Resume Genetika

Jumat, 28 Agustus 2015

Auliyah Shofiyah / 130341614790
Dinar Valentin DAMPP /
Penyesuaian hidup pada bakteri dan prokariot bergantung pada kemampuan untuk
menghidupkan dan mematikan ekspresi gen spesifik sebagai respon terhadap lingkungan.
Ekpresi gen tersebut akan aktif apabila produksi dari gen tersebut dibutuhkan untuk
pertumbuhan dan ekspresinya akan tidak aktif jika produknya tidak dibutuhkan untuk
pertumbuhan di lingkungan tersebut. Ekspresi gen dapat diregulasi pada beberapa tingkat
seperti transkripsi, mRNA proses, mRNA turnover dan translasi. Regulasi transkripsi adalah
model yang paling penting utnuk mengontrol ekspresi gen.
Mekanisme pengaturan dapat dikategorikan menjadi 2 macam. Yang pertama adalah
hidup dan aktifnya ekspresi gen sebagai respon terhadap perubahan lingkungan. Yang kedua
adalah pemrograman sirkuit ekspresi gen. Beberapa kejadian dapat memicu ekspresi suatu
gen. Misalnya aktifnya set gen pertama dapat mengaktifkan gen kedua dan seterusnya.
Induksi dan Represi pada Prokariot
Gen yang sangat penting, fungsional, dan esensial adalah tipe gen yang secara terus
menerus diekpresikan pada sebagian besar sel sehingga gen-gen seperti tRNA molekul, rRNA
molekul, protein ribosomal, RNA polimerase dan beberapa enzim katalis lain disebut
constitusive genes. Beberapa gen lain hanya diproduksi dimana di lingkungan yang
memebutuhkan ekspresi dari gen tersebut. Apabila produk gen tersebut tetap diprosuksi
meskipun tidak dibutuhkan maka akan terjadi ketidak efisiensi dalam mekanisme kerja sel
dan membuang energi sel secara percuma.
E coli diketahui mampu hidup di lingkungan dengan mediu karbohidrta. Jika tidak
ada glukosa makan E coli dapat hidup dengan sumber karbohidrat yang lain. Misalnya E coli
hidup di medium yang mengandung karbohidrat laktosa. Maka akan terjadi suatu mekanisme
untuk menaktifkan enzim yang dapat merubah laktosa menjadi siap digunakan. Katabolisa
laktosa akan aktif apabila terdapat laktosa dan akan non aktif jika tidak ada laktosa.
Pada lingkungan alamiah, E coli bisa jadi tidak mendapati glukosa dan terdapat
banyak laktosa. Jika sel ditumbuhkan pada karbohidrat selain laktosa dan ditransfer pada
medium yang mengandung laktosa, mereka dengan cepat melakukan sintesis enzim yang
dibuthkan untuk menggunakan laktosa. Proses ini, dimana ekspresi gen aktif akibat respon
substansi lingkungan maka disebut induksi. Gen yang diatur disebut gen terinduksi enzimnya
disebut enzim terinduksi,. Substansi atau molekul yang bertanggung jawab terhadap induksi
disebut inducer.
Enzim yang termasuk jalur katabolis (laktosa, galaktosa, arabinosa) muda terinduksi.
Induksi terjadi pada level transkripsi. Bakteri memiliki kemampuan kapasitas paling itnggi
untuk mensintesis molekul organik yang dibutuhkan untuk pertumbuhan. Misalnya E coli
memiliki 5 gen koding untuk enzim yang dibutuhan untuk sintesis triptofan. Jika E coli
ditempatkan pada medium yang tidak mengandung triptofan maka gen tersebut akan
terekspresikan untuk memnuhi kebutuhan akan triptofan.
Jika E coli ditumbuhkan di media yang cukup triptofan maka produksi triptofan akan
sia-sia karena sudah mendapatkan dari eksternals el. Proses untuk menonaktifkan ekspresi

yang sudah tejadi disebut represi. Ketika ekspresi tersebut kembali tersekspresi maka disebut
derepressed. Enzim yang merupakan komponen anabolik seringkali menjadi subjek represi
yang terjadi pada level transkripsi.
Gambar 1.a induksi sintesis enzim membutuhkan gula
laktosa sebagai sumber energi E coli.ketika laktosa
tidak ada, sel mensintesis mensintesis banyak
pemanfaatan laktosa. Ketika sel ditransfer ke
lingkungan yang mengandung laktosa, maka sintesis
enzim yang membeutuhkan laktosa dengan cepat akan
terinduksi. (b) ketika triptofan tidak ada di lingkungan,
E coli mensintesis enzim yang dibutuhkan untuk
biosintesis triptofan. Ketika triptofan ditambhkan maka
biosintesis enzim akan dengan cepat tidak aktif.

Model Operon
Model operon menjelaskan regulasi dari pengkodena gen yang dibutuhkan untuk
penggunanaan laktosa. Transkripsi dari satu atau set dari gen struktural yang berdampingan
diregulasi oleh 2 elemen pengontrol. Elemen pertama yang disebut gen regulator (gen
represor) mengkode protein yang disebut represor dibawah kondisi yang cocok. Represor ini
mengikat pada elemen kedua yaitu operator (sekuen operator). Operator selalu terletak
bersebalahan dengan gen struktual atau gen yang ekspresinya sedang diatur. Ketika represor
terikat pada operator, transkrispsi gen struktural tidak dapat terjadi. Hal ini dikarenakan
pengikatan represor pada operator menghalangi RNA polimerase dari pengikatan promotor
site yang terletak bersebalahan dengan sekuen operator. Operator terletak bersebalahan
dengan promotor dan gen struktural. Unit lengkap yang bersebalahan, termasuk gen
struktural, operator dan promoternya disebut sebagai operon. Peristiwa ini bergantung pada
kehadiran atau ketidakhadiran suatu molekul efektor yang disebut sebagai inducersmolekul
efektor (inducer dan co-represor) berlaku sebagai pengikat pada represor.
Pada kasus operon terinduksi, represor bebas terikat pada operator, menonaktifkan
transkripsi. Ketika molekul efektor (inducer) hadir, maka akan terikat pada represor,
melepaskan represor dari operator. Sehingga penambahan inducer dapat mengaktifkan
transkripsi.
Pada kasus represibel operon. Represor bebas tidak daapt mengikat pada operator.
Hanya repressor-molekul efektor (co represor) kompleks aktif terikat pada operaot. Sehingga
transkripso dari struktural gen pada operon represibble dapat aktif jika tidak ada, dan akan
non aktif jika ada co repressor.
Karena produk dari gen regulator yaitu represor, dapat menonaktifkan transkripsi dari
gen struktural, operon meodel. Hal ini disebut sistem kontrol negatif. Pada kontrol positif,
produk dari gen pengatur dibutuhkan untuk mengaktifkan transkripsi.

Gambar 2. Operon model terdiri dari 1 atau lebih gen

struktural (SG1, SG2 dan SG3), operator, dan sekuen
promoter. Promoter operon (PO) adalah tempat
dimana RNA polimerase akan terikat untuk
mengawali transkripsipada gen struktural. Operator
(O) adalah tempat dimana protein represor (produk
dari gen represor) akan terikat.

Gambar 3. Model dari operon induksi. Produk dari gen

regulator gen (R), represor, ketika tidak ada molekul efektor
yang disebut inducer, terikat pada operator. Mencegah RNA
polimerase dari pengikatan ke promotor operon. Sehingga
transkripsi tidak dapat terjadi. Ketika indukser ditambahkan,
akan terikat pada represor, sehingga melepaskan operator (O).
Sehingga membiarkan RNA polimerase terikat pada gen
struktural.

Gambar 4. Model regulasi ekspresi gen untuk represible

operon. Represorhanya terikat pada operator ketika ada molekul
efektor (co-repressor) ketika tidak ada, operator bebas, membiarkan
RNA polimerase untuk terikat pada promoter dan menginisiasi
transkripsi. Ketika co-represor ditambhkan, akan membentuk
kompleks dengan operator sehingga mencegah pengikatan pada PO
dan mentranskrib 3 gen struktural.

lac, Operon Induksi

Lac operon mengandung promoter, operator dan 3 struktural gen yaitu z, y, dan a,
yang mengkode untuk enzim b-galaktosidase, b-galaktosidase permease, dan b-galaktosidase
transetilase. Gen regulasi lac, mengatur gen i yang mengkode reppresor yang mengandung
360 asam amino. Bentuk atif dari lac repressor adala tetramer yang mengandung 4 kopi dari
gen i. Ketidakhadiran induser menyebabkan represor terikat pada sekuen lac operator,
mencegah RNA polimerasi dari pengikatan dengan promoter dan mentranskrip gen struktural.
Sedikit gen z, y, dan a disintesis pada keadaan tidak terinduksi, sehingga terjadi aktivitas
enzim tingkat rendah. Aktivitas ini penting untuk induksi lac operon, karena Iinducer operon,

allolactose, dihadirkan dari reaksi laktosa yang dikatalis oleh b-galaktosidase. Sekali
dibentuk, allolaktose terikat pada represor menyebaban ikatan tersebut dilepaskan dari
operator sehingga menyebabka induces transkripsi pada z, y, a dan gen struktural.

Gambar. Lac operon pada E coli,

operon inducible. Lac operon terdiri dari
3 gen struktural yaitu z, y, dan a dan
promoter (P) dan operator ()) pada gen z.
Gen pengatur i bersebelahan dengan
operon.
Regulator
gen
memiliki
promoternya sendiri (P(i))

Gambar. 2 bentuk fisiologis reaksi

penting yang dikatalis b-galaktosidse 1.
Perubahan dari laktosa ke lac operon dan 2
pembelahan lactosa untuk memproduksi
monosakarida glukosa dan galaktosa.

Gen lac i, operator, dan promoter awalnya diidentifikasi menyumbangkan unit

genetik. Mutasi dengan gen i dan operator menghaslkan sintesis yang berkelanjutan dari
pemanfaatan enzim laktosa. Enzim tersebut adalah i- dan oc. I- dan oc bisa dibedakan tidak
hanya pada posisi map tapi juga perilaku F merozoit yang terletak pada konfigurasi cis dan
trans.
Wild type alel (z , y , dan a), dari tiga gen struktural dominan untuk alel mereka
mutan (z , y , dan a). Dominasi ini diharapkan karena wild type alel menghasilkan enzim
fungsional, sedangkan alel mutan tidak menghasilkan enzim atau rusak (tidak aktif) enzim.
Diploid parsial genotipe juga diinduksi untuk sintesis tiga enzim spesifik oleh operon lac.
Operator konstitutif (Oc) mutasi hanya bertindak cis; yaitu, Oc mutasi mempengaruhi
ekspresi gen struktural hanya mereka yang terletak di kromosom yang sama. Sifat cis dari O
mutasi adalah logis diberikan fungsi operator. O mutasi seharusnya tidak bertindak di trans
jika operator adalah situs pengikatan untuk represor; dengan demikian, operator tidak
menyandikan produk, diffusible atau sebaliknya.
Lac promoter mengandung 2 fungsi komponen 1) RNA polimerase pengikatan dan 2)
tempat pengikatan untuk protein lain disebut catabolis protein aktivator.
Trp, Operon Represible
Trp operon adalah produk dari trpR gen yang tidak berhubungan dengan operon trp.
Absennya triptofan (co-repressor) menyebabkan RNA polimerase terikat pada promoter dan
mentranskrib gen struktural operon. Hadirnya triptofan, co-repressor/repressor terikat pada

operator dan mencegah pengikatan RNA polimerasi pada promoter. Transkripsi trp operon
pada keadaan depressed (ketidak hadiran triptofan) 70 kali dibanding hadirnya triptofan.
Gambar. Organisasi triptofan operon pada E
coli. Operon mengandung 5 gen struktura; yang
mengkode enzim yang tergabung dalam
biosintesis triptofan. trpR gen yang mengkode
trp repressor tidak berhubungan dengan trp
operon. Operator pada trp operon berada di
promary promoter (p1). Terdapat 2 transkripsi
terminasi yaitu t dan t.
Positif Kontrol lac Operon oleh CAP dan Cyclic AMP
Ada fenomena yang disebut represi katabolit (efek glukosa) yang menyusun bahwa
glukosa akan dimetabolis ketika ada sehingga lebih efisien energi. Adanya glukosa dapat
mencegah induksi lac operon. Represi katabolit dari lac operon memdiasi kontrol positif
transkripsi dengan proteinpengatur yang disebut CAP dan molekul effektor kecil yang dsebut
AMP siklis. CAP= cyclic AMP protein). Lac promoter mengontrol 2 pemisahan yaitu 1 untuk
RNA polimerase dan 1 untuk CAP-cAMP kompleks.
Gambar. Sintesis katalis adenilsiklase AMP
siklis dari ATP

Hanya kompleks CAP-cAMP yang terikat pada lac promoter; pada ketidakhadiran
cAMP, CAP tidak dapat terikat. cAMP bertindak sebagai molekul efektor, menentukan efek
adri CAP pada transkripsi lac operon. Konsentrasi cAMP intraseluler bergantung ada glukosa.
Konsentrasi tinggi dapat menyebabkan menurun dengan tajam konsentrasi cAMP. Glukosa
atau metabolit lain dapat menghambat aktivitas adenilsiklase, enzim yang membentuk cAMP
dari ATP. Ketika konsentrasi cAMP turun, CAP tidak dapat mengikat pada lac promoter .
Bagaimana perbedaan operon inducer dan operon represibel?
Pada kasus operon terinduksi, represor bebas terikat pada operator, menonaktifkan
transkripsi. Ketika molekul efektor (inducer) hadir, maka akan terikat pada represor,
melepaskan represor dari operator. Sehingga penambahan inducer dapat mengaktifkan
transkripsi.
Pada kasus represibel operon. Represor bebas tidak daapt mengikat pada operator.
Hanya repressor-molekul efektor (co represor) kompleks aktif terikat pada operaot. Sehingga
transkripso dari struktural gen pada operon represibble dapat aktif jika tidak ada, dan akan
non aktif jika ada co repressor.