Regulasi ekspresi gen banyak dimengerti melalui mekanisme yang dipelajari pada
bakteri. Sistem regulasi yang pertama dimengerti ialah sistem regulasi operon laktosa
pada bakteri E. coli oleh Jacob dan Monod. Regulasi ini berperan dalam mengatur
produksi enzim β−galaktosidase, ketika bakteri harus memilih menggunakan laktosa atau
glukosa sebagai sumber karbonnya. Berikut ini akan dijelaskan dua sistem regulasi yang
paling umum dilakukan pada bakteri, yaitu sistem operon laktosa (operon lac) dan
sistem operon triptopan (operon trp). Pada operon lac ekspresi gen diatur pada tingkat
promotor, yaitu mengatur kontak antara promotor dengan enzim transkriptase
(pengendali transkripsi). Pada operon trp ekspresi diatur dengan cara menghentikan
transkripsi bila produk trankripsi, yaitu triptofan, sudah mencapai kuantitas yang
dibutuhkan.
Sistem Regulasi Operon laktosa
Laktosa adalah gula bisakarida, yaitu gula yang tersusun atas dua molekul gula
sederhana, yaitu glukosa dan galaktosa. Laktosa dapat diuraikan menjadi glukosa dan
galaktosa dengan bantuan enzim β−galaktosidase. Bakteri E. coli dalam hidupnya dapat
memanfaatkan baik laktosa maupun glukosa tergantung gula mana yang tersedia
dilingkungan. Bakteri E. coli mempunyai kemampuan mensisntesis β −galaktosidase
sehingga bila laktosa yang dimanfaatkan sebagai sumber karbon maka bakteri tersebut
akan mampu mengubah laktosa menjadi glukosa dan galaktosa. Namun bila tersedia
laktosa dan glukosa maka bakteri akan memilih glukosa sebagai sumber karbon, karena
glukosa merupakan gula yang lebih langsung dimanfaat dalam proses metabolisme.
Kemampuan bakteri untuk memilih laktosa dan glukosa sebagai sumber karbon telah
memunculkan pertanyaan apakah bakteri akan tetap mensintesis β −galaktosidase
seandainya glukosa yang jadi pilihan. Jawabannya ialah bahwa bakteri mampu
mengatur ekspresi gen penyandi β−galaktosidase sesuai dengan pilihan sumber karbon
yaitu laktosa atau glukosa. Pengaturan ekspresi gen ini disebut sistem regulasi ekspresi
gen; dan sistem ini pertama kali dijelaskan oleh Jacob dan Monod. Sistem regulasi yang
ditemukan oleh mereka sekarang dikenal sebagai sistem regulasi operon laktosa, Sistem
regulasi ini merupakan sitem regulasi pada tingkat inisiasi transkripsi atau regulasi pada
tingkat promotor.
Dalam penjelasannya Jacob dan Monod memperkenalkan istilah operon,
yang mempunyai pengertian sekelompok gen yang diapit secara bersamaan oleh
sepasang promotor dan terminator. Gen-gen pada satu operon akan diekspresikan
secara bersamaan melalui inisiasi transkripsi pada promotor yang sama dan
berakhir pada terminator yang sama. Pada operon laktosa terdapat tiga gen yaitu
lac-Z, lac- Y, dan lac-A, yang masing-masing menyandikan β −galaktosidase,
permease, dan transasetilase. Gen-gen yang berada pada satu operon mempunyai
hubungan fungsi dalam metabolisme.
Pengaturan ekspresi operon laktosa dilakukan oleh suatu protein regulator
yang akan berinteraksi dengan promotor. Protein regulator tersebut akan
menentukan inisiasi translasi yang dilakukan oleh transkriptase. Protein pengatur
dihasilkan oleh gen regulator, yaitu gen yang produk ekspresinya berperan
mengatur ekspresi gen lain. Dalam kasus operon laktosa terdapat dua gen
regulator yaitu gen lac-i dan gen crp. Gen lac-i berhubungan dengan kehadiran
laktosa, sedangkan gen crp berhubungan dengan kehadiran glukosa. Gen yang
diatur tersebut dinamakan gen struktural, sebagai contoh gen lac-Z, lac-Y, dan
lac-A pada operon laktosa. Jadi gen regulator berperan mengatur ekspresi gen
struktural.
Gen lac-i akan menghasilkan suatu polipeptida, yang kemudian setiap
empat polipeptida akan membentuk satu molekul protein tetramer yang berperan
sebagai regulator. Dalam proses regulasi protein tetramer ini akan menempel pada
suatu wilayah promotor yang disebut operator. Penempelan itu terjadi karena ada
kecocokan tertentu antara runtunan basa operator dengan protein regulator. Akibat
adanya protein regulator yang menempati wilayah operator maka transkriptase
tidak dapat melakukan inisiasi translasi, sehingga gen-gen yang terdapat di
belakang promotor menjadi tidak terekspresi. Protein regulator seperti di atas
bersifat menghalangi atau menekan terjadinya transkripsi, maka disebut inhibitor.
Lawan sifat dari represor disebut aktivator, yaitu yang bersifat mendorong
terjadinya ekspresi gen.
Kehadiran laktosa pada media tumbuh akan mendorong terjadinya ekspresi
operon laktosa atau terjadi sintesis β−galaktosidase. Berarti kehadiran laktosa
harus mampu melepaskan protein regulator dari promotor agar terjadi ekspresi gen
lac-Z, untuk menghasilkan β−galaktosidase. Dalam sistem regulasi ini laktosa
yang diambil oleh bakteri dapat berinteraksi dengan protein regulator dan asosiasi
yang akan mengubah konfigurasi molekul protein regulator. Perubahan
konfigurasi pada protein represor menyebabkan protein tersebut menjadi tidak
mampu berasosiasi dengan operator. Dengan tidak adanya inhibitor pada promotor
maka transkriptase menjadi tidak terhalang untuk melakukan inisiasi transkripsi,
dan terjadi ekspresi gen-gen pada operon laktosa.
Selain oleh kehadiran laktosa ekspresi operon lac juga diatur oleh
keberadaan glukosa. Bila bakteri telah mengkonversi laktosa menjadi glukosa, dan
bila kuantitas glukosa sudah mencukupi maka β −galaktosidase harus dihentikan
sintesisnya. Regulasi oleh glukosa ini disebut represi katabolit atau represi
glukosa. Proses regulasi ini melibatkan tiga komponen yaitu glukosa, cAMP
(cyclic AMP), dan CAP (protein aktivator/ represor). CAP merupakan protein
yang berperan mengaktifkan enzim transkriptase, protein ini disandikan oleh gen
regulator crp. Asosisasi antara CAP dengan transkriptase menyebabkan
transkriptase menjadi aktif dan mampu mengkatalisis proses transkripsi; tanpa
CAP transkriptase menjadi tidak aktif.
Glukosa mengatur aktivitas CAP melalui pengaturan cAMP. Antara CAP
dan cAMP dapat terbentuk asosiasi, dan asosiasi ini akan menyebabkan CAP aktif
berperan sebagai aktivator; CAP yang terbebas dari cAMP tidak dapat berperan
sebagai aktivator. Kuantitas cAMP berbanding terbalik dengan kuantitas glukosa.
Saat glukosa di dalam sel berjumlah kecil cAMP ditemukan berada dalam jumlah
yang besar, dan bila kuantitas glukosa dalam sel meningkat maka cAMP akan
menurun. Dalam keadaan kuantitas rendah cAMP tidak dapat berasosiasi dengan
CAP, akibatnya CAP tidak dapat menjadi aktivator. Jadi pada saat glukosa rendah
cAMP berada dalam jumlah besar dan membentuk asosiasi cAMP-CAP yang
berperan menjadi aktivator enzim transkriptase, sehingga terjadi transkripsi
operon laktosa. Ketika glukosa meningkat sampai jumlah tertentu cAMP menurun
sehingga tidak terbentuk asosiasi cAMP-CAP, dan CAP tidak dapat berperan
sebagai aktivator dan transkripsi operon laktosa tidak berlangsung
Pada kenyataannya regulasi oleh laktosa dan glukosa atau oleh lac-i dan crp
berjalan secara simultan. Protein inhibitor dan aktivator bekerja secara bersamaan
dalam mempengaruhi kerja transkriptase. Pada Tabel diperlihatkan hasil
kombinasi kerja antara kedua gen tersebut. Terlihat bahwa β −galaktosidase akan
disintesis hanya pada kondisi kehadiran laktosa dan tidak ada glukosa.
Sistem Regulasi Operon trp
Pada operon trp terdapat lima gen struktural yaitu trp-E, trp-D. trp-C, trp-B,
dan trp-A, dan satu gen pengawal yaitu trp-L yang berfungsi dalam regulasi. Gen
trp-E sampai trp-A keseluruhannya menyandikan enzim yang berperan dalam satu
lintasan metabolisme triptofan. Trp-L merupakan gen yang paling dekat pada
promotor.
Regulasi ekspresi operon trp berbeda dengan regulasi operon lac; pada
operon lac regulasi dilakukan pada tingkat inisiasi atau pada tingkat promotor,
sedangkan regulasi operon trp berlangsung pada tingkat RNA hasil transkripsi.
Pada operon trp satu gen pengawal (trp-L) yang terletak tepat di belakang
promotor, berfungsi sebagai regulator. Inisiasi transkripsi, pada promotor, akan
berjalan tanpa hambatan dan transkriptase masuk ke ruas trp-L.
Regulasi berlangsung pada saat enzim transkriptase berada pada ruas trp-L, yang
akan menentukan apakah transkripsi akan berhenti pada trp-L atau dilanjutkan ke
ruas gen yang ada di belakangnya (trp-E sampai trp-A).
Dalam keadaan sel kekurangan triptofan dengan adanya ekspresi gen-gen
pada operon trp maka akan terjadi peningkatan kuantitas triptofan dalam sel.
Kuantitas tiptofan dalam sel akan mengendalikan ekspresi gen-gen pada operon
ini, yaitu pada konsentrasi tertentu triptofan akan menghentikan ekspresi gen-gen
tersebut. Regulasi oleh triptofan berhubungan dengan ruas trp-L. Pada ruas trp-L
terdapat dua kodon yang berhubungan dengan asam amino triptofan yaitu kodon
yang terletak pada basa 54 sampai 59. Saat transkripsi sedang berjalan pada ruas
gen trp-L, RNA yang dihasilkan transkripsi tersebut juga mulai dibaca oleh
ribosom atau ditranslasikan. Ribosom akan berjalan membaca kodon-kodon yang
terdapat RNA tersebut dan merangkaikan berbagai asam amino yang sesuai.
Pergerakan ribosom akan berjalan lancar selama tersedia amino-asil-tRNA yang
cocok dengan kodon yang dibaca ribosom tersebut. Pada saat kuantitas triptofan
dalam sel belum mencukupi tidak akan terbentuk triptofal-tRNA (amino-asil-
tRNA untuk triptofan), sehingga ketika ribosom mencapai kodon trp, basa 54
sampai basa 59, tidak akan ada tRNA yang berasosisasi pada ribosom, dan
ribosom akan berhenti pada kodon tersebut. Ketika jumlah triptofan sudah
mencukupi maka akan terbentuk triptofal-tRNA dan ribosom dapat membaca
kedua kodon trp tersebut (basa 54 sampai basa 59) dan melanjutkan translasi
kodon-kodon selanjutnya. Kejadian berhenti atau berjalannya ribosom pada kodon
trp akan menentukan apakah proses transkripsi operon trp akan berjalan masuk ke
gen trp-E atau berhenti pada ruas gen trp-L.
Ruas gen pengawal trp-L terbagi atas 4 ruas. Keempat ruas tersebut
homolog satu dengan yang lainnya, sehingga ruas-ruas RNA yang
ditranskripsikannya dapat membentuk pasangan satu sama lain. Ruas-2 dapat
berpasangan dengan ruas-1 dan ruas-3, sedangkan ruas-3 selain berpasangan
dengan ruas-2 juga dapat berpasangan dengan ruas-4. Ruas-3 dan ruas-4
merupakan bentuk dari terminator dari gen trp-L, sehingga bila pada RNA kedua
ruas ini berpasangan (pasangan 3-4) maka akan terbentuk struktur jepit rambut,
yang merupakan signal akhir transkripsi, yang akan berakibat transkripsi berhenti.
Regulasi pada tingkat RNA berlangsung melalui pengaturan pembentukan
pasangan 3-4 (struktur jepit rambut terminator). Terjadinya perpasangan 3-4 dapat
dicegah seandainya ruas-3 berpasangan dengan ruas-2.
Telah dijelaskan pada alinea terdahulu bahwa keberadaan ribosom pada
basa 54-59 (pada trp-L) akan menentukan apakah transkripsi operon trp akan
berhenti pada ruas trp-L atau berlanjut ke trp-E.. Bila kuantitas triptofan di dalam
sel belum mencukupi maka tidak akan terbentuk triptofal-tRNA, sehingga ribosom
akan berhenti pada basa 54-59, ruas-2 akan terbebas dari ribosom sehingga dapat
berpasangan dengan ruas-3 (pasangan 2-3). Pada kondisi ini tidak akan terbentuk
pasangan 3.4 atau struktur jepit rambut terminator, sehingga transkripsi tidak
berhenti pada ujung trp-L; melainkan terus dilanjutkan ke ruas gen trp-E dan
seterusnya. Bila triftofan dalam sel telah mencukupi maka ribosom tidak akan
berhenti pada basa 54-59, karena akan tersedia triptofal-tRNA; ribosom akan
bergerak masuk ke ruas-2.
Akibat kehadiran ribosom pada ruas-2 maka ruas-3 terbebas dari
perpasangan dengan ruas-3, dan akan berpasangan dengan ruas-4 membentuk
pasangan 3-4 atau struktur jepit rambut. Dalam kondisi ini maka transkripsi akan
berakhir pada ujung trp-L, sehingga ruas trp-E dan yang lainnya tidak akan
tertranskripsikan.