INDUKSI dan REPRESI PADA PROKARIOT

Produk gen secara pasti, seperti molekul t-RNA, molekul rRNA, protein
ribosomal, komponen RNA polimerase (polieptida) dan enzim lain yang
mengkatalisis proses metabolisme sering kali berfungsi sebagai “housekeepping”
hampir disemua kehidupan sel.E.coli dan kebanyakan bakteri lain, mampu
tumbuh menggunakan salah satu karbohidrat (glukosa, sukrosa, galaktosa,
arabinosa, laktosa) sebagai sumber energi. Jika glukosa hadir di lingkungan, hal
tersebut menjadi metabolisme istimewa bagi sel E.coli karena walaupun tidak ada
glukosa, sel E.coli dapat tumbuh sangat baik dengan karbohidrat yang lain. Sel
tumbuh pada medium yang mengandung gula laktosa, contohnya karbon menjadi
sumber sintesis 2 enzim, β-galaktosidase dan β-galaktosida permease, yang sangat
dibutuhkan untuk katabolisme laktosa. (Enzim ketiga, β-galaktosida
transacetylase juga disintesis. Tidak diketahui fungsi metabolismenya). β-
galaktosidase mengubah laktosa menjadi glukosa dan galaktosa, dan β-
galaktosidase permease memompa β-galaktosida ke dalam sel. Tidak ada enzim
yang berfungsi di sel E.coli jika di lingkungan tidak mengandung laktosa. Sintesis
2 enzim tentu saja membutuhkan pemanfaatan energi (dari ATP dan GTP). Sel
E.coli mempunyai mekanisme pengaturan oleh sintesis enzim katabolisme laktosa
yang diaktifkan saat ada kehadiran laktosa dan tidak aktif saat tidak ada laktosa.
Di lingkungan alami (saluran usus dan pembuangan), sel E.coli mengalami
ketidakhadiran glukosa dan kehadiran laktosa lebih banyak sehingga sebagian
besar, kode gen E.coli untuk enzim pembawa laktosa tidak diekspresikan. Jika sel
tumbuh di lingkungan yang hanya mengandung sumber karbon, mereka dengan
cepat mulai mensintesis enzim yang dibutuhkan untuk laktosa. Proses ini
merupakan ekspresi gen yang aktif atau menyala untuk respon terhadap
lingkungan yang disebut induksi. Gen yang memiliki ekspresi yang diregulasi
disebut inducible gen, produk mereka, jika enzim disebut inducible enzymes.
Zat kimia atau molekul yang bertanggung jawab untuk induksi diketahui sebagai
inducer.
Enzim yang terlibat katabolik (degradative) seperti laktosa, galaktosa atau
arabinosa termasuk karakteristik inducible akan menjadi terlihat di wilayah yang
diikuti di cabang induksi yang terjadi pada tingkat transkripsi. Hal tersebut
mengubah laju sintesis enzim, bukan aktifitas dari molekul yang ada. Induksi
seharusnya tidak dipengaruhi oleh enzyme activation, yang terikat molekul kecil
ke enzim penambahan aktifitas enzim (tetapi tidak mempengaruhi laju sintesis
mereka).
Bakteri memiliki kapasitas metabolisme untuk mensintesis lebih molekul
organik (seperti asam amino, purin dan vitamin) yang dibutuhkan untuk
pertumbuhan mereka. Sebagai contoh, E.coli mempunyai 5 kode gen untuk enzim
yang dibutuhkan dalam sintesis triptofan. Lima gen tersebut harus diekspresikan
di pertumbuhan sel E.coli dalam lingkungan tanpa triptofan untuk menyediakan
cukup banyak asam amino untuk sintesis protein. Ketika sel E.coli muncul di
lingkungan yang mengandung cukup konsentrasi triptofan untuk mendorong
pertumbuhan yang optimal, kelangsungan sintesis enzim biosintesis triptofan akan
membuang banyak energi, karena bakteri sudah mempunyai kapasitas untuk
mengambil triptofan luar. Mekanisme regulasi yang berkembang di E.coli oleh
sintesis enzim biosintetik triptofan tidak aktif ketika triptofan hadir di lingkungan
eksternal. Proses menonaktifkan ekspresi dari gen disebut repression. Gen yang
ekspresinya dinonaktifkan disebut repressed; ketika ekspresi tersebut aktif, gen
pada tipe ini disebut derepressed. Repression seperti induksi terjadi pada tingkat
transkripsi.

Model Operon
Mekanisme induksi dan repression dari ekspresi gen digambarkan di tahun
1961 ketika F. Jacob dan J. Monod mengusulkan model operon untuk menjelaskan
regulasi gen yang mengkode enzim yang dibutuhkan untuk pemanfaatan laktosa
dalam E.coli.Jacob dan Monod mengusulkan bahwa transkripsi dari satu atau
sekumpulan gen struktural berdekatan (gen kode untuk polipeptida) diatur oleh 2
elemen pengendali. Salah satu elemen ini yang disebut regulator (atau gen
repressor), kode untuk protein yang disebut repressor, di bawah kondisi yang
telah sesuai, represor berikatan dengan elemen kedua, operator (atau rangkaian
operator).Operator selalu terletak berdekatan dengan gen struktural atau gen yang
mengekspresikan regulasi tersebut. Ketika repressor terikat ke operator,
transkripsi gen struktural tidak dapat terjadi. Pengikatan represor ke
operatormencegah RNA polimerase terikat pada situs promotor (RNA polimerase
sisi terikat) yang selalu berada berdekatan dengan (atau bahkan tumpang tindih)
urutan operator. Operator biasanya terletak diantara promotor dan gen struktural.
Promotor telah terbukti menjadi komponen penting dari sebuah operon. Unit
bersebelahan lengkap, termasuk gen struktural atau gen operator dan promotor
disebut operon.
Apakah represor akan berikatan dengan operator dan mematikan transkripsi
gen struktural dalam operon ditentukan oleh ada atau tidaknya moleklul efektor
(molekul kecil seperti asam amino dan gula) di lingkungan. Dalam kasus induksi
operon, molekul efektor ini disebut inducers. Mereka aktif di operon repressible
yang disebut co-represor. Molekul efektor ini (inducer dan co-represor) bertindak
dengan mengikat (atau membentuk komplek) repressor.
Satu-satunya perbedaan penting antara induksi operon dan repressible
operon yaitu apakah represor telanjang atau komplek molekul represor-efektor
aktif dalam mengikat operator. (1) Dalam kasus induksi operon, represor bebas
berikatan dengan operator, mematikan transkripsi. Ketika molekul efektor
(inducer) hadir, ia mengikat represor, melepaskan represor dari operator yaitu
represor-inducer komplek tidak berikatan dengan operator. Dengan demikian,
penambahan inducer aktif atau induksi transkripsi dari gen struktural di operon.
(2) Dalam kasus repressible operon, situasinya terbalik. Represor bebas tidak
dapat berikatan dengan operator. Hanya molekul represor-efektor (co-represor)
komplek yang aktif mengikat operator. Demikian transkripsi gen struktural dalam
repressible operon aktif apabila tidak hadir dan tidak aktif bila ada kehadiran
molekul efektor (co-represor). Kecuali untuk perbedaan ini dalam perilaku
operator pengikat repressor, induksi dan repressible operon sebanding.
Transkripsi mRNA tunggal membawa informasi pengkodean dari seluruh
operon. Dengan demikkian, mRNA dari operon terdiri lebih dari satu gen
struktural poligenik. Misalnya, operon mRNA triptofan dari E.Coli merupakan
makromolekul besar yang membawa urutan koding yang menentukan 5
polipeptida yang berbeda. Karena kontranskripsi mereka, semua gen struktural
dalam operon yang terkoordinasi diekspresikan.Karena produk dari regulator gen
represor, tindakan dengan mematikan transkripsi gen struktural, model operon
yang diusulkan oleh Jacob dan Monod disebut sebagai sistem kontrol negatif.
Dalam sistem kontrol positif, produk regulator gen diperlukan untuk
mengaktifkan transkripsi.

Lac, an Inducible Operon

Jacob dan Monod, lebih lanjut mengetahui tentang lac operon dari operon
yang lain. Lac operon mengandung promoter, sebuah operator dan 3 gen
struktural, z, y dan a, kode untuk enzim β-galaktosidase, β-galaktosidase permease
dan β-galaktosida transasetilase, berturut-turut. Β-galaktosida permease
memompa laktosa ke sel, dimana β-galaktosida memotong laktosa menjadi
glukosa dan galaktosa. Fungsi dari transasetilase belum diketahui dengan jelas.
Gen lac regulator, menandakan i gen, kode untuk represor 360 asam amino
panjang. Ketidakhadiran inducer, represor berikatan dengan rantai lac operator,
mencegah RNA polimerase berikatan dengan promotor dan merekam gen
struktural. Laci gen, operator dan promotor semua awalnya diidentifikasi secara
genetik dengan isolasi mutasiunit-unit genetik yang membuat mereka berfungsi.
Mutasi gen i dan operator sering mengakibatkan sintesis memanfaatkan enzim
laktosa. Promotor mutasi tidak mengubah inducibility dari operon lac, sebaliknya
mereka memodifikasi tingkat ekspresi gen di wilayah yang diinduksi dengan
mengubah frekuensi inisiasi lac operon transkripsi (efisiensi RNA polimerase
mengikat).Promotor lac sebenarnya mengandung dua komponen fungsional yang
berbeda. (1)Situs RNA polimerase yang mengikat dan (2) situs pengikatan protein
lain, yang disebut katabolit activator protein (disingkat CAP) berfungsi seperti lac
operon tidak menuliskan adanya glukosa pada konsentrasi yang cukup untuk
mendukung pertumbuhan optimal. Rangkaian kontrol kedua ini menjamin
pemanfaatan preferensial glukosa sebagai sumber energi bila tersedia.

Trp, suatu Operon yang repressible

Operon Trp (tryptophan) E. coli diketahui sebagai repressible operon.
Organisasi lima struktur gen dan rangkaian regulator yang berdekatan dari operon
trp telah dianalisis dengan rinci oleh Charles Yanofsky dan kawan-kawan.
Repressor(penekan) Operon trp merupakan produk dari gen trpR, yang tidak
terkait dekat dengan operon trp.
Dalam ketiadaan tryptophan (co-repressor), RNA polymerase mengikat
bagian promoter dan mentranskripsi struktur gen operon. Dengan adanya
tryptophan kompleks co repressor/repressor mengikat bagian operator dan
mencegah pengikatan RNA polymerase terhadap promoter.
Rata-rata transkripsi operon trp pada bagian yang menekan (tidak ada
tryptophan) yaitu 70 kali rata-rata yang terjadi dalam bagian yang menekanan
kembali (ada tryptophan). Dalam mutan trpR yang tidak bisa membuat repressor,
rata-rata sintesis enzim tryptophan biosintetik masih direduksi sekitar 10 kali lipat
oleh tryptophan tambahan kedalam medium. Reduksi terjadi pada level kedua dari
regulasi ekspresi operon trp yang disebut attenuasi. Attenuasi terjadi oleh
penghentian tryptophan termediasi pada proses transkripsi dalam bagian trpL
(yang memimpin mRNA) dari operon.

Kontrol positif dari Lac Operon oleh CAP dan AMP Siklis
Model Operon, oleh Jacob dan Monod ditujukan untuk menjelaskan induksi
dari biosintesis dari enzim yang dilibatkan dalam pemanfaatan laktosa ketika gula
ini ditambahkan ke medium tempat tumbuhnya sel-sel E. coli. Adanya glukosa,
diketahui untuk mencegah induksi dari lac operon, sebaik enzim pengontrol
operon lain yang dikandung di dalam katabolisme karbohidrat (misalnya operon
arabinosa dan galaktosa). Kejadian ini disebut represi katabolit (atau efek
glukosa), yang dengan jelas berkembang untuk memastikan bahwa glukosa
dimetaboliskan ketika tersedia, dalam pilihan lain kurang efisien, sumber energi.
Represi katabolit dari lac operon sekarang dikenal untuk dimediasi oleh
kontrol positif dari transkripsi oleh suatu pengatur (regulator) protein yang disebut
CAP (Catabolit Activator Protein) dan suatu efektor mollekul kecil yang disebut
AMP siklik (adenosa-3’-5’-fosfat). CAP biasanya juga disebut protein reseptor
AMP siklik. Seperti yang telah disebutkan sebelumnya lac promotor mengandung
dua sisi yang mengikat terpisah. (1) satu untuk RNA polimerase dan (2) satu lagi
untuk CAP-cAMP kompleks.
 CAP-cAMP kompleks harus diikat terhadap sisi ikatannya dalam lac
promotor dalam urutan operon untuk diinduksi. CAP-cAMP kompleks
menggunakan kontrol positif selama transkripsi lac operon. Meskipun mekanisme
pesis dari CAP-cAMP menstimulasi RNA polimerase mengikat promotor masih
tidak pasti, kontrol positifnya transkripsi lac operon dengan kuat dibuat dengan
eksperimen in vivo dan invitro.CAP dikenal memiliki fungsi sebagai dimer seperti
lac reseptor, ia multimerik dalam bigian fungsionalnya.
Hanya CAP-cAMP kompleks mengikat lac promotor, jika cAMP tidak ada
maka, CAP tidak mengikat. cAMP berperan sebagai molekul efektor, menentukan
efek CAP pada transkripsi lac operon. Konsentrasi Intraseluler cAMP peka
terhadap ada atau tidak adanya glukosa. Konsentrasi tinggi glukosa menyebabkan
penurunan tajam pada konsentrasi intraseluler cAMP.

Kompleks Regulasi ara Operon

Hampir semua rincian tentang mekanisme lac dan trp operon diregulasi
diketahui dan didukung oleh suatu data eksperimental yang ekstensif.
Bagaimanapun operon lain seperti arabinosa (ara) operon dari E. Coli
menghambat lebih banyak pola kompleks regulasi yang masih tidak dipahami
secara lengkap. Pada lac dan trp operon, hasil regulator gen, reseptor, berfungsi
dengan cara negative menghentikan transkripsi operon. Di sisi lain CAP
mendesak suatu kontrol positif selama lac operon dengan menstimulasi transkripsi
operon. Protein regulator ara operon menunjukkan efek positif dan negatif
regulator pada transkripsi gen struktural dari operon tergantung pada kondisi
lingkungan. Komponen regulator yang mengontrol transkripsi ara operon
termasuk satu elemen yang berperan dari suatu jarak di atas 200 pasang
nukleotida dari promotor yang membantu dalam mengontrol.
Arabinosa operon dari E. coli mengandung tiga srtuktur gen (araB, araA,
dan araD) yang mengode tiga enzim dalam katabolisme arabinosa. Ketiga gen ini
berlawanan pada satu mRNA yang dimulai pada promotor yang disebut
PBAD( transpor aktif arabinosa ke sel yang dibawa keluar oleh produk gen araE,
araF, dan araG). Mayor protein regulator dari ara operon (protein araC)
diproduksi dari transkripsi yang dimulai pada promotor yang disebut P c. Promotor
Pc ini hanya sekitar 100 pasang nukleotida dari PBAD, tetapi kedua promotor
memulai transkripsi dengan arah yang berlawanan. Protein araC bertindak sebagai
regulator negatiif (represor) dari transkripsi struktur gen araB, araA, dan araD dari
promotor PBAD dalam ketidak adaan arabinosa dan cAMP. Ia berperan sebagai
regulator positif (aktivator) transkripsi gen dari promotor PBAD ketika ketika
arabinosa dan cAMP ada. Sejak ara operon sebagai subjek untuk katabolisme
represi seperti lac operon dan sebagai kontrol positif oleh CAP dan cAMP,
induksi ara operon tergantung pada efek regulator positif dari dua protein, yaitu
araC protein dan CAP. Sisi yang mengikat dua protein dan untuk RNA polimerase
muncul pada suatu bagian di ara operon u=yang disebut araI ( I untuk Induksi),
yang berada antara tiga struktur gen operon dan regulator gen (araC).
Penemuan megejutkan bahwa represi ara operon tergantung pada ikatan
protein araC pada suatu sisi yang disebut ara O2 ( O untuk Operator, 2 karena ia
merupakan ara operator kedua yand diidentifikasi) yang berada 211 pasang
nukleotida ke hulu (relatif terhadap arah transkripsi P BAD) dari sisi ikatan protein
araC dalam araI. Sekarang ini diterima modelrepresi ara operon yaitu protein araC
harus berikatan ( sebagai dimer) pada sisi araI dan araO 2, dan protein ini kemudian
mengikat sesamanya dari suatu DNA loop.
Ketika struktur loop terbentuk . ia harus mencegah atau mengganggu
dengan mengikat RNA polimerase pada promotor yang berdekatan (PBAD) dari
operon. Dalam adanya arabinosa dan cAMP, ara operon diinduksi. Dalam kondisi
ini, protein araC terlihat menjadi aktivator transkripsi ooperon. Rincian dari
mekanisme oleh arabinosa menyebabkan protein araC menjadi positif regulator
dari transkripsi operon masih tidak jelas. Kadang, kompleks arabinosa-protein
araC dan kompleks cAMP-CAP harus membuka ikatan loop oleh ikatan pada sisi
araI mereka. Dalam hal ini, harus mengizinkan RNA polimerase untuk mengikat
sisi PBAD dan memulai transkripsi struktur gen ara.

Represi Lambda Profage Selama Lisogeni

Ketika bakteriofage seperti Lambda ada di profage sel lisogenik, gen
pengkode produk yang terlibat pada jalur litik yaitu, gen pengontrol fage replikasi
DNA, fage morfogeneis, dan lisis sel inang. Ini dilakukan dengan rute repressor –
operator – promoter, seperti yang terlibat dalam operon bakteri. Gen C 1 dari fage
lambda mengkode untuk repressor yang dicirikan dengan adanya protein dengan
berat molekul 27.000, yang mana pada dimer atau tetramer mengikat dua area
operator yang mengontrol transkripsi dari gen lambda dan terlibat dalam
pertumbuhan litik. Dua area operator tersebut yaitu OL (untuk transkripsi arah ke
kiri) dan OR (untuk transkripsi arah ke kanan), yang tumpang tindih dengan rantai
promoter yang fungsinya untuk mengikat RNA polymerase dan menginisiasi
transkripsi dari gen yang mengendalikan perkembangan litik. Dalam hal ini
repressor berikatan dengan dua operator, RNA polymerase tidak dapat mengikat
dua promoter, oleh karena itu inisiasi tidak terjadi. Dengan demikian fage gen
disimpan dalam keadaan dorman, dan profage tersebut akan ditransfer dari sel
induk inang ke generasi sel keturunannya.
Pada area operator dan promoter dari fage lambda, diketahui bahwa setiap
operator terdapat tiga sisi ikatan repressor yang ketiganya memiliki kesamaan
namun tidak identik, dan disetiap rantai terdapat 17 pasang nukleotida. Interaksi
antara resepressor lambda dengan rantai DNA O LPL dan ORPR menjelaskan
bagaimana gen profage lambda dipertahankan pada wilayah repressed.
Mekanisme ini memungkinkan adanya kerja sama antara perkembangan litik dan
perkembangan lisogenik setelah adanya infeksi sel E. coli oleh fage lambda secara
kompleks dan banyak, dengan menyertakan interaksi beberapa gen lambda yang
lain.

KONTROL DARI OPERON trp OLEH ATTENUATION

Repression dan derepression dapat mengubah tingkat ekspresi struktural
gen operon trp sampai 70 fold. Terdapat level kedua dari regulasi ekspresi operon
trp. Pada mutan trpR tidak dapat membentuk repressor, penambahan triptofan ke
dalam kultur sel dimana ketiadaan triptofan tersebut menyebabkan penurunan
sebanyak 8-10 fold sewaktu proses sintesis. Delesi yang memindahkan sebagian
dari area trpL, menyebabkan peningkatan ekspresi dari operon trp. Delesi tersebut
memberikan efek repression independent pada kedua area (area repressed dan area
depresed). Level kedua dari regulasi operon trp dinamakan attenuation, dan rantai
yang mengandung trpL yang mengontrol fenomena tersebut dinamakan
attenuator. Attenuation terjadi dengan kontrol dari terminasi transkripsi di sebuah
area mendekati akhir rantai mRNA.
Area attenuator memiliki pasangan nukleotida pada rantainya untuk sinyal
terminasi transkripsi (lebih banyak pasangan basa G-C dan sedikit A-T).
Transkripsi dengan sinyal terminasi tersebut menghasilkan RNA yang memiliki
potensi untuk membentuk struktur ikatan hidrogen “hairpin” dan beberapa basa
U. Rantai nukleotida dari attenuator mampu lebih awal mengakhiri transkripsi
operon trp, hal ini juga dipengaruhi ada tidaknya triptofan.

UMPAN BALIK PENGHAMBAT DAN ENZIM ALOSTERIK

Pada bakteri yang mentranskripsi gen pengkode enzim yang digunakan
untuk jalur biosintesisnya dikatakan repressed ketika produk akhir dari jalur
biosintesis tersebut muncul di medium tempat sel itu tumbuh. Munculnya produk
akhir (histidin atau triptofan) dalam konsentrasi yang cukup secara berkelanjutan
dapat menghasilkan penghambat untuk enzim di jalur biosintesis, fenomena ini
dinamakan timbal balik penghambat atau produk akhir penghambat. Timbal balik
penghambat dengan sensitif enzim diperlihatkan dengan adanya produk akhir
berupa binding site (tempat pengikatan). Pada pengikatan akhir produk, seperti
enzim yang mengalami perubahan bentuk dinamakan allosteric transition yang
mengurangi daya tariknya terhadap substrat. Protein yag mengalami perubahan
bentuk dinamakan allosteric protein.

RANTAI SEMENTARA EKSPRESI GEN SELAMA INFEKSI FAGE

Meskipun virus bakteri yang berbeda menunjukkan variasi yang spesifik
dalam mekanismenya, namun secara umum gambarannya sama. Satu set fage gen,
yang dinamakan gen “early” diekspresikan segera setelah infeksi. Produk dari satu
atau lebih gen “early” bertanggung jawab untuk mematikan gen “early” tersebut
dan segera mengekspresikan set gen selanjutnya, dan begitu seterusnya. Regulasi
dari rantai ekspresi gen selama infeksi fage terjadi terutama pada saat transkripsi.
Pertanyaan:
1. Apakah mungkin Induksi dan Repression dalam sel E.coli terjadi secara
bersamaan? Beri penjelasan.
 Menurut saya ada kemungkinan induksi dan repression dalam sel E.coli
terjadi secara bersamaan dikarenakan terjadinya kedua proses tersebut
bergantung pada lingkungan dimana bakteri tersebut tumbuh. Mungkin
saja bakteri tersebut tumbuh di lingkungan yang sedikit mengandung
sumber laktosa namun mengandung cukup konsentrasi triptofan sehingga
perlu adanya induksi untuk mensintesis enzim laktosa dan perlu repression
untuk menonaktifkan sintesis enzim triptofan sehingga E.coli dapat
tumbuh secara optimal.

2. Sebutkan contoh dari represi katabolik! Mengapa demikian?

 Ketika laktosa ditambahkan ke medium tempat tumbuhnya sel-sel E. coli.
Adanya glukosa yang diketahui untuk mencegah induksi dari lac operon,
sebaik enzim pengontrol operon lain yang dikandung di dalam
katabolisme karbohidrat (misalnya operon arabinosa dan galaktosa). Hal
terbut dapat terjadi sebab adanya suatu kontrol positif dari transkripsi oleh
suatu pengatur (regulator) protein yang disebut CAP (Catabolit Activator
Protein) dan suatu efektor molekul kecil yang disebut AMP siklik
(adenosa-3’-5’-fosfat).

3. Apa tujuan dari profage lambda melakukan represi?

 Profage lambda melakukan represi karena ingin tetap berapa pada fase
lisogeni (tidak mengalami lisis). Caranya repressor akan berikatan dengan
dua operator, sehingga RNA polymerase tidak dapat mengikat dua
promoter, oleh karena itu inisiasi transkripsi juga tidak terjadi. Dengan
demikian fage gen disimpan dalam keadaan dorman (tidak lisis), dan
profage tersebut akan ditransfer dari sel induk inang ke generasi sel
keturunannya.