Operon: Unit Ekspresi Gen yang Diatur Secara Regulasi

Pada prokariota, gen dengan fungsi terkait sering hadir dalam unit genetik yang diatur secara
terkoordinasi yang disebut operon.

Salah satu elemen, gen penekan, mengkodekan penekan, yang (di bawah kondisi yang sesuai)
mengikat elemen kedua, operator.

Transkripsi dimulai pada promotor yang terletak di hulu (5) dari daerah pengkodean gen
struktural. Ketika represor terikat pada operator, sterik mencegah RNA polimerase
mentranskripsikan gen struktural dalam operon. Wilayah operator berdekatan dengan wilayah
promotor; kadang-kadang operator dan promotor bahkan tumpang tindih, berbagi urutan
DNA pendek. Wilayah operator sering terletak di antara promotor dan gen struktural yang
mereka atur. Unit bersebelahan yang lengkap, termasuk gen struktural, operator, dan
promotor, disebut operon

Apakah represor akan mengikat operator dan mematikan transkripsi gen struktural dalam
operon ditentukan oleh ada atau tidak adanya molekul efektor seperti yang dibahas pada
bagian sebelumnya. Operon yang dapat diinduksi dan operon yang dapat ditekan dapat
dibedakan satu sama lain dengan menentukan apakah represor telanjang atau kompleks
molekul represor / efektor aktif dalam pengikatan ke operator.

1. Dalam kasus operon yang diinduksi, represor bebas mengikat operator, mematikan
transkripsi (Gambar 18.4b).

2. Dalam kasus operon yang menekan, situasinya terbalik. Represor gratis tidak dapat
mengikat ke operator. Hanya kompleks molekul represor / efektor (ko-represor) yang aktif
dalam pengikatan ke operator (Gambar 18.4c)

Kecuali untuk perbedaan ini dalam perilaku pengikat operator dari represor bebas dan
kompleks molekul represor / efektor, operon yang diinduksi dan ditekan adalah identik.

Transkrip mRNA tunggal membawa informasi pengkodean seluruh operon. Dengan

demikian, mRNA operon yang terdiri dari lebih dari satu gen struktural bersifat multigenik.
Sebagai contoh, mRNA operan tryptophan dari E. coli berisi urutan pengkodean dari lima
gen yang berbeda. Karena mereka ditranskripsi bersama, semua gen struktural dalam operon
diekspresikan secara terkoordinasi.

Meskipun jumlah molar dari produk gen yang berbeda tidak perlu sama (karena efisiensi
yang berbeda dari inisiasi terjemahan), jumlah relatif dari polipeptida berbeda yang
ditentukan oleh gen dalam operon biasanya tetap sama, terlepas dari keadaan induksi atau
represi. Dalam beberapa kasus, perbedaan penggunaan sinyal terminasi transkripsi dapat
mengubah jumlah produk gen yang disintesis.

Pada bakteri, gen dengan fungsi terkait sering terjadi dalam unit yang diatur secara
terkoordinasi yang disebut operon.

Setiap operon berisi satu set gen struktural yang berdekatan, promotor (situs pengikatan
untuk RNA polimerase), dan operator (situs pengikatan untuk protein regulator yang disebut
represor).

Ketika sebuah represor terikat pada operator, RNA polimerase tidak dapat mentranskripsi gen
struktural dalam operon. Ketika operator bebas dari represor, RNA polimerase dapat
menyalin operon.

LAC

Oper lac adalah operon yang diinduksi yang dikendalikan secara negatif; gen lacZ, lacY, dan
lacA diekspresikan hanya di hadapan laktosa. Gen pengatur lac, yang disebut gen I,
mengkodekan suatu represor yang panjangnya 360 asam amino. Namun, bentuk aktif dari
penekan lac adalah tetramer yang mengandung empat salinan produk gen I. Dengan tidak
adanya induser, represor berikatan dengan operator lac, yang pada gilirannya mencegah RNA
polimerase dari mengkatalisis transkripsi tiga gen struktural (lihat Gambar 18.4b). (Catatan:
hanya operator asli (O1) yang ditemukan oleh Jacob dan Monod ditunjukkan pada Gambar
18.4, 18.7, dan 18.8.) Beberapa molekul produk gen lacZ, lacY, dan lacA disintesis dalam
keadaan tidak diinduksi, memberikan tingkat rendah tingkat latar belakang aktivitas enzim.
Aktivitas latar belakang ini sangat penting untuk induksi operon lac karena induser operon,
allolaktosa, berasal dari laktosa dalam reaksi yang dikatalisis oleh-galactosidase (Gambar
18.6). Setelah terbentuk, allolactose diikat oleh represor, menyebabkan pelepasan represor
dari operator. Dengan cara ini, allolactose menginduksi transkripsi gen struktural lacZ, lacY,
dan lacA (lihat Gambar 18.4b)

Gen lacI, operator lac O1, dan promotor lac semua awalnya diidentifikasi secara genetik
dengan isolasi strain mutan yang menunjukkan ekspresi yang berubah dari gen operon lac.
Mutasi pada gen I dan operator sering menghasilkan sintesis konstitutif dari produk gen lac.
Mutasi-mutasi ini masing-masing dinamai I dan Oc. Mutasi konstitutif I dan Oc dapat
dibedakan tidak hanya oleh posisi peta, tetapi juga oleh perilaku mereka dalam diploid parsial
di mana mereka berada dalam konfigurasi cis dan trans relatif terhadap mutasi pada gen
struktural lac (Tabel 18.1). Ingatlah bahwa diploid parsial dapat dibangun menggunakan
faktor kesuburan (F) yang membawa gen kromosom — faktor F (Bab 8). Faktor F yang
membawa operon lac telah digunakan untuk mempelajari interaksi antara berbagai komponen
operon.
Promotor lac sebenarnya mengandung dua komponen terpisah: (1) situs pengikatan RNA
polimerase dan (2) situs pengikatan untuk protein lain yang disebut protein aktivator
katabolit (disingkat CAP) yang mencegah operasi lac diinduksi dengan adanya glukosa.
Sirkuit kontrol kedua ini, yang kami pertimbangkan selanjutnya, memastikan pemanfaatan
glukosa sebagai sumber energi preferensial ketika tersedia.

REPRESI KATABOLIT

Kehadiran glukosa telah lama dikenal untuk mencegah induksi operon lac, serta operon lain yang
mengendalikan enzim yang terlibat dalam katabolisme karbohidrat. Fenomena ini, yang disebut
represi katabolit (atau efek glukosa), memastikan bahwa glukosa dimetabolisme saat ini, lebih
disukai sumber energi lain yang kurang efisien.

rangkuman

E. coli lac operon adalah sistem yang dapat diinduksi dan katabolit yang negatif; tiga gen
struktural dalam operon lak ditranskrip pada level tinggi hanya dengan adanya laktosa dan
tidak adanya glukosa. Dengan tidak adanya laktosa, represor lac berikatan dengan operator
lac dan mencegah RNA polimerase dari memulai transkripsi operon. Represi katabolit
menjaga operon seperti enzim pengkodean lac yang terlibat dalam katabolisme karbohidrat
tidak diinduksi dengan adanya glukosa, sumber energi yang disukai. Pengikatan kompleks
CAP / cAMP ke situs pengikatannya di promotor lac membengkokkan DNA dan
membuatnya lebih mudah diakses oleh RNA polimerase. Penekan lac berikatan dengan dua
operator — baik O1 dan O2 atau O1 dan O3 — secara bersamaan dan membengkokkan
DNA ke jepit rambut atau loop, masing-masing.

Operon TRP

Oper trp dari E. coli mengontrol sintesis enzim yang mengkatalisis biosintesis asam amino
triptofan. Fungsi dari lima gen struktural dan sekuens pengatur yang berdekatan dari operon
trp telah dianalisis secara rinci oleh Charles Yanofsky dan rekan. Lima gen struktural
menyandikan enzim yang mengubah asam korion menjadi triptofan. Ekspresi operon trp
diatur pada dua tingkat: represi, yang mengontrol inisiasi transkripsi, dan atenuasi, yang
mengatur frekuensi terminasi transkrip prematur. Kami akan membahas mekanisme
pengaturan ini dalam dua bagian berikut.

Gen struktural dalam operon triptofan ditranskrip hanya ketika triptofan tidak ada atau hadir dalam
konsentrasi rendah. Ekspresi gen dalam operon trp diatur oleh represi inisiasi transkripsional dan
oleh pelemahan (penghentian prematur) transkripsi ketika triptofan lazim di lingkungan.

Represi
Oper trp dari E. coli adalah operon negatif yang dapat ditekan. Organisasi dari operon trp
dan jalur biosintesis triptofan ditunjukkan pada Gambar 18.13. Gen trpR, yang menyandikan
trp represor, tidak terkait erat dengan operon trp. Wilayah operator (O) dari operon trp
terletak di dalam wilayah promotor utama (P1). Ada juga promotor yang lemah (P2) pada
ujung gen trpD operator-distal. Promotor P2 meningkatkan level dasar transkripsi gen trpC,
trpB, dan trpA. Dua urutan terminasi transkripsi (t dan t) terletak di hilir dari trpA. Wilayah
trpL menentukan urutan pemimpin mRNA 162-nukleotida-panjang.

Regulasi transkripsi operasi trp digambarkan dalam Gambar 18.4c. Dengan tidak adanya
triptofan (co-represor), RNA polimerase berikatan dengan daerah promotor dan
mentranskripsikan gen struktural operon. Di hadapan triptofan, kompleks co-repressor /
repressor berikatan dengan wilayah operator dan mencegah RNA polimerase dari memulai
transkripsi gen dalam operon

Laju transkripsi operasi trp dalam keadaan derepresi (tidak adanya triptofan) adalah 70 kali
laju yang terjadi dalam keadaan tertekan (keberadaan triptofan). Pada mutan trpR, yang
tidak memiliki penekan fungsional, laju sintesis enzim biosintetik triptofan masih berkurang
sekitar sepuluh kali lipat dengan penambahan triptofan ke dalam medium. Pengurangan
tambahan dalam ekspresi trp operon ini disebabkan oleh atenuasi, yang akan dibahas
selanjutnya.

Rangkuman

E. coli trp operon adalah sistem negatif yang dapat ditekan; transkripsi lima gen struktural
dalam operon trp ditekan di hadapan konsentrasi triptofan yang signifikan. Operon seperti
trp yang menyandikan enzim yang terlibat dalam jalur biosintesis asam amino sering
dikendalikan oleh mekanisme pengaturan kedua yang disebut atenuasi. Redaman terjadi
oleh penghentian prematur transkripsi di situs dalam urutan pemimpin mRNA (urutan 5 ke
wilayah pengkodean) ketika triptofan lazim di lingkungan di mana bakteri tumbuh.

ATENUASI