Trp, Repressible Operon

Tryptophan Operon dari E.coli mungkin dapat mengontrol yang mengkatalis biosintesis
asam amino triptofan.0rganisasi dengan susunan lima gen structural dan sekuen regulasi yang
berdekatan dari operon trp telah dianalisis oleh Charles Yanofsky dan kolega .Dalam lima gen
tersebut menyediakan struktural menjandikan enzim yang mengkonversi asam chorismic sebagai
tryptophan. Adanya tryptophan, kompleks co-repressor / repressor akan mengikat ke operator
wilayah dan mencegah RNA polymerase untuk memulai transkripsi gen di operon itu. Tingkat
transkripsi operon trp dalam keadaan tertekan (tidak ada tryptophan) adalah 70 kali laju yang
terjadi jika terdapat tryptophan.Mutan trpR, tidak memiliki repressor fungsional tingkat
sintesanya kurang dari sepuluh kali lipat dengan adanya penmbahan tryptofan. Pengurangan
tambahan dalam ekspresi operon trp ini disebabkan oleh atenuasi

Gambar organisasi dari riptofan pada E.coli

Dalam gambar tersebut terdapat lima gen yang mengkodekan enzim yang terlibat
dalam proses biosintesis tryptofan.Seperti pada gen trpR yang mengkodekan trp repressor tidak
terkait dengan trp operon.Operator wilayah (O) dari trp operon terletak di wilayah promotor
utama (P1) .dan juga terdapat promotor yang lemah yang terletak di (P2). . Promotor P2
meningkatkan level basal transkripsi gen trpC, trpB, dan trpA. . Dua urutan terminasi transkripsi
(t dan t’) terletak di sebelah dari trpA. Daerah trpL menentukan panjang 162-nukleotida urutan
pemimpin mRNA.

Positive Kontrol dari Lac Operon oleh CAP dan Siklik AMP

Operan model diusulkan oleh Jacob dan Monob.Glukosa telah lama dikenal sebagai
pencegah induksi lac operon serta operon lain yang mengendalikan enzim dalam katabolisme
karbohidrat. Katabolit represi dari operon lac dikenal melalui control positive dari transkripsi
oleh protein regulator CAP (Catabolit Activator Protein) dan molekul efektor kecil yang disebut
AMP siklik.lac promotor berisi 2 situs pengikatan yang terpisah yaitu :
1.Satu untuk RNA polymerase
2.Satu untuk CAP-CAMP.Situs ini harus terikat pada promotor lac agar operon dapat
diinduksi,yang akan membuat control positive transkripsi lac operon.

Gambar Organitor promoter–operator region dari lac operon

Regulasi Kompleks pada ara Operon

Pola regulasi pada arabinose operon e.coli biasanya memiliki pola yang belum
lengkap.lac dan trp operon dari gen regulator,reseptor berfungsi pada sisi negative operon untuk
menghentikan transkripsi. Catabolite Activator Protein (CAP) meliputi kontrol positif pada lac
operon dengan menstimulasi transkripsi pada operon.Protein regulator pada ara operon memiliki
peran positif dan negative terhadap transkripsi gen structural.Komponen regulator yang
mengontrol proses transkripsi ara operon memiliki peranan hingga 200 pasang nukleotida.
Arabinosa (ara) operon dari E.coli terdiri dari tiga gen struktural yaitu araB, araA, dan
araD untuk mengkode tiga enzim yang berperan dalam katabolisme arabinosa. Ketiga gen
tersebut akan mentranskripsi mRNA tunggal yang diinisiasi oleh promoter P BAD. Protein
regulator mayor dari ara operon atau protein araC diproduksi dari transkrip yang diinisiasi oleh
promoter yang disebut Pc. Promoter Pc dapat terlihat jelas ketika dalam pasangan nukleotida dari
PBAD,tetapi dua promoter akan menginisiasi transkripsi dengan arah yang berlawanan.Ketika
tidak terdapat arabinose dan terjadi siklus calvin (cAMP) protein araC berperan sebagai
regulator negatif (represor) pada transkripsi dari gen struktural araB, araA, dan araD dari
promoter PBAD .Ketika terdapat arabinose dan terdapat cAMP pada proses transkripsi dari gen
promoter PBAD protein araC berperan sebagai regulator positif (activator).
Tekanan Profase Lamda selama Lisogeni
Ketika temperature dari bakteriofag terdapat lamda dalam kondisi profage dalam sel
lisogeni maka gen yang mengkode replikasi DNA fage, morfogenesis fage, dan lisis dari sel host-
tidak harus diekspresikan.. Pda Fage lamda terdapat Gen C1 yang memiliki berat molekuler
27000 untuk mengkode repressor dalam area dimer dan tetramer yang y berikatan pada dua
daerah region (OL dan OR, ) yang terlibat dalam pertumbuhan litik.OL dan OR, tumpang tindih
dengan sekuen promoter,RNA polimerase berikatan dan menginisiasi transkripsi dari gen yang
mengontrol perkembangan litik. Dengan terikatnya represor pada dua daerah operator maka
RNA polimerase tidak akan berikatan dengan dua promotor sehingga transkripsi dimulai. Dalam
jalur ini, gen fage terus ditekan, memungkinkan profage “dorman” untuk ditranskripsikan dari
sel induk menuju sel progeni .
Interaksi dari represor lamda dengan sekuen DNA OLPL dan ORPR dijelaskan bagaimana
gene profage lamda dipertahankan dalam daerah yang ditekan. Mekanisme yang bertanggung
jawab dalam perkembangan litik dan perkembangan lisogenik dari sel E. coli dengan fage lamda
melibatkan beberapa gen pengatur lamda lainnya.
Pengaturan trp Operon Melalui Peredaman
Tingkat transkripsi trp operon dalam keadaan derepressed (tidak adanya triptofan) adalah
70 kali tingkat yang terjadi di bagian yang ditekan (Adanya triptofan).Pada trpR mutan
penambahan tryptophan akan menyebabkan 8-10 kali lipat penurunan kecepatan enzim
biosintetik triptofan terutama pada bagian trpL.Efek dari delesi ini tergantung pada represi dan
derepresi.
Regulasi trp operon yang kedua dinamakan dengan peredaman. redaman terjadi dengan
kontrol dari terminasi transkripsi di sebuah lokasi dekat akhir urutan ujung mRNA. Pemutusan
untuk trp operon transkripsi hanya terjadi di hadapan tryptophan bermuatan tRNA
Trp.Pemutusan ini terjadi pemotongan 140 nukleotida trp transkrip yang dihasilkan di daerah
attenuator dengan sinyal transkripsi terminasi yang berada di paling ujung operon bakteri.
Sinyal terminasi mengandung GC kaya palindrom diikuti oleh beberapa AT pasangan
basa, Transkripsi sinyal penghentian ini menghasilkan RNA yang baru lahir dengan berpotensi
membentuk struktur jepit hidrogen yang berikatan dengan beberapa urasil.
Ketika struktur jepit ini mulai timbul akan terjadi konformasi perubahan terkait RNA polimerase,
yang mengakibatkan pemutusan transkripsi berikutnya.

 Pertama pada prokariot transkrpsi dan translasi adalah berpasangan..Ribosom

mulai menerjemahkan mRNA. sementara mereka sedang diproduksi melalui
transkripsi.Dengan demikian,Peristiwa yang terjadi selama penerjemahan juga dapat
mempengaruhi transkripsi.
 Kedua perhatikan bahwa urutan pemimpin 162-nukleotida panjang operon trp
mRNA dapat membentuk alternatif struktur jepit rambut.Empat daerah pemimpin yaitu
(1) nukleotida 60-68, (2) nukleotida 75-83, (3) nukleotida110-121, dan (4) nukleotida
126-134
 Ketiga perhatikan bahwa urutan pemimpin mengandung inisiasi translation-kodon
AUG, diikuti oleh 13 kodon untuk asam amino, disusul secara bergantian oleh UGA
translasi-terminasi kodon. Selain itu, urutan pemimpin mengandung efisien ribosom-
mengikat situs terletak di posisi yang sesuai untuk inisiasi translasi pada leader AUG
inisiasi codon.

Peptida leader mengandung dua residu triptofan.Tidak adanya triptofan ribosom akan
menjadi terhenti sebelum dia menemui struktur pasangan basa dibentuk oleh urutan leader 74-85
dan 108-119,pembentukan struktur jepit akan terganggu dan transkripsi akan berlanjut ke dalam
gen trp e.Adanya triptopan ribosom dapat menerjemahkan kodon trp dengan kodon terminasi
peptida leader sehingga transkripsi sering berakhir pada attenuator, mengurangi jumlah mRNA
untuk gen trp struktural.
Urutan Temporal Ekspresi Gen Selama Infeksi Fag

Sekumpulan gen fage , biasanya disebut “early” gene. Produk dari dari gen ‘early’ bertanggung
jawab untuk memutuskan ekspresi dari gen ‘early’ dan mengaktifkan ekspresi dari kumpulan gen
selanjutnya.Dalam tiga virus bakteri yang paling banyak diteliti E.coli fage T4 dan 17 dan
Bacillius subtilis phage SPO1. Pada T7 faghe-sel yang terinfeksi , gen ‘early’ ditranskripkan oleh
RNA polimerase E. Coli maka satu dari gen ‘early’akan mengkode RNA polimerase T7 dan
mengtranskripsikan kesemua gen late.
Bacillus subtilis fage SP01 menampilkan sedikit lebih kompleks jalannya dari ketiga
ekspresi yaitu gen ‘early’, ‘middle’, dan ‘late’ berdasarkan waktu ekspresinya selama siklus
reproduksi. Gen SP01 ‘early’ di transkipkan oleh RNA polymerase B. Subtilis dari gen ‘early’
memproduksi polipeptida yang berikatan dengan RNA polimerase sel inang , merubah
spesitifasnya shingga ditranskripsikan pada gen ‘midle’ dari SP01. Dua dari produk gen ‘middle’
adalah, polipeptida yang bergabung dengan RNA polimeras B.
Phage T4 juga menunjukkan pola ekspresi gen yang lrbih kompleks,melibatkan beberapa
modifikasi dari RNA polimirase sel inang.Kontrol ekspresi gen terjadi pada peningkatan
transkripsi dan dimediasi oleh interaksi RNA polimerase- sekuen promoter.

PERTANYAAN

1. Jelaskan mengenai perbedaan kontrol postif dan negative dari regulasi ekspresi
gen di Prokariot ! (Elsa Novia Fitri Dewi )
Jawab : Pengendalian suatu gen melibatkan aktivitas gen regulator. Produk gen regulator
ada dua macam yaitu : aktivator dan represor. Aktivator berperan dalam pengendalian
secara positif, dan represor berperan dalam pengendalian secara negatif. gen regulator
bekerja dengan cara menempel pada sisi pengikatan protein regulator pada daerah
promoter gen yang diaturnya. Secara umum dikenal dua sistem pengendalian ekspresi
gen, yaitu:
a) Pertama pengendalian secara positif (operon diaktifkan oleh produk gen
regulator) yaitu berupa activator.Activator dapat bekerja jika terdapat induser
yaitu molekul efektor yang biasanya berupa molekul kecil seperti asam amino,
gula dan metabolit serupa lainnya.Aktivator yang telah aktif akan menempel pada
operator dan proses transkripsi dapat berjalan.proses ini dapat dihentikan jika
terdapat Ko-reseptor . Ko-represor dapat berikatan dengan aktivator dan
menonaktifkan kerja activator Ko-represor dapat berikatan dengan aktivator dan
menonaktifkan kerja activator.
b) Kedua pengendalian secara negative (operon dinonaktifkan oleh produk
ekspresi gen regulator).Jika repressor menempel pada operator maka akan
menghambat proses transkripsi. Operon dapat diaktifkan dengan cara diinduksi.
Induksi operon terjadi apabila ada induser.Induser akan berikatan dengan
represor, untuk kemudian mengubah struktur dari represor. Hal ini mengakibatkan
represor tidak dapat lagi berikatan dengan operator. Dengan demikian transkripsi
dapat berjalan.

2. Jelaskan mengenai terjadinya regulasi trp operon melalui proses atuenasi! (Elsa Novia
Fitri Dewi )
Jawab :Peredaman (atuenasi) dapat terjadi melalui pengaturan terminasi
transkripsi diujung sekuen leader mrna.Pada daerah attenuator atau daerah skuen trpL
terdapat sinyal identikuntuk sinyal transkripsi terminasi.Pada sinyal terminasi tersebut
maka akan dihasilkan RNA baru dengan bentukan struktur jepit rambut struktur ini
dibentuk oleh dasar-pasangan antara urutan nucleotide 114-121 dan 126-134. Hal ini
dapat terjadi dengan adanya triptofan sehingga ribosom dapat menerjemahkan kodon trp
dengan kodon terminasi peptida leader.Transkripsi akan berakhir pada attenuator,
mengurangi jumlah mRNA untuk gen trp struktural.