BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Gen merupakan unit molekul DNA atau RNA dengan panjang molekul
tertentu yang membawa informasi mengenai urutan asam amino yang lengkap
suatu protein atau yang menentukan struktur lengkap suatu molekul rRNA atau
tRNA. Gen dapat diwariskan dan diekspresikan. Ekspresi genetik adalah suatu
rangkaian proses kompleks yang melibatkan banyak faktor. Proses ekspresi gen
adalah proses transformasi informasi genetik melalui transkripsi dan translasi,
untuk pembentukan protein dan enzim. Secara umum, proses ekspresi genetik
dimulai dan diatur sejak pra-inisiasi transkripsi. Namun, tidak dapat diketahui
secara pasti kapan sebenarnya proses regulasi tersebut mulai dilakukan karena
sistem biologis adalah suatu sistem siklis yang tidak dapat secara pasti
ditentukan titik awalnya. Bagaimana ekspresi genetik suatu gen berlangsung,
pada tiap organisme (prokariot/eukariot) regulasi suatu gen terekspresi
memiliki mekanisme yang berbeda.
Regulasi suatu gen berbeda-beda, bahkan dalam suatu individu terdapat
gen yang terus diekspresi (Housekeeping Gene) dan ada gen yang hanya
diekspresikan pada tempat dan saat tertentu saja (Luxuries Gene). Regulasi
ekspresi gen merupakan aspek yang sangat penting bagi jasad hidup. Tanpa
sistem pengendali yang efisien, sel akan kehilangan banyak energi yang akan
merugikan jasad hidup. Dalam sistem molekuler ada banyak sistem pengendali
ekspresi gen yang menentukan kapan suatu gen tertentu diaktifkan dan
diekspresikan untuk menghasilkan suatu produk ekspresi.
Regulasi gen adalah istilah informal yang digunakan untuk
menggambarkan setiap mekanisme yang digunakan oleh sel untuk menambah
atau mengurangi produksi produk gen tertentu (protein atau RNA). Sel dapat
memodifikasi pola ekspresi gen mereka untuk memicu jalur perkembangan,
menanggapi rangsangan lingkungan, atau beradaptasi dengan sumber makanan
baru. Semua titik ekspresi gen dapat diatur. Ini termasuk transkripsi,

1
 pemrosesan RNA dan transportasi, translasi dan modifikasi pasca-translasi
protein, dan degradasi mRNA.
Berdasarkan sel penyusunnya regulasi ekspresi gen dapat dikelompokkan
atas regulasi ekspresi gen pada Prokariotik dan eukariotik. Pada Prokariotik,
pengendalian ekspresi gen hanya terjadi pada aras transkripsi. Sedangkan pada
eukariotik pengendalian ekspresi gen terjadi mulai dari transkripsi sampai
pasca translasi. Secara umum regulasi ekspresi gen dapat ditinjau dari tiga sisi,
yaitu : sinyal pengendali ekspresi, aras pengendali ekspresi dan mekanisme
pengendalian.
Karena pentingnya proses regulasi gen dalam pembentukan atau
pengekspresian suatu gen menjadi sebuah protein (asam amino), maka makalah
ini dibuat untuk membahas lebih jelas mengenai proses regulasi gen pada
prokariotik.
B. Rumusan Masalah
1. Apa yang dimaksud dengan operon ara?
2. Apa saja struktur dari operon ara?
3. Bagaimanakah proses regulasi operon ara?
C. Tujuan
1. Untuk mengetahui pengertian operon ara?
2. Untuk mengetahui struktur dari operon Ara?
3. Untuk mengetahui proses regulasi operon Ara?

2
 BAB II

PEMBAHASAN

A. Penertian Operon Ara

Operon Ara adalah sekelompok protein yang berfungsi dalam meregulasi
katabolisme arabinosa. Arabinosa operon merupakan tipe operon lainnya yang
terdapat pada bakteri. Arabinosa operon menunjukkan tipe regulator yang tidak
lazim, yaitu aksi dari protein tunggal sebagai regulator transkripsi positif dan
negatif, bergantumg pada ikatan suatu ligan, protein ini adalah araC. Protein
araC dapat bertindak sebagai regulator positif dan negative karena adanya
kehadiran L-arabinosa dan tentu saja dengan adanya kompleks antara CRP dan
cAMP. Pada saat konsentrasi L-arabinosa rendah, maka protein araC akan
terikat pada ara.

B. Struktur Pada Operon Ara

Protein yang berfungsi secara langsung dalam regulasi positif dan negatif
arabinosa dalam operon ara adalah AraA, AraB, araC, dan AraD. Gen
struktural, yang mengkodekan enzim untuk katabolisme arabinose adalah araB,
araA, araD di kenal sebagai araBAD. Gen regulator adalah araC. araBAD dan
araC ditranskripsi dalam arah yang berlawanan.
1. Operator
Operator yang terdapat dalam operon ini ada4 yaitu O1,O2,I1,dan I2.
Operator ini merupakan tempat dimana AraC dapat terikat

3
2. AraA
AraA merupakan L-Arabinosa isomerase yaitu suatu isomerase yang
berguna dalam perubahan L-Arabinosa menjadi isomernya yaitu L-
Ribulosa. AraA dikodekan oleh gen araA.
3. AraB
AraB merupakan L-Ribulokinase yaitu suatu ribulokinase yang berguna
dalam penambahan gugus fosfat pada L-Ribulosa sehingga menjadi L-
Ribulosa-5-fosfat. AraB dikodekan oleh gen araB.
4. AraD
AraD merupakan L-Ribulosa-5-fosfat-4-epimerase yaitu suatu
epimerase yang berfungsi dalam perubahan L-Ribulosa-5-fosfat menjadi D-
Xilulosa-5-fosfat yang selanjutnya dapat masuk kedalam dalam xylulose
phosphate pathway yang merupakan salah satu jalur katabolisme untuk
menghasilkan energi. AraD dikodekan oleh gen araD.
5. AraC
AraC merupakan suatu protein regulator yang berfungsi untuk
meregulasi transkripsi araA, araB, dan araD yang diinduksi dengan
keberadaan arabinosa. AraC dikodekan oleh gen araC.

4
 D-xylulose 5-phosphate and D-ribulose-5-phosphate adalah metabolit
dalam jalur fosfat pentosa. araI dan araO2 berfungsi sebagai operator. araI
terletak di antara gen struktural dan operator dari araC.
AraC memiliki tiga bentuk konformasi yaitu satu sebagai monomer dan
dua bentuk sebagai dimer. AraC tersusun atas C-terminal DNA binding
domain yang terikat dengan N-terminal dimerization domain. Pada N-
terminal dimerization domain terdapat N-terminal arm yang dapat terikat
pada C-terminal DNA binding domain pada molekul yang sama atau N-
terminal dimerization domain pada partner molekul bergantung dengan
keberadaan arabinosa
a. Tanpa Arabinosa
Bila tidak ada arabinosa yang menempel pada Arabinosa binding site
maka N terminal arm akan menempel pada C-terminal DNA binding
protein' membentuk kompleks yang kaku Dimer dari bentuk tersebut
membentuk kompleks yang lebih panjang.
b. Dengan Arabinosa
Bila terdapat arabinosa yang menempel pada Arabinosa binding site
maka N-terminal arm akan menempel pada N-terminal dimerization pada
partner molekul pada AraC dimer. Akibatnya, akan terbentuk molekul
yang lebih padat.
C. Proses Regulasi Ekspresi Operon Ara
Katabolisme L-arabinosa oleh E-coli melibatkan tiga enzim yang dikode
oleh tiga gen berurutan, yaitu araB, araA, dan araD. Aktivitas transkripsi ketiga
gen tersebut diatur oleh gen keempat yaitu araC. Lokus araC dan araBAD
ditranskripsi dengan arah yang berlawanan oleh suatu daerah promotor sentral.
Aktivitas ipromotor araC (Pc) maupun promotor araBAD (PBAD) distimulasi
oleh CAP-cAMP. Operon ara mempunyai dua operator yaitu araO1
(mengendalikan araC) dan araO2 (mengendalikan araBAD). Operator araO2
terletak cukup jauh dari promotor PBAD (pada posisi-265 dan -294) tetapi
masih mampu melakukan pengendalian transkripsi. Sisi pengikatan CAP
terletak sekitar 200 bp disebelah hulu dark promotor ara. Protein araC (dikode

5
oleh araC) mempunyai 3 daerah pengikatan yaitu pada araO2, araOl, dan pada
aral yang dapat dibedakan menjadi dua sub-bagian yaitu aral1 dan aral2.
Pada saat tidak tersedia arabinosa, sehingga tidak diperlukan enzim untuk
katabolisme, protein araC melakukan pengendalian negatif dengan cara
menempel pada araO2 dan aral1. Penempelan itu menyebabkan DNA
membengkok sehingga menekan transkripsi operon araBAD. Sebaliknya, jika
arabinosa tersedia, terjadi perubahan konfirmasi protein araC sehingga protein
regulator tersebut tidak dapat menempel pada araO2 melainkan melekat pada
aral1 dan aral2. Hal ini menyebabkan penghilangan struktur bengkokkan DNA
yang sebelumnya menekan operon ara BAD sehingga operon ini dapat
ditranskripsi dan translasi menghasilkan enzim-enzim yang digunakan untuk
metabolisms arabinosa.
Protein araC sendiri juga dapat diatur aras sintetisnya dengan mekanisme
autoregulasi. Gen araC ditranskripsi kearah kiri dari promotornya (PC)
sementara disemailah kirinya (disemailah hulu dari araC) terdapat operator
araO1. Pada saat konsentrasi araC meningkat, protein ini akan menempel pada
araO1 sehingga akhirnya menghambat transkripsi araC kearah kiri (kearah
hulu dari lokus araC). Penghambatan transkripsi araC ini pada akhirnya akan
mengurangi jumlah protein represor sehingga tidak disintesisi dalam jumlah
berlebihan.

L-arabinose tidak hanya di bawah kontrol kap-camp aktifator, tapi juga

positif atau negatif diatur melalui mengikat protein AraC. Fungsi AraC sebagai
homodimer, yang dapat mengontrol transkripsi araBAD melalui interaksi

6
dengan operator dan daerah inisiator di L-arabinose opera. Setiap monomer,
AraC, terdiri dari dua daerah yang terdiri dari wilayah yang mengikat DNA
dan wilayah yang bertalan (dimerisasi).
The dimerisation domain bertanggung jawab untuk arabinose-mengikat.
sementara itu AraC mengalami perubahan konformasional terhadap arab-
mengikat, dan sistem ini mempunyai dua konformasi yang berbeda.konformasi
itu murni ditentukan oleh pengikat inducer arabinose allosteric. AraC juga
dapat secara negatif autoregulasi sendiri ekspresi ketika konsentrasi AraC
menjadi terlalu tinggi. Sintesis AraC ditekan melalui pengikatan AraC dimerik
ke daerah operator (araO1).
1. Regulasi negatif ara BAD
Saat arabinose tidak ada, sel-sel tidak membutuhkan produk araBAD
untuk menghancurkan arabinose. Oleh karena itu, AraC yang dimerik
bertindak sebagai represor: satu monomer terikat pada operator gen araBAD
(araO2), monomer lainnya mengikat satu lokasi DNA yang jauh dan dikenal
sebagai araI1. hal ini mengarah ke pembentukan sebuah lingkaran DNA.
orientasi ini blok RNA polymerase dari mengikat kepada promotor araBAD.
oleh karena itu, transkripsi gene araBAD struktural terhambat.

7
2. Regulasi positif araBAD

Ekspresi operon araBAD aktif dengan tidak adanya glukosa dan

keberadaan arabinose. Ketika AraC dan kapten hadir, baik AraC maupun
topi bekerja bersama dan berfungsi sebagai aktivator.

a. Melalui ara C
AraC bertindak sebagai aktifator di dekat arabinose. AraC
mengalami perubahan yang konformasional ketika arabinose terikat
dimerisasi yang menguasai AraC. Akibatnya, kompleks AraC-arabinose
terlepas dari araO2 dan merusak pita DNA. Oleh karena itu, lebih
energetik menguntungkan bagi AraC-arabinose untuk mengikat dua
setengah lokasi DNA di dekatnya: araI1 dan araI2 di hadapan arabinose.
Salah satu monomers mengikat araI1, monomer yang tersisa mengikat
araI2. Dengan kata lain, mengikat AraC dengan araI2 adalah campuran
yang disebabkan oleh arabinose. Salah satu monomers AraC tempat
dekat promotor araBAD dalam konfigurasi ini, yang membantu merekrut
RNA polymerase kepada promotor untuk memulai transkripsi.

8
b. Melalui CAP/ kamp (penindasan catabolite)
CAP bertindak sebagai aktivis transkriptional hanya karena tidak ada
gula favorit E. coli, glukosa. Apabila glukosa tidak tersedia, tingkat
tinggi protein/ kamp ikatan yang rumit untuk saling mengikat, suatu
lokasi antara araI1 dan araO1. Pengikatan CAP CAP bertanggung jawab
untuk membuka pengulasan DNA antara araI1 dan araO2, meningkatkan
ikatan protein AraC untuk araI2 dan dengan demikian mempromosikan
RNA polymerase untuk mengikat kepada araBAD promotor untuk
beralih ke ungkapan araBAD yang dibutuhkan untuk metabolisme L-
arabinose.
c. Autoregulasi AraC
AraC secara negatif diatur oleh produk proteinnya sendiri araC
Kelebihan AraC mengikat operator gen AraC, araO1, pada tingkat AraC
yang tinggi, yang secara fisik menghalangi RNA polimerase dari
mengakses promotor AraC tersebut. Oleh karena itu, protein AraC
menghambat ekspresinya sendiri pada konsentrasi tinggi.

9
 BAB III

PENUTUP

A. Kesimpulan
Operon Ara adalah sekelompok protein yang berfungsi dalam meregulasi
katabolisme arabinosa. Arabinosa operon merupakan tipe operon lainnya yang
terdapat pada bakteri. Arabinosa operon menunjukkan tipe regulator yang tidak
lazim, yaitu aksi dari protein tunggal sebagai regulator transkripsi positif dan
negatif, bergantumg pada ikatan suatu ligan, protein ini adalah araC.
Protein yang berfungsi secara langsung dalam regulasi positif dan negatif
arabinosa dalam operon ara adalah AraA, AraB, araC, dan AraD. Gen
struktural, yang mengkodekan enzim untuk katabolisme arabinose adalah araB,
araA, araD di kenal sebagai araBAD. Gen regulator adalah araC. araBAD dan
araC ditranskripsi dalam arah yang berlawanan.
B. Saran
Makalah ini dibuat semaksimal mungkin dan dengan berusaha
menghindarkan dari kesalahan dan kekurangan. Karena penulis menyadari,
bahwasanya manusia tidak akan pernah luput dari kesalahan, untuk itu kritik
dan saran yang bersifat membangun sangat penulis harapkan demi perbaikan
penulisan makalah selanjutnya. Ucapan terima kasih kepada semua pihak yang
telah membantu dalam penyusunan makalah ini. Akhirnya semoga Allah SWT,
senantiasa memberikan petunjuk kepada kita semua agar apa yang kita cita-
citakan menjadi sukses. Amin-amin ya rabbal alamin.

10
 DAFTAR PUSTAKA

Gellissen G.2005.Production of Recombinant Protein: Novel Microbial and

Eukaryotic Expression Systems.WILEY-VCH GmbH & co:Weinheim.

Caspari EW.1976.Advances in Genetics,Jilid 18.Academic Press,Inc.:New York.

Nogueira IS, Nogueire TV,Soares S, Lencastre H.1997.The Bacillus subtilis L-

arabinose (ara) operon: nucleotide sequence, genetic organization and
expression. Microbiol.(143):957-969.

Moat AG, et al.2002.Microbial Physiology.Wiley-Liss,Inc:New York.

Wilcox G, et al.1974.Regulation of the L-Arabinose Operon BAD in vitro.J Biol

Chem.(249):2946-2952

11