Regulasi Kompleks dari Operon ara

Arabinosa (ara) merupakan operon lain pada E.coli yang menunjukkan pola regulasi yang jauh lebih
kompleks namun masih belum sepenuhnya dipahami. Catabolite Activator Protein (CAP) menggunakan
kontrol positif pada lac operon dengan menstimulasi transkripsi pada operon. Namun, protein regulator utama
dari operon ara menunjukkan efek regulasi yang negatif dan positif pada transkripsi gen struktural dari operon.
Operon Arabinosa (ara) dari E. coli tersusun atas tiga gen struktural yaitu araB, araA, araD. Ketiga gen
tersebut ditranskripsikan pada mRNA tunggal yang menginisiasi promoter disebut P BAD. Protein regulasi
utama dari operon ara (araC protein) diproduksi dari transkrip yang diinisiasi pada promoter disebut P c.
Protein araC bertindak sebagai regulator negatif (represor) pada transkripsi dari struktur gen araB, araA, araD
pada promoter PBAD tanpa adanya arabinosa AMP siklik (cAMP). Tindakan tersebut merupakan regulator
positif (aktivator) pada transkripsi gen tersebut dari promoter PBAD ketika terdapat arabinosa dan cAMP. Ada
atau tidaknya molekul efektor arabinosa dan cAMP, produk gen regulator araC dapat memberikan efek positif
atau negatif pada transkripsi dari gen struktural araB, araA, araD karena operon ara merupakan subyek
represi katabolit seperti lac operon.
araI merupakan situs ikatan untuk kedua protein dan untuk RNA polimerase. Situs ikatan tersebut
terletak diantara ketiga gen struktural dari operon dan gen regulator (araC). Semua situs ikatan pada regulasi
dari operon ara tidak berada pada araI melainkan penekanan dari operon ara tergantung pada ikatan protein
regulator yang disebut araO2. Ketika adanya arabinosa dan cAMP, operon ara dapat terinduksi bahkan protein
araC dapat menjadi aktivator dari transkripsi operon. Kompleks arabinosa-protein araC dan kompleks CAP-
cAMP harus membuka putaran dengan situs ikatan araI dan kemudian RNA polimerase berikatan dengan situs
PBAD dan menginisiasi transkripsi dari gen struktural ara.

Represi Profag Lambda selama Lisogeni

Lambda hidup pada keadaan profag di sel lisogenik, gen mengkode untuk memproduksi sesuatu yang
terkait dengan jalur litik. Hal tersebut dikerjakan dengan represor, promoter dan operator sirkuit. Gen C1 pada
kode lambda fag sebagai repressor. Dua wilayah operator yang mengontrol trnaskripsi pada gen lambda adalah
OL dan OR. Kedua operator tersebut saling tumpang tindih dengan urutan promoter ikatan RNA polimerase
dan menginisiasi transkripsi pada gen pengontrol perkembangan litik.

Kontrol dari Operon trp dengan Aturan

Operon trp merupakan operon yang mengontrol pembentukanenzim untuk mengkatalis biosintesis dari
asam amino triptofan. Gen struktural pada operon trp ditranskripsikan apabila ada atau tidaknya triptofan
dalam konsentrasi rendah. Ekspresi gen pada operon trp diatur oleh inisiasi transkripsional represi dan dengan
aturan pada transkripsi. Operon trp dari E. coli merupakan operon represi yang negatif. Gen trpR yang
mengkode represor trp dimana tidak terkait erat pada operon trp. Wilayah operator dari operon trp terletak di
dalam primer promoter (P1). Terdapat juga P2 yang merupakan promoter lemah yang terdepat pada operator
dan bagian ujung distal dari gen trpD. Promoter P2 meningkatkan tingkat basal dari transkripsi gen trpC, trpB,
trpA. Dua urutan terminasi transkripsi terletak di downstream dari trpA.

Delesi yang menghapus sebagian wilayah

Organisasi dari Operon trp E. coli
Sumber: Snustad dan Simmons, 2012
trpL mengakibatkan tingkat ekspresi dari operon
trp meningkat. Akan tetapi delesi tersebut tidak
berpengaruh secara signifikan pada represi dari
operon trp. Sehingga hasilnya dapat
mengindikasikan bahwa pembentukan enzim
biosintesis triptofan diregulasi pada tingkat kedua
oleh sebuah mekanisme yang independen terhadap
represi atau derepresi dan membutuhkan urutan
nukleotida yang ada pada wilayah operon trp.
Tingkat regulasi kedua dari operon trp
disebut atenuasi dan urutan dalam trpL yang
mengendalikan kejadian ini disebut atenuator.
Atenuasi terjadi dengan kontrol dari transkripsi
terminasi di sebuah situs yang dekat dengan akhir
dari urutan mRNA.

Komponen Regulator dari trpL

Sumber: Snustad dan Simmons, 2012

Struktur Sekunder Alternasi yang dibentuk oleh Transkrip trpL

Sumber: Snustad dan Simmons, 2012
Inhibisi timbal balik dan enzim allosteric

Mekanisme transkripsi dari kode genetik bakteri untuk enzim pada jalur biosintetik ditekankan
pada produk akhir dari jalur ditunjukkan di tengah saat cell tumbuh. Pengaturan metabolisme sepuluh
yang kedua, dan lebih cepat, pengaturan regulasi sepuluh terjadi pada tingkat aktivitas enzim. kehadiran
konsentrasi yang cukup dari produk akhir (seperti histidin atau triptofan) dari jalur biosintal akan sering
mengakibatkan penghambatan enzim pertama di jalur. Fenomena ini disebut inhibisi umpan balik atau
penghambatan produk akhir. Penghambatan umpan balik dihasilkan kembali dalam penangkapan yang
hampir seketika dari sintesis produk akhir ketika ditambahkan ke medium. enzim penghambatan umpan
balik yang sensitif telah terbukti memiliki penambahan situs pengikatan akhir produksi ke situs
pengikatan substrat (atau situs). Dalam kasus beberapa enzim multimerik, produk akhir atau situs
pengikatan peraturan berada pada subunit yang berbeda (polipeptida) dari situs substrat. Setelah
mengikat produk akhir, enzim tersebut diyakini mengalami perubahan konformasi, yang disebut transisi
alosterik. Protein yang mengalami perubahan konformasi seperti biasanya disebut sebagai protein
alosterik.

Urutan sementara ekspresi gen selama infeksi fag

Pengaturan ekspresi gen selama siklus hidup litik bakteriofag sangat berbeda dari sifat aktif on-
off switch karakteristik dari operon bakteri. Sebagai gantinya, gen-gen virus diekspresikan dalam urutan
yang diprogram secara genetis, kemungkinan analog dengan ekspresi gen yg diprogram dari ekspresi
gen yang diduga terlibat dalam diferensiasi organisme yang lebih tinggi. Satu set gen fag, biasanya
disebut gen "awal", diekspresikan segera setelah infeksi. Produk dari satu atau lebih gen “awal”
bertanggung jawab untuk mematikan ekspresi gen “awal” dan mengaktifkan ekspresi gen gen
berikutnya, dan seterusnya. Dua hingga empat set gen, tergantung pada virus, secara karakteristik
terlibat. Dalam semua kasus yang diteliti sejauh ini, ragulasi ekspresi gen berurutan selama infeksi fag
terjadi terutama pada tingkat transkripsi.

Dalam tiga virus bakteri yang paling banyak diteliti e-coli fage T4 dan T7 dan bacillus subtillis
phage sp01 ekspresi gen sekuensial dikontrol dengan memodifikasi promotor spesifik RNA polimerase,
baik oleh sintesis RNA polimerase baru (T7) atau oleh pergantian fasa-induksi dari RNA polimerase
sel host (t4 dan sp01)

Dalam faga t7 yang menginfeksi sel, gen "awal" ditranskripsikan oleh E coli RNA polimerase,
yang kemudian mentranskripsi semua gen yang "terlambat" (mengkode protein struktural t7,
lysoenzyme, dll). Bacillus subtillis fage sp01 menunjukkan jalur yang sedikit lebih kompleks dari
eksprssi gen sekuensial, yang melibatkan tiga set gen. Ketiga set gen ini disebut gen “awal”, “tengah”,
dan “terlambat” dalam referensi ke waktu berekspresi mereka selama siklus reproduksi fag. Gen “awal”
sp01 ditranskripsi oleh B.subtillis RNA polimerase. Salah satu produk gen “awal” adalah polipeptida
yang berikatan dengan polimerase RNA sel induk, mengubah spesifitasnya sedemikian rupa sehingga
mentranskripsi gen “tengah” sp01. Dua produk dari gen “tengah” adalah polipeptida yang berasosiasi
dengan polimerase RNA b.subtillis, selanjutnya mengubah spesifisitasnya sehingga kemudian
mentranskripsi gen "terlambat" sp01.

Phage t4 menunjukkan pola ekspresi gen sekuensial yang kompleks, yang melibatkan beberapa
modifikasi yang berbeda dari polimerase RNA sel host. Dengan demikian, dalam kasus virus bakteri
ini, kontrol ekspresi gen berurutan diamati terjadi terutama pada tingkat transkripsi dan dimediasi oleh
interaksi urutan RNA polimerase-promotor tertentu.
1. Apa perbedaan inducible operon dan repressible operon ?
Jawab : -inducible operon ialah reseptor bebas mengikat operator, transkripsi dimatikan. Ketika
molekul efektor (inducer) muncul, ia akan mengikat repressor dan melepaskan repressor
dari operator, jadi gabungan repressor-inducer tidak dapat berikatan dengan operator.

- repressible operon ialah reseptor bebas tidak dapat mengikat operator. Hanya kompleks
molekul repressor-efektor yang aktif mengikat operator. Transkripsi dari gen struktural
pada repressible operon dihidupkan ketika tidak terdapat molekul efektor (co-
repressor).
2. Jelaskan fungsi dari enzim β-galaktosidase dan β-galaktosida !
Jawab : enzim β-galaktosidase berperan dalam memecah laktosa menjadi glukosa dan galaktosa.
Sedangkan enzim β-galaktosida permease berperan dalam pemompaan β-galaktosida ke dalam sel.
3. Bagaimana transport yang terjadi pada arabinosa ke sel?
Jawab: Transport yang terjadi pada arabinosa ke sel adalah dengan menggunakan transport aktif
dimana dibawa oleh produk dari gen araE, araF, araG.