.24). Pengelompokan
banyak molekul polimerase yang mentranskripsi suatu
gen secara bersamaan akan meningkatkan jumlah mRNA
yang ditranskripsi dari gen tersebut, yang membantu sel
membuat protein yang dikodekan dalam jumlah besar.

35O uNlT TIGA Generika

 ' \ disebut sekuens sinyal poliadenilasi, yang mengodekan
-c=--J\
'/ongtstnO"Vti-;
/2/l $zz\)l/\)z/\)zz\\\\
suatu sinyal poliadenilasi (AAUAAA) pada pre-mRNA.
ffi1,'o S Prornot", urnumnya
I(emudian, pada suatu titik l<ira-kira l0 sampai 35
\ mencakup sebuah "ukariotik
kotak TAIA,
seKUens nukleotrda yang mengandurg nukleotida yang mengarah ke hilir dari sinyal AAUAAA,
lervrosesenrrue] lk+mRNA U
, TATA, sekiLar 25 nukleotida ke arah protein-protein yang berasosiasi dengan transkrip RNA
\ \\ ^*n 1 .17
hulu dari t'tir nulai rranskripsi.
(Be'dasarkan kesepakatan, sekuens yang sedang tumbuh memotong bagian itu hingga terlepas
- -1.',/
__==__:-:'l
I rnansras .*n".". nukreorioa drjabarkan seperti yang dari polimerase, dan pre-mRNA pun terlepas. Akan
-zt-1*2-t terdapat pada untai bukan cetakan.)
q"co|popt tetapi, polimerase terus mentranskripsikan DNA sebanyak
da -
ratusan nukleotida setelah tempat pre-mRNA dilepaskan.
Promoter
Penelitian terbaru pada sel-sel khamir menunjukkan bahwa
s', 3', RNA yang dihasilkan oleh transkripsi yang berkelanjutan
)t \! ini didigesti oleh sejenis enzim yang bergerak di sepanjang
Titik nulai
T Lik mufai Untal RNA. Data yang diperoleh mendukung gagasan bahwa
cetakan DNA
ketika enzim itu mencapai polimerase, transkripsi diakhiri
ffF Eeberapa faktor transkripsi, dan polimerase terlepas darl DNA. Sementara itu, pre-
saial" satunya mengena i kolak
mRNA mengalami pemrosesan, topik yang akan dibahas
TATA, ha'us be'ikatan ke DNA
sebelun RNA polir,era:e ll di subbab berikutnya.
daparnelak uka nnya.

ffi1?.?
l. Bandingkan DNA polimerase dan RNA polimerase
dalam kaitannya dengan bagaimana kedua enzim itu
3',
berfungsi, kebutuhan terhadap cetal<an dan primer,
5'
arah sintesis, serta tipe nukleotida yang digunakan.

$ Faktor-f aktor transkripsi 2. Apakah promoter itu, dan apakah promoter terletak
tambahan /ungu) oe.ika'an Ke pada ujung hulu atau hilir dari unit transkripsi?
DNA oersama-sana denqan RNA
poiimerase Il, rne.nbentuk 3. Apa yang membuat RNA polimerase mulai
kompieks inisiasi transkripsi. He}ks mentranskripsikan gen di tempat yang tepat pada DNA
ganda DNA kemudian membuka, dalam sel bakteri? Bagaimana dalam sel eukariot?
dan sintesrs RNA diawali dari titik
mular pada untar cetakan. 4. mrffi Anggaplah sinar-X menyebabkan
perubahan sekuens dalam kotak TAIA dari promoter
suatu gen tertentu. Bagaimanakah hal ini memengaruhi
:RNA polimerase ll r transkripsi gen tersebut? (Lihat Peraga 17.8.)
-...
' ,',\
' \r:
l:" Untuk mengetahui jawaban yang dianjurkan, I hat t
: : ,;;' '1r;:1 ''" ;
Apendiks A j
(. t---=1"-rrTi -:---l-: _
--:---.'" *- j I " -: -- "
t2t "
.::'i
I
l

w$7.3
,.:, :
\.r,1r;:

t
Kompleks inisiari transkripsi tr Sel eukariot mernodifikasi RNA
A Peraga tr7.8 lnisiasi transkripsi pada promoter eukariot.
setelah transkripsi
Dalam sel-sel eukariot, protein-protein yang disebut faktor-faktor
transkripsi memediasi inisiasi transkripsi RNA polimerase ll. Enzim-enzim dalam nukleus eukariot memodifikasi pre-
ffij$] ,relattan bagaimana interaksi RNA polimerase dengan promoter mRNA dengan cara-cara yang spesifik sebelum pesan
akan berbeda jika Peraga menunjukkan inisiasi transkrtpsi untuk bakteil genetik dikirimkan ke sitoplasma. Selama pemrosesan
RNA (RNA processing) ini, kedua ujung transkrip primer
diubah. Selain itu, pada sebagian besar kasus, bagian-
Terffiinasi Transkripsi bagian interior tertentu dari molekul RNA akan dipangkas
dan bagian-bagian yang tersisa disatukan. Modifikasi ini
Mekanisme transkripsi berbeda pada bakteri dan
menghasilkan molekul mRNA yang siap untuk translasi.
eukariota. Pada bakteri, transkripsi berlanjut melalui
suatu sekuens terminator pada DNA. Terminator yang
ditranskripsikan (suatu sekuens RNA) berfungsi sebagai Fengubahan Uiung-ujumg rnRNA
sinyal terminasi, menyebabkan polimerase melepaskan Setiap ujung molekul pre-mRNA dimodifikasi dengan cara
diri darl DNA dan melepaskan transkrip, yang bisa tertentu {Feraga 17.9). Ujung 5' disintesis terlebih dahulu,
digunakan langsung sebagai mRNA. Pada eukariota, RNA dan menerima tudung 5' (5' cap), bentuk termodifikasi
poiimerase II mentranskripsikan sekuens pada DNA yang dari nukleotida guanin (G) yang ditambahkan ke ujung

BAB TUJUH BELAS Dari Gen ke Protein 361

 /rZ\Az1i,(\6Ai Sebuah nuk er.rtrda gr.rani;': yilng
teimo.Jrfikasi dita|nbahk;n
rc
IFEfrF0FA&-eil.4] lP'e mana
\\ mRNA .//
\\ \....--r-7 t-,/,/
t TRANsrAel ,8bam
ev:>
Nilio"oau
A. Peraga 17.9 Pemrosesan RNA:
penambahan tudung 5' dan ekor poli-A.
Enzim-enzim memodifikasi kedua ujung
molekul pre-mRNA eukariot. Ujung-ujung
termodifikasi ini bisa mempromosikan
5'setelah transkripsi 20 sampai 40 nukleotida pertama.
Ujung 3' molekul pre-mRNA juga dimodifikasi sebelum
mRNA keluar dari nukleus. Ingatlah lagi bahwa pre-
mRNA dilepaskan segera setelah sinyal poliadenilasi,
AAUAAA, ditranskripsikan. Pada ujung 3', sejenis enzim
menambahi(an lagi 50 sampai 250 nukleotida adenin
(A), membentuk ekor poli-A @oly-A tail). Tudung
5' dan ekor poli-A memiliki beberapa fungsi penting.
Pertama, keduanya tampak memfasilitasi ekspor mRNA
matang dari nukleus. I(edua, tudung 5' dan ekor poli-A
membantu melindungi mRNA dari degradasi oleh
enzim-enzim hidrolitik. I(etiga, keduanya membantu
ribosom meiekat ke ujung 5' mRNA setelah mRNA
mencapai sitoplasma. Peraga 17.9 menunjukkan diagram
suatu molekul mRNA eukariot dengan tudung dan ekor.
Peraga tersebut juga menunjukkan wilayah yang tak
tertranslasikan (untranslated region, UTR) pada ujung
5'dan 3'mRNA (disebut sebagai 5'UTR dan 3'UTR).
UTR merupakan bagian dari mRNA, yang tidak ai<an
ditranslasikan menjadi protein, namun memiliki fungsi-
fungsi lain, misainya pengikatan ribosom.
Cen Terpisah-pisalr dan
Fenyambungan DNA
Suatu tahap mengagumkan dari pemrosesan RNA
dalam nukleus eukariot adalah pembuangan beberapa
bagian besar molekul RNA hasil sintesis awal-kerja
potong-tempel yang disebut penyambungan RNA
(RNA splicing), mirip dengan penyuntingan video
{Fenaga 17.10}. Panjang rata-rata dari unit transkripsi
di sepanjang molekul DNA manusia adalah sekitar
27.000 pasang basa, sehingga transkrip RNA primer juga
sepanjang itu. Akan tetapi, hanya 1.200 nukleotida dalam
RNA yang dibutuhkan untuk mengodekan protein yang
berukuran sedang dari 400 asam amino. (Ingat, setiap
asam amino dikodekan oleh suatu triplet nukleotida.) Ini
berarti sebagian besar gen eukariot dan transkrip RNA-
nya mengandung rentangan panjang nukieotida bukan
pengode, wilayah-wilayah yang tidak ditranslasikan. Lebih
362 UNIT TIGA Genetika
50 sampai 250 rr-rkieotida acieirin
ker ujung 5' dit:iirb:rirLen ke ujunc -l'
Segmen pengode protein Sinyal poliadenilasi
,,: i4,
Kodon stop
3',UTR Ekor poli'A
ekspor mRNA dari nukleus, dan membantu ribosom. Tudung 5' dan ekor poli-A tidak
melindungi mRNA dari degradasi. Ketika ditranslasikan menjadi protein, demikian pula
mRNA mencapai sitoplasma, ujung-ujung dengan wilayah-wilayah yang disebut wilayah
termodifikasi, bersama-sama beberapa protein 5' tak tertranslasikan (5' UTR) dan wilayah 3'
sitoplasma tertentu, memfasilitasi pelekatan tak tertranslasikan (3' UTR).
mengejutkan lagi bahwa sebagian besar sekuens bukan
pengode ini berselang-seling dengan segmen-segmen
pengode gen, yang berarti juga berada di antara segmen-
segmen pengode pre-mRNA. Dengan kata 1ain, sekuens
nukleotida DNA yang mengodekan polipeptida eukariot
biasanya tidak berkesinambungan, melainkan terpisah-
pisah menjadi beberapa segmen. Segmen bukan pengode
dari asam nukleat yang terletak di antara wilayah-wilayah
pengode disebut sekuens penyela (intervening sequence),
atau intron. Wilayah-wilayah yang lain disebut ekson
(exon), karena mereka akhirnya diekspresikan, biasanya
dengan cara ditranslasikan menjadi sekuens asam amino.
(Pengecualiannya mencakup UTR-UTR ekson di ujung-
ujung RNA, yang menjadi bagian mRNA namun tidak
ditranslasikan menjadi protein. I(arena pengecualian ini,
mungkin bermanfaat bagi Anda untuk memikirkan ekson
sebagai sekuens RNA yang keluar dari nukleus.) Istilah
intron dan ekson digunakan untuk sekuens RNA maupun
sekuens DNA pengodenya.
Dalam pembuatan transkrip primer dari suatu gen,
RNA polimerase Ii mentranskripsikan intron maupun
ekson dari DNA, namun molekul mRNA yang memasuki
sitoplasma merupakan versi yang telah diringkas. Intron
dipotong dan dibuang dari molekul, sedangkan ekson
digabung-gabungkan, membentuk molekul mRNA dengan
sekuens pengode yang tak terputus. Proses ini disebut
penyambungan RNA (RNA splicing).
Bagaimanakah penyambungan pre-mRNA
berlangsung? Para peneliti teiah mempelajari bahwa sinyal
untuk penyambungan RNA merupakan sekuens nukleotida
pendek pada masing-masing ujung intron. Partikei-partikel
yang disebut ribonukleoprotein nukleus kecil atau small
nuclenr ribonucleoprotein yang disingkat snRNP (dibaca
'snurp'), mengenali situs-situs penyambungan ini. Sesuai
dengan namanya, snRNP terletak di daiam nukleus sel
dan tersusun atas molekul-molekul RNA dan protein.
RNA di dalam partikel snRNP disebut R]{A nukleus
kecil alias small nuclear RNA (snRLIA). Setiap molekul
panjangnya sekitar 150 nukleotida. Beberapa snRNP
yang berbeda bergabung dengan beberapa protein
 ,,',.
AAA'\Ai 5 tkson Ekson

I rnarsrnrps I IDNA Pre-mRNA 5' Ekor poli-A

sr\.,^,, , JU at 104 105 146
l-1fi-ffigs4fifril lcre-mnrun

r,,.,^z^'/
lntron djpotong dan dibuang;
^RNA Segmen sedangkan ekson disambung-sambungkan
I
-/ pengode
t mm--l I ,R bosom

cKpolo"otdu
rnRNA
--.^l'/*- 146
5' UTR

,& Peraga '17.10 Pemrosesan RNA:
penyambungan RNA. Molekul RNA yang
ditunjukkan di sini mengodekan p-globin,
salah satu polipeptida hemoglobin. Jumlah
di bawah RNA mengacu kepada kodon.
B-globin pan,angnya 146 asam amino.
Gen B-globin dan transkrip pre-mRNA-
nya mengandung tiga ekson, bersesuaian
dengan sekuens yang akan meninggalkan
nukleus sebagai mRNA. (UTR 5'dan
UTR 3' merupakan bagian ekson karena
diikutkan dalam mRNA. Akan tetapi,
keduanya itu tidak mengodekan protein.)
Saat pemrosesan RNA, intron dipotong
dan dibuang, sedangkan ekson disambung-
sambungkan. Pada banyak gen, intron
relatif jauh lebih besar daripada ekson
yang ada pada gen B-globin. (Pre-mRNA
tidak digambarkan menurut skala.)

Transkrip RNA (pre-mRNA)

tambahan untuk membentuk rakitan yang lebih besar 5',:
lagi, disebut splisosom (spliceosome), yang nyaris sama Ekson 1 lntron Ekson 2

besar dengan ribosom. Splisosom berinteraksi dengan

situs-situs tertentu di sepanjang intron, melepaskan
I"j
intron dan menggabungkan kedua ekson yang mengapit r:,,, Protein {ain
intron (Peraga 1?.11). Ada bukti kuat bahwa snRNA
mengkatalisis proses-proses ini, selain berpartisipasi dalam
raldtan splisosom dan pengenalan tempat penyambungan.
Splisosom
Ribazim
timbul sewaktu
Gagasan tentang peran katalitik snRNA .,.'. "r ''"'ir..ll!
ditemukan ribozim (ribozyme), molekul-molekul RNA
ffi
yang berperan sebagai enzim. Pada beberapa organisme,
penyambungan RNA dapat terjadi tanpa protein atau
bahkan molekul-molekul RNA tambahan. RNA intron
berfungsi sebagai ribozim dan mengkatalisis pemotongan
dirinya sendiril Misalnya, pada protozoa Tetrahymena,
penyambungan diri terjadi saat produksi RNA ribosom
(rRNA), komponen ribosom organisme. Pre-rRNA lantas
membuang intron-intronnya sendiri. Penemuan ribozim Komponen
membuat gagasan bahwa semua katalis biologis adalah splisosom
lntron yang
protein tidak lagi bqrlaku. V dibuang
Tiga sifat RNA memungkinkan beberapa molekul mRNA
RNA berfungsi sebagai enzim. Pertama, karena RNA w
Ekson Ekson 2
beruntai tunggal, suatu wiiayah molekul RNA dapat 1

berpasangan basa dengan wilayah komplementer di bagian

Iain molekul yang sama, sehingga molekul tersebut pun
memperoieh struktur berdimensi tiga tertentu. Struktur
yang spesifik esensial untuk fungsi katalitik ribozim,
seperti halnya untuk protein enzimatik. I(edua, seperti
asam-asam amino tertentu dalam protein enzimatik,
beberapa basa dalam RNA mengandung gugus-gugus
fungsional yang mungkin berpartisipasi dalam katalisis.
I(etiga, kemampuan RNA untuk berikatan-hidrogen
dengan moiekul-molekul asam nukleat lain (entah itu
RNA atau DNA) menambahkan kespesifikan kepada
A Peraga 17.11 Peran snRNP dan splisosom dalam
penyambungan mRNA. Diagram ini hanya menunjukkan
sebagian transkrip pre-mRNA. lntron dan ekson lain terletak di
bagian hilir dari yang digambarkan di sini. @ Ribonukleoprotein
nukleus kecil (snRNP) dan protein-protein lain membentuk
kompleks molekul yang disebut splisosom pada molekul mRNA
yang mengandung ekson dan intron. S
Dalam splisosom, snRNA
berpasangan basa dengan nukleotida di tempat-tempat yang
spesifik di sepanjang intron. $
Splisosom memotong pre-mRNA,
melepaskan intron, dan pada saat yang sama menggabungkan
ekson-ekson. Splisosom kemudian membubarkan diri, melepaskan
mRNA, yang kini hanya mengandung ekson.

BAB TUJUH BELAS Dari Gen ke Protein 363


Transkriosr I terdiri atas wilayah struktural dan fungsional tersendiri
Y
Parror"ran RNA I
Y aktif, sedangkan domain yang lain mungkin melekatkan
Translasi
D"*"i. , .. .:-.i-l
I ,1 ,3:il' r
!,t!
{ +::r'::'i
i;1"
iril:
'. !1.
il'l iir
:rdi,:,:; ,f
Polipeptida
"& Peraga 17.'12 Hubungan antara ekson dan domain protein.
aktivitas katalitiknya. Misalnya, perpasangan
komplementer antara RNA dari splisosom dan RNA dari
RNA transkrip primer menandai wilayah-wilayah tempat
ribozim mengkatalisis penyambungan. Nanti dalam bab
ini, Anda akan melihat bagaimana sifat-sifat RNA ini
juga memungkinkan molekul tersebut melaksanakan
peran-peran nonkatalitik penting di dalam sel, misalnya
pengenalan kodon tiga nukleotida pada mRNA.
Nilai Penting Fungsional dan Evalusirsner dari
lntron
Apa fungsi biologis dari intron dan penyambungan RNA?
Walaupun fungsi spesifik sebagian besar intron belum lagi
teridentifikasi, setidaknya sebagian intron mengandung
sekuens yang meregulasi aktivitas gen. Selain itu proses
penyambungan itu sendiri diperlukan agar mRNA bisa
Iewat dari nukleus ke dalam sitoplasma.
Salah satu konsekuensi dari keberadaan intron-intron
dalam gen adalah satu gen dapat mengodekan lebih
dari satu jenis polipciptida. Banyak gen yang diketahui
mengodekan pembuatan dua atau lebih polipeptida yang
berbeda, bergantung pada segmen-segmen mana yang
diperlakukan sebagai ekson saat pemrosesan RNA. Ini
disebut penyambungan RNA alternatif (alternative
RNA splicing, lihat Peraga 18.i1). Misalnya, perbedaan
jenis kelamin pada lalat buah terutama disebabkan oleh
perbedaan bagaimana jantan dan betina menyunting
RNA yang ditranskripsikan dari gen-gen tertentu. Hasil
dari Human Genome Project (dibahas pada Bab 21)
menunjukkan bahwa penyambungan RNA alternatif
tampaknya merupakan salah satu alasan manusia dapat
berfungsi hanya dengan gen yang berjumlah relatif kecil-
tidak sampai dua kali lebih banyak dari lalat buah. Berkat
364 uNtr TIGA Genetika
penyambungan alternatif, jumlah produk protein berbeda
yang dihasilkan oleh suatu organisme bisa jauh lebih besar
darlpada jumlah gennya.
Protein seringkali memiliki arsitektur modular yang
yang disebut domain. Salah satu domain dari suatu
protein enzimatik, misalnya, mungkin mencakup situs
protein tersebut ke membran sel. Pada segelintir kasus,
ekson yang berbeda mengodekan domain yang berbeda
pada protein {Feraga "17.12}.
I(eberadaan intron-intron dalam suatu gen mungkin
memfasilitasi evolusi protein-protein baru yang berpotensi
)0"",.'
bermanfaat melaiui proses yang disebut pengocokan ekson
(exon shffiing). Intron-intron meningkatkan probabilitas
I pindah silang yang berpotensi menguntungkan di antara
oomain r
ekson-ekson alel-dengan sekadar menyediakan lebih
f banyak tempat untuk pindah silang tanpa mengganggu
sekuens pengode. I(ita juga dapat membayangkan
percampuran dan penggabungan ekson-ekson yang
terkadang terjadi di antara gen-gen yang sepenuhnya
berbeda (non-alelik). Pengocokan ekson jenis mana pun
basa dapat menyebabkan pembentukan protein-protein baru
dengan kombinasi fungsi yang juga baru. Sementara
sebagian besar pengocokan ekson akan menghasilkan
perubahan yang tidak menguntungkan, varian yang
menguntungkan terl<adang bisa muncul.
ffi17.3
1. Bagaimanakah pergiliran ujung 5'dan 3'pada pre-
mRNa memengaruhi mRNA yang keluar dari nukieus?
2. Apa kemiripan penyambungan RNA dengan
penyuntingan video?
3. ffi Pada cacing nematoda, gen
pengode sejenis ATPase memiliki dua alternatif untuk
ekson 4 dan tiga alternatif untuk ekson 7. Berapa
banyak bentuk-bentuk protein berbeda yang dapat
dibuat dari gen ini?
Untuk mengetahui jawaban yang dianjurkan, lihat I
ApendiksA
W I
w€?"4
$ Translasi adalah sintesis
polipeptida yang diarahkan oleh
RNA: pengamatan lebih dekat
Sekarang kita akan mengulas secara lebih rinci bagaimana
informasi genetik mengalir dari mRNA ke protein-proses
translasi. Seperti yang kita lakukan untuk transkripsi, kita
akan berkonsentrasi pada langkah-langkah dasar translasi
yang terjadi pada bakteri maupun eukariota, sambil
menunjukkan perbedaan-perbedaan penting.
Komponera-kcrmpcnen &,to!eku Iar TransIasi Z\Z\Z\AA.
Dalam proses translasi, sei menerjemahkan pesan genetik
Ia TRANsIRrPs

-
t_- 6
@

s
*#F
dan membangun polipeptida sesuai pesan tersebut. Pesan I mRNa
1,8 bosom
qd
s *@
*k-!
I TRAN5TAS1 1.,'-1_2-:-
itu merupakan serangkaian kodon di sepanjang molekul
mRNA, dan sang penerjemah disebut RNA transfer
. #l*ota, - \'\tJ @ .t
4/
W
(transfer RNA, tRNA). Fungsi tRNA adalah mentransfer
asam amino dari kumpulan asam amino di sitoplasma
ke ribosom. Se1 menjaga suplai ke-20 asam amlno dalam
sitoplasmanya, dengan menyintesis sendirl dari senyawa-
senyawa lain atau mengambil dari larutan di sekelilingnya.
Ribosom menambahkan setiap asam amino yang dibawa
kepadanya oleh IRNA ke ujung rantai polipeptida yang
sedang tumbuh iPeraga n7.13:.
Molekul-molekul IRNA tidak sepenuhnya identik.
I(unci penerjemahan pesan genetik menjadi sekuens
asam amino spesifik adalah setiap tipe molekul IRNA
mentranslasi kodon mRNA tertentu menjadi asam
amino tertentu. i(etika suatu molekul tRNA tiba di
ribosom, molekul tersebut membawa suatu asam amino
spesifik pada salah satu ujungnya. Pada ujung lain IRNA
terdapat suatu triplet nukleotida yang disebut antikodon
(anticodon), yang berpasangan basa dengan kodon
komplementer pada mRNA. Ambil contoh kodon mRNA
UUU, yang ditranslasi sebagai asam amino fenilalanin.
IRNA yang berpasangan basa dengan kodon ini melalui
& PeraEa 5?.13 Translasi: konsep dasar. Ketika seutas molekul
ikatan hidrogen memiliki AAA sebagai antikodon dan mRNA bergerak melalui ribosom, kodon ditranslasikan menjadi
membawa fenilalanln di ujung iain (lihat IRNA di sebelah asam amrno, satu demr satu. Sang penerjemah adalah molekul
tengah pada Peraga 17.I3).I(etika seutas molekul mRNA IRNA. Setiap tipe IRNA mengandung antikodon spesifik pada salah
bergerak melalui ribosom, fenilalanin akan ditambahkan ke satu ujungnya dan asam amino yang bersesuaian pada ujung lain.
IRNA menambahkan muatan asam aminonya ke rantai polipeptida
rantai polipeptida setiap kali kodon UUU disalikan untuk
yang sedang tumbuh saat antikodon membentuk ikatan hidrogen
translasi. I(odon demi kodon, pesan genetik ditranslasikan dengan kodon komplementer di mRNA. Peraga-peraga setelah ini
ketika tRNA meletakkan asam amino daiam urutan menunjukkan sejumlah perincian translasi dalam sel bakteri.
yang tertera, dan ribosom menggabungkan asam amino
itu menjadi seutas rantai. Molekul IRNA merupakan BtoFI'ix Kunjunsi
penerjemah karena dapat membaca kata asam nukleat www.campbellbiology.com untuk memperoleh
(kodon mRNA) dan menerjemahkannya menjadi kata Animasi 3-D BioFlix pada Protein Synthesis.
protein (asam amino).
Translasi bersifat sederhana dari segi prinsip, namun
bersifat kompleks darl segi biokimiawi dan mekanismenya, ribosom, dan kemudian meninggalkan ribosom, siap untuk
terutama dalam sel eukariot. Dalam membedah translasi, mengambll asam amino lagi.
kita akan memusatkan perhatian pada versi yang tidak Suatu molekul tRNA terdiri dari seutas untai RNA
terlalu rumit dari proses tersebut, yaitu translasi yang tunggal yang panjangnya hanya sekitar 80 nukieotida
terjadi pada bakteri. Pertama, mari kita tengok komponen- (dibandingkan dengan sebagian besar molekul mRNA
komponen utama dalam proses sel ini. I(ita kemudian akan yang panjangnya ratusan nukleotida). I(arena keberadaan
lihat bagaimana komponen-komponen tersebut bekerja rentangan basa komplementer yang dapat saling berikatan-
bersama-sama membuat polipeptida. hidrogen, untaian tunggal ini dapat menggulung dan
membentuk molekul berstruktur tiga dimensi. Dengan
.$fruf<fur dan Fungsi Rf#A Fransfer dipipihkan ke dalam satu bidang untuk menunjukkan
Seperti mRNA dan tipe-tipe RNA sel lain, molekul RNA perpasangan basa ini, molekul IRNA terlihat seperti daun
transfer ditranskripsikan dari cetakan DNA. Dalam sel semanggi {Feraga 17"14a}. IRNA sebenarnya memuntir
eukariot, tRNA, seperti mRNA, dibuat di dalam nukleus dan menggulung menjadi struktur berdimensi tiga
dan harus berpindah dari nukleus ke sitoplasma, tempat padat yang berbentuk kira-kira seperti huruf L {Peraga
translasi terjadi. Pada
bakteri maupun eukariota, setiap
se1 17.14bi. I(elokan yang membentang dari salah satu
molekul IRNA digunakan berulang-u1ang, mengambil ujung L itu mencakup antikodon, triplet basa tertentu
asam amino yang sesuai dengannya dl dalam sitosol, yang berpasangan basa dengan suatu kodon mRNA
meletakkan muatan ini pada rantai polipeptida di spesifik. Dari ujung lain molekul tRNA yang berbentuk-L

BAB TUJUH BELAS Dari Gen ke Protein 365

 oleh suatu famili dari enzim-enzim yang terkait yang
disebut aminoasil-tRNA sintetase (aminoacyl-tRNA
synthetase, F!+:i;,irrjii '!T i::.). Situs aktif setiap tipe aminoasil-
IRNA sintetase hanya cocok dengan kombinasi spesifik
asam amino dan IRNA. Ada 20 sintetase yang berbeda,
satu untul< setiap asam amino. Masing-masing sintetase
mampu mengikat semua tRNA berbeda yang mengodekan
asam amino tersebut. Sintetase itu mengkatalisis pelekatan
kovalen asam amino ke tRNA-nya dalam proses yang
ditenagai oleh hidrolisis ATP. Aminoasil IRNA yang
dihasilkan, disebut juga IRNA bermuatan (charged iRNA)
dilepaskan dari enzim dan kemudian tersedia untuk

Aminoasil-tRNA
Asam amtno
sintetase (enzim)
I i,J.tA
i:+:{#

'-1
i t{ri rilrla,i i ,::.i;f
(a) Struktur dua dimensi. Keempat wilayah yang berpasangan
basa dan ketiga kelokan merupakan ciri khas semua IRNA, $4-
demikian pulJ dengan urutan basa pada situs pelekatan fnrp ?
asam amino di ujung 3'. Setiap tipe IRNA memiliki triplet ?nN
/\
antikodon yang unik, seperti juga sebagian sekuens dr kedua
kelokan lain. (Tanda bintang menandai basa-basa yang telah
termodifikasi secara kimiawi, ciri khas tRNA) r.i.if r -:irr,1r:1:rl
1" I

Situs pelekatan
asam amino

,\ ]
i:6i
Aminoasil-tRNA
/ ,_:::{1, tRNA si ntetase

Antikodon

(b) Struktur berdimensi tiga (c) Simbol yang digunakan

dalam buku ini

& Feraga 'i7.14 Struktur RNA transfer (IRNA). Antikodon

secara konvensional ditulii 3'-+5' agar berjejer sesuai dengan I Model komputer
kodon yang ditulis 5'-+3'(lihat Peraga 17.13). Untuk perpasangan
,l :\
basa, untai-untai RNA haruslah antiparalel, seperti DNA. Misalnya, .' P4\
t -"'", / !s \
antikodon 3'-AAG'-5' berpasangan dengan kodon mRNA 5'-UUC-3'. \'#r
,4#
',,
r
,c.u
'I ."1I q&
'

\^ , I .i ,
,

' rl. ::l i,,

menonjollah ujung 3'-nya, dengan situs pelekatan untuk - \1 -:f
'1 : ::!
asam amino. Dengan demikian, struktur molekul IRNA d
B?
..
fe\
'-:::J
!"'"2
_ trL49::7
cocok dengan fungsinya. A.n,roasilIRNA'n'"'"::;:
Translasi akurat dari pesan genetik membutuhkan dua ('tRNA bermuatan')

proses yang melibatkan pengenalan molekular. Pertama,

IRNA yang berikatan dengan kodon mRNA menspesifikasi
asam amino tertentu yang harus diangkut oleh asam
amino itu, dan bukan yang lain, ke ribosom. Perpasangan
yang benar antara IRNA dan asam amino dilakukan
&" []{r.r}qa 'i r'.'r 5 Aminoasil-tRNA sintetase menggabungkan
asam amino spesifik ke IRNA. Pertautan IRNA dan asam
amino merupakan proses endergonik yang terjadi dengan
menggunakan ATP ATP kehilangan dua gugus fosfat, menjadi
AMP (adenosin monofosfat).

366 uNlT TIGA Genetika

mengantarkan asam aminonya ke rantai polipeptida yang
sedang tumbuh di ribosom. ,Z\A\AI\A
lTRANskRiPsrl I UNA
t
Proses pengenalan kedua melibatkan perpasangan <A:n:
antikodon IRNA dengan kodon mRNA yang sesuai. |ika I mRNA
I ,R bolom
r^.^-
Y D

I TRANST ASt t ..-.^1-1-- -

terdapat satu varietas IRNA untuk setiap kodon mRNA \Po roeorda
- Polipeptida yang
yang menspesifikan asam amino, akan ada 61 tRNA (lihat
sedanq tumbuh
Peraga 17.5). Pada kenyataannya, hanya ada sekitar 45, Terowongan
MoIeKuI IRNA
yang menandakan bahwa sebagian tRNA pastilah bisa keiuar

mengikat lebih dari satu macam kodon. I(eserbabisaan itu

dimungkinkan oleh longgarnya aturan perpasangan basa Subunit
antara basa ketiga suatu kodon dan basa yang bersesuaian besar

pada antikodon IRNA, dibandingkan dengan perpasangan

pada posisi-posisi kodon yang lain. Misalnya, basa U pada
Subu nit
ujung 5'antikodon tRNA dapat berpasangan dengan A
kecil
atau G pada posisi ketiga (di ujung 3') kodon mRNA.
Perpasangan basa yang fleksibel pada posisi kodon ini
5',\
::
disebut wobble. Wobble menjelaskan mengapa kodon-
kodon yang sinonim untuk asam amino tertentu dapat
memiliki perbedaan pada basa ketiga, namun biasanya (a) Model komputer ribosom yang sedang berfungsi. lni adalah
model ribosom bakteri, menunjukkan bentuk keseluruhannya.
tidak pada basa-basa lain. Misalnya, IRNA dengan Ribosom eukariotik secara garis besar mirip dengan ini. Subunit
antikodon 3'-UCU-5' dapat berpasangan basa dengan rjbosom adalah agregat molekul RNA ribosom dan protein.
kodon mRNA 5'-AGA,-3' atau 5'-AGG -3', yang keduanya
mengodekan arginin (lihat Peraga 17.5).
5itus P (Situs pengikatan
peptidil-tRNA)
Sltus A (Situs pengikatan
Ribasorn Srtus keluar Aminoasil-tRNA)
(9(it)
Ribosom memfasilitasi perpasangan spesifik antikodon
IRNA dengan kodon mRNA selama sintesis protein.
Subunit
Ribosom tersusun atas dua subunit, disebut subunit besar besar
dan kecil (Feraga 17.16'). Subunit ribosom terbuat dari
Srtus
protein dan molekul RNA yang disebut RNA ribosom pengikatan Subunit
(ribosomal R-A/A), atau rRNA. Pada eukariota, subunit mRNA kecrl

itu dibuat di nukleolus. Gen RNA ribosom pada DNA

(b) Model skematik yang menunjukkan situs pengikatan.
kromosom ditranskripsi, dan RNA diproses serta dirakit Ribosom memiliki sebuah situs pengikatan mRNA dan tiqa situs
dengan protein-protein yang diimpor dari sitoplasma. oengikatan rRNA, d;Kenal sebagai s-tus A, P, dan E. Ribosom
Subunit ribosom yang dihasilkan kemudian diekspor skematik ini akan muncul pada diaqram-diagram setelah ini.
melalui pori-pori nukleus ke sitoplasma. Pada bakteri
maupun eukariota, subunit besar dan kecil bergabung
U]ung amino Polipeptlda yang
membentuk ribosom fungsional hanya ketika melekat sedang tumbuh
ke molekul mRNA. Sekitar dua-pertiga massa ribosom
terdiri atas rRNA, yang bisa terdiri atas tiga molekul (pada Asam amino
berikut yang akan
bakteri) atau empat (pada eukariota). I(arena sebagian ditambahkan ke
besar sel mengandung ribuan ribosom, rRNA adalah tipe rantai polipeptida

RNA selular yang paling melimpah. tRNA

'Walaupun
ribosom bakteri dan eukariota memiliki
struktur dan fungsi yang sangat mirip, ribosom eukariota
sedikit lebih besar dan memiliki komposisi molekular
yang agak berbeda dari ribosom bakteri. Perbedaan
tersebut sangat bermakna dalam kedokteran. Obat-
obatan antibiotika tertentu dapat menginaktivasi ribosom (c) Model skematik dengan mRNA dan IRNA. IRNA muat ke dalam
bakteri tanpa menghambat kemampuan ribosom eukariot situs pengikatan ketika antikodon berpasangan basa dengan kodon
mRNA. Situs P memegang IRNA yang melekat ke polipeptida yang
membuat protein. Obat-obatan ini, termasuk tetrasiklin dan
sedang tumbuh. Situs A memegang IRNA yang membawa asam
streptomisin, digunakan untuk memerangi infeksi bakteri. amino berikutnya yang akan ditambahkan ke rantai pohpeptida.
Struktur ribosom mencerminkan fungsinya yang IRNA yang telah melepaskan muatannya dilepaskan darr situs E.

mempertemukan mRNA dengan IRNA yang mengangkut

asam amino. Selain situs pengikatan untuk mRNA, setiap A Peraga 17.'16 Anatomi ribosom yang sedang berfungsi.

BAB TUJUH BELAS Dari Gen ke Protein 367

 4 Feraga "i7"17 lnisiasi translasi

-{-44
.GTP7 GDP
? N"
t-/r +

t)

Situs pengikatan mRNA Kompleks inisiasi translasi

ffisubunit ribosom kecil berikatan dengan
sebuah molekul mRNA. Pada sel bakteri, situs
pengikatan mRNA pada subunit ini mengenali
sebuah sekuens nukleotida spesifik pada mRNA
yang terletak tepat ke arah hulu dari kodon
mulai. IRNA inisiator, dengan antikodon UAC,
berpasanqan basa dengan kodon mulai, AUG,
1RNA ini mengangkut asam amino metionin (Met)
ffi Ked.tungun subunit ribosom besar
melengkapi kompleks inisiasi. Protein-protein
yang disebut faktor inisiasi (tidak ditunjukkan)
diperlukan untuk menyatukan semua komponen
translasi. GTP menyediakan energi untuk
perakitan. IRNA inrsiator berada pada situs P
Situs A tersedia untuk IRNA yang membawa
asam amino berikutnya.

ribosom memiliki tiga situs pengikatan untuk IRNA
(lihat Peraga 17.16). Situs P (P site, situs peptidil-tRNA)
menampung IRNA yang membawa rantai polipeptida yang
sedang tumbuh, sedangkan situs A (A site, situs aminoasil-
IRNA) menampung IRNA yang mengangkut asam amino
yang akan ditambahkan berikutnya ke rantai tersebut.
IRNA yang telah melepaskan muatannya meninggalkan
ribosom dari situs E (exit atau E slfe, tempat keluar).
Ribosom menahan IRNA dan mRNA dalam posisi
yang sangat berdekatan dan menempatkan asam amino
baru untuk ditambahkan ke ujung karboksil polipeptida
yang sedang tumbuh. Ribosom kemudian mengkatalisis
pembentukan ikatan peptida. Sembari bertambah panjang,
polipeptida melewati terowongnn keluar (exit tunnel) pada
subunit besar ribosom. Setelah selesai dibuat, polipeptida
dilepaskan ke sitosol melalui terowongan keluar.
Penelitian terbaru sangat kuat menyokong hipotesis
bahwa rRNA, bukan protein, adalah yang paling
bertanggung jawab terhadap struktur dan fungsi ribosom.
Protein-protein ribosom, yang sebagian besar berada
pada posisi eksterior, menyokong perubahan bentuk
molekul rRNA saat melakukan katalisis selama translasi.
RNA ribosom merupakan penyusun utama antarmuka
(interface) di antara kedua subunit sekaligus penyusun
situs A dan situs P, dan merupakan katalis pembentukan
ikatan peptida. Dengan demikian, ribosom dapat dianggap
sebagai suatu ribozim yang berukuran raksasal
Mernbangun Folipeptida
I(ita dapat membagi translasi, sintesis rantai polipeptida,
menjadi tiga tahap (analog dengan transkripsi): inisiasi,
elongasi atau pemanjangan, dan terminasi. I(etiga tahap
tersebut membutuhkan'faktor-faktor' protein yang
membantu proses translasi. Energi juga dibutuhkan untuk
aspek tertentu dari inisiasi dan pemanjangan rantai. Energi
tersebut disediakan oleh hidrolisis GTP (guanin trifosfat),
molekul yang berkerabat dekat dengan ATP.
Asosr*si ffir&cscrff dasr fffrsre"cf ?'rarlsfssd
Tahap inisiasi dari translasi menyatukan mRNA, IRNA
yang membawa asam amino pertama dari polipeptida,
dan kedua subunit ribosom {Fer*ga x7.i'i}. Pertama,
suatu subunit ribosom kecil berikatan dengan mRNA
sekaligus IRNA inisiator spesifik, yang mengangkut
asam amino metionin. Pada bakteri, subunit kecil dapat
mengikat kedua molekul tersebut ke dalam urutan mana
saja. Subunit kecil bakteri berikatan dengan mRNA pada
sekuens RNA spesifik yang terletak tepat di bagian hulu
dari kodon muiai, AUG. Pada eukariota, subunit kecil,
yang telah berikatan dengan IRNA inisiator, berikatan
dengan tudung 5' mRNA dan kemudian bergerak, atau
memindai, ke arah hilir di sepanjang mRNA hingga
mencapai kodon mulai, dan IRNA inisiator membentuk
ikatan hidrogen dengan kodon tersebut. Pada bakteri
maupun eukariota, kodon mulai memberi sinyal-sinyal
agar translasi dimuiai. Ini penting karena menetapkan
bingkai pembacaan kodon untuk mRNA.
Penggabungan mRNA, tRNA inisiator, dan subunit
ribosom kecil diikuti oleh pelekatan subunit ribosom besar,
sehingga kompleks inisiasi translasi (translation iniation
co mp I e x) p un lengkap. Protein- protein yang disebut fakto r
inisiasi (initiation factors) diperlukan untuk menyatukan
semua komponen ini. Sel juga menggunakan energi dalam
bentuk molekul GTP untuk membentuk kompleks inisiasi.
Saat proses inisiasi selesai, IRNA inisiator berada pada
situs P ribosom, dan situs A yang kosong siap untuk

368 uNlT TIGA Genetika

 t\A AU\\-
I nNrA Ujung amino
I TRAN\KRIPS I I "''
t polipeptida
sz^,Z-\,
I mRNA
| ,n nosom
I rRANsBSl I .za-n-a-*
ffipeprcta
-t
&--
ta
@ Tr*nsi*knsi. Ribo:onr
nrentrnrr:iiokisikan tRi\'lA di
sitLrs A ke slius P tftNlA kosong dr
5itLr:i P Lrerqerak ke silLis [, tlair
diiep,:rkar Lii 5ilLr. r-nliNA beioerak
terur bers.r ila ifii'.lA- lRf]A yarrg beli k;r'ian
rlenqrnnya, nr€n1b,t\&it kodon ber kut uir luir
ilitranslasikan ke d.ilanr silu: A.
& Peraga 17.18 Siklus pemanjangan translasi. Hidrolisis GTP berperan penting dalam proses
pemanjangan. Protein-protein yang disebut faktor pemanjangan tidak dituniukkan.
tRNA aminoasil berikutnya. Perhatikan bahwa polipeptida
selalu disintesis ke satu arah, dari metionin yang terietak
paling pertama di ujung amino, disebut juga N-terminus,
ke arah asam amino terakhir di ujung karboksil, disebut
juga C-terminus (lihat Peraga 5.18).
Pemaniangan ftantai Polipeptida
Dalam tahap pemanjangan dari translasi, asam amino
ditambahkan satu per satu ke asam amino sebelumnya.
Setiap penambahan meiibatkan keikutsertaan beberapa
protein yang disebut faktor pemanjangan (elongation
factors) dan terjadi dalam siklus berlangkah tiga yang
dideskripsikan dalam Peraga 17.18. Energi digunakan
pada langkah pertama dan ketiga. Pengenalan kodon
membutuhkan hidrolisis satu molekul GTP, yang
meningkatkan akurasi dan efisiensi dari langkah ini. Satu
lagi GTP dihidrolisis untuk menyediakan energi bagi
langkah translokasi.
mRNA digerakkan melalui ribosom ke satu arah
saja, ujung 5' terlebih dahulu. Ini sama dengan ribosom
yang bergerak dengan arah 5'-+3' pada mRNA. Poin
&
Pcmbe*t.;kan ikatan peptida"
hr'lolekul rR[]A sr.ibLrni I riboscnr
besar merrqaurlisi: ;:oinbel rtr:kan
sebuah rketan pettji;r di aniara
;rsaft an:lno liail-: dr sil.us A ihri
u1 ulr; kathclrsri J:r:lrpeptrd;i -vai-iq
:;ed,rngt i::nibuii dl siri;: P Lenqkilir
lli rnerlrrnqkirk.:rr pL-lipeOitda ciari
tilNA di siius l"'nan rlelek.:tkann"va
ke a:lnr ainiric paija IRNA c'l rrl.us A
pentingnya adalah bahwa ribosom dan mRNA saling
bergerak satu sama lain, ke satu arah, kodon demi
kodon. Siklus pemanjangan memakan waktu kurang dari
sepersepuluh detik pada bakteri, dan diulangi setiap kali
asam amino ditambahkan ke rantai itu sampai polipeptida
selesai dibentuk.
Ferpmsrsasd flrans/asi
Tahap terakhir dari translasi adalah pengakhiran atau
terminasi (FeraEa 17 "19, dihalaman berikut). Pemanjangan
berlanjut sampai kodon stop pada mRNA mencapai situs
A dari ribosom. Triplet basa UAG, UAA, dan UGA tidak
mengodekan asam amino, melainkan bekerja sebagai sinyal
untuk menghentikan translasi. Suatu protein yang disebut
faktor p elep asan (release factor) berikatan langsung dengan
kodon stop di situs A. Faktor pelepasan menyebabkan
penambahan molekul air, sebagai pengganti asam amino,
ke rantai polipeptida. Reaksi ini memutus (menghidrolisis)
ikatan antara polipeptida yang sudah selesai dengan
IRNA di situs P, sehingga melepaskan polipeptida melaiui
terowongan keluar pada subunit besar ribosom (lihat
BAB TUJUH BELAS Dari Gen ke Protein 369
 /
/\ -_t^,
;:::a:;t/
/ ,::llf
/ ,.;:!

J>
'-------v/

Kodon stop
(UAG, UAA, aTaU UGA)

$ fetika ribosom mencapai kodon stop di $ Faktor pelepasan menghidrolisis ikatan antara $ fedua subunit ribosom dan
mRNA, situs A ribosom menerima sebuah IRNA di situs P dan asam amino terakhir pada komponen-komponen rakitan lain
'{aktor pelepasan', protein yang berbentuk rantai polipeptida. Polipeptida pun terlepas memrsahkan diri.
seperti IRNA, sebagai ganti tRNA aminoasil. dari ribosom.

A. Feraga '17.'19 Terminasi translasi. Seperti pemanjangan, terminasi membutuhkan hidrolisrs

GTP maupun faktor-faktor protein tambahan, yang tidak ditunjuLl.an di sini.

Peraga 17.76a). Sisa rakitan translasi kemudian terlepas

dalam proses multilangkah, dibantu oleh faktor-fal<tor
6,..jffi --
protein lain. Penguraian rakitan translasi membutuhkan \
hidrolisis dua molekul GTP lagi. '\
Sullunrl
ribosom
yang datang
Poliribasam
Satu ribosom tunggal dapat membuat polipeptida
@
berukuran sedang dalam waktu kurang dari satu menit. Akhir mRNA
\ ff'-
Akan tetapi, biasanya, mRNA diterjemahkan oleh (uiung 3') 'qcsP

banyak ribosom dalam waktu yang sama; artinya, satu

nRNA tunggal digunakan untuk membuat banyak (a) Molekul mRNA biasanya ditranslasikan secara bersamaan oleh
beberapa ribosom dalam gugusan yang disebut poliribosom.
salinan polipeptida secara bersamaan. Begitu ribosom
berpindah melewati kodon mulai, ribosom kedua dapat
melekat ke mRNA, sehingga akhirnya menyebabkan
beberapa ribosom bergantungan di sepanjang mRNA.
Rangkaian ribosom semacam itu, disebut poliribosom
Qtolyribosome, atau polisom, polisome), dapat terlihat
dengan mikroskop elektron (Feraga 17"2i1i. Poliribosom
ditemukan pada sel bakteri maupun sel eukariot.
Poliribosom memungkinkan sel membuat banyak salinan
polipeptida dengan sangat cepat.

futrenyelesaikan ilan futenargetkan (b) Mik.ograr in menunjuktan sebuah poliribosom ffi

Protein Fungsional besar dalam sel bakteri (TEM).

Proses translasi seringkali tidak cukup untuk membuat S Per-ag;r 'X? lil Poliribosom
protein fungsional. Pada bagian ini, Anda akan mempelajari
tentang berbagai modifikasi yang dijalani oleh rantai sekuens asam aminonya (struktur primer), membentuk
polipeptida setelah proses translasi, juga beberapa protein dengan bentuk yang spesifik: molekul berdimensi
mekanisme yang digunakan untuk menargetkan protein tiga dengan struktur sekunder dan tersier (lihat Peraga
ke tempat-tempat yang spesifik di dalam sel. 5.21). Dengan demikian, gen menentukan struktur primer,
dan struktur primer sendiri menentukan bentuk. Pada
Penggulungan Protein dan Madifikasi banyak kasus, protein chaperone (chaperonin) membantu
Pasca-Iransfasi polipeptida menggulung dengan benar (lihat Peraga 5.24).
Saat sintesis, rantai polipeptida mulai mengumpar dan Langkah-langkah tambahan-modifikasi pasca-translasi
menggulung secara spontan sebagai konsekuensi dari (post-translational modifications) diperlukan
-mungkin

37O uNtT TIGA Genetika

sebelum protein bisa mulai melakukan kerjanya dalam sel.
Asam-asam amino tertentu mungkin dimodifikasi secara
kimiawi melalui pelekatan gula, lipid, gugus fosfat, atau
tambahan-tambahan 1ain. Enzim mungkin menyingkirkan
satu atau Iebih asam amino dari ujung depan (amino)
rantai polipeptida. Pada beberapa kasus, rantai polipeptida
mungkin dipotong-potong dengan enzim menjadi dua
potongan atau lebih. Misalnya, protein insulin pertama
disintesis sebagai seutas rantai polipeptida tunggal, namun
menjadi aktif baru setelah sejenis enzim memotong
bagian tengah rantai, meninggalkan suatu protein yang
terdiri atas dua rantai polipeptida yang dihubungkan oleh
beberapa jembatan disulfida. Pada contoh lain, dua atau
lebih polipeptida yang disintesis secara terpisah mungkin
disatukan, membentuk subunit protein yang memiliki
struktur kuarterner. Contoh yang akrab dengan kita adalah
hemoglobin (lihat Peraga 5.21).
hdenarg*tkan Falipeptida ke loIrasi Spesififr
Pada mikrograf elektron dari sei-sel eukariot yang aktif
dalam sintesis protein, dua populasi ribosom (dan
poliribosom) terlihat jelas: bebas dan terikat (lihat Peraga
6.11). Ribosom bebas tersuspensi dalam sitosoi dan
terutama menyintesis protein yang tetap berada dalam
S 5inir::lr i-'cii S iehrrafr sRt-
peplicla d mui;i irerikatan kr: pept r1;l
pada serruali srnyat, r-nenqlienLrk;n ile5elltrr rlr nrer,.:paian l:aqiall
r blroirr be bai da:'i korlr0le!-i ;:rotein (kcirpk:i-r
|;1au riiosol. tr;nrbL;si) yarrrl rreniiik
sebL.ah porr rrembr;lrr dar e i-rz rl
ri.
t,1,"t
Partikel
pengenalan
sinyal (SRP)
Protein
reseptor
SRP 'r { ,/ ,../,
-{
aa-: ;:,:.:
A Peraga 17.21 Mekanisme sinyal
untuk menargetkan protein ke RE.
Polipeptida yang ditakdirkan menuju sistem
endomembran atau disekresikan dari sel
diawali dengan peptida sinyal, serangkaian
sitosol dan berfungsi di tempat itu. Sebaliknya, ribosom
yang terikat melekat ke sisi retikulum endoplasma
(RE) atau selaput nukleus yang menghadap ke sitosol.
Ribosom yang terikat membuat protein-protein sistem
endomembran (selaput nukleus, RE, aparatus Golgi,
lisosom, vakuola, dan membran plasma) seperti hainya
protein-protein yang disekresikan dari sel, misalnya
insulin. Ribosom sendiri identik dan dapat beralih status
dari bebas menjadi terikat.
Apa yang menentukan ribosom bebas dalam sitosol
atau terikat ke RE kasar pada suatu waktu? Sintesis
polipeptida selalu bermula di sitosol, ketika ribosom
bebas mulai mentranslasikan seutas molekul mRNA. Di
situ proses berlanjut sampai selesai- kecuali polipeptida
yang sedang tumbuh itu sendiri memberi tahu ribosom
untuk melekat ke RE. Polipeptida-polipeptida dari protein
yang ditakdirkan untuk sistem endomembran atau untuk
sekresi ditandai oleh peptida sinyal (signal peptide),
yang menargetkan protein ke RE (Perag a '17 "21\. Peptida
sinyal, sekuens yang panjangnya sekitar 20 asam amino
pada atau dekat ujung depan (amino) polipeptida, dikenali
saat keluar dari ribosom oleh kompleks protein-RNA yang
disebut partikel pengenalan sinyal (signal-recognition
particle, SRP). Partikel ini berfungsi sebagai adaptor yang
S !RP berl.:,r1afr i.r pr!-leI
rPssptof daiarr menlbran RF. @ 5RP reiepalkar rjrri,
$Baglan ia n dari
@Fnzim p.rnctonQ
d;r srrtprs polrpoptiil.r srnyal memanqkas
pollpepilda yang
[-ror]arrlut, rjeNean trdns. pepticla srnyal l* ah sele5ar drbuat
oi;rsr :rirLr tnf vang akan meninggalkan
rrenyeL:ei'a I gi morlbra n, ribos,rm dan
DPi.r.io lcr.rt srIy;r i {Pcptrda sinyal tftap melekat menqgulung menladr
ke kr:rnp1el.: iranslokasr). konformasi aknir
1
\
I
asam amjno yang menargetkan polipeptida protein akan diproses lebih lanjut. Terakhir,
tersebut ke RE. Peraga ini menunjukkan suatu vesikel transpor akan mengantarkan
sintesis sejenis protein sekresi dan protein tersebut ke membran plasma untuk
impornya secara bersamaan ke dalam RE. dilepaskan dari sel (lihat Peraga 7.10).
Di dalam RE dan kemudian di dalam Golgi,
BAB TUJUH BELAS Dari Gen ke Protein 371
membawa ribosom ke protein reseptor yang tertanam
dalam membran RE. Reseptor ini merupakan bagian
dari suatu kompleks translokasi multiprotein. Sintesis
polipeptida berlanjut di sana, dan polipeptida yang
tumbuh akan merambat melintasi membran ke dalam
lumen RE melalui pori protein. Peptida sinyal biasanya
dibuang oleh suatu enzim. Bagian lain dari polipeptida
yang telah selesai, jika akan disekresikan dari sel,
dilepaskan ke dalam larutan di dalam lumen RE (seperti
pada Peraga 17.2I). Alternatif lainnya, jika polipeptida
akan menjadi protein membran, protein tetap tertanam
sebagian dalam membran RE.
Jenis-jenis peptida sinyal yang lain digunakan untuk
menargetkan polipeptida ke mitokondria, kioroplas, bagian
dalam nukleus, dan organei-organel lain yang bukan
merupakan bagian dari sistem endomembran. Perbedaan
terpenting dalam contoh-contoh ini adalah translasi
diselesaikan di dalam sitosol sebelum polipeptida dilmpor
ke dalam organel. Mekanisme translokasi juga beraneka
ragam, namun pada semua contoh yang telah dipeiajari
sejauh ini, 'kode pos' yang mengarahkan protein untuk
melakukan sekresi atau mengarahkan ke lokasi tertentu
dalam sel selalu berupa peptida-peptida sinyal. Bakteri juga
memanfaatkan peptida-peptida sinyal untuk menargetkan
protein agar melakukan sekresi.
ffir7.4
1. Apa saja kedua proses yang memastikan bahwa asam
amino yang benar ditambahkan ke rantai polipeptida
yang sedang tumbuh?
2. Deskripsikan bagaimana pembentukan poliribosom
dapat menguntungkan sel.
3. Deskripsikan bagaimana polipeptida yang hendak
disekresikan ditranspor ke sistem endomembran.
4. ffiffiffi*qffiKffi-ffi Diskusikan cara-cara struktur
rRNA mungkin berperan terhadap fungsi ribosom.
Untuk mengetahui jawaban yang dianjurkan, lihat
APendiks A ,**J
DNA hemoglobin w/d-type DNA nemoglob,n mura"
3',@5',
s,@3',
Hemoglobin normal Hemoqtobin sel sabit
W ffi
372 UNIT TIGA Genetika
wffi3?,5
6
E Mutasl titik dapat memengaruhi
struktur dan fungsi protein
I(ni setelah menjelajahi proses ekspresi gen, Anda siap
memahami efek-efek perubahan infromasi genetik sel
(atau virus). Perubahan ini, disebut mutasi (matation),
bertanggung jawab atas keanekaragaman luar biasa gen
yang ditemukan pada organisme karena mutasi merupakan
sumber pamungkas gen baru. Pada Peraga 15.15, kita
mempelajari berbagai mutasi berskala besar, penyusunan
ulang kromosom yang memengaruhi segmen-segmen
panjang DNA. Di sini kita mengulas mutasi titik Qtoint
mutation), perubahan kimiawi pada satu pasangan basa gen.
Jika mutasi titik terladi dalam gamet atau se1 yang
menghasilkan gamet, perubahan itu bisa diteruskan ke
keturunan dan generasi berikutnya. Jika mutasi memiliki
efek buruk pada fenotipe organisme, kondisi mutan disebut
sebagai kelainan genetik atau penyakit turunan. Misalnya,
kita dapat melacak dasar genetik penyakit sel sabit, yaitu
mutasi satu pasangan basa dalam gen yang mengodekan
polipeptida B-globin dari hemoglobin. Perubahan satu
nukleotida tunggal dalam untai cetakan DNA menyebabkan
produksi protein abnormal (Ferag* -l .r.22: lihat juga Peraga
5.22). Pada orang-orang yang homozigot untuk alel mutan
tersebut, sel darah merah yang berbentuk bulan sabit
akibat hemoglobin yang berubah menghasilkan berbagai
gejala yang terkait dengan penyakit se1 sabit (lihat Bab
l4). Contoh lain adalah kondisi jantung yang bertanggung
jawab atas peristiwa kematian mendadak pada atlet muda,
disebut kardiomiopati familial. Mutasi titik pada beberapa
gen telah diidentifikasi, masing-masing bisa menyebabkan
kelainan ini.
Tipe-tipe tututasi Titik
Mutasi-mutasi titik dalam suatu gen bisa dibagi menjadi
I dua kategori umum: substitusi (penggantian) pasangan basa
dan insersi atau delesi pasangan basa. Sekarang mari kita
kaji bagaimana mutasi-mutasi ini memengaruhi protein.
4 Peraga 17.22 Dasar molekular
Dalam DNA, untai penyakit sel sabit; mutasi titik. Alel
cetakan mutan (a{as)
'
penyebab penyakit sel sabit berbeda dari
memiliki A sedanqkan
cetakan wild-type'
' alel wild-type (normal) oleh satu
memlliki Tr .: :
pasangan basa DNA.
mftl\lAmutan : :
memiliki U sebagai:
penggantiApadarr.
salah satu kodon.
Hemoglobin rnutan I
:
{sel sabit)'memillki
vaiin (Val) sebagai ganti
asam gkrtamat (Glu). :
 Wild type
Untai cetakan DNA

mRNA 5' J

A pengganti G A ekstra
-,-,
f ffi ffi;w.ffiffi ffi.ffi;w;w*ffiiw;wffi Htr

U ekstra

ffiffi-li6-p
ffiffiffiffi \ J
ffiV
Bisu (tak ada pengaruh pada sekuens asam amino) Pergeseran bingkai pembacaan menyebabkan mutasi tak bermakna
kontan (insersi 1 pasanqan-basa)

T pengganti C ffi hilang

5 Hffi;WWffi @W;W;W;W%%!W;WWH J
q. ?,
JJ

A pengganti G
lll hilang
I

5',

ffiV
Salah makna Pergeseran bingkai pembacaan menyebabkan mutasi salah makna
ekstensif (delesi 1 pasangan basa)

ffiWEWd hilans
:,WS'
U pengganti A
I
flf$ hilans
s',

ffiV ffiV
Tak bermakna Tidak ada pergeseran blngkai pembacaan, namun satu asam amino
hilang (delesi 3 pasangan basa). lnsersi 3 pasangan basa (tidak
ditunjukkan) akan menyebabkan satu asam amino ekstra.

(a) Substitusi pasangan basa (b) lnsersi atau delesi pasangan basa

,A Peraga 17.23 Tipe-tipe mutasi titik. Mutasi adalah perubahan pada DNA yang menyebabkan perubahan pada mRNA.

Subsfifusi salah makna (missense mutation). Mutasi semacam itu

Substitusi pasangan basa (b ase- p air substitution) mungkin berefek kecil pada protein. Asam amino yang
adalah penggantian satu nukleotida dan pasangannya baru mungkin memiliki sifat-sifat yang mirip dengan
dengan sepasang nukleotida lain (Perag a 17.23a). asam amino yang digantikan, atau mungkin berada dalam
Beberapa substitusi disebut mutasi bisu (silent mutation) wilayah protein tempat sekuens yang tepat dari asam
karena, akibat redundansi kode genetik, tidak memiliki amino tidak penting bagi fungsi protein.
efek terhadap protein yang dikodekan. Dengan kata lain, Akan tetapi, substitusi pasangan basa yang paling
perubahan pasangan basa mungkin mentransformasi suatu menyita perhatian adalah substitusi yang menyebabkan
kodon menjadi kodon lain yang ditranslasikan menjadi perubahan besar pada protein. Perubahan satu asam
asam amino yang sama. Misalnya, jika 3'-CCG-5' pada amino pada area yang penting dari protein-seperti pada
untai cetakan bermutasi menjadi 3'-CCA.-\', kodon mRNA bagian hemoglobin yang ditunjukkan oleh Peraga 17.22
yang tadinya GGC akan menjadi GGU, namun tetap saja atau di situs aktif suatu enzim-akan mengubah aktivitas
glisin-lah yang akan disisipkan di tempat yang tepat dalam protein secara signifikan. Terkadang, mutasi semacam
protein (lihat Peraga 17.5). Substitusi yang mengubah satu itu memunculkan protein yang lebih baik atau dengan
asam amino menjadi asam amino lain disebut mutasi kemampuan baru, namun mutasi tersebut lebih sering

BAB TUJUH BELAS Dari Gen ke Protein 373

bersifat membahayakan, menyebabkan pembentukan
protein yang tidak berguna atau kalah aktif yang
mengganggu fungsi sel.
Mutasi substitusi biasanya merupakan mutasi saiah-
makna; artinya, kodon yang diubah tetap mengodekan
asam amino sehingga memiliki makna, waiaupun bukan
selalu makna yang benar. Namun, mutasi titik juga dapat
mengubah kodon untuk asam amino menjadi kodon
stop. Ini disebut mutasi tak bermakna (nonsense
mutation), dan menyebabkan transiasi diakhiri secara
prematur. Poiipeptida yang dihasilkan akan lebih
pendek daripada polipeptida yang dikodekan oleh gen
normal {Peraga 17.23a). Hampir semua mutasi tak
bermakna menyebabkan pembentukan protein-protein
nonfungsional.
lnsersi dan Delesi
lnsersi (insertion atau penyisipan) dan delesi (deletion
atau penghapusan) adalah penambahan atau kehiiangan
pasangan nukleotida pada gen. Mutasi-mutasi ini berefek
merusak pada protein yang dihasilkan, lebih daripada
substitusi. Insersi atau deiesi nukleotida mungkin
mengubah bingkai pembacaan pesan genetik, penggugusan
tripiet basa pada mRNA yang dibaca saat translasi.
Mutasi semacam itu, disebut mutasi pergeseran bingkai
pembacaan (frameshiftmutation), akan terjadi setiap kali
jumlah nukleotida yang disisipkan atau terhapus bukanlah
kelipatan tiga (Peraga 17.23b, di haiaman sebelumnya).
Semua nukleotida yang terletak di hilir dari delesi atau
insersi akan dikelompokkan menjadi kodon secara salah,
dan akibatnya adalah mutasi salah makna ekstensif, biasanya
berakhir lebih cepat atau lebih lambat dalam terminasi tak
bermakna dan prematur. I(ecuali jika pergeseran bingkai
itu sangat dekat dengan ujung gen, protein yang dihasilkan
hampir pasti bersifat nonfungsional.
Mutagen
Mutasi dapat muncul melalui berbagai cara. I(esalahan
saat replikasi atau rekombinasi DNA dapat menyebabkan
substitusi, insersi, atau delesi pasangan basa, juga mutasi-
mutasi yang memengaruhi bentangan DNA yang lebih
panjang. Jika basa yang salah ditambahkan ke rantai yang
sedang tumbuh saat replikasi, misalnya, basa itu kemudian
akan dipasangkan secara salah dengan basa pada untai yang
satu lagi. Pada banyak kasus, kesalahan itu akan dikoreksi
oleh sistem-sistem yang Anda pelajari pada Bab 16. ]ika
tidak, basa yang salah akan digunakan sebagai cetakan
dalam putaran replikasi berikutnya, menghasilkan mutasi.
Mutasi semacam itu disebut mutasi spontan (spontaneous
mutation). Sulit untuk menghitung laju kejadian mutasi
semacam itu. Perkiraan kasar yang dibuat untuk laju mutasi
saat replikasi E, coli maupun eukariota adalah mirip.
Sekitar satu nukleotida dalam sekitar 1010 akan berubah,
dan perubahan itu diteruskan ke generasi sel berikutnya.
Beberapa agen fisik dan kimiawi, disebut mutagen,
berinteraksi dengan DNA dengan cara-cara yang
374 UNIT TIGA Genetika
menyebabkan mutasi. Pada tahun l920-an, Hermann
Muller menemukan bahwa sinar-X menyebabkan
perubahan genetik pada lalat buah, dan ia menggunakan
sinar-X untuk membuat mutan-mttan Drosophila untuk
penelitian genetiknya. Ia juga menyadari implikasi yang
menggelisahkan dari temuannya. Sinar-X dan bentuk-bentuk
radiasi berenergi tinggi lain mendatangkan bahaya terhadap
materi genetik manusia, serta organisme laboratorium.
Radiasi mutagenik, salah satu mutagen fisik, mencakup
sinar ultraviolet (UV) yang dapat menyebabkan dimer
timin yang mengganggu pada DNA (lihat Peraga 16.18).
Mutagen-mutagen kimiawi tergolong ke dalam
beberapa kategori. Anaiog basa adalah zat kimiawi yang
mirip dengan basa normai DNA namun berpasangan
secara salah saat replikasi DNA. Beberapa mutagen kimiawi
mengacaukan replikasi DNA yang benar dengan cara
menyisipkan diri ke dalam DNA dan mendistorsi heliks
ganda. Mutagen yang lain lagi menyebabkan perubahan
kimlawi basa sehingga mengubah sifat perpasangan basa.
Para peneliti telah mengembangkan berbagai metode
untuk menguji aktivitas mutagenik dan. zat-zat kimiawi.
Penerapan utama dari tes-tes ini merupakan skrining
awal dari zat kimiawi untuk mengidentifikasi zat-zat
yang menyebabkan kanker. Pendekatan ini masuk akal
karena sebagian besar karsinogen (zat kimiawi penyebab
kanker) bersifat mutagenik, dan sebaliknya, sebagian besar
mutagen bersifat karsinogenik.
EFfiffiKEffi 17.5
l. Apa yang terjadi ketika satu pasangan nukleotida hilang
dari bagian tengah sekuens pengode suatu gen?
2. ffiGen dengan untaicetakanyang
sekuens 3'-TACTTGTCCGATATC-
-.nguttdung
S'bermutasi menjadi 3'-TACTTGTCCAATATC-5'. Untuk
gen normal maupun mutan, gambarkan DNA beruntai
ganda, mRNA yang dihasilkan, dan sekuens asam amino
yang dikodekan oieh masing-masing gen. Apa efek dari.
mutasi tersebut pada sekuens asam amino?
Untuk mengetahui jawaban yang dianjurkan, lihat I
Apendiks A l
17.6
! Meskipun ekspresi gen berbeda-
beda di antara domain-domain
kehidupan/ konsep gen bersifat
universal
Walaupun bakteri dan eukariota melaksanakan transkripsi
dan translasi dengan cara yang sangat mirip, kita telah
mempelajari beberapa perbedaan mekanisme selular dan
perincian proses pada kedua domain tersebut. Penggolongan
organisme menjadi tiga domain termantapkan 40 tahun
la1u, ketika arkea diakui sebagai kelompok yang berbeda

0.25 pm
Arah transkripsi
A Peraga 17.24Transkripsi dan translasi yang digandengkan
pada bakteri. Pada sel bakteri, translasi mRNA bisa dimulai
begitu ujung maju (5') molekul mRNA terlepas dari cetakan
DNA. Mikrograf (TEM) menunjukkan untaian DNA E. coli yang
ditranskripsikan oleh molekul-molekul RNA polimerase. Seuntai
mRNA yang sedang tumbuh, yang sedang ditranslasi oleh
ribosom, melekat ke setiap molekul RNA polimerase. Polipeptida
yang baru disintesis tidak tampak dalam mikrograf namun
ditunjukkan pada diagram.
rt,/anakah di antara molekuLmobkul RNA yang memulai
ffi
transkripsi terlebih dahulu? Pada nRNA itu, ilbosom manakah
yang mulai mentranslasi terlebih dahulu?
dari bakteri. Seperti bakteri, arkea juga prokariota. Akan
tetapi, arkea memiliki banyak kesamaan dalam mekanisme
ekspresi gen dengan eukariota, seperti halnya dengan
beberapa jenis bakteri.
Membandingkan Ekspresi Gen pada
Bakteri, Arkaea, dan Eukarya
Perkembangan terbaru dalam blologi molekular telah
memungkinkan para peneliti menentukan seleens nuldeotida
lengkap dari ratusan genom, termasuk berbagai genom dari
setiap domain. Data yang melimpah ini memungkinkan kita
membandingkan sekuens gen dan protein antardomain.
Gen-gen yang paling menarik minat peneliti adalah yang
mengodekan komponen dari berbagai proses biologis yang
mendasar seperti transkripsi dan translasi.
RNA polimerase bakteri dan eukariota sangat
berbeda. Sebaliknya, RNA polimerase tunggal dari arkea
menyerupai ketiga RNA polimerase eukariota, dan arkea
dan eukariota menggunakan seperangkat faktor transkripsi
yang kompleks, tidak seperti bakteri. Transkripsi diakhiri
secara berbeda pada bakteri dan eukariota. Sekali 1agi,
pengetahuan kita yang masih sedikit tentang pengakhiran
transkripsi arkea menunjukkan bahwa proses itu
tampaknya lebih mirip dengan yang terjadi pada eukariota.
Sejauh menyangkut translasi, ribosom bakteri dan
eukariota agak berbeda. Ribosom arkea berukuran sama
dengan ribosom bakteri, namun sensitivitas terhadap
inhibitor kimiawi paling mirip dengan sensitivitas ribosom
eukariota. I(ita teiah menyinggung bahwa iniasi dari translasi
agak berbeda pada bakteri dan eukariota. Dalam hal ini,
proses pada arkea lebih mirip dengan proses pada bakteri.
Perbedaan terpenting antara bakteri dan eukariota
sehubungan dengan ekspresi gen disebabkan oleh
organisasi kompartemental yang relatif tidak ada pada
bakteri. Seperti bengkel satu ruang, sel bakteri memastikan
operasi yang hemat waktu. Tanpa keberadaan nukleus, sel
bakteri dapat mentranskripsi dan mentranslasi gen yang
sama secara simultan (Peraga '17.24), dan protein yang
baru dibuat dapat dengan cepat berdifusi ke tempatnya
berfungsi. Baru sedikit yang diketahui tentang apakah
proses transkripsi dan translasi digandengkan seperti
ini pada sel-sel arkea, namun sebagian besar peneliti
menduga bahwa memang begitulah adanya, sebab arkea
tidak memiliki selaput nuldeus. Sebaliknya, selaput nukleus
sel eukariot memisahkan transkripsi dari transklasi dan
menyediakan kompartemen untuk pemrosesan ekstensif
RNA. Tahap pemrosesan ini mencakup beberapa
langkah tambahan yang regulasinya dapat membantu
mengoordinasi aktivitas sel eukariot yang rumit (lihat Bab
18). Terakhir, sel-sel eukariot memiliki berbagai mekanisme
yang rumit untuk menargetkan protein ke kompartemen
selular (organel) yang sesuai.
Dengan mempelajari lebih lanjut tentang protein dan
RNA yang terlibat dalam transkripsi dan translasi pada
arkea, kita akan mengetahui berbagai hal tentang evolusi
dari proses-proses ini pada ketiga domain. Akan tetapi,
terlepas dari perbedaan-perbedaan ekspresi gen yang kita
cantumkan di sini, gagasan tentang gen merupakan konsep
pemersatu semua bentuk kehidupan.
Meninjau Kembali Pertanyaan
Apa itu Gen?
Definisi kita tentang gen telah berevolusi selama beberapa
bab terakhir, seperti juga dalam sejarah genetika. I(ita
memulainya dengan konsep Mendelian bahwa gen
merupakan unit diskret pewarisan-sifat yang memengaruhi
karakter fenotipe (Bab 1a). Kita melihat bagaimana
Morgan dan para koleganya menemukan bahwa gen-gen
semacam itu terdapat dalam lokus-lokus pada kromosom
(bab i5). I(emudian kita memandang gen sebagai wilayah
sekuens nukleotida spesifik di sepanjang molekul DNA
pada kromosom (Bab 16). Terakhir, pada bab ini, kita
mempertimbangkan definisi fungsional gen sebagai sekuens
DNA yang mengodekan seutas rantai polipeptida spesifik.
(Peraga 1'7.25 di halaman berikut, merangkum jalur dari
gen ke polipeptida pada sel eukariot.) Semua definisi ini
berguna, bergantung pada konteks gen yang dipelajari.
Jelaslah, pernyataan bahwa suatu gen mengodekan
seutas polipeptida terlalu sederhana. Sebagian besar
gen eukariot mengandung segmen-segmen bukan
BAB TUJUH BELAS Dari Gen ke Protein 375
 .:l: ]::::.1.
-r.: DNA
,t:. ':,::!
TRANSKRIPSI

ii.1:r RNA diteryemahkan

dari cetakan DNA.

PEMROSESAN RNA
Ekson
',$:.: Pucta eukariotjk, transkrip RNA
transkrip RNA (pre-mRNA) (pre-mRN A) .,

dimodifikasi untuk
menghasrlkan mRNA, - lntron'
yang berpindah dari
nukleus ke sitopLasma.

NUKLE[JS
*1
/', 1- I
.:::.\

nrur=ffi '\
a o r'-/.$.
m in :
..
SITOPLASMA

'.',1;F
Setiap asam amtno
:i.rmRNA meninggal- terikat ke IRNA yang sesuai
kan nukleus dan ber dengan bantuan enzim
ikatan dengan ribosom. spesifik dan ATP

Polipeptida
,t: yang tumbuh
o'
,":,1--:,:.*
."
-".:1.,.
\Asa* r*ino
'.,.;j;:i '!i yanq teraktivasi
Sub-unrt
Ribosom

:
i i'. i.:: :::TRANSLi[5] : :]: :t::::.

n{.ir Pergantian IRNA

menambah asam amino
Antikodon ke rantai polipeptida,
sedangkan mRNA
dipindahkan melalui
ribosom satu kodon secar
bersamaan. (Setelah
selesai, polipeptrda
dilepaskan dari ribosom.)
Ribosom

:::. Rangkuman transkripsi
dan translasi pada sel eukariot.
Diagram ini menunjukkan jalur dari satu
gen ke satu polipeptida. Ingatlah bahwa
masing-masing gen dalam DNA daPat
diterjemahkan berulang ke dalam berbagai
rrolektrl RNA .denLrl, dan m":ing-n'asi"g
mRNA dapat ditranslasikan beruLang untuk eukariota. Perbedaan utamanya adalah
membentuk berbaga molekul polipeptida terjadinya pemrosesan RNA dalam nukleus
identik (lngat juga bahwa hasil akhrrnya eukariot. Perbedaan lainnya terletak pada
bukanlah polipeptida, melainkan molekul tahap inisiasi dari transkripsi dan translasi
RNA, termasuk tRNA dan rRNA.) Secara dan pada akhir proses transkripsi.
umum, langkah transkripsi dan translasi
serupa pada sel bakteri, archaea, dan

376 uNtT TIGA Genetika

 pengode (intron), sehingga sebagian besar gen-gen ini
tidak memiliki segmen yang bersesuaian di polipeptida.
Ahli-ahli bologi molekular seringkali mengikutsertakan
promoter dan wilayah-wilayah peregulasi lain pada
DNA dalam definisi gen. Sekuens-sekuens DNA ini
tidak ditranskripsikan, namun dapat dianggap sebagai
bagian dari gen yang fungsional, karena sekuens tersebut
harus ada agar transkripsi terjadi. Definisi molekular
kita tentang gen juga harus diperluas untuk mencakup
DNA yang ditranskripsikan menjadi rRNA, IRNA, dan
RNA-RNA lain yang tak ditranslasikan. Gen-gen ini tidak
menghasilkan polipeptida namun memainkan berbagai
peran penting dalam sel. Dengan demikian, kita sampai
pada definisi berikut: gen adalah wilayah DNA yang
dapat diekspresikan untuk menghasikan produk fungional
akhir yang bisa berupa polipeptida atau molekul RNA.
Akan tetapi, ketika kita mengulas fenotipe, biasanya
lebih berguna untuk memulai dengan memusatkan
perhatian pada gen-gen yang mengodekan polipeptida.
Pada bab ini, Anda telah mempelajari dari sisi molekular
bagaimana gen biasanya diekspresikan-melalui transkripsi
menjadi RNA dan kemudian translasi menjadi polipeptida
{ffi} ff'lT'T'.I Kuniungi Study Area di wwwmasteringbio.com
%-d untuk memperoleh Animasi 3D Bioflix, Tutorial MP3, Video,
Soal Latihan, eBook, dan banyak lagi.
ffireffffiffi'17"!
Gen menspesifikasi protein melalui transkripsi dan
translasi (hal. 352-359)
DNA mengontrol metabolisme dengan cara mengarahkan
sel-sel untuk membuat berbagai enzim spesifik dan
protein-protein lain. Rangkaian percobaan Beadle dan
Tatum dengan galur-galur mutan Neurospora menyokong
hipotesis satu gen-satu enzim. Gen mengodekan rantai
polipeptida atau molekul RNA.
Prinsip-prinsip Dasar Tra*skripsi dan Translasi
Transkripsi adalah transfer informasi nukleotida-ke-
nukleotida dari DNA ke RNA, sedangkan translasi adalah
transfer informasi dari sekuens nukleotida pada RNA
menjadi sekuens asam amino pada polipeptida.
Kode Cenetik Inlormasi genetik dikodekan sebagai
sekuens triplet basa yang tak bertumpang tindih, atau
kodon. Kodon pada RNA duta (mRNA) ditranslasikan
menjadi asam amino (61 dari ke-64 kodon) atau berperan
sebagai sinyal stop (3 kodon). Kodon harus dibaca dalam
bingkai pembacaan yang benar.
yang membentuk protein dengan struktur dan fungsi
spesifik. Protein sendiri menyebabkan organisme memiliki
fenotipe tertentu yang dapat diamati.
Tipe sel tertentu hanya mengekspresikan sebagian
gennya. Ini merupakan ciri esensiai organisme multiselular.
Anda bermasalah jika sel-sel lensa mata Anda mulai
mengekspresikan gen-gen untuk protein rambut, yang
normalnya diekspresikan hanya pada sel-sel folikel rambutl
Ekspresi gen diregulasi dengan sangat saksama. I(ta akan
mendalami regulasi gen pada bab berikut, dimulai dengan
contoh sederhana pada bakteri dan kemudian eukariota.
w17.S
1. Akankah proses penggandengan yang ditunjukkan di
Peraga 17.24 ditemukan dalam sel eukariot? Jelaskan.
2. ffi Dalam sel-sel eukariot, mRNA
telah ditemukan tertata melingkar, dengan ekor poli-A
ditahan oleh protein-protein di dekat tudung ujung 5l
Bagaimanakah hal ini meningkatkan efisiensi translasi?
Untuk mengetahui jawaban yang dianjurkan, lihat I
Apendiks A.
@ $
Ifirfiltil
irv€stig*si How Is a Metabolic Pathway Analyzed?
'{uto:ial &{P3 DNA to RNA to Protein
Aktivitas Overview of Protein Svnthesis
ffiffiruGtr# tI.a
Transkripsi adalah sintesis RNA yang diarahkan
oleh DNA: pengamatan dari dekat (hal. 359-361)
> K*mp*nen-kompsnen Molekular Tra*sE<ripsi Sintesis
RNA dikatalisis oleh RNA polimerase. Sintesis mengikuti
aturan perpasangan basa yang sama dengan replikasi
DNA, kecuali pada RNA, timin digantikan oleh urasil.
Unit transkripsi
5' 3'
5',
Transkrip RNA nr
Sintesis Transkrip RNA Ketiga tahap transkripsi adalah
inisiasi, pemanjangan, dan terminasi. Promoter memberi
sinyal agar inisiasi sintesis RNA dimulai. Faktor-
faktor transkripsi membantu RNA polimerase eukariot
mengenali sekuens promoter. Mekanisme terminasi
berbeda pada bakteri dan eukariota.
r,trsrtil
Ak{isitas Transcription
BAB TUJUH BELAS Dari Gen ke Protein 377
ffiffi{?.s
Sel eukariot rnemodifikasi RNA setelah
transkripsi {hal. 361-36a)
eukariot diproses sebelum meninggalkan nukleus melalui
modi fi kasi ujung-uiunqnva
danmelalui p".tya-b,ing"n *{"\-f\'f\:
Pre-mRNA
RNA. Ujung s' -.-p..31.n
tudung nukieotida termodifikasi, iuddnq I
I
t-kor,Poli-A
sedan[kan ujung 3'memperoleh
l^f *"f-
ekor poli-A. mRNA
besar gen mengandung intron yang berselang-seling dengan
wilayah-wilayah pengode, ekson. Dalam penyambungan
RNA, intron disingkirkan dan ekson digabung-gabungkan.
Penyambungan RNA umumnya dilakukan oleh splisosom,
namun pada beberapa kasus, RNA mengkatalisis
penyambungan dirinya sendiri. I(emampuan katalitik
beberapa molekul RNA, disebut rlbozim, berasal dari
sifat-sifat yang tertanam dalam RNA. I(eberadaan intron
memungkinkan penyambungan RNA alternatif.
rT,Eflnf
Airc-ivit;*.s RNA Processing
ffiI3,4
Translasi adalah sintesis polipeptida yang diarahkan
oleh RNA: pengamatan dari dekat (hal" 364-372).
ts K*nrp*n*rr-k*rittxlft dr* rVXolekular Tra*sl;ui Se1
mentranslasikan pesan mRNA menjadi protein dengan
menggunakan RNA transfer (tRNA). Setelah mengikat
asam amino spesifik, tRNA berjejer melalui antikodonnya
pada kodon-kodon komplementer di mRNA. Ribosom
membantu memfasilitasi perpasangan ini dengan situs
pengikatan untuk mRNA dan tRNA.
fuiemhang*n F*tipepticta Ribosom mengoordinasikan
ketiga tahap translasi: inisiasi, pemanjangan, dan
terminasi. Pembentukan ikatan peptida di antara asam-
asam amino dikatalisis oleh
rRNA. Beberapa ribosom dapat
mentranslasikan suatu molekul
mRNA secara bersamaan,
membentuk poliribosom.
&,lenyelesaikan c$an Meriganahka*i Fr*tei* !:ungsil"rn;:i
Setelah translasi, modifikasi terhadap protein dapat
mengubah bentuk tiga dimensi moiekul tersebut.
Ribosom bebas dalam sitosol menginisiasi sintesis semua
protein, namun protein yang ditakdirkan menuju sistem
endomembran atau disekresikan, ditranspor ke RE.
Protein-protein semacam itu memiliki peptida sinyal yang
diikat oleh partikel pengenalan sinyal (SRP), sehingga
memungkinkan ribosom yang sedang mentranslasi mRNA
untuk berikatan dengan RE.
EEIEI
Animssi l]-I) BiErFlir Protein Synthesis
:\tativitas Translation
378 uNlT TIGA Genetika
wffit?,5
Mutasi titik dapat rnernengaruhi
struktur dan fungsi protein (hal" 372-374)
ts frpe-tip:e Ma.atasi fitik Mutasi titik adalah perubahan
satu pasangan basa pada DNA, yang dapat menyebabkan
produksi protein nonfungsional. Substitusi Perpasangan
basa dapat menyebabkan mutasi salah makna atau
tak bermakna. insersi atau delesi pasangan basa dapat
menyebabkan mutasi pergeseran rangka pembacaan.
)
> ;14*tagen Mutasi-mutasi spontan dapat terjadi saat
replikasi, rekombinasi, atau perbaikan DNA. Mutagen
kimiawi dan fisik menyebabkan kerusakan DNA yang
dapat mengubah gen-gen.
ffiffi17,6
Meskipun ekspresi gen berbeda-beda di antara
domain-dornain kehidupan, konsep gen bersifat
universal (hal. 37 A477)
ts Menibandlngkan Ff<spresi fien pac{a ffiatr<t*ri, Arhaea,
dan Eukanya I(arena sel-sel bakteri tidak memiliki selaput
nukleus, translasi dapat dimulai saat transkripsi masih
berlangsung. Sel arkea menunjukkan kemiripan dengan sel
eukariot maupun bakteri dalam hal proses ekspresi gen.
Pada se1 eukariot, selaput nukleus memisahkan transkripsi
dari translasi, dan pemrosesan RNA ekstensif terjadi
dalam nukleus.
> Menlniau Kembali Pertanyaan ,Apa it* Cen? Gen
adalah wilayah DNA dengan produk akhir fungsional
berupa polipeptida atau molekul RNA.
$grp MAr$StRl
l. Pada sel eukariot, transkripsi tidak bisa dimulai sebelum
a. kedua untai cetakan DNA telah berpisah seluruhnya
dan terpapar ke promoter.
b. beberapa faktor transkripsi telah berikatan dengan
promoter.
c. tudung 5' dibuang dari mRNA.
d. intron DNA disingkirkan dari cetakan.
e. DNA nuklease telah diisolasi dari unit transkripsi.
) Manakah di antara berikut ini yang bukan pernyataan yang
benar tentang kodon?
a. I(odon terdiri atas tiga nukleotida.
b. I(odon bisa mengodekan asam amino yang sama dengan
kodon lain.
c. I(odon tidak pernah mengodekan lebih dari satu asam
amino.
d. I(odon menjulur dari saiah satu ujung molekul IRNA.
e. I(odon merupakan unit dasar kode genetik.
J. Antikodon suatu molekul IRNA tertentu adalah
a. komplementer terhadap kodon mRNa yang
 bersesuaian.
b. komplementer terhadap triplet yang bersesuaian 8. kffi,ffiry Ulas kembali peran RNA dengan cara
dalam rRNA. mengisi tabel berikut:
c. bagian rRNA yang berikatan dengan asam amino
spesifik. Tipe RNA Fungsi
d. bisa berubah, bergantung pada asam amino yang RNA duta (mRNA)
melekat ke tRNA. RNA transfer (IRNA)
e. bersifat katalitik, menjadikan tRNA suatu ribozim.
Memainkan peran katalitik (ribozim)
dan peran struktural dalam ribosom
4. Manakah di antara berikut ini yang bukan pernyataan
yang benar tentang pemrosesan RNA? Transkrip primer
a. Ekson dipotong sebelum nRNA meninggalkan RNA nukleus kecil (snRNA)
nukleus.
b. Nukleotida mungkin ditambahkan ke kedua ujung Untuk mengetahui jawaban Kuis Mandiri, lihat Apendiks A.
RNA.
c. Ribozim dapat berfungsi dalam penyambungan RNA.
roEDtE Kunjungi study Area di www.masteringbio.com
untuk memperoleh Soal Latihan.
d. Penyambungan RNA dapat dikatalisis oleh splisosom.
e. Transkrip primer seringkali jauh lebih panjang
daripada molekul RNA akhir yang meninggalkan svffiwry€Ar€ qy#r{ssii
nukleus.
9. I(ode genetik (lihat Peraga 17.5) kaya dengan implikasi
5. Dengan menggunakan Peraga 17.5, identiflkasikan sekuens evolusi. Misalnya, perhatikan bahwa ke-20 asam amino
5'+3'nukleotida pada untai cetakan DNA untuk mRNA tidak tersebar secara acak. Sebagian besar asam amino
yang mengodekan sekuens polipeptida Phe-Pro-Lys. dikodekan oleh suatu set kodon yang serupa. Apa
a. 5'-UUUGGGAAA-3' penjelasan evolusioner yang bisa diberikan untuk pola
b. 5,-GAACCCCTT-3, ini? (Petunjuk: ada satu penjelasan yang berkaitan dengan
c. 5'-AAAACCTTT-3' sejarah nenek-moyang, dan ada beberapa penjelasan yang
d. 5,-CTTCGGGAA-3, tidak begitu gamblang tentang bagaimana 'bentuk-sesuai-
e. 5'-AAACCCUUU-3' dengan-fungsi').

6. Manakah di antara mutasi berikut ini yang tampaknya

pEr€sqirlAe€
memiliki efek yang paling berbahaya pada organisme? !LnsseFa
a. substitusi pasangan basa
b. delesi tiga nukleotida di dekat bagian tengah gen 9. Dengan mengetahui bahwa kode genetik bersifat nyaris
universal, seorang ilmuwan menggunakan metode-metode
c. delesi satu nukleotida di tengah intron biologi molekular untuk menyisipkan gen B-globin
d. delesi satu nukleotida di dekat ujung sekuens pengode manusia (ditunjukkan pada Peraga 17.10) ke dalam sel-
e. insersi satu nukleotida ke arah hilir dari, dan dekat sel bakteri. Ia berharap sel-se1 itu akan mengekspresikan
dengan, awal sekuens pengode.
dan menyintesis protein B-globin yang fungsional. Yang
terjadi justru protein yang dihasilkan tidak fungsional dan
7. I(omponen manakah yang tidak terlibat langsung dalam
ternyata mengandung asam amino yang jauh lebih sedikit
translasi?
dibandingkan B-globin yang dibuat oleh sel eukariot.
a. mRNA
b. DNA Jelaskan mengapa.
c. tRNA $inltgicai {tquirui-:.4 \Y''rrrkho*k *{ t*v,r:itig;rti:'e t.;lses Jelajahi
d. ribosom translasi dan gunakan sekuens data dalam pengu.jian hipotesis dalam
e. GTP kasus 'The Doctor'.s Dilemmal

BAB TUJUH BELAS Dari Gen ke Protein 379