Regulasi dan Ekspresi Gen Pada Prokaryot

Resume

Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Genetika II

yang dibina oleh Bapak Prof. Dr.agr. Mohamad Amin, M.Si

Oleh :
Offering K
Pratiwi Kartika Sari (160342606267)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

JURUSAN BIOLOGI

Agustus 2019
Pendahuluan

E.coli dapat mengalami kondisi pertumbuhan yang berubah dengan cepat

ketika mereka berpindah dari saluran usus mamalia ke sistem saluran pembuangan ke
sungai, danau, kolam yang tercemar, dan sebagainya. Masing-masing relung ekologi
yang menyediakan molekul organik yang berbeda untuk digunakan sebagai sumber
energi, sehingga masuk akal apabila dikatakan seleksi alam akan melindungi
organisme yang telah berevolusi.
Pada tingkat tertentu, kemampuan beradaptasi bakteri dan prokaryota lain
bergantung pada kemampuan mereka untuk "menghidupkan" dan "mematikan"
ekspresi set gen tertentu sebagai respons terhadap tuntutan spesifik dari
lingkungan.Ekspresi gen tertentu dihidupkan ketika produk-produk gen ini diperlukan
untuk pertumbuhan di lingkungan tertentu. Ekspresi mereka dimatikan ketika produk
mereka tidak lagi diperlukan untuk pertumbuhan di lingkungan yang ada.
Kemampuan organisme untuk mengatur ekspresi gen ini akan meningkatkan
kemampuannya untuk tumbuh di bawah berbagai kondisi lingkungan.
Tidak semua gen memiliki kemampuan "menghidupkan" dan "mematikan"
sebagai respon terhadap perubahan dalam lingkungan.Contohnya adalah gen-gen yang
menentukan RNA ribosom, protein ribosom, dan transfer RNA yang diekspresikan
pada suatu waktu di hampir semua sel terlepas dari kondisi lingkungan, tetapi ada
produk gen lain yang diperlukan untuk pertumbuhan sel di semua lingkungan, dan
ekspresi gen ini diatur sedemikian rupa sehingga produk disinergikan hanya jika
diperlukan.
Ekspresi gen diatur pada beberapa tingkat yang berbeda misalnya, transkripsi,
pemrosesan mRNA, pergantian mRNA, terjemahan, dan fungsi enzim. Regulasi
transkripsi adalah hal paling penting dari kontrol ekspresi gen dalam prokaryota.
Pengaturan transkripsi pada prokariota dan eukariota terdapat dua kategori umum
yaitu mekanisme yang terlibat dalam “on” dan “of” ekspresi gen yang cepat sebagai
respons terhadap perubahan lingkungan.Kategori kedua yaitu mekanisme pengaturan
yang disebut sirkuit ekspresi gen terprogram. Peristiwa seperti infeksi oleh virus
memicu ekspresi satu set gen. Produk dari satu atau lebih fungsi gen ini dengan
mematikan transkripsi set gen pertama dan mengubah transkripsi set gen kedua dan
begitu pula untuk gen selanjutnya.Ekspresi gen berurutan diprogram secara genetik,
 dan biasanya tidak dapat dihidupkan di luar urutan. Umumnya sekuens yang telah
diprogram ini berbentuk siklus. Contoh peristiwanya yaitu infeksi virus, yang dapat
mengatur ulang program sehingga set gen pertama akan kembali diekspresikan ketika
progeni virus kemudian menginfeksi sel inang lain.
A. Induksi dan Represi pada Prokaryota
Produk-produk gen tertentu, seperti molekul tRNA, molekul rRNA, protein
ribosom, komponen RNA polimerase (polipeptida), dan enzim lain yang
mengkatalisis proses metabolisme sering disebut sebagai fungsi "Houskeeping". Gen
semacam itu diekspresikan secara konstitutif dan disebut sebagai gen konstitutif.
Produk gen lain diperlukan untuk pertumbuhan sel hanya dalam kondisi lingkungan
tertentu. E. coli dan sebagian besar bakteri lain mampu tumbuh menggunakan salah
satu dari beberapa karbohidrat misalnya glukosa. Jika glukosa ada di lingkungan
maka akan dimetabolisme oleh sel E. Coli, sedangkan apabila tidak ada glukosa, sel
E. coli dapat tumbuh sangat baik pada karbohidrat lain. E.coli memiliki mekanisme
pengaturan dimana sintesis enzimβ-galaciosidase, β-galaktosida, β-galactoside
transacetylase, β-galactoside permease yang digunakan untuk katabolisme laktosa.

Gambar 1. (a) induksi sintesis enzim yang diperlukan untuk pemanfaatan laktosa sebagai sumber
energi dan (b) represi sintesis enzim yang diperlukan untuk biosintesis triptofan, keduanya dalam E.
coli. Rendahnya sintesis enzim terjadi baik metabolitnya ada atau tidak ada.

Jika sel tumbuh pada karbohidrat selain laktosa lalu dipindah ke media yang
mengandung laktosa sebagai satu-satunya sumber karbon, maka mereka secara cepat
mulai mensintesis enzim yang diperlukan untuk pemanfaatan laktosa. Proses ini,
dengan zat yang ada pada lingkungannya, disebut dengan induksi. Gen yang
ekspresinya diatur disebut dengan inducible genes (gen yang dapat diinduksi),
produknya, jika berupa enzim, disebut dengan inducible enzyme (enzim yang dapat
diinduksi). Zat atau molekul yang bertanggungjawab dalam proses induksi disebut
 sebagai inducers (penginduksi).Induksi terjadi pada tingkat transkripsi, hal itu akan
mengubah tingkat sintesis enzim, bukan aktivitas yang ada pada molekul enzim.E.coli
memiliki lima gen yang mengkode enzim yang diperlukan dalam sintesis triptofan.
Ketika berada di lingkungan yang mengandung konsentrasi triptofan yang cukup
untuk mendukung pertumbuhan optimal, sintesis lanjutan dari enzim biosintetik
triptofan akan membuang energi, karena bakteri ini memiliki kapasitas untuk
mengambil triptofan eksternal, artinya mekanisme regulasi telah berevolusi pada
E.coli dimana sintesis dari enzim biosintetik triptofan di matikan ketika triptofan
berada di lingkungan eksternal. Proses “Turning off” dari ekspresi set gen disebut
“repression”. Gen yang ekspresinya dimatikan dengan cara ini dikatakan ditekan;
ketika ekspresinya dihidupkan, gen tipe ini dikatakan ”derepressed”.

B. Model Operon
Induksi dan represi ekspresi gen dicapai dengan mekanisme yang pada
dasarnya sama. Mekanisme ini pertama kali dijelaskan secara akurat pada tahun 1961
ketika F. Jacob dan J. Monod. Model operon untuk menjelaskan di dalam regulasi gen
yang mengkode enzim yang diperlukan untuk pemanfaatan Iaktosa pada E. Coli.
Mereka mengusulkan bahwa transkripsi satu set gen struktural yang berdekatan (gen
yang mengkode polipeptida) diatur oleh dua elemen kontrol yaitu gen regulator dan
sekuns operator. Sekuens operator selalu berada berdekatan dengan gen struktural
atau gen yang ekspresinya teratur dan biasanya terletak di antara promorer. Ketika
represor terikat pada operator, transkripsi gen struktural tidak dapat terjadi, hal ini
terjadi karena pengikatan represor ke operator secara sterik mencegah pengikatan
RNA polimerase di daerah pengikatan RNA polimerase yang selalu terletak
berdekatan dengan urutan sekuens operator.
 Gambar 2. Komponen penting dari regulasi yang ditentukan oleh model operon.

Gambar 3. Pengaturan ekspresi gen

untuk operon yang diinduksi

Gambar 4. Mode regulasi ekspresi gen untuk operon penekan

Operon yang diinduksi, molekul efektor ini disebut penginduksi. Mereka yang
 aktif pada operon yang dapat ditekan disebut ko-represor. Molekul efektor ini (in-
ducer dan co-repressors) bertindak dengan mengikat atau membentuk kompleks
dengan) represor. Perbedaan mendasar antara operon yang diinduksi dan operon yang
dapat ditekan adalah (1) Dalam kasus operon yang diinduksi, represor bebas mengikat
operator, mematikan transkripsi. Ketika molekul efektor (inducer) hadir, ia berikatan
dengan represor, melepaskan represor dari operator, yaitu, kompleks represor-inducer
tidak dapat mengikat ke operator. Sehingga, penambahan inducer menginduksi
transkripsi gen struktural dalam operon; (2) dalam kasus represor terepresi, represor
tidak bebas mengikat operator, hanya kompleks molekul represor-efektor (co-
represor) aktif pada pengikatan operator. Jadi, transkripsi gen struktural pada operon
terepresi dihidupkan tanpa adanya molekul efektor (ko-represor) yang dimatikan.
Oleh karena produk dari gen regulator, repressor bekerja utk menghentikan transkripsi
gen struktural sehingga disebut kontrol negatif, sedangkan kontrol positif yaitu
mengaktifkan transkripsi.

C. lac, Operon Penginduksi

lac operon terdiri atas promotor, operator, gen z,y,a, coding dari enzim β-
galaktosidase, β-galaktosida permease dan β-galactoside transacettylase. Gen
pengatur lac, dinamakan gen i, code-code untuk represor yang panjangnya 360 asam
amino. Bentuk aktif dari lac represor adalah sebuah tetramer yang mempunyai empat
kopian dari produk gen i, tanpa adanya induser, represor berikatan dengan sequence
operator lac, mencegah RNA polimerase mengikat promotor dan menyalin gen
struktural. Beberapa molekul produk gen z, y, dan a disintesis dalam keadaan tidak
terinduksi, tetapi tingkat aktivitas enzimnya rendah. Hal ini karena inducer dari
operon lacadalah allolactosa, suatu derivat dari laktosa yang reaksinya dikatalisis oleh
β-galaktosidase, selanjutnya allalactose berikatan dengan represor, menyebabkannya
dilepaskan dari operator, dengan demikian menginduksi transkripsi gen struktural z, y
dan a.
Gen lac i, operator, dan promotor diidentifikasi secara genetik dengan isolasi
mutasi dalam unit genetik yang menjadikannya nonfungsional. Masing-masing mutasi
tersebut ditentukan oleh i- dan oc. Mutasi konstitutif i- dan ocdapat dibedakan oleh
posisi peta, perilaku mereka dalam F’ merozigot dimana ia berada dalam konvergensi
cis dan trans- relatif terhadap mutasi pada gen struktural lac.
Mutasi pada alel gen struktural tetap menghasilkan sel yang dapat
 mengkatabolisme laktosa, karena alel wild type (z+ y+dan a+) dari tiga struktur gen
mendominasi terhadap alel mutannya (z- y- dan a-), selain itu alel wild type
memproduksi enzim yang fungsional, sedangkan alel mutan tidak memproduksi
enzim atau enzimnya tidak sempurna. Gen i juga dapat diinduksi untuk sinstesis 3
enzim spesifik oleh lac operon, jadi i+(protein aktif) dominan terhadap i- (protein
inaktif). Gen i mengkode produk yang difusif karena mempengaruhi ekspresi gen
struktural yang terletak pada cis atau trans. Operator mutasi oc konstitutif hanya
bertindak dalam cis, mutasi oc hanya menyebabkan ekspresi konstitutif dari gen
struktural yang terletak pada kromosom yang sama. Mutasi gen i lainnya, yang
ditunjuk i-s (untuk "superpresi"), menyebabkan operon lac menjadi tidak dapat
diinduksi, sedangkan mutasi pada gen i-dmenyebabkan tidak terbentuknya repressor
yang fungsional. Promoter lac memiliki dua fungsi yaitu situs pengikatan RNA
polimerase dan situs pengikatan untuk protein aktivator katabolit (CAP).
D. Operon trp
Represor trp operon adalah produk dari gen trpR, yang tidak terkait erat
dengan operon trp. Tidak adanya trp (co-represor), RNA polimerase mengikat ke
daerah promotor dan menyalin gen struktural dari operon, di hadapan trp, kompleks
co-represor / represor mengikat ke wilayah operator dan mencegah pengikatan RNA
polimerase ke promotor. Urutan operator dari operon trp terletak sepenuhnya di dalam
wilayah promotor. Operon berisi lima gen struktural yang menyandikan enzim yang
terlibat dalam biosintesis tryptophan.
E. Kontrol Positif dari Operon lac oleh CAP dan AMP Siklis
Adanya glukosa, telah dikenal untuk mencegah induksi pada lac operon
maupun operon pengontrol yang mengendalikan enzim yang terlibat pada katabolisme
karbohidrat (misalnya arabinose dan operon galaktose). Kejadian ini disebut dengan
repression catabolite ataupenekanan katabolit. Penekanan katabolit pada lac operon
dimediasi melalui kontrol positif dari transkripsi oleh protein pengatur yang disebut
CAP dan molekul efektor kecil yang disebut AMP Siklik. Promotor lac terdiri atas
dua ikatan yang terpisah yaitu untuk RNA polimerase dan untuk kompleks CAP-
cAMP. Kompleks CAP-cAMP harus terikat dengan situs yang terikat pada promotor
lac agar operon terinduksi. Sehingga, kompleks CAP-cAMP memberikan kontrol
positif atas transkripsi pada operon lac. Hanya komplek CAP-cAMP berikatan dengan
promotor lac, saat CAP tidak ada cAMP tidak dapat berikatan, karena cAMP berperan
sebagai molekul efektor yang menentukan efek dari CAP pada transkripsi lac operon,
 konsentrasi intraseluler cAMP sensitive terhadap ada atau tidaknya glukosa,
konsentrasi tinggi dari glukosaa dapat menurunkan konsentrsi intrseluler cAMP.
Keberadaan glukosa menurunkan konsentrasi intraselutar cAMP. CAP tidak bisa
berikatan dengan promotor operon lac sebagai gantinya RNA polimerase tidak bisa
berikatan secara efisien dengan promotor lac saat tidak ada CAP.
F. Regulasi Kompleks dari Operon ara
Operon arabinose (ara) dari E.coli memerankan pola lebih kompleks dari
regulasi yang masih belum diketahui. Pada operon lac dan trp produk dari gen
regulator, yaitu represor yang berfungsi pada tipe negatif, mematikan transkripsi dari
operon. Regulasi protein utama dari operon arayang memerankan baik regulasi
berefek negatif dan positif pada transkripsi dari gen struktural operon tergantung pada
kondisi lingkungannya.Operon ara dari E. coli mengandung 3 gen struktural (ara
B,ara A,ara D) yang mengkodekan 3 enzim yg terlibat pada katabolisme arabinose.
Gen tersebut bekerja sama mentranskripsikan pada mRNA tunggal yang diinisiasi
pada promotor PBAD(Transpor aktif arabinose ke sel yang dibawa oleh produk gen ara
E, ara F, dan ara G). Gen ini berlokasi pada situs yang cukup berjarak dengan operon
ara BAD.
Protein regulator pertama dari operon ara (protein ara C) yang diproduksi dari
sebuah transkrip yang diinisiasi pada promotor yang disebut Pc.Pc promotor
sedikitnya mengandung 100 bp yang mana dekat dengan PBAD, tapi dua promotor
menginisiasi transkripsi pada arah yang berlawanan.Protein ara C berperan sebagai
regulator negatif (represor) transkripsi dari ara B, ara A, dan ara D. PBAD Promotor
ada ketika ara arabinosa dan cAMP tidak ada, dan berperan sebagai regulator positif
(aktivator) dari transkripsi pada gen yang berasal dari promotor P BAD ketika arabinos
dan cAMP ada. Produk gen regulator ara C sebagai efek negatif atau positif pada
transkripsi dari ara B,ara A dan ara C.lac operon, ara operon juga berperan sebagai
represor katabolik yang bergantung pada kontrol positif oleh CAP dan cAMP .Daerah
pengikatan dari dua protein dan RNA polimerase berlokasi didaerah ara operon yang
disebut araI (Induksi) terletak antara 3 gen struktural dari operon dan gen regulator
(ara C).
Represi ara operon bergantung pada pengikatan protein araC di situs yang
disebut araO2 (O untuk operator, 2 karena operator ara kedua yang diidentifikasi)
terletak di 211 pasang nukleotida di hulu (relatif ke arah transkripsi dari PBAD) dari
situs pengikatan protein araC di aral. Protein ara C harus mengikat sebagai dimer di
 kedua situs aral dan situs araO2, danprotein ini kemudian saling mengikat untuk
membentuk loop DNA. Jika lima pasangan nukleotida disisipkan atau dihapus di
daerah antara aral dan araO2, represi normal operon tidak dapat terjadi. Penyisipan
atau penghapusanakan merotasisitus pengikatan protein araCterhadap situs
pengikatan protein araC lainnya. Ketika loop terbentuk, struktuk tersebut akan
mengganggu RNA polimerase pada promotor yang berdekatan PBAD dari operon
tersebut. Ketika ada arabinose dan CAMP maka operon aradiinduksi. Protein
araCterbukti menjadi aktivator transkripsi operon.Regulasi transkripsi ara operon
dari E. coli jauh lebih kompleks daripada regulasi transkripsi dari lac operon dari
bakteri ini. mekanisme pembentukan loop ini umum digunakan dalam regulasi
transkripsi operon lain dalam prokaryot atau gen dalam eukaryota.
G. Represi Profag Lambda Selama Lisogeni
Ketika bakteriofag berada dalam keadaan lisogenik gen yang mengkode
produk yang terlibat dalam jalur litik yaitu gen yang mengendalikan replikasi
DNAfag, fag morfogenesis, dan lisis sel inang. Proses ini dilakukan oleh sirkuit
represor-operator-promotor, seperti yang terlibat dalam operon bakteri. Secara khusus
gen C1 dari lambda fag menkodekan untuk represor yang dalam keadaan dimer atau
tetramer berikatan dengan daerah operator yang mengkontroltransripsi gen lambda
yang terlibat pada daur litik. Dua daerah ini disebut dengan OL(untuk transkripsi yang
arahnya ke kiri) dan OR (untuk transkripsi yang arahnya ke kanan), keduanya tumpang
tindih dengan sekuens promoter dimana RNA polimerase berikatan memulai
transkripsi dari gen yang mengkontrol daur litik. Dengan demikian, dengan represor
mengikat dua operator, RNA polimerase tidak dapat mengikat ke dua promotor dan
oleh karena itu, tidak dapat memulai transisi. Dengan cara ini, gen fag disimpan terus
menerus yang memungkinkan profag yang "tidak aktif" ditransmisikan dari sel induk
menjadi sel generasi.
H. Kontrol Operontrpdengan Pelemahan Operon
Represi dan depresi dapat mengubah tingkat ekspresi gen struktural dari
operon trp sekitar 70 kali lipat. Penghapusan yang menghapus bagian dari wilayah
trpLmenghasilkan peningkatan tingkat ekspresi operon trp. Efek dari penghapusan ini
tidak tergantung pada represi; peningkatan terjadi pada keadaan tertekan dan
depresi.Regulasi level kedua dari operon trp ini disebut atenuasi, dan urutan dalam
trpL yang mengendalikan fenomena ini disebut attenuator. Atenuasi terjadi dengan
kontrol dari penghentian transkripsi di situs akhir urutan mRNA.Daerah attenuator
 memiliki urutan pasangan nukleotida yang pada dasarnya identik dengan sinyal
terminasi transkripsi yang ditemukan di ujung sebagian besar operon bakteri. Sinyal
terminasi ini mengandung palindrom yang kaya GC diikuti oleh beberapa pasangan
basa AT.
Transkripsi dari sinyal terminasi ini menghasilkan RNA yang baru
terbentukdengan potensi untuk membentuk struktur "hairpin" yang terikat hidrogen
diikuti oleh beberapa U. Ketika transkrip yang baru terbentuk membentuk struktur
jepit rambut ini menyebabkan regulasi konformasi terkait RNA polimerase. Urutan
nukleotida attenuator menjelaskan kemampuannya untuk menghentikan transkripsi
operon trp sebelum waktunya.
Pada ribosom, transkripsi dan translasiterjadi selama simultan, dimana
ribosom mulai menerjemahkan mRNA sementara mereka masih diproduksi dalam
transkripsi. Sehingga peristiwa yang terjadi selama translasi juga dapat mempengaruhi
transkripsi. Urutan 162 nukleotida panjang dari mRNA trp operon berisi urutan yang
dapat berpasangan untuk membentuk struktur sekunder alternatif. Dua dari sekuens
ini membentuk hairpin transkripsi-terminasi. Hairpin ini dibentuk oleh pasangan basa
antara urutan nukleotida 114-121 dan 126-134 (nukleotida 1 ada di ujung 5'). Struktur
sekunder alternatif hasil dari pasangan dasar antara urutan 74-85 dan 108-119. Hanya
satu dari struktur ini yang dapat ada pada satu waktu, karena nukleorida 114-119
adalah bagian dari keduanya. Jadi, jika sekuens 74-85 dan 108-119 berpasangan-
basa, hairpin transkripsi-terminasi attenuator tidak dapat terbentuk.
Sekuens utama mengandung kodon inisiasi translasi AUG, diikuti oleh 13
kodon untuk asam amino, diikuti oleh kodon terminasi translasi UGA. Selain itu,
sekuens utamatrp telah terbukti mengandung daerah efisien ikatan ribosom yang
terletak di posisi yang sesuai untuk inisiasi terjemahan pada kodon inisiasi AUG.
Peptida utama mengandung dua residu tryptophan berdekatan. Kedua kodon trp yang
diposisikan sedemikian rupa sehingga tanpa ada triptofan (dan dengan demikian tidak
adanya trp-tRNAtrp), ribosom akan terhenti sebelum bertemu dengan struktur
berpasangan yang dibentuk oleh urutan 74-85 dan 103- 119. Pasanganini
menghalangi pembentukan hairpin transkripsi-terminasi. Jadi, dengan tidak adanya
triptofan, transkripsi akan terus melewati attenuator ke dalam gen trpE. Enam operon
(trp, thr, ilv, leu, phe, dan bis) yang diketahui diatur oleh atenuasi. Jumlah trptersebut,
dan mungkin phe juga diatur oleh represi.
I. Inhibisi Umpan Balik dan Enzim Alosteri
 Kehadiran konsentrasi yang cukup dari produk akhir (seperti histidine atau
tryptophan) dari jalur biosintetik yang mengakibatkan penghambatan enzim di jalur
(pathway). Fenomena ini disebut feedback inbibition atau inhibisi (penghambatan)
produk akhir. Penghambatan umpan balik (feedback inhibition) menghentikan sintesis
produk akhir seketika, ketika ditambahkan ke media.Enzim penghambat umpan
balikmemiliki sisi pengikatan produk akhir di samping sisi pengikatan substrat.
Dalam beberapa kasus enzim multimerik, produk akhir pengikatan berada pada
subunit (polipeptida) yang berbeda dari sisi substrat. Setelah mengikat ujung produk,
enzim tersebut diyakini untuk menjalani perubahan konformasi yang disebut transisi
alosterik, yang mengurangi afinitasnya terhadap substratnya. Protein yang mengalami
perubahan konformasi seperti itu biasanya disebut sebagai protein alosterik.
J. Urutan Sementara Ekspresi Gen Selama Infeksi Fag
Regulasi ekspresi gen selama siklus hidup dari bakteriofag sangat berbeda dari
meknisme on-off reversibel yang menjadi karakteristik operon bakteri. Gen virus
diekspresikan dalam sekuens yang diprogram secara genetik, kemungkinan analog
dengan sekuens ekspresi gen yang diprogram sebelumnya yang diduga terlibat dalam
diferensiasi pada organisme yang lebih tinggi. Satu set gen fag biasanya disebut "gen
awal”, diekspresikan segera setelah infeksi. Produk dari satu atau lebih “gen awal”
bertanggung jawab untuk mematikan ekspresi gen awal dan menghidupkan ekspresi
set gen berikutnya, dan seterusnya.
Pada sel yang terinfeksi fag T7, gen "awal" ditranskripsi oleh E. coli RNA
polimerase.Salah satu kode gen "awal" untuk T7 RNA polimerase, yang kemudian
mentranskripsikan semua gen. Bacillus subtilis fag SPO1 menunjukkan jalur ekspresi
gen sekuensial yang sedikit lebih kompleks, yang melibatkan tiga set gen, tiga set gen
ini disebut "awal," "tengah," dan "akhir". Gen "awal" SPO1 ditranskripsi oleh B.
subtilis RNA polimerase. Salah satu produk gen "awal" adalah polipeptida yang
berikatan dengan RNA polimerase sel inang, yang mengubah kekhususannya
sehingga mentranskripsi gen "tengah" SP01. Dua produk dari gen "menengah" adalah,
pada gilirannya, polipeptida yang berasosiasi dengan B. subtilis RNA polimerase,
selanjutnya mengubah kekhususannya sehingga kemudian mentranskripsikan gen
“terakhir” dari SPO1.
Phage T4 menunjukkan pola ekspresi gen sekuensial yang lebih kompleks,
melibatkan beberapa modifikasi RNA polimerase sel inang yang berbeda. Dengan
demikian, dalam kasus virus bakteri ini, kontrol ekspresi gen sekuensial yang diamati
 terjadi terutama pada tingkat transkripsi dan dimediasi oleh interaksi sekuens RNA
polimerase-promoter spesifik.
Q&A:
1. Mengapa kemampuan beradaptasi bakteri dan prokaryota lain bergantung pada
kemampuan mereka untuk "menghidupkan" dan "mematikan" ekspresi set gen?
Jawab: Kemampuan prokariot untuk "menghidupkan" dan "mematikan" ekspresi set
gen tertentu sebagai respons terhadap tuntutan spesifik dari lingkungan Ekspresi gen
tertentu dihidupkan ketika produk-produk gen ini diperlukan untuk pertumbuhan di
lingkungan tertentu. Sedangkan ekspresi dimatikan ketika produk mereka tidak lagi
diperlukan untuk pertumbuhan di lingkungan yang ada. Kemampuan organisme
untuk mengatur ekspresi gen ini akan meningkatkan kemampuannya untuk tumbuh
di bawah berbagai kondisi lingkungan.
2. Bagaimanakah hubungan CAP dan cAMP dalam kompleks CAP-cAMP dalam kontrol
positi operon lac serta apa kaitannya dengan kehadiran glukosa di dalamnya?
Jawab: Hanya kompleks CAP-cAMP yang dapat mengikat promoter lac, cAMP
berperan sebagai molekul efektor yang menentukan efek dari CAP terhadap
transkripsi operon. Konsentrasi cAMP intraseluler sensitif terhadap kadar glukosa,
kadar glukosa yang tinggi dapat menyebabkan penurunan tajam pada konsentrasi
cAMP intraseluler. Tanpa adanya cAMP maka CAP tidak dapat berikatan dengan
promoter operon lac, yang mana akan menyebabkan RNA polymerase tidak dapat
berikatan pula dengan promoter lac. Sehingga hasil dari kontrol positif pada
transkripsi dari operon lac dengan kompleks CAP-cAMP adalah dengan kehadiran
glukosa.
3. Bagaimanakah fenomena inhibisi umpan balik terjadi?
Jawab: Fenomena inhibisi umpan balik terjadi ketika konsentrasi yang cukup dari
produk akhir (seperti histidin atau triptofan) dari jalur biosintesis akan sering
dihasilkan dalam inhibisi pada enzim pertama dalam jalur tersebut. Yaitu pada
mekanisme transkripsi dari gen bakteri yang mengkode enzim dalam jalur biosintesis
yang terepresi ketika produk akhir dari jalur tersebut terjadi di dalam medium yang
mana sel tersebut tumbuh. Maupun regulasi perbaikan metabolisme yang terjadi pada
level aktivitas enzimatis