Regulasi Ekspresi Gen pada Prokaryot

Resume
Disusun untuk memenuhi tugas Genetika II
Yang dibina oleh Prof. Dr. Siti Zubaidah, M.Pd

Disusun Oleh:
Kelompok
M.B.Murditya (110 341 421 524)
Khairina Novi Amalia (110 341 421 )

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
September 2013
Regulasi Ekspresi Gen pada Prokaryot
Bakteri seperti E.colli adalah mikroorganisme yang secara langsung terekspos ke
lingkungan eksternal yang beraneka ragam kondisinya. Perubahan kondisi lingkungan akan
secara langsung berdampak terhadap aktivitas kehidupan E.colli. Hal ini mengakibatkan
E.colli juga sangat rentan terhadap perubahan kondisi lingkungan. Namun demikian teori
evolusi berlaku dalam menentukan kehidupan berbagai organisme termasuk E.colli ini. hal ini
mengakibatkan hanya strain E.colli yang paling adaptif terhadap perbahan lingkungan inilah
yang dapat hidup. Demikian, disimpulkan bahwa mayoritas organisme prokaryot termasuk
E.colli memiliki kapabilitas atau kemampuan untuk mengadaptasi perubahan lingkungan.
Kemampuan beradaptasi bakteri dan organisme prokariot lain sangat ditentukan oleh
kemampuan mereka untuk menyalakan dan mematikan ekspresi set gen tertentu sebagai
suatu respon spesifik terhadap suatu perubahan tertentu pada lingkungan ekstraselulernya.
Secara singkatnya dapat dinyatakan bahwa organisme prokaryotic memiliki kemampuan
untuk mengatur ekspresi suatu gen tertentu sebagai respon atas sinyal perubahan lingkungan.
Dalam suatu kondisi tertentu, suatu ekspresi dari gen tertentu akan dinyalakan hanya ketika
produk dari ekspresi gen tersebut diperlukan untuk tumbuh pada lingkungan yang
ditempatinya. Kebalikannya adalah apabila produk dari ekspresi suatu gen spesifik tidak lagi
diperlukan untuk tumbuh pada lingkungan yang ditempatinya, maka ekspresi dari gen
tersebut akan dimatikan (dihentikan). Secara jelas dapat terlihat bahwa kemampuan ini akan
sangat meningkatkan daya tahan hidup dari suatu (koloni) bakteri. Dengan mematikan
ekspresi suatu gen pada saat produk dari ekspresi gen tersebut tidak lagi dibutuhkan, maka
organisme prokaryotic dapat menghemat energi yang dimilikinya serta dapat mengalokasikan
jumlah energi yang hendaknya akan digunakan untuk ekspresi gen tersebut ke aktivitas
seluler lain, misalnya pertumbuhan.
Perlu diketahui bahwa regulasi gen yang terjadi pada organisme prokaryotic tidak
dikendalikan melalui mekanisme yang sama. Proses ekspresi suatu gen suatu organisme dapat
diatur (diregulasi) dalam berbagai tingkatan yang berbeda dimana setiap tingkatannya
memiliki mekanisme regulasi yang spesifik juga. Namun, mayoritas proses regulasi genetik
pada organisme prokaryot, diatur menggunakan mode regulasi transkripsi (regulation of
transcription mode). Meskipun demikian tidak menutup adanya mekanisme regulasi genetik
lain yang terjadi pada organisme prokaryot.
Seperti yang telah dijelaskan diatas bahwa mayoritas proses regulasi genetik pada
organisme prokaryot, diatur menggunakan mode regulasi transkripsi (regulation of
transcription mode). Maka berdasarkan hal tersebut setidaknya terdapat dua tipe mekanisme
umum yang termasuk dalam mode regulasi transkripsi (regulation of transcription mode),
yakni hidup-mati ekspresi gen sebagai respon cepat terhadap perubahan lingkungan (rapid
turn-on and turn-off of gene expressions in response to environmental changes) dan pra-
pemprograman sirkuit ekspresi gen (preprogrammed circuit of gene expression). Pertama
mekanisme hidup-mati ekspresi gen sebagai respon cepat terhadap perubahan lingkungan
(rapid turn-on and turn-off of gene expressions in response to environmental changes)
merupakan mekanisme dimana suatu set protein regulator dapat berperan secara instan
sebagai saklar yang menghidupkan atau mematikan ekspresi suatu gen berdasarkan rangsang
kimawi atau fisis yang diterimanya dari lingkungan ekstraseluler. Kedua adalah mekanisme
pemprograman sirkuit ekspresi gen (preprogrammed circuit of gene expression). Mekanisme
ini adalah mekanisme dimana produk ekspresi dari suatu gen secara bergantian saling
mematikan dan menyalakan transkripsi gen yang lain. Pada prokaryot hal ini sering terjadi
apabila prokaryot tersebut terinfeksi oleh virus, namun pada eukaryotic khususnya yang multi
seluler, hal ini merupakan hal yang normal terjadi.

Induksi dan Represi pada Prokaryotik

Pada kondisi normal, dalam tubuh suatu organisme prokaryot terdapat gen-gen yang
secara terus menerus terekspresi dan ada pula yang gen yang terekspresi pada saat-saat
tertentu saja. Gen yang selalu dan secara berkelanjutan terekspresi pada suatu sel ini disebut
sebagai gen penjaga rumah (housekeeping genes). Sedangkan gen yang terekspresi pada
saat-saat tertentu atau secara konstitutif disebut sebagai gen konstitutif (constitutive genes).
Gen konstitutif ini mengkodekan produk gen yang hanya dibutuhkan pada saat-saat tertentu
saja, maka dari itu gen konstitutif ini harus diregulasi secara ketat. Melalui evolusi yang
terjadi di alam, organisme prokaryotik telah dapat meregulasi gen-gen konstitutif ini sehingga
gen tersebut hanya akan terekspresikan pada saat benar-benar sangat dibutuhkan.
Secara alami organisme prokaryotic mengembangkan dua cara untuk mengendalikan
ekspresi gen konstitutif ini, yakni melaui meknsime indusibel dan mekanisme represibel.
Mekanisme indusibel atau peristiwa induksi adalah peristiwa dimana ekspresi suatu gen
dinyalakan sebagai akibat adanya suatu senyawa substrat tertentu pada lingkungan
ekstraseluler, demikian sehingga ekspresi gen tersebut akan dimatikan jika dan hanya jika
senyawa substrat yang dimaksud telah hilang (tidak terdapat) dari lingkungan ekstraseluler.
Sedangkan mekanisme represibel atau peristiwa represi adalah peristiwa ekspresi suatu gen
dinyalakan sebagai akibat dari tidak adanya suatu senyawa substrat tertentu pada
lingkungan ekstraseluler, demikian sehingga ekspresi gen tersebut akan dimatikan jika dan
hanya jika senyawa substrat yang dimaksud telah ditemukan (terdapat/ditambahkan) pada
lingkungan ekstraseluler. Sebagai contoh dari mekanisme indusibel adalah operon lac
(lactose) sedangkan mekanisme represibel dicontohkan oleh operon trp (tryptophan).

Model Operon
Pada tahun 1961, F.Jacob dan J.Monod menemukan suatu set sekuens gen yang saling
berdekatan dan tersusun dalam urutan spesifik serta berfungsi untuk mengatur ekspresi gen
konstitutif. Set sekuens gen tersebut disebut sebagai operon. Secara umum operon ini
tersusun atas empat sekuens gen yakni regulator, promoter, operator, gen structural. Regulator
merupakan sequens gen yang mengkodekan protein repressor, protein repressor ini jika
berikatan dengan operator dari suatu gen maka proses transkripsi gen tersebut tidak akan
terjadi. Hal ini dikarenakan ikatan antara protein repressor dengan sekuens gen operator akan
menyebabkan RNA Polimerase tidak dapat menempel pada promoter, sehingga RNA
polymerase tidak akan dapat mentraskripsi gen struktural. Operator ini biasanya terletak
diantara promoter dan gen struktural.
Ketika protein repressor berikatan dengan operator maka menyala dan matinya
proses trankripsi suatu gen ditentukan oleh ada dan tidaknya molekul kecil yang disebut
sebagai molekul efektor. Keberadaan dan ketiadaan molekul efektor pada lingkungan intra
maupun ekstraseluler akan sangat berpengaruh terhadap aktif tidaknya protein repressor.
Apabila repressor ditemukan dalam kondisi aktif jika tidak ada molekul efektor pada
lingkungan intra dan ekstraseluler, maka protein repressor tersebut bekerja dengan prinsip
indusibel. Artinya protein repressor hanya mampu berikatan dengan operator jika dia
diketemukan dalam kondisi bebas (tidak berikatan dengan molekul efektor), apabila ia
ditemukan berikatan dengan molekul efektor maka ia tidak dapat berikatan dengan operator.
Operon yang memiliki protein repressor yang bekerja secara indusibel disebut sebagai operon
indusibel. Sedangkan apabila repressor ditemukan dalam kondisi aktif jika ada molekul
efektor pada lingkungan intra dan ekstraseluler, maka protein repressor tersebut bekerja
dengan prinsip represibel. Artinya protein repressor hanya mampu berikatan dengan operator
jika dia diketemukan dalam kondisi berikatan dengan molekul efektor, apabila ia ditemukan
tidak berikatan dengan molekul efektor maka ia tidak dapat berikatan dengan operator.
Operon yang memiliki protein repressor yang bekerja secara represibel disebut sebagai
operon represibel. Contoh dari operon indusibel adalah operon lac (lactose), sedangkan
contoh dari operon represibel adalah operon trp (tryptophan).
Operon Lac, Sebuah Operon Indusibel
 Jacob dan Monod merumuskan konsep operon berdasarkan penelitian mereka
mengenai operon lac pada E.colli. Operon lac tersusun atas sebuah promoter, sebuha operator
dan tiga buah gen structural yakni gen z, y, dan a, dimana ketiga gen ini mengkodekan enzim
-galaktosidase, -galaktosidase permease dan -galaktosidase transasetilase. -galaktosidase
berfungsi untuk memecah laktosa menjadi glukosa dan galaktosa, -galaktosidase permese
merupakan pompa protein yang memasukkan laktosa kedalam sel, sedangkan -galaktosidase
transasetilase, memiliki fungsi yang belum diketahui. Operon lac ini memiliki gen regulator
yang disebut dengan gen i. Protein represor dari operon lac yang dikodekan oleh gen I akan
menjadi inaktif apabila berikatan dengan allolactosa sebagai molekul efektornya (induser).
Allolactosa merupakan derivat laktosa yang dihasilkan dari reaksi pemecahan laktosa oleh
enzim -galaktosidase. Saat berikatan dengan alolactosa protein repressor akan inaktif dan
melepaskan ikatannya dengan operator sehingga proses transkripsi gen structural operon lac
dapat dilakukan.

Pertanyaan :
1. Jelaskan perbedaan antara mekanisme induksi dengan enzyme activation?
2. Jelaskan kemungkinan yang terjadi apabila terjadi mutasi pada sekuens operator dan
sekuens gen regulator dari suatu operon?
3. Jelaskan dampak mutasi gen y pada operon lac terhadap metabolism laktosa pada
E.colli?
Jawaban :
1. Peristiwa represi berkait erat dengan aktivitas transkripsi dari suatu gen pengkode
suatu enzim, dalam hal ini pengaktivasian dan penginaktivasian protein repressor
yang melekat pada operator dari suatu operon indusibel (mis. Operon lac) akan
berdampak pada pengikatan laju transkripsi dari gen tersebut yang secara langsung
akan berdampak pada peningkatan kuantitas enzim atau protein yang merupakan
produk dari gen tersebut. Sedangkan peristiwa enzyme activation tidak mutlak harus
berkaitan dengan peningkatan atau penurunan laju transkripsi dari suatu gen, selain itu
peristiwa ini juga tidak menyebabkan bertambahnya kuantitas enzim yang teraktivasi
tersebut di dalam sel. Sebab pada intinya enzyme activation adalah hanya peristiwa
pengaktivasian enzim yang semula telah ada didalam sel namun masih dalam kondisi
inaktif dan bukan merupakan peristiwa pensintesisan enzim baru.
2. Mutasi pada sekuens gen operator pada suatu operon akan mengakibatkan sekuens
tersebut tidak dapat dikenali oleh protein repressor sehingga transkripsi dari gen
structural yang dimiliki oleh operon tersebut berlangsung secara terus menerus.
 Mutasi pada sekuens gen regulator dapat menyebabkan dua kemungkinan.
Kemungkinan pertama yakni mutasi pada gen regulator tersebut akan menyebabkan
terbentuknya protein repressor dengan struktur konfigurasi dan konformasi yang tidak
berligan komplemen dengan sekuens operator sehingga protein repressor tidak dapat
berikatan dengan operator dan menyebabkan den structural dari suatu operon terus-
menerus terekspresi. Kemungkinan kedua adalah protein repressor memiliki ligan
yang berkomplemen dengan sekuens operator, namun demikian protein repressor
tersebut tidak memiliki ligan yang berkomplement dengan molekul efektor sehingga
molekul efektor tidak dapat berikatan dengan protein reseptor, yang mengakibatkan
operon tersebut selalu dalam kondisi inaktif.
3. Gen y pada operon lac mengkodekan produksi enzim -galaktosidase permease yang
berfungsi sebagai pompa protein yang bertugas mengalirkan laktosa dari lingkungan
ekstraseluler ke sitoplasma. Kerusakan pada gen ini akan mengakibatkan disfungsi
enzim -galaktosidase permease yang akan mengakibatkan laktosa tidak dapat masuk
ke dalam sel, demikian juga maka allolaktosa tidak bisa terbentuk sehingga
mengakibatkan operon lac tersebut tetap dalam kondisi inaktif.