Tugas Genetika II 1 (resume lac Operon)

Nurul Yanuarsih

( 140342604423)

Yunita Nur Agustiningsih

()

Lac, Sebuah Operon yang diinduksi

Jacob dan Monod mengajukan model operon sebagai hasil dari studi mereka yaitu operon
lac dari E. Coli. Operon lac mengandung:
- promotor
- operator
- dan tiga gen struktural, yaitu z, y dan a
Tiga gen struktural masing-masing mengkode enzim yang berbeda,
- gen struktural z mengkode enzim -galaktosidase, berfungsi memotong laktosa
menjadi glukosa dan galaktosa
- gen struktural y mengkode enzim -galaktosidase permease, berfungsi memompa
laktosa ke dalam sel
- gen struktural a mengkode enzim -galaktosidase transasetilase, fungsinya masih
belum jelas.

Gambar 1. Operon lac E. Coli, sebuah Operon yang diinduksi. Operon lac terdiri dari tiga gen
struktural, z, y, dan a, Ditambah promotor (P) dan operator (O) daerah sebelah gen z. Gen
regulator (i) berdekatan dengan operon dalam kasus lac. Gen pengatur operon lain sering terletak
pada jarak yang cukup dari operon. (Perhatikan bahwa gen regulator biasanya tidak dianggap
sebagai bagian dari operon yang tepat, yang terdiri dari gen-gen struktural ditambah promotor
dan operator mereka). Gen regulator memiliki promotor sendiri (P(i)). Angka-angka di bawah
berbagai gen menunjukkan panjang perkiraan mereka dalam pasangan nukleotida. Urutan
nukleotida untuk P (i), P, dan O telah diketahui.

Gambar 2. Dua reaksi fisiologis penting yang dikatalisis oleh -galaktosidase. 1) konversi dari
lac operon penginduksi allolaktosa dan 2) pemecahan laktosa untuk menghasilkan monosakarida
glukosa dan galaktosa.
Bentuk aktif dari represor lac, adalah tetramer yang berisi empat salinan produk gen i.
Mutasi dalam gen i dan operator sering mengakibatkan sintesis konstitutif dari enzim laktosautilizing. Mutasi ini masing-masing ditujukan i- dan oc. Merozigot F yang memiliki genotipe i+
o+ z+ y+ a+ / i- o+ z+ y+ a+ juga diinduksi untuk sintesis dari tiga enzim yang ditentukan oleh operon
lac. Dengan demikian i+ dominan untuk i- seperti yang diharapkan, karena i+ menentukan sebuah
protein aktif (molekul represor) dan i- menghasilkan protein yang tidak aktif. Merozigot yang
memiliki genotipe F i+ o+ z+ y+ a+ / i- o+ z- y- a- atau genotipe F i+ o+ z- y- a- / i- o+ z+ y+ a+ dapat
diinduksi oleh -galactoside transasetilase, seperti sel wild-type. Hal ini menunjukkan bahwa
kode gen i untuk produk yang dapat berdifusi, karena mempengaruhi ekspresi struktural lokasi.
Sebuah merozigot, dari genotipe F i+ oc z- y- a- / i+ o+ z+ y+ a+ diinduksi untuk tiga enzim spesifik
oleh gen struktural dari operon lac, sedangkan merozigot genotipe F i+ oc z+ y+ a+ / i+ o+ z- y- amensintesis enzim ini secara konstitutif.
Beberapa mutasi gen i, yang ditunjuk dengan i-d dominan terhadap alel wild type (i+).
Dominasi ini ternyata hasil dari ketidakmampuan heteromultimers (fungsi lac represor sebagai
tetramer), yang mengandung kedua wild type dan mutan polipeptida, untuk mengikat urutan

operator. Mutasi gen i lainnya, ditunjuk dengan i-s menyebabkan operon lac menjadi tidak dapat
terinduksi. I-s mutasi memodifikasi sisi ikatan penginduksi dari represor lac.
Mutasi promotor tidak mengubah kemampuan menginduksi dari operon lac, tetapi
sebaliknya yaitu memodifikasi tingkat ekspresi gen di daerah terinduksi dan tidak terinduksi
dengan mengubah frekuensi inisiasi transkripsi operon lac. Promotor lac sebenarnya
mengandung dua komponen fungsional yang berbeda: (1) sisi pengikatan RNA polimerase dan
(2) sisi pengikatan protein lain, protein aktivator yang disebut katabolit (disingkat CAP), yang
berfungsi sedemikian rupa sehingga operon lac tidak tercatat dalam glukose pada konsentrasi
yang cukup untuk mendukung pertumbuhan optimal.
Trp, sebuah Penahan Operon
Operon trp (triptofan) E. coli mungkin adalah operon penahan paling terkenal. Charles
Yanofsky dan rekannya telah menganalisis secara rinci organisasi dari lima gen struktural dan
urutan peraturan yang berdekatan dari trp operon (Gambar 3). Trp operon represor adalah produk
dari gen trpR, yang tidak terkait erat dengan trp operon (Gambar 3).

Gambar 3
Dengan tidak adanya tryptophan (co-represor/penahan), RNA polimerase berikatan
dengan daerah promoter dan mentranskripsi gen struktural operon. Dengan adanya triptofan, corepresor(penahan) / represor(penahan) kompleks mengikat wilayah operator dan mencegah
pengikatan RNA polimerase ke promotor. Urutan operator operon trp terletak sepenuhnya di
dalam daerah promoter (Gambar 3).
Tingkat transkripsi operon trp di dareah tidak ada penahan (tidak adanya triptofan) adalah
70 kali yang terjadi di daerah yang ditahan (terdapat triptofan). Dalam trpR mutan yang tidak
dapat membuat penahan, laju sintesis enzim biosintesis triptofan masih berkurang sekitar 10 kali
lipat dengan penambahan triptofan ke media. Penurunan ini disebabkan oleh tingkat kedua
regulasi ekspresi operon trp disebut atenuasi(pelemahan). Pelemahan terjadi dengan pemutusan
triptofan transkripsi di trpL (pemimpin mRNA) wilayah operon.

Kontrol Positif pada lac Operon menggunakan CAP dan cAMP

Pemodelan Operan diusulkan oleh Jacob dan Monod untuk menjelaskan induksi
biosintesis dari enzim yang terlibat dalam pemanfaatan laktosa ketika ditambahkan dalam
medium E. coli yang sedang ditumbuhkan. Adanya glukosa diketahui dapat mencegah terjadinya
induksi lac Operon begitu juga pada operon lain yang mengendalikan enzim yang terlibat dalam
katabolisme karbohidrat. Fenomena tersebut disebut represi katabolit (atau efek glukosa) seakanakan berkembang dalam memastikan adanya glukosa, ketika pilihan lain kurang efisien sebagai
sumber energi.
Represi katabolit juga diketahui bahwa diperantarai oleh control positif transkripsi
dengan protein regulator yang disebut CAP (atau protein activator katabolit) dan molekul efektor
kecil yang disebut cAMP (siklik AMP). Promoter lac terdiri dari dua tempat rangkaian,
rangkaian pertama ditempati oleh RNA polymerase dan rangkaian kedua ditempati oleh
kompleks CAP-cAMP. Kompleks CAP-cAMP ini harus terangkai ke tempatnya pada lac
promoter agar operon terinduksi. Kompleks itulah yang memiliki kendali positif terhadap
transkripsi dari lac operon. Efeknya berbeda (antagonis) dari repressor yang berikatan dengan
operator.
Hanya kompleks CAP-cAMP yang mampu berikatan ke promoter lac, apabila tidak
terdapat cAMP maka CAP tidak bias berikatan ke lac operon. Maka dari itu cAMP disebut
sebagai molekul efektor yang menentukan efek dari CAP pada transkripsi lac operon.
Konsentrasi cAMP di dalam sel juga sensitive terhadap keberadaan glukosa. Apabila konsentrasi
glukosa intraseluler tinggi maka jumlah cAMP berkurang. Hal tersebut terjadi kemungkinan
dikarenakan glukosa atau metabolit lain bekerja menghambat aktivitas adenylcyclase yang
mengkatalis pembentukan cAMP dari ATP. Tidak adanya atau terlalu sedikitnya jumlah cAMP
berdampak pada CAP sehingga tidak bias berikatan dengan promoter lac operon. Selanjutnya,
RNA polymerase tidak akan berikatan dengan promoter lac operon.

Pertanyaan dan Jawaban

1. Mengapa mutasi gen i-s menyebabkan operon lac menjadi tidak dapat terinduksi?
Jawaban:
Mutasi gen i-s menyebabkan operon lac menjadi tidak dapat terinduksi karena ketika
dipelajari secara in vitro ternyata

mutan i-s polipeptida berbentuk

tetramers yang

mengikat DNA operator lac, tidak mengikat penginduksi atau menunjukkan afinitas yang
sangat rendah untuk penginduksi. Oleh karena itu, mutasi i-s memodifikasi sisi ikatan
penginduksi dari represor lac. i-s biasanya dapat diinduksi untuk beberapa derajat dengan
menggunakan konsentrasi yang sangat tinggi dari penginduksi dan tidak dapat diinduksi
pada

konsentrasi

penginduksi

normal.

2. Bagaimana perbedaan adanya penahan yaitu trp (tryptophan) dan tidak adanya trp?
Jawaban:
Dengan tidak adanya tryptophan (co-represor/penahan), RNA polimerase berikatan
dengan daerah promoter dan mentranskripsi gen struktural operon Tingkat transkripsi
operon trp di daeah tidak ada penahan (tidak adanya triptofan) adalah 70 kali yang terjadi
di daerah yang ditahan (terdapat triptofan). Sedangkan dengan adanya triptofan, corepresor(penahan) kompleks mengikat wilayah operator dan mencegah pengikatan RNA
polimerase ke promotor.
3. Mengapa lac operon tidak terinduksi ketika jumlah glukosa intrasel meningkat?
Jawaban:
Pada saat jumlah glukosa meningkat, molekul glukosa akan menghambat kerja dari enzim
adenylcyclase untuk mengubah ATP menjadi cAMP sehingga jumlah cAMP menurun.
Menurunnya jumlah cAMP menyebabkan CAP tidak mampu berikatan ke sisi promoter
lac operon, dan juga tidak terbentuknya kompleks CAP-cAMP. Hal tersebut akhirnya
menyebabkan RNA polymerase tidak mampu berikatan dengan sisi promoter lac operon
sehingga lac operon pun tidak terinduksi.

REGULASI PROKARYOT

PENGATURAN EKSPRESI GEN PADA PROKARIOTIK

A.

Pengertian Operon
Di dalam sel prokaryot, terdapat beberapa gen struktural yang diekspresikan secara

bersama-sama dengan menggunakan suatu promotor yang sama. Kelompok gen semacam ini
disebut sebagai operon. Misalnya metabolisme laktosa, arabinosa, dan lain-lain. Pada
prokaryot, secara umum dikenal dua macam sistem pengendalian ekspresi genetik yaitu
pengendalian positif dan pengendalian negatif. Pengendalian (regulasi) pada suatu gen atau
operon melibatkan aktivitas suatu gen regulator (Yuwono,2005)
Gen pada sebuah operon diekspresikan secara terkoordinasi. Gen tersebut dapat
diaktifkan atau dinonaktifkan. Apabila terjadi ekspresi operon, semua gen yang terdapat di
dalamnya mengalami transkripsi. Dalam hal ini terbentuk mRNA polisistronik yang mengkode
semua protein operon. mRNA polisistronik ini mengandung banyak rangkaian kodon start dan
kodon stop yang memungkinkan pembentukan sejumlah protein dari sebuah transkrip pada
tingkat translasi.
Gen untuk protein yang dihasilkan oleh suatu operon disebut gen struktural. Transkripsi gen
struktural diatur oleh promotor yang terletak di ujung 5 operon ke arah hulu dari gen untuk
protein. Banyak mekanisme untuk pengaturan sintesis protein yang mempengaruhi pengikatan
RNA polimerase ke promotor dan dengan demikian bekerja pada tingkat inisiasi transkripsi.
Sebagian protein pengatur berikatan dengan promotor dan merangsang/menghambat pengikatan
RNA polimerase. Pada kontrol positif, protein pengatur merangsang transkripsi. Pada kontrol
negatif, protein pengatur menghambat transkripsi.

Transkripsi operon juga dikendalikan oleh faktor sigma () yang berikatan dengan RNA
polimerase yang menyebabkan faktor tersebut mengenali dan lebih mudah berikatan dengan
promotor tertentu. Mekanisme lain melemahkan transkripsi RNA yang sedang berlangsung.
Banyak mekanisme pengatur ini mungkin saling tumpang tindih, bekerja pada operon tunggal
untuk memungkinkan berespon dengan cepat terhadap perubahan kondisi.

Gambar 1 Regulasi Operon oleh Represor

Gambar 2 Cara Kerja Inducer

B.

Regulasi Pada prokariot

Regulasi ekspresi gen banyak dimengerti melalui mekanisme yang dipelajari pada

bakteri. Sistem regulasi yang pertama dimengerti ialah system regulasi operan laktosa pada
bakteri E. coli oleh Yacob Manot. Regulasi ini berperan dalam mengatur produk si enzim galaktosidase, ketika bakteri harus memilih menggunakan laktosa atau glukosa sebagai sumber
karbonnya. Dua sistem regulasi yang paling umum yang paling umum dilakukan pada bakteri,
yaitu system operan laktosa (operan lac) dan system operan triptopan (operan trp).
Pada operan lac ekspresi gen diatur pada tingkat promoter dengan enzim transkriptase
(pengendali transkripsi). Pada operan trp ekspresi diatur dengan cara menghentikan transkripsi
bila produk transkripsi, yaitu tryptophan sudah mencapai kuantitas yang dibutuhkan.

Gambar 3 Model Operon

C.

Pengendalian negatif operon laktosa (lac)

System operon lac adalah system pengendalian ekspresi gen-gen yang bertanggung jawab
di dalam metabolisme laktosa.
Jika bakteri E.coli yang ditumbuhkan dalam medium yang mengandung sumber karbon
glukosa dan laktosa secara bersama-sama, maka E.coli akan menumbuhkan pola pertumbuhan
yang spesifik. Setelah melalui fase adaptasi, E.coli memasuki fase eksponensial yang ditandai
dengan laju pertumbuhan yang meningkat secara eksponensial kemudian akan mencapai fase
stasioner. Setelah mencapai fase stasioner beberapa saat kemudian bakteri akan tumbuh lagi
memasuki fase eksponensial kedua sampai akhirnya mencapai fase stasioner akhir. Dalam fase
pertumbuhan

semacam

ini

ada

dua

fase

eksponensial.

Pada

fase

eksponensial

pertama E.colimenggunakan glukosa sebagai sumber karbon sampai akhirnya glukosa habis dan
E.coli mencapai fase stasioner pertama. Selanjutnya pada fase eksponensial kedua, E.
colimenggunakan laktosa setelah glukosa benar-benar habis, pada saat inilah sebenarnya mulai
terjadi proses induksi sistem operon laktosa yang akan digunakan untuk melakukan metabolisme
laktosa, ini disebut pola pertumbuhan diauksik (diauxic) artinya bantuan, karena kedua macam
gula tersebut membantu bakteri untuk tumbuh.
Pada fase stasioner pertama, operon lactisa terdiri atas beberapa gen mulai diaktifkan.
Operon laktosa terdiri atas 3 gen struktural utama yaitu gen lacZ (mengkode enzim
galactosidase), gen lacY (mengkode permease galactosida), dan gen lacA (transasetilase
thiogalaktosida). Ketiga gen structural yang berbeda tersebut dikendalikan ekspresinya oleh satu
promoter yang sama dan menghasilkan satu mRNA yang bersifat polisistronik (polycistronic)
karena dalam satu transkrip terdapat lebih dari satu cistron (sinonim dari kata gen). Masingmasing cistron tersebut ditranslasi menjadi tiga polipeptida yang berbeda tetapi semuanya
terlibat di dalam metabolisme laktosa. Selain ketiga gen structural tersebut, juga terdapat gen
regulator lacl yang mengkode suatu protein repressor (tersusun atas 3.60 asam amino) dan
merupakan bagian system pengendalian operon lactose. Operon lactose dapat dikendalikan
secara negative maupun secara positif.
Enzim galactosidase adalah enzim utama yang digunakan untuk memotong ikatan
galactosidik yang ada pada molekul lactose sehingga dihasilkan dua monosakarida, yaitu glukosa
dan galaktosa. Enzim permease galaktosida adalah enzim yang berperanan dalam pengangkutan

lactose dari luar ke dalam sel. Enzim yang ketiga yaitu, transasetilase thiogalaktosida, sampai
sekarang belum diketahui secara jelas peranannya di dalam metabolisme lactose.
Pengendalian operon laktosa secara negatif dilakukan oleh protein represor yang dikode
oleh gen lacl. Repressor lacl adalah suatu protein tetramerik yang tersusun atas empat polipeptida
yang identik. Represor ini menempel pada daerah operator (lacO) yang terletak disebelah hilir
dari promotor. Operon lac berukuran sekitar 28 pasangan basa. Penempelan represor semacam
ini menyebabkan RNA polimerase tidak dapat melakukan transkripsi gen-gen struktural lacZ,
lacY, dan lacA sehingga operon laktosa dikatakan mengalami represi. Proses penekanan atau
represi semacam ini terjadi terus menerus selama tidak ada laktosa di dalam sel. Inilah yang
disebut mekanisme efisiensi seluler karena sel tidak perlu mengaktifkan operon lactose jika
memang tidak ada lactose sehingga energy seluler dapat dihemat. Sel akan cenderung untuk
menggunakan sumber karbon yang lebih sederhana terlebih dahulu, misalnya glukosa, untuk
memenuhi kebutuhan selularnya. Setelah tidak ada lagi glukosa di dalam sel, maka sel akan
mencari alternatife sumber karbon yang tersedia. Jika sel E.coli ditumbuhkan dalam medium
yang mengandung glukosa dan lactose, maka setelah glukosa benar-benar habis sel akan
melakukan metabolism lactose yang ada dengan cara mengaktifkan terlebih dahulu system
operon lactose. lactose Proses pengaktifan operon lactose semacam ini disebut sebagai proses
induksi.
Induksi operon lactosa dapat terjadi jika ada lactosa di dalam sel. Lactosa yang ada di
dalam medium pertumbuhan sel diangkut ke dalam sel dengan menggunakan enzim permease
galaktosida. Operon lactose sebenarnya tidak sepenuhnya ketat karena di dalam sel selalu ada
produk ekspresi operon ini meskipun pada aras paling dasar. Oleh karena itu, meskipun belum
ada induksi sepenuhnya di dalam sel sudah ada produk enzim permease galaktosida. Enzim
inilah yang akan mengangkut laktosa ke dalam sel. Demikian pula halnya dengan enzim
galactosidase di dalam sel yang selalu ada dalam jumlah terbatas, meskipun belum ada induksi
sepenuhnya, sehingga dapat mengubah lactose menjadi allolactosa. Laktosa adaalh disakarida
glukosa/galaktosa yang terikat melalui ikatan -1,4, sedangkan alloklactosa mempunyai ikatan 1,6. Allolaktosa ini yang sesungguhnya menjadi inducer untuk mengaktifkan operon lactose
Yuwono , 2005).

Gambar 4. Sistem induksi dan represi pada prokariot (a) Regulasi negative pada system
ekspresi gen prokariot. (sumber Yuwono:, 2005)
Selama tidak ada proses induksi, molekul reseptor yang di kode oleh lacl akan selalu
menempel pada operon lac. Meskipun demikian, RNA polymerase tetap dapat menempel pada
promotor lac, hanya saja tidak dapat melakukan transkripsi karena terhambat oleh molekul
repressor yang menempel pada daerah operon. Repressor yang dikode oleh lacl merupakan
molekul protein allosterik yang mempunyai sisi pengikatan yang berbeda untuk DNA dan
molekul induser. Protein allosterik (allos [latin] artinya lain, sedangkan sterik berasal dari kata
stereo yang berarti bentuk) adalah protein yang mempunyai dua sisi pengikatan dengan molekul
lain. Jika protein terebut berikatan dengan suatu molekul, maka hal ini akan mengubah bentuk
protein pada sisi yang lain sehingga mengubah interaksinya dengan molekul kedua. Molekul
induser dapat terikat pada repressor yang berada dalam keadaan bebas di dalam sel maupun pada
saat repressor terikat pada DNA. Dengan adanya induser (laktosa yang diubah menjadi
alolaktosa) maka molekul induser akan menempel pada repressor. Penempelan tersebut akhirnya
mengubah secara allosterik konformasi molekul repressor sehingga repressor tidak dapat
menempel lagi pada operator. Oleh karena itu, daerah operator berada dalam keadaan bebas
sehingga dapat dilewati oleh RNA polymerase untuk melakukan transkripsi gen lacZ, lacY, dan
lacA. Setelah ditranskripsi, tarnskripsi yang membawa kodon-kodon untuk ketiga macam enzim
tersebut selanjutnya di translasi menghasilkan enzim b-galaktosidase dan permase galaktosida
dan transasetilase thiogalaktosida. Enzim b-galaktosidase dan permase galaktosida itulah yang
akhirnya digunakan untuk metabolisme laktosa.
D.

Pengendalian positif operon laktosa (lac)

Selain dikendalikan secara negatif, operon lac juga dikendalikan secara positif. Dalam

sistem semacam ini operon lac diaktifkan kembali setelah sebelumnya ditekan sampai aras paling
dasar (basal level). Pengendalian positif memberikan keuntungan bagi sel karena operon laktosa
tetap dalam keadaan nonaktif selama masih tersedia glukosa dalam jumlah banyak. Dalam kasus
operon lac, penghilangan represor dari operator tidak cukup untuk mengaktifkan operon tersebut
sehingga diperlukan suatu sistem yang bekreja secara positif (mempercepat) proses pengaktifan
operon. Pada saat E. coli ditumbuhkan dalam medium yang mengandung dua macam sumber
karbon yang berbeda, yaitu glukosa dan laktosa, maka sel tidak perlu mengaktifkan operon

laktosa jika di dalam sel masih tersedia glukosa. Hal ini ditunjukkan dalam suatu eksperimen
menggunakan E. coli yang ditumbuhkan dalam medium yang mengandung suksinat dan IPTG
(isopropil thigaluktosida). IPTG mempunyai struktur yang mirip dengan laktosa sehingga dapat
berfungsi sebagai inducer operon laktosa. Pada saat awal ketika IPTG tersedia, b-galaktosidase
dapat diekspresikan. Akan tetapi ketika ditambahkan glukosa maka sintesis enzim ini mengalami
penurunan yang tajam. Pada awalnya diduga bahwa suatu katabolic glukosa (produk pemecahan
glukosa) menjadi penyebab fenomena ini sehingga kemudian dikenal sebagai fenomena represi
katabolic atau efek glukosa. Akan tetapi, ketika molekul nukleotida cAMP (cyclic AMP)
ditambahkan bersama-sama dengan glukosa, proses represi sintesis b-galaktosidase tidak terjadi.
Represi katabolic semacam ini juga terjadi operon yang lain.
Represi katabolik pada operon lac dilakukan melalui protein regulator yang dikenal
sebagai
yaitu

CAP
cAMP.

(catabolic
Telah

activator

diketahui

protein)

bahwa E.

dan

suatu

coli konsentrasi

molekul

cAMP

efektor

yang

disintesisi

oleh enzim adenil siklase, berkebalikan dengan konsentrasi glukosa dalam sel. Hal
itu

berarti

meningkat.

bahwa
Pada

jika

saat

konsentrasi

konsentrasi

glukosa

cAMP

rendah,

meningkat,

maka

yaitu

konsentrasi

pada

saat

cAMP

konsentrasi

glukosa rendah, cAMP akan berikatan dengan CAP dun mengaktifkan operon lac.
Promotor

lac

pengikatan

untuk

cAMP.

mempunyai

Kompleks

sekuens

-72

konsensus

dan

sisi

CAP-cAMF

RNA

dua

polimerase

CAP-cAMP
-52
ini

pengikatan

dan

terikat

dihitung

pengikatan

semacam

sisi

pada

dari

pengikatan
promotor

nukleotida

CAP-cAMP
bervariasi

sisi

yang

adalah

dari

satu

berbeda,
untuk

lac

kompleks

pada

pertama

yaitu

operon

sisi
CAP-

daerah

diantara

lac.

Sekuens

TGTGA.

Sisi

pengikatan

operon

dengan

operon

kompleks
yang

lain,

misalnya pada operon gal sisi pengikatan tersebut terletak pada sekuens -50 dan 23, sedangkan pada operon ara terletak pada daerah -170 dan -78. Meskipun mekanisme rinci
pengaktifan

operon

protein

CAP mampu

secara

langsung

pengikatan
untuk

pada

belum

melakukan

dengan

kompleks

terikat

lac
RNA

perubahan

pada

polimerase.

CAP-cAMP
Promotor.

diketahui

Salah

pada
satu

secara

struktur
Bukti-bukti

promotor
hipotesis

jelas,

DNA atau

diduga
berinteraksi

menunjukkan

membantu

RNA

mengatakan

bahwa

bahwa

polimerase
kompleks

CAP-cAMP
pada

sisi

dan
yang

RNA polimerase

RNA

polimerase

berdekatan
tersebut

di

saling

promotor.

menyebabkan

bersentuhan
Kedekatan

ikatan

karena
ikatan

keduanya

melekat

CAP-cAMP

dengan

RNA polimerase

dengan

promotor

menjadi lebih kuat. Pada kasus operon lac, sisi pengikatan CAP-cAMP dengan RNA polimerase
tersebut menyebabkan ikatan RNA polimerase dengan promotor menjadi lebih kuat. Pada kasus
operon lac, sisi pengikatan CAP-cAMP dengan RNA polimerase memang secara fisik
berdekatan, tetapi pada operan ara sisi pengikatan activator teresbut berada cukup jauh dari
promotor. Hipotesis mengatakan bahwa CAP-cAMP mampu menyebabkan perubahan pada
struktur DNA yaitu dengan mendekatkan hubungan antara kompleks CAP-cAMP dengan RNA
polimerase.
Jadi secara umum dapat dijelaskan bahwa pengikatan CAP-cAMP pada promotor
menyebabkan RNA polimerase dapat tertarik pada promotor membentuk kompleks promotor
tertutup (close promotor complex) yang selanjutnya akan menjadi kompleks promotor terbuka
yang siap melakukan ripsi. Pengikatan RNA polimerase pada promotor tersebut difasilitasi oleh
CAP-cAMP melalui interaksi protein-protein, pembengkokkan DNA atau kedua-nya.

Gambar 5. Sistem induksi dan represi pada prokariot (b) Regulasi positif pada sistem ekspresi
gen prokariot. (Sumber : Yuwono, 2005)

E.

Pengendalian operon triptofan (trp)

Operon trp berperanan di dalam sintesis asam amino triptofan pada E. coli. Operon trp,

dikendalikan melalui dua macam mekanisme yaitu : (1) penekanan (represi) oleh produk akhir
ekspresi, dan (2) pelemahan (attenuation). Operon ini dikenal secara negatif oleh suatu represor
seperti pada operon lac. Meskipun demikian, ada perbedaan fundamental antara kedua operon
tersebut. Operon lac adalah operon yang mengkode enzim-enzim katabolik, yaitu enzim yang
digunakan untuk merombak suatu senyawa, sedangkan operon trp adalah operon yang mengkode
enzim-enzim anabolik yang digunakan untuk sintesis suatu senyawa. Operon untuk enzim

katabolik cenderung akan diaktifkan jika ada senyawa yang akan dirombak, misalnya laktosa.
Sebaliknya, operon untuk enzim anabolic pada umumnya akan dinonaktifkan jika tersedia
senyawa yang akan disintesis, misalnya triptofan, maka operon trp akan dinonaktifkan. Selain
dengan mekanisme pengendalian negatif semacam ini, operon trp juga mempunyai mekanisme
pengendalian lain, yaitu mekanisme pelemahan yang tidak ada pada operon lac.
Pengendalian

negatif

operon

trp

dilakukan

dengan

cara

menekan

ekspresi

gen-gen dalam operon itu pada saat tersedia triptofan dalam jumlah banyak. Operon trip terdiri
atas 5 gen struktural, yaitu tripE, D, C, B dan A. Promotor dan operator operon ini terletak pada
daerah yang sama. Hal ini berbeda dengan operator lac yang terletak tepat pada sisi sebelah hilir
promotor lac. Pada daerah hilir setelah promotor, tetapi sebelum daerah gen struktural, terdapat
suatu urutan nukleotida (trpL) yang mengkode suatu polipeptida awal berukuran pendek (leader
peptida) yang terdiri atas 14 asam amino dan tidak fungsional sebagai protein. Sekuens gen
peptida awal tersebut mempunyai kodon inisiasi translasi AUG diikuti oleh 13 kodon asam
amino dan kodon terminasi transalsi UGA. Gen struktural trpE mempunyai kodon inisiasi
translasi (AUG) tersendiri yang berbreda dari kodon inisiasi pada sekuens peptida awal. Setelah
sekuens trpL terdapat suatu sekuens yang mempunyai fungsi khusus dalam pengendalian dengan
mekanisme pelemahan (attenuation) yang disebut sebagai daerah attenuator. Selain itu, juga ada
gen regulator operon trp yaitu trpR yang mengkode sintesis aporepresor yang tidak aktif jika
tidak ada triptofan.
Pada saat triptofan tidak tersedia, atau hanya tersedia dalam jumlah sangat terbatas, gen
trpR hanya menghasilkan aporepresor yang tidak mampu menempel pada daerah operator
sehingga RNA polimerase dapat dengan mudah melakukan transkripsi gen-gen struktural trpE,
D, C, B dan A setelah melewati daerah attenuator. Sebaliknya, pada saat tersedia triptofan dalam
jumlah banyak, aporepresor yang dikode oleh trpR akan berikatan dengan molekul triptofan
(disebut sebagai ko-represor) sehingga terjadi perubahan struktural pada protein aporepresor
menjadi protein represor yang fungsional. Perubahan struktural tersebut mengakibatkan represor
dapat menempel pada daerah promotor operon trp sehingga RNA polimerase tidak dapat
melakukan transkripsi gen-gen struktural.
Selain dengan mekanisme pengendalian negatif semacam trp, operon trp juga
dikendalikan melalui mekanisme pelemahan. Perlu dipahami bahwa sistem represi operator trp

sebenarnya tidak cukup kuat, jauh lebih lemah dibandingkan represor operon lac, sehingga
transkripsi gen-gen struktural trp masih dapat terjadi meskipun ada protein represor. Oleh karena
itu, diperlukan mekanisme pengendalian yang lain untuk meningkatkan efisiensi selular karena
sintesis asam amino triptofan memerlukan banyak energi.
Jika triptofan dalam jumlah banyak, pada awalnya RNA polimerase akan melakukan
transkripsi sekuens trpL yang kemudian langsung diikuti dengan transalsi transkrip trpL. Perlu
diingat bahwa dalam sistem prokaryot, tarnskripsi akan langsung diikuti dengan translasi,
berbeda dengan eukaryot yang memiliki sistem terpisah. Meski trpL dapat ditranskripsi namun
proses transkripsi tersebut akan segera diakhiri karena daerah attenuator mempunyai sekuens
terminator transkripsi sehingga akhirnya RNA polimerase terlepas dari DNA sebelum mencapai
gen-gen struktural trpEDCBA. Sekuens terminator pada daerah attenuator berupa suatu sekuens
berulang-terbalik (inverted repeat) yang diikuti oleh delapan pasangan A-T. Dengan adanya
sekuens berulang-balik semacam ini, maka transkrip mRNA pada daerah ini akan cenderung
mengalami pasangan basa intramolekuler membentuk struktural sekunder jepit rambut (hair pin).
Pembentukan struktur jepit rambut yang diikuti dengan rangkaian basa U tersebut menyebabkan
ikatan antara transkripsi dengan DNA menjadi tidak stabil sehingga akhirnya transkrip terlepas
dan transkripsi tidak dapat dilanjutkan.

Ada 4 sekuens pada daerah peptida awal dan attenuator yang dapat membentuk, struktur
sekuens jepit rambut. Proses pelemahan transkripsi ditentukan oleh laju translasi peptida awal,
relatif terhadap laju transkripsinya. Sekuens 1 dapat membentuk struktur jepit rambut dengan
sekuens 2 (1:2), sedangkan sekuens 3 dengan sekuens 4 (3:4). Struktur jepit rambut 3:4 itulah
yang berfungsi sebagai terminator transkripsi sebelum RNA polimerase mencapai gen trpE.
Sebaliknya, jika terjadi struktur jepit rambut antara 2:3, maka pembentukan struktur 3:4 dapat
dicegah, sehingga tidak ada terminasi transkripsi dan RNA polimerase dapat berjalan mencapai
gen trdEDCBA.
Pengaturan pembentukan struktur sekunder 2:3 atau 3:4 dilakukan dengan mengatur laju
translasi peptida awal. Sekuens peptida awal mengandung dua kodon triptofan (UGG) yang
terletak berurutan pada sekuens 1. Sekuens 1 tersebut dapat membentuk struktur jepit rambut

pertama. Keberadaan dua kodon triptofan yang berurutan semacam ini termasuk jarang karena
asam amino triptofan sangat jarang ditemukan pada struktur protein; triptofan umumnya hanya
ada satu setiap 100 asam amino. Pada saat triptofan tersedia dalam jumlah sedikit maka jumlah
tRNAtrp (tRNA yang membawa asam amino triptofan) juga akan berkurang. Keadaan ini
menyebabkan ribosom yang melakukan translasi peptida awal akan berhenti pada daerah kodon
triptofan yang pertama sehingga terjadi penumpukan ribosom pada daerah ini. Ribosom yang
menumpuk pada sekuens kodon triptofan pertama menyebabkan penghambatan pembentukan
struktur jepit rambut 1:2, sehingga sekuens 2 dapat membentuk struktur jepit rambut dengan 3
sekuens (2:3). Akibatnya, struktur jepit rambut 3:4 tidak dapat terbentuk sehingga tidak ada
terminasi transkripsi oleh RNA polimerase.
Sejalan dengan proses transkripsi dan translasi gen struktur trpEDCBA, maka asam
amino triptofan, meningkat, dengan demikian pula dengan tRNAP. Pada keadaan ini ribosom
dapat mencapai daerah terminasi translasi (UGA), yang terletak antara sekuens 1 dan 2, karena
tidak ada lagi hambatan akibat keterbatasan triptofan sehingga akhirnya ribosom terlepas.
Dengan tidak adanya ribosom maka dapat terbentuk struktur jepit rambut 1:2 dan 3:4, sehingga
struktur 3:4 dapat berfungsi sebagai terminator transkripsi oleh RNA polimerase.
Pengendalian operon dengan mekanisme serupa (pelemahan) juga terjadi pada operon his
pada E.coli yang mempunyai daerah peptida awal dengan kodon histin berurutan sebanyak tujuh
buah. Selain itu, operon lain yang juga dikendalikan dengan mekanisme pelemahan adalah
operon thr, ilv, leu, dan phe. Pada bakteri Bacillus substilis, mekanisme pengendalian operon trp,
dengan mekanisme pelemahan dilakukan dengan cara yang berbeda. Pada saat triptofan tersedia
dalam jumlah banyak triptofan berikatan dengan suatu protein yang disebut sebagai TRAP dapat
melekat pada RNA-biding atteniator protein). Pengikatan ini menyebabkan TRAP dapat melekat
pada RNA hasil transkripsi gen peptida awal menyebabkan terbentuknya terminator sehingga
transkripsi gen-gen trp tidak terjadi. Sebaliknya, pada saat triptofan tidak, tersedia dalam jumlah
banyak, TRAP tidak dapat berikatan dengan transkrip gen peptida awal sehingga terbentuk
terminator.
F.

Pengendalian Operan ara

Katabolisme L-arabinosa oleh E-coli melibatkan tiga enzim yang dikode oleh tiga gen
berurutan, yaitu araB, araA, dan araD. Aktivitas transkripsi ketiga gen tersebut diatur oleh gen
keempat yaitu araC. Lokus araC dan araBAD ditranskripsi dengan arah yang berlawanan oleh
suatu daerah promotor sentral. Aktivitas ipromotor araC (P c) maupun promotor araBAD (PBAD)
distimulasi oleh CAP-cAMP. Operon ara mempunyai dua operator yaitu araO 1(mengendalikan
araC) dan araO2 (mengendalikan araBAD). Operator araO2 terletak cukup jauh dari promotor
PBAD (pada posisi-265 dan -294) tetapi masih mampu melakukan pengendalian transkripsi. Sisi
pengikatan CAP terletak sekitar 200 bp disebelah hulu dark promotor ara. Protein araC (dikode
oleh araC) mempunyai 3 daerah pengikatan yaitu pada araO 2, araOl, dan pada aral yang dapat
dibedakan menjadi dua sub-bagian yaitu aral1 dan aral2.
Pada saat tidak tersedia arabinosa, sehingga tidak diperlukan enzim untuk katabolisme,
protein araC melakukan pengendalian negatif dengan cara menempel pada araO2 dan aral1.
Penempelan itu menyebabkan DNA membengkok sehingga menekan transkripsi operon
araBAD. Sebaliknya, jika arabinosa tersedia, terjadi perubahan konfirmasi protein araC sehingga
protein regulator tersebut tidak dapat menempel pada araO 2 melainkan melekat pada aral1 dan
aral2. Hal ini menyebabkan penghilangan struktur bengkokkan DNA yang sebelumnya menekan
operon ara BAD sehingga operon ini dapat ditranskripsi dan translasi menghasilkan enzim-enzim
yang digunakan untuk metabolisms arabinosa.
Protein araC sendiri juga dapat diatur aras sintetisnya dengan mekanisme autoregulasi.
Gen araC ditranskripsi kearah kiri dari promotornya (PC) sementara disemailah kirinya
(disemailah hulu dari araC) terdapat operator araO1. Pada saat konsentrasi araC meningkat,
protein ini akan menempel pada araO1 sehingga akhirnya menghambat transkripsi araC kearah
kiri (kearah hulu dari lokus araC). Penghambatan transkripsi araC ini pada akhirnya akan
mengurangi jumlah protein represor sehingga tidak disintesisi dalam jumlah berlebihan.
G.

Pengendalian Operon gal

Operon gal pada E. coli terdiri atas tiga gen struktural, yaitu galE, galT, dan galK yang

ditranskripsi dari dua promotor yang saling tumpang tindih pada sisi sebelah hulu dari galE.
Operon ini selain bertanggung jawab dalam metabolisme galaktosa sebagai sumber karbon, juga
berperan dalam mengubah UDP-glukosa menjadi UDP-galaktosa pada waktu tidak ada

galaktosa. Meskipun transkripsi kedua promotor gal dapat diinduksi oleh galaktosa, tetapi
produk galE dalam aras dasar selalu dibutuhkan pada saat tidak tersedia galaktosa. Operon gal
juga diatur oleh sistem represi katabolic. Pada saat konsentrasi cAMP tinggi, kompleks CAPcAMP akan menstimulasi transkripsi dari promotor pertama sekaligus menekan promotor kedua
sehingga terbentuk produk gen-gen struktural operon gal. Sebaliknya, jika bakteri ditumbuhkan
dalam medium yang mengandung glukosa, sehingga konsentrasi cAMP rendah, maka transkripsi
dimulai dari promotor kedua yang terletak disemailah hulu promotor pertama. Keadaan ini
menyebabkan disintesisinya enzim-enzim gal pada aras dasar (basal level). Kedua promotor gal
tersebut dikendalikan secara negatif oleh produk gen galR yang tidak terikat dengan operon gal.

SO,,,,,,,,

1.

Operon adalah kelompok gen pada prokariotik yang diekspresikan secara bersama-sama
dengan menggunakan suatu promotor yang sama

2.

Dua sistem regulasi yang paling umum dilakukan pada bakteri, yaitu system operan laktosa
(operan lac) dan system operan triptopan (operan trp).

3.

System operon lac adalah system pengendalian ekspresi gen-gen yang bertanggung jawab
di dalam metabolisme laktosa.

4.

Operon trp berperanan di dalam sintesis asam amino triptofan pada E. coli. Operon trp,
dikendalikan melalui dua macam mekanisme yaitu : (1) penekanan (represi) oleh produk
akhir ekspresi, dan (2) pelemahan (attenuation).

Katabolisme L-arabinosa oleh E-coli melibatkan tiga enzim yang dikode oleh tiga gen berurutan,
yaitu araB, araA, dan araD. Aktivitas transkripsi ketiga gen tersebut diatur oleh gen keempat
yaitu araC. Lokus araC dan araBAD ditranskripsi dengan arah yang berlawanan oleh suatu
daerah promotor s