Mekanisme Genetika Molekuler

1. Penataan ulang DNA memediasi perubahan fase pada bakteri

Pada beberapa prokariota, pola regulasi gen yang diwariskan secara stabil
dicapai dengan pengaturan ulang DNA yang menghidupkan atau mematikan gen
tertentu. Karena perubahan dalam urutan DNA disalin selama replikasi DNA
berikutnya, keadaan aktivitas gen yang berubah diwariskan oleh semua sel
progenitor yang mengalami penataan ulang. Beberapa penataan ulang ini bersifat
reversibel dan menghasilkan pola aktivitas gen yang berbeda alternatif yang dapat
dideteksi dengan pengamatan selama periode waktu yang lama dan selama
beberapa generasi.
Contoh dari mekanisme diferensiasi ini, yang dikenal sebagai variasi fase,
terjadi pada bakteri Salmonella. Meskipun jenis diferensiasi ini tidak memiliki
padanan yang diketahui pada eukariota yang lebih tinggi, namun tetap memiliki
efek penting bagi mereka, karena ini merupakan cara penting bagi bakteri
penyebab penyakit untuk menghindari pengenalan oleh sistem kekebalan tubuh.
Perubahan ekspresi gen Salmonella dihasilkan dari inversi pasangan DNA 1000-
nukleotida spesifik dan memengaruhi ekspresi flagelin protein permukaan sel, di
mana bakteri memiliki dua gen terpisah. Inversi dikatalisis oleh enzim dan
transformasi rekombinasi spesifik. Dengan inisiator dalam satu orientasi, bakteri
mensintesis satu jenis flagellin.
Variasi fase hampir pasti berevolusi karena melindungi populasi bakteri
dari respon imun inang vertebrata. Jika inang menghasilkan antibodi terhadap satu
jenis flagellin, beberapa bakteri yang flagellinnya telah diubah oleh inversi gen
masih dapat bertahan dan berkembang biak.
Bakteri yang diisolasi dari alam sering menunjukkan variasi fase dalam
satu atau lebih ciri fenotif. "Ketidakstabilan" ini biasanya bertahan dari waktu ke
waktu pada strain bakteri laboratorium yang umum, dan beberapa mekanisme
yang mendasarinya telah dipelajari. Tidak semua mengandung inversi DNA.
Bakteri yang menyebabkan penyakit kelamin umum pada manusia
(Neisseria gonorrhoeae), lebih menghindari serangan kekebalan melalui variasi
karakteristik permukaan yang diwariskan dan disebabkan oleh konversi gen
daripada inversi gen.
Mekanisme ini didasarkan pada protein rekombinasi recA dan mentransfer
urutan DNA ke gen yang diekspresikan dari satu set "kaset gen" yang diam; itu
memiliki keuntungan menghasilkan lebih dari 100 varian protein permukaan
bakteri yang penting. 
2. Beberapa protein pengatur gen menentukan identitas sel dalam ragi
Karena ragi sangat mudah dibudidayakan dan dimanipulasi secara genetik,
mereka telah dianalisis dengan sangat rinci sebagai organisme model untuk
mempelajari mekanisme kontrol gen dalam sel eukariotik.
Ragi Saccharomyces cerevisiae pada umumnya sangat instruktif karena
memiliki kemampuan untuk berdiferensiasi menjadi tiga jenis sel, meskipun
mekanisme kontrolnya berbeda dalam beberapa hal mendasar dari yang biasa
digunakan oleh sel hewan dan tumbuhan. S. cerevisiae adalah eukariota uniseluler
yang ada dalam keadaan haploid atau diploid. Sel diploid terbentuk dalam proses
yang dikenal sebagai perkawinan, di mana dua sel haploid bergabung bersama.
Agar dua sel haploid dapat kawin, mereka harus berbeda dalam jenis perkawinan
(jenis kelamin). S. cerevisiae memiliki dua tipe kawin, ÿ dan a, yang dikhususkan
untuk kawin satu sama lain. Masing-masing menghasilkan molekul pensinyalan
difusi spesifik (faktor kawin) dan protein reseptor yang bersama-sama
memungkinkan sel untuk mengenali dan menyatu dengan jenis sel yang
berlawanan. Sel-sel diploid yang dihasilkan, disebut a/ÿ, berbeda dari kedua
induknya. Mereka tidak dapat kawin, tetapi dapat bersporulasi (bersporulasi)
ketika kehabisan makanan, menghasilkan sel haploid sebagai hasil meiosis.
Mekanisme pembentukan dan pemeliharaan ketiga tipe sel ini
mengilustrasikan beberapa strategi untuk mengubah ekspresi gen. Jenis kawin sel
haploid ditentukan oleh lokus tunggal, mating-type locus (MAT), yang mengkode
protein pengatur gen tunggal a1 dan dalam sel tipe a dalam sel mengkodekan dua
protein pengatur gen, ÿ1 dan ÿ2. Protein α1 tidak berpengaruh pada sel haploid
tipe α yang memproduksinya, tetapi kemudian menjadi penting dalam sel diploid
berpasangan; Sementara itu, sel tipe haploid menghasilkan protein spesifik kawin
secara default. Sebaliknya, protein ÿ2 bertindak sebagai penekan transkripsi dalam
sel ÿ, mematikan gen spesifik α, sedangkan protein ÿ1 bertindak sebagai aktivator
transkripsi yang mengaktifkan gen spesifik ÿ.
Ketika sel-sel dari dua tipe kawin ini menyatu, kombinasi protein pengatur
a1 dan ÿ2 menghasilkan pola ekspresi gen yang sama sekali baru, tidak seperti sel
punca lainnya. Sebagian besar strain laboratorium S. cerevisiae tipe sel α dan ÿ
tetap stabil melalui beberapa pembelahan sel, beberapa strain yang diisolasi dari
alam mampu berulang kali beralih antara tipe sel α dan ÿ melalui mekanisme
penataan ulang genetik yang Efeknya mirip dengan fase.
3. Dua Protein Yang Saling Menghambat Sintesis Akan Menentukan Status
Herediter Lambda Bakteriofag
Pengamatan bahwa semua vertebrata atau tanaman dapat diidentifikasi
dari informasi genetik yang ada dalam nukleus sel somatik tunggal. Perubahan
ireversibel dalam urutan DNA adalah mekanisme utama untuk diferensiasi sel
eukariotik yang lebih tinggi. Perubahan urutan DNA reversibel, seperti yang baru-
baru ini dijelaskan untuk Salmonella dan ragi, pada prinsipnya dapat terus
menyebabkan beberapa perubahan ekspresi gen yang dapat diwariskan.
Mekanisme ini mampu menghasilkan pola regulasi gen herediter dengan
keadaan stabil yang berbeda. Tak satu pun dari mekanisme ini sepenuhnya
dipahami dalam sistem vertebrata mana pun, tetapi telah dibuktikan oleh
penelitian pada bakteriofag lambda.
Dalam kondisi yang menguntungkan, virus bakteri ini dapat berintegrasi
ke dalam DNA sel E. coli, yang secara otomatis akan bereproduksi ketika bakteri
membelah, dan berkembang biak di dalam sitoplasma dan membunuh inangnya.
Kondisi ini dimediasi oleh protein yang dikodekan oleh genom bakteriofag.
Genom mengandung total sekitar 50 gen, yang ditranskripsi dalam pola yang
sangat berbeda di kedua keadaan. Virus yang dimaksudkan akan berintegrasi dan
menghasilkan protein integrase lambda, yang diperlukan untuk menambahkan
DNA lambda ke kromosom bakteri, tetapi harus menekan produksi protein virus
yang bertanggung jawab untuk replikasi virus. Setelah satu atau pola transkripsi
lainnya dibuat, maka akan dipertahankan secara stabil.
 Inti dari sistem ini adalah dua protein pengatur gen yang disintesis oleh
virus: protein represor lambda (protein cI), yang telah kita temui, dan protein Cro.
Protein ini menekan sintesis satu sama lain, suatu pengaturan yang hanya
menghasilkan dua keadaan stabil. Dalam keadaan 1 (keadaan profag), represor
lambda mencadangkan operator, mencegah sintesis silang dan membiarkan
sintesisnya sendiri.
Dalam keadaan 2 (keadaan litik), protein Cro terletak di situs yang berbeda
dari operator, mencegah sintesis represor tetapi memungkinkan sintesisnya
sendiri. Dalam keadaan profag, sebagian besar DNA dari bakteriofag yang
terintegrasi secara stabil tidak ditranskripsi; dalam keadaan litik, DNA itu secara
ekstensif ditranskripsi, direplikasi, dikemas menjadi bakteriofag baru dan
dilepaskan oleh lisis sel inang.  
Ketika bakteri inang tumbuh dengan baik, virus yang menginfeksi
cenderung memasuki keadaan 1, yang memungkinkan DNA virus bereplikasi
bersama dengan kromosom inang. Ketika sel inang rusak, virus terintegrasi
beralih dari keadaan 1 ke keadaan 2 untuk bereplikasi dan masuk ke dalam
sitoplasma sel.
Keadaan ini ditandai dengan protein pengatur bakteri yang menonaktifkan
protein penekan. Namun, dengan tidak adanya gangguan seperti itu, represor
lambda mematikan produksi protein Cro dan mengaktifkan sintesisnya sendiri,
dan umpan balik positif ini membantu mempertahankan keadaan profag. Putaran
umpan balik positif adalah fitur dari banyak memori seluler .
4. Ekspresi Protein Pengatur Gen Kritis Dapat Memicu Seluruh Ekspresi
Generasi Baterai Hilir
Secara umum, kombinasi beberapa protein pengatur gen, protein tunggal,
menentukan di mana dan kapan gen ditranskripsi dalam eukariota. Tetapi bahkan
jika ada kontrol
protein pengatur gen tunggal kombinatorial mungkin penting dalam
mengalihkan sel dari satu jalur perkembangan atau keadaan diferensiasi ke yang
lain. Contoh mencolok berasal dari percobaan diferensiasi sel otot in vitro.
 Sel otot rangka mamalia biasanya sangat besar dan mengandung banyak
inti. Ini dibentuk oleh fusi banyak sel prekursor otot, yang disebut myoblas. Sel
otot dewasa dibedakan dari sel lain oleh sejumlah besar protein karakteristik,
termasuk beberapa jenis aktin, miosin, tropomiosin, dan troponin (semua bagian
dari alat kontraktil), kreatin fosfokinase (untuk metabolisme spesifik sel otot) dan
reseptor asetilkolin (untuk membran peka terhadap rangsangan saraf).
Dalam proliferasi myoblast, protein spesifik otot ini dan mRNA-nya tidak
ada atau ada dalam kadar yang sangat rendah. Ketika myoblast mulai menyatu
satu sama lain, gen yang sesuai diaktifkan secara terkoordinasi.
Seluruh program diferensiasi otot ini biasanya dapat dimulai dalam kultur
fibroblas dermal dan jenis sel tertentu lainnya dengan memasukkan salah satu
keluarga protein helix-loop-helix - disebut protein myogenic, MyoD, Myf5 atau
(myogenin) hanya ke dalam otot.
Jika gen myogenin dihapus oleh gangguan gen yang ditargetkan, sel akan
membuat otot tidak pecah. Ada kemungkinan bahwa fibroblas dan tipe sel lain
yang menjadi sel otot di bawah pengaruh protein myogenic telah mengakumulasi
satu set protein pengatur gen yang dapat bekerja sama dengan protein myogenic
untuk mengaktifkan gen spesifik otot.
5. Kontrol Gen Kombinatorial Adalah Norma Pada Eukariota
Setiap gen tidak hanya memiliki banyak protein pengatur gen untuk
mengaturnya, tetapi setiap protein pengatur berkontribusi pada pengaturan banyak
gen. Sementara beberapa protein pengatur gen seperti MyoD atau Myogenin
bersifat spesifik. Suatu tipe sel, biasanya menghasilkan protein pengatur gen
spesifik, dengan sendirinya diaktifkan dalam tipe sel yang berbeda, di banyak
lokasi di dalam tubuh, dan pada waktu yang berbeda selama perkembangan.
Dalam kontrol kombinatorial, protein pengatur gen tertentu mungkin tidak
memiliki fungsi tunggal yang dapat didefinisikan secara sederhana sebagai ketua
gen tertentu atau sebagai penentu jenis sel tertentu. Sebaliknya, banyak tujuan
yang tumpang tindih dengan protein pengatur gen lainnya. Protein ini dapat
dibandingkan dengan kata-kata bahasa.
 Konsekuensi dari kontrol gen kombinatorial adalah efek penambahan
protein pengatur gen baru ke sel tergantung pada riwayat sel, karena riwayat
tersebut menentukan protein pengatur gen mana yang sudah ada. Dengan cara ini,
sel dapat mengakumulasi beberapa protein pengatur gen selama perkembangan,
yang awalnya tidak harus mengubah ekspresi gen. Namun, ketika anggota terakhir
dari kombinasi protein pengatur gen yang diperlukan ditambahkan, pesan
pengaturan selesai, menghasilkan perubahan besar dalam ekspresi gen. Seperti
yang telah kita lihat, sistem seperti itu dapat menjelaskan bagaimana
menambahkan satu protein pengatur ke fibroblas dapat menyebabkan transformasi
dramatis fibroblas menjadi sel otot.
Pada proses diferensiasi sel, sel tertentu mengekspresikan sinyal khusus.
Fitur dari sistem ini adalah setelah protein pengatur gen dibuat, ia dapat
mempertahankan ekspresinya sendiri dan dapat meningkatkan memori seluler.
Kontrol gen gabungan juga memiliki implikasi penting bagi evolusi. Karena
protein pengatur gen tidak terkait dengan sirkuit tertentu atau gen target tertentu,
perubahan halus dalam protein pengatur gen tunggal dapat memengaruhi pola
ekspresi banyak gen dan dengan demikian menyebabkan perubahan signifikan
dalam perilaku sel.
6. Kromosom X Inaktif Herediter
Kita telah melihat bagaimana protein pengatur gen dapat menciptakan pola
ekspresi gen yang diwariskan dalam sel prokariotik dan eukariotik. Mekanisme
berdasarkan umpan balik positif dalam regulasi ekspresi gen. Mekanisme
tambahan sedang bekerja hanya pada eukariota, di mana pola struktur kromatin
jangka panjang dapat diwariskan secara stabil.
Contoh inaktivasi salah satu dari dua kromosom X dalam sel mamalia
betina. Kromosom X dan Y adalah kromosom seks mamalia. Sel wanita
mengandung dua kromosom X, sedangkan sel laki-laki mengandung kromosom X
dan Y. Ketika salah satu dari dua kromosom X di setiap sel akan padat menjadi
heterokromatin. Kromosom ini terlihat di bawah mikroskop cahaya selama
interfase.
 Proses pembentukan kromatin padat (heterokromatin) pada kromosom X
cenderung menyebar secara terus menerus sepanjang kromosom. Hal ini dapat
dilihat pada penelitian hewan mutan dimana salah satu kromosom X terkait
dengan bagian autosom (bukan kromosom seks). Seringkali dalam hibrida
kromosom seperti itu, daerah autosom yang berdekatan dengan kromosom X yang
tidak aktif memadat menjadi heterokromatin, membuat gen di dalamnya menjadi
tidak aktif dengan cara yang dapat dilakukan.
Ketika struktur kromatin padat terbentuk pada kromosom X, proses yang
tidak diketahui menyebabkan struktur bergerak maju dengan setia selama replikasi
DNA berikutnya. Namun, perubahan itu tidak sepenuhnya permanen, karena
kromosom X yang terkondensasi diaktifkan kembali selama pembentukan gamet
betina. 
7. Gen Drosophila Dan Ragi Juga Dapat Dinonaktifkan Karena
Karakteristik Struktur Kromatin Yang Diwariskan
Pada lalat dengan penataan ulang kromosom, kejadian eksisi dan
rekombinasi yang menempatkan pusat daerah heterokromatin paling dekat dengan
daerah kromatin normal (eukromatin) biasanya tidak proporsional. 
Fitur inaktivasi kromosom X, termasuk efek propagasi dan pewarisan
keadaan kromatin terkondensasi. Belum dapat dibuktikan bahwa inaktivasi
kromosom X dan efek posisional pada lalat dan ragi semuanya terjadi melalui
mekanisme terkait. Namun, kesamaannya sangat mencolok. Identifikasi dan
kloning baru-baru ini dari beberapa gen Drosophila dan ragi yang diperlukan
untuk efek posisi memberikan titik masuk eksperimental untuk mempelajari
mekanisme molekuler yang terlibat.
Sel yang mengatur diri sendiri yang dapat menyebar dari satu tempat ke
tempat lain di dalam inti sel. Tidak diketahui apakah jenis mekanisme ini hanya
bekerja untuk menonaktifkan sebagian besar wilayah kromosom atau apakah
mereka juga dapat bertindak pada tingkat satu gen atau lebih. 
8. Ketika Pembelahan sel vertebrata Pola metilasi DNA Dapat Diwariskan
Nukleotida dalam DNA dapat dimodifikasi secara kovalen, dan metilasi
sitosin sel vertebrata tampaknya memberikan mekanisme penting untuk
membedakan gen aktif dari gen tidak aktif. 5-methylcytosine (5-methyl-C) yang
dimodifikasi secara kovalen memiliki rasio yang sama.
Sitosin, yang membagi timin dengan urasil, juga tidak berpengaruh pada
pasangan basa. Metilasi dalam DNA vertebrata terbatas pada nukleotida sitosin
(C) dari urutan CG, yang berpasangan dengan urutan yang persis sama
(berlawanan arah) pada untai kedua heliks DNA. Dengan demikian, mekanisme
sederhana ini memungkinkan pewarisan langsung dari pola metilasi DNA yang
ada melalui untaian DNA anak perempuan.
Enzim yang disebut metilase pemeliharaan secara istimewa bekerja pada
urutan CG berpasangan basa dengan urutan CG termetilasi. Akibatnya, pola
metilasi DNA pada untai DNA parental berfungsi sebagai cetakan untuk metilasi
pada untai DNA anak, menyebabkan pola tersebut diwariskan langsung setelah
replikasi DNA.
Enzim yang digunakan untuk menghubungkan basa 5-metil-C dengan
sekuens CG spesifik adalah metilase HpaII, yang biasanya melindungi bakteri dari
nuklease restriksi HpaII sendiri. Ketika enzim ini digunakan untuk memetilasi
pusat C pada urutan CCGG dalam molekul DNA kloning yang dimasukkan ke
dalam sel vertebrata yang dikultur, dapat ditunjukkan bahwa pemeliharaan
methiase bekerja seperti yang diharapkan. Setiap CG termetilasi individu biasanya
dipertahankan di beberapa pembelahan sel, sedangkan urutan CG tidak termetilasi
tetap tidak termetilasi.
Metilase pemeliharaan bertanggung jawab atas pewarisan otomatis 5-metil
C-nukleotida, tetapi karena mereka umumnya tidak memetilasi DNA yang tidak
termetilasi sepenuhnya, pertanyaan tentang bagaimana gugus metil pertama kali
ditambahkan dalam organisme vertebrata tetap tidak terjawab.
9. Metilasi DNA Dapat Memperkuat Perkembangan Sel Vertebrata
Metilasi DNA tidak terjadi pada beberapa invertebrata, termasuk
Drosophila, tetapi kontrol ekspresi gen dan diversifikasi tipe sel tampak serupa
pada Drosophila dan vertebrata. Metilasi DNA vertebrata dikaitkan dengan
inaktivasi gen, tetapi biasanya hanya memperkuat keputusan yang dibuat oleh
mekanisme lain. Tes dengan nuklease restriksi HpaII menunjukkan bahwa, secara
umum, DNA dari gen yang tidak aktif lebih termetilasi daripada gen yang aktif.
Namun, ketika gen tidak aktif dengan DNA termetilasi diaktifkan selama
perkembangan normal, biasanya kehilangan sebagian besar gugus metilnya hanya
setelah gen diaktifkan. Sebaliknya, kromosom X wanita yang dibahas di atas
mula-mula memadat dan menginaktivasi dan baru kemudian memperoleh tingkat
metilasi yang meningkat di beberapa gennya.  
Bakteri menghasilkan enzim yang berguna untuk mempelajari metilasi
dalam sel vertebrata. Mereka menggunakan metilasi A atau C di situs tertentu
untuk melindungi diri dari nuklease restriksi mereka sendiri. Pembatasan oleh
nuklease HpaII membelah urutan CCGG, tetapi tidak jika C pusat dimetilasi.
Dengan demikian, kerentanan molekul DNA terhadap pembelahan HpaII dapat
digunakan untuk menentukan apakah urutan CG dari situs DNA spesifik
dimetilasi.
Pertama, DNA yang sesuai dengan gen aktin spesifik otot dapat diproduksi
dalam bentuk termetilasi penuh dan tidak termetilasi penuh. Ketika kedua versi
gen ini dimasukkan ke dalam sel otot yang dibiakkan, keduanya ditranskripsi
dengan kecepatan tinggi yang sama. Namun, ketika ditambahkan ke fibroblas
yang biasanya tidak mentranskripsi gen, gen yang tidak termetilasi ditranskripsi
pada tingkat rendah, sedangkan gen termetilasi eksogen atau tambahan. Gen
fibroblas endogen (yang juga termetilasi) tidak ditranskripsi. sama sekali.
Kedua, eksperimen biokimia telah mengidentifikasi protein dalam
vertebrata yang terikat erat pada DNA yang mengandung nukleotida 5-metil-C
berkelompok. Dipercayai bahwa ikatan protein ini mengemas DNA termetilasi
sedemikian rupa sehingga membuatnya sangat tahan terhadap mesin pengaktifan
transkripsi. Dua pengamatan ini menunjukkan bahwa metilasi DNA pada
vertebrata berfungsi terutama untuk memastikan bahwa ketika suatu gen
dimatikan, ia tetap mati total.
Jenis sel vertebrata disalin secara keseluruhan, pada orang lain telah
ditunjukkan tingkat transkripsi gen dapat berbeda dengan faktor lebih dari 106
antara dua jenis sel. Oleh karena itu, gen vertebrata yang tidak diekspresikan jauh
lebih sedikit "bocor" sehubungan dengan transkripsi daripada gen bakteri yang
tidak diekspresikan, di mana perbedaan terbesar yang diketahui dalam tingkat
transkripsi antara keadaan yang diekspresikan dan tidak diekspresikan, di mana
jumlah gen kira-kira 1000 kali lipat lebih besar .

10. Pencetakan genom membutuhkan metilasi DNA

Sel mamalia diploid dan mengandung satu set gen yang diwariskan dari
ayah dan satu dari ibu. Dalam beberapa kasus, ekspresi gen ditemukan bergantung
pada apakah gen tersebut diwariskan dari ibu atau ayah. Fenomena ini disebut
pencetakan genom.
Pencetakan genom telah diilustrasikan secara dramatis dalam percobaan
menggunakan tikus transgenik. Misalnya, adalah mungkin untuk membuat tikus
transgenik di mana salah satu dari dua salinan normal gen yang mengkode faktor
pertumbuhan seperti insulin 2 (IGF-2) telah bermutasi. Tikus heterozigot ini
berkembang secara normal ketika gen Igf-2 maternal rusak, sedangkan ketika gen
Igf-2 paternal rusak, mereka akan kerdil, tumbuh kurang dari setengah ukuran
tikus normal.
Pada tikus transgenik dan tipe liar, hanya gen paternal Igf-2 yang
ditranskripsi, sedangkan gen maternal diam; gen, yang diwarisi dari ibu dalam hal
ini, harus dicetak. Meskipun mekanisme pencetakan tidak pasti, tampaknya sangat
mungkin bahwa metilasi DNA terlibat. Dengan demikian, pencetakan gen Igf-2
ibu tidak terjadi pada tikus transgenik yang kekurangan pemeliharaan metilase,
menyiratkan bahwa mekanisme yang memisahkan salinan gen Igf-2 ayah dan ibu
memerlukan metilasi DNA. Menariknya, tikus yang kekurangan metilase
pemeliharaan mati sebagai embrio muda. Hal ini mungkin disebabkan oleh kesan
yang salah, tetapi dapat juga dibayangkan bahwa kegagalan untuk memastikan
keputusan perkembangan melalui metilasi adalah kesalahan fatal, yang
menyebabkan hilangnya ribuan gen yang biasanya dibungkam di setiap sel
vertebrata.
11. Pulau Kaya CG Berasosiasi Dengan Sekitar 40.000 Gen Mamalia
 Cara kerja enzim perbaikan DNA, nukleotida C termetilasi dalam genom
biasanya dihilangkan selama pengembangan. Deaminasi acak dari C yang tidak
termetilasi menyebabkan U, yang biasanya tidak ada dalam DNA dan mudah
dikenali oleh enzim perbaikan DNA urasil DNA glikosilase, menjadi lebih
pendek. dan kemudian digantikan oleh C. Tetapi deaminasi 5-metil-C tidak dapat
dikoreksi dengan cara ini karena produk deaminasinya adalah T, sehingga tidak
dapat dibedakan dari nukleotida T non-mutasi lainnya dalam DNA.
Meskipun ada sistem perbaikan khusus untuk menghilangkan T yang
bermutasi, banyak deaminasi lolos dari deteksi, sehingga nukleotida C dalam
genom termetilasi cenderung bermutasi menjadi T selama evolusi. Selama
evolusi, lebih dari tiga dari empat CG hilang dengan cara ini, meninggalkan
vertebrata dengan kekurangan dinukleotida yang luar biasa.
Urutan CG sangat terfragmentasi dalam genom. Mereka terjadi pada 10-20
kali kerapatan rata-rata di daerah terpisah yang disebut pulau CG, yang
panjangnya 1000-2000 pasangan nukleotida. Pulau-pulau ini tampaknya tetap
tidak termetilasi di semua jenis sel dengan beberapa pengecualian. Diperkirakan
mengelilingi promotor yang dikenal sebagai gen house keeping gen yang
menyandikan banyak protein yang penting untuk kelangsungan hidup sel dan
karena itu diekspresikan di sebagian besar sel. Selain itu, banyak gen spesifik
jaringan yang menyandikan protein yang hanya diperlukan pada tipe sel tertentu
juga terkait dengan pulau CG.
Distribusi pulau-pulau CG dapat dijelaskan dengan mengasumsikan bahwa
metilasi CG diperkenalkan pada vertebrata untuk mencegah inisiasi transkripsi
pada segmen genomik yang tidak aktif. Pada germ line vertebrata garis sel yang
memunculkan telur dan sperma sebagian besar genom tidak aktif dan termetilasi.
Selama waktu evolusi yang lama, urutan CG termetilasi di daerah tidak aktif ini
bisa saja hilang karena peristiwa deaminasi acak yang tidak diperbaiki dengan
benar. Namun, urutan CG di daerah promotor dari banyak gen, termasuk semua
gen rumah tangga, disimpan dalam sel germinal yang didemetilasi untuk
diperbaiki segera setelah peristiwa deaminasi spontan. Daerah seperti itu
dilestarikan sebagai pulau CG.