TUGAS MATA KULIAH KAJIAN BIOLOGI 4

PENGENDALIAN/REGULASI EKSPRESI GEN

Oleh:

DESY MUWAFFAQOH NIM 19070795007

SYLVANI KUMALA U NIM 19070795009

Kelas B S2 Pendidikan Sains 2019

PascaSarajana
Universitas Negeri Surabaya
2020
BAB
PENGENDALIAN/REGULASI EKSPRESI
GEN
1. PENGERTIAN REGULASI EKSPRESI GEN
Kehidupan ditandai oleh adanya proses metabolisme yang terjadi
di dalam sel. Metabolisme merupakan proses perubahan kimiawi dari
satu bentuk ke bentuk yang lainnya, misalnya dari bentuk yang
sederhana menjadi bentuk yang lebih rumit, atau sebaliknya. Proses
metabolisme melibatkan transformasi materi dan energi. Proses
metabolisme di dalam sel merupakan reaksi biokimia yang dikatalisis
oleh enzim tertentu, sehingga keragaman proses dan hasil
metabolisme ditentukan oleh enzim yang terlibat dalam reaksi tersebut.
Ekspresi dari informasi yang disimpan di dalam bahan genetik
merupakan suatu proses yang rumit/kompleks yang berdasarkan pada
konsep aliran informasi di dalam sel. Awal dari proses ekspresi adalah
transkripsi dari informasi genetik yang disimpan di dalam molekul DNA
yang menghasilkan 3 jenis molekul RNA (asam ribonukleat): RNA duta
(mRNA), RNA transfer (tRNA), dan RNA ribosomal (rRNA). Hanya
molekul mRNA yang diterjemahkan (ditranslasikan) ke dalam protein.
Translasi atau sintesis protein melibatkan banyak molekul, energi
dan ribosom. Ribosom dibentuk oleh beberapa jenis molekul rRNA dan
beberapa protein ribosomal. Jadi, rRNA berperan di dalam
penyusunan ribosom. tRNA berperan membawa asam amino yang
sesuai dengan informasi yang ada di dalam molekul mRNA di dalam
proses translasi. Pada organisme eukaryot, misalnya tumbuhan dan
hewan, proses transkripsi terjadi di dalam inti sel, sedangkan proses
translasi berlangsung di sitoplasma.
Sebelumnya telah dijelaskan proses ekspresi gen, yaitu proses
transformasi informasi genetik melalui transkripsi dan translasi,
untuk pembentukan protein atau enzim. Karena protein dan enzim
sangat berperan dalam menjalankan metabolisme maka ekspresi gen
sebenarnya merupakan proses pengendalian metabolisme oleh gen.
Pada modul ini akan dijelaskan bahwa ekspresi gen atau sintesis
protein dapat diatur, sebagaimana layaknya aliran listrik. Enzim
merupakan katalisator yang berperan menjalankan proses reaksi
metabolisme, keberadaan enzim akan menentukan berjalannya proses
metabolisme. Bila suatu produk metabolisme di dalam sel sudah
mencapai kuantitas yang mencukupi maka reaksi metabolisme
tersebut harus dihentikan. Proses pengaturan ini dilakukan dengan
cara menghentikan produksi enzim, melalui penghentian ekspresi gen
penyandinya. Mekanisme pengaturan ekspresi gen disebut regulasi
ekspresi gen.

2. REGULASI EKSPRESI GEN PADA BAKTERI

a. Bakteri Mengatur Ekspresi Gen dalam Merespon Kondisi
Lingkungan
Sel-sel bakteri yang bisa menghemat sumber daya dan energi
memiliki keuntungan selektif dibandingkan sel-sel yang tidak
mampu melakukan hal tersebut. Oleh karena itu, seleksi alam
mengunggulkan bakteri yang mengekspresikan hanya gen-gen
dengan produk-produk yang dibutuhkan oleh sel. Sebagai contoh
adalah bakteri E. Coli yang hidup dalam lingkungan kolon manusia
yang sulit diprediksi.
Regulasi ekspresi gen banyak dimengerti melalui mekanisme
yang dipelajari pada bakteri. Sistem regulasi yang pertama
dimengerti ialah sistem regulasi operon laktosa pada bakteri E. coli
oleh Jacob dan Monod. Regulasi ini berperan dalam mengatur
produksi enzim β galaktosidase, ketika bakteri harus memilih
menggunakan laktosa atau glukosa sebagai sumber karbonnya.
Secara lebih umum, banyak gen dalam genom bakteri dinyalakan
dan dimatikan oleh perubahan status metabolik sel. Mekanisme
dasar untuk pengontrolan ekspresi gen pada bakteri dijabarkan
sebagai model operon.
Operon merupakan kelompok gen struktural yang diekspresikan
secara terkoordinasi dan simultan dibawah kontrol suatu sinyal
regulasi tunggal (promotor). Umumnya, kelompok gen struktural ini
terlibat dalam suatu rangkaian reaksi metabolisme yang sama. Hal
ini menjadikan proses ekspresi genetik di dalam sel menjadi lebih
efisien. Adapun sistem pengendalian ekspresi genetik terdiri atas
dua jenis, yaitu: pengendalian positif dan negatif yang melibatkan
aktivitas suatu gen regulator. Apabila suatu operon dapat diaktifkan
oleh produk ekspresi gen regulator (aktivator) maka digolongkan
sebagai pengendalian positif. Sebaliknya, pengendalian negatif
terjadi ketika suatu operon dinonaktifkan oleh produk ekspresi gen
regulator (represor). Produk gen regulator (aktivator atau represor)
bekerja dengan cara menempel pada sisi pengikatan protein
regulator pada daerah promotor gen yang diaturnya. Pengendalian
ekspresi gen umumnya dipelajari pada suatu organisme prokariot,
seperti bakteri E. coli.
Berikut ini akan dijelaskan dua sistem regulasi yang paling
umum dilakukan pada bakteri, yaitu sistem operon laktosa (operon
lac) dan sistem operon triptopan (operon trp). Pada operon lac
ekspresi gen diatur pada tingkat promotor, yaitu mengatur kontak
antara promotor dengan enzim transkriptase (pengendali
transkripsi). Pada operon trp ekspresi diatur dengan cara
menghentikan transkripsi bila produk trankripsi, yaitu triptofan,
sudah mencapai kuantitas yang dibutuhkan.

b. Sistem Regulasi Operon laktosa (Operon lac)

Disakarida laktosa tersedia untuk E.coli dalam kolon manusia
jika sang inang meminum susu. Metabolisme laktosa diawali
dengan hidrolisis disakarida menjadi komponen-komponen
monosakarida, glukosa dan galaktosa, dalam reaksi yang dikatalis
oleh enzim β galaktosidase. Hanya sedikit molekul dari enzim yang
tedapat dalam E.coli yang tumbuh tanpa keberadaan laktosa. Akan
tetapi, jika laktosa ditambahkan ke lingkungan bakteri itu, jumlah
molekul β galaktosidase meningkat ribuan kali lipat dalam waktu
sekitar 15 menit.
Pada operon laktosa terdapat tiga gen yaitu lac-Z, lac- Y, dan
lac-A, yang masing-masing menyandikan β galaktosidase,
permease, dan transasetilase. Gen-gen yang berada pada satu
operon mempunyai hubungan fungsi dalam metabolisme.

Gambar 1. Tinjauan sederhana dari gen dan unit pengatur yang

terlibat dalam kontrol metabolisme laktosa

Pengaturan ekspresi operon laktosa dilakukan oleh suatu

protein regulator yang akan berinteraksi dengan promotor. Protein
regulator tersebut akan menentukan inisiasi translasi yang
dilakukan oleh transkriptase. Protein pengatur dihasilkan oleh gen
regulator, yaitu gen yang produk ekspresinya berperan mengatur
ekspresi gen lain. Dalam kasus operon laktosa terdapat dua gen
regulator yaitu gen lac-i dan gen crp. Gen lac-i berhubungan
dengan kehadiran laktosa, sedangkan gen crp berhubungan
dengan kehadiran glukosa. Gen yang diatur tersebut dinamakan
gen struktural, sebagai contoh gen lac-Z, lac-Y, dan lac-A pada
operon laktosa. Jadi gen regulator berperan mengatur ekspresi
gen struktural.
Gen lac-i akan menghasilkan suatu polipeptida, yang
kemudian setiap empat polipeptida akan membentuk satu molekul
protein tetramer yang berperan sebagai regulator. Dalam proses
regulasi protein tetramer ini akan menempel pada suatu wilayah
promotor yang disebut operator. Penempelan itu terjadi karena
ada kecocokan tertentu antara runtunan basa operator dengan
protein regulator. Akibat adanya protein regulator yang menempati
wilayah operator maka transkriptase tidak dapat melakukan
inisiasi translasi, sehingga gen-gen yang terdapat di belakang
promotor menjadi tidak terekspresi. Protein regulator seperti di
atas bersifat menghalangi atau menekan terjadinya transkripsi,
maka disebut inhibitor. Lawan sifat dari represor disebut aktivator,
yaitu yang bersifat mendorong terjadinya ekspresi gen.
Kehadiran laktosa pada media tumbuh akan mendorong
terjadinya ekspresi operon laktosa atau terjadi sintesis β
galaktosidase. Berarti kehadiran laktosa harus mampu
melepaskan protein regulator dari promotor agar terjadi ekspresi
gen lac-Z, untuk menghasilkan β galaktosidase. Dalam sistem
regulasi ini laktosa yang diambil oleh bakteri dapat berinteraksi
dengan protein regulator dan asosiasi yang akan mengubah
konfigurasi molekul protein regulator. Perubahan konfigurasi pada
protein represor menyebabkan protein tersebut menjadi tidak
mampu berasosiasi dengan operator. Dengan tidak adanya
inhibitor pada promotor maka transkriptase menjadi tidak
terhalang untuk melakukan inisiasi transkripsi, dan terjadi ekspresi
gen-gen pada operon laktosa.
Selain oleh kehadiran laktosa ekspresi operon lac juga
diatur oleh keberadaan glukosa. Bila bakteri telah mengkonversi
laktosa menjadi glukosa, dan bila kuantitas glukosa sudah
mencukupi maka β galaktosidase harus dihentikan sintesisnya.
Regulasi oleh glukosa ini disebut represi katabolit atau represi
glukosa. Proses regulasi ini melibatkan tiga komponen yaitu
glukosa, cAMP (cyclic AMP), dan CAP (protein aktivator/
represor). CAP merupakan protein yang berperan mengaktifkan
enzim transkriptase, protein ini disandikan oleh gen regulator crp.
Asosisasi antara CAP dengan transkriptase menyebabkan
transkriptase menjadi aktif dan mampu mengkatalisis proses
transkripsi; tanpa CAP transkriptase menjadi tidak aktif.

b
Gambar 2. Kontrol positif operon lac oleh protein aktivator katabolit
(CAP). (a) laktosa ada, glukosa langka (kadar cAMP tinggi) (b)
laktosa ada, glukosa ada (kadar cAMP rendah)

Glukosa mengatur aktivitas CAP melalui pengaturan cAMP.

Antara CAP dan cAMP dapat terbentuk asosiasi, dan asosiasi ini
akan menyebabkan CAP aktif berperan sebagai aktivator; CAP
yang terbebas dari cAMP tidak dapat berperan sebagai aktivator.
Kuantitas cAMP berbanding terbalik dengan kuantitas glukosa.
Saat glukosa di dalam sel berjumlah kecil cAMP ditemukan berada
dalam jumlah yang besar, dan bila kuantitas glukosa dalam sel
meningkat maka cAMP akan menurun. Dalam keadaan kuantitas
rendah cAMP tidak dapat berasosiasi dengan CAP, akibatnya CAP
tidak dapat menjadi aktivator. Jadi pada saat glukosa rendah cAMP
berada dalam jumlah besar dan membentuk asosiasi cAMP-CAP
yang berperan menjadi aktivator enzim transkriptase, sehingga
terjadi transkripsi operon laktosa. Ketika glukosa meningkat
sampai jumlah tertentu cAMP menurun sehingga tidak terbentuk
asosiasi cAMP-CAP, dan CAP tidak dapat berperan sebagai
aktivator dan transkripsi operon laktosa tidak berlangsung.

c. Sistem Regulasi Operon trp

Pada operon trp terdapat lima gen struktural yaitu trp-E, trp-D.
trp-C, trp-B, dan trp-A, dan satu gen pengawal yaitu trp-L yang
berfungsi dalam regulasi. Gen trp-E sampai trp-A keseluruhannya
menyandikan enzim yang berperan dalam satu lintasan
metabolisme triptofan.
Operon trp, dikendalikan melalui dua macam mekanisme yaitu:
(1) penekanan (represi) oleh produk akhir ekspresi, dan (2)
pelemahan (attenuation). Operon trp juga hampir sama dengan
operon lac yaitu dikenal secara negatif oleh represor. Namun juga
terdapat perbedaan diantara keduanya, yaitu Operon lac adalah
operon yang mengkode enzim-enzim katabolik, yaitu enzim yang
digunakan untuk merombak suatu senyawa, sedangkan operon trp
adalah operon yang mengkode enzim-enzim anabolik yang
digunakan untuk sintesis suatu senyawa.
Sebagai contoh, satu sel E. Coli yang hidup dalam lingkungan
kolon manusia yang sulit diprediksi. Untuk memperoleh nutrien,
sel tersebut bergantung pada kebiasaan makan inangnya. Jika
lingkungan kekurangan asam amino triptofan, yang dibutuhkan
oleh bakteri itu untuk sintas, sel menanggapinya dengan
mengaktivitasi sebuah jalur metabolik yang membuat triptofan dari
senyawa lain. Kemudian, jika manusia menyantap makanan yang
kaya akan triptofan, sel bakteri berhenti menghasilkan triptofan,
sehingga ia tidak perlu menghambur-hamburkan sumber dayanya
sendiri untuk menghasilkan zat yang tersedia dalam bentuk siap
pakai di larutan sekeliling sel. Sel ini hanya sebagai contoh
bagaimana bakteri menyesuaikan metabolisme nya dalam
lingkungan yang berubah-ubah.
Kontrol metabolik terjadi ada 2 tingkat, seperti pada gambar
dibawah:

Gambar 3. Regulasi jalur metabolik

Sel menyesuaikan aktivitas enzim yang sudah ada. Aktivitas
enzim pertama dalam jalur sintesis triptofan dihambat oleh produk
akhir jalur tersebut. Dengan demikian, jika triptofan menumpuk
dalam sel, asam amino tersebut menghentikan sintesis lebih
banyak triptofan dengan cara menghambat enzim. Operon untuk
enzim katabolik cenderung akan diaktifkan jika ada senyawa yang
akan dirombak, misalnya laktosa. Sebaliknya, operon untuk enzim
anabolik pada umumnya akan dinon-aktifkan, jika tersedia
senyawa yang akan disintesis, misalnya asam amino triptofan.
Oleh karena itu, jika di dalam sel sudah tersedia cukup triptofan
maka operon trp akan dinon-aktifkan. Selain dengan mekanisme
pengendalian negatif semacam ini, operon trp juga mempunyai
mekanisme pengendalian lain, yaitu mekanisme pelemahan yang
tidak ada pada operon lac.
Sel juga dapat menyesuaikan tingkat produksi enzim-enzim
tertentu. Dengan kata lain sel dapat meregulasi ekspresi gen
pengode enzim. Jika, dalam contoh, lingkungan menyediakan
semua triptofan yang dibutuhkan oleh sel, sel akan berhenti
membuat enzim-enzim yang menganalisis sintesis triptofan Pada
kasus ini, kontrol produksi enzim terjadi pada transkripsi, sintesis
RNA duta yang mengkodekan enzim-enzim tersebut. Secara lebih
umum, banyak gen genom bakteri dinyalakan dan dimatikan oleh
perubahan status metabolik sel.
Pengendalian negatif operon trp dilakukan dengan cara
menekan ekspresi gen-gen dalam operon ini pada saat tersedia
triptofan dalam jumlah banyak. Operon trp terdiri atas 5 gen
struktural, yaitu trpE, D,C,B, dan A. Promoter dan operator operon
ini terletak pada daerah yang sama. Hal ini berbeda dengan
operator lac yang terletak tepat pada sisi sebelah hilir promoter
lac. Pada daerah hilir setelah promoter, tetapi sebelum daerah gen
struktural, terdapat suatu urutan nukleotida (trpL) yang mengkode
suatu polipeptida awal berukuran pendek (leader peptide) yang
terdiri atas 14 asam amino dan tidak fungsional sebagai protein.
Sekuens gen peptida awal tersebut mempunyai kodon inisiasi
translasi AUG diikuti oleh 13 kodon asam amino dan kodon
terminasi translasi UGA. Gen struktural trpE mempunyai kodon
inisiasi translasi (AUG) tersendiri yang berbeda dari kodon inisiasi
pada sekuens peptida awal. Setelah sekuens trpL terdapat suatu
sekuens yang mempunyai fungsi khusus dalam pengendalian
dengan mekanisme pelemahan (attenuation) yang disebut sebagai
daerah attenuator. Selain itu, juga ada gen regulator operon trp
yaitu trpR yang mengkode sintesis aporepresor yang tidak aktif
jika tidak ada triptofan.
Pada saat triptofan tidak tersedia, atau hanya tersedia dalam
jumlah sangat terbatas, gen trpR hanya menghasilkan
aporepresor yang tidak mampu menempel pada daerah operator
sehingga RNA polymerase dapat dengan mudah melakukan
transkripsi gen-gen structural trpE, D, C, B dan A setelah melewati
daerah attenuator. Sebaliknya pada saat tersedia triptofan dalam
jumlah banyak, aporepresor yang dikode oleh trpR akan berikatan
dengan molekul triptofan (disebut sebagai ko-represor) sehingga
terjadi perubahan struktural pada protein aporepresor menjadi
protein represor yang fungsional. Perubahan structural tersebut
mengakibatkan represor dapat menempel pada daerah promoter
operon trp sehingga RNA polymerase tidak dapat melakukan
transkripsi gen-gen structural.

Gambar 4. Operon trp pada E. Coli: Sintesis teregulasi dari

enzim-enzim yang terekspresikan.
Triptofan adalah asam amino yang dihasilkan oleh sebuah jalur
anabolik yang dikatalisis oleh enzim-enzimyang terepresikan. (a)
Kelima gen yang mengkodekan sub-unit polipeptida dari enzim-
enzim dalam jalur ini akan berkelompok, bersama-sama dengan
promoter, membentuk operon trp. Operon trp (situs pengikatan –
resepsor) terletak dalam promoter trp situs pengikatan-RNA
polimerase. (b) Akumulasi triptofan, produk akhr jalur tersebut.
Merepresi transkipsi operon trp, sehingga memblok sintesis
semua enzim dalam jalur itu.
Fungsi triptofan pada sistem ini adalah sebagai korepresor
 (corepressor), molekul kecil yang bekerja sama dengan protein
represor untuk mematikan operon. Seiring akumulasi triptofan,
sebagian besar molekul triptofan berasosiasi dengan molekul
represor trp, yang kemudian dapat berikatan ke operon trp dan
menghentikan produksi enzim-enzim jalur triptofan, jika kadar
triptofan suatu sel anjlok, transkripsi gen-gen operon kembali
berjalan. Ini adalah salah satu contoh bagaimana ekspresi gen
dapat menanggapi perubahan pada lingkungan internal dan
eksternal sel.

3. KONTROL EKSPRESI GEN PADA SEL EUKARIOTIK

Pengaturan ekspresi gen pada sel eukariotik hanya
memungkinkan ekspresi sebagian kecil genom dalam suatu waktu,
sehingga sel dapat menjalani perkembangan dan diferensiasi. Ini
memerlukan suatu pengaturan melalui mekanisme yang rumit.
Untuk suatu gen yang spesifik, pengaturan dapat terjadi secara
bersamaan diberbagai tingkat dan berbagai faktor bekerja
bersamaan untuk merangsang dan menghambat ekspresi suatu
gen.

4. PERBEDAAN REGULASI EKSPRESI GEN PADA SEL

PROKARIOTIK DAN SEL EUKARIOTIK
a. Eukariotik mengandung lebih banyak informasi genetik,
selain itu DNA eukariotik dilengkapi dengan histon dan
protein lainnya untuk membuat kromatin yang berperan
penting sebagai sakelar pengatur utama kontrol ekspresi.
Pada saat kromatin dalam keadaan kondensasi yang terlihat
sebagai kromosom maka DNA tidak dapat ditranskrip.
b. Informasi genetik pada eukariotik tersimpan di beberapa
kromosom dan terbungkus oleh dua lapis membran inti,
sedangkan pada prokariotik hanya pada satu kromosom.
 c. Informasi genetik pada eukariotik terpisah dari sitoplasma
sehingga transkripsi dan translasi dipisahkan oleh ruang,
sehingga proses transkripsi terjadi di dalam inti sel
sedangkan translasi terjadi di dalam sitoplasma.
d. RNA hasil transkripsi diproses terlebih dahulu sebelum
dipindah ke dalam sitoplasma.
e. dRNA pada eukariotik memiliki waktu paruh yang lebih lama
dibandingkan dRNA prokariot. Pada saat sel prokariot
membutuhkan untuk sintesis protein lagi, proses transkripsi
segera dihentikan dan dRNA yang telah ada akan lebur
dalam beberapa menit.
f. Eukariotik memiliki kontrol translasi karena dRNA lebih
stabil.
g. Sebagian besar eukariotik adalah organism multiseluler
dengan tipe sel yang berbeda-beda. Setiap tipe sel
menggunakan seperangkat gen yang berbeda untuk
mensintesis protein yang berbeda sekalipun setiap sel
memiliki perangkat yang sama lengkapnya.

5. REGULASI ATAU KONTROL EKSPRESI GEN SEL EUKARIOTA

Aktivitas berbagai gen memperlihatkan variasi yang luas
dalam berbagai sel. Dengan demikian, hormon pertumbhan dan
insulin masing-masing dihasilkan secara eksklusif dalam
kelenjar hipofisis dan sel β pankreas. Gen lain diekspresikan
secara luas. Contohnya gen renin diekspresikan dalam ginjal
dan beberapa jaringan ekstrarenal.
Perbedaan ini terutama disebabkan oleh pengauran
ekspresi gen, karena umumnya struktur DNA adalah sama bagi
seluruh sel-sel tubuh. Pada sel eukariot gen yang mengkode
protein yang berfungsi bersama-sama biasanya terletak pada
kromosom yang berbeda. Misalnya gen untuk rantai globin α
haemoglobin terletak pada kromosom 16, sedangkan gen untuk
rantai β terletak dikromosom 11. Situasi ini berbeda dari bakteri,
dimana gen yang mengkode protein berfungsi bersama-sama
terletak berdampingan satu sama lain dalam operon. Operon
tidak terdapat pada sel eukariot.
Ekspresi gen pada sel eukariot berlangsung di sejumlah
tahapan yang berbeda yaitu: transkripsi, pascatranskripsi,
translasi, pasca translasi.

Gambar 5. Tahapan proses regulasi ekspresi gen pada

sel eukariotik

a. Pengaturan Tahap Transkripsi

Secara umum, mekanisme pada eukariotik serupa
dengan yang terjadi di prokariotik. Hanya saja pada
eukariotik memiliki kontrol unsur yang membentuk komplek
inisiasi transkripsi, gen codable yang terdiri dari intron dan
ekson, serta pemutus sinyal yang dapat mengakhiri
transkripsi. Proses transkripsi diawali oleh proses
penempelan faktor-faktor transkripsi dan kompleks enzim
RNA polymerase pada daerah promoter. Berbeda dengan
prokariot, RNA polymerase pada eukariot tidak menempel
langsung pada DNA di daerah promoter. Melainkan melalui
perantaraan protein-protein lain yang disebut sebagai faktor
transkripsi. Faktor transkripsi dibedakan menjadi dua
kelompok yaitu: Faktor transkripsi umum dan Faktor
transkripsi khusus. Faktor transkripsi umum berperan untuk
mengarahkan RNA polymerase ke promoter. Penempelan
RNA polimerase pada promoter oleh factor tersebut hanya
menghasilkan transkripsi pada level dasar, sedangkan
pengaturan gen yang lebih spesifik dilakukan oleh factor
transkripsi khusus untuk suatu gen.
Meskipun demikian, proses penempelan tersebut
sangat penting untuk kelangsungan proses transkripsi.
Setelah faktor-faktor transkripsi umum dan RNA polimerase
menempel pada promoter, selanjutnya akan terjadi
pembentukan kompleks promoter terbuka. Transkripsi
dimulai pada titik awal transkripsi (RNA initiation site, RIS)
yang terletak beberapa nukleotida sebelum urutan kodon
awal ATG.
Kontrol utama dari ekspresi gen terjadi pada tingkat
awal transkripsi. Transkripsi diawali oleh unsur promotor
proksimal yang membentuk sekitar 30 nukleotida di hulu
tempat strat transkripsi. Daerah ini mengandung yang
disebut sebagai books TATA dalam rangkaian TATA atau
rangkaian yang serupa. Struktur ini mengikat suatu
kompleks protein yang dikenal sebagai faktor books TATA,
dalam hal ini termasuk protein-protein pengikat books
TATA (TBP atau TFIID). Faktor lain seperti TFII, TFIII dan
polimerase RNA.
Beberapa promotor tidak mengandung kotak TATA
dan mengawali transkripsi melalui faktor-faktor yang sama.
Secara umum faktor-faktor ini disebut faktor piranti umum
dan basal. Protein lain dapat berikatan dengan faktor basal
pada regio promotor dan enhacer DNA untuk bertindak
bersama dnegan RNA polimerase untuk dapat mengatur
awal transkripsi. Protein ini disebut sebagai faktor
transkripsi.
 Transaktivator adalah protein yang digabungkan
dengan protein lain (koaktivator) ke kompleks protein yang
terikat ke promotor basal di books TATA. Apabila terjadi
interaksi yang sesuai antara transaktivator, koaktivator, dan
kompleks promotor basal, RNA polimerase lebih sering
berikatan dengan promotor basal sehingga kecepatan
transkripsi gen meningkat.
Mekanisme penempelan faktor transkripsi tersebut
sebagai berikut:
1) TFIID menempel pada bagian TATA Box pada promoter,
yang dibantu oleh faktor TFIIA sehingga membentuk
kompleks DA. Peranan TFIIA adalah meningkatkan daya
ikat TFIID terhadap TATA Box.
2) Kemudian diikuti oleh penempelan faktor TFBII
3) Faktor TFIIF selanjutnya menempel yang diikuti oleh
penempelan RNA polimerase II.
4) Akhirnya faktor TFIIE akan menempel dan diikuti oleh
TFIIH dan TFIIJ

Kompleks pra-inisiasi yang terbentuk disebut sebagai

kompleks DABPolFEH. Sehingga dapat diketahui bahwa
pada eukariotik RNA polimerae II tidak secara langsung
menempel pada promoter melainkan melalui perantaraan
faktor transkripsi. Setelah terbentuk kompleks pra inisiasi
RNA polimerase II siap untuk melakukan proses transkripsi
jika ada nukleotida. Faktor transkripsi yang penting untuk
mengawali inisiasi proses transkripsi adalah TBP, TFIIB,
TFIIF, dan RNA polimerase II tanpa adanya TFIIE dan
TFIIH, sebenarnya sudah dapat terjadi transkripsi namun
tidak sempurna. Pembentukan transkripsi yang tidak
sempurna tersebut menandakan telah terbentuknya
kompleks inisisasi termasuk terjadinya pembukaan DNA
secara lokal dan pembentukan ikatan pospodiester
pertama. Dalam hal ini faktor TFIIE dan TFIIH tidak
diperlukan dalam proses inisiasi melainkan diperlukan
dalam proses pelepasan dari promotor yang menandai
dimulainya transkripsi (pemanjangan transkip) secara aktif.
Pelepasan dari promotot tersebut dikatalisis oleh aktifitas
DNA helikase yang dimiliki oleh TFIIH sehingga
menyebabkan terbukanya DNA pada daerah promotor. Hal
ini dilakukan dengan cara memuntir DNA di daerah hilir dari
bagian yang berikatan dengan faktor transkripsi yang lain
sehingga terbentuk gelembung transkripsi. Pembentukan
gelembung transkripsi memunkinkan RNA polimerase
untuk memulai transkripsi dan bergerak dari hilir sepanjang
10-12 nukleotida. Pergerakan RNA polimerase tersebut
dibantu oleh aktifitas TFIIH yang menyebabkan
pemanjangan gelembung transkripsi.

Gambar 6. Pengaturan tahap transkripsi

 TFIID merupakan faktor transkripsi pertama yang
secara berikatan dengan TATA Box sehingga penempelan
faktor transkripsi ini akan mengarahkan faktor-faktor yang
lain dan RNA polimerase II untuk mengenali promoter.
Faktor TFIID merupakan kompleks protein yang terdiri atas
beberapa protein yaitu protein pengikat TATA Box (TATA
Box binding protein, TBP), dan TAF (faktor transkripsi yang
terkait dengan TBP). Pada saat kompleks pra-inisiasi sudah
terbentuk, RNA polimerase bersama-sama dengan TFIIH
menutupi promoter.Faktor tersebut berperan dalam proses
fosforilisasi RNA polymerase II menjadi bentuk IIO, selain
itu juga mempunyai aktivitas kinase CTD. Bentuk RNA
polymerase IIO inilah yang selanjutnya melakukan
pemanjangan transkrip. Fosforilisasi terjadi pada asam-
asam amino pada bagian CTD yang terdapat pada subunit
RNA polymerase II yang paling besar. Fosforilisasi tersebut
memicu perubahan perubahan status RNA polymerase II
dari keadaan pra-inisiasi menjadi inisiasi dan selanjutnya
terjadi pemanjangan transkrip. Hal tersebut dikarenakan
fosforilasasi RNA polymerase II menyebabkan ikatan
antara CTD dengan TBP menjadi lemah
Proses pemanjangan transkrip distimulasi oleh
suatu factor yang disebut TFIIS dengan cara membatasi
jeda dalam proses polymerase oleh RNA polymerase.
Proses pemanjangan transkrip akan berjalan sampai RNA
polymerase II mencapai daerah terminator. Terminasi
transkripsi dapat berlangsung karena adanya aktivitas
fosfatase yang spesifik untuk CTD sehingga
mengembalikan RNA polymerase II menjadi bentuk yang
tidak mengalami fosforilisasi. Dalam keadaan tersebut,
RNA polimerae II dapat digunakan kembali dalam proses
transkripsi selanjutnya. Dengan demikian, RNA polymerase
 II dapat digunakan secara berulang-ulang dalam proses
transkripsi gen. Berikut skema secara umum proses
transkripsi yang melibatkan RNA polymerase II.
Tahapan pengaturan ekspresi gen pada sel eukariotik
dapat dilihat sebagai berikut.

Gambar 7. Tahapan
pengaturan ekspresi gen pada
sel eukariotik

b. Pengaturan Tahap Pasca Transkripsi

Berbeda dengan prokariot yang proses transkripsi
dan translasi berlangsung hampir serentak yaitu sebelum
transkripsi selesai dilakukan, translasi sudah dapat dimulai.
Hal tersebut terjadi karena pada prokariot tidak ada
hambatan struktural sel karena semua komponen
transkripsi dan translasi terletak pada sitoplasma yang
sama. Sedangkan pada sel eukariotik proses tanskripsi
berlangsung di dalam nukleus sedangkan translasi terjadi di
dalam nukleus dan proses translasi terjadi di dalam
sitoplasma. Sehingga translasi baru dapat berjalan jika
proses transkripsi selesai dijalankan. Jeda waktu tersebut
disebut sebagai fase pasca-transkripsi. Pada fase ini terjadi
beberapa proses yang unik pada eukariot antara lain (1)
pemotongan dan penyambungan RNA (RNA spilicing), (2)
poliadenilasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3’
mRNA), (3) penambahan tudung (cap) pada ujung 5’
mRNA.

1) Pemotongan dan Penyambungan RNA (Splicing)

Pada organisme eukariotik terdapat gen yang
organisasinya tersusun atas ekson dan intron, meskipun
tidak semua gen eukariotik mempunyai intron. Pada
awalnya, gen yang terdiri atas ekson dan intron
ditranskripsi meghasilkan pre-mRNA (transkrip primer)
karena masih mengandung sekuen intron. Pada tahapan
selanjutnya intron akan dipotong dari pre-mRNA dan
ekson-ekson yang ada selanjutnya disambung menjadi
mRNA yang matang (mature mRNA). Proses
pemotongan intron dan penyambungan kembali ekson-
ekson disebut sebagai proses penyambungan RNA
(RNA splicing). Transkrip mRNA yang sudah matang
inilah yang selanjutnya akan ditranslasi. Berikut skema
proses splicing RNA:

Gambar 8. Skema dasar proses splicing RNA

 Proses splicing RNA merupakan proses yang
sangat akurat. Akurasi proses pemotongan dan
penyambungan ditentukan oleh suatu urutan nukleotida
yang dikenal sebagai splicing signals.
Selain urutan tersebut juga terdapat urutan pada
bagian pertemuan antara ekson dengan intron. Sinyal
untuk pemotongan intron dan penyambungan ekson
pada prekusor mRNA gen-gen pada nukleus sangat
beragam yaitu kedua basa intron basa hampir selalu
mengandung GU dan dua basa terakhir selalu
mengandung AG. Selain itu keseluruhan sekuens
consensus sangat penting untuk pemotongan intron dan
penyambungan ekson secara tepat. Terjadinya mutasi
pada sekuen konsensus dapat menyebabkan splicing
abnormal. Sifat lestari ujung 5’ dan 3’ pada sisi
pemotongan –penyambungan serta kotak TACTAAC
menunjukkan bahwa hal ini mempunyai fungsi sangat
penting dalam ekspresi genetik. Mutasi pada bagian
tersebut dapat menyebabkan perubahan fenotip pada
banyak organism eukariotik, karena bagian ini
bertanggung jawab dala pemunculan penyakit menurun
pada manusia misalnya kelainan hemoglobin.

2) Poliadenilase
Transkip mRNA pada eukariot juga mengalami
pemrosesan dalam bentuk penambahan poli-A (rantai
AMP) pada ujung 3’ sepanjang kurang lebih 200-250
nukleotida. Penambahan poli-A tersebut ditambahkan
pasca-transkripsi karena tidak ada bagian gen yang
mengkode rangkaian A atau T semacam ini.
Penambahan tersebut dilakukan dengan menggunakan
aktivitas enzim poli (A) polimerase yang ada di dalam
nukleus. Sebagian mRNA mengandung poli-A, kecuali
mRNA histon.
Penambahan poli-A pada ujung 3’ meningkatkan
stabilitas mRNA sehingga mRNA mempunyai umur yang
lebih panjang dibandingkan dengan mRNA yang tidak
mempunyai poliA. Selain itu juga ada bukti yang
menunjukan bahwa keberadaan poli-A meningkatkan
efisiensi translasi mRNA semacam itu. Diketahui ada
suatu protein, yaitu poly (A)-binding protein I, yang
menempel pada poliA sehingga meningkatkan efisiensi
translasi. Bukti lain juga menegaskan bahwa mRNA
yang mempunyai poli-A mempunyai kemungkinan yang
lebih tinggi untuk mengikat ribosom sehingga dapat
meningkatkan efisiensi translasi dibandingkan mRNA
yang tidak mengalami poliadenilasi. Poliadenilasi
dilakukan pada prekursor mRNA bahkan sebelum terjadi
terminasi transkripsi. Hal tersebut dilakukan dengan cara
memotong prekursor pada bagian yang nantinya akan
menjadi bagian mRNA yang matang, kemudian
dilanjutkan dengan menambahkan poli-A pada ujung 3’
yang terbuka. Bagian mRNA yang disintesis setelah
selesai sisi poliadenilasi yang selanjutnya didegradasi.
Tempat dilakukan poliadenilasi dicirikan oleh sinyal
poliadenilasi pada gen mamalia. Sinyal tersebut terdiri
dari rangkaian nukleotida AAUAAA yang diikuti oleh
sekitar 20 nukleotida Transkip mRNA pada tanaman dan
khamir juga mengalami poliadenilasi tetapi sinyal
poliadenilasinya berbeda dari yang ada pada mamalia
karena ada variasi pada sekuens AAUAAA. Pada
khamir, jarang sekali ada motif AAUAAA yang
ditemukan.
3) Penambahan tudung (cap) pada ujung 5’ mRNA
Organisme eukariot mengalami metilasi
(penambahan gugus metil) yang sebagian besar
terakumulasi pada ujung 5’ mRNA. Stuktur ini kemudian
dikenal sebagai tudung mRNA (mRNA cap). Penelitian
selanjutnya yang dilakukan oleh Yasuhiro Furuichi dan
Kin-Ichiro Miura menunjukan bahwa tudung mRNA
tersebut berupa molekul 7-metilguanosin (m7G). Tudung
mRNA tersebut disintesis dalam beberapa tahapan.
Yang pertama, enzim RNA trifosfatase memotong gugus
fosfat pada ujung pre mRNA, kemudian enzim guanili
transferase memotong gugus fosfat pada ujung pre
mRNA. Kemudian enzim guanili transferase
menambahkan GMP (guanosin fosfat). Selanjutnya,
enzim metil transferase melakukan metilasi tudung
guanosin pada N7 dan gugus 2’-O metil pada nukleotida
ujung tudung tersebut. Proses penambahan tudung
tersebut berlangsung pada tahapan awal transkripsi
sebelum transkrip mencapai panjang 30 nukleotida.
Tudung mRNA mempunyai empat macam fungsi,
yaitu:
1. melindungi mRNA dari degradasi.
2. meningkatkan efisiensi translasi mRNA,
3. meningkatkan pengangkutan mRNA dan nucleus ke
sitoplasma
4. meningkatkan efisiensi proses spilicing mRNA.
Tudung m7G berikatan dengan mRNA melalui
ikatan trifosfat. Tudung tersebut juga meningkatkan
efisiensi translasi karena ribosom dapat mengakses
mRNA melalui suatu protein yang menempel pada
 tudung. Dengan demikian, jika tidak ada tudung, maka
protein yang melekat pada tudung tidak akan menempel.
Hal itu akhirnya akan mengurangi kemungkinan ribosom
untuk menempel dan melakukan translasi.

c. Pengaturan Tahap Translasi

Pengaturan pada pembentukan protein. Faktor inisiasi
untuk translasi, terutama faktor inisiasi eukariotik 2(eLF2)
merupakan pusat mekanisme pengatur ini. Kerja eLF2
dapat dihambat oleh fosforilasi. mRNA lain memiliki
lengkung tajam yang menghambat inisiasi translasi.

d. Pengaturan Tahap Pasca Translasi

Pengaturan setelah terbentuknya protein. Setelah
disintesis, lama hidup protein diatur oleh degradasi
proteolitik. Protein memiliki waktu apruh yang berbeda-
beda. Sebagian hanya bertahan beberapa jam atau hari.
Sedangkan yang lain menetap sampai beberapa bulan atau
tahun. Sebagian protein mengalami degradasi oleh enzim
lisosom. Protein lain didegradasi oleh protease didalam
sitoplasma. Sebagian protein ini tampaknya mengalami
degradasi melalui pengikatan suatu protein yang dikenal
dengan nama ubikuitin.

6. Pengecekan Diri
1. Bagaimana proses ekspresi gen pada sel prokariotik?
2. Bagaimana proses ekspresi gen pada sel eukariotik?
3. Bagaimana perbedaan ekspresi gen pada sel prokariotik dan
eukariotik?

DAFTAR PUSTAKA
Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al. 2002. Molecular Biology of
the Cell. 4th edition. New York: Garland ScienceGomez,
M. Esther. R, Mercedes, Olivia, M and Mario, A. 2010.
Regulation of Gene Expression in Protozoa Parasites.
(Review). Journal of Biomedicine and Biotechnology.
Volume 2010

Campbell, N.A. et al. 2002. Biologi Edisi Kelima Jilid 1. Jakarta:

Penerbit Erlangga.

Karp, G. 2010. Cell and Molecular Biology, concept and

exeperiments 6th ed. John Wiley & Sons (Asia) Pte Ltd.

T. Kouzarides, 2007. Chromatin modifications and their function.

Cell, vol. 128, no. 4, pp. 693–705.

Y. Hirose and J. L. Manley. 200. RNA polymerase II and the

integration of nuclear events. Genes and Development,
vol. 14, no. 12, pp. 1415–1429Yuwono, T. 2000. Biologi
Molekuler. Jakarta: Penerbit Erlangga