Control positif dari operon lac oleh CAP dan Cyclic AMP

Model operon diusulkan oleh Jacob dan Monod untuk menjelaskan induksi biosintesis dari
enzim yang terlibat dalam pemanfaatan laktosa dengan gula yang ditambahkan dalam sel E. coli
ketika tumbuh. Glukosa telah lama dikenal sebagai pencegah induksi dari operon lac dan operon
lain yang ikut mengendaikan enzim yang terlibat dalam katabolisme karbohidrat yang disebut
sebagai represi karbohidrat. Represi karbohidrat berkembang untuk mengetahui metabolisme
gukosa disukai oleh sumber energy lain yang kurang efisien.

Penekanan katabolit dari operon lac sekarang dimediasi melalui positif control dari
transkripsi oleh regulator protein yang disebut CAP (Cataolite Aktifator Protein) dan efektor
molekul kecil yang disebut cyclic AMP. Lac promotor dibagi menjadi 2 bagian yaitu: a). RNA
polymerase. CAP-cAMP harus terikat dengan lac promotor dan terinduksi oleh operon. CAP-
cAMP kompleks lebih menggunakan positif control transkripsi dari lac operon. Itu memiliki efek
yang berlawan dengan repressor yang mengikat operator. Mekanisme yang tepat untuk stimulasi
RNA poimerasi mengikat pada promotor adalah tetap tidak pasti, positif control dari lac operon
transkripsi adalah didirikan oleh keduanya yaitu eksperimen in vivo dan in vitro.

CAP-cAMP complex terikat pada lac promotor, jika cAMP tidak ada, CAP tidak terikat.
Konsentrasi intraseluler cAMP sensitive terhadap ada atau tidak adanya glukosa. Glukosa dengan
kosentrasi tinggi menyebabkan peningkatan yang tajam terhadap konsentrasi intraseluler dari
cAMP. Kemungkinan glukosa atau metabolit itu terbentuk dengan adanya konsentrasi glukosa
yang cukup dengan adanya aktifitas adenycyclase, yaitu enzim yang mengkatalis formasi cAMP
dari ATP. Hasil dari keseluruhan positif control dari transkripsi dari lac operon oleh CAP-cAMP
complek dalam adanya glukosa, lac operon transkripsi tidak pernah melebihi 2 persen dari induksi
rata-rata pengamtan dalam tidak adnaya glukosa.

Regulasi yang Kompleks dari ara Operon

Dalam operon lac dan trp, produk dari regulasi gen, repressor, berfungsi secara negative,
mematikan transkripsi dari operon. Disisi lain, CAP memberikan positif control atas operon lac
oleh stimulasi transkripsi operon. Protein regulator pertama dari ara operon menunjukan keduanya
berefek regulasi negative dan positif pada transkripsi gen structural operon yang tergantung pada
kondisi lingkungan. Komponen regulasi yang mengontrol transkripsi pada operon ara termasuk
satu element yang bergerak dari jarak lebih dari 200 pasang nucleotida dari promotor yang
membantunya untuk mengontrol.

Ara operon dari E. coli mengandung tiga struktur gen (araB, araA, dan araD) yang dikode
oleh tiga enzim yang terlibat dalam katabolisme ara. Tiga gene tersebut ditranskripsikan pada
single mRNA yang dimulai pada promotor yang diseut Pbad. Protein penngatur utama pada ara
operon diproduksi dari transkripsi yang dimulai pada promotor Pc. Promotor Pc kurang dari 100
pasang basa nukleotida dari Pbad tetapi 2 promotor transkripsi dimulai pada arah sebaliknya.
Semenjak ara operon adalah subjek untuk repressi katabolisme seperti lac operon dan positif
control oleh CAP dan cAMP, induksi ara operon tergantung pada regulator positif dari dua protein,
ara protein dan CAP. Sesuatu yang mengikat dari kedua protein dan untuk RNA polimerasi semua
muncul pada wilayah dari ara operon secara historis yang disebut aral, wilayah antara tiga
structural gen dari operon dan regulator gen.

Pada awanya saintis mempelajari tentang regulasi dari ara operon yang semuanya
mengikat pada regulator protein araC dan cAMP-CAP complex pada wilayah aral. Penemuan
mengejutkan adalah represi pada ara operon tergantung pada mengikatnya araC protein pada
sebuah site yang disebut araO2. Lokasinya di 211 pasang nukleotida bagian hulu dari araC protein
mengikat site pada aral. Regulasi transkripsi pada ara operon dari E. coli jauh lebih kompleks dari
pada regulasi dari transkripsi dari lac operon dari bakteri ini. Itu akan sangat menarik untuk
ditentukan apakah mekanisme pembentukan loop ini biasa digunakan dalam regulasi transkripsi
operon lain pada prokariot atau gen eukariot atau tidak.

Represi Lambda Profag selama Lysogeny

Ketika bakteri sedang seperti lambda dalam keadaan profag dalam sel lysogenic, kode gen
yang terlibat dalam jalur pathway, gen yang mengendalikan replikasi DNA fag, morfogenesis fag,
dan lisis pada sel inang tidak harus diekspresikan. Hal itu dilakukan oleh sirkuit promotor operator
repressor, seperti halnya yang terliat dalam bacterial operon. Khususnya pada gen C1 dari kode
lambda fag seagai repressor. Protein yang dikarakterisasi dengan erat 27000 daam keadaan dimer
atau tetramer yang berikatan dengan dua daerah operator yang mengontrol transkripsi gen lambda
yang terlibat dalam pertumbuhan litik. Ada dua wilayah operator yaitu OL yang digunakan ada
transkripsi arah kiri dan OR yang digunakan pada transkripsi arah kanan, yang tumpang tindih
dengan urutan promotor dimana RNA poimerase mengikat dan memulai transkripsi gen yang
mengendalikan perkembangan litik.

Pada percobaan dimana wilayah operator dan promotor fage lambda berurutan, setiap
operator secara tidak terduga ditemukan tiga situs pengikat repressor dengan sekuen 17 pasang
nukelotida yang serupa tapi tidak identic. Setiap repressor mengikat pasangan basa parsial simetri
berlipat dua disekitar pusat tengah. Simetri parsial ini dapat menfasilitasi interaksi dengan
repressor dimer yang mungkin juga memiliki simetri ganda. Ini adalah sebuah kemungkinan yang
menarik dan tidak lebih dari itu untuk saat ini. Mekanisme yang bertanggung jawab untuk
pengemangan litik dan lisogenik setelah infeksi sesuatu ke E. colli dengan fag lambda jauh lenih
kompleks dengan melibatkan interaksi antara beberapa gen pengatur lambda lainnya.

Kontrol trp operon oleh Atenuasi

Repressi dan derepressi dapat mengubah tingkat ekspresi gen struktural dari operon trp
sekitar 70 kali lipat. Ada tingkat kedua regulasi ekspresi operon trp. Daerah attenuator memiliki
urutan pasangan nukleotida yang pada dasarnya identik dengan sinyal terminasi transkripsi yang
ditemukan di ujung sebagian besar operon bakteri. Sinyal terminasi ini mengandung palindrom
yang kaya GC diikuti oleh beberapa pasangan basa AT. Transkripsi dari sinyal terminasi ini
menghasilkan RNA yang baru lahir dengan potensi dari struktur hair pain yang diikat hydrogen.

Transkripsi dan translasi digabungkan dalam prokariota yang ribosom memulai translasi
mRNA sementara mRNA masih diproduksi oleh transkripsi, dengan demikian peristiwa yang
terjadi selama translasi juga dapat memengaruhi transkripsi. Hairpain dibentuk oleh pasangan basa
antara urutan nukleotida 114-121 dan 126-134 dan hasil struktur sekunder alternatif dari pasangan
basa antara urutan 74-85 dan 108-119. Hanya satu dari struktur ini yang dapat ada pada satu waktu,
karena nucloeotide 114-119 adalah bagian dari keduanya. Jadi jika urutan 74-85 dan 108-109
berpasangan basa, hairpin transkripsi anuator tidak dapat terbentuk.

Regulasi transkripsi oleh atenuasi tidak unik untuk operon trp. Enam operon diketahui
diatur oleh atenuasi. Dari semua ini, trp dan mungkin phe juga diatur oleh represi. Operon yang
telah lama dianggap represif dan diyakini sepenuhnya diatur oleh atenuasi. Walaupun detail minor
bervariasi dari operon ke operon, fitur utama dari redaman adalah sama untuk keenam operon.

Penghambatan Umpan Balik Dan Enzim Alosterik

 Enzim sensitif penghambat umpan balik telah terbukti memiliki situs pengikatan produk
akhir. Dalam hal beberapa enzim multimerik, produk akhir atau situs pengikat peraturan berada
pada subunit yang berbeda dari situs substrat. Setelah mengikat produk akhir, enzim tersebut
diyakini mengalami perubahan konformasi yang disebut transisi allosentrik yang mengurangi
afinitasnya terhadap substrat. Protein yang mengalami perubahan konformasi seperti itu biasanya
disebut sebagai protein alosterik. Banyak contoh yang diketahui termasuk banyak enzim sensitif
penghambat umpan balik dan molekul penekan yang dibahas pada bagian sebelumnya.

Pertanyaan:

1. Bagaimanakah cara kerja enzim allosentrik?

Aktivitas katalisis enzim alosterik memiliki penghambat atau stimulan yang disebut
modulator. Modulator dibedakan menjadi sisi positif (yang menstimulasi sisi aktif enzim)
dan sisi negatif (yang menghambat sisi aktif enzim). Modulator dapat berupa produk akhir
karabolisme atau katabolisme, zat metabolik, atau produk metabolik. Apabila sisi alosterik
diisi oleh modulator negatif atau penghambat, maka apabila kondisi ini meningkat di dalam
sel, enzim akan mengalami perubahan menjadi tidak aktif atau kurang aktif. Maka yang
terjadi selanjutnya adalah molekul ini dimatikan. Apabila modulator negatif ini terlepas
dari sisi aktif maka konsentrasi modulator di sisi alosterik dalam sel menurun. Dan
kemudian enzim menjadi aktif kembali

2. Apa yang dimaksud operon dan apa saja macamnya?

Operon adalah unit fungsional yang mengatur ekspresi suatu gen dari sebuah
promotor yang hampir ditemukan pada semua jenis prokariot. Operon lac merupakan
operon yang dapat aktif karena adanya laktosa. Operon ara merupakan operon yang dapat
aktif karena adanya arabinose. Operon trp merupakan operon yang dapat aktif karena
adanya triptofan. Opernon mer merupakan operon yang dapat aktif karena adanya senyawa
raksa. Operon lux merupakan operon untuk ekspresi biolumenescen. Opero vir ditemukan
pada mikroorganisme yang mengekspresikan virulensi. Operon cvi untuk ekspresi pigmen
ungu pada chromobacter violaceum.