Induksi dan represi pada prokariotik

Pada dasarnya setiap makhluk hidup memiliki kemampuan untuk bertahan hidup,
adaptasi, dll. Kemampuan tersebut didukung dengan adanya ekspresi gen “mengaktifkan atau
mematikan” untuk menunjang sistem dalam tubuh dapat berfungsi dan melakukan tugasnya.
Ekspresi dari gen tertentu “diaktifkan” ketika produk dari gen dibutuhkan untuk pertumbuhan
pada lingkungan. Ekspresinya akan “dimatikan” ketika produknya tidak dibutuhkan untuk
tumbuh pada lingkungan tersebut.

Produk gen tertentu seperti molekul tRNA, molekul rRNA, protein ribosom, subunit
RNA polimerase, dan enzim yang mengkatalisis proses metabolisme sering disebut fungsi seluler
"housekeeping" (komponen penting dari hampir semua sel hidup). Gen yang menentukan produk
ini terus-menerus diekspresikan secara konstitutif dan disebut sebagai gen konstitutif.

 Escherichia coli mampu menyerap karbohidrat (glukosa, sukrosa, galaktosa, arabinose,

laktosa) sebagai sumber energi. Jika glukosa tidak tersedia sel E.coli tetap dapat tumbuh
pada karbohidrat lain. Sel tumbuh pada medium yang mengandung gula laktosa,
contohnya sumber karbon yang mensintesis 2 enzim, β- galaktosidase dan β-galaktosida
permease yang diperlukan untuk katabolisme laktosa. Enzim β-galaktosida transetilase
digunakan untuk sintesis. Β-galaktosida memecah laktosa menjadi glukosa dan galaktosa.
β-galaktosida permease memompa β-galaktosida ke dalam sel. Enzim ini tidak berguna
bagi E.coli ketika dilingkungan tidak tersedia laktosa. Sintesis 2 enzim ini membutuhkan
energi yang cukup (dalam bentuk ATP dan GTP).

Dengan demikian, sel Escherichia coli meningkatkan mekanisme regulasi oleh sintesis
enzim katabolis-laktosa diaktifkan ketika tersedia laktosa dan dinonaktifkan ketika tidak tersedia.
Di lingkungan, sel Escherichia coli mungkin tidak menemukan glukosa dan ketersediaan laktosa
jarang. Oleh karena itu proses mengaktifkan ekspresi gen dalam menanggapi suatu zat dalam
lingkungan disebut induksi (gambar a). Ekpsresi gen diatur oleh gen indusible, jika
menggunakan enzim disebut indusible enzim. Molekul yang bertanggung jawab untuk induksi
disebut induser.
 Gambar a. Induksi sintesis enzim yang diperlukan untuk
pemanfaatan laktosa sebagai sumber energi (Sumber :
Snustad, 2012).

Induksi mengubah tingkat enzim sintesisnya bukan aktivitas molekul enzim yang ada.
Ketika terjadi pengikatan molekul untuk enzim akan meningkatkan aktivitas enzim, tetapi tidak
mempengaruhi laju sintesis. Bakteri dapat mensintesis sebagian besar molekul organik yang
diperlukan untuk pertumbuhan, seperti amino acid, purin, vitamin. Contohnya, Escherichia coli
mengandung lima gen yang mengkode enzim yang mengkatalisis dalam biosintesis triptofan. sel
Escherichia coli tumbuh di lingkungan tanpa triptofan untuk mendonorkan asam amino yang
digunakan untuk sintesis protein.
Ketika sel-sel Escherichia coli berada di lingkungan yang cukup mengandung triptofan
hal ini mendukung pertumbuhan optimal, sintesis lanjutan dari biosintesis triptofan enzim
membuang banyak energi sehingga Escherichia coli menonaktifkan sintesis enzim biosintesis
triptofan ketika di lingkungan tersedia triptofan. Menonaktifkan ekspresi gen dengan cara
ditekan disebut represi (gambar b). Ketika ekspresi gen ini diaktifkan, dikatakan "derepressed";
respon tersebut disebut derepresi. Enzim yang merupakan komponen dari anabolik (biosintesis)
jalur sering direpresi. Represi, seperti induksi, terjadi pada tingkat transkripsi. Ketika jalur
biosintesis mengikat dan menghambat aktivitas enzim hal ini tidak mempengaruhi sintesis
enzim.

Gambar b. Represi sintesis enzim yang diperlukan untuk biosintesis triptofan, keduanya dalam E.
coli (Sumber : Snustad, 2012).
Model Operon
Dikembangkan oleh François Jacob dan Jacques Monod pada tahun 1961 untuk
menjelaskan regulasi gen yang dibutuhkan untuk pemanfaatan laktosa di E. coli dengan model
transkripsi satu set gen struktural bersebelahan yang diatur oleh dua elemen pengendali.

 Elemen gen repressor atau gen regulator yang mengkodeprotein yang disebut repressor
 Operator selalu bersebelahan dengan gen structural yang ekspresinya diatur
 Operon terdiri dari beberapan operator, gen structural dan promoter operon (gambar 1)
 Transkripsi dimulai pada promotor yang terletak pada ujung (5’) dari daerah pengkode
gen struktural
 Ketika represor terikat pada operator, transkripsi pada gen structural tidak terjadi atau
mencegah RNA polimerase mentranskripsikan gen struktural di operon disebut keadaan
induksi, kemudian terbentuk (molekul efektor) inducer yang kemudian akan mengikat
repressor sehingga RNA polymerase dapat berikatan dengan promotor operon dan
melakukan transkripsi (gambar 2).
 Ketika operon represi, repressor (produk gen regulator) tidak bisa berikatan dengan
operator dan hanya kompresor represor atau efektor molekul (co-repressor) yang dapat
mengikat ke operator, pada saat keadaan represi RNA polymerase akan berikatan dengan
promotor operon dan melakukan ranskripsi yang hasil akhirnya berupa co-repressor yang
nantinya akan berikatan dengan repressor kemudian mengikat operator. Sehingga tidak
terjadi transkripsi (gambar 3).
 Pengendalian suatu gen melibatkan aktivitas gen regulator. Dikenal 2 jenis pengendalian
yaitu pengendalian positif pada suatu operon artinya operon diaktifkan oleh produk gen
regulator, sedangkan pengendalian negatif berarti operon tersebut dinonaktifkan oleh
produk ekspresi gen regulator.
 Pengendalian positif membutuhkan protein untuk melakukan transkripsi, sedangkan
pengendalian negatif membutuhkan protein untuk menghambat terjadinya transkripsi.
 Produk gen regulator ada dua macam yaitu : aktivator dan represor. Aktivator berperan
dalam pengendalian secara positif, dan represor berperan dalam pengendalian secara
negatif.
 1 gambar 1. Komponen operon (Sumber : Snustad,
2012).

Gambar 2. Mekanisme operon induksi

(Sumber : Snustad, 2012).

Gambar 3. Mekanisme operon represi

(Sumber : Snustad, 2012).

2
Lac, Inducible operon

Gambar 4. struktur operon lac (Sumber : Snustad, 2012).

 Operon lac terdiri dari promotor, operator, dan 3 gen structural (z, y, dan a). β-
galaktosida permease memompa laktosa ke sel, β-galaktosida memecah menjadi glukosa
dan galaktosa.
 Operon lac adalah operon inducible yang dikontrol secara negatif; Gen lacZ, lacY, dan
lacA diekspresikan hanya dengan adanya laktosa.
 Induksi lac dihasilkan dari sejumlah kecil galaktosidase dan galaktosida permease yang
ada dalam sel uninduced. Allolactosa bentuk laktosa dari β-galaktosida bertindak sebagai
induser. Jadi induser lac dihasilkan oleh sejumlah kecil dari galaktosidase dan galaktosida
permease yang ada dalam sel.
 Bentuk aktif dari represor lac adalah sebuah tetramer mengandung 4 salinan dari hasil
gen I.
 Gen lac I, operator lac, dan promoter lac awalnya diidentifikasi menunjukkan ekspresi
gen operon lac yang berubah. Mutasi pada gen I dan operator sering menghasilkan
sintesis konstitutif dari produk gen lac. Mutasi ini masing-masing ditujukan I dan Oc.
Mutasi I dan Oc konstitutif dapat dibedakan pada diploid parsial di mana I dan Oc berada
di cis dan trans konfigurasi yang relatif terhadap mutasi pada gen struktural lac.
 Mutasi promotor tidak mengubah inducibility operon lac. Sebagai gantinya, mutasi
promotor memodifikasi tingkat ekspresi gen dalam keadaan yang diinduksi dan tidak
 diinduksi dengan mengubah frekuensi inisiasi transkripsi operon lac yaitu efisiensi
pengikatan RNA polimerase.
 Promotor lac mengandung dua komponen yang berbeda yaitu, (1) situs pengikatan RNA
polimerase dan (2) tempat pengikatan protein lain yang disebut protein activator katabolit
(CAP) yang mencegah operon lac diinduksi saat ada glukosa. Rangkaian kontrol kedua
ini menjamin pengunaan glukosa sebagai sumber energi saat tersedia.

Trp, Represibel operon

 Charles Yanofsky dan rekannya menganalisis Fungsi dari lima gen struktural dan urutan
peraturan yang berdekatan dari operon trp, Lima gen struktural mengkodekan enzim yang
mengubah asam chorismic menjadi tryptophan. Ekspresi operon trp diatur pada dua
tingkat yaitu (1) represi yang mengendalikan inisiasi transkripsi, dan (2) atenuasi yang
mengatur frekuensi penghentian transkrip prematur.
 Operon trp E. coli mengendalikan sintesis enzim yang mengkatalisis biosintesis asam
amino triptofan dan operon trp E. coli adalah operaon represi dengan pengendalian
negatif.
 Tidak adanya tryptophan (co-repressor) menyebabkan RNA polymerase berikatan dengan
dengan daerah promotor dan mentranskripsikan structural gen pada operon.
 Ketersediaan tryptophan (co-repressor atau repressor) akan memicu berikatan dengan
daerah operator dan mencegah RNA polymerase berikatan dengan promotor dan urutan
operator pada operon trp semua terletak di dalam wilayah promotor.
 Tingkat transkripsi operon trp dalam keadaan tidak tertekan (saat tidak ada triptofan)
adalah 70 kali laju yang terjadi pada keadaan tertekan (saat ada tryptophan).
 Gambar 5. struktur operon trp (tryptophan) pada E. coli yang berisi 5 gen structural yang
mengkode enzim dan terlibat dalam biosintesis tryptophan. Panjang setiap gen diberikan
pasangan nukleotida, jarak antargen ditunjukkan di bawah urutan gen. Kunci: PRA, fosforibosil
anthranilate; CDRP, fosfat karboksifenamino-deoksiribulosa; InGP, indol-gliserol fosfat
(Sumber : Snustad, 2012).

Kontrol positif pada operon lac oleh CAP dan AMP siklik

 Kehadiran glukosa mencegah induksi pada operon la, operon menkontrol enzim yang
terlibat pada katabolisme karbohidrat (arabinose dan operon gaaktosa) yang disebut
katabolobit represi.
 Katabolit represi dari operon lac melalui control positive transkripsi oleh protein
regulator CAP (Catabolit Activator Protein) dan molekul efektor kecil yang disebut AMP
siklik.
 siklik. Promotor lac mengandung dua komponen yang berbeda yaitu, (1) Situs pengikatan
RNA polimerase dan (2) sebuah situs pengikatan protein lain disebut protein aktivator
katabolit (CAP/cAMP) yang mencegah lac operon dari yang diinduksi dengan adanya
glukosa (gambar 6).
Gambar 6. Katalis sintesis adenylcylase pada AMP (cAMP) siklik dari ATP (Sumber : Snustad,
2012).

 Hanya kompleks CAP atau cAMP yang dapat mengikat promotor lac, dengan tidak
adanya cAMP, CAP tidak dapat mengikat. Sehingga cAMP bertindak sebagai molekul
efektor, menentukan efek dari CAP pada transkripsi lac operon.
 Konsentrasi cAMP intraselular sensitif terhadap adanya atau tidak adanya glukosa.
Konsentrasi tinggi glukosa menyebabkan penurunan signifikan pada konsentrasi
intraseluler cAMP. Glukosa akan mencegah aktivasi adenylcyclase (enzim yang
mengkatalisis pembentukan cAMP dari ATP).
 Adanya glukosa menghasilkan penurunan konsentrasi intraseluler cAMP. Ketika
konsentrasi cAMP yang rendah, CAP tidak dapat mengikat promotor lac operon.
Sehingga RNA polimerase tidak dapat mengikat pada promotor lac tanpa adanya CAP /
cAMP yang terikat. Sehingga adanya glukosa, transkripsi pada lac operon tidak lebih dari
dari 2% tingkat induksi tanpa glukosa.
 CAP dan cAMP menjaga operan arabinosa (ara) dan galaktosa (gal) dari E. coli agar
tidak diinduksi dengan adanya glukosa.
 Gambar 7. Organisasi daerah operator-promotor operon lac. Promotor terdiri dari dua
komponen: (1) situs yang mengikat kompleks CAP / cAMP dan (2) situs pengikatan RNA
polymerase (Sumber : Snustad, 2012).
Pertanyaan dan Jawaban :

(Krismonik Dwi Maulida / 160342606270)

1. Dibandingkan dengan makhluk hidup tingkat tinggi (eukariotik) yang memiliki sistem
yang kompleks, apakah makhluk hidup prokaiotik dapat hidup pada lingkungan yang
selalu berubah-ubah! Jika bisa bagaimana mekanisme prokariotik untuk dapat bertahan
dari keadaan yang limit?

Jawab : makhluk hidup prokariotik memiliki mekanisme pertahankan hidup yang disebut
regulasi unduksi dan represi yaitu dengan adanya ekspresi gen “mengaktifkan atau mematikan”
untuk menunjang sistem dalam tubuh dapat berfungsi dan melakukan tugasnya bahwa ekspresi
dari gen tertentu “diaktifkan” ketika produk dari gen dibutuhkan untuk pertumbuhan pada
lingkungan. Ekspresinya akan “dimatikan” ketika produknya tidak dibutuhkan untuk tumbuh
pada lingkungan tersebut. Mekanisme dapat dijelaskan dalam bentuk contoh yaitu organisme
prokariotik E. coli terdapat dalam lingkungan menguntungkan dan tersedianya glukosa sehingga
E. coli melakukan represi karena sudah tersedianya glukosa, ketika dalam keadaan tidak adanya
glukosa E. coli dapat melakukan induksi atau mengaktifkan ekspresi gen untuk merombak
molekul gula lainnya menjadi glukosa, E. coli juga dapat hidup pada jenis kerbohidrat laktosa,
arabinose dan galaktosa.

2. Bagaimana pengikatan RNA polymerase, repressor dan activator ke operon lac ketika
laktosa atau glukosa sangat sedikit? Apakah berpengaruh terhadap traskripsi? Dan
bagaimana transkripsi gen yang lain di luar operon lac diregulasi jika terdapat gula yang
lain?

Jawab : saat kadar glukosa rendah maka cAMP akan berikatan ke CAP dan CAP akan berikatan
dengan promotor sehingga dapat memicu pengikatan RNA polymerase. Tetapi ketika kadar
laktosa rendah atau tidak ada, repressor akan berikatan dengan operator sehingga menghalangi
RNA polymerase untuk berikata dengan promotor, maka gen-gen lain tidak akan tertranskripsi.
Berbeda hal jika terdapat gula lain dan gen-gen yang menyandikan enzim-enzim pemecah gula
tersebut terdapat dalam operon yang diregulasi contohnya seperti operon lac maka dapat
diperkirakan bahwa transkripsi akan aktif.
 3. Bagaimana sel E. coli mengindrakan kadar glukosa dan menyampaikan informasi kepada
genom?

Jawab : dengan mekanisme interaksi protein peregulasi alosterik dengan molekul organik yang
melibatkan AMP siklik (siklik AMP, cAMP) yang terakumulasi ketika glukosa diperoleh. Akan
terdapat protein peregulasi untuk glukosa disebut protein activator katabolit yang merupakan
activator yang nantinya akan berikatan dengan DNA sehingga mengetahui kadar gukosa dan
untuk mengetahui dapat dilakukan transkripsi atau tidak. Ketika laktosa ada dan glukosa langka
maka kadar cAMP tinggi sehingga mRNA lac yang disintesis melimpah, cAMP yang tinggi akan
mengaktiviasi CAP dan operon lac menghasilkan sejumlah mRNA pengkode enzim-enzim
dalam jalur laktosa dan RNA polymerase berikatan dengan promotor dan terjadi transkripsi.
Sedangkan ketika laktosa ada dan glukosa ada maka kadar cAMP rendah, mRNA lac yang
disintesis sedikit sehingga jumlah cAMP sedikit maka CAP tidak mampu merangsang
transkripsi.