Kelompok 12

Nama : Dyan Listiana (150342602064)

Qurin Nikmaturrohana (150342606771)
Offering: G
RQA REGULASI EKSPRESI GEN PADA PROKARIOT

Induksi dan Represi pada Prokariot

Gen konstitutif merupakan gen yang diekspresikan secara konstitutif yang mana
produk gen seperti molekul tRNA, molekul rRNA, protein ribosom, komponen polimerase
RNA (polipeptida) dan enzim lainnya diekspresikan terus menerus. Namun, terdapat evolusi
mekanisme pengaturan yang melakukan sintesis produk ketika dibutuhkan saja. Orgnisme
seperti bakteri ataupun virus telah mampu mengendalikan ekspresi gen seingga lebih efisien.
Suatu contoh pada Escherichia coli yang mampu hidup dengan baik, kemmapuannya
yang dapat hidup pada salah satu dari bebrapa turunan karbohidrat, diantaranya gukosa,
sukrosa, galaktosa, arabinosa dan laktosa. Ketika berada pada habitat salah satu dari turunan
karbohidrat yang tidak dibutuhkan, maka E. coli akan mensintesis atau mengubah monomer/
turunan karbohidrat tersebut sehingga sesuai dengan yang dibutuhkan.

Ketika berada di lingkungan alaminya dalam kondisi kurang glukosa dan cukup
laktosa, maka set gen yang mengkodekan enzim yang berperan dalam pembentukan laktosa
tidak diekspresikan. Sedangkan ketika E. coli dari lingkungan yang mengandung karbohidrat
selain laktosa, kemudian dipindahkan ke lingkungan laktosa sebagai sumber karbon satu-
satunya dengan kondisi kaya akan laktosa akan menginduksi satu set gen untuk
mengekspresikan suatu enzim untuk memenuhi kebutuhan glukosa dengan cara mengubah
lktosa menjadi glukosa. Inilah yang dinamakan induksi, dimana proses diaktifkannya (turn
on) ekspresi gen sebagai respon terhadap substansi lingkungan luar.
Represi yang mana ekspresi suatu gen di matikan (turn off). Misalnya pada kehidupan
E. coli yang membutukan suatu triptofan dalam konsentrasi cukup dalam mendukung
pertumbuhan optimalnya, sehingga E. coli perlu memproduksi triptofan namun apabila dalam
lingkungannya telah tersedia triptofan maka set gen e coli yang mensintesis triptofan
dimatikan atau ditekan (turn off), inilah yang dimaksud dengan represi, sebaliknya apabila
suatu lingkungan kekurangan triptofan maka set gen yang telah dimatikan tadi akan
diaktifkan kembali (turn on), ini disebut dengan depresi.

Model Operon
Komponen operon berupa satu atau lebih gen struktural, operator dan sekuen
promotor. Komponen gen struktural berupa SG1, SG2 dan SG3. Suatu transkripsi satu set gen
struktural berdampingan dikendalikan dua elemen pengendali, yaitu gen regulator dan
operator. Operator selalu berada bersebelahan dengan gen struktural atau gen yang
ekspresinya diatur.
Apabila represor berikatan dengan operator , maka gen struktural tidak bisa melakukan
transkripsi, sebab RNA polimerase tidak dapat berikatan dengan promotor (karena
dicegah).
Pengikatan represor terhadap operator ditentukan oleh ada tidaknya molekul efektor
dilingkungan.
Pada operon ini sebenrnya dapa diinduksi. Molekul efektor yang sebagai induser dan co-
pressor akan mengikat represor, sehingga RNA polimerase dapat berikatan dengan
promotor yang kemudian gen struktural tersebut dapat transkripsi.

Perbedaan operon yang dapat diinduksi dengan operon yang dapat represif:
 a. Operon induksi, represor dapat mengikat operator dengan bebas, sehingga RNA
polimerase tidak dapat berikatan dengan promotor sehingga tidak bisa transkripsi.
b. Operon represif, kebalikan dari operon induksi represor bebas hanya akan berikatan
dengan molekul efektor (co-represor) sehingga operator bebas dan RNA polimerase
dapat berikatan dengan promotor sehingga gen struktural dapat transkripsi.
Dalam mekanisme kontrol positif, produk dari gen regulator mengaktifkan ekspresi gen
struktural sehingga transkripsi dapat terjadi, sedagkan mekanisme kontrol negatif, produk gen
regulator diprlukan untuk menekan atau mematikan ekspresi gen struktural.

lac, Operon yag dapat diinduksi

Mengenai operon lac E. coli, dalam lac operon terdiri atas promotor, operator, dengan
tiga gen struktural (gen z, gen y dan gen a) yang masing-masing gen tersebut mengkodekan
enzim galaktosidase, permease galaktosidase dan transcetylase galakosidase. Adanya
galaktosidase memungkinkan laktosa dipompa ke dalam sel, dimana galaktosidase akan
memotong laktosa menjadi glukosa dan galaktosa.
Pada operon lac aktivitas dihasilknnya produk gen-gen struktural sebenarnya penting.
Meskipun di lingkungan luar tidak ada inducer produk fgen strutural tetap diproduksi dalam
konsentrasi yang rendah berupa allolactose. Allolactose konversi ini dari laktosa, berasal dari
laktosa yang dikatalisis oleh galaktosidase. Kemudian allolactose tersebut berperan sebagai
inducer.
Gen lac i (regulator), operator dan promotor diidentifikasi oleh ahli melalui identifikasi
mutasi pada individu diploid parsial.
1. Mutasi pada gen i,
a. Lac i+ dominan terhadap lac i-. Represor yang dihasilkan oleh i+ bersifat
difusibel, yaitu dapat terikat pada operator kromosom maupun F.
b. Pada konfigurasi cis, yaitu gen i+ terletak cis terhadap gen struktural (gen z, y
dan a). Repressor yang dihasilkan bersifat difusibel, dapat berikatan dengan
operator kromosom maupun F, sehingga operon lac bersifat indusibel.
c. Pada konfigurasi trans, yaitu gen i+ terletak trans terhadap gen struktural (gen z,
y dan a). Repressor yang dihasilkan juga bersifat difusibel dapat berikatan
dengan operator kromosom maupun F, sehingga operon lac bersifat indusibel.
2. Mutasi pada operator
 a. Pada konfigurasi cis, yaitu represor aktif yang dihasilkan bersifat indusibel
dapat terikat pada operator kromosom, sedangkan operator pada F termutasi,
sehingga repressor tidak bisa berikatan dengan operator F,
b. Pada konfigurasi trans, represor tidak bersifat indusible, sebab repressor yang
dihasilkan hanya bisa terikat pada operator kromosom, namun gen struktural
pada kromosom termutasi.
3. Mutasi pada promoter, tidak berpengaruh terhadap kemmapuan induksi, namun
berpengaruh pada tingkat sintesis gen-gen struktual, karena pada promoter mutasi
RNA polimerase tidak dapat mengikat daerah tersebut secara efisien.

trp, Sebuah Operon yang Dapat Ditolak

Pada operon trp terdapat 5 gen struktural (trp E, trp D, trp C, trp B dan trp A) dan
serangkaian peraturan yang berdekatan dari operasi trp. Regulasi transkripsi operon trp sama
seperti regulasi transkripsi sistem reressibel kontrol negatif. Apabila pada operon trp dengan
tdak adanya triptofan (co-repressor), RNA polimerase dapat berikatan dengan promotor dan
transkripsi gen struktural operon. Namun dengan adanya tritofan, kompresor co-represor akan
mengikat wilayah operator dan mencegah pengikatan RNA polimerase ke promotor, sehingga
transkripsi tidak dapat terjadi.
Tidak adanya triptofan, artinya transkripsi operon trp dalam keadaan depresi.
Sedangkan adanya triptofan, maka tida terjadi transkripsi yang dalam keadaan represi. Pada
trp mutan tidak dapat membuat represor.
Atenuasi merupakan suatu proses menghambat ketika proses terminasi transkripsi
yaitu dengan terminasi lebih awal (prematur). Lokasinya terletakk pada gen tpL, teatpatnya
pada sekuen attenuator.

Kontrol Positif lac Operon oleh CAP dan Siklik AMP

Katabolit operon lac dimediasi melalui kontrol positif transkripsi oleh protein
pengatur yang disebut CAP (untuk Catabolite Activator Protein) dan molekul efektor kecil
yang disebut AMP siklik (adenosin-3',5'-fosfat). CAP juga terkadang disebut protein reseptor
AMP siklik. Promotor lac memiliki dua tempat pengikatan yang terpisah, yaitu yang pertama
untuk RNA polimerase dan satu untuk kompleks CAP-cAMP.
Hanya kompleks CAP-CAMP yang terikat pada lac promoter, cAMP bertindak
sebagai molekul efektor, yang menentukan akan membantu efek CAP pada transkripsi lac
operon. Apabila tidak ada cAMP maka CAP tidak akan mengikat. Konsentrasi cAMP
intraselular sensitif terhadap kehadiran operon atau tidak adanya glukosa. Konsentrasi
glukosa yang tinggi menyebabkan penurunan tajam pada konsentrasi kompleks intracellular
cAMP. Dengan tidak adanya cAMP atau dalam knsentrai yang rendah, maka CAP tidak
dapat mengikat promotor lac operon. Dengan demikian RNA polimerase tidak dapat
mengikat secara efisien ke promotor lac tanpa adanya CAP terikat. Sehingga dari kontrol
positif transkripsi operon lac oleh kompleks CAP-cAMP, adanaya glukosa menyebabkan
transkripsi lac operon tidak pernah melebihi 2 persen dari tingkat induksi.

Kompleks Regulasi Operon

Arabinosa operon dari E. coli mengandung 3 struktur gen (araB, araA, dan araD) yang
mengkode tiga enzim termasuk didalam katabolisme arabinosa. Setiap gen tersebut
ditranskripsikan oleh sebuah mRNA tunggal yang menginisiasi pada promoter yang disebut
PBAD . Pengatur utama protein dara ara operon diproduksi dari sebuah transkrip yang
menginisiasi pada promoter yang disebut PC, namun kedua promoter yang menginisiasi
transkripsi memiliki arah yang berlawanan. protein araC berperan sebagai regulator negatif
(sebagai represor) transkripsi dari struktur gen araB, araA dan araD dari promoter PBAD
dalam ketidakhadiran arabinosa dan siklus AMP. Selain bertindak sebagai regulator negatif,
arac juga bertindak sebagai regulator positif (sebuah aktivator) transkripsi gen tersebut dari
promoter PBAD ketika arabinosa dan cAMP hadir atau terbentuk. Demikian, kehadiran atau
ketidakhadiran dari molekul efektor arabinosa dan cAMP, regulasi araC pada produk gen
dapat memberikan efek positif maupun efek negatif pada transkripsi gen araB, araA, dan
araD.
Penemuan yang mengejutkan bahwa penekanan ara operon bergantung pada ikatan
protein araC pada sebuah sisi yang disebut araO2 yang berlokasi di pasangan nukleotida 211
upstream dari sisi ikatan protein ara pada aral. Saat ini model yang diterima untuk penekanan
ara operon yaitu protein araC harus mengikat salah satu diantara sisi aral dan araO2, dan itu
proteinnya mengikat satu sama lain untuk membentuk sebuah DNA loop.
Ketika struktur loop terbentuk, ini harus dicegah atau diganggu dengan mengikat
RNA polymerase pada promoter yang berdekatan (PBAD) dari operon. Dalam kehadiran
arabinosa dan cAMP, ara operon diinduksi. bahkan, dibawah kondisi ini, protein araC telah
tampil menjadi sebuah aktivator dari transkripsi operon. Entah bagaimana, kompleks protein
arabinosa-araC dan kompleks cAMP-CAP harus membuka loop dengan mengikat pada sisi
aral mereka. ini, gantinya harus mengijinkan RNA polimerase untuk berikatan pada sisi PBAD
dan menginisiasi transkripsi dari gen struktural ara.
Penekanan Lambda Prophage Selama Lisogeny
Ketika temperatur bakteriofage seperti lambda ada dalam daerah propage dalam
sebuah sel lisogenik, pengkodean gen untuk produksi termasuk dalam jalur litik, gen
mengkontrol replikasi DNA faga, morfogenesis faga, dan lisis dari sel inang. Secara khusus,
gen C1 dari lambda faga mengkode untuk represor, karakteristik protein yang baik dengan
berat molekul 27,000 yang di dalamnya mengikat dimer atau tetramer untuk dua daerah
operator yang mengontrol transkripsi dari gen lambda termasuk dala perkembangan litik. Dua
daerah operator ini disebut OLdan OR, tumpang tindih dengan sequen promoter dimana
mengikat RNA polimerase dan menginisiasi transkripsi dari gen yang mengontrol
perkembangan litik.
Interaksi dari lambda represor dengan sequen DNA OLPL dan ORPR menjelaskan
bagaimana gen profage lambda dipertahankan dalam daerah represor. mekanisme itu
bertanggung jawab untuk keputusan antara perkembangan litik atau perkembangan lisogenik
setelah proses infeksi dari sebuah sel E. coli dengan faga lambda secara besar kompleks,
termasuk interaksi antara beberapa gen represor lambda lainnya.

Kontrol dari operon trp oleh pelemahan

Ada dua level regulasi dari ekspresi operon trp, penambahan triptofan ke dalam
sebuah kultur pertumbuhan sel dalam ketidakhadiran triptofan akan menyebabkan 8-10
lipatan menurun dalam jenis sintesis dari biosintesis enzim triptofan. bahkan , delesi yang
menghapus bagian dari daerah trpL. Regulasi level kedua dari operon trp disebut pelemahan
dan sequen tanpa trpL yang mengontrol fenomena ini disebut attenuator. Pelemahan terjadi
oleh kontrol dari terminasi transkripsi pada sisi dekat akhir dari sequen mRNA leader.
Terminasi prematur dari transkripsi operon trp terjadi hanya adanya kehadira triptofan- diisi
tRNAtrp dan menghasilkan transkrip sequen leader panjang 140 nukleotida.
Daerah attenuator memiliki sequen pasangan nukleotida intinya identik untuk
menemukan signal terminasi transkripsi pada akhir dari kebanyakan operon bakteri. Sinyal
terminasi ini mengandung banyak GC-palindrome yang diikuti oleh beberapa pasangan basa
AT. Transkripsi dari sinyal terminasi ini menghasilkan sebuah RNA baru dengan potensi
untuk membentuk sebuah struktur ikatan hidrogen jepit rambut (hairpin) diikuti beberapa
beberapa Us.
Langkah-langkah operon trp diregulasi dengan kehadiran ataupun ketidakhadiran triptofan
 1. Ribosom memulai mentranslasi mRNA ketika mereka masih diproduksi oleh
transkripsi, demikian peristiwa yang terjadi sebelum transkripsi juga akan
mempengaruhi proses translasi
2. Sequen leader panjang 162 nukleotida dari operon trp mRNA mengandung sequen
yang dapat mengikata basa untuk membentuk struktur alternatif kedua. Dua dari
sequen ini membentuk sebuah hairpin terminasi transkripsi
3. Sequen leader mengandung sebuah kodon inisiasi AUG, diikuti oleh 13 kodon untuk
asam amino, dan diikuti gantinya oleh kodon terminasi transkripsi yaitu UGA.
bagaimanapun, sequen leader trp telah ditunjukkan mengandung sebuah sisi ikatan
ribosom yang efisien yang berlokasi di posisi yang sesuai untuk inisiasi translasi pada
leader kodon inisiasi AUG.
Dalam kehadiran triptofan, ribosom dapat menterjemahkan masalalu kodon Trp pada
leader kodon terminasi peptida. Pada proses ini, ini akan mengganggu pasangan basa
antara sequen leader 74-85 dan 108-119. Demikian dengan kehadiran triptofan, frekuensi
terminasi transkripsi pada attenuator, mengurangi jumlah dari mRNA untuk gen
struktural trp. Trannskripsi operon trp bisa diatur dengan rentang hampir 00 lipatan
dengan mengkombinasikan efek dari penekanan (sampai 70 lipatan) dan pelemahan.

Hambatan Timbal Balik Dan Enzim Allosterik

Kehadiran konsentrasi yang cukup dari sebuah produk akhir (seperti histidin atau
triptofan) dari jalur biosintetik akan menghasilkan frekuensi dalam menghambat enzim
pertama di dalam sebuah siklus. Fenomena tersebut dikenal sebagai peristiwa terhambatnya
hubungan timbal balik atau hambatan produk akhir. Hambatan timbal balik ini seketika
menangkap produk akhir dalam jumlah yang banyakdari sebuah sintesis ketika ditambahkan
ke dalam suatu medium. Enzim yang sensitif terhadap hambatan timbal balik telah diketahui
mempunyai sisi ikatan regulator pada sub unit yang berbeda daripada sisi substrat. Sejak
pengikatan produk akhir , seperti enzim dipercaya untuk menjalani perubahan dalam
konformasi yang disebut sebagai transisi allosterik yang mereduksi afinitas enzim itu untuk
substratnya. Protein yang menjalani penyesuaian perubahan biasanya disebut sebagai protein
allosterik.

Sequen temporal dari ekspresi gen selama infeksi faga

Dua sampai empat set gen bergantung pada virus, termasuk secara karakteristik.
Regulasi ekspresi sequen gen selama infeksi faga terutama terjadi pada level transkripsi.
Dalam tiga dari kebanyakan studi secara ekstensif mengenai bakteri dan virus (faga E. Coli
T4 dan T7 serta faga Bacillus subtilis SP01) ekspresi sequen gen dikontrol dengan
memodifikasi promoter yang spesifik untuk RNA polimerase, antara dengan mensintesis
RNA polimerase yang baru (T7) atau dengan menginduksi perubahan faga dari RNA
polimerase sel inang.
Dalam sel yang terinfeksi faga T7, gen awal ditranskripsi oleh RNA polimerase E.
Coli. Salah satu dari gen awal mengkode untuk RNA polimerase T7, yang kemudian
menerjemahkan semua gen akhir. Faga Bacillus subtilis SP01 menunjukkan jalur ekspresi
sequen gen yang lebih sedikit kompleks, termasuk tiga set gen. Tiga set gen tersebut disebut
sebagai gen awal, tengah dan akhir dalam, referensi untuk waktu ekspresi mereka
selama siklus reproduktif faga. Gen awal SP01 diterjemahkan oleh RNA polimerase B.
Subtilis. Salah satu dari produk gen awal merupakan sebuah polipeptida yang akan
berikatan dengan RNA polimerase inang, perubahan ini spesifik seperti bahwa ini
menterjemahkan gen tengah SP01. Dua dari produk gen tengah, gantinya, polipeptida
yang berasosiasi dengan RNA polimerase B. Subtilis, lebih alnjutnya perubahan ini spesifik
sehingga kemudian menterjemahkan semua gen akhir SP01.
Faga T4 bahkan menunjukkan pola ekspresi gen yang lebih kompleks, termasuk
bebrapa perbedaan modifikasi dari RNA polimerase sel inang. Dengan demikian, dalam
kasus bakteri-virus ini, kontrol dari penemuan ekspresi gen terjadi secara formal pada level
transkripsi dan dimediasi oleh interaksi sequen promoter RNA polimerase yang spesifik.
Question and Answer
(Dyan listiana/150342602064)

1. Mengapa operon lac diatur oleh glukosa dan laktosa?

Jawab:
Operon lactosa diatur oleh glukosa dan laktosa hal tersebut karena
berhubungan dengan adanya pengendalian operon lactosa salah satunya yaitu
pegendalian operon lac secara negatif, yang dilakukan oleh protein repressor yang
telah dikode oleh gen lacl. Represor tersebut nantinya akan menempel pada daerah
operator yang terletak disebalah hilir promotor yang menyebabkan RNA polimerase
tidak dapat melakukan proses transkripsi gen struktural. Proses ini akan terjadi secara
terus menerus jika dalam sel tidak terdapat laktosa. Dengan adanya fenomena
tersebut, jika sel tidka memiliki laktosa maka tidak perlu mengaktifkan operon lactosa
dan sebagai gantinya digunakan sumber karbon yang lebih sederhana dahulu yaitu
glukosa untuk memenuhi kebutuhan selulernya. Jika suatu sel E. Coli ditumbuhkan
dalam sebuah medium yang mengandung glukosa dan lactose maka sel E. Coli
tersebut tidak akan mengaktifkan lactosa tersebut melainkan terlebih dahulu
menghabiskan glukosa yang berada di dalam medium tersebut dan setelah glukosa
dalam medium habis , barulah sel tersebut akan melakukan metabolisme lactosa.
Fenomena tersebut dikenal sebagai mekanisme efisiensi seluler.
2. Bagaimana cara mensintesis RNA polimerase T7 yang baru?
Jawab:
Ketika menggunakan sel inang yang bukan untuk ekspresi gen, maka langkah
pertama yang dilakukan untuk ekspresi protein target yaitu dengan menginfeksikan/
memasukkan plasmid bakteri ke dalam sel inang tersebut yang bertujuan agar sel
inang dapat mengekspresikan gen pengkode T7 RNA polimerase yang berada di
kromosom. Ekspresi gen tersebut dikendalikan oleh lacUV5. Selain dengan cara
tersebut, sintesis RNA polimerase baru (T7) dapat dilakukan dengan menanmbahkan
sebuah substrat (IPTG) ke dalam biakan bakteri E. Coli. Bakteri E. Coli tersebut
memiliki gen yang mengkode enzim T7 RNA polimerase, namun bakteri tersebut
juga memiliki lacl yang mana mampu menekan gen dalam operon lac. Ketika substrat
tertentu (IPTG) dtambahkan ke dalam biakan bakteri tersebut, maka akan terjadi
induksi pelepasan protein lacl, dan mengekspresikan gen target untuk mensintesis T7
 RNA polimerase. Selanjutnya T7 RNA polimerase mengenali promoter T7/lac untuk
mentranskripsikan gen dan akan menghasilkan sebuah protein rekombinan.

(Qurin Nikmaturrohana/ 150342606771)

1. Pada kontrol positif operasional lac oleh CAP dan siklik AMP, kehadiran glukosa
dapat menghasilkan penurunan konsentrasi intra seluler cAMP. Mengapa demikian?
Jawab: sebab konsentrasi cAMP intraseluler sensitif terhadap kehadiran operon
ataupun glukosa. apabila konsentrasi glukosa tinggi maka konsentrasi kompleks
intraseluler cAMP akan mengalami penurunan yang drastis. Diindikasikan adanya
glukosa dengan konsentrasi tertentu (konsentrasi yang tinggi) akan menghambat
aktivitas suatu enzim adenylcyclase, yaitu suatu enzim yang mengkatalisis
pembentukan cAMP dari ATP. dengan rendahnya konsentrasi cAMP maka CAP tidak
dapat mengikat promotor lac operon.
2. Pada transkripsi satu set gen struktural yang besebelahan (gen yang dikode untuk
peptida poli) diatur oleh dua elemen pengendali, yaitu gen regulator dan gen operator.
apabila salah satu gen tersebut mengalami mutasi maka apa yang akan terjadi?
Jawab: Mutasi tersebut bisa terjadi pada lac operon, apabila mutasi terjadi pada gen
regulator operon lac, pada mutasi gen i dalam konfigurasi cis maupun trans keduanya
bersifat indusibel. Namun jika mutasinya terjadi pada gen operator, maka operon yang
bersifat indusibel hanya pada konfigurasi cis, sedangkan transnya tidak. Misalnya
mutasi pada operator operon pada konfigurasi cis, represor aktif yang dihasilkan
bersifat indusibel dapat terikat pada operator kromosom, sedangkan operator F'
termutasi, sehingga repressor tidak bisa berikatan dengan operator F'.