RESUME GENETIKA II

REGULASI EKSPRESI GEN PADA PROKARIOTIK

Untuk memenuhi tugas mata kuliah Genetika II

yang dibimbing oleh Prof. Dr. agr. Moh. Amin, M.Si
dan Andik Wijayanto, S.Si, M.Si

Disusun oleh :
Kelompok 1 Off C/2017
Ajeng Fadhillah 170341615005
Mardianto Harefa 170341615009
Inayatul Hasanah 170342615527

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI
Agustus 2019
 Salah satu ciri makhluk hidup adalah beradaptasi dengan lingkungan.
Kemampuan beradaptasi dapat diartikan sebagai kemampuan untuk menyesuaikan
hidup dengan kondisi dengan lingkungan tempat hidupnya. Dapat dikatakan
bahwa apabila suatu makhluk hidup tidak dapat beradaptasi dengan
lingkungannya, maka mereka tidak akan bisa bertahan hidup di lingkungan
tersebut. Jadi, dapat dikatakan bahwa proses seleksi alam secara tidak langsung
akan membuat makhluk hidup yang dapat beradaptasi akan tetap hidup di
lingkungannya selama periode evolusinya berlangsung.
Pada bakteri dan prokariot lainnya, kemampuan dalam beradaptasi ini
ditentukan dalam kemampuannya dalam mengekspresikan gen-gen yang nantinya
akan mengkode enzim-enzim yang memiliki peran penting dalam pengkodean
beberapa produk yang berguna untuk kelangsungan hidup bakteri maupun
prokariot tersebut. Ketika produk-produk yang diperlukan tadi tidak tersedia atau
tersedia dalam jumlah yang sedikit di tempat hidupnya, prokariot tersebut akan
mengaktifkan mekanisme di dalam tubuhnya untuk memproduksi produk tersebut.
Namun, karena mekanisme ini juga memerlukan energi, maka saat produk
tersebut tersedia di tempat hidupnya, maka mekanisme mensintesis produk
tersebut tidak akan berjalan agar tidak membuang-buang energi.
Seperti yang sudah dipelajari, dasar dari prokariot mampu mensintesis
produk yang ia butuhkan sendiri itu adalah dengan melalui proses pengekspresian
gen-gen yang berperan dalam proses tersebut, dalam kata lain disebut transkripsi.
Transkripsi menjadi pemeran yang paling penting dalam pengontrolan
pengekspresian gen.

INDUKSI DAN REPRESI DALAM PROKARIOT

Molekul-molekul tRNA, rRNA, protein ribosomal, RNA polymerase, dan
enzim-enzim lain yang merupakan beberapa contoh dari hasil proses
pengekspresian gen memerankan peran yang cukup penting dalam hampir semua
sel makhluk hidup. Selain produk-produk diatas, ada juga hasil dari proses
ekspresi gen yang cukup diperlukan bagi sel untuk tetap tumbuh di dalam kondisi
lingkungan yang kurang menguntungkan. Mekanisme ini hanya akan dilakukan
ketika dan dimana mereka benar-benar membutuhkan produk tersebut, sehingga
dapat dikatakan bahwa mereka memiliki mekanisme yang sangat efektif dalam
pengontrolan proses ekspresi gen.
E. coli dapat tumbuh dengan menggunakan salah satu dari beberapa jenis
karbohidrat yang ada di lingkungannya sebagai sumber energi. Sebagai contoh,
ketika ada glukosa, E. coli akan lebih memilih glukosa untuk dijadikan sumber
energinya. Namun, ketika jumlah glukosa sangatlah sedikit atau E. coli ini hidup
di medium yang tidak mengandung glukosa, (misalnya hanya laktosa), maka E.
coli ini akan mensintesis enzim yang dibutuhkan untuk memproses laktosa
tersebut, yaitu β-galactosidase untuk memecah laktosa menjadi glukosa, β-
galactosida permease yang mendorong β-galactosidase untuk masuk ke dalam sel,
dan β-galactosida transasetilase yang belum diketahui secara jelas apa perannya.
Yang menarik adalah mekanisme ini hanya dilakukan E. coli ketika dalam
lingkungannya hanya mengandung laktosa, sehingga dapat diketahui bahwa E.
coli memiliki suatu mekanisme untuk memproduksi enzim tersebut hanya ketika
dalam lingkungannya hanya ada laktosa sebagai sumber energinya. Sesuai yang
telah dijelaskan diatas, suatu mekanisme pengekspresian gen yang terjadi karena
merespon suatu zat (dalam hal ini laktosa) dalam lingkungan disebut induksi.
Gen-gen yang terlibat dalam proses tersebut dinamakan gen-gen indusibel,
produknya (dalam hal ini enzim) dinamakan enzim-enzim indusibel, dan zat-zat
atau molekul-molekul yang menyebabkan induksi terjadi (laktosa) dinamakan
induser.
Induksi terjadi saat proses transkripsi berlangsung. Induksi akan mengubah
laju dari produksi enzim-enzim, namun tidak mempengaruhi aktifitas enzim yang
sudah ada sebelumnya. Tujuan dari proses ini ialah agar bakteri tersebut memiliki
suatu zat yang ia perlukan ketika keberadaan zat tersebut dalam lingkungannya
sedikit atau tidak ada. Contohnya, E. coli memiliki 5 gen yang mengkode enzim-
enzim yang diperlukan dalam sintesis tryptophan. 5 Gen ini harus diekspresikan
dalam sel E. coli yang tumbuh dalam lingkungan yang tidak mengandung
tryptophan untuk menyediakan jumlah tryptophan yang cukup untuk sintesis
protein selanjutnya.
Keadaan akan berbalik ketika suatu zat yang diperlukan sudah tersedia
dalam jumlah yang cukup dalam lingkungannya. Tentu, apabila proses sintesis
enzim tadi dilakukan, maka akan menghabis-habiskan energi yang dimiliki
makhluk hidup tersebut. Sebagai contoh, ketika tryptophan dalam lingkungan
sudah mencukupi untuk mendukung pertumbuhan E. coli, maka E. coli ini akan
cenderung mengambil tryptophan dari luar tubuhnya dan menghentikan proses
sintesis enzim tadi. Proses ini disebut represi.

MODEL OPERON
Operon pertama kali diperkenalkan oleh F. Jacob dan J. Monod di tahun
1961. Operon ini diperkenalkan untuk menjelaskan bagaimana regulasi dari gen-
gen yang mengkode enzim-enzim yang dibutuhkan untuk memproses laktosa
dalam E. coli. Dalam operon, dapat dilihat bahwa transkripsi dari satu atau satu
set gen-gen struktural itu diatur oleh 2 elemen, yaitu gen regulator yang
mengkode repressor (suatu protein) yang nantinya akan menempel pada elemen
kedua yaitu operator yang letaknya selalu bersebelahan dengan gen-gen
struktural yang nantinya akan diekspresikan.
Repressor ini memegang kendali yang cukup penting, dimana dia dapat
menentukan apakah proses transkripsi dapat berjalan atau tidak. Ini dapat
diketahui apabila repressor ini menempel pada operator, maka akan menghalangi
RNA polymerase untuk menempel pada promoter yang letaknya bersebelahan
dengan operator. Sehingga dapat diambil kesimpulan bahwa promoter, operator,
dan gen-gen struktural yang akan diekspresikan merupakan sebuah operon.

Model Operon
Menempel atau tidaknya repressor tadi pada operator ditentukan dari ada
atau tidaknya molekul-molekul efektor dalam lingkungan (pada operon indusibel
dinamakan induser, sedangkan pada operon represibel dinamakan co-represor).
Molekul-molekul efektor ini bekerja dengan menempel pada repressor dan
membentuk suatu kompleks bersama repressor. Perbedaan dari kedua operon tadi
(indusibel dan represibel) ialah bagaimana keadaan kompleks repressor tersebut
menempel pada operator. Pada operon indusibel, molekul efektor (induser) yang
menempel pada represor akan membuat represor mengalami perubahan bentuk,
sehingga represor pun melepaskan diri dari operator dan RNA polymerase
berjalan sehingga proses transkripsi pun dilakukan. Hal berbeda ditunjukkan pada
operon represibel dimana molekul efektor (co-represor) justru akan membuat
represor menempel pada operator, sehingga proses transkripsi tidak dilakukan.

Gambar operon induksi

 Gambar operon represi

OPERON INDUSIBEL (lac)

lac Operon menjadi operon yang paling banyak diketahui informasinya,
melebihi operon lainnya. Sama seperti model operon, lac operon mengandung
promoter, operator, dan 3 gen struktural, yaitu z, y, dan a, dimana 3 gen
struktural ini mengkode 3 enzim yang diperlukan untuk memproses laktosa, yaitu
β-galactosidase, β-galactosida permease, dan β-galactosida transasetilase.
Ketika suatu induser absen (molekul efektor), maka represor akan aktif
(menempel pada operator), sehingga proses transkripsi tidak berjalan. Induser dari
lac operon sendiri adalah allolaktosa, yaitu derivat dari laktosa dalam suatu reaksi
yang dikatalisis oleh enzim β-galactosidase. Jika allolaktosa dibentuk, maka
allolaktosa akan menempel pada represor, mengubah kompleks represor sehingga
represor akan melepaskan diri dari operator. Selanjutnya, allolaktosa inilah yang
menginduksi terjadi transkripsi.
Suatu promoter dalam lac operon sebenarnya mengandung 2 komponen
yang jelas perbedaanya, yaitu tempat menempelnya RNA polymerase dan tempat
menempelnya protein lain, yang disebut CAP (Catabolite Activator Protein). CAP
inilah yang nantinya akan menjadi pemegang kendali apabila sumber energi yang
ada pada lingkungan bukan laktosa lagi, melainkan glukosa.

Gambar lac operon pada E. coli

OPERON REPRESIBEL (trp)

Operon trp ini merupakan tipe operon terepresi karena repressor akan
berikatan dengan operator ketika dalam bentuk kompleks repressor-efektor
sehingga ekspresi gen strukturalnya akan terhambat karena RNA polymerase tidak
bisa berikatan dengan promotor pada operon ini. Operon trp yaitu tidak adanya
triptofan (co-represor), RNA polimerase mengikat ke daerah promotor dan
menyalin gen struktural dari operon. Dengan tidak adanya triptofan (co-represor),
RNA polimerase mengikat ke daerah promotor dan menyalin gen struktural dari
operon.
 Sekuens operator pada operon trp seluruhnya masuk ke dalam area
promotor. Laju transkripsi operon trp dalam keadaan derepresi (tidak adanya
triptofan) adalah 70 kali laju yang terjadi dalam keadaan tertekan (adanya
triptofan). Operon terpisah dengan represor, gen strukturalnya terdiri dari
E,D,C,B,A, dengan 2 t (titik terminasi). Triptophan adalah hasil akhir dari proses
biosintesis ini.

KONTROL POSITIF PADA OPERON lac OLEH MOLEKUL CAP DAN

CYCLIC AMP
Adanya glukosa, telah dikenal untuk mencegah induksi pada lac operon
maupun operon mengontrol yang mengendalikan enzim yang terlibat pada
katabolisme karbohidrat (misalnya arabinose dan operon galaktose). Pada model
operon lac yang dikemukakan oleh Jacob dan Monod, apabila pada sel tersebut
masih ada glukosa, maka glukosa tersebut akan menghambat atau menonaktifkan
operon-operon lain yang berfungsi mensintesis enzim katabolik gula jenis lain
termasuk operon lac. Fenomena tersebut dikenal sebagai represi katabolit atau
glucose effect. Mekanisme ini merupakan bentuk kontrol positif yang dilakukan
oleh protein regulator yaitu CAP dan efektornya yaitu cAMP. Kompleks CAP-
cAMP nantinya akan berikatan pada tempatnya pada promotor operon lac dan
akan menstimulasi pengikatan RNA polymerase ke area promotor. Promotor lac
terdiri atas dua ikatan site yang terpisah; (1) satu untuk RNA polimerase dan (2)
satu untuk kompleks CAP-cAMP (Gambar 14.7; AMP Siklik singkatannya
cAMP).

Kadar cAMP akan menurun saat kandungan glukosa dalam sel tinggi,
sehingga pada saat kandungan glukosa tinggi CAP tidak bisa berikatan ke
promotor karena untuk berikatan ke promotor harus dalam bentuk kompleks CAP-
cAMP. Konsentrasi cAMP sangat sensitive dipengaruhi oleh konsentrasi glukosa
di dalam sel, namun mekanisme bagaimana kadar glukosa berpengaruh terhadap
konsentrasi cAMP masih belum diketahui. Apabila kompleks CAP-cAMP tidak
terbentuk dan tidak menempel pada promotor, maka RNA polymerase juga tidak
akan menempel pada promotor dan memulai proses transkripsi. Sekuen komplete
pasangan basa dari daerah regulator operon lac adalah operator dan promotor.

REGULASI KOMPLEKS DARI OPERON ara

 Pada operon lac dan trp, produk dari gen regulator yaitu protein represor
memiliki mekanisme kontrol negatif yaitu menonaktifkan proses transkripsi pada
operon. Namun CAP pada operon tersebut merupakan bentuk kontrol positif
terhadap operon lac yaitu dengan menginduksi transkripsi operon. Operon
arabinose (ara) pada E.coli merupakan operon dengan pola regulasi yang lebih
kompleks daripada operon lac maupun trp. Operon ara memiliki suatu protein
regulator yang dapat bertindak sebagai kontrol positif maupun kontrol negatif
tergantung bagaimana keadaan efektor yang ada di lingkungannya. Selain itu,
komponen regulator yang mengontrol transkripi dari operon ara, termasuk sebuah
elemen yang berfungsi dari jarak kurang lebih 200 bp jauh dari promotor yg
membantu kontrol.
Pada E.coli Operon arabinose (ara) nya memiliki tiga gen struktural (araB,
araA, dan araD) yang mengkodekan tiga enzim yang berperan dalam katabolisme
arabinose. Gen struktural tersebut ditranskripsikan menjadi mRNA tunggal yang
dimulai pada promotor yang disebut PBAD. Protein pengatur utama operon ara
yaitu protein araC.
Ketika pada sel tidak dijumpai arabinosa dan cyclic AMP (cAMP), protein
araC bertindak sebagai kontrol negatif (represor) pada proses transkripsi gen
struktural araB, araA, dan araD dengan berikatan pada promotor PBAD. Sedangkan
apabila dijumpai arabinosa dan cAMP, maka protein araC bertindak sebagai
kontrol positif (aktivator) transkripsi gen-gen. Jadi, Protein araC dapat bertindak
sebagai kontrol positif atau negatif pada transkripsi gen struktural araB, araA, dan
araD bergantung pada ada atau tidaknya molekul arabinosa dan cAMP. Namun
mekanisme operon pada operon ara tidak hanya diatur oleh protein araC
melainkan juga diatur oleh CAP seperti pada operon lac.
Operator araO adalah pertama yang diketahui mengendalikan transkripsi
gen regulator araC yang dimulai pada PC. Mekanismenya represi pada operon ara
ditentukan dari ikatan protein araC pada DNA di area yang disebut araO2.
Represi operon ara terjadi ketika dua protein araC berikatan di dua area yaitu
aral dan araO2 kemudian saling berikatan untuk membentuk loop DNA. Struktur
tersebut menghambat pengikatan RNA polimerase pada promotor yang
berdekatan (PBAD) dari operon ketika struktur loop terbentuk. Ketika arabinose dan
CAMP ada di dalam sel maka operon ara akan diinduksi karena protein araC
akan bersifat sebagai aktivator transkripsi gen struktural operon ini.

REPRESI LAMBDA PROPHAGE SELAMA DAUR LISOGENIK

Ketika bakteriofag berada di daur lisogenik dalam sel inangnya, maka gen
yang berperan dalam daur litik-yaitu gen yang mengendalikan replikasi DNA fag,
fag morfogenesis fag. Dalam hal ini, dan lisis sel inang-tidak boleh terekspresi.
Sirkuit represor-operator-promotor sebagai pengendalinya mekanisme ini, seperti
halnya yang terlibat dalam operon bakteri. Secara khusus gen C1 merupakan gen
spesifik yang dimiliki oleh fag dan mengkodekan protein represor yang dalam
keadaan dimer atau tetramer berikatan dengan dua daerah operator sehingga dapat
mengontrol/merepresi transkripsi gen lambda yang dibutuhkan dalam daur litik.
Kedua wilayah operator ini dikenal sebagai Ol (operator dengan arah transkripsi
ke kiri) dan OR (operator dengan arah transkripsi ke kanan). Kedua jenis operator
tersebut tumpang tindih dengan sekuens promotor di mana RNA polimerase
berikatan dan memulai transkripsi gen yang berperan dalam daur litik. Jadi,
dengan represor terikat pada dua operator, RNA polimerase tidak dapat berikatan
dengan dua promotor sehingga transkripsi gen litik tidak dapat terjadi. Dengan
cara ini, gen fag dapat direpresi sehingga memungkinkan profag yang "tidak
aktif" ditransmisikan dari sel induk ke keturunannya pada saat sel tersebut
membelah dan tidak menyebabkan sel tersebut lisis. (Gambar 14.9) Represi gen
bakteriofag yang mengontrol perkembangan litik dengan pengikatan C,
geneproduk (penekan) ke dua sekuens operator (O, dan 0,) yang mengontrol
transkripsi kromosom ke kiri dan ke kanan. Perhatikan bahwa setiap urutan
operator memiliki tiga situs pengikat represor dan bahwa operator dan promotor
(situs pengikatan RNA polimerase) tumpang tindih. Urutan pasangan nukleotida
dari wilayah OR berada di bagian atas. Titik oranye di antara dua untai DNA di
dalam setiap situs pengikat represor menunjukkan sumbu simetri parsial.

KONTROL OPERON trp MELALUI ATTENUASI

Represi dan derepresi dapat mengubah tingkat ekspresi gen struktural
operon trp sekitar 70 kali lipat. Pada mutan trpR yang tidak dapat membuat
represor, penambahan triptofan pada suatu kultur pertumbuhan sel saat tidak ada
triptofan akan menyebabkan penurunan 8-10 kali lipat kecepatan sintesis enzim
biosintetik triptofan. Delesi yang menghilangkan bagian trpL menghasilkan
peningkatan kecepatan ekspresi operon trp. Efek dari delesi ini tidak tergantung
dari represi, peningkatan dapat terjadi pada represi dan derepresi.
Level kedua regulasi operon trp dinamakan attenuation dan sekuen pada
trpL yang mengatur fenomena ini disebut attenuator. Attenuation terjadi melalui
pengaturan transkripsi terminasi pada daerah dekat ujung sekuen mRNA leader.
Terminasi ‘prematur’ operon trp transkripsi terjadi hanya ketika terdapat triptofan
tRNAtrp dan menghasilkan sekuen transkripsi 140 nukleotida (Gambar 14.10).

Gambar 14.10 Terminasi ‘prematur’ operon trp transkripsi terjadi hanya ketika
terdapat triptofan tRNAtrp dan menghasilkan sekuen transkripsi 140 nukleotida.
 Daerah attenuator memiliki sebuah sekuen pasangan nukleotida identik
untuk sinyal transkripsi-terminasi yang kebanyakan ditemukan pada ujung operon
bakteri. Sinyal terminasi ini terdiri dari sebuah palindrom yang kaya GC diikuti
oleh beberapa pasangan basa AT. Transkripsi pada sinyal terminasi menghasilkan
suatu RNA baru potensial membentuk suatu struktur ikatan hidrogen ‘jepit
rambut’ yang diikuti beberapa U.
Ketika suatu transkrip membentuk struktur jepit rambut, hal ini dipercaya
sebagai penyebab perubahan konformasi yang berasosiasi dengan RNA
polimerase, hasilnya terminasi transkripsi diikuti lebih banyak daerah ikatan
hidrogen lemah pada pasangan basa DNA-RNA. Sekuen nukleotida attenuator
mampu untuk terminasi prematur operon trp transkripsi.
Transkripsi dan translasi berlangsung bersamaan pada prokariot, sehingga
ribosom memulai mentranslasi mRNA sementara mRNA sedang diproduksi
melalui transkripsi. Kejadian ini terjadi selama translasi yang mungkin juga
mempengaruhi transkripsi. Kemudian, 162 nukleotida mRNA operon trp berisi
sekuen yang dapat mengubah pasangan basa ke struktur sekunder alternatif. Dua
dari sequnce ini membentuk jepit rambut transkripsi-terminasi.
Jepit rambut ini dibentuk oleh dasar-pasangan antara urutan nucleotide
114-121 dan 126-134. Sebuah hasil struktur alternatif sekunder dari pasangan basa
antara sekuen leader 74-85 dan 108-119. Hanya satu dari struktur ini bisa ada pada
waktu yang sama, karena nukleotida 114-119 adalah bagian dari keduanya. Jadi,
jika urutan 74-85 dan 108-119 adalah pasangan basa, maka attenuator transkripsi
terminasi jepit rambut tidak dapat terbentuk.
Sekuen leader mengandung kodon inisiasi translasi AUG, diikuti oleh 13
kodon untuk asam amino, diikuti kodon terminasi translasi UGA. Apalagi sekuen
leader trp mengandung ribosom-dari daerah pengikatan terletak di posisi yang
sesuai untuk inisiasi translasi pada kodon leader inisiasi AUG. Leader peptida
putatif belum terdeteksi secara in vivo, tetapi tipe peptida pendek sangat cepat
terdegradasi dalam E. coli, sehingga gagal mendeteksi yang tidak di luar dugaan.
Peptida leader mengandung dua residu triptofan berdekatan. Kedua kodon
trp diposisikan sedemikian rupa sehingga dengan tidak adanya triptofan ribosom
akan menjadi terhenti sebelum bertemu struktur pasangan basa yang dibentuk oleh
sekuen leader 74-85 dan 108-119. Pasangan basa menghalangi pembentukan jepit
rambut transkripsi-terminasi. Jadi, dengan tidak adanya triptofan, transkripsi akan
berlanjut ke attenuator ke dalam gen trpE.
Dengan adanya triptofan, ribosom dapat menerjemahkan kodon trp dengan
kodon terminasi peptida leader. Pada prosesnya, akan mengganggu pasangan basa
antara sekuen leader 74-85 dan 108-119. Melepaskan sekuen 114-121, dengan
pasangan basa sekuen 126-134 dan membentuk struktur jepit rambut transkripsi
terminasi. Jadi, dengan adanya triptofan, transkripsi sering berakhir pada
attenuator, mengurangi jumlah mRNA untuk structural gen trp. Regulasi
transkripsi oleh attenuation tidak unik untuk operon trp. Enam operon (trp, thr, ilv,
leu, phe, dan his) diketahui diatur melalui attenuasi. trp dan mungkin phe juga
diatur oleh represi. Operon his, yang telah lama dianggap direpresi sekarang
diyakini diatur sepenuhnya oleh attenuation (attenuation).

PENGHAMBATAN UMPAN BALIK DAN ENZIM ALOSTERIK

Kehadiran konsentrasi yang cukup dari hasil akhir (seperti histidin atau
triptofan) dari jalur biosintesis akan menghasilkan penghambatan jalur enzim
pertama. Fenomena ini dinamakan penghambatan umpan balik atau
penghambatan produk akhir. Dalam kasus beberapa enzim multimerik, produk
akhir atau situs mengikat pada subunit yang berbeda (polipeptida) dari situs
substrat. Setelah mengikat produk akhir, seperti enzim diyakini mengalami
perubahan konformasi, yang disebut transisi alosterik, yang mengurangi afinitas
mereka untuk substrat mereka. Protein yang mengalami perubahan konformasi
tersebut biasanya disebut sebagai protein alosterik.

SEKUEN TEMPORAL EKSPRESI GEN SELAMA INFEKSI FAG

Sekumpulan gen fag , biasanya disebut gen “early”, terekspresi secara
cepat setelah infeksi. Produk dari satu atau lebih dari gen ‘early’ bertanggung
jawab untuk memutuskan ekspresi dari gen ‘early’ dan menghidupkan atau
mengaktifkan ekspresi dari kumpulan gen selanjutnya, dan seterusnya. Dua atau
empat set gen tergantung pada karakteristik virus yang terlibat. Regulasi sekuen
ekspresi gen selama infeksi fag terjadi pada awal transkripsi.
 E-coli fag T4 dan T7 dan Bacillus subtilis fag SP01 sekuen ekspresi gen
dikontrol oleh modifikasi promotor spesifik RNA polimerase. Fag T4
mengekspresikan pola yang bahkan lebih komplek, melibatkan beberapa
modifikasi berbeda pada RNA polimerase sel inang. Dengan demikian, pada kasus
bakterial virus, kontrol dari ekspresi gen muncul pada level transkripsi dan
dimediasi spesifik oleh RNA polymerase-promoter interaksi sekuen.

QUESTION AND ANSWER

Ajeng Fadhillah (170341615005)

1. Jelaskan perbedaan dari operon lac, ara, dan trp!
Jawab: Operon lac merupakan operon yang dapat teraktivasi karena
keberadaan laktosa pada lingkungan, sedangkan operon ara merupakan
operon yang dapat teraktivasi karena keberadaan arabinosa pada
lingkungan, dan operon trp merupakan operon yang dapat teraktivasi karena
keberadaan senyawa triptofan di lingkungan. Selain itu, operon lac dan ara
termasuk operon induksibel sedangkan operon trp termasuk operon
represibel.
2. Bagaimanakah perbedaan kontrol positif dan negatif ekspresi gen?
Jawab: Kontrol positif artinya operon diaktifkan oleh aktivator (produk gen
regulator). Aktivator diaktifkan apabila ada induser. Aktivator yang telah
menempel dengan induser menempel pada operator, hingga transkripsi dapat
berjalan. Transkripsi berhenti apabila ada co-represor yang berikatan dengan
aktivator dan menonaktifkan kerja aktivator. Sedangkan kontrol negatif
artinya operon dinonaktifkan oleh represor (produk gen regulator) sehingga
apabila represor menempel pada operator akan menghambat kerja
transkripsi. Operon diaktifkan dengan cara diinduksi, dan induksinya terjadi
apabila ada molekul efektor dalam sel (molekul yang mengikat protein dan
mengubah aktivitas protein tersebut, yang meningkatkan aktivitas protein
disebut induser). Kemudian induser akan berikatan dengan represor, dan
mengubah struktur represor sehingga tidak dapat lagi berikatan dengan
operator, sehingga transkripsi dapat berjalan.
Mardianto Harefa (170341615009)
 1. Apa yang dimaksud dengan gen-gen konstitutif?
Jawab : Gen-gen konstitutif merupakan gen-gen yang setiap kali
diekspresikan karena hasil dari pengekspresian gen tersebut sangat
dibutuhkan oleh makhluk hidup, contohnya molekul tRNA, rRNA, RNA
Polymerase, dan yang lainnya.
2. Apa yang menjadi perbedaan dari operon saat induksi dengan saat represi?
Jawab : Yang menjadi perbedaan dari operon saat induksi dengan saat
represi ialah bagaimana keadaan represor saat menempel dengan operator.
Pada induksi, represor bebas dapat langsung menempel dengan operator dan
menghalangi jalannya transkripsi, sedangkan pada represi, represor harus
berikatan dengan molekul efektor terlebih dahulu sehingga membentuk
suatu kompleks yang nantinya akan berikatan dengan operator.
Inayatul Hasanah (170342615527)
1. Bagaimana operon triptopan dikatakan bersifat operon yang terepresi ?
Bagaimana mekanismenya ?
Jawab : Karena operon triptopan bisa menghambat transkripsi. Mekanisme
ketika represor berikatan dengan corepresor, maka sisi represor akan aktif,
kemudian akan berikatan dengan sisi operator. Ketika represor berikatan
dengan sisi operator maka RNA polimerase tidak bisa berikatan dengan
promotor. Karena sebagian sequens promotor tumpang tindih dengan
operator.
2. Bagaimana operon lac memiliki positive control ? Jelaskan prosesnya secara
singkat !
Jawab : Pada operon lac memiliki protein regulator yang disebut CAP.
Dimana CAP akan aktif ketika ada CAMP. Sedangkan CAMP akan aktif
ketika di lingkungan yang glukosanya rendah. Ketika CAP dan CAMP akan
menempel dan membentuk ikatan CAP dan CAMP komplek. RNA akan
menempel di binding site.