NAMA : RIZKI RAHMA PUTRI

NPM : 1806203010018
KELAS : A
TUGAS 1 BIOLOGI SEL

1. Mekanisme pengendalian/pengaturan aktivitas gen pada prokariot

Sel bacteria yang mampu menyimpan energi dan sumber daya memiliki keuntungan yang
lebih besar dari pada sel yang tidak mampu melakukan penyimpanan. Sebagai contoh, E. coli yang
hidup pada lingkungan keras dalam usus manusia menggantungkan kebutuhan nutrisinya pada
kebiasaan makan dari host-nya. Jika lingkungan hidup bakteri kekurangan asam amino tryptophan
yang dibutuhkan bacteria untuk bertahan hidup, maka sel bacteria tersebut merespon dengan
mengkatifkan jalur metabolisme yang mebentuk tryptophan dari komponen lain. Kemudian, jika
host-nya mengkonsumsi makanan yang kaya akan tryptophan maka sel bacteria menghentikan
produksi tryptophan-nya, sehingga menyimpan sumber daya dan energinya.

Pengendalian metabolisme terjadi dalam dua tingkatan. Pertama, sel mampu mengendalikan
aktifitas enzim yang telah ada. Kedua, sel mampu mengendalikan produksi enzim. Dalam hal ini sel
dapat mengatur expresi gen yang mengkode enzim. Dalam contoh di atas, jika lingkungan telah
menyediakan tryptophan yang diperlukan oleh sel bakteria maka

Sel akan berhenti mensintesa enzim pengkatalisa sintesis tryptofan. Dalm hal ini pengendalian
produksi enzim berlangsung pada level transkripsi. Secara umum, banyak dari gen pada genom
bakteria yang dapat di-off dan di-on sesuai dengan perubahan status metabolisma sel. Mekanisme
dasar dari pengendalian expresi gen pada bakteria dideskripsikan sebagi model operon.
 Gambar 1.1 regulasi jalur metabolik
Dalam jalur sintesis triptofan, a) triptofan bisa menghambat aktivitas enzim pertama dalam jalur
(inhibisi umpan balik), yang merupakan tanggapan cepat, (b) menekan eksprsi gen-gen yang
mengkodekan semua sub-unit enzim-enzim dalam jalur tersebut, tanggapan yang berjangka lebih
panjang. Gen-gen trpE dan trpD mengkode dua sub-unit enzim 1. Sedangkan trpB dan trpA
mengkode dua sub-unit enzim 3. (gen-gen ini dinamakan sebelum urutan fungsi dalam jalur
ditemukan.) lambang (-) berati inhibisi.

Operon: Konsep Dasar

E. coli mensintesis asam amino tryptophan melalui jalur bertahap 5. Dalam setiap tahap reaksi
metabolisme dikatalisis oleh enzim tertentu. Keseluruhan gen yang mengkode enzim tertentu dalam
setiap tahapan reaksi metabolisme mengelompok dalam kromosom bakteria E. Coli. Satu promoter
bekerja untuk ke lima gen pengkode ke lima enzim dalam sintesa tryptophan (promoter adalah tempat
terikatnya RNA polymerase pada DNA untuk memulai transkripsi). Transkripsi menghasilkan satu
molekul RNA yang panjang pengkode ke lima polipeptida pembentuk enzim yang bekerja dalam
jalur sintesis asam amino tryptophan. Sel bakteria mampu mentranslasikan satu mRNA ke dalam
lima macam polipeptida secara terpisah karena mRNA dilengkapi dengan kodon ”start” dan ”stop”
yang menandai sekuen dari tiap-tiap polipeptida.

trp operon Seluruh fragmen DNA yang bertanggung jawab dalam biositesis triptofan disebut
dengan trp operon. trp operon adalah seluruh fragmen atau bagian DNA yang bertanggung jawab
dalam biositesis triptofan disebut dengan trp operon. Fragmen atau bagian DNA tersebut adalah
promotor, operator dan gen. Promotor adalah bagian atau fragmen DNA yang merupakan tempat
menempelnya RNA polimerase. Operator adalah bagian atau fragmen DNA sebagai tempat untuk
meregulasi transkripsi DNA Gen adalah adalah bagian atau fragmen DNA yang menyandikan enzim
atau protein. Sintesis asam amino triptofan pada bakteri Escherichia coli melalui 3 reaksi enzimatis
dan melibatkan 5 gen yang menyandikan sub unit untuk 3 reaksi enzimatis tersebut. Kelima gen yang
menyandikan 5 sub unit enzim tersebut terletak dalam 1 mRNA (Gambar 1.1). Regulasi transkripsi
trp operon tersebut terjadi pada bagian operator dan melibatkan represor. Represor adalah suatu
protein yang dapat menempel pada bagian operator. Protein represor dikodekan oleh gen regulator
yang disebut dengan trpR. Gen regulator (trpR) letaknya berjauhan dengan trp operon serta memiliki
promotor sendiri.

Represor dari trp operon selalu diproduksi setiap saat. Represor merupakan protein allosterik.
Protein allosterik adalah protein yang mempunyai dua bentuk / struktur, yaitu bentuk aktif dan bentuk
non-aktif. Represor dalam bentuk aktif ketika di satu sisi berikatan dengan corepresor. Dalam regulasi
biosintesis asam amino triptofan yang menjadi corepresor adalah asam amino triptofan. Ketika dalam
bentuk aktif, suppressor mempunyai afinitas yang kuat terhadap operator sehingga akan berikatan
kuat dengan operator. Namun ketika dalam bentuk non-aktif, suppressor mempunyai afinitas yang
rendah terhadap operator, sehingga suppressor tidak berikatan dengan operator.

Gambar 1.2a tidak ada, represor inaktif, operon menyala

Operator terletak diantara promotor dan gen pengkode enzim dalam biosintesis asam amino
triptofan sehinggga jika represor aktif, represor akan berikatan dengan dengan operator yang akan
mengakibatkan transkripsi trp operon tidak dapat berlangsung.
 Gambar 1.2b ada, represor aktif, operon mati
Operator terletak diantara promotor dan gen pengkode enzim dalam biosintesis asam amino
triptofan sehinggga jika represor aktif, represor akan berikatan dengan dengan operator yang akan
mengakibatkan transkripsi trp operon tidak dapat berlangsung.

Keuntungan dari pengelompokan gen yang memiliki fungsi terkait menjadi satu unit
transkripsi adalah terdapatnya satu ”switch” yang dapat meng-on atau off-kan unit transkripsi; dengan
kata lain kelompok gen tersebut berada pada pengendalian yang terkoordinasi. Pada saat E. coli harus
mensintesa tryptophan sendiri karena medium yang ditempatinya

kekurangan asam amino ini, maka keseluruhan enzim dalam jalur metabolisme tryptophan
akan disintesisi secara bersamaan (dengan meng-on kan ’switch’). Switch tersebut adalah suatu
segmen DNA yang disebut operator. Secara keseluruhan yaitu operator, promoter, dan gen yang
dikendalikan disebut operon.Operon trp adalah salah satu contoh operon pada genom E. coli (Gambar
1.2) .

Bagaimanakah operator bekerja? Pada kondisi alamiahnya operon trp berada pada on, yaitu
RNA polymerase terikat pada promoter dan mentranskripsi gen operon. Operon dapat di off-kan
dengan protein yang disebut trp represor. Rpresor terikat pada operator dan memblokir penempelan
RNA polymerase pada promoter sehingga mencegah proses transkripsi gen.

Pengendalian Operon Laktosa (Lac)

Sistem lac operon adalah sistem pengendalian ekspresi gen-gen yang bertanggung jawab di
dalam metabolism laktosa. Sistem tersebut pertama kali ditemukan pada bakteri Escherichia coli oleh
Francois Jacob dan Jaques Monod pada akhir tahun 1950-an. Laktosa adalah disakarida yang tersusun
atas glukosa dan galaktosa. Jika bakteri E. coli ditumbuhkan dalam medium yang mengandung
sumber karbon glukosa dan laktosa secara bersama-sama makaE. coli akan menunjukkan pola
pertumbuhan yang spesifik. Setelah melalui fase adaptasi,E.coli memasuki fase eksponensial yang
ditandai dengan laju pertumbuhan yang meningkat secara eksponensial, kemudian akan mencapai
fase stasioner. Setelah mencapai fase stasioner beberapa saat, kemudian bakteri akan tumbuh lagi
memasuki fase eksponensial kedua sampai akhirnya mencapai fase stasioner akhir. Dalam fase
pertumbuhan semacam ini ada dua fase eksponensial. Pada fase eksponensial pertama, E.
coli menggunakan glukosa sebagai sumber karbon sampai akhirnya glukosa habis dan E.
coli mencapai fase stasioner yang pertama. Selanjutnya pada fase eksponensial kedua E.
coli menggunakan laktosa setelah glukosa benar-benar habis. Pada fase stationer yang pertama
sebenarnya yang terjadi adalah proses induksi sistem operon laktosa yang akan digunakan untuk
melakukan matabolisme laktosa.

Disakarida laktosa (gula susu) akan tersedia bagi E. coli apabila manusia inangnya minum
susu. Bakteri dapat menyerap laktosa dan memecahnya untuk memperoleh energi atau
menggunakannya sebagai sumber karbon organik untuk mensintesis senyawa lain. Metabolism
laktosa dimulai dengan hidrolisis disakarida menjadi dua komponen monosakaridanya, glukosa dan
galaktosa. Enzim yang mengkatalis reaksi ini disebut ß-galaktosidase. Hanya sedikit molekul enzim
yang terdapat pada sel E. coli yang selama ini tumbuh dalam keadaan tanpa laktosa–misalnya di usus
seseorang yang tidak minum susu. Tetapi jika laktosa ditambahkan pada medium nutrient bakteri
tersebut, hanya dalam 15 menit jumlah molekul ß-galaktosidase di dalam sel ini akan meningkat
ribuan kali lipat.
Operon laktosa terdiri atas 3 gen structural utama yaitu gen lac Z mengkode enzim β-
galaktosidase yang menghasilkan dua monosakarida yaitu glukosa dan galaktosa, gen lac Y
mengkode permease galaktosida, yaitu enzim yang berperan dalam pengangkutan laktosa dari luar
ke dalam sel, dan gen lac A mengkode enzim transasetilase thiogalaktosida yang perannya belum
diketahui secara jelas. Ketiga gen struktural tersebut dikendalikan ekspresinya oleh satu promoter
yang sama dan menghasilkan satu mRNA yang bersifat polisistronik. Selain ketiga gen structural
tersebut, juga terdapat gen regulator lac I yang mengkode suatu protein represor dan merupakan
bagian sistem pengendalian operon laktosa.
 Gambar 1.3a laktosa tidak ada, represor aktif, operon mati

Ketika dalam sel terdapat allolatose, suatu isomer laktosa yang terbentuk ketika laktosa
memasuk dalam sel, allolatose akan berikatan dengan sisi lain dari represor sehingga menyebabkan
represor menjadi inaktif dan ikatan represor-operator lepas. Allolatose tersebut dinamakan dengan
inducer. Lepasnya ikatan represor-operator tersebut menyebabkan RNA polimerase dapat menempel
pada pada promotor dan transkripsi DNA dapat berlangsung.

Gambar 1.3b laktosa ada, represor inaktif, operon menyala

Gen untuk ß-galaktosidase merupakan bagian dari sebuah operon, operon lac (lacuntuk
metabolism laktosa), yang mencakup dua gen lain yang mengkode protein yang berfungsi di dalam
metabolisme laktosa. Keseluruhan unit transkripsi ini berada di bawah perintah satu operator dan satu
promoter. Gen pengatur, lacl, terletak di luar operon, mengkode protein represor alosterik yang dapat
mengubah operon lac ke keadaan off dengan cara mengikatkan diri pada operator. Dalam keadaan
ini, suatu molekul kecil yang spesifik, disebut induser, menginaktifkanrepresor. Untuk operon lac,
indusernya adalah alolaktosa, sebuah isomer dari laktosa yang terbentuk dalam jumlah kecil dari
laktosa yang masuk ke dalam sel.

Pada keadaan tidak ada laktosa (sehingga alolaktosa juga tidak ada), represor lac akan berada
dalam konfigurasi aktifnya, dan gen-gen operon lac akan berada dalam keadaan diam. Jika laktosa
ditambahkan ke medium nutrient sel tersebut, alolaktosa akan mengikatkan diri pada represor lac dan
mengubah konformasinya, menghilangkan kemampuan represor untuk mengikatkan diri pada
operator. Sekarang, karena dituntut oleh kebutuhan, operon lac menghasilkan mRNA untuk enzim-
enzim jalur laktosa. Dalam konteks pengaturan gen, enzim-enzim ini dipandang sebagai enzim
indusibel, karena sintesisnya dipengaruhi oleh sinyal kimiawi (alolaktosa, dalam kasus ini).

Regulasi Gen Yang Bersifat Positif

Agar enzim yang memecah laktosa dapat disintesis dalam jumlah layak, tidak cukup dengan
hanya adanya laktosa di dalam sel bakteri. Persyaratan lainnya adalah pasokan gula glukosa
sederhana harus rendah. Apabila harus memilih antara substrat-substrat untuk glikolisis dan jalur
katabolic lain, E.Coli lebih senang menggunakan glukosa, gula yang biasanya selalu ada di
lingkungan.

Bagaimana sel E. coli mengetahui konsentrasi glukosa ini, dan bagaimana informasi ini
disampaikan ke genom? mekanisme tersebut mengandalkan interaksi antara protein pengatur
alosterik dengan suatu molekul organic yang berukuran kecil. Molekul kecil itu adalah AMP siklik
(cAMP), yang berakumulasi bila glukosa tidak ada. Protein pengaturnya adalah protein represor
cAMP (cAMP receptor protein atau CRP), dan protein ini merupakan activator transkripsi. Ketika
cAMP mengikatkan diri ke lokasi alosterik pada CRP, protein akan berubah ke bentuk aktifnya, dan
dapat mengikatkan diri pada suatu tempat tertentu di sebelah promoter lac. Penempelan CRP pada
DNA ini membuat RNA polymerase lebih mudah mengikatkan diri pada promoter di dekatnya dan
memulai proses transkripsi operon. Karena CRP merupakan protein pengatur yang langsung
menstimulasi ekspresi gen, mekanisme ini dapat disebut sebagai pengaturan positif.

Jika jumlah dari glukosa di dalam sel meningkat, konsentrasi cAMP menurun, dan CRP akan
lepas dari operon lac. Oleh karena itu, operon lac berada di bawah control ganda; control negative
oleh represor lac dan kontrol positif oleh CRP. Kondisi represor lac (dengan atau tanpa alolaktosa)
menentukan terjadi atau tidaknya transkripsi dari gen-gen operon lac, kondisi CRP (dengan atau
tanpa cAMP) mengontrol laju transkripsi jika operonnya bebas dari represor. Yang tampak adalah
operon seakan-akan memiliki saklar on-off dan kontrol volume kedua-duanya sekaligus.

Gambar 1.4a laktosa ada, glukosa langka (kadar cAMP tinggi): mRNA lac
yang disintesis melimpah

Komplek CAP-cAMP yang berikatan dengan DNA meningkatkan afinitas RNA polimerase
terhadap promotor sehingga dapat meningkatkan laju transkripsi lac operon

Namun ketika konsentrasi glukosa dalam sel tinggi, konsentrasi cAMP menjadi turun,
sehingga catabolite activator protein (CAP) tidak bisa mengikat cAMP. Akibatnya catabolite
activator protein (CAP) menjadi inaktif dan tidak bisa menempel pada DNA. Tidak adanya Kompleks
CAP- cAMP yang menempel pada DNA menyebabkan proses transkripsi pada lac operon menjadi
lambat bahkan tidak dapat berlangsung meskipun dalam lingkungan / media terdapat banyak laktosa.
 Gambar 1.4b laktosa ada, glukosa ada (kadar cAMP rendah): mRNA lac
yang disintesis sedikit

Ketika dalam media bakteri terdapat laktosa dan glukosa, CAP inaktif karena tidak mengikat
cAMP, CAP tidak dapat berikatan dengan DNA, sehingga afinitas RNA polimerase terhadap operator
rendah, mengakibatkan laju transkripsi rendah bahkan tidak dapat berlangsung

Jadi secara umum dapat dijelaskan bahwa pengikatan CAP-cAMP pada promoter
menyebabkan RNA polimerase dapat terikat pada promoter membentuk kompleks promoter tertutup
(clossed promoter complex) yang selanjutnya akan menjadi kompleks promoter terbuka yang siap
melakukan transkripsi. Pengikatan RNA polimerase pada promoter tersebut difasilitasi oleh CAP-
cAMP melalui interaksi protein-protein, pembengkokan DNA, atau keduanya.

2. Mekanisme pengendalian/pengaturan aktivitas gen pada Eukariot

Sel manusia pada umumnya hanya mengexpresikan 20% dari gen yang dimilikinya dalam
waktu tertentu. Sel-sel yang sangat terdeferensiasi seperti sel saraf dan sel otot, mengexpresikan
proporsi yang lebih sedikit. Hampir keseluruhan sel dalam suatu orhganisme memiliki genom identik
tetapi bagian gen yang diekspresikan dalam tiap-tiap tipe sel adalah unik sehingga sel-sel tersebut
memiliki fungsi spesifik. Oleh karena itu perbedaan tipe sel bukan karena perbedaan gen yang ada
tetapi karena perbedaan ekspresi gen (ekspresi gen yang berbeda oleh sel dari genom yang sama).
Genom eukariot dapat mengandung puluhan ribu gen tetapi hanya sedikit DNA (pada manusia 1.5%)
yang mengkode protein. DNA yang lain mengkode produk RNA seperti tRNA atau sama sekali tidak
ditranskripsikan.

Regulasi Ekspresi Gen Pada Struktur Kromatin

DNA di dalam sel terpacking mambentuk kromatin. Dalam packing DNA membentuk kromatin atau
kromosom ada beberapa tahapan. DNA tergulung pada protein yang disebut dengan protein histon
membentuk nukleosom. Kumpulan nukleosom tersebut digulung lagi membentuk suatu struktur menyerupai
fiber. Fiber tersebut digulung lagi hingga membentuk kromatin. Berikut gambaran selengkapnya :
 Gambar 2.1 Tahapan packing DNA hingga membentuk kromatin
/ kromosom

Salah satu pengaturan atau regulasi ekspresi gen terjadi, ketika DNA menggulung pada
protein histon. Ujung N (N-terminus) dari setiap protein histon menonjol keluar dari nukleosom.
Penonjolan tersebut dengan dikatalisis enzim tertentu dapat ditempeli berbagai gugus senyawa kimia,
seperti seperti asetil (-COCH3), metil,dan gugus fosfat. Sebagai contoh regulasi atau pengaturan
ekspresi gen yang terjadi adalah apabila terjadi penempelan gugus asetil (-COCH3) pada protein
histon (histone acetylation). Ketika terjadi histone acetylation, kromatin menjadi terurai sehingga
DNA bisa ditranskripsi menjadi RNA.
 Gambar 2.2 ujung histon seringkali ditempeli gugus kimia,
merupakan bagian dari regulasi ekspresi gen

Regulasi ekspresi gen pada eukariotik saat proses inisiasi transkripsi DNA

Proses inisiasi transkripsi DNA pada eukariotik lebih kompleks jika dibandingkan pada
prokariotik. Transkripsi DNA pada eukariotik harus melibatkan transcription factor dan enhancer dan
protein protein tertentu. Enhancer adalah urutan nukleotida yang jauh jaraknya cukup jauh dari gen.
Transcription factor adalah protein yang mempengaruhi terjadinya transkripsi DNA pada eukariotik.
Transcription factor dapat berupa aktivator atau repressor.

Gambar 2.3 inisiasi transkripsi dari eukaraiotik

  Transkripsi DNA pada eukariotik diawali dengan menempelnya aktivator (protein) pada
enhancer. Enhancer mempunyai 3 situs ikatan (binding site) yang masing – masing disebut
dengan distal control element.
 Setelah aktivator menempel pada enhancer, bending protein akan berikatan dengan DNA
yang terletak diantara enhancer dan promotor. Ikatan DNA-bending protein tersebut
menyebabkan DNA membentuk loop, sehingga inducer yang telah ditempeli aktivator
berdekatan dengan promotor, transcription factor, protein mediator, dan RNA polimerase II
berdekatan.
 Aktivator kemudian berikatan dengan transcription factor, protein mediator yang
selanjutnya memicu terjadinya proses transkripsi DNA pada eukariotik.

Letak Regulasi ekspresi gen ketika inisiasi transkripsi tersebut ada pada transcription factor.
Jika transcription factor merupakan repressor, transkripsi DNA tidak dapat berlangsung.

Pengaturan ekspresi gen saat inisiasi transkripsi juga terletak pada enhancer dan aktivator.
Enhancer mempunyai 3 situs ikatan (binding site) yang masing-masing mengikat suatu aktivator
yang spesifik. Jika dalam suatu sel terdapat aktivator untuk masing- masing situs ikatan (binding
site) maka proses transkripsi dapat berlangsung. Sebagai contoh adalah regulasi ekspresi gen ketika
proses differensiasi embrio. Semua sel embrio memiliki gen – gen yang sama, namun hanya bakal
sel hati yang mengekspresikan protein albumin dan hanya bakal sel lensa (mata) yang
mengekspresikan kristalin. Control element (aktivator) dari kedua gen tersebut mempunyai
kombinasi yang berbeda walaupun mempunyai satu jenis control element (aktivator). Pada Gambar
2.4, Control element (aktivator) yang sama disimbolkan dengan warna abu-abu.

Gambar 2.4 control element (aktivator) pada gen pengkode protein

albumin dan protein kristal

 Protein-protein aktivator yang berkaitan ke unsur kontrol distal di kelompokan sebagai sebuah
enhanser dalam DNA. Enhanser ini memiliki tiga situs pengikatan
  Protein penekuk DNA mendekatkan aktivator-aktivator yang terkait ke promotor. Faktor-
faktor transkripsi umum, protein mediator, kompleks inisiasi transkripsi pun dirakit. Interaksi
protein-protein ini memfasilitasi penempatan.
 Aktivator berikatan ke protein mediator dan faktor transkripsi umum tertentu, membantu
membentuk kompleks inisiasi transkripsi aktif pada promoter.
 Kompleks pada promoter dan inisiasi sintesis RNA. Hanya satu enhanser (dengan tiga unsur
berwarna jingga) namun sebuah gen mungkin memiliki sejumlah enhaser yang bekerja pada
waktu atau tipe sel yang berbeda.

Transkripsi gen pengkode albumin akan terjadi jika ketiga Control element (aktivator) ada
dalam sel dan ketiganya hanya terdapat pada bakal sel hati. Sehingga gen tersebut hanya terekspresi
di sel bakal hati meskipun semua sel memiliki gen tersebut. Transkripsi gen pengkode protein
kristalin akan terjadi jika ketiga Control element (aktivator) ada dalam sel dan ketiganya hanya
terdapat pada bakal sel lensa (mata), Sehingga gen tersebut hanya terekspresi di sel lensa (mata)
meskipun semua sel memiliki gen tersebut.
 Gambar 2.5 (a). Gen pengkode protein albumin hanya terekspresi di sel bakal hati
karena aktivator hanya ada dalam sel bakal hati; (b). Gen pengkode protein kristalin hanya
terekspresi di sel bakal lensa mata karena aktivator hanya ada dalam sel bakal lensa mata
Sel hati maupun sel lensa mata mengandung gen-gen untuk membuat protein albumin dan
kristalin, namun hanya sel hati yang membuat albumin (sejenis protein darah) dan hanya sel lensa
yang membuat kristalin(sejenis protein utama lensa). Faktor-faktor spesifik yang di buat dalam sel
menentukan gen-gen mana yang diekspresikan. Contohnya gen-gen untuk albumin dan kristalin,
masing -masing dengan sebuah enhaser memiliki kombinasi unsur yang unik. Semua aktivator yang
dibutuhkan untuk ekspresi tingkat-tingkat gen albumin hanya terdapat pada sel hati (a), sedangkan
aktivator yang dibutuhkan untuk ekspresi gen kristalin hanya terdapat pada sel lensa (b), untuk
menyederhanakan, kita hanya mempertimbangkan peran aktivator, walaupun keberadaan represor
juga dapat mempengaruhi transkripsi pada tipe-tipe sel tertentu.

Regulasi ekspresi gen eukariotik pada post-transkripsi

Pemrosesan RNA dalam nukleus dan keluarnya RNA menuju sitoplasma mengalami pengaturan.
Salah satu contoh pengaturan pada tingkat pemrosesan RNA adalah alternative RNA splicing. Pada
pengaturan ini molekul RNA primer yang berbeda dihasilkan dari transkrip yang sama.

RNA hasil transkripsi DNA dari eukariotik tidak langsung ditranslasi menjadi protein, namun
harus melewati beberapa proses terdahulu, salah satu proses yang harus dilalui yaitu intron splicing.
RNA hasil traskripsi pada eukariotik disebut dengan primary RNA. yang terdiri dari bagian intron
dan bagian ekson. Intron adalah bagian atau segmen dari RNA yang tidak menyandikan asam amino,
sedangkan ekson adalah bagian atau segmen dari RNA yang menyandikan suatu asam amino. Intron
splicing adalah suatu proses pemotongan atau pembuangan bagian intron dari primary RNA sehinnga
membentuk mRNA. Dari proses intron splicing tersebut terkadang suatu primary RNA dapat
membentuk mRNA yang berbeda-beda. Sebagai contoh, pada gen troponin yang dapat menghasilkan
2 protein yang berbeda. primary RNA yang dihasilkan dari gen tersebut mempunyai 5 ekson. Saat
proses intron splicing, primary RNA dapat menghasilkan mRNA yang tersusun dari ekson ke-1, ke-
2, ke-3, ke-5 atau yang tersusun dari ekson ke-1, ke-2, ke-4, ke-5. Masing-masing mRNA tersebut
menghasilkan protein yang berbeda.
 Gambar 2.6. Saat proses Intri splicing (RNA splicing), gen Troponin
dapat menghasilkan 2 jenis mRNA

Pada beberapa sel eukariotik, inisiasi translasi mRNA menjadi protein membutuhkan suatu
inisiator yang sering kali disebut dengan initiation factor. Sebagai contoh mekanisme translasi mRNA
yang ada dalam telur. Sebelum terjadi pembuahan, mRNA tersebut tidak ditranslasi menjadi protein.
Namun sesaat setelah pembuahan, initiation factor memicu terjadinya proses translasi. Contoh lain
suatu mRNA pada tanaman alga. mRNA tersebut ketika kondisi gelap tidak ditranslasi. Namun ketika
ada cahaya mRNA tersebut segera ditranslasi menjadi protein. Polipeptida (protein) yang dihasilkan
dari translasi belum merupakan protein fungsional. Polipeptida (protein) tersebut harus diproses dan
dimodifikasi terlebih dahulu agar menjadi protein fungsional.

Beberapa protein yang telah disintesis juga harus didegradasi apabila sudah tidak dibutuhkan
lagi, bahkan jika terus ada dalam sel, protein tersebut justru akan membahayakan sel. Seperti protein
siklin (cyclin) yang berperan dalam regulasi siklus sel, protein siklin (cyclin) harus segera didegradasi
tidak dibutuhkan lagi. Protein yang akan didegradasi tersebut ditempeli oleh molekul kecil yang
disebut dengan ubiquitin. Protease kemudian mengenali ubiquitin yang telah menempel pada protein.
Kemudian protein tersebut di degradasi oleh protease.

mRNA DegradationLife span molekul mRNA dalam sitoplasma merupakan faktor penting
dalam menentukan pola sintesis protein didalam sel. mRNA eukariot multiseluler pada umumnya
hidup selama beberapa jam, hari, bahkan minggu. Sebagai contoh, mRNA untuk polipeptida
hemoglobin dalam sel darah merah yang sedang berkembang memiliki umur panjang dan
ditranslasikan berulang-ulang dalam sel darah merah. Jalur penghancuran mRNA dimulai dengan
pemendekan poly-A-tail secara enzimatik. Proses ini me mbantu memicu aksi enzim yang
melepaskan 5’cap. Pelepasan 5’cap merupakan langkah penting yang juga diatur oleh sekuen
nukleotida tertentu dalam mRNA. Ketika 5’cap terlepas, enzim nuklease dengan cepat
menghancurkan mRNA.

Initiation of Translation

Translasi merupakan alah satu cara pengaturan expresi gen. Pada umumnya pengaturan
expresi gen terjadi pada tingkat inisiasi. Inisiasi translasi dari beberapa mRNA dapat diblokir melalui
pengaturan protein yang terikat pada struktur atau sekuen tertentu pada ujung 5’ mRNA sehingga
menghalangi proses penempelan mRNA pada ribosom.

Translasi dari keseluruhan mRNA di dalam sel dapat diatur secara simultan. Di dalam sel
eukariotik pengaturan ”globa;” pada umumnya melibatkan diaktifkan atau tidak diaktifakannya satu
atau lebih faktor protein yang dibutuhkan untuk mengawali translasi. Mekanisme ini berperan penting
dalam mengawali translasi mRNA yang tersimpan di dalam sel telur. Sesudah terjadi fertilisasi,
translasi dipicu oleh aktifasi faktor inisiasi translasi. Responnya berupa sintesis protein yang dikode
oleh mRNA.

Protein Prosessing dan Degradation

Pengaturan expresi gen yang terakhir terjadi sesudah translasi. Seringkali, polipeptida
eukariot harus diproses untuk menghasilkan molekul protein yang fungsional. Sebagai contoh,
banyak protein yang harus dimodifikasi sehingga dapat berfungsi. Protein regulator pada umumnya
diaktifkan atau di-nonaktifkan dengan penambahan atau pengurangan kelompok pospat. Protein
yang menjadi struktur permukaan sel juga membutuhkan gula dalam komponen molekulnya. Protein
pada permukaan sel dan protein lainnya harus ditransportasikan menuju ke target agar dapat
berfungsi. Pengaturan dapat terjadi pada tiap- tiap tahap yang melibatkan modifikasi atau transprtasi
protein.

Lama waktu dimana tiap-tiap protein berfungsi diatur oleh mekanisme degradasi selektif.
Berbagai protein seperti cyclin terlibat di dalam pengaturan siklus sel adalah protein berumur
pendek sehingga sel dapat berfungsi sebagaimana mestinya. Untuk menandai destruksi protein
tertentu sel menempelkan protein kecil ubiquitin pada protein yang akan disegradasi. Komponen
protein besar proteasome akan mengenali protein yang ditandai tersebut kemudian mengurainya
gambar .
Gambar 2.7 Degradasi potein oleh proteaso