NAMA : AN NISSA ADE ASTARY DEWI

NIM : 119180020
MATKUL : BIOINFORMATIKA

1
 Tugas Mandiri

Instruksi Umum
1. Selama praktikum, ikuti petunjuk pengerjaan yang tertera pada modul dan
yang disampaikan oleh dosen
2. Poin a-e merupakan tugas yang harus anda kerjakan pada
lembar/template yang telah diberikan. Lengkapi tugas tersebut dan submit
jawaban anda via email ke: bioinformatika3103@gmail.com dengan subjek
“BIOINFORMATIKA_08_NAMA_NIM_2021”. Ganti nama file template
dengan identitas anda seperti subjek email. Deadline pengiriman tugas
disampaikan di akhir pertemuan
3. Jika ada perubahan informasi, akan disampaikan informasi di kelas atau
melalui ketua kelas.

Tugas Pendahuluan
1. Jelaskan secara singkat perbedaan antara protein motif, protein domain
dan protein famili!

Protein motif ialah daerah kecil dari struktur tiga dimensi protein atau
urutan asam amino yang dibagi di antara protein yang berbeda.
Protein domain ialah elemen dari keseluruhan struktur protein yang stabil
dan sering kali terlipat secara independen dari rantai protein lainnya.
Protein famili ialah kelompok protein yang berhubungan secara evolusi.

2. Salah satu representasi dari motif protein adalah dengan menggunakan

‘regular expression’. ‘Regular Expression’ untuk motif C2H2 Zinc Finger
direpresentasikan seperti dibawah ini:
C-x(2,4)-C-{F}-x(3)-[LIVMFYWC]-x(8)-H-x(3,5)-H
Jelaskan secara singkat mengenai motif zinc finger tersebut!

Protein zinc finger dari tipe C2H2 adalah di antara protein yang paling
sering muncul dalam genom Homo sapiens. Kebanyakan protein zinc
finger tipe C2H2 adalah aktivator transkripsi atau penekan yang mengikat
DNA. Zinc fingers tipe C2H2 sering ditemukan dalam beberapa salinan
dengan protein yang sama, dalam hal ini setiap salinan diberi nomor.
Penomoran zinc fingers adalah opsional jika protein adalah fragmen pada
ujung-N dan tidak ada urutan ortologis lengkap yang dapat digunakan
Kasus
Pada praktikum kali ini anda akan ditugaskan untuk menganalisis motif
yang terdapat pada protein EGF. Protein EGF merupakan protein anggota dari
EGF Super Family. Preproprotein yang diproses secara proteolitik untuk
menghasilkan peptide sebagai faktor pertumbuhan epidermal 53-asam amino.
Protein ini bertindak sebagai faktor mitogenik kuat yang memainkan peran
penting dalam pertumbuhan, proliferasi dan diferensiasi banyak jenis sel. Protein
ini dapat mengikat dengan afinitas tinggi ke sel reseptor permukaan, reseptor
faktor pertumbuhan epidermal. Kelainan pada gen pengkode protein EGF ini
dapat menyebabkan hipomagnesemia tipe 4. EGF memeiliki bebrapa domain
dan daerah lestari, domain ini akan anda analisis dengan menggunakan
beberapa program seperti CDD NCBI, CDART NCBI, SMART, PFAM, dan
InterProScan.

Tugas Deteksi Motif Protein

3. Ambil sekuens EGF pada situs NCBI dengan menggunakan query
pencarian spesifik protein EGF pada Homo sapiens. Berapa ukuran
protein EGF?
 1207 aa

4. Buka situs motif CDD NCBI (pada halaman homepage, pilih ‘Domain and
Structure’ kemudian klik link pada ‘Conserved Domain Database (CDD)’.
Apakah sumber database yang digunakan oleh CDD untuk memprediksi
motif?

 NCBI Curated Domains

 NCBIfams
 External Data Sources (Pfam, SMART, COG, PRK, TIGRFAMs)
 Accession prefixes indicates data sources
5. Klik CD search, kemudian salin sekuens EGF pada kotak pencarian.
Berapa banyak domain yang dimiliki oleh EGF? Apa saja domain

 16 domain EGF
1. LY
2. LY
3. LY
4. LY
5. Fxa_inhibition
6. EGF_Ca
7. EGF_Ca
8. EGF_Ca
9. Fxa_inhibition
10. LY
11. Fxa_inhibition
12. PHA03099 super family
13. LY
14. EGF
15. cEGF
16. LY

tersebut?

6. Berapa banyak domain ‘Type “B” domain repeat’ yang dimiliki oleh EGF?
Dimana saja lokasi nya pada protein tersebut? Bagaimana motif dasar
‘Type “B” domain repeat’?

 Terdapat 7 domain type B

 Terdapat pada interval 635-676,547-587,590-633,505-546,152-
189,677-718,70-106
 Anda akan melanjutkan analisis motif dan domain EGF dengan
menggunakan CDART. CDART dapat mendeteksi sekuens lain yang memiliki
motif dan domain identik. Klik pada ‘Search for similar domain architecture’ pada
tampilan hasil CDD. Anda dapat mengatur filter untuk menjawab pertanyaan-
pertanyaan dibawah.

7. Berapa banyak protein mamalia yang memiliki domain yang mirip dengan
EGF?

2967

8. Berapa banyak protein mamalia yang memiliki domain OB1, OB2, OB3 (a
EGF-like – containing region, kode EGF) tetapi tidak memiliki ‘BRC
domain repeat’ (RPA_2b-aaRSs_OBF_like) ?. Dengan hasil tersebut
menurut anda apakah bagian domain tersebut dapat bekerja secara
fungsional independen satu dengan yang lainnya?

 Tidak terdapat mamalia yang memiliki domain OB1,OB2,OB3

 Domain tersebut dapat bekerja secara fungsional independent
karena struktur yang terdapat pada domain saling melengkapi
susunan domainnya sendiri.
 Analisis dilanjutkan dengan menggunakan SMART. Buka website SMART
di http://smart.embl- heidelberg.de/. Pilih pada mode normal, kemudian kopi
sekuens EGF di query box. Klik centang pada signal peptides dan internal
repeats. Klik pada sekuens SMART.

9. Apakah terdapat sekuens signal peptides pada protein EGF? Dengan

hasil tersebut kira-kira EGF merupakan protein intrasel atau ektrasel?

Tidak ditemukan sekuens sinyal peptide pada protein EGF,karena EGF

adalah protein internal repeat hal ini berdasarkan pada warna protein
interseluler yang berwarna hitam dan tidak ada warna lainnya.

10. Apakah yang dimaksud bagian protein dengan low complexity dan bagian
internal repeat? Bagaimana kedua hal tersebut mempengaruhi fungsional
serta struktur protein?

 Protein low complexity adalah daerah dalam urutan protein yang berbeda
dari komposisi dan kompleksitas sebagian besar protein yang biasanya
dikaitkan dengan struktur globular.
 Protein internal repeat adalah beberapa protein (paling sedikit dua)
eksemplar berdekatan yang memiliki motif urutan yang sama atau mirip.
 Website lain yang dapat digunakan untuk memprediksi motif dan domain
adalah Pfam. Buka website pada alamat ‘http://pfam.sanger.ac.uk/’ . Klik
sequence search, masukkan query sekuens EGF, kemudian klik go.

11. Berapa banyak domain serta famili yang diprediksi oleh Pfam? Klik pada
EGF repeat, kemudian klik pada ‘domain organization’. Apakah terdapat
protein yang hanya memiliki domain EGF repeat saja dan tidak memiliki
domain lain? Pada protein apa dan berasal dari spesies apa (berikan
salah satu contohnya saja beserta screenhoot domain nya)?
 Terdapat 9 domain famili

 Terdapat protein yang hanya memiliki domain EGF yaitu berasal

dari spesies Acyrthosiphon pisum
12. Klik pada HMM logo, apakah maksud dari hasil tersebut (sertakan
screenshootnya)? Bagian mana dari domain BRCA Repeat yang paling
conserve? Jelaskan secara singkat alasannya.

 Maksud dari HMM logo ini ialah untuk menunjukkan bagian mana saj yang termasuk
daerah conserved atau lestari. Berdasarkan daerah tersebut daerah yang paling
lestari iala daerah yang ditunjukkan dengan huruf C paling besar. Huruf C
menunjukkan asam amino Cystein.
13. Klik pada spesies ‘tree’ untuk menunjukkan kekerabatan antara protein
–protein yang memiliki domain EGF repeat. Berikan secara singkat
pendapat anda mengenai sebaran domain ‘EGF repeat’.

14. Interpro Scan dapat juga digunakan untuk menganalisis motif protein.
Akses Interpro pada http://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/iprscan5/, kemudian
kopi sekuens EGF pada query box. Secara singkat bandingkan hasilnya
dengan prediksi menggunakan CCD NCBI dan Pfam!

Prediksinya tidak jauh berbeda, tetapi pada Interpro Scan memiliki

hasil yang lebih lengkap dan lebih detail.
18